[행정 판결문] 서울행정법원 2024구합83711 - 종합소득세부과처분취소

 

[행정] 서울행정법원 2024구합83711 - 종합소득세부과처분취소.pdf

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서 울 행 정 법 원
제 2 부
판 결
사 건 2024구합83711 종합소득세부과처분취소
원 고 A
피 고 영등포세무서장
변 론 종 결 2026. 2. 26.
판 결 선 고 2026. 3. 26.
주 문
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
청 구 취 지
피고가 2023. 10. 2. 원고에 대하여 한 2019년 귀속 종합소득세 804,100,880원1)의 부
과처분을 취소한다.
이 유
1) 을 제1호증의 기재에 의하면 본래 세액은 804,100,884원이나, 갑 제1호증의 기재에 비추어 보면 부과 과정에서 4원을 단수 
처리한 것으로 보인다. 
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1. 처분의 경위
가. 원고는 2010. 6.경 주식회사 종합건축사무소 B(이하 ‘B’라 한다)의 대표자 C에게, 
B의 명의로 서울 영등포구 D 외 5필지 지상에 고시원 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 
한다)과 도시형 생활주택 및 판매시설인 집합건물(이하 ‘이 사건 집합건물’이라 한다)을 
건축·분양하는 사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 시행할 것을 제안하였고, C은 이
를 승낙하였다.
나. 위 과정에서 원고와 C은 다음 내용을 약정 하였다(이하 ‘이 사건 약정’이라 한
다). 
“원고가 B 명의를 빌려 이 사건 사업을 운영하고, 그 대가로 C은 이 사건 사업의 
설계용역과 감리용역을 수급하고, 각종 절차 업무를 담당하고, 설계용역대금 및 감리용
역대금 각 1억 1,500만 원, 월 급여 400만 원, 사무실 임대료 월 100만 원, 사업 완료
시 인센티브 5,000만 원을 지급받으며, 이 사건 사업 완료시 C은 원고에게 이 사건 사
업과 관련하여 B 명의로 취득한 권리, 의무 일체를 반환하고, 원고는 C에게 E(원고의 
어머니) 명의로 보유한 B의 주식을 반환한다.” 
다. B는 수탁자인 F 주식회사, 시공사인 G건설 주식회사, 1순위 우선수익자인 H 상
호저축은행과 이 사건 사업부지 및 지상 건물에 대한 ‘관리형토지신탁계약’을 체결하
고, H 상호저축은행과 여신거래약정, G건설 주식회사와 공사도급계약을 체결하였다. 
부지 확보 및 건설, 분양이 진행되어 2011. 5.경에는 이 사건 집합건물 중 90%가 분양 
완료되었고, 이 사건 건물에 관하여 2012. 3. 6., 이 사건 집합건물에 관하여 2012. 6. 
27. 각 F 주식회사 명의의 소유권보존등기가 마쳐졌으며, 위 두 건물에 관하여 2012. 
6. 14. 사용승인이 이루어졌다.
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라. B는 2012. 11. 15. F과의 신탁계약을 해지하고, 서울 영등포구 I 대 ***.*㎡(이 
사건 건물 부지), 이 사건 건물, 이 사건 집합건물 중 분양 취소 또는 미분양된 9개의 
건물(이하 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라 한다)에 관하여 신탁재산 귀속을 원인으로 한 
소유권이전등기를 마쳤다. 
마. 이 사건 부동산의 소유권을 두고 원고와 B의 대표자 C 사이에 다툼이 생겼고, 
민사소송 결과 원고에게 이 사건 부동산의 소유권이 돌아가야 한다는 취지의 판결이 
선고되었다(서울남부지방법원 2018. **. *. 선고 20**가합****** 판결, 이하 ‘관련민사
판결’이라 한다). C과 B가 불복하여 항소하였다가 2019. 2. 11. 항소 취하 후 원고와 
관련민사판결 내용에 따라 합의서를 작성하였다. B는 그 다음날인 2019. 2. 12. 원고 
앞으로 소유권이전등기를 마쳐주었다. 
바. 원고는 2019년 귀속 종합소득세 신고 당시 이 사건 부동산의 취득 사실을 누락
하였다. 피고는 2023. 7. - 2023. 8. 원고에 대한 2019년 귀속 개인통합조사를 하였고, 
이 사건 부동산이 동업 해산에 따라 분배된 잔여재산으로서 의제배당과 유사하다고 보
아 그 가액을 1,503,000,000원으로 산정하여 2023. 10. 12. 원고에게 2019년 귀속 종합
소득세 804,100,884원(가산세 214,540,884원 포함)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처
분’이라 한다).
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1호증
의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 관계 법령
별지 기재와 같다.
3. 원고의 주장
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가. 원고와 B는 내적 조합 관계에 있었고, 원고는 동업 관계 해소 후 이 사건 약정
에 따라 이 사건 부동산의 소유권이전등기를 마쳤다. 이는 조합 사업의 수익을 분배한 
것이 아니라, 조합을 탈퇴하며 사전 약정에 따라 조합지분 양도 대가를 취득한 것이므
로 의제배당과 유사한 소득이라 볼 수 없다.
나. 원고의 이 사건 부동산 소유권 취득을 배당소득으로 본다고 하더라도, 그 수입시
기는 B 앞으로 이 사건 부동산의 소유권이전등기가 마쳐진 2012. 6. 27. 또는 원고가 
B에게 이 사건 부동산의 소유권 이전을 요구함으로써 조합이 사실상 해산된 2014. 2. 
또는 B와 이 사건 부동산에 대한 이해관계자 J, K개발 사이에 법적 분쟁이 마무리된 
2016. 2.경 중 하나이다. 이 사건 처분은 종합소득세 부과제척기간 도과 후 있었으므로 
위법하다.
4. 판단
가. 이 사건 부동산 취득의 성격: 배당소득
1) 관련 규정의 내용
의제배당과 유사한 소득으로서 수익분배의 성격이 있는 것을 배당소득으로 한다
[구 소득세법(2019. 12. 31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 
제1항 제3, 9호]. 의제배당에는 해산한 법인의 주주, 사원, 출자자 또는 구성원이 그 법
인의 해산으로 인한 잔여재산의 분배로 취득하는 재산의 가액이 해당 재산을 취득하기 
위하여 사용된 금액을 초과하는 금액이 포함된다(구 소득세법 제17조 제2항 제3호).
2) 구체적 판단
가) 조합은 그 목적 달성으로 해산된다. 이 사건 건물 및 집합건물의 건축·분양
이 완료됨으로써 원고와 C이 약정한 이 사건 사업 목적이 달성되었고, 이 사건 부동산
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에 관한 소송 결과 원고 앞으로 그 소유권이전등기가 마쳐진 사실은 앞서 보았다. 이는 
내적 조합 해산에 따른 잔여재산 분배로서 법인 해산 후 출자자 또는 구성원 사이의 
잔여재산 분배와 경제적 실질이 유사하다. 따라서 구 소득세법 제17조 제1항 제9호의 
‘제1호부터 제7호까지의 규정에 따른 소득과 유사한 소득으로서 수익분배의 성격이 있
는 것’에 해당한다. 
나) 원고는 다음과 같이 주장한다. 조합원 1인의 조합 탈퇴시 조합 지분양도 대
가로 받는 조합재산은 배당소득이 아닌 사업소득 또는 양도소득이다(대법원 2015. 12. 
23. 선고 2012두8977 판결). 원고는 B에게 이 사건 부동산의 소유권 이전을 요구함으
로써 조합 탈퇴의 의사표시를 한 것이고, 이 사건 부동산을 이전받은 것 또한 결국은 
이 사건 약정에 따른 것이므로 위 판례의 취지에 비추어 볼 때 배당소득에 해당하지 
않는다.
다) 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다. 원고와 B 사이의 내적 조합은 
이 사건 건물 및 집합건물의 건축·분양이 완료된 후 신탁계약 해지를 원인으로 하여 B
에게 이 사건 부동산의 소유권이전등기가 마쳐진 2012. 11. 15.경 해산되었거나, 원고
가 C에게 B가 이 사건 사업과 관련하여 취득한 권리의 양도를 요구한 2014. 2.경에는 
해산되었다고 봄이 타당하다(관련민사판결 참조). 원고에게 이 사건 부동산의 소유권이
전등기가 마쳐진 것은 조합 해산에 따른 잔여재산 분배라고 보아야 한다. 원고가 드는 
판례는 조합의 존속 상태에서 탈퇴하며 타 조합원에게 지분을 양도한 대가로 얻은 조
합재산에 관한 것이므로, 조합의 해산 및 청산에 따른 잔여재산 분배가 문제되는 이 
사안에 그대로 적용하기 어렵다. 이 사건 약정이 잔여재산 분배의 근거가 되었다고 하
더라도, 이는 사업 완료시 조합재산 분배에 관한 내용을 약정한 것으로서 조합 해산에 
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따른 잔여재산 분배라는 급부의 법적 성질이 달라지는 것은 아니다. 
나. 배당소득의 수입시기: 이 사건 부동산의 소유권이전등기일(2019. 2. 12.)
1) 관련 규정의 내용
과세표준과 세액을 신고하는 국세의 경우 국세를 부과할 수 있는 기간은 해당 
국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한의 다음날부터 5년으로 한다[구 국세기본법
(2019. 12. 31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항 제3호, 제6항, 
구 국세기본법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30400호로 개정되기 전의 것) 제12조의
3 제1항 제1호). 거주자의 각 과세기간의 총수입금액과 필요경비의 귀속연도는 총수입
금액과 필요경비가 확정된 날이 속하는 과세기간으로 한다(구 소득세법 제39조 제1항). 
소득세법 제17조 제1항 제9호의 배당은 그 지급을 받은 날을 배당소득의 수입시기로 
한다[구 소득세법 시행령(2020. 1. 1. 대통령령 제29242호로 개정되기 전의 것) 제46조 
제3의3호].
2) 구체적 판단
가) 피고는 원고에게 이 사건 부동산의 소유권이전등기가 마쳐진 2019. 2. 12.를 
배당소득 수입시기로 판단하였고, 이는 위 규정에 부합하는 것으로 정당하다. 이 사건 
처분은 2019년 귀속 종합소득세 신고기한의 다음날인 2020. 6. 1.부터 5년 내에 이루
어졌으므로 적법하다. 
나) 원고는 잔여재산 분배 가능시점을 배당소득의 수입시기로 판단해야 한다고 
주장한다. 이 사건 약정에 잔여재산의 분배 방법이 정해져 있으므로 앞서 본 내적 조
합의 해산시기인 2012. 11. 15.경 또는 2014. 2.경, 또는 B가 이 사건 건물 및 집합건
물 공사 관련 제3자와의 소송을 마무리한 2016. 2.경이 배당소득의 수입시기가 되어야 
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한다는 것이다.
다) 이 사건과 같이 조합의 잔여재산분배로서 부동산 소유권이 이전된 경우 ‘지
급을 받은 날’은 재산의 실제 이전 시점, 즉 소유권이전등기일을 의미한다고 해석함이 
타당하다. 원고가 주장하는 잔여재산 분배 가능시점은 ‘지급을 받은 날’이라는 문언에 
부합하지도 않을뿐더러, 배당소득의 수입시기가 모호해지고, 그에 따라 배당소득의 가
액 산정이 어려워져서 법적 안정성을 해치게 된다. 원고와 C 사이에는 조합재산의 귀
속을 두고 법률상 다툼이 있었으므로, 원고와 C이 관련 제1심판결의 내용대로 합의서
를 작성한 2019. 2. 11. 이전에는 조합 재산의 분배 방법, 가액 산정 기준이 확정되어 
있지 않아 잔여재산 분배가 가능하였다고 보기도 어렵다.
5. 결론 
원고의 청구는 이유 없으므로 기각한다.
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[별지]
관계 법령
■ 구 소득세법(2019. 12. 31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것)
제17조(배당소득) 
① 배당소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
1. 내국법인으로부터 받는 이익이나 잉여금의 배당 또는 분배금
2. 법인으로 보는 단체로부터 받는 배당금 또는 분배금 
3. 의제배당(擬制配當)
4. 「법인세법」에 따라 배당으로 처분된 금액
5. 국내 또는 국외에서 받는 대통령령으로 정하는 집합투자기구로부터의 이익
5의2. 국내 또는 국외에서 받는 대통령령으로 정하는 파생결합증권 또는 파생결합사채로부터
의 이익
6. 외국법인으로부터 받는 이익이나 잉여금의 배당 또는 분배금
7. 「국제조세조정에 관한 법률」 제17조에 따라 배당받은 것으로 간주된 금액
8. 제43조에 따른 공동사업에서 발생한 소득금액 중 같은 조 제1항에 따른 출자공동사업자
의 손익분배비율에 해당하는 금액
9. 제1호부터 제5호까지, 제5호의2, 제6호 및 제7호에 따른 소득과 유사한 소득으로서 수익
분배의 성격이 있는 것
10. 제1호부터 제5호까지, 제5호의2 및 제6호부터 제9호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하
는 소득을 발생시키는 거래 또는 행위와 파생상품이 대통령령으로 정하는 바에 따라 결
합된 경우 해당 파생상품의 거래 또는 행위로부터의 이익
② 제1항제3호에 따른 의제배당이란 다음 각 호의 금액을 말하며, 이를 해당 주주, 사원, 그 밖
의 출자자에게 배당한 것으로 본다.
1. 주식의 소각이나 자본의 감소로 인하여 주주가 취득하는 금전, 그 밖의 재산의 가액(價額) 
또는 퇴사ㆍ탈퇴나 출자의 감소로 인하여 사원이나 출자자가 취득하는 금전, 그 밖의 재
산의 가액이 주주ㆍ사원이나 출자자가 그 주식 또는 출자를 취득하기 위하여 사용한 금액
을 초과하는 금액
2. 법인의 잉여금의 전부 또는 일부를 자본 또는 출자의 금액에 전입함으로써 취득하는 주식 
또는 출자의 가액. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액을 자본에 전입하는 경
우는 제외한다.
가. 「상법」 제459조제1항에 따른 자본준비금으로서 대통령령으로 정하는 것
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나. 「자산재평가법」에 따른 재평가적립금(같은 법 제13조제1항제1호에 따른 토지의 재평
가차액에 상당하는 금액은 제외한다)
3. 해산한 법인(법인으로 보는 단체를 포함한다)의 주주ㆍ사원ㆍ출자자 또는 구성원이 그 법
인의 해산으로 인한 잔여재산의 분배로 취득하는 금전이나 그 밖의 재산의 가액이 해당 
주식ㆍ출자 또는 자본을 취득하기 위하여 사용된 금액을 초과하는 금액. 다만, 내국법인이 
조직변경하는 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.
가. 「상법」에 따라 조직변경하는 경우
나. 특별법에 따라 설립된 법인이 해당 특별법의 개정 또는 폐지에 따라 「상법」에 따른 
회사로 조직변경하는 경우
다. 그 밖의 법률에 따라 내국법인이 조직변경하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우
4. 합병으로 소멸한 법인의 주주ㆍ사원 또는 출자자가 합병 후 존속하는 법인 또는 합병으로 
설립된 법인으로부터 그 합병으로 취득하는 주식 또는 출자의 가액과 금전의 합계액이 그 
합병으로 소멸한 법인의 주식 또는 출자를 취득하기 위하여 사용한 금액을 초과하는 금액
5. 법인이 자기주식 또는 자기출자지분을 보유한 상태에서 제2호 각 목에 따른 자본전입을 
함에 따라 그 법인 외의 주주 등의 지분비율이 증가한 경우 증가한 지분비율에 상당하는 
주식 등의 가액
6. 법인이 분할하는 경우 분할되는 법인(이하 “분할법인”이라 한다) 또는 소멸한 분할합병의 
상대방 법인의 주주가 분할로 설립되는 법인 또는 분할합병의 상대방 법인으로부터 분할
로 취득하는 주식의 가액과 금전, 그 밖의 재산가액의 합계액(이하 “분할대가”라 한다)이 
그 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방 법인의 주식(분할법인이 존속하는 경우에는 
소각 등으로 감소된 주식에 한정한다)을 취득하기 위하여 사용한 금액을 초과하는 금액
제39조(총수입금액 및 필요경비의 귀속연도 등) 
① 거주자의 각 과세기간 총수입금액 및 필요경비의 귀속연도는 총수입금액과 필요경비가 확
정된 날이 속하는 과세기간으로 한다.
■ 구 소득세법 시행령(2020. 1. 1. 대통령령 제29242호로 개정되기 전의 것)
제46조(배당소득의 수입시기) 배당소득의 수입시기는 다음 각 호에 따른 날로 한다. 
3의3. 법 제17조제1항제9호 및 제10호에 따른 배당 또는 분배금
　그 지급을 받은 날
■ 구 국세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것)
제26조의2(국세 부과의 제척기간) 
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① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과
세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진
행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제25조에서 정하는 바에 따른다.
1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 “부정행위”라 한다)로 국
세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년
간[역외거래{「국제조세조정에 관한 법률」 제2조제1항제1호에 따른 국제거래(이하 “국제거
래”라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한
다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래
를 말한다. 이하 같다}에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에
는 15년간]. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관
련하여 「법인세법」 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 
그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간(역외거래에서 발생한 부정행위로 
법인세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받아 「법인세법」 제 67조에 따라 처분된 금액에 대한 소
득세 또는 법인세의 경우에는 15년간)으로 한다.
1의2. 납세자가 부정행위로 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 해당 가산세는 
부과할 수 있는 날부터 10년간
가. 「소득세법」 제81조제3항제4호
나. 「법인세법」 제75조의8제1항제4호
다. 「부가가치세법」 제60조제2항제2호ㆍ제3항 및 제4항
2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부
과할 수 있는 날부터 7년간(역외거래의 경우 10년간)
3. 제1호ㆍ제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 
날부터 5년간(역외거래의 경우 7년간)
4. 상속세ㆍ증여세는 제1호, 제1호의2, 제2호 및 제3호에도 불구하고 부과할 수 있는 날부터 
10년간. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 부과할 수 있는 날부터 15년
간으로 한다.
가. 납세자가 부정행위로 상속세ㆍ증여세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우
나. 「상속세 및 증여세법」 제67조 및 제68조에 따른 신고서를 제출하지 아니한 경우
다. 「상속세 및 증여세법」 제67조 및 제68조에 따라 신고서를 제출한 자가 대통령령으로 
정하는 거짓 신고 또는 누락신고를 한 경우(그 거짓신고 또는 누락신고를 한 부분만 
해당한다)
4의2. 부담부증여에 따라 증여세와 함께 「소득세법」 제88조제1호 후단에 따른 소득세가 과
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세되는 경우 그 소득세는 제4호에 따라 증여세에 대하여 정한 기간
5. 제2호와 제3호의 기간이 끝난 날이 속하는 과세기간 이후의 과세기간에 「소득세법」 제45
조제3항, 「법인세법」 제13조제1항제1호, 제76조의13제1항제1호 또는 제91조제1항제1호에 
따라 이월결손금을 공제하는 경우에는 그 결손금이 발생한 과세기간의 소득세 또는 법인
세는 제2호와 제3호에도 불구하고 이월결손금을 공제한 과세기간의 법정신고기한으로부
터 1년간
⑥ 제1항 각 호에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다. 
■ 구 국세기본법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30400호로 개정되기 전의 것)
제12조의3(국세 부과 제척기간의 기산일) 
① 법 제26조의2제6항에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호의 날로 한다.
1. 과세표준과 세액을 신고하는 국세(「종합부동산세법」 제16조제3항에 따라 신고하는 종합부
동산세는 제외한다)의 경우 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제
출기한(이하 "과세표준신고기한"이라 한다)의 다음 날. 이 경우 중간예납·예정신고기한과 수
정신고기한은 과세표준신고기한에 포함되지 아니한다.
2. 종합부동산세 및 인지세의 경우 해당 국세의 납세의무가 성립한 날
끝.