[행정 판결문] 서울행정법원 2025구합55020 - 종합부동산세등부과처분취소

 

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서 울 행 정 법 원
제 8 부
판 결
사 건 2025구합55020 종합부동산세등부과처분취소
원 고 주식회사 A
피 고 도봉세무서장
변 론 종 결 2026. 5. 27.
판 결 선 고 2026. 6. 17.
주 문
1. 원고의 청구를 모두 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
청 구 취 지
피고가 2025. 1. 16. 원고에게 한 2021년 귀속 종합부동산세 41,784,390원(농어촌특별
세 포함), 2022년 귀속 종합부동산세 20,693,580원(농어촌특별세 포함)의 부과처분을 
모두 취소한다.
이 유
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1. 처분의 경위
가. 원고는 건축물 매매 및 임대업 등을 영위하는 회사로, 2021년 및 2022년 귀속 
종합부동산세 과세기준일인 2021. 6. 1. 및 2022. 6. 1. 현재 서울 중랑구 B에 위치한 
C 7개 호실(***호 내지 ***호, ***호, ***호, ***호, ***호, 이하 통틀어 ‘이 사건 임대
주택’이라 한다)을 소유하고 있다. 
나. 원고는 2006. 10. 30. 구 임대주택법(2015. 8. 28. 법률 제13499호 민간임대주택
에 관한 특별법으로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제6조에 따라 임대사업자 등록
을 하였고, 2006. 11. 20. 이 사건 임대주택을 ‘매입임대주택’으로 추가하였다(이하 ‘기
존 임대사업자 등록’이라 한다).
다. 이 사건 임대주택이 위치한 서울 중랑구는 2017. 9. 6. 주택법 제63조의2에 따라 
조정대상지역으로 지정되었다.
라. 이 사건 임대주택은 2020. 8. 18. 신설된 민간임대주택에 관한 특별법(이하 ‘민간
임대주택법’이라 한다) 부칙 <법률 제13499호, 2015. 8. 28.> 제3조 제3항 제3호에 따
라 ‘단기임대주택’으로 간주되었고, 같은 날 개정된 민간임대주택법 부칙 <법률 제
15356호, 2018. 1. 16.> 제5조 제5항에 따라 ‘단기민간임대주택’으로 간주되었으며, 같
은 날 개정된 민간임대주택법 제6조 제5항 후단의 ‘종전의 단기민간임대주택’에 해당하
게 되어 부칙 <법률 제17482호, 2020. 8. 18.> 제7조에 따라 같은 날 기존 임대사업자 
등록이 말소되었다. 
마. 원고는 2021. 12. 3. 민간임대주택법 제5조에 따라 이 사건 임대주택에 관하여 
‘장기일반민간임대주택’으로 임대사업자 등록을 하였다(이하 ‘이 사건 임대사업자 등록’
이라 한다). 
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바. 피고는, 이 사건 임대주택이 조정대상지역에 있는 ‘장기일반민간임대주택’으로 
2020. 6. 17. 이후에 임대사업자 등록 신청이 이루어져 합산배제 임대주택에서 제외된
다는 이유로, 2025. 1. 16. 원고에게 2021년 귀속 종합부동산세 41,784,390원(농어촌특
별세 포함), 2022년 귀속 종합부동산세 20,693,580원(농어촌특별세 포함)을 각각 결정
ㆍ고지하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다). 
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 5 내지 7, 9, 10호증, 을 제1, 2호증(가지번
호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지 
2. 관계 법령
별지 기재와 같다. 
3. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 원고의 주장
1) 구 임대주택법에 따른 ‘매입임대주택’은 2020. 8. 18. 민간임대주택법 부칙 <법
률 제13499호, 2015. 8. 28.> 제3조 제3항 제3호가 신설되기 전까지는 민간임대주택법 
부칙 <법률 제15356호, 2018. 1. 16.> 제5조 제5항에 따라 ‘단기민간임대주택’으로 간
주되는 ‘단기임대주택’에 해당하지 않았다. 따라서 구 임대주택법에 따른 ‘매입임대주
택’은 2020. 8. 18. 개정된 민간임대주택법 제6조 제5항 후단의 ‘종전의 단기민간임대
주택’에 해당한다고 볼 수 없다(이하 ‘제1 주장’이라 한다). 
2) 강북구청장은 기존 임대사업자 등록이 말소되지 않았음을 전제로 2021. 9. 3. 
원고에게 이 사건 임대주택에 관한 임대사업자 등록증을 발급해 주었고, 피고 역시 
2021. 11. 19. 및 2022. 11. 20. 이 사건 임대주택이 합산배제 임대주택에서 제외된다
는 전제 아래 2021년 귀속 종합부동산세 및 2022년 귀속 종합부동산세를 부과한 바 
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있으므로, 이 사건 처분은 신뢰보호의 원칙에 위반된다(이하 ‘제2 주장’이라 한다). 
나. 판단
1) 원고의 주장과 같이 구 임대주택법에 따른 ‘매입임대주택’은 2020. 8. 18. 민간
임대주택법 부칙 <법률 제13499호, 2015. 8. 28.> 제3조 제3항 제3호가 신설되기 전까
지는 민간임대주택법 부칙 <법률 제15356호, 2018. 1. 16.> 제5조 제5항에 따라 ‘단기
민간임대주택’으로 간주되는 ‘단기임대주택’에 해당하지 않았기는 하나, 2020. 8. 18. 개
정된 민간임대주택법 부칙 <법률 제15356호, 2018. 1. 16.> 제5조 제5항은 ‘단기민간임
대주택’으로 간주되는 ‘단기임대주택’에 구 임대주택법에 따른 ‘매입임대주택’이 포함된
다고 규정함으로써 구 임대주택법에 따른 ‘매입임대주택’이 2020. 8. 18. 개정된 민간임
대주택법 제6조 제5항이 정한 임대사업자의 등록 말소 대상임을 분명히 하고 있다. 
특히 ‘종전의 임대주택법에 따라 등록한 임대주택은 종전의 임대주택법을 적용한
다’고 규정한 민간임대주택법 부칙 <법률 제13499호, 2015. 8. 28.> 제3조 제2항이 
2020. 6. 9. 삭제되고 ‘종전의 임대주택법에 따른 매입임대주택은 민간임대주택법의 단
기임대주택으로 본다’는 제3조 제3항이 2020. 8. 18. 신설된 것은 임대주택의 유형에 
따라 적용되는 법령이 달라 혼선이 발생하던 문제점을 해결하고 제도 운영의 미비점을 
보완하기 위한 것으로, 구 임대주택법을 적용받은 민간임대주택 등에 대하여도 개정된 
민간임대주택법을 적용하기 위한 입법자의 의도에 기한 것으로 보인다.
따라서 제1 주장은 받아들이기 어렵다. 
2) 갑 제3호증의 기재에 의하면 원고의 주장과 같이 강북구청장이 2021. 9. 3. 원
고에게 이 사건 임대주택에 관한 임대사업자 등록증을 발급해준 사실이 인정되기는 하
나, 이는 기존 임대사업자 등록이 2020. 8. 18. 말소되었음을 간과하였기 때문으로 보
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일 뿐이고, 종합부동산세가 국세기본법 제2조 제1호 라목에서 정한 국세임을 고려할 
때, 강북구청장이 착오로 임대사업자 등록증을 발급해준 것을 두고 과세관청이 공적 
견해를 표명한 것이라고 볼 수는 없다. 
신의성실의 원칙이나 국세기본법 제18조 제3항 소정의 비과세관행은 합법성의 원
칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특
별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다고 할 것이고, 그 조항에서의 일반적으로 납
세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이란 비록 잘못된 해석 또는 
관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받
아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정
될 정도에 이른 것을 말하고, 단순히 세법의 해석기준에 관한 공적 견해의 표명이 있
었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수는 없는 것이며, 그러한 해
석 또는 관행의 존재에 대한 입증책임은 그 주장자인 납세자에게 있는 점(대법원 
2002. 2. 8. 선고 2000두1652 판결, 대법원 2006. 6. 29. 선고 2005두2858 판결 등 참
조) 등을 고려할 때, 피고가 2021. 11. 19. 및 2022. 11. 20. 이 사건 임대주택이 합산
배제 임대주택에서 제외된다는 전제 아래 2021년 귀속 종합부동산세 및 2022년 귀속 
종합부동산세를 부과한 적 있다는 사실만으로, 이 사건 처분이 신뢰보호의 원칙을 위
반하였다고 평가할 수는 없다.
따라서 제2 주장 역시 받아들이기 어렵다. 
4. 결론
그렇다면, 원고의 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판
결한다. 
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별지
관계 법령
▣ 종합부동산세법
제8조(과세표준) 
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주
택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다. 
1. 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 민간임대주택, 「공공주택 특별법」에 따른 공공임대
주택 또는 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 
등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택
▣ 종합부동산세법 시행령
제3조(합산배제 임대주택) 
① 법 제8조제2항제1호에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 「공공주택 특별법」 제4조에 따른 
공공주택사업자(이하 “공공주택사업자”라 한다) 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조
제7호에 따른 임대사업자(이하 “임대사업자”라 한다)로서 과세기준일 현재 「소득세법」 제
168조 또는 「법인세법」 제111조에 따른 사업자등록(이하 이 조에서 “사업자등록”이라 한
다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(괄호 생략)하거나 소유(괄호 생략)하고 있는 다음 각 
호의 주택(이하 “합산배제 임대주택”이라 한다)을 말한다. (후문 생략)
8. 매입임대주택 중 장기일반민간임대주택등으로서 가목1)부터 3)까지의 요건을 모두 갖춘 주
택. 다만, 나목1)부터 4)까지에 해당하는 주택의 경우는 제외한다.
나. 제외되는 주택
2) 법인 또는 법인으로 보는 단체가 조정대상지역의 공고가 있은 날(이미 공고된 조정대상
지역의 경우 2020년 6월 17일을 말한다)이 지난 후에 사업자등록등을 신청(임대할 주택
을 추가하기 위한 등록사항의 변경신고를 포함하며, 제7항제7호에 따라 임대기간이 합산
되는 경우는 멸실된 주택에 대한 신청을 말한다)한 조정대상지역에 있는 「민간임대주택
에 관한 특별법」 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택
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▣ 구 민간임대주택법(2024. 12. 3. 법률 제20550호로 개정되기 전의 것)
제5조(임대사업자의 등록) 
② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다. 
1. 삭제 <2018. 1. 16.>
2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택
3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택 
제6조(임대사업자 등록의 말소)
⑤ 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트
(「주택법」 제2조제20호의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대
주택 및 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된
다. <개정 2020. 8. 18.>
부칙 <법률 제17482호, 2020. 8. 18.> 
제7조(자동 등록 말소 관련 경과조치) 
제6조제5항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행일 당시 종전의 제2조제6호에 따른 단기민간
임대주택 또는 제2조제5호에 따른 장기일반임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택
의 임대의무기간이 이 법 시행일 전에 경과된 경우에는 이 법 시행일에 그 임대주택의 등록이 
말소된 것으로 본다.
▣ 구 민간임대주택법(2020. 8. 18. 법률 제17482호로 개정되기 전의 것)
제5조(임대사업자의 등록)
② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다. 
1. 삭제 <2018.1.16>
2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택
3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택 및 단기민간임대주택
부칙 <법률 제15356호, 2018. 1. 16.>
제5조(이미 등록한 민간임대주택등에 관한 특례)
⑤ 이 법 시행 당시 종전 규정에 따라 등록한 단기임대주택(법률 제13499호 임대주택법 전부
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개정법률 부칙 제3조제3항제3호에 따라 단기임대주택으로 보는 주택을 포함한다)1)은 이 법
에 따른 단기민간임대주택으로 본다. (단서 생략) <개정 2020. 8. 18.>
▣ 구 민간임대주택법(2018. 1. 16. 법률 제15356호로 개정되기 전의 것)
제5조(임대사업자의 등록) 
② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.
1. 기업형임대사업자 및 일반형임대사업자
2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택
3. 기업형임대주택, 준공공임대주택 및 단기임대주택
부칙 <법률 제13499호, 2015. 8. 28.>
제3조(이미 등록한 임대주택에 관한 특례) 
② 삭제 <2020. 6. 9.>2)
③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 각 호의 구분에 따른 이 법의 임대주택으로 본
다. (단서 생략) <신설 2020. 8. 18.>
3. 종전의 「임대주택법」 제16조제1항제4호에 따른 민간건설임대주택 또는 매입임대주택(제1
호에 해당하는 임대주택은 제외한다): 제2조제6호에 따른 단기임대주택
제9조(임대사업자에 대한 경과조치) 
이 법 시행 당시 종전의 「임대주택법」 제6조에 따라 등록한 임대사업자(공공주택사업자는 제
외한다)는 이 법에 따른 일반형임대사업자로 본다. (후문 생략)
▣ 구 임대주택법
제2조(정의) 
이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “임대주택”이란 임대 목적에 제공되는 건설임대주택 및 매입임대주택을 말한다.
끝.
1) 괄호 안의 내용은 2020. 8. 18. 자 부칙 개정으로 추가된 것이다. 
2) 삭제된 조항은 ‘종전의 임대주택법에 따라 등록한 임대주택은 종전의 임대주택법을 적용한다’라고 규정하고 있었다.