[행정 판결문] 서울행정법원 2021구합50246 - 참여제한 처분 취소

 

[행정] 서울행정법원 2021구합50246 - 참여제한 처분 취소.pdf

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- 1 -
서 울 행 정 법 원
제 5 부
판 결
사 건 2021구합50246 참여제한 처분 취소
원 고
피 고 교육부장관
변 론 종 결 2022. 4. 21.
판 결 선 고 2022. 5. 12.
주 문
1. 피고가 2020. 10. 13. 원고에게 한 [별지1] 목록 제1항 내지 제3항 기재 각 처분을 
취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다.
청 구 취 지
주문과 같다.
이 유
1. 처분의 경위
- 2 -
가. 원고는 2012. 3. 1. A대학교 식물자원학과 교수로 임용되어 재직 중인 사람으로, 
2015. 6. 1.부터 2018. 12. 31.까지 피고가 연구비를 지원하는 ‘산학협력 선도대학 육성
사업(LINC)’ 및 ‘사회맞춤형 산학협력 선도대학 육성사업(LINC+)’의 일환으로 추진한 
아래 <표1> 순번 ① ~ ③ 기재 각 산학공동기술개발과제의 연구책임자로 참여하여 이
를 수행하였다(이하 개별과제를 지칭할 때는 ‘①과제’, ‘②과제’, ‘③과제’로 약칭하고, 
통틀어 ‘이 사건 각 과제’라 한다). 
나. 피고는, 원고가 학생연구원에게 지급된 인건비를 돌려받아 공동관리(유용)하는 방
법으로 연구비를 용도 외로 사용하였다는 이유로 감사를 진행하였고, 그 결과 이 사건 
각 과제를 포함하여 원고가 수행한 50여 개의 연구과제들(전체 연구비 약 25억 5,693
만 원)과 관련하여 2013. 3.경부터 2019. 4.경까지 12명의 학생연구원들에게 지급된 인
건비 789,385,165원 중 총 241,836,361원(이하 ‘이 사건 공동관리금’이라 한다)을 돌려
받아 학생연구원 등록금, 연구실 운영비 등으로 161,798,002원을 사용하고, 나머지는 알 
수 없는 용도에 사용하거나 현금(1,876만 원)으로 보관한 사실을 확인하였다. 
다. 이에 피고는 2020. 10. 13. 위와 같은 용도 외 사용금을 연구과제별로 안분하여 
이 사건 각 과제와 관련해서는 책임연구자인 원고 및 A대학교 산합협력단에 대하여 
순
번
과제명
협약기간
(연구개발사업비)
협약체결일
① “혼합 미생물 균주의 잡초 종자 발아 억제 효과”
2015. 6. 1. ~ 2015. 12. 31.
(22,000,000원)
2015. 6. 23.
②
“천연자원인 초두구로부터 탐색한 환경친화적 살
충제 제조방법”
2016. 6. 1. ~ 2016. 12. 31.
(44,000,000원)
2016. 6. 13.
③ “친환경 작물보호제 개발”
2018. 7. 10. ~ 2018. 12. 31.
(22,000,000원)
2018. 7.경
<표1> 
- 3 -
아래 <표2> 기재와 같은 내용의 각 참여제한 처분, 연구비 환수 및 제재부가금 처분을 
하였다(위와 같은 각 처분 중 원고에 대한 각 참여제한 처분만을 통틀어 ‘이 사건 처
분’이라 한다). 
(표 – 생략)
라. 한편, 원고는 ① 그 참여제한기간을 2020. 10. 13.부터 2033. 10. 12.까지로 예정
하고 있는 이 사건 처분 외에도, 이 사건 공동관리금 운영과 관련한 제재조치로서 아
래 <표3> 기재와 같이, ② 과학기술정보통신부장관(이하 ‘과기부장관’이라 한다)으로부
터 4건의 연구과제와 관련한 합계 14년의 참여제한 처분(순번1~4), ③ 피고로부터 2건
의 연구과제와 관련한 합계 8년의 참여제한 처분(순번5, 6)을 받았으나, 이에 대한 제
소기간을 준수하지 못함에 따라 위 총 22년의 참여제한 처분(제재기간 2033. 10. 13.부
터 2055. 10. 12.까지)에 대하여는 불가쟁력이 발생하였다. 또한 원고는, ④ 농촌진흥청
장으로부터 10건의 연구과제와 관련한 합계 29년의 참여제한 처분을 받았으나, 이에 
대한 제소기간 내에 그 취소를 구하는 소를 제기하였고(서울행정법원 2021구합62164), 
2022. 4. 15. 위 법원으로부터 원고의 청구를 받아들여 농촌진흥청장의 처분을 취소한
다는 판결을 선고받았다. 
순
번
처분청 과제명/수행기간
참여제한
기간
제재기간
1
과기부
장관
(②)
시험·연구용 LMO 환경방출실험 시설 안전관리 가이드라인 
개발 (2013. 5. 1.~2016. 2. 29.)
3년
2033. 10. 13.
~2036. 10. 12.
2
시험·연구용 LMO 포장시험 안전관리 가이드라인 개발
(2014. 3. 1.~2015. 2. 28.)
3년
2036. 10. 13.
~2039. 10. 12.
3
시험·연구용 LMO 환경방출실험 시설 안전관리 가이드라인 
개발 (2015. 3. 1.~2016. 2. 29.)
3년
2039. 10. 13.
~2042. 10. 12.
4 LMO 연구시설의 생물학적 위해요인 분석 5년 2042. 10. 13.
<표3> 
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[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7, 11 내지 14호증(가지번호 있는 것은 각 
가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 처분의 적법 여부
가. 원고의 주장
이 사건 처분은 다음과 같은 이유로 비례원칙 등에 위배되고 재량권을 일탈·남용하
여 위법하다. 
1) 피고는 일정기간 이루어진 인건비의 공동관리를 통한 ‘연구비의 용도 외 사용’이
라는 동일한 사실관계를 원인으로 총 13년의 참여제한 처분을 하였고, 현재 제소기간
이 도과된 22년의 참여제한 처분까지 고려하면 총 35년의 참여제한을 받게 되어 지나
치게 장기간이므로 처분의 상한을 5년 또는 10년으로 규정한 것과는 배치된다. 
2) 원고는 이 사건 공동관리금을 학생들의 식비, 연구실 경비 등 용도로 사용하였을 
뿐 사적 용도로 유용하지 아니하였고, 전체 연구비 대비 이 사건 공동관리금 중 용도 
외 사용금액의 비율은 각 과제별로 ‘과제① 5.4%’, ‘과제② 19.2%’, ‘과제③ 9.3%’에 불
과하다. 
3) 구 과학기술기본법을 대체하여 신설된 국가연구개발혁신법 시행령 [별표6]의 새로
운 처분기준에서는 둘 이상의 위반행위가 서로 다른 연구개발과제에서 발생한 경우에
(2016. 5. 10.~2016. 12. 31.) ~2047. 10. 12.
5
피고
(③)
Acetolactate synthase(ALS) 저해 제초제 저항성 잡초 분포조사 
및 ALS 효소 검정법을 이용한 조기판별 진단키트 개발
(2013. 6. 1.~2016. 5. 31.)
3년
2047. 10. 13.
~2050. 10. 12.
6
미생물 대사체 기반 친환경 제초제 개발
(2018. 6. 1.~2020. 2. 29.)
5년
2050. 10. 13.
~2055. 10. 12.
합계 22년
2033. 10. 13.
~2055. 10. 12.
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도 과제별로 산출된 참여제한기간을 모두 합산하여 1건의 참여제한 처분을 하되 법정
상한인 10년을 넘지 않도록 규정하는바, 이는 기존의 참여제한기준과 방식이 지나치게 
가혹하여 위법하다는 인식에서 비롯되었음을 알 수 있다. 
나. 판단
1) 제재적 행정처분이 사회통념상 재량권의 범위를 일탈하였거나 남용하였는지는 처
분사유로 된 위반행위의 내용과 그 처분행위에 의하여 달성하려는 공익 목적 및 이에 
따르는 여러 사정 등을 객관적으로 심리하여 공익 침해의 정도와 그 처분으로 개인이 
입게 될 불이익을 비교·형량하여 판단하여야 한다(대법원 2007. 7. 19. 선고 2006두
19297 전원합의체 판결, 대법원 2020. 1. 16. 선고 2018두56237 판결 등 참조).
2) 구 과학기술기본법(2015. 12. 22. 법률 제13578호로 개정되기 전의 것) 제11조의2 
제1항은 5년(③과제의 경우 2020. 6. 9. 법률 제17343호로 개정된 구 과학기술기본법
에 따라 과거 동일한 참여제한 사유로 다른 국가연구개발사업 과제에서 참여를 제한받
은 자에 대하여는 10년)의 범위에서 참여제한을 할 수 있도록 규정하고, 제9항에서 참
여제한기간에 대한 구체적인 기준 등 필요한 사항을 대통령령으로 정하도록 위임하고 
있다. 
① 이에 따라 구 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정(2015. 8. 24. 대통령령 
제26500호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 연구사업관리규정’이라 한다) 제27조 제1항 
제5호는 (가)목 내지 (다)목에서 ‘연구개발비를 용도 외에 사용한 경우’를 용도 외 사용
금액의 비율에 따라 20% 이하인 경우 3년 이내, 20~30% 이하인 경우 4년 이내, 30% 
초과인 경우 5년 이내로 규정하고 있었는데, 2015. 8. 24. 대통령령 제26500호로 개정
되면서(이하 ‘2015년도 개정’이라 한다) 제27조 제1항 제5호에 (라)목을 추가하여 ‘학생
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인건비가 포함된 경우에는 5년’으로 일률적인 참여제한기간을 정하게 되었다. 또한 그 
부칙(대통령령 제26500호, 2015. 8. 24.) 제5조는 ‘위 (라)목의 개정규정은 2015. 8. 24. 
시행일 이후 협약을 체결하는 연구개발과제에 참여한 기관, 단체, 기업, 연구책임자 등
부터 적용한다’는 경과규정을 두었다. 
② 한편, 구 연구사업관리규정 제27조는 제2항에서 ‘하나의 연구개발과제에 대하여 
제1항 각 호의 사항 중 둘 이상에 해당하는 경우에는 5년까지 참여제한기간을 합산할 
수 있다’, 제3항에서 ‘둘 이상의 연구개발과제를 수행하던 중 하나의 연구개발과제로 
인하여 참여제한을 받은 자에 대하여 다른 연구개발과제로 인하여 다시 참여제한을 하
는 경우 그 기간의 기산일은 진행 중인 참여제한기간이 종료되는 날의 다음 날로 하여
야 한다’고 직접 규정하고 있었다.
③ 그런데 그 후 2016. 7. 22. 대통령령 제27369호로 개정된 구 연구사업관리규정
(이하 ‘2016년도 개정규정’이라 한다)은 제27조 제1항 본문의 내용을 ‘법 제11조의2 제
1항에 따른 참여제한기간은 [별표4의2]와 같다’고 변경하면서, 제27조 제2항 및 제3항
을 삭제하는 한편, [별표4의2]를 신설하여 제1호 (가)목에서 ‘하나의 연구개발과제’에 
대한 참여제한기간의 한도를 5년(과거 동일 사유로 참여제한을 받은 경력이 있는 경우 
10년)으로 정하고, 제2호 (나)목에서 참여제한 처분의 누적회수에 따라 제재기준을 정
하면서 2)의 라)에서 학생인건비가 포함된 경우의 처분기준을 “1회 위반 시 5년, 2회 
위반 시 7년 6개월, 3회 위반 시 10년”으로 각각 정하고 있는바, ‘학생인건비’를 포함
한 연구비의 용도외 사용에 대하여 1회차 제재기준의 상한을 ‘5년’으로 규정하였다. 
④ 2016년도 개정규정에서 신설된 [별표4의2] 제1호 (다)목은 ‘둘 이상의 연구개발
과제를 수행하던 중 하나의 연구개발과제로 인하여 제2호에 따라 참여제한을 받은 자
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에 대하여 다른 하나의 연구개발과제로 인하여 다시 참여제한을 하는 경우 그 참여제
한기간의 기산일은 진행 중인 참여제한기간이 끝나는 날의 다음 날로 한다.”고 규정하
는 한편, 두 개 이상의 법 위반행위에 대한 기타 규정은 별도로 두고 있지 아니하다. 
⑤ 이러한 2016년도 개정규정 부칙(대통령령 제27369호, 2016. 7. 22.) 제2조, 제3
조에서는 ‘제27조 제1항부터 제3항까지 및 [별표4의2] 개정규정은 시행일인 2016. 7. 
22. 이후 협약이 체결되는 국가연구개발사업부터 적용’하되, 그 ‘시행 전에 협약이 체결
된 국가연구개발사업에서 받은 참여제한은 [별표4의2]의 개정규정에 따른 참여제한의 
누적 횟수 산정에 포함하지 아니한다’는 경과규정을 두고 있다. 
3) 위와 같은 규정들을 종합하면, ‘여러 개의 국가연구개발사업’에 대하여 각각 ‘연구
비 용도외 사용(인건비 포함)’으로 인한 참여제한 처분을 하는 경우 각 사업별로 협약
체결일을 기준으로 적용법령과 제재조치의 상한이 달라진다. 즉, 2015. 8. 24. 시행일 
이전에 협약이 체결된 ①과제의 경우 2015년도 개정규정 제27조 제1항 제5호 (라)목의 
적용이 배제되므로 용도 외 사용금액의 비율에 따른 ‘상한 3년’ 이내의, ②과제의 경우 
2016년도 개정규정 시행일인 2016. 7. 22. 이전에 협약이 체결되어 그 적용이 배제되
고 2015년도 개정규정 제27조 제1항 제5호 (라)목이 적용되므로 ‘상한 5년’ 이내의, ③
과제의 경우 구 연구사업관리규정(2021. 1. 1. 대통령령 제31297호로 폐지되기 전의 
것) 제27조 제1항, [별표4의2]에 따라 ‘상한 5년’ 이내의 참여제한 처분을 각각 할 수 
있다고 해석할 수 있으므로, 합계 13년이 이 사건 각 과제에 대한 참여제한 처분의 상
한이 된다. 
그러나 이러한 해석에 따라 그 상한이 늘어날 수는 있다고 하더라도, 제제적 행정
처분에 해당하는 참여제한 처분의 특성상 개별 과제의 성격과 내용, 위반행위의 성격
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과 내용, 부과된 개별과제와 위반행위 사이의 관련성과 밀접성의 강약, 위반행위자의 
귀책사유와 인식의 정도, 다른 형태의 참여제한 처분 양정 수준과의 형평 등 제반사정
을 종합적으로 고려하여 병산된 최종적 처분의 양정을 정하여야 한다고 봄이 타당하
다. 나아가 여러 개의 과제를 수행하는 경우 사실상 무한정으로 제재기간이 병산될 여
지가 크므로 과잉금지원칙 내지 형평의 원칙에 위배되지 않도록 이러한 병산과 관련한 
참여제한 처분 양정 재량권을 행사함에 있어서는 신중을 기하여야 한다.
4) 이러한 법리에 비추어 앞서 본 사실과 증거들의 각 기재에 변론 전체의 취지를 
더하여 알 수 있는 아래와 같은 사정을 종합하여 보면, 이 사건 처분을 통해 얻게 될 
공익보다 원고가 입게 될 불이익이 지나치게 크고, 그 결과가 처분사유인 위반행위의 
내용 및 관계 법령의 규정과 취지에 비추어 현저히 부당한 경우에 해당하므로, 이 사
건 처분은 비례의 원칙을 위반하여 재량권을 일탈하거나 남용한 것으로서 위법하다.
가) 피고가 구 과학기술기본법에 따라 과학기술에 관한 연구·학술활동을 지원하기 
위하여 대학, 연구기관, 학술단체 또는 연구자에게 지급하는 국가연구개발사업 과제 사
업비는 궁극적으로 과학기술을 혁신하고 국가경쟁력을 강화함으로써 국민경제의 발전
을 도모하며 나아가 국민의 삶의 질을 높이기 위한 것으로서 그 지급 목적과 용도에 
따라 적정하게 지출되도록 할 공익이 크다. 그러나 구 과학기술기본법 제11조의2 제1
항에 따른 참여제한 처분은 역량 있는 주관 연구기관 또는 연구책임자를 일정 기간 국
가연구개발사업에서 배제하는 행정처분으로서, 그 적극적 활용이 오히려 구 과학기술
기본법의 궁극적인 목적을 저해할 우려도 있으므로 참여제한 여부 및 그 기간 등을 정
함에 있어서는 행정청의 신중한 판단이 요구된다.
나) 구 과학기술기본법 및 구 연구사업관리규정에서 학생인건비의 공동관리를 금지
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하고 보다 엄격히 제재하는 취지는 교수가 우월한 지위에서 학생인건비를 공동관리하
고 이를 다른 용도로 전용함으로써 학생들에게 지급되어야 하는 인건비를 본래의 용도
로 사용하지 아니하여 학생연구원의 최소한의 경제적 기반을 무너뜨리고 연구의욕을 
저하시키는 것을 방지하는 데에 있다. 그런데 이 사건 처분의 사유가 된 공동관리금액
은 대부분 학생연구원의 인건비나 등록금, 연구실의 통상의 운영경비 등 연구실 소속 
전체 학생들을 위하여 사용된 것으로 보인다. 여기에 원고가 공동관리계좌 운영을 통
하여 학생인건비를 유용하는 등 개인적 용도로 사용한 흔적은 보이지 않는 점, 이 사
건 각 과제의 총 학생인건비의 규모와 그중 공동관리금액의 비율 등을 종합해 보면, 
이 사건 공동관리계좌의 운영에 의하여 위 각 법령에서 학생인건비의 공동관리를 금지
하는 공익 목적을 침해하는 정도나 그 위법성의 정도가 높다고 보기는 어렵다. 특히 
그 위반행위에 대한 비난가능성이나 비도덕성의 정도가 도합 13년간의 참여제한을 받
아야 할 정도에 이르렀다고는 보기 어렵고, 불가쟁력이 발생한 참여제한 처분 22년과 
취소판결이 선고되기는 하였지만 29년의 참여제한 처분이 별도로 있다는 사정까지 고
려하면, 일정기간 계속되어 온 약 2억 4,000만 원 가량의 이 사건 공동관리금에 대한 
부적절한 운영 사실 하나로 최대 64년간의 국가연구개발사업에 대한 참여를 제한한다
는 것은 지나치게 균형을 상실한 제재인 것으로 볼 수 있다.
다) 한편, 원고가 공동관리계좌 조성 및 사용에 구체적, 적극적으로 관여하지는 않은 
것으로 보이는 점, 학생연구원들이 공동관리계좌 운영에 관하여 원고에게 이의를 제기
한 사정은 엿보이지 않는 점, 원고가 위 공동관리금액으로부터 사적 이익을 취한 것은 
확인되지 아니하고, 그럼에도 원고가 이 사건 처분으로 인한 사업비를 반환한 점도 원
고에 대한 개인적 비난가능성이 크지 아니한 점과 더불어 이익형량에 있어 고려되어야 
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할 사정으로 판단된다.
라) 이상의 사정들을 종합하여 보면, 원고에 대하여 합계 13년의 참여제한 처분을 
하는 것은 지나치게 가혹하므로, 결국 이 사건 처분은 공익과 사익의 형량을 현저하게 
그르친 것으로서 비례원칙을 위반하였다고 봄이 타당하다.
5) 따라서 이 사건 처분은 재량권을 일탈·남용하여 위법하므로 취소되어야 한다. 이 
점을 지적하는 원고의 주장은 이유 있고, 피고의 주장은 이유 없다.
3. 결론
그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 
판결한다. 
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[별지1]
목 록
가. ‘혼합 미생물 균주의 잡초 종자 발아 억제 효과’ 과제를 원인으로 한 3년의 참여
제한 처분
나. ‘천연자원인 초두구로부터 탐색한 환경친화적 살충제 제조방법’ 과제를 원인으로 
한 5년의 참여제한 처분
다. ‘친환경 작물보호제 개발’ 과제를 원인으로 한 5년의 참여제한 처분. 
끝.