[행정 판결문] 서울행정법원 2025구합53705 - 요양기관 업무정지처분 취소

 

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서 울 행 정 법 원
제 5 부
판 결
사 건 2025구합53705 요양기관 업무정지처분 취소
원 고 A 
피 고 보건복지부장관
변 론 종 결 2026. 5. 14.
판 결 선 고 2026. 6. 11.
주 문
1. 피고가 2025. 1. 10. 원고에 대하여 한 10일의 요양기관 업무정지 처분(보험평가과
-247호)을 취소한다. 
2. 소송비용은 피고가 부담한다.
3. 제1항 기재 처분은 이 사건 항소심 판결 선고 후 30일까지(소취하나 항소포기 등 
기타 사유로 종료되면 그 종료시까지) 그 집행을 정지한다.
청 구 취 지
주문 제1항과 같다.
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이 유
1. 처분의 경위 
가. 원고는 주소지에서 B정신과의원(이하 ‘이 사건 의원’이라 한다)을 개설하여 운영하
는 의사이다.
나. 피고는 2021-4차 요양기관 구입약가 정기 확인 과정에서 원고가 실제 구입한 약
가보다 높은 가격으로 약제비를 청구한 것을 확인하고, 20xx. x. xx. 이 사건 의원에 
대한 현지조사를 실시하였다(조사대상 기간 : 20xx. x. ~ 20xx. x., 20xx. xx. ~ 20xx. 
xx. 총 9개월, 이하 ‘이 사건 현지조사’라 한다). 
다. 피고는 20xx. x. xx. 원고에 대하여 아래와 같은 사유로 ‘요양기관의 업무정지 10
일(20xx. x. xx.부터 20xx. x. xx.까지)’ 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
○ 처분 내용 : 요양기관의 업무정지 10일 
(업무정지기간 : 20xx. x. xx.부터 20xx. x. xx.까지)
○ 법적 근거 : 국민건강보험법 제98조 제1항 제1호
○ 처분의 이유 : 국민건강보험법(제41조, 제44조, 제45조, 제46조, 제47조 등), 같은 법 
시행령(제19조, 제21조 등), 같은 법 시행규칙(제13조, 제16조, 제19조 등), 국민건강보
험 요양급여의 기준에 관한 규칙 및 기타 요양급여비용의 산정관계 규정을 위반하여 보
험자⋅가입자 및 피부양자에게 요양급여비용을 부당하게 청구
[별지]
○ 부당금액 : 4,908,890원
- 약제비 실구입가 산정기준 위반청구
보건복지부 고시 제2014-144호 약제 및 치료재료의 비용에 대한 결정기준에 따라 요양
급여에 사용된 약제의 구입금액은 분기별 구입한 약제총액의 합을 총 구입량으로 나눈 가
격(분기 가중평균가격)을 다음 분기 둘째 달 초일 진료분부터 3개월까지의 진료분의 구입약
가로 산정하여야 함에도, 아래와 같이 약제를 분기가중 평균가격보다 높은 금액으로 요양급
여비용을 청구
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[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제1, 2호증, 변론 전체의 취지
2. 관계 법령
3. 이 사건 처분의 위법 여부
가. 원고 주장 요지
이 사건 처분은 다음과 같은 사유로 위법하여 취소되어야 한다.
1) 제1주장
이 사건 위반행위가 발생한 이유는 이 사건 의원에서 사용하는 약제비 청구 프로
그램의 업데이트 과정에서 약가가 분기 가중평균가격이 아닌 상한가로 입력되는 오류
가 발생하였기 때문으로, 이는 착오청구에 불과할 　뿐 부당청구에 해당하지 않는다.
1) ‘구 국민건강보험법 시행령(2022. 12. 27. 대통령령 제33128호로 개정되기 전의 것)’을 가리킨다.
2) 월 평균 부당금액(원) = 총 부담금액(원)/조사대상기간(개월), 이하 같다.
3) 부당비율(%) = 총 부당금액(원) / 조사대상기간 심사결정 요양급여비용 총액(원) × 100
4) 월 평균 부당금액 및 부당비율에 의해 산정. 이하 같다.
구 국민건강보험법(2024. 1. 23. 법률 제20092호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 
98조(업무정지) 
① 보건복지부장관은 요양기관이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 그 요양기관에 대하
여 1년의 범위에서 기간을 정하여 업무정지를 명할 수 있다. 
1. 속임수나 그 밖의 부당한 방법으로 보험자ㆍ가입자 및 피부양자에게 요양급여비용을 
부담하게 한 경우
○ 행정처분 산출내역
- 관련근거 : 국민건강보험법 시행령1) 제70조 제1항 [별표 5] 업무정지처분 및 과징금 
부과의 기준
- 산출내역
조사대상기간 심사결정 
요양급여비용 총액
(20xx.x. ~20xx.x., 
20xx.xx.~20xx.xx. 9개월)
총 부당금액
월 평균 
부당금액2)
부당비율3)
업무정지기간
4)
981,693,600원 4,908,890원 545,432원 0.50% 10일
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2) 제2주장 
구입약가 사후관리제도는 이 사건 의원이 약제비를 과다하게 청구한 것이 확인된 
경우에 구입약가 정산절차를 거쳐 과다 청구액을 환수할 것을 예정하고 있다. 그럼에도 
피고는 정산절차를 거지치 않고 정산되지 않은 차액을 곧바로 부당이득으로 보아 이 사
건 의원에 대한 업무정지처분을 하였는바, 이는 정산 및 이의신청 절차로 해결해야 할 
문제를 부당청구로 보아 업무정지처분을 한 것이어서 위법하고, 정산 및 이의신청 절차
가 완결되면 부당이득이 존재한다고 볼 수 없어 부당청구에 해당한다고 볼 수 없다.
3) 제3주장
구입약가 사후관리제도는 요양기관이 약제비를 착오청구하는 것을 예방하기 위하
여 구입약가를 확인하여 정산절차를 거치도록 하는 제도로 업무정지처분을 위한 현지
조사 이전에 자율점검이 우선하는 영역이다. 그럼에도 불구하고 피고가 원고에게 자율
점검의 기회를 부여하지 않고 곧바로 현지조사를 실시해 이를 부당청구로 보아 업무정
지처분을 한 것을 재량권을 일탈ㆍ남용한 것이어서 위법하다.
나. 판단
살피건대 앞서 본 증거들, 갑 제2호증, 을 제3 내지 7, 10호증의 각 기재 및 변론 전
체의 취지에 의하여 인정되는 다음의 사정들에 비추어 보면, 이 사건 의원이 분기 가
중평균가 보다 약제비를 높게 청구하였다는 것만으로 곧바로 요양기관이 ‘속임수나 그 
밖의 부당한 방법으로 보험자ㆍ가입자 및 피부양자에게 요양급여비용을 부담하게 한 
경우‘인 부당청구에 해당한다고 볼 수 없으므로, 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 
위법하다(이와 같은 사유로 이 사건 처분이 위법하다고 보는 이상 원고의 나머지 주장
에 대하여는 나아가 판단하지 아니한다). 
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1) 구입약가 사후관리제도는, 건강보험심사평가원이 요양기관이 청구한 약품비를 지
급한 후 공급업체의 보고내역을 근거로 분기 가중평균가와 요양기관 구입약가(청구단
가)를 비교하여 상이한 건을 점검하여 최종 구입약가를 확정하는 제도이다. 위 제도의 
구체적인 내용은, ① 요양기관이 의약품별 분기 가중평균가(분기별 구입한 의약품 총액
의 합을 총 구입량으로 나눈 가격)를 다음 분기 둘째 달 초일 진료분부터 3개월 진료
분의 구입약가로 산정하여 약품비를 청구하면 이를 지급하고, ② 건강보험심사평가원
이 분기단위로(3개월) 요양기관이 실제 구입한 가격보다 높게 청구한 의약품에 대하여 
구입약가 산정의 정확성 여부를 확인한다. ③ 건강보험심사평가원이 구입약가 검증체
계를 통해 선정된 요양기관에 대하여 구입약가 점검 및 확인을 요청하면, 통보를 받은 
요양기관은 요양기관업무포털「구입약가 검증시스템」을 통해 공급내역을 점검ㆍ확인
해 그 확인결과를 입력하고[예를 들어, 공급신고 맞음, 공급신고 착오, 단가변경(최초구
입), 기타(청구코드 착오)], ④ 건강보험심사평가원은 구입약가를 확정하여 확정단가보
다 약품비를 높게 청구한 건에 대하여는 차액을 정산한다. ⑤ 만약 요양기관이 위 정
산결과에 이의가 있는 경우에는 위 처분이 있음을 안날로부터 90일 이내에 국민건강보
험법 제87조에 따라 이의신청을 할 수 있다.
2) 이와 같이 구입약가 사후관리제도는, 요양기관으로 하여금 해당 요양기관이 구입
한 약품별 약품비의 분기 가중평균가에 따라 약품비를 청구하도록 하면서도, 만약 실
제 구입한 가격보다 약품비가 높게 청구된 경우에는 요양기관으로 하여금 구입약가 검
증시스템을 통해 그 원인을 점검ㆍ확인하도록 하고, 만약 요양기관의 착오로 청구가 
잘못된 것으로 확인된 경우에는 청구단가와 구입단가의 차액만큼 정산처리하며, 공급
업체의 공급신고에 착오가 있는 것으로 확인된 경우나 단가가 변경된 경우에는 이를 
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반영하여 구입약가를 최종 확정하되 만약 요양기관이 건강보험심사평가원의 구입약가 
정산심사 결정에 대하여 이의가 있는 경우에는 국민건강보험법 제87조에 따라 이의신
청을 할 수 있도록 하는 제도이다. 
그렇다면, 건강보험심사평가원이 요양기관이 분기 가중평균가 보다 약품비를 높게 
청구한 것을 확인한 경우에는 요양기관에 대하여 그 원인을 점검ㆍ확인할 기회를 부여
하여야 하고, 만약 요양기관의 착오로 과다 청구한 것이 확인되면 구입약가를 확정하
여 확정단가보다 청구단가가 높은 경우에 약품비 차액을 정산처리하며, 요양기관에게 
그 정산심사결정에 대하여 권리를 구제받을 수 있는 기회를 보장하여야 한다. 
이렇듯 구입약가 사후관리제도가 요양기관이 청구약가를 점검ㆍ확인하여 과다 청구
한 약품비의 차액을 정산할 것을 예정하고 있는 이상 단지 요양기관이 분기 가중평균
가 보다 약품비를 높게 청구하였다는 것만으로 곧바로 부당청구에 해당한다고 볼 수 
없고, 이는 요양기관이 청구약가를 점검ㆍ확인한 이후에야 비로소 해당 약품의 구입약
가가 확정되는 점(을 제3호증 전자소송기록 면수 기준 11면)에 비추어 보더라도 그러
하다. 
3) 피고가 이 사건 의원이 분기 가중평균가 보다 약제비를 높게 청구하였다는 것을 
이유로 이 사건 처분을 한 것과 이 사건 의원이 분기 가중평균가 보다 약제비를 높게 
청구하였다는 것만으로는 국민건강보험법 제98조 제1항 제1호에서 정한 부당청구에 
해당한다고 볼 수 없는 것은 앞서 본 바와 같으므로, 피고가 이를 부당청구로 보고 업
무정지처분을 한 것은 처분사유가 부존재 한다. 
4) 한편, 을 제7호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 20xx. xx.부터 20xx. xx.
까지의 과다 청구 내역에 대하여는 정산 및 이의신청절차가 이루어진 반면, 20xx. x.부
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터 20xx. x.까지의 과다 청구 내역에 대하여는 정산 및 이의신청절차가 이루어지지 않
은 사실이 인정된다. 그러나 이 사건 의원이 분기 가중평균가 보다 약제비를 높게 청
구한 것이 부당청구에 해당하지 아니하여 처분사유가 부존재한 이상 정산 및 이의신청
절차를 거쳤는지 여부는 이 사건 처분의 위법성에 아무런 영향을 미치지 아니한다.
4. 집행정지 
이 사건 처분으로 말미암아 원고에게 생길 회복하기 어려운 손해를 예방하기 위한 긴
급한 필요가 인정되고, 달리 집행정지로 인하여 공공복리에 중대한 영향을 미칠 우려
가 있다고 인정하기 어려우므로, 직권으로 이 사건 처분은 이 사건 항소심 판결 선고 
후 30일까지(소취하나 항소포기 등 기타 사유로 종료되면 그 종료시까지) 그 집행을 
정지한다.
5. 결론
원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.