[행정 판결문] 서울행정법원 2025구합53205 - 손실보상정산결정 취소 청구의 소

 

[행정] 서울행정법원 2025구합53205 - 손실보상정산결정 취소 청구의 소.pdf

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서 울 행 정 법 원
제 1 4 부
판 결
사 건 2025구합53205 손실보상정산결정 취소 청구의 소
원 고 의료법인 A
피 고 보건복지부장관
변 론 종 결 2025. 12. 18.
판 결 선 고 2026. 1. 29.
주 문
1. 피고가 2024. 12. 31. 원고에게 한 손실보상금 정산결정을 모두 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다. 
청 구 취 지
주문과 같다.
이 유
1. 처분의 경위
가. 원고는 서울에서 ‘B요양병원’과 ‘C요양병원’(2023년경 명칭을 ‘D병원’으로 변경하
였으나 변경 전․후를 구분하지 않고 ‘C요양병원’으로 지칭하며, B요양병원과 통틀어 
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‘이 사건 각 요양병원’이라 한다)을 개설․운영하는 의료법인이다.
나. 서울특별시장은 ｢감염병의 예방 및 관리에 관한 법률｣(약칭: 감염병예방법) 제37
조 제1항 제1호에 따라 20**. **. **. B요양병원을, 20**. **. **. C요양병원을 감염병
관리기관(감염병전담병원)으로 지정하였다. 그에 따라 기존 입원환자를 모두 다른 의료
기관으로 내보내고, B요양병원은 20**. **. *.부터, C요양병원은 20**. *. **.부터 감염
병전담병원으로서 운영을 개시하였고, 이후 서울특별시장은 20**. *. **. 이 사건 각 
요양병원을 감염병관리기관(감염병전담병원)에서 지정 해제하였다. 
다. 피고는 감염병예방법 제70조 제1항 제1호에 따라 감염병관리기관의 지정․운용
으로 발생한 손실을 보상해야 하는데, 코로나19 대유행의 장기화로 인한 의료기관의 
경영상 어려움을 해소하기 위해 손실보상금 중 일부를 개산급(槪算給) 형식으로 조기 
지급하였다. 이에 따라 원고는 2023. 4.경까지 B요양병원에 관하여 5,122,188,650원(= 
미사용병상 손실 3,836,404,940원 + 회복기간 손실 1,285,783,710원), C요양병원에 관하
여 5,366,172,600원(= 미사용병상 손실 3,181,967,880원 + 회복기간 손실 2,184,204,720
원)의 개산급을 지급받았다. 
라. 피고는 의료기관에 관한 손실보상 절차를 마무리하고자 그동안 개산급 형식으로 
지급하던 손실보상금에 관한 정산신청을 안내하였으나 원고는 신청을 하지 않았다. 피
고는 직권으로 원고의 손실보상금 정산을 하였는데, 그 과정에서 ｢코로나19 손실보상 
업무안내(11판)｣(2022. 11. 1. 개정된 것, 이하 ‘이 사건 지침’이라 한다)를 적용하여 ‘이 
사건 각 요양병원의 의사 수가 감염병전담병원 지정 전보다 20% 이상 감소하였고, C
요양병원의 경우 평균진료비감소율이 더 높게 산정되어야 한다’는 이유로 회복기간 손
실보상금을 아래와 같이 정산하였다. 
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마. 이를 바탕으로 피고는 2024. 12. 31. 원고에게 ‘B요양병원의 최종 손실보상금은 
5,019,747,246원(= 미사용병상 손실 3,799,717,395원 + 회복기간 손실 1,220,029,851
원), C요양병원의 최종 손실보상금은 5,280,800,108원(= 미사용병상 손실 3,181,967,898원 
+ 회복기간 손실 2,098,832,210원)이므로, 이미 지급한 개산급과의 차액인 102,441,400
원(B요양병원)과 85,372,490원(C요양병원)을 반환할 의무가 있다’는 결정을 통지하였다
(이하 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다). 
[인정근거] 갑 제3, 4호증, 을 제1, 2, 6호증, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 위법 여부
가. 손실보상금 산정 방식 및 이 사건의 쟁점
1) 감염병예방법에 의하면, 피고는 감염병관리기관 운영자에게 손실보상심의위원회
의 심의ㆍ의결에 따라 감염병관리기관의 설치ㆍ운영으로 발생한 손실을 보상하여야 하
고(제70조 제1항 제1호), 보상의 대상ㆍ범위와 보상액의 산정 등에 관하여 필요한 사항
은 대통령령으로 정한다(제70조 제4항). 그 위임에 따른 감염병예방법 시행령 제28조 
제1항 [별표2의2]에 의하면, 감염병관리기관의 지정ㆍ운영으로 발생한 손실보상의 대상
으로는 감염병관리시설의 설치ㆍ운영으로 발생하는 비용(제1호 가.목), 감염병환자, 감
염병의사환자 등의 치료ㆍ진료ㆍ격리로 시설ㆍ장비ㆍ인력 등을 원래의 목적대로 사용
하지 못하게 되는 경우 발생하는 비용(제1호 나.목)이 있고, 그에 따른 손실보상의 대
개산급 최종정산 차액
B요양병원 1,285,783,710원 1,220,029,851원 -65,753,859원
C요양병원 2,184,204,720원 2,098,832,210원 -85,372,510원
비실명화로 생략
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상 및 범위에 관한 세부사항은 피고가 정하여 고시하여야 한다(비고).
2) 그런데 피고는 위 법령의 위임에 따른 고시를 제정․공포하지 않았고, 대신 이 
사건 지침을 마련하였다. 이 사건 지침에 의하면 감염병전담병원에 관한 손실보상금은 
① 시설철거비 등의 직접비용, ② 미사용병상 손실 등의 기회비용, ③ 코로나19에 적극 
대응한 점을 고려한 추가보상으로 나뉜다. 그중 추가보상에는 감염병전담병원 지정 해
제 후 일정한 회복기간 동안의 진료비 손실을 보상하는 ‘회복기간 손실보상’이 있는데, 
2022. 11. 1. 개정된 이 사건 지침에서 정한 회복기간 손실보상금의 산정방식은 아래와 
같다. 
④ 회복기간 손실: 전담병원 운영 종료 후 회복기간(최대 12개월) 동안의 진료비 손실
= [기대진료비(1일당 진료비) × 회복기간 × (1 – 의료기관의 평균 진료비 감소율)] 
- 회복기간의 실제진료비
[세부산식]
◆ 기대진료비(1일당 진료비, 2022년) = (ⓐ 급여진료비 + ⓑ 비급여진료비) 
÷ ⓒ 연간평균 영업일수
ⓐ 급여진료비 = 2021년도 급여 심사결정액 × (1 + 2020년도 종별 환산지수 증가율) 
× (1 + 2022년도 종별 환산지수 증가율), 2021. 11. 이후 신규 유입
된 치료의료기관 기준
ⓑ 비급여진료비 = (ⓐ 급여진료비 ÷ 2019년도 요양기관 종별 보장률) - ⓐ 급여진료비
ⓒ 연간 영업일수 = 365일
◆ 평균 진료비 감소율 = (1일당 진료비×월별 일수–월별 실제진료비)÷1일당 진료비×월별 일수
(피고는 원고에 대한 평균 진료비 감소율을 ‘요양병원 평균 진료비 감소율’로 적용)
◆ 회복기간 산출기준
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3) 그런데 회복기간 손실에 관한 이 사건 지침 중 ‘진료 규모 변동이 큰 경우 기대진
료비 감액조정’ 부분(위 상자의 밑줄 부분, 이하 ‘이 사건 감액조항’이라 한다)은 이 사
건 각 요양병원이 감염병전담병원에서 지정 해제된 이후인 2022. 11. 1.에야 개정을 통
해 비로소 이 사건 지침에 포함된 것이다. B요양병원의 의사 수는 감염병전담병원 지
정 전 4명이었으나, 지정 해제 후 6개월 간 2명으로 50% 감소하였고, C요양병원의 의
사 수도 지정 전 5명이었으나, 지정 해제 후 6개월 간 2∼4명으로 20∼60% 감소하였
다. 피고는 이 사건 감액조항을 적용한 후 의사 수 감소에 비례하여 아래와 같이 이 
사건 각 요양병원의 기대진료비(1일당 진료비)를 대폭 감액하였고(다만 지정 해제 후 2
개월간은 이 사건 감액조항의 적용을 유예하였다), 그에 따라 회복기간 손실보상금 역
시 크게 감액되었다. 
- 병상소개율: (확보병상 + 소개병상) ÷ 신고병상(허가병상), 전담병원 운영 기간 평균 
병상소개율 적용
- 운영일수: 지정일∼해제 전일 기준
◆ 진료 규모 변동이 큰 경우 기대진료비(1일당 진료비) 감액조정
- 의사 수가 전담병원 지정 전과 비교하여 20% 이상 감소한 경우, 의사 수 감소 비율에 
비례하게 해당 월에 즉시 기대진료비 감액 조정 
- 다만, 짧은 사전 예고로 지정 해제된 경우 2개월 경과 후 적용
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4) 이 사건의 쟁점은 이미 감영병전담병원에서 지정 해제가 이루어진 이 사건 각 요
양병원에 관하여 사후적으로 이 사건 지침을 불리하게 개정한 후, 원고에게 이 사건 
감액조항을 적용하여 회복기간 손실보상금을 감액하는 것이 소급입법 금지 원칙에 반
하는지 여부이다.
나. 관련 법리
1) 상위법령의 위임을 받아 행정청이 정한 훈령․예규․고시 등의 행정규칙[행정기
B요양병원
기준년월
의사수(명)
조정비율(%)
기대진료비(1일당 진료비, 원)
지정 전 평균 해제 후 월별 감액 전 감액 후
2022. 5. 4 2 유예 13,656,047
변동 없음2022. 6. 4 2 유예 13,651,161
2022. 7.
4 2 유예 13,738,652
4 2 50% 13,738,652 6,869,326
2022. 8. 4 2 50% 14,064,245 7,032,122
2022. 9. 4 2 50% 13,875,677 6,937,838
2022. 10. 4 2 50% 13,837,772 6,918,886
2022. 11. 4 2 50% 14,193,090 7,096,545
2022. 12. 4 2 50% 14,089,320 7,044,660
C요양병원
기준년월
의사수(명)
조정비율(%)
기대진료비(1일당 진료비, 원)
지정 전 평균 해제 후 월별 감액 전 감액 후
2022. 5. 5 2 유예 12,508,742
변동 없음2022. 6. 5 2 유예 12,504,267
2022. 7.
5 3 유예 12,584,407
5 3 37.5 12,584,407 7,865,255
2022. 8. 5 4 0 12,882,646
변동 없음
2022. 9. 5 4 0 12,709,920
2022. 10. 5 4 0 12,675,200
2022. 11. 5 4 0 13,000,667
2022. 12. 5 3 37.5 12,905,615 8,066,009
비실명화로 생략
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본법 제2조 제1호 가. 3) 참조]이 실질적으로 상위법령의 규정 내용을 보충하는 기능을 
할 때에는 이른바 ‘법령보충적 행정규칙’으로서 상위법령과 결합하여 대외적으로 구속
력을 가진다(대법원 2021. 2. 25. 선고 2019두53389 판결 등 참조). 다만, 이런 행정규
칙이 상위법령과 결합하여 대외적으로 구속력을 가지려면 수범자들이 그 내용을 인식
할 가능성이 있어야 하므로 반드시 관보․공보에 게시하는 방법으로 공포하여야 것은 
아니지만 최소한 적당한 방법으로 일반 공중 또는 일정한 수범자 집단에게 알리는 과
정을 거쳤어야 하며(대법원 1993. 11. 23. 선고 93도662 판결 등 참조), 대외적으로 알
리는 과정을 거치지 않았다면 그야말로 행정내부적 효력만 인정할 여지가 있을 따름이다.
이 사건 지침은 단지 안내책자(업무메뉴얼) 형태로 제작된 것으로서 감염병예방법 
시행령 [별표2의2] 비고 조항에서 정한 ‘고시’의 형식이 아닐 뿐만 아니라, 행정내부적
으로 배포하는 것에서 더 나아가 일반 공중 또는 일정한 수범자 집단에게도 배포하였
다는 점에 관한 아무런 주장․증명이 없으므로 대외적 구속력 있는 ‘법령보충적 행정
규칙’에 해당한다고 볼 수 없고, 단지 피고의 내부적 업무처리지침에 불과하다고 보아
야 한다.
상급행정기관이 소속 공무원이나 하급행정기관에 대하여 업무처리지침이나 법령의 
해석․적용 기준을 정해 주는 ‘행정규칙’은 일반적으로 행정조직 내부에서만 효력을 가
질 뿐 대외적으로 국민이나 법원을 구속하는 효력이 없다. 처분이 행정규칙을 위반하
였다고 해서 그러한 사정만으로 곧바로 위법하게 되는 것은 아니고, 행정규칙을 따른 
것이라고 해서 적법성이 보장되는 것도 아니다. 처분이 적법한지는 행정규칙에 적합한
지 여부가 아니라 상위법령의 규정과 입법목적 등에 적합한지 여부에 따라 판단해야 
한다(대법원 2019. 7. 11. 선고 2017두38874 판결 참조). 다만, 행정청이 처분에 적용
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한 기준 자체가 상위법령의 규정이나 신뢰보호의 원칙 등과 같은 법의 일반원칙을 위
반하였거나 객관적으로 합리성이 없다고 볼 수 있는 구체적인 사정이 있다면 해당 처
분은 위법하다고 평가할 수 있다(대법원 2020. 12. 24. 선고 2017두60178 판결 참조). 
2) 소급입법은 새로운 입법을 이미 종료된 사실관계 또는 법률관계에 적용하도록 하
는 진정 소급입법과, 현재 진행 중인 사실관계 또는 법률관계에 적용하게 하는 부진정 
소급입법으로 나눌 수 있다. 부진정 소급입법이 원칙적으로 허용되는 것과는 달리, 기
존의 법에 의하여 이미 형성된 개인의 법적 지위를 사후입법을 통하여 박탈하는 진정 
소급입법은 개인의 신뢰보호와 법적 안정성을 내용으로 하는 법치국가원리에 의하여 
허용되지 않는 것이 원칙이다(대법원 2020. 4. 29. 선고 2019두32696 판결 등 참조).
3) 공법상 급부청구권에 관한 논의에서는 추상적 권리와 구체적 권리의 단계를 구분
하여야 한다. 공법상 각종 급부청구권은 행정청의 심사ㆍ결정의 개입 없이 법령의 규
정에 의하여 직접 구체적인 권리가 발생하는 경우와 관할 행정청의 심사ㆍ인용결정에 
따라 비로소 구체적인 권리가 발생하는 경우로 나눌 수 있는데, 후자의 경우 관계 법
령에서 정한 실체법적 요건을 충족시키는 객관적 사정이 발생하면 추상적인 급부청구
권의 형태로 발생하고, 관계 법령에서 정한 절차ㆍ방법ㆍ기준에 따라 관할 행정청에 
지급 신청을 하여 관할 행정청이 지급결정을 하면 그때 비로소 구체적인 수급권으로 
전환된다. 전자의 경우에는 권리자가 행정청의 심사․결정절차를 거칠 필요 없이 또는 
거쳤더라도 행정청의 거부결정에 대하여 항고소송을 제기할 필요 없이 곧바로 공법상 
의무의 귀속주체인 국가나 지방자치단체 등을 상대로 손실보상금의 지급 등 공법상 의
무의 이행을 청구하는 당사자소송을 제기할 수 있는 반면, 후자의 경우에는 급부를 받
으려고 하는 사람은 우선 관계 법령에 따라 행정청에 그 지급을 신청하여 행정청이 거
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부하거나 일부 금액만 지급하는 결정을 하는 경우 그 결정에 대하여 항고소송을 제기
하여 취소 또는 무효확인 판결을 받아 그 기속력에 따른 재처분을 통하여 구체적인 권
리를 인정받아야 하고, 구체적인 권리가 발생하지 않은 상태에서 곧바로 행정청이 속
한 국가나 지방자치단체 등을 상대로 한 당사자소송이나 민사소송으로 급부의 지급을 
소구하는 것은 허용되지 않는다(대법원 2021. 3. 18. 선고 2018두47264 전원합의체 판
결 참조). 
그런데 후자의 경우에 공법상 급부청구권의 행사에서는 추상적 권리 취득시점과 
급부신청시점, 구체적 권리 취득시점(즉, 행정청의 지급결정 시점) 사이에 불가피하게 
일정한 시간적 간격이 존재할 수밖에 없고, 그 사이에 법령이 개정된 경우에 어떤 법
령을 적용하여야 하는지가 문제될 수 있다. 여기에서 추상적 권리와 구체적 권리의 구
별은 권리행사의 절차와 쟁송의 방법에 관한 것일 뿐이며, 법률관계 자체는 관계 법령
의 규정에 따라 추상적 권리를 취득하는 시점에 규범적으로 성립하는 것이고 이후의 
행정절차는 그 내용을 구체적으로 확인하고 급부의 내용을 결정(금액을 계산)하기 위
한 과정일 뿐이므로, 진정 소급입법에 해당하는지의 판단에서 법률관계의 완성․종결 
여부는 구체적 권리를 취득하는 시점(즉, 행정청의 지급결정 시점)이 아니라 추상적 권
리를 취득하는 시점을 기준으로 판단하여야 한다. 
다. 쟁점에 관한 판단
갑 제1, 2, 12호증, 을 제3, 6, 17∼28호증 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있
는 사정들을 관련 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 각 요양병원의 회복기간 손실보상
금을 산정하면서 감염병전담병원 지정 해제 후에 추가한 이 사건 감액조항을 적용하는 
것은 이미 종료된 사실관계에 사후적으로 만든 이 사건 조항을 진정 소급적용하는 것
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으로서 허용될 수 없다고 보아야 한다. 그 구체적인 이유는 다음과 같다.
① 사전에 감염병관리기관으로 지정되지 않은 의료기관을 감염병 위기 시에 감염
병예방법 제37조 제1항 제1호에 따라 일정 기간 동안 감염병관리기관(감염병전담병원)
으로 지정하는 것은 위급한 상황에서 국가가 행정목적 달성을 위해 의료기관을 동원․
징발하는 것에 해당하고, 감염병예방법 제70조 제1항 제1호는 의료기관 운영자에게 그
에 따른 손실보상을 약속하였다. 감염병예방법 제70조 제4항, 시행령 제28조 제1항 [별
표2의2]는 손실보상의 대상․범위에 관한 기본적인 사항을 정하고 세부사항은 피고가 
정하여 ‘고시’하도록 위임하였다. 그런데 피고 산하의 ‘코로나19 중앙사고수습본부’에서 
손실보상심의위원회의 심의․의결을 거쳐 점차로 손실보상기준을 구체화하여 ‘코로나
19 거점전담병원 지원 안내 제○판’(갑 제1호증), 제○차 개산급 지급 안내문(갑 제2, 
12호증, 을 제19∼21, 24, 28호증), ‘코로나19 손실보상 업무 안내 제○판’(을 제3호증)
과 같은 문건들을 작성․배포하였다(이 사건 지침은 기본적으로 이것들을 정리․집대
성한 것이지만, 그 이전에는 없었던 이 사건 감액조항이 2022. 11. 1. 추가되었다). 
2020년부터 2022년까지 코로나19 대유행의 급박한 위기상황 속에서, 피고가 사전
에 손실보상기준을 완비하지 못하고 ‘고시’ 형식도 갖추지 못한 채, 개별 문건들을 통
해 점차로 손실보상기준을 구체화․발전시켜 나간 것은 부득이한 측면이 있었고 그 자
체를 위법한 행정이라고 평가하기는 어렵다. 그러나 국가가 행정목적 달성을 위해 의
료기관을 동원․징발하면서 손실보상을 약속하였다면, 법치국가원칙상 적어도 동원․
징발 당시, 즉 감염병전담병원 지정 당시에 공표한 손실보상기준에 따라 손실보상을 
해주어야 할 규범적 의무가 있다. 사전에 공표한 손실보상기준 중 경미한 사항을 변경
하거나 다소 불명확하고 추상적이었던 부분을 명확하게 하거나 구체화하는 정도를 뛰
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어넘어 사후적으로 감염병전담병원 운영자에게 불리하게 변경하는 것은 행정상대방의 
신뢰를 중대하게 침해하는 것이므로 국가가 파산 위기에 처했다는 등의 특별한 사정변
경이 발생한 경우가 아닌 한 허용될 수 없다(대법원 2020. 12. 24. 선고 2017두60178 
판결의 취지 참조).
② 의료기관이 감염병전담병원으로 지정될 경우 기존 입원환자를 모두 다른 의료
기관으로 내보내고 병상을 비워두어야 하고, 그 기간 동안 병상에 일반환자를 수용할 
수 없으며, 그에 따라 소속 의사 역시 종전과 동일한 수준의 진료를 할 수 없게 된다. 
이후 지정 해제가 이루어지더라도 즉시 병상수만큼의 일반환자가 입원하는 것은 아니
므로 병상에 종전처럼 일반환자를 수용하는 데까지는 상당한 기간이 소요되고, 특히 
감염병전담병원으로 장기간 전환운영 됨에 따라 근무하던 의사가 사직한 경우 의료기
관이 단기간에 그 대체인력을 확보하는 데도 어려움이 있다. 그 결과 의료기관은 지정 
해제 이후에도 상당 기간 진료 규모가 줄어들고 진료비 수입에 공백이 생길 수밖에 없
으므로, 회복기간 손실보상금은 감염병전담병원 지정 해제 이후 진료비 감소분을 일정 
기간 보전함으로써 감염병관리에 적극 협력한 의료기관의 경영상 불이익을 완화하는 
데 그 취지가 있다. 이러한 회복기간 손실보상금의 취지를 고려하면, 의료기관이 감염
병전담병원으로 지정되어 그 임무를 수행한 후 지정이 해제되었다면, 감염병예방법 시
행령 제28조의2 제1항 각 호에서 정한 특별한 사정이 없는 한 회복기간 동안의 진료
비 감소분에 관하여 손실보상을 받을 수 있는 추상적 권리를 취득하게 된다고 봄이 타
당하다. 
③ 이 사건 지침에서 정한 회복기간 손실보상금은 ㉠ ‘회복기간의 기대진료비’를 
계산한 후 여기에 요양기관의 월별 실제진료비를 기초로 한 ㉡ ‘평균 진료비 감소율’을 
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반영하여 금액을 소폭 조정하고, 마지막으로 ㉢ ‘회복기간의 실제진료비’를 공제하는 
방식으로 산정하므로, 이는 의료기관에게 최소한 회복기간 중에는 기대진료비 수준의 
수입을 보장하겠다는 의미로 이해된다. 한편 ㉠ ‘회복기간의 기대진료비’의 경우 ⓐ ‘회
복기간’은 지정 해제일 기준 평균 병상소개율과 감염병전담병원 운영일수에 따라 정해
지고(이 사건 각 요양병원의 경우 병상소개율이 약 91%였고, 운영일수가 5∼6개월이었
으므로 회복기간은 최대 보상기간인 6개월이 된다), ‘기대진료비’는 ⓑ ‘감염병전담병원 
지정 이전의 진료비’(원고의 경우 2021년 급여 심사결정액)를 바탕으로 국민건강보험법 
제45조 제1항, 제7항, 그 시행령 제21조 제1항에 따라 사전에 결정된1) ⓒ ‘종별 환산
지수 증가율’을 반영하여 산정한다. 이러한 계산방식에 따르면, 이 사건 각 요양병원이 
감염병전담병원에서 지정 해제될 시점인 2022. 5. 23.에는 ⓐ ‘회복기간’, ⓑ ‘감염병전
담병원 지정 이전의 진료비’, ⓒ ‘종별 환산지수 증가율’이 모두 확정돼 있었으므로, 원
고가 보장받을 수 있는 ‘회복기간의 기대진료비’에 관한 사실관계는 모두 정해져 있던 
상태였다.
④ 물론 피고는 회복기간 손실보상금을 개산급 형태로 지급하면서 최종적인 정산, 
즉 감염병예방법 제70조 제1항에 따른 손실보상심의위원회의 심의․의결 절차를 남겨
두긴 하였다. 그러나 이 사건 지침에 의하면, 손실보상심의위원회의 심의․의결은 의료
기관이 제출한 자료와 ‘손실보상 대상 기간의 건강보험심사평가원 진료비 자료’(요양급
여비용 심사결정금액 등)를 활용하여 이루어지는데(을 제6호증, 127면), 이는 진료비 
내역을 바탕으로 ㉡ ‘평균 진료비 감소율’과 ㉢ ‘회복기간의 실제진료비’를 확인하는 과
정일 뿐, 사전에 정해진 보장 수준 즉 ㉠ ‘회복기간의 기대진료비’를 재산정하기 위한 
1) 2022년도 종별 환산지수는 국민건강보험공단 이사장과 의약계 대표들 사이의 계약으로 2021년에 이
미 정해졌다. 
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과정은 아니다. 이러한 심의․의결절차는 이미 성립한 손실보상 법률관계에서 급부의 
구체적인 금액을 결정하기 위한 것에 불과하므로, 그 심의․의결시점에 이르러 비로소 
원고가 회복기간 손실보상금에 관한 추상적 권리를 취득하였다고 볼 수는 없다.
⑤ 이 사건 감액조항은 회복기간 손실보상금 산정 과정에서 의사 수 감소에 비례
하여 기대진료비를 감액하도록 정하고 있으므로, 이 사건 각 요양병원과 같이 의사 수
가 많지 않은 의료기관의 경우 일부 의사가 이탈하는 것만으로도 기대진료비가 큰 폭
으로 감액되는 결과가 초래된다. 회복기간 손실보상금의 취지는 회복기간 중 기대진료
비 수준의 수입을 보장하겠다는 것이므로, 그 기대진료비가 감염병전담병원 해제 당시 
이미 정해진 상태인데도 사후적으로 만든 이 사건 감액조항 적용하여 그 액수를 감액
하는 것은 의료기관에게 중대한 불이익을 주는 것이다. 따라서 피고가 개산급을 지급
하면서 손실보상금의 산정방식 등 세부적인 내용이 손실보상심의위원회의 논의를 거쳐 
변경될 수 있다는 점을 여러 차례 고지하였다고 하더라도, 그러한 사정만으로 원고가 
이미 취득한 회복기간 손실보상금에 관한 추상적 권리를 사후적으로 불리하게 변경하
는 것이 정당화된다고 볼 수 없다.
⑥ 법령 등의 진정 소급적용을 금지하는 이유는 이미 종료된 사실관계 또는 법률
관계에 관하여 형성된 당사자의 신뢰를 보호하고 법적 안정성을 확보하려는 데 있다. 
그런데 피고는 감염병전담병원 지정 당시에는 의사 수와 상관없이 회복기간 동안 지정 
전 수준의 기대진료비를 보장하겠다는 취지의 안내를 해오다가, 정작 감염병전담병원 
지정이 해제되어 회복기간 손실보상금 지급의무를 부담하게 되자 이 사건 지침에 의사 
수에 따른 감액조항을 추가하여 회복기간 손실보상금을 감액하였다. 이러한 조치는 코
로나19 대유행이라는 초유의 재난상황 속에서 국가의 요청에 따라 자신이 운영하는 의
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료기관을 감염병전담병원으로 제공한 의료기관 운영자들의 신뢰를 근본적으로 훼손하
는 것이다. 나아가 이 사건 감액조항을 이미 지정 해제가 이루어진 의료기관에까지 소
급적으로 적용하여야 할 만큼 신뢰보호의 요청에 우선하는 중대한 공익상 사유가 존재
한다고 볼만한 자료도 없다.
⑦ 한편 손실보상심의위원회가 2020∼2021년경에도 회복기간 손실보상금 산정 과
정에서 의사 수 감소에 따른 기대진료비 감액을 논의하거나 실제로 감액을 한 사실이 
인정되기는 한다. 그러나 행정청은 필요한 처분기준을 해당 처분의 성질에 비추어 되
도록 구체적으로 정하여 공표하여야 하고, 이는 처분기준을 변경하는 경우에도 같은데
(행정절차법 제20조 제1항), 피고는 위와 같이 의사 수 감소에 따라 기대진료비를 감액
하면서도 이 사건 지침을 개정하거나 별도의 처분기준을 공표하지도 않았으므로, 원고
가 이 사건 감액조항의 소급적용을 충분히 예상 가능했다고 볼 수도 없다. 
라. 취소의 범위
1) 처분청이 여러 처분사유에 관하여 하나의 금전 부과처분을 하였는데 법원의 심리 
결과 그 중 일부 처분사유가 인정되지 않는 경우에, 법원은 인정되는 나머지 처분사유
를 기초로 정당한 부과금액을 산정할 수 있는 경우에는 정당한 부과금액을 초과한 부
분만 취소하여야 하지만, 인정되는 나머지 처분사유를 기초로 정당한 부과금액을 산정
할 수 있는 자료가 없는 경우에는 하나의 금전 부과처분 전부를 취소할 수밖에 없다
(대법원 2007. 10. 26. 선고 2005두3172 판결, 대법원 2017. 7. 11. 선고 2015두2789 
판결 참조).
2) 이 사건 처분 중 이 사건 감액조항을 적용하여 회복기간 손실보상금을 감액하여 
최종 손실보상금액을 산정하고 이를 바탕으로 과지급액의 반환의무가 있음을 확인한 
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부분은 위법하다. 제출된 자료만으로는 법원이 이 사건 각 요양병원에 관한 정당한 손
실보상금액을 산정하는 것이 불가능하고, 정당한 처분은 과지급액의 반환명령이 아니
라 덜 지급된 손실보상금을 추가로 지급한다는 내용이 되어야 할 것으로 보이므로, 이 
사건 처분 전부를 취소할 수밖에 없다.
3. 결론
그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 인용하고, 소송비용은 패소한 피고가 부담하
도록 정하여, 주문과 같이 판결한다.