[행정 판결문] 서울행정법원 2025구합54286 - 종합소득세등부과처분취소

 

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서 울 행 정 법 원
제 4 부
판 결
사 건 2025구합54286 종합소득세등부과처분취소
원 고 A
피 고 종로세무서장
변 론 종 결 2026. 5. 15.
판 결 선 고 2026. 6. 12.
주 문
1. 피고가 2024. 4. 18. 원고에 대하여 한 2018년 귀속 종합소득세 166,359,920원(가산
세 포함)의 부과처분을 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다.
청 구 취 지
주문과 같다.
이 유
1. 처분의 경위
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가. 원고는 2018. 1. 5. 주식회사 B(이하 ‘주식회사’ 명칭은 모두 생략한다)와 ‘C 요소
수 임가공 사업 자문 계약’을 체결하였는데, 이는 B가 C의 요소수 임가공 사업을 수주
받을 수 있도록 원고가 영업 활동을 하고, 수주 후 B에게 공장건설과 정상적인 가동을 
위한 기술 지원 자문서비스를 제공하는 것을 주된 내용으로 한다.
나. 원고는 위 계약에 따라 2018년과 2019년에 걸쳐 B로부터 5억 원을 자문료 등의 
명목으로 수령하였고, 2019. 5. 15. 그중 2018년에 수령한 4억 원(이하 ‘쟁점 소득’이라 
한다)에 관하여 구 소득세법(2018. 12. 31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것, 이하 
같다) 제21조 제1항 제19호 다목의 기타소득으로 보아 2018년 귀속 종합소득세를 신
고·납부하였다.
다. 피고는 쟁점 소득이 기타소득이 아닌 구 소득세법 제19조 제1항 제21호의 사업
소득에 해당한다고 보아 2024. 4. 18. 원고에 대하여 2018년 귀속 종합소득세 
166,359,920원(가산세 포함)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
라. 원고는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2025. 
4. 8. 이를 기각하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 6, 8호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 원고 주장의 요지
이 사건 처분은 아래와 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.
1) 피고는 원고에게 과세예고통지서를 발송한 후, 원고가 과세전적부심사를 청구할 
수 있는 기간이 경과하기도 전에 이 사건 처분을 하였는데, 이는 과세전적부심사 제도
를 형해화하는 것으로서 위법하여 취소되어야 한다(제1주장).
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2) 원고는 2019년부터 2022년까지 쟁점 소득과 유사한 소득 역시 기타소득으로 보
고 종합소득세를 신고하였고 피고는 특별한 이의 없이 이를 받아 들여왔는데, 2024년
에 갑자기 쟁점 소득에 관하여 이 사건 처분을 한 것은 신의성실의 원칙에 반한다(제2
주장).
3) 원고는 용역의 성격과 내용에 따라 그 소득을 사업소득 또는 기타소득으로 구분
하여 신고하여왔음에도, 피고가 쟁점 소득 등을 사업소득으로 분류한 것은 조세행정의 
일관성 원칙에 위반된다(제3주장).
4) 쟁점 소득은 일시적·우발적으로 발생한 것으로서 기타소득에 해당하고, 이를 사
업소득으로 본 것은 과세관청의 자의적인 해석이나 확장해석에 따른 것으로서 조세법
률주의에 위반된다(제4주장).
나. 관련 법령
별지 기재와 같다.
다. 제1주장에 관한 판단
1) 관련 법리
구 국세기본법(2024. 12. 31. 법률 제20611호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81
조의15 제1항 본문은 “세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당
하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 ‘과세예고통지’라 한다)
하여야 한다.”라고 규정하면서, ‘납부고지하려는 세액이 100만 원 이상인 경우’(제3호 
본문) 등을 과세예고통지를 하여야 할 사유로 들고 있고, 같은 조 제2항 본문 및 그 
제2호는 “과세예고통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무
서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사(이하 ‘과세전적부심사’라 
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한다)를 청구할 수 있다.”라고 규정하고 있다. 또한 같은 조 제3항은 “다음 각 호의 어
느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다.”라고 하면서, ‘국세징수법 
제9조에 규정된 납부기한 전 징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 사
유가 있는 경우’(제1호), ‘「조세범 처벌법」위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우’(제2
호 본문), ‘세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 
만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’(제3호), ‘그 밖에 대통령령으로 정하는 경우’
(제4호)를 들고 있다.
과세예고통지는 과세관청이 조사한 사실 등의 정보를 미리 납세자에게 알려줌으로써 
납세자가 충분한 시간을 가지고 준비하여 과세전적부심사와 같은 의견청취절차에서 의
견을 진술할 기회를 가짐으로써 자신의 권익을 보호할 수 있도록 하기 위한 처분의 사
전통지로서의 실질을 가진다. 또한 과세처분 이후에 행하여지는 심사·심판청구나 행정
소송은 시간과 비용이 많이 소요되어 효율적인 구제수단으로 미흡한 측면이 있다는 점
과 대비하여 볼 때, 과세전적부심사 제도는 과세관청이 위법·부당한 처분을 행할 가능
성을 줄이고 납세자도 과세처분 이전에 자신의 주장을 반영할 수 있도록 하는 예방적 
구제제도의 성질을 가질 뿐만 아니라, 위법한 처분은 물론 부당한 처분도 심사대상으
로 삼고 있어 행정소송과 같은 사후적 구제절차에 비하여 그 권리구제의 폭이 넓다. 
이와 같이 사전구제절차로서 과세예고통지와 과세전적부심사 제도가 가지는 기능과 이
를 통해 권리구제가 가능한 범위, 이러한 제도가 도입된 경위와 취지, 납세자의 절차적 
권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제방법과 더불어, 헌법 제12조 제1항에서 규
정하고 있는 적법절차의 원칙은 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우에도 마찬가지로 
준수하여야 하는 점 등을 종합적으로 고려하여 보면, 국세기본법 및 국세기본법 시행
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령이 과세예고통지의 대상으로 삼고 있지 않다거나 과세전적부심사를 거치지 않고 곧
바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있는 등의 특별한 사정이 없음에도 불
구하고, 과세관청이 과세처분에 앞서 필수적으로 행하여야 할 과세예고통지를 하지 않
거나 과세예고통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분
을 함으로써 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 하
였다면, 이는 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분의 효력을 부정하는 
방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재하는 경우에 해당하므로, 그 
과세처분은 위법하다.
구 국세기본법 제81조의15 제3항 각 호는 긴급한 과세처분의 필요가 있거나 형사절
차상 과세관청이 반드시 과세처분을 할 수밖에 없는 등의 일정한 사유가 있는 경우에
는 과세전적부심사를 거치지 않아도 된다고 규정하면서, 이러한 예외사유 가운데 하나
로 ‘과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이
하인 경우’(제3호)를 들고 있다. 그러나 과세관청이 정당한 사유 없이 스스로 과세행정
을 장기간 해태하여 부과제척기간 만료일이 임박한 시점에야 뒤늦게 과세예고통지를 
함으로써 납세자로부터 과세전적부심사의 기회를 박탈하기에 이른 경우에는, 과세관청
이 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 할 수 있는 
예외사유에 해당한다고 할 수 없다. 과세예고통지가 부과제척기간 만료일부터 3개월이 
남지 않은 시점에 이루어지기만 하면 아무런 제한 없이 과세전적부심사를 생략할 수 
있다고 볼 경우, 과세관청이 임의로 부과제척기간 만료일이 임박한 시점에 과세예고통
지를 함으로써 과세전적부심사를 회피할 수 있을 뿐 아니라, 과세전적부심사에 관한 
납세자의 절차적 권리가 과세관청의 선택에 의하여 좌우되는 부당한 결과를 초래하기 
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때문이다. 따라서 과세관청이 구 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호의 사유를 들어 
납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분으로 나아간 것이 
절차상 정당성을 갖추었다고 보기 위해서는, 과세관청의 귀책사유 없이 부득이한 사정
으로 부과제척기간의 만료일이 임박하게 되었고 이로 인하여 부과제척기간의 만료 전
까지 과세전적부심사를 거칠 시간적 여유가 없게 되었다는 등의 정당한 사유가 추가로 
인정되어야 하고, 이에 관하여는 과세관청이 증명하여야 한다(대법원 2025. 6. 5. 선고 
2025두33014 판결 참조).
2) 구체적 판단
위 법리를 기초로 하여 이 부분에 관하여 보건대, 앞서 든 증거들과 갑 제7, 9호증, 
을 제6 내지 9호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 
사정에 비추어 보면, 피고가 원고에게 과세전적부심사 청구기회를 부여하지 않은 채 
이 사건 처분에 나아간 데에는 절차적 위법이 있는 반면, 피고가 제출한 증거들만으로 
과세관청의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 부과제척기간의 만료 전까지 과세전적부
심사를 거칠 시간적 여유가 없게 되었다는 등의 정당한 사유를 인정하기 부족하고 달
리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이 사건 처분은 위법하다.
가) 쟁점 소득에 대한 부과제척기간은 2018년 귀속 종합소득세 과세표준 신고기한
인 2019. 5. 31.의 다음 날인 2019. 6. 1.부터 5년이 경과한 2024. 5. 31. 만료된다. 그
런데 피고는 원고에게 2024. 4. 17. 과세예고통지를 하고, 그다음 날 이 사건 처분을 
함으로써 원고로부터 과세전적부심사 청구기회를 박탈하였다. 그렇다면 이 사건 처분
이 적법하기 위해서는 위와 같이 과세전적부심사를 거치지 않은 것이 구 국세기본법 
제81조의15 제3항 제3호의 예외사유에 해당하여야 하고, 이에 관하여 과세관청의 귀책
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사유 없이 부득이한 사정으로 부과제척기간의 만료일이 임박하게 되었으며, 이로 인하
여 부과제척기간의 만료 전까지 과세전적부심사를 거칠 시간적 여유가 없게 되었다는 
등의 정당한 사유가 과세관청에 의하여 증명되어야 한다.
나) 국세청은 2023. 10. 16.부터 2023. 11. 3.까지 서울지방국세청에 대한 종합감사
를 실시하였고, 피고는 위 감사과정 또는 감사준비과정에서 쟁점 소득으로 인한 원고
의 소득금액 과소신고사항을 파악한 것으로 보인다. 국세청은 2024. 3. 29. 피고에게 
부과제척기간 만료가 임박한 건에 대해서는 즉시 처리하라는 취지의 ‘감사 결과 현지
시정 및 권고사항 통보’를 하였고, 피고는 그로부터 약 3주 후 과세예고통지 및 이 사
건 처분을 하였다.
다) 피고는 위 종합감사 실시일 직후인 2023. 10. 17. 원고에게 쟁점 소득 등이 사
업소득에 해당함에도 원고가 이를 기타소득으로 신고함으로써 소득금액을 과소하게 신
고하였다는 이유로 2023. 10. 23.까지 당초 기타소득으로 신고한 것이 적정함을 입증할 
수 있는 자료를 해명자료로 제출하라는 요구를 하였다. 이에 원고는 위 기간 내에 관
련 해명자료를 제출하였으나, 피고의 담당 공무원은 원고에게 그 해명자료만으로 쟁점 
소득을 기타소득으로 볼 수 없다는 취지의 내용을 구두로 통보한 것으로 보인다(피고 
역시 이 부분에 관하여는 다투지 않고 있다).
라) 그렇다면 피고는 적어도 위 해명자료 제출 기간의 종기인 2023. 10. 23.경에 
쟁점 소득의 소득 분류를 파악한 것으로 보이는데, 위와 같은 종합감사를 거쳐 이 사
건 처분에 이르기까지 피고가 소득 분류에 관하여 위와 같은 파악내용을 바꾸어 이 사
건 처분을 하는데 직간접적인 영향을 줄 만한 추가적인 사실관계를 확인하였다거나 다
른 과세자료를 발견하였다고 볼 정황은 보이지 않는다. 또한 원고가 납세의무를 회피
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하기 위한 적극적인 조작이나 은폐를 시도한 정황 역시 찾아볼 수 없다.
마) 한편 피고는 위 종합감사와 관련하여 2024. 1. 9. 질문서를 발부하였고, 이에 
대한 답변서를 제출받은 후 2024. 3. 28. 국세청 양정위원회의 심의를 거치는 등 감사
절차를 거쳐 이 사건 처분을 하였을 뿐, 쟁점 소득에 관한 건을 고의로 장기간 방치하
거나 지연하지 않았다고 주장한다. 그러나 피고의 주장 및 제출증거들에 의하더라도 
위와 같은 과정을 통해 이 사건 처분에 관하여 어떤 사항을 검토하였는지 알 수 없을 
뿐만 아니라, 이와 같은 감사과정은 어디까지나 피고 내부의 조직적·행정적 사정에 불
과하여 그러한 내부적 사정에 따라 과세전적부심사라는 절차상의 권리구제 기회 부여 
여부가 달라진다는 것은 과세전적부심사 절차를 둔 법령의 취지에 비추어 불합리하다.
바) 결국 피고는 위 해명자료 제출 기간의 종기인 2023. 10. 23.부터 이 사건 처분
일인 2024. 4. 18.까지 약 6개월 동안 단순히 내부적으로 종합감사가 진행 중인 이유만
으로 이 사건 처분을 하지 않은 것으로 보이는데, 이는 부과제척기간의 만료 전까지 
과세전적부심사를 거칠 시간적 여유가 없게 되었다는 등에 관한 정당한 사유로 보기 
어렵고, 그 외 추가로 고려할 만한 사정도 존재하지 않는다.
라. 소결
그렇다면 원고의 나머지 주장에 관하여 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이 사건 처분은 
위법하여 취소되어야 한다. 따라서 원고의 주장은 이유 있다.
3. 결론
원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
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[별지]
관계 법령
■ 구 국세기본법(2024. 12. 31. 법률 제20611호로 개정되기 전의 것)
제81조의15(과세전적부심사)
① 세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내
용을 서면으로 통지(이하 이 조에서 "과세예고통지"라 한다)하여야 한다.
1. 세무서 또는 지방국세청에 대한 지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하
는 경우를 포함한다)에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우
2. 세무조사에서 확인된 것으로 조사대상자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지 확인조사에 따라 세무서
장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우
3. 납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우. 다만, 「감사원법」 제33조에 따른 시정요구에 따라 
세무서장 또는 지방국세청장이 과세처분하는 경우로서 시정요구 전에 과세처분 대상자가 감사원의 
지적사항에 대한 소명안내를 받은 경우는 제외한다.
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 
세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 "과세전적부심사"
(과세전적부심사)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하
여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청
구할 수 있다.
1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지
2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지
③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다. 
1. 「국세징수법」 제9조에 규정된 납부기한 전 징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 
사유가 있는 경우
2. 「조세범 처벌법」 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우. 다만, 고발 또는 통고처분과 관련 없는 
세목 또는 세액에 대해서는 그러하지 아니하다.
3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개
월 이하인 경우
4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우
■ 구 소득세법(2018. 12. 31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것)
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제19조(사업소득)
① 사업소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. 
21. 제1호부터 제20호까지의 규정에 따른 소득과 유사한 소득으로서 영리를 목적으로 자기의 계산과 
책임 하에 계속적·반복적으로 행하는 활동을 통하여 얻는 소득
제21조(기타소득)
① 기타소득은 이자소득·배당소득·사업소득·근로소득·연금소득·퇴직소득 및 양도소득 외의 소득으로서 
다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
19. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 인적용역(제15호부터 제17호까지의 규정을 적용받는 용역은 제
외한다)을 일시적으로 제공하고 받는 대가
다. 변호사, 공인회계사, 세무사, 건축사, 측량사, 변리사, 그 밖에 전문적 지식 또는 특별한 기능을 가
진 자가 그 지식 또는 기능을 활용하여 보수 또는 그 밖의 대가를 받고 제공하는 용역
끝.