[행정 판결문] 서울행정법원 2024구합59329 - 종합소득세부과처분취소

 

[행정] 서울행정법원 2024구합59329 - 종합소득세부과처분취소.pdf

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서 울 행 정 법 원
제 6 부
판 결
사 건 2024구합59329 종합소득세부과처분취소
원 고 A
피 고 동대문세무서장
변 론 종 결 2026. 4. 10.
판 결 선 고 2026. 6. 19.
주 문
1. 피고가 2023. 5. 5. 원고에 대하여 한 종합소득세 702,634,459원의 부과처분을 취소
한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다. 
청 구 취 지
주문과 같다.
이 유
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1. 처분의 경위
가. 원고는 2014년경부터 2018년경까지 주식회사 B 농업회사법인(이하 ‘이 사건 법
인’이라 한다)의 대표자로 재직한 사람이다.
나. 천안시 동남구 C 각 토지(이하 ‘이 사건 각 토지’라 한다)는 D의 소유였는데, 
2018. 2. 20. 이 사건 법인 앞으로 2018. 2. 14. 증여를 원인으로 한 소유권이전등기가 
마쳐졌다. 이 사건 각 토지 지상 건물 4개동(이하 ‘이 사건 각 건물’이라 하고, 이 사건 
각 토지와 통틀어 ‘이 사건 각 부동산’이라 한다)에 관하여도 2018. 2. 28. 이 사건 법
인 앞으로 소유권보존등기가 마쳐졌다.
다. 이 사건 각 부동산에 관하여 2018. 2. 28. J 앞으로 2018. 2. 28. 매매예약을 원
인으로 한 소유권이전청구권가등기가 마쳐졌다가, 2018. 10. 31. 농업회사법인 주식회
사 E(이하 ‘E’이라고만 한다) 앞으로 위 가등기에 대한 소유권이전청구권이전등기와 
2018. 9. 10. 매매(이하 ‘이 사건 매매’라 한다)를 원인으로 한 소유권이전등기가 각각 
마쳐졌다. 
라. 이 사건 법인은 2018 사업연도 법인세 신고를 하지 않았고, 이에 피고는 이 사
건 법인의 2018 사업연도 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정하면서, 이 사
건 각 부동산에 설정된 근저당권 중 채권최고액을 576,000,000원으로, 채무자를 D으로, 
근저당권자를 F협동조합으로 하는 근저당권(이하 ‘이 사건 근저당권’이라 한다)의 피담
보채무(480,000,000원)를 이 사건 법인이 인수하였다고 보고, 이 사건 매매대금으로 신
고된 2,000,000,000원에서 위 피담보채무액 480,000,000원을 공제한 1,520,000,000원을 
익금산입한 후 그 귀속이 불분명하다고 보아 원고에게 상여처분하고 2021. 12. 9. 소득
금액변동통지를 하였다.
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마. 피고는 2023. 5. 5. 위 소득금액변동통지 내용에 따라 원고에게 2018년 귀속 종
합소득세 702,634,459원을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2023. 8 3. 심판청구를 하였으나, 위 심판청구
는 2023. 12. 19. 기각되었다.
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 9, 10, 11호증, 을 제1호증의 각 기재(가지번호 
있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지
2. 관계 법령
별지 기재와 같다.
3. 이 사건 처분의 위법 여부
가. 원고 주장의 요지
1) 이 사건 법인에 이 사건 매매대금 2,000,000,000원이 귀속되지 않았으므로, 사
외유출이 존재할 수 없다. 그럼에도 위 대금 상당액의 수익 귀속 및 사외유출을 전제
로 한 이 사건 처분은 위법하다(이하 ‘제1주장’이라 한다).
2) 설령 그렇지 않더라도, 위 대금 2,000,000,000원 중, 이 사건 근저당권의 피담보
채무액뿐만 아니라, 이 사건 각 부동산에 설정된 근저당권 중 채권최고액을 720,000,00
0원으로, 채무자를 D으로, 근저당권자를 G 주식회사로 하는 근저당권의 피담보채무액 
720,000,000원도 수익에서 공제되어야 한다(이하 ‘제2주장’이라 한다).
나. 판단
1) 관련 규정 등 
법인세법 제67조, 같은 법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서는, 법인세의 과세
표준을 결정 또는 경정함에 있어 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경
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우에는 그 귀속자에 따라 상여․배당․기타 사외유출 등으로 소득처분하고, 다만 이 
때 사외유출된 것은 분명하나 그 귀속자가 누구인지 불분명한 경우에는 대표자에 대한 
인정상여로 소득처분을 하도록 규정하고 있다. 
위 각 규정에 따른 대표자에의 인정상여 제도는 그 대표자에게 그러한 소득이 
발생한 사실에 바탕을 두는 것이 아니라 법인에 의한 세법상의 부당행위를 방지하기 
위하여 그러한 행위로 인정될 수 있는 일정한 사실에 대해 그 실질에 관계없이 무조건 
대표자에 대한 상여로 간주하도록 하는 데 그 취지가 있는 것이나(대법원 1992. 7. 14. 
선고 92누3120 판결 참조), 대표자에 대한 인정상여를 인정하기 위해서는 ‘익금에 산입
한 금액이 사외에 유출된 경우’여야 한다. 
따라서 이 사건에 있어서도 피고가 이 사건 법인의 2018 사업연도 소득에 대한 
법인세 과세표준과 세액을 결정하면서 이 사건 각 부동산에 관한 이 사건 매매대금 중 
1,520,000,000원을 이 사건 법인의 익금으로 산입하고 이를 사외유출로 본 것이 적법
한지가 우선 문제된다. 
2) 구체적 판단
가) 앞서 든 증거들, 갑 제3 내지 8, 12 내지 14호증, 을 제3 내지 8호증의 각 
기재 및 변론 전체의 취지에 의하면 다음 각 사실이 인정된다.
(1) 이 사건 법인의 실질적 운영자는 원고의 배우자인 H이고, 이 사건 매매의 
매수자로 되어 있는 E의 실질적 운영자는 I이며, J은 I의 배우자이다.
(2) 이 사건 법인은 2021. 2. 15. 서울북부지방법원에 E을 상대로 ‘이 사건 매
매대금 2,000,000,000원에서 이 사건 각 부동산에 설정된 근저당권들의 피담보채무 합
계 1,296,000,000원을 공제한 704,000,000원 매매대금 채권 중 일부청구로서 
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576,253,481원 및 이에 대한 지연손해금을 지급할 것’을 청구하는 소송을 제기하였다
(2021가합*****). 위 법원은 2025. 8. 21. [① H은 I을 사기혐의로 고소한 사건(대전지
방검찰청 천안지청 2019형제*****호) 조사 당시 ’I으로부터 이 사건 각 토지에 건물을 
건축하면 이득이 생기니 같이 해보자는 제안을 받고, 자신과 I이 함께 이 사건 각 토지
를 개발하여 수익금을 절반씩 나누기로 하였고, 이 사건 각 토지를 이 사건 법인 명의
로 매입하였다‘, ’이 사건 각 토지에 대한 소유권이 이 사건 법인 명의로 되어 있어야 
은행에서 대출 받기가 수월하여 이 사건 법인 명의로 매입한 것이다‘라는 등의 진술을 
하였고, 이 사건 각 토지 개발에 관한 각종 허가권 및 이 사건 각 건물에 관한 건축허
가 명의 변경 내지 사용승인 등에 관한 경위가 위 진술에 부합하는 점, ② 2018. 2. 
28. 이 사건 각 건물에 관하여 원고 명의의 소유권보존등기가 경료됨과 동시에 이 사
건 각 부동산에 관하여 J을 가등기권자로 한 소유권이전청구권가등기가 마쳐지고, 위 
가등기에 터잡아 E 앞으로 소유권이전등기가 마쳐졌는데, 이는 H과 I이 공동으로 이 
사건 각 토지 개발 사업을 진행하는 과정에서 이 사건 법인 명의로 대출을 받기 위해 
이 사건 각 부동산의 소유 명의만 이 사건 법인으로 하였음을 뒷받침하는 점, ③ 이 
사건 법인이 D으로부터 이 사건 각 토지를 증여받은 경위나 이 사건 각 건물에 대하
여 소유권보존등기를 마치게 된 경위에 대해 합리적인 설명이 없고, ’I이 H에 대한 약 
550,000,000원 상당의 채무 변제를 담보하기 위해 이 사건 각 부동산의 소유 명의를 
이 사건 법인 앞으로 한 것이다‘라는 취지의 이 사건 법인 주장은 이를 뒷받침하는 증
거가 없으며, 만약 그 주장이 사실이라고 한다면 E(실질적으로는 I)이 이 사건 각 부동
산을 2,000,000,000원에 다시 매수한다는 것이 납득될 수 없는 점, ④ 이 사건 매매계
약의 계약서에 의하면 매수인은 매매대금 2,000,000,000원 전액을 계약 당일 매도인에
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게 지급하고, 같은 날 소유권이전등기를 마치도록 되어 있는데, 이 사건 각 토지와 매
매대금의 규모를 거래 관행에 비추어 볼 때 위 계약 내용은 이례적인 점, ⑤ 또한 위 
계약서에는 ’이 사건 각 부동산에 설정된 근저당권 내지 지상권설정등기 중 매수인이 
승계하기로 합의한 것은 매수인이 승계한다‘고 규정하면서도 그 승계 대상 등에 관한 
구체적인 합의 사항은 언급하고 있지 않은 점, ⑥ 이 사건 각 부동산에 관하여 E으로 
소유권이전등기가 마쳐진 2018. 10. 31.부터 약 2년이 넘는 기간 동안 매매대금 청구 
등의 조치가 이루어지지 않은 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 법인과 E 사이에 이 사
건 각 부동산에 관하여 매매대금을 2,000,000,000원으로 하는 이 사건 매매계약이 실
제로 체결되었다고 인정할 수 없다]는 이유로 청구기각판결을 선고하였다. 이 사건 법
인이 위 판결에 대하여 항소를 제기하지 않아 위 판결은 2025. 9. 12.경 그대로 확정되
었다(이하 ‘관련 민사사건’이라 한다).
(3) H은 ‘I이 관련 민사사건에서 이 사건 법인 명의의 계약서 등을 위조하고 
관련 민사사건 법원에 제출하는 등으로 사문서위조, 위조사문서행사, 사기미수 등의 범
행을 하였다’는 내용으로 I을 고소하였다. 이에 따라 제기된 공소에 대하여 대전지방법
원 천안지원은 2025. 4. 8. [①공소사실 기재 각 사문서위조 시점에 I은 구속 상태였던 
점, ② I과 H은 적어도 2016. 11.경부터 공동으로 이 사건 각 토지를 개발하는 사업을 
하면서, I은 인허가 및 공사를 진행하고, H은 토지 개발 자금을 조달하기로 각자 역할
을 분담한 것으로 보이는 점, ③ H은 증인으로 출석하여 ‘자신이 2016년경 이 사건 각 
토지 개발 사업을 시작할 무렵 I에게 관련 인․허가에 사용할 목적으로 이 사건 법인
의 법인인감을 교부하였고, 2016. 9. 1. 이를 이용하여 D과의 매매계약서를 작성하였
다’는 취지로 진술한 점, ④ H은 2020. 2.경 대전지방검찰청 천안지청에서 조사 받을 
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당시, ‘이 사건 각 토지에 관하여 이 사건 법인 앞으로 소유권이전등기를 마친 경위’를 
묻는 수사관의 질문에 대하여 ‘이 사건 각 토지에 대한 소유권이 이 사건 법인 앞으로 
되어 있어야 은행에서 대출받기가 수월하다’고 답변한 점 등을 종합하여 보면, 제출된 
증거만으로는 이 사건 매매계약에 따른 매매대금 채권의 존재 내지 공소사실을 인정할 
수 없고, 달리 증거가 없다]는 취지로 I에 대하여 무죄를 선고하였다[2023고단****, 
2024고단****(병합)]. 이에 대하여 검사가 항소하였으나, 그 항소심 법원은 항소기각판
결을 선고하였다(대전지방법원 2025노****). 위 항소심 판결에 대하여 상고가 제기되
지 않아 위 제1심 판결은 2026. 2. 13.경 그대로 확정되었다(이하 ’관련 형사사건‘이라 
한다). 
나) 위 사실관계에다가 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있
는 다음 각 사정을 더하여 보면, 이 사건 법인과 E 사이에 실제로 이 사건 매매계약이 
체결되었다고 인정하기 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없는바, 이 사건 법인에 
2018 사업연도에 이 사건 매매와 관련된 수익이 귀속되었다고 볼 수 없어 익금으로 
산입할 금액을 인정할 수 없는 이상 그 금액의 사외유출 역시 인정될 수 없으므로, 익
금 산입 금액의 존재 및 그 금액의 사외유출을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다. 
따라서 원고의 제1주장은 이유 있다(원고의 제2주장에 관하여는 더 나아가 판단하지 
아니 한다).
(1) 법인세법 제15조, 같은 법 시행령 제11조 제2호에 따르면, 자산의 양도금
액은 법인의 익금으로 산입되는바, 소유 명의가 이 사건 법인 앞으로 되어 있던 이 사
건 각 부동산에 관하여 2018. 10. 31. E 앞으로 이 사건 매매를 원인으로 한 소유권이
전등기가 마쳐졌고, 이에 피고는 위 등기 당시 매매대금으로 신고된 2,000,000,000원에
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서 이 사건 근저당권의 피담보채무액을 공제한 1,520,000,000원을 익금으로 산입한 후 
그 귀속이 불분명하다고 보아 원고에게 상여처분을 하고 그에 근거하여 이 사건 처분
을 하였다. 
(2) 그러나 ① 행정사건의 재판에 있어서는 다른 민사사건, 형사사건 및 행정
사건의 판결에서 인정된 사실에 구속을 받는 것은 아니라 할지라도 이미 확정된 관련 
사건의 판결에서 인정된 사실은 특별한 사정이 없는 한 유력한 증거가 된다고 할 것이
므로 합리적인 이유설시 없이 이를 배척할 수는 없는 점(대법원 2014. 10. 27. 선고 
2013두14771 판결 등 참조), ② 관련 민사사건 및 관련 형사사건의 각 확정판결의 내
용 및 관련 민사사건 및 관련 형사사건에 이르기까지 전체 과정에서 H 등이 한 진술
의 내용 등에 비추어 보면, H과 I이 이 사건 각 토지에 건물을 신축하는 내용의 개발 
사업을 함께 진행하는 과정에서 대출 편의를 도모하기 위하여 이 사건 각 부동산에 관
하여 이 사건 법인 앞으로 소유권이전등기 또는 소유권보존등기를 마치게 된 것으로 
보이는바, 이후 이루어진 이 사건 매매계약이 실제로 이 사건 법인과 E 사이의 매매계
약 체결의사에 따라 체결된 것이라고 보기 어려운 점, ③ 관련 민사사건 및 관련 형사
사건의 판결에서 인정된 사실 또는 사정을 합리적으로 배척할 만한 자료가 제출되지 
않은 점, ④ 그 밖에 피고가 주장하는 사정들 및 제출하는 증거들만으로는 이 사건 매
매계약이 실제로 성립하여 이 사건 법인에 매매대금 채권이 귀속된다고 인정하기 어려
운 점 등에 비추어 보면, 앞서 본 바와 같은 소유권 이전 현황이나 사정들만으로 이 
사건 법인에 1,520,000,000원 상당의 익금이 발생하였다고 보기는 어렵다. 
(3) 피고는 ’관련 형사판결 및 민사판결은 이 사건 처분 이후에 선고 및 확정
되었으므로 이 사건 처분에 영향을 미칠 수 없다‘고 주장한다. 그러나 ’항고소송에서 
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행정처분의 위법 여부는 행정처분이 있을 때의 법령과 사실 상태를 기준으로 판단하여
야 한다‘는 것은 처분 후에 생긴 법령의 개폐나 사실 상태의 변동에 영향을 받지 않는
다는 뜻이지, 처분 당시 존재하였던 자료나 행정청에 제출되었던 자료만으로 위법 여
부를 판단한다는 의미는 아니므로, 법원은 행정처분 당시 행정청이 알고 있었던 자료
뿐만 아니라 사실심 변론종결 당시까지 제출된 모든 자료를 종합하여 처분 당시 존재
하였던 객관적 사실을 확정하고 그 사실에 기초하여 처분의 위법 여부를 판단할 수 있
다고 할 것인데(대법원 2018. 6. 28. 선고 2015두58195 판결 등 참조), 관련 형사사건 
및 관련 민사사건의 각 확정판결문 및 관련 자료는 이 사건 변론종결 시까지 제출된 
자료로서 이 사건 처분 당시 존재하였던 객관적 사실을 확정하기 위한 자료에 해당하
므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.
4. 결론
그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한
다.
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별지
관계 법령
▣ 법인세법
제15조(익금의 범위) 
① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산
(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익 또는 수입[이하 “수익”(收益)이라 한다]
의 금액으로 한다.
③ 수익의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제60조(과세표준 등의 신고) 
① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월(제60조
의2제1항 본문에 따라 내국법인이 성실신고확인서를 제출하는 경우에는 4개월로 한다) 이
내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세
액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.
제66조(결정 및 경정) 
① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조에 따른 신고를 하지 아
니한 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한
다.
② 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 
각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 
과세표준과 세액을 경정한다.
1. 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우
③ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 법인세의 과세표준
과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 
다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 
수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다.
제67조(소득처분) 
다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 
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산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사
내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.
1. 제60조에 따른 신고
2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정
3. 「국세기본법」 제45조에 따른 수정신고
▣ 법인세법 시행령
제11조(수익의 범위)1)
법 제15조 제1항에 따른 이익 또는 수입[이하 ‘수익(收益)’이라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 
정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.
2. 자산의 양도금액
제106조(소득처분) 
① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법
인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다.
1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)
이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익
처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표
자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 
소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 
소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 
대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같
다)에게 귀속된 것으로 본다. 끝.
1) 이 사건과 관련하여 실질적 내용 변경이 없으므로 현행 규정을 기재한다.