[행정 판결문] 서울행정법원 2024구합73769 - 손실보상 정산결정통지처분 등 취소 청구의 소

 

[행정] 서울행정법원 2024구합73769 - 손실보상 정산결정통지처분 등 취소 청구의 소.pdf

0.27MB

[행정] 서울행정법원 2024구합73769 - 손실보상 정산결정통지처분 등 취소 청구의 소.docx

0.03MB

 

 

- 1 -
서 울 행 정 법 원
제 5 부
판 결
사 건 2024구합73769 손실보상 정산결정통지처분 등 취소 청구의 소
원 고 1. A
2. 의료법인 B
3. 의료법인 C
피 고 보건복지부장관
변 론 종 결 2026. 1. 15.
판 결 선 고 2026. 3. 12.
주 문
1. 원고 의료법인 B의 소 중 시설․장비비용 지원금 부분 및 2024. 7. 16.자 손실보상 
직접비용 정산결정통지처분취소 청구 부분, 원고 의료법인 C의 소 중 시설․장비비
용 지원금 및 의료부대사업 손실보상금 부분을 각 각하한다.
2. 피고가 2024. 4. 11. 원고들에 대하여 한 각 손실보상 정산결정통지처분을 모두 취
소한다.
3. 가. 소송비용 중 원고 A와 피고 사이에 생긴 부분의 80%는 원고 A가, 나머지는 피
고가 각 부담한다.
- 2 -
나. 소송비용 중 원고 의료법인 B와 피고 사이에 생긴 부분의 95%는 원고 B가, 나
머지는 피고가 각 부담한다.
다. 소송비용 중 원고 의료법인 C와 피고 사이에 생긴 부분의 45%는 원고 의료법
인 C가, 나머지는 피고가 각 부담한다.
청 구 취 지
주문 제2항 및 피고가 2024. 7. 16. 원고 의료법인 B(이하 ‘원고 I’이라 한다)에 대하여 
한 손실보상 직접비용 정산결정통지처분(이하 ‘2024. 7. 16.자 처분’이라 한다)을 취소
한다.
이 유
1. 처분의 경위
가. 당사자의 지위
원고 A는 울산 남구 소재 D병원의 대표자였던 사람이고, 원고 I는 서울 구로구 소재 
요양병원인 B를, 원고 의료법인 C(이하 ‘원고 E’라 한다)는 광주 북구 소재 F를 운영하
는 법인이다(이하 원고들이 운영한 위 요양병원을 통틀어 지칭할 때에는 ‘이 사건 각 
요양병원’이라 한다). 
나. 이 사건 각 요양병원에 대한 감염병전담 요양병원 지정 등 
1) 피고 산하 G(이하 ‘H’라 한다)는 2020. 12.경 코로나바이러스감염증-19(이하 ‘코로
나19’라 한다) 확진이 집단발생한 7개 시ㆍ도를 대상으로 감염병전담 요양병원(이하 
‘감염병 전담병원’이라 한다)을 지정하기로 결정하였다. 
- 3 -
2) D병원은 20**. *. **., B는 20**. *. **., F는 20**. *. *. 감염병의 예방 및 관리
에 관한 법률(이하 ‘감염병예방법’이라 한다) 제36조, 37조에 따른 감염병 전담병원으로 
각 지정되어 D병원은 20**. *. **.부터, B는 20**. *. **.부터, F는 20**. *. *.부터 운
영을 각 개시하였다. 이후 D병원은 20**. *. **. 감염병 전담병원에서 지정해제 되었다
가 20**. *. **. 재지정 되어 같은 날 운영을 재개하였고, 2022. 10. 7. 재지정에서 해
제되었다. B는 20**. *. **., F는 20**. *. **. 감염병 전담병원에서 각 지정해제 되었
다[이하 이 사건 각 요양병원에 대한 감염병 전담병원 지정을 통틀어 지칭할 때에는 
‘이 사건 각 지정처분’이라 한다.].
다. 피고의 원고들에 대한 손실보상금의 개산급 지급
1) 피고는 감염병예방법 제70조에 따라 코로나19 대응 과정에서 의료기관이 입은 경
영상 어려움을 해소하기 위해 2020. 3.경부터 매달 ‘O차 개산급 지급 관련 안내문’을 
공고하고, 그에 따라 매달 손실보상금의 개산급(槪算給, 지급액이 확정되지 않은 금액
을 어림셈으로 계산하는 방법)을 산정하여 지급하여 왔다. 
2) 그에 따라 원고 A는 2021. 2.경부터 2023. 5.경까지 손실보상 개산급으로 총 
19,151,584,100원을, 원고 I는 2021. 4.경부터 2023. 4.경까지 손실보상 개산급으로 총 
31,969,343,000원을, 원고 E는 손실보상 개산급으로 총 16,654,979,320원(= ① 2021. 1.
경부터 2022. 7.경까지 미사용병상 손실보상금 개산급 합계 13,745,947,650원 + ② 
2022. 10.경부터 2023. 4.경까지 회복기간 손실보상금 개산급 합계 2,909,031,670원)을 
각각 지급받았다. 
라. 원고들에 대한 손실보상금 정산
1) H는 2023. 10. 5. 원고들에게, 코로나19 환자를 치료한 의료기관 등에 대한 손실
- 4 -
보상 절차를 마무리하고자 그동안 개산급 등의 형태로 지급되던 손실보상금(2023. 6. 
1.부터 직접비용 포함)에 대한 정산을 신청하도록 안내하였고(신청기간 : 2023. 10. 10.
부터 같은 달 25.까지), 원고들은 피고에게 손실보상 정산을 신청하였다(이하 ‘이 사건 
정산신청’이라 한다). 
2) 피고는 2024. 4. 11. ⑴ 원고 A에 대하여 D병원의 ① 개산급 최종 결정액은 
19,563,187,769원[= 미사용병상 손실보상금 16,975,433,936원 + 사용 병상손실보상금 0
원 + 일반환자 감소 손실보상금 126,056,080원 + 회복기간 손실보상금 2,461,697,753
원 + 기타(파견인건비 등 공제) 0원]이고, 기 지급액이 19,151,584,100원이므로 원고 A
에게 그 차액인 411,603,660원(= 19,563,187,769원 – 19,151,584,100원)을 추가지급하
고, ② 직접비용(정부·지자체 조치 이행 위해 소요된 폐기물 처리비, 전원비, 시설 철거
비) 최종 결정액은 63,431,150원이고, 기 지급액이 63,551,150원이므로 그 차액인 원고 
A로부터 120,000원을 환입한다는 내용의 정산 결정통지를(이하 통틀어 ‘원고 A에 대한 
처분’이라 한다), ⑵ 원고 I에 대하여 ① 개산급 최종 결정액은 31,977,940,676원[= 미
사용병상 손실보상금 28,123,905,181원 + 사용 병상손실보상금 0원 + 일반환자 감소 
손실보상금 0원 + 회복기간 손실보상금 4,642,063,575원 + 기타(파견인건비 등 공제) 
788,028,080원]이고, 기 지급액이 31,969,343,000원이므로 원고 I에게 그 차액인 
8,597,670원(= 31,969,343,000원 – 31,977,940,676원)을 추가지급하고, ② 직접비용(정
부·지자체 조치 이행 위해 소요된 폐기물 처리비, 전원비, 시설 철거비) 최종 결정액은 
0원이고, 기 지급액이 0원이므로 추가지급이나 환입을 할 금액이 없다는 내용의 정산 
결정통지를(이하 ‘원고 I에 대한 처분’이라 한다), ⑶ 원고 E에게 ① 개산급 최종 결정
액은 16,642,847,723원[= 미사용병상 손실보상금 13,443,834,584원 + 사용 병상손실보
- 5 -
상금 315,826,308원 + 일반환자 감소 손실보상금 0원 + 회복기간 손실보상금 
2,896,899,961원 + 기타(파견인건비 등 공제) 13,7131,130원]이고, 기 지급액이 
16,654,979,320원이므로 원고 E로부터 그 차액인 12,131,590원(= 16,654,979,320원 – 
16,642,847,723원)을 환입하고, ② 직접비용(정부·지자체 조치 이행 위해 소요된 폐기물 
처리비, 전원비, 시설 철거비) 최종 결정액은 271,305,670원이고, 기 지급액이 
289,464,740원이므로 원고 E로부터 그 차액인 18,159,070원(= 289,464,740원 – 
271,305,670원)을 환입한다는 내용의 정산 결정통지(이하 ‘원고 E에 대한 처분’이라 하
고 원고 A, I, E에 대한 위 각 처분을 통틀어 지칭할 때에는 ‘이 사건 각 처분’이라 한
다)를 각각 하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제 1 내지 10, 12, 16, 17호증(가지번호 있는 것은 가지
번호를 포함한다. 이하 같다), 을 제8 내지 10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 관계 법령
별지1 관계 법령 기재와 같다.
3. 본안전 항변에 대한 판단
가. 원고 I와 E의 소 중 각 시설․장비비용 지원금 부분
1) 당사자 주장 요지
원고 I는 시설․장비비용 지원금으로 193,161,600원 및 이에 대한 연 5%의 비율의 
지연손해금을, 원고 E는 시설․장비비용 지원금으로 1,121,502,157원 및 이에 대한 연 
5%의 비율의 지연손해금을 각 지급받아야 한다고 주장한다. 
이에 대하여 피고는 시설․장비비용 지원금에 관한 결정 통보를 한 행정청은 국민
건강보험공단으로, 피고가 국민건강보험공단에 시설․장비비용 지원에 관한 업무를 위
- 6 -
탁하였으므로, 이 부분 소는 피고적격이 없는 자를 상대로 한 것이어서 각 부적법하다
고 항변한다.
2) 판단 
가) 감염병예방법에 의하면, 피고는 제36조 및 제37조에 따른 감염병관리기관의 지
정 또는 격리소 등의 설치ㆍ운영으로 발생한 손실 등을 입은 자에게 손실을 보상하여
야 하고(제70조), 법에 따른 피고의 권한 또는 업무는 대통령령으로 정하는 바에 따라 
관련 기관 또는 단체에 위탁할 수 있으며(제76조 제1항), 그 위임을 받은 같은 법 구 
시행령(2022. 1. 25. 대통령령 제32365호로 개정되기 전의 것) 제32조 제2항은 “피고는 
법 제76조 제1항에 따라 법 제70조에 따른 업무를 다음 각 호의 어느 하나에 해당하
는 자에게 위탁할 수 있다”라고 정하면서 제2호에서 ‘공공기관의 운영에 관한 법률 제
4조에 따른 공공기관’을 규정하고 있다.
나) 갑 제7호증의2, 19 내지 21, 23 내지 25, 29 내지 31호증, 을 제7호증의 각 기
재, 이 법원의 국민건강보험공단에 대한 사실조회회신 결과 및 변론 전체의 취지에 따
르면, ① 보건복지부와 국민건강보험공단은 2020. 3.경 ‘감염병 전담병원 운영지원 사
업지침’을 마련하였는데, 그 내용은 감염병 전담병원으로 지정되어 운영한 의료기관에 
대해 원칙적으로 그간 소요한 시설․장비비용 등을 지원하되 소요예정 비용도 일부 지
원한다는 것이고, 그 사업수행기관으로 국민건강보험공단이 선정된 사실, ② 원고 I가 
2022. 6.경 국민건강보험공단에 시설․장비비용 지원금으로 797,235,200원(= 시설공사 
지원금 108,937,000원 + 장비구입 지원금 688,298,200원)을 지급하여 줄 것을 신청하
였으나 국민건강보험공단이 2022. 10. 31. 원고 I에게 583,459,600원(= 시설공사 지원
금 108,937,000원 + 장비구입 지원금 474,522,600원)을 지원금으로 결정한다고 통보하
- 7 -
였고, 이에 원고 I가 ‘감염병 전담병원 운영지원 사업지침’에서 정한 바에 따라 이의를 
신청해 국민건강보험공단이 이를 재심사하여 2022. 12. 12. 584,959,600원(= 시설공사 
지원금 108,937,000원 + 장비구입 지원금 476,022,600원)을 지원금으로 결정하고 이를 
지급한 사실, ③ 원고 E가 2022. 6. 24. 국민건강보험공단에 시설․장비비용 지원금으
로 1,824,122,907원(= 시설공사 지원금 1,782,737,207원 + 장비구입 지원금 41,385,700
원)을 지급하여 줄 것을 신청하였으나 국민건강보험공단이 이를 전액 인정하지 않았고, 
이에 원고 E가 이의신청을 하자 국민건강보험공단이 이를 재심사해 2022. 12. 13. 
688,890,450원(= 시설공사 지원금 1,093,846,757원 + 장비구입 지원금 41,385,700원)을 
지원금으로 결정하고 이를 지급한 사실, ④ 코로나19 G가 발간하여 배포한 ‘코로나19 
손실보상 업무 안내’(이하 ‘이 사건 지침’이라 한다)에는 ‘시설․장비비는 별도 사업예
산 지원 중으로 보상대상 아님’이라고 명시(갑 제24호증 4, 40면1)되어 있는 사실이 인
정된다.
다) 위 사실과 앞서 본 규정에 의하면, 감염병 전담병원에 지급되는 시설․장비비용 
등의 지원금 지급에 관한 권한과 업무는 피고의 위탁을 받아 지원금 지급 여부를 결정
하고, 그 지원금을 지급함으로써 대외적으로 지원금 지급 여부에 관한 의사를 표시할 
수 있는 국민건강보험공단에게 있다. 이에 대하여 원고 I와 E는 위 시행령 제32조 제4
항이 “피고는 제2항에 따라 업무를 위탁하는 경우 위탁받는 기관 및 위탁업무의 내용
을 고시해야 한다”고 정하고 있는데도 피고가 국민건강보험공단에 위 업무를 위탁하였
다는 고시를 한 바 없으므로 시설․장비비용 등의 지원금 지급에 관한 권한은 여전히 
피고에게 있다고 주장하나, 위 규정은 업무 위탁 여부와 내용을 일반에게 알리는 절차
1) 전자기록 기준이다. 이하 같다.
- 8 -
적 의무를 규정한 것일 뿐, 위 규정에 따른 고시가 있어야만 비로소 업무위탁의 효력
이 발생한다거나 고시가 업무위탁의 전제조건이 된다고 해석하기는 어렵다. 나아가 앞
서 본 것처럼 원고 I와 E가 스스로 국민건강보험공단에 지원금을 신청하여 그로부터 
각 통보를 받았고 이에 각 이의를 신청하여 재심사를 거쳐 지원금을 추가로 지급받은 
점 등에 비추어 업무위탁에 관한 고시가 없었다는 이유로 원고 I와 E가 지원금 신청이
나 불복 상대방 지정에 있어 어려움을 겪었다고 볼 수도 없다. 결국 이 부분 각 소는 
피고적격이 없는 자 또는 존재하지 않는 처분2)에 대한 것으로서 부적법하다. 피고의 
이 부분 본안전 항변은 이유 있다.
나. 원고 I와 E의 소 중 각 직접비용 손실보상금 부분
1) 본안전 항변의 요지
원고 I는 직접비용으로 시설철거 및 원상복구 공사비 167,459,040원 및 이에 대한 
연 5%의 비율의 지연손해금을, 원고 E는 직접비용으로 432,513,304원(= 시설철거비 
280,995,0000원 + 의료폐기물처리비용 151,518,304원) 및 이에 대한 연 5%의 비율의 
지연손해금을 지급받아야 하나 피고가 이를 인정하지 않은 것은 위법하다고 주장한다.
이에 대하여 피고는 원고 I의 소 가운데 원고 I에 대한 처분 중 직접비용 손실보상
금 부분은 제소기간을 도과하였고, 2024. 7. 16.자 처분 취소청구 부분은 제소기간을 
도과하였거나 항고소송의 대상적격을 흠결하여 부적법하며, 원고 E의 소 가운데 원고 
E에 대한 처분 중 직접비용 손실보상금 부분은 제소기간을 도과하여 부적법하다고 주
2) 원고 I와 E가 2023. 10.경 피고에게 시설․장비비용 지원금을 포함한 보상금 정산을 신청하였고, 이에 대하여 피고가 2024. 
4. 11. 위 지원금을 제외한 보상금 통보를 하였다. 그러나 앞서 본 바와 같이 이 사건 지침에는 시설․장비비는 피고가 보상
하는 손실보상의 대상이 아님을 명시하고 있고, 그에 따라 원고 I와 E에 대한 손실보상 정산 결정통지서의 손실보상 항목에
도 시설․장비비용 지원금 부분은 포함되어 있지 않은 점, 애초에 위 시설․장비비용 지원금에 관한 부분은 피고가 아닌 국
민건강보험공단에 권한이 있는 것인 점 등을 종합하여 보면, 피고가 위 지원금을 제외한 금액을 통보하였다고 하여 원고 I와 
E에 대한 각 정산결정 통지에 ‘시설․장비비용 지원금에 관한 처분’이 포함되어 있다고 볼 수 없다. 
- 9 -
장한다.
2) 판단
앞서 든 증거들, 갑 제1호증의2 내지 3, 갑 제9, 10호증의 2 내지 3, 갑 제24 내지 
28호증, 을 제1, 7호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지의 의하여 인정되는 다음과 같
은 사정들을 종합하면, 원고 I, E의 이 사건 소 중 직접비용을 다투는 부분은 제소기간
을 도과하였다고 볼 수 없어 모두 적법한 반면, 원고 I의 2024. 7. 16.자 처분 취소청구 
부분은 항고소송의 대상적격을 흠결하여 부적법하다. 따라서 피고의 본안전 항변은 위 
인정범위 내에서 이유 있다.
가) 피고는 감염병 전담병원 지정 해제 등 대응상황이 종료된 기관이 직접비용(보
상항목 : 시설철거비, 폐기물처리비, 환자전원비)의 손실보상을 신청하면 이를 접수 순
서에 따라 순차 지급하기로 하였다. 그 구체적 절차는 감염병 전담병원이 피고에게 직
접비용 신청을 하면 피고가 이를 심사하여 결정·지급하고, 그 결정·지급 내역에 이의가 
있는 때에는 그 결정·지급받은 날로부터 30일 이내 이의신청을 할 수 있으며, 이의신
청은 1회에 한하되 단 불가피한 사유가 있는 경우에는 사유를 증빙하여 다시 이의신청
을 할 수 있다.
나) 원고 I가 2023. 6. 30. 피고에게 기존 시설을 철거하고 원상회복 하는 데 소요
된 직접비용(5차분) 339,954,950원에 대한 손실보상을 청구하였고, 피고는 2023. 9. 27. 
보상액을 83,495,470원으로 인정한다는 통지를 하였다. 이에 대하여 원고 I가 2023. 
10. 25. 이의신청을 하였고, 피고는 2023. 12. 29. 당초 인정금액에서 89,000,140원이 
증액된 172,495,610원을 보상액으로 인정한다고 통지하였다. 원고 E는 피고에게 직접
비용에 대한 손실보상을 청구하여 피고가 이를 결정해 통보하였고, 이에 대하여 원고 
- 10 -
E가 이의신청을 하자 피고가 2023. 10. 31. 이를 결정해 통지하였다. 
다) H는 2023. 10. 5. 원고들에게, 코로나19 환자를 치료한 의료기관 등에 대한 손
실보상 절차를 마무리하고자 그동안 개산급 등의 형태로 지급되던 손실보상금(2023. 6. 
1.부터 직접비용 포함)에 대한 정산을 신청하도록 안내하였다. 이에 따라 원고 I와 E가 
이 사건 정산신청을 하였다. 구체적으로 원고 I는 피고에게 미사용 병상 손실보상금, 
회복기 손실보상금, 시설·장비비용 및 이에 대한 각 지연손해금의 추가 지급을 청구하
였고(직접비용의 추가지급은 청구하지 않았다), 원고 E는 그 외에도 직접비용(시설철거
비) 432,513,304원 및 이에 대한 지연손해금의 지급을 신청하였다. 
라) 피고는 2024. 4. 11. 원고 I에 대하여는 직접비용의 추가지급이나 환입을 할 금
액이 없다고 직권으로 결정하고, 원고 E에 대하여는 18,159,070원을 환입한다는 결정
을 하였다. 원고 I와 E에 대한 각 처분서에는 ‘손실보상금에 이의가 있는 경우 결정·지
급을 받은 날부터 30일 이내에 관할 보건복지부(건강보험심사평가원)에 이의신청을 접
수할 수 있으며(이의신청은 1회에 한함), 이의신청과 관계없이 행정심판법 또는 행정소
송법에 따라 90일 이내 중앙행정심판위원회나 관할 법원에 행정심판 또는 행정소송을 
제기할 수 있다’고 안내되어 있다.
마) 원고 I가 2024. 7. 3. 국민신문고 민원을 통하여 피고에게 ‘원고 I가 2023. 6. 
30. 최초 신청하였던 직접비용 339,954,950원에서 이의신청을 거쳐 지급받은 
172,495,610원을 공제한 나머지 167,459,040원을 추가로 지급하여 달라’는 내용의 손실
보상청구서를 제출하였다. 이에 대하여 피고는 2024. 7. 16. 원고 I에게 ‘원고 I의 직접
비용은 코로나19 손실보상 절차에 따라 2023. 9.경 지급되었으며, 지급된 금액에 대해 
해당 의료기관에서 이의신청 후 추가지급(2023. 12.)된 사안으로 손실보상이 완료되었
- 11 -
다’는 취지의 답변을 하였다. 
바) 앞서 본 바를 종합하면, 피고가 원고 I와 E로부터 2023년 하반기에 직접비용 
손실보상 신청을 받아 이의신청 절차를 거쳐 보상금을 지급하였고, 원고 I와 E가 이에 
대하여 제소기간 내에 행정심판이나 행정소송을 제기하지 않았으므로, 원고 I와 E가 
위 직접비용 손실보상 결정에 대하여 제소기간 도과로 더 이상 다툴 수 없게 된 것은 
부인할 수 없다.
그러나 H가 2023. 10. 5. 개산급 등의 형태로 지급되던 손실보상금 정산신청 대상
에 손실보상 개산급과 별도로 ‘2023. 6. 1.부터의 직접비용’에 대하여도 정산신청을 하
도록 안내한 점, 피고가 해당 기관이 직접비용 손실보상금 정산신청을 한 경우는 물론 
정산신청을 하지 않은 경우에도 직권으로 정산결정을 한 점(이 사건 정산신청 안내 공
문에는 ‘정산 대상 기관의 정산 신청이 없을 경우, 직권으로 정산을 실시할 수 있으며 
정산결과에 따라 손실보상금 추가 지급 또는 환입금 발생에 따른 추가 절차가 진행될 
수 있음을 알려 드립니다’라고 기재되어 있었다. 피고는 원고 E에 대하여는 직접비용 
정산신청에 따라 직접비용 정산결정을 하고, 원고 A와 I에 대하여는 직권으로 직접비
용 정산결정을 하였다), 피고가 직접비용 정산결정이 포함된 이 사건 각 처분에 대하여 
원고들에게 이의신청의 기회를 부여하고 불복시 행정심판이나 행정소송을 제기할 수 
있다고 안내한 점 등을 종합하면, 원고 I, E에 대한 각 처분 중 직접비용 정산결정 부
분은 위 나)항의 직접비용 손실보상금 지급결정과는 별개의 직접비용 손실보상금 정산
결정으로 봄이 상당하다. 
사) 이와 같이 원고 I에 대한 처분과 원고 E에 대한 처분에는 모두 직접비용에 대
한 정산결정이 포함되어 있고, 이 사건 각 처분은 2024. 4. 11. 이루어졌으며, 원고 I와 
- 12 -
E가 이 사건 각 처분이 있음을 안 날로부터 90일 이내인 2024. 7. 9. 이 사건 각 처분
의 취소를 구하는 이 사건 소를 제기하였으므로, 원고 I와 E의 소 중 이 사건 각 처분
의 취소를 구하는 부분(직접비용 부분 포함)은 제소기간을 도과하여 제기된 것으로 볼 
수 없다(이 사건 각 처분에서 손실보상 개산급 및 직접비용 정산에 관한 결정이 함께 
이루어진 이상 원고 I가 이 사건 소를 제기하면서 직접비용 정산결정 부분을 명시적으
로 다투지 않았다거나 원고 I 스스로 이 부분에 대한 소를 제기하지 않은 것으로 보고 
이 사건에서 2024. 7. 16.자 손실보상 직접비용 정산결정통지처분을 취소하여 달라는 
청구취지를 추가하였다는 사정만으로 이 부분 소가 제소기간을 도과하였다고 볼 수 없
다). 
아) 원고 I는 2024. 7. 16.자 처분의 취소를 구하나 앞서 본 바를 종합하면 위 통지
는 원고 I에 대한 직접비용 정산이 완료되었다는 사실을 알려주는 것에 불과할 뿐 별
개의 새로운 거부처분으로 볼 수 없다. 그렇다면 이 부분 소는 항고소송의 대상적격을 
흠결하여 부적법하다.
다. 원고 E의 소 중 의료부대사업 손실보상금 부분
1) 본안전 항변의 요지
원고 E는 의료부대사업에 따른 손실보상금으로 432,513,304원을 지급받아야 함에도 
피고가 이를 인정하지 않은 것은 위법하다고 주장한다. 이에 대하여 피고는 원고 E의 
이 사건 소 중 의료부대사업 손실보상금 부분은 제소기간을 도과하였거나 대상적격을 
흠결하여 부적법하다고 주장한다. 
2) 판단
앞서 든 증거들, 갑 제9, 10호증의3, 을 제2 내지 3, 10호증의 각 기재 및 변론 전
- 13 -
체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음의 사실 내지 사정들 즉, ① 피고는 2022. 9.
경 감염병 전담병원 등에 대하여 의료부대사업 손실보상금 지급계획(이하 ‘이 사건 의
료부대사업 손실보상금 지급계획’이라 한다)을 알리고 2022. 12. 30. 원고 E에게 의료
부대사업 손실보상금 지급결정 사항을 통지한 점, ② 원고 E는 위 통지를 받을 날로부
터 90일이 경과하였음이 역수상 명백한 2024. 7. 9. 이 사건 소를 제기한 점, ③ 원고 
E는 피고의 이 부분 본안전 항변에 대하여, 원고 E가 2023. 10.경 이 사건 정산신청을 
하면서 의료부대사업 손실보상금 5억 원을 추가로 지급할 것을 신청하였는데, 피고가 
2024. 4. 11. 원고 E에 대한 정산결정 통지를 하면서 위 의료부대사업 손실보상금 5억 
원을 인정하지 않은 것은, 의료부대사업 손실보상금 지급을 거부하는 새로운 처분을 
한 것이어서, 위 거부처분에 대하여는 제소기간을 도과하지 않았다고 주장하나, 이 사
건 의료부대사업 손실보상금 지급계획의 <유의사항>란에 ‘의료부대사업(진료외 수익)에 
대한 손실보상금은 개산급이 아닌 해당 기간의 최종 손실보상금임’이라고 기재되어 있
는 점에 비추어 의료부대사업 손실보상금 지급절차와 손실보상금 개산급 정산절차는 
별개의 절차로 봄이 상당하므로, 원고 E가 손실보상금 개산급 정산절차에서 그 정산의 
대상이 아닌 의료부대사업 손실보상금의 지급을 신청한 것을 피고가 받아들이지 않았
다고 하여 이를 새로운 거부처분으로는 볼 수 없는 점 등을 종합하면, 원고 E의 이 사
건 소 중 의료부대사업 손실보상금 부분은 제소기간이 도과하여 부적법하다(이러한 사
유로 피고의 본안전 항변을 받아들이는 이상 대상적격 흠결 주장에 대하여는 나아가 
판단하지 아니 한다). 
4. 이 사건 처분의 절차적 위법 여부
가. 원고들 주장 요지
- 14 -
피고는 이 사건 각 처분을 하면서 손실보상 결정액의 구체적인 산정 근거를 밝히지 
않았으므로, 이 사건 각 처분에는 행정절차법 제23조를 위반한 위법이 있다.
나. 관련 법리
행정청이 처분을 할 때는 일정한 경우를 제외하고는 당사자에게 그 근거와 이유를 
제시하여야 한다(행정절차법 제23조 제1항). 이는 행정청의 자의적 결정을 배제하고 당
사자로 하여금 행정구제절차에서 적절히 대처할 수 있도록 하는 데 그 취지가 있다. 
따라서 처분서에 기재된 내용, 관계 법령과 해당 처분에 이르기까지 전체적인 과정 등
을 종합적으로 고려하여, 처분 당시 당사자가 어떠한 근거와 이유로 처분이 이루어진 
것인지 충분히 알 수 있어서 그에 불복하여 행정구제절차로 나아가는데 별다른 지장이 
없었던 것으로 인정되는 경우에는 처분서에 처분의 근거와 이유가 구체적으로 명시되
어 있지 않았더라도 이를 처분을 취소하여야 할 절차상 하자로 볼 수 없다(대법원 
2019. 12. 13. 선고 2018두41907 판결 등 참조). 
다. 판단
앞서 든 증거들, 을 제15호증 및 변론 전체의 취지에 비추어 알 수 있는 다음의 사
정들, 즉 ① 피고는 이 사건 각 처분에 앞서 원고들에게 수차례 개산급을 지급하였는
데, 그 과정에서 개산급 산정에 관한 안내문을 배포한 것은 물론, 금액 산정 근거가 기
재된 개산급 상세내역을 송부하였던 점, ② 피고가 이 사건 각 처분에 앞서 배포한 
이 사건 지침에는 손실보상금을 산정하는 방식과 근거가 상세히 기재되어 있는바, 원
고들은 자신이 청구한 손실보상 내역과 이 사건 각 처분에 의하여 인정된 금액을 비교
ㆍ확인하는 등의 방법으로 손실보상 내역 및 그 산정 근거를 파악할 수 있었을 것으로 
보이는 점, ③ 이 사건 각 처분은 그동안 개산급으로 지급되어 온 손실보상금에 대하
- 15 -
여 손실보상 절차를 마무리하면서 최종적으로 정산하기 위하여 이루어진 것인 점, ④ 
이 사건 각 처분 중 직접비용에 관하여도 이 사건 지침에 그 보상기준이 자세히 기재
되어 있고 원고들 역시 직접비용 신청절차 및 이의신청 등을 거쳐 그 보상금이 증액되
기도 한 점 등을 종합하면, 이 사건 각 처분 당시 원고들은 이 사건 각 처분이 어떠한 
근거와 이유로 이루어진 것인지 충분히 알 수 있었고, 행정구제절차로 나아가는 데 별
다른 지장이 있었다고 보기도 어렵다. 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다. 
5. 이 사건 각 처분의 실체적 위법 여부
가. 이 사건 각 지정처분이 헌법 제23조 제3항의 공용침해라는 주장에 관한 판단
1) 원고들 주장의 요지 
원고들에 대한 이 사건 각 지정처분은 헌법 제23조 제3항에서 정한 공공침해에 해
당하므로, 감염병예방법 제70조 제1항 제1호에 근거한 원고들에 대한 손실보상금 지급
은 원고들의 재산권을 수용․사용․제한한 데에 대한 완전한 보상이어야 한다. 그럼에
도 원고들이 실제로 입은 손실에 못 미치는 금액을 손실보상금으로 결정한 이 사건 각 
처분은 헌법 제23조 제3항을 위반한 위법이 있다. 
2) 관련 법리 
헌법 제23조 제1항은 재산권의 내용과 한계를 법률로 정하도록 하고 있고, 헌법 제
23조 제2항은 재산권의 행사는 공공복리에 적합하도록 하여야 한다고 규정하고 있다. 
헌법 제23조 제3항은 공공필요에 의한 재산권의 수용․사용 또는 제한 및 그에 대한 
보상은 법률로써 하되, 정당한 보상을 지급하여야 한다고 규정하고 있다.
이처럼 헌법 제23조에 의하여 재산권을 제한하는 형태에는, 제1항 및 제2항에 근거
하여 재산권의 내용과 한계를 정하는 것과, 제3항에 따른 수용․사용 또는 제한을 하
- 16 -
는 것의 두 가지 형태가 있다. 전자는 ‘입법자가 장래에 있어서 추상적이고 일반적인 
형식으로 재산권의 내용을 형성하고 확정하는 것’을 의미하고, 후자는 ‘국가가 구체적
인 공적 과제를 수행하기 위하여 이미 형성된 구체적인 재산적 권리를 전면적 또는 부
분적으로 박탈하거나 제한하는 것’을 의미한다(헌법재판소 1999. 4. 29. 선고 94헌바37 
결정 등 참조). 후자의 경우 손실보상으로서 정당한 보상을 의무적으로 요구한다.
3) 판단
앞서 본 인정사실, 앞서 든 증거들의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 따라 알 수 
있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 감염병예방법 제37조 제1항 제1호에 따른 감염
병 관리기관의 지정은 공익 목적을 위하여 이미 형성된 구체적 재산권을 박탈․제한하
는 헌법 제23조 제3항의 수용․사용 또는 제한에 해당하는 것이 아니라, 의료기관을 
개설하고 운영하는 자들이 수인하여야 할 사회적 제약으로서 헌법 제23조 제1, 2항의 
재산권의 내용과 한계에 해당한다고 봄이 타당하다. 위와 같은 재산권의 행사는 사회
적 기속성을 가지므로 공익적 필요에 따라 일정한 제약을 받을 수 있으며, 다만 사회
적 구속 범위를 넘는 과도한 제약일 경우에는 조정적 보상규정이 요구된다. 따라서 피
고가 이 사건 각 지정처분으로 인한 원고들의 손실을 완전 보상하여야 한다는 원고들
의 이 부분 주장은 이유 없다. 
가) 감염병예방법은 국민 건강에 위해가 되는 감염병의 발생과 유행을 방지하고, 그 
예방 및 관리를 위하여 필요한 사항을 규정함으로써 국민 건강의 증진 및 유지에 이바
지함을 목적으로 한다(제1조). 감염병예방법 제37조 제1항 제1호의 감염병 관리기관의 
지정은 위와 같은 감염병예방법의 취지에 따라 감염병을 예방하고 감염병환자등을 진
료하기 위하여 의료기관을 감염병 관리기관으로 지정하는 것을 그 내용으로 한다. 위
- 17 -
와 같은 관리기관의 지정은 국가가 의료기관 운영권을 강제로 취득하여 공익 목적으로 
사용하는 것이 아니라, 의료기관 운영자들이 감염병환자 등을 진료하는 시설을 설치하
거나 병원 또는 병동 일부를 비워 음압·격리병실을 확보하는 등의 형태로 의료기관을 
운영하게 되는 효과가 발생한다. 
나) 이 사건 각 요양병원이 감염병 전담병원으로 지정될 당시의 코로나19 확산 양
상, 피고가 이 사건 각 요양병원을 감염병 전담병원으로 지정한 경위 등을 종합하여 
보면, 이 사건 각 요양병원에 대한 감염병 전담병원 지정은 의료기관의 운영권을 강제
로 박탈하거나 축소시킬 목적으로 이루어진 것이 아니라, 감염병 예방이라는 공익적 
목적으로 인한 조치를 취하는 과정에서 그와 관련한 경제적 활동이 아울러 위축․제한
된 것에 해당한다. 따라서 그로부터 재산권에 미치는 현실적인 악영향은 사회적 제약에 
가깝다고 보아야 한다. 
나. 이 사건 지침의 성격․효력 및 손실보상의 판단기준 
1) 감염병예방법 제70조 제1항은 “보건복지부장관은 다음 각 호의 어느 하나에 해당
하는 손실을 입은 자에게 제70조의2의 손실보상심의위원회의 심의ㆍ의결에 따라 그 손
실을 보상하여야 한다”고 규정하고 있고, 제70조 제4항은 “제1항에 따른 보상의 대상
ㆍ범위와 보상액의 산정, 제3항에 따른 지급 제외 및 감액의 기준 등에 관하여 필요한 
사항은 대통령령으로 정한다”고 규정하고 있다. 그 위임에 따라 감염병예방법 시행령 
제28조 제1항 [별표 2의2]는 ‘법 제36조 및 제37조에 따른 감염병관리기관의 지정 또
는 격리소 등의 설치ㆍ운영으로 발생한 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 손실’을 
손실보상의 대상 및 범위로 규정하면서, 가목에서 ‘감염병관리시설의 설치ㆍ운영으로 
발생하는 비용(법 제36조제4항에 따라 감염병관리시설을 설치ㆍ운영하는 경우는 제외
- 18 -
한다)’를, 나목에서 ‘감염병환자, 감염병의사환자 등의 치료ㆍ진료ㆍ격리로 시설ㆍ장비
ㆍ인력 등을 원래의 목적대로 사용하지 못하게 되는 경우 발생하는 비용‘을 각 규정하
는 한편, 위 [별표 2의2]의 ‘비고’는 위 표에 따른 손실보상의 대상 및 범위에 관한 세
부사항은 피고가 정하여 고시하도록 하고 있다.
그런데 피고는 이에 따른 고시는 하지 않았고, 이 사건 지침이 존재할 뿐이다. 이 
사건 지침은 피고의 내부적 업무처리의 기준에 불과하여 대외적 구속력은 없다. 다만 
그 기준이 감염병예방법의 목적이나 취지에 비추어 객관적으로 합리성이 없다고 볼만
한 특별한 사정이 없는 이상 이를 재판절차에서 손실보상금의 적정성 여부를 판단하는 
세부기준으로 참작할 수 있다(대법원 2012. 11. 29. 선고 2008두21669 판결, 대법원 
2017. 7. 11. 선고 2015두2864 판결 등 참조).
2) 이에 대하여 원고들은 이 사건 지침이 감염병예방법령에 근거하지 않고 H가 임의
적으로 손실보상기준을 규정한 것이어서 법률유보 원칙에 위배되어 위법․무효라고 주
장한다. 그러나 이러한 원고들의 주장은 이 사건 지침이 대외적 구속력, 즉 법적 구속
력이 있는 경우 의미 있는 것인데, 앞서 본 것처럼 이 사건 지침은 대외적 구속력이 
인정되지 않는 피고의 내부 지침에 불과하다. 행정청은 특별한 근거 법령이 없더라도 
일정한 재량 판단의 기준이 되는 내부 지침을 얼마든지 마련할 수 있는데, 이 경우 해
당 지침에는 법적 구속력이 없기 때문에 법률유보 등은 문제되지 않는다. 피고가 손실
보상의 대상 및 범위에 관한 세부사항을 정함에 있어 감염병예방법이 예정한 고시의 
형태로 정하든지 내부 지침 형태로 정하든지 그 행정작용의 실질은 동일하다고 볼 수 
있는바, 피고가 이 사건 지침 형태로 손실보상의 대상 및 범위에 관한 세부사항을 정
하였다고 하여 그 자체로 이 사건 지침의 합리성 내지 적정성을 부정할 이유가 될 수
- 19 -
는 없다. 그렇다면 이와 다른 전제에 선 원고들의 주장은 모두 받아들이지 않는다.
3) 또한, 원고들은 피고가 합리적 근거 없이 손실보상 기준을 감염병 전담병원 등에 
불리한 방향으로 변경해온 것은 자기구속의 원칙에 반하여 위법하다고도 주장한다. 그
러나 국가가 코로나19를 예방하고, 확산을 방지하기 위해 의료기관을 어떤 방식과 내
용으로 운영할 것인지, 의료기관이 코로나19를 위해 감염병관리기관으로 지정되어 일
상적으로 영위하던 의료활동이 제한되는 경우 어떻게 어느 정도로 보상할 것인지는 감
염병의 확산 추이, 국가 재정의 한계와 다른 방역 조치에 필요한 재원 배분 등에 따라 
달라질 수 있다. 이에 피고는 관련 분야에 대한 학식과 경험이 풍부한 사람과 관계 공
무원으로 구성된 손실보상심의위원회와 협의하여 이 사건 지침을 마련하였다. 이러한 
사정들을 종합하면, 원고들이 주장하는 사정만으로는 이 사건 지침이 위법․무효라거
나, 그로 인하여 이 사건 각 처분이 곧바로 위법하게 된다고 볼 수는 없다. 
4) 원고들은 감염병예방법 시행규칙 제46조 3항에서 손실보상 청구방법 및 청구절
차에 필요한 세부사항을 보건복지부장관이 정하여 고시하도록 하고 있음에도 피고가 
고시를 제정하지 않고, 위 규칙 [별지 31호 서식]의 손실보상 청구서가 아니라 법령상 
근거가 없는 ‘손실보상 정산 신청서’에 따라 감염병예방법 제70조 제2항의 손실보상을 
한 것은 법치행정의 원칙에 반한다고 주장한다. 그러나 감염병예방법 시행규칙 제46조 
제1항은 ‘법 제70조 제2항에 따라 손실보상을 청구하려는 자는 별지 제31호 서식의 손
실보상청구서에 손실을 증명하는 서류(전자문서로 된 서류를 포함한다)를 첨부하여 보
건복지부장관, 시ㆍ도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 제출하여야 한다’고 규정하고, 
같은 조 제3항에서는 ‘제1항 및 제2항에서 정한 사항 외에 손실보상 청구방법 및 청구
절차에 필요한 세부사항은 보건복지부장관이 정하여 고시한다’고 규정하고 있으므로, 
- 20 -
피고에게 이미 감염병예방법 시행규칙 별지 제31호 서식으로 정하여져 있는 손실보상
청구서 양식을 다시 정해 고시할 의무가 있다고 볼 수 없는 점, 갑 제9호증의3의 기재
에 따르면 ‘손실보상 정산 신청서’ 양식과 별지 제31호 서식이 그 구성항목에 큰 차이
가 없어 위 신청서 양식에 따라 정산신청을 하더라도 원고들이 손실보상금 정산신청을 
함에 있어 어떠한 장애가 발생한다고 보이지도 않는 점 등에 비추어 원고들이 주장하
는 사정만으로는 이 사건 지침이 위법․무효라거나, 그로 인하여 이 사건 각 처분이 
곧바로 위법하게 된다고 볼 수 없다. 
다. 회복기간 손실보상금 과소정산 주장에 관한 판단
1) 원고들 주장 요지 
가) 의사 수가 20% 이상 감소하였다는 이유만으로 기대진료비를 감액하는 것은 헌
법상 완전보상의 원칙에 위배되고 합리적 근거가 없다(제1주장).
나) 의사 수 변동 현황을 산정하면서, ‘의사 수’에 한의사 인력을 포함하지 않은 것
은 부당하다(제2주장). 
다) 회복기간은 이 사건 각 요양병원이 감염병 전담병원 지정 전의 병상확보율에 
이르는 기간이 되어야 하고, 적어도 거점전담병원과 동일하게 1년이 인정되어야 함에
도 최대 6개월로 제한하는 것은 형평에 반한다(제3주장).
2) 판단
앞서 인정한 사실, 앞서 든 증거들, 갑16호증의3, 갑 제24, 35, 37호증, 을 제7 내지 
10호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종
합하여 보면, 피고가 이 사건 각 요양병원의 의사 수가 20% 이상 감소한 경우에 해당
한다는 이유로 기대진료비를 감액 조정하면서 ‘의사 수’에 한의사 인력을 포함하지 않
- 21 -
고 의사 수 변동 현황을 산정한 것은 객관적으로 합리성을 인정하기 어려우므로, 원고
들의 제2주장은 이유 있는 반면 제1, 3 주장은 이유 없다. 
가) 제1주장에 대하여 살피건대, 이 사건 지침은 감염병 전담병원에 대하여 전담병
원 운영 종료 후 회복기간 동안의 진료비 손실에 해당하는 ‘회복기간 손실’을 산정함에 
있어서 ‘의사 수가 20% 이상 감소한 경우 의사 수 감소 비율에 비례하여 해당 월에 즉
시 기대진료비 감액 조정하되 다만, 짧은 사전 예고로 지정 해제된 경우 2개월 경과 
후 적용한다’고 정하고 있다. 의료기관에 있어서 의사 수는 해당 의료기관이 치료할 수 
있는 환자 수 및 그에 따른 진료비 수입과 직접적인 관계가 있는바, 의료기관의 의사 
수가 20% 이상 감소하였다면 진료비 수입 역시 감소하였다고 보는 것이 합리적이다. 
또한, 회복기간 손실보상금 산정시 ‘감염병 전담병원 지정 전의 진료비’를 기준으로 기
대진료비를 산정하는 것은 해당 병원이 지정 전의 인력과 시설을 갖추고 있다는 것을 
전제로 하는 것인데, 만약 해당 병원이 지정 전의 인력과 시설을 유지하지 못하고 있
음에도 ‘감염병 전담병원 지정 전의 진료비’를 기준으로 기대진료비를 산정할 경우 회
복기간 손실보상금이 과다 산정될 우려가 있다. 이러한 사정들을 종합하여 보면, 손실
보상심의위원회가 의사 수 감소 비율에 비례하여 기대진료비를 감액 조정하도록 기준
을 정한 것이 원칙적으로 불합리하거나 부당하다고 보기는 어렵다. 따라서 원고들의 
제1주장은 이유 없다. 
나) 제2주장에 대하여 살피건대, 종합병원 또는 병원과 달리 요양병원의 경우 의사 
외에도 한의사 또한 개설할 수 있고(의료법 제33조 제2항), 의료기관에 두는 의료인의 
정원과 관련하여서도 요양병원의 경우 의사 정원 산정시 한의사를 포함하여 환산하므
로(의료법 시행규칙 제38조 제1항 [별표 5]), 요양병원에 있어서는 감염병 전담병원 지
- 22 -
정 전후의 해당 월 진료 규모를 판단하는 기준으로 ‘의사 수’에 한의사 수를 포함하는 
것이 요양병원에 대한 법적 규율 내용 및 실제 현황에 더 부합한다고 봄이 타당하다. 
그런데 을 제8 내지 10호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 따르면, 피고는 이 사건 
각 요양병원의 회복기간 손실을 산정하면서 의사 수에 한의사 수를 포함하지 않고 의
사 수 감소 비율을 산정해 기대진료비를 감액 조정한 사실이 인정되므로(피고가 이 사
건 각 요양병원별로 인정한 의사수와 의사수 감소비율 및 회복기 손실 산출의 구체적
인 내역은 별지2 목록 기재와 같다), 피고가 회복기간 손실보상금과 관련하여 기대진
료비 감액 조정 시 ‘의사 수’에 한의사 인력을 포함시키지 않고 산정한 부분은 위법하
다. 원고들의 이 부분 주장은 이유 있다.
다) 제3주장에 대하여 살피건대, 이 사건 지침은 감염병 전담병원의 경우 회복기간
을 거점전담병원(최대 1년)과 달리 최대 6개월로 정하고 있다. 감염병 전담병원은 코로
나19 대응을 위하여 국가 또는 지방자치단체로부터 감염병 전담병원으로 지정받은 의
료기관으로서 코로나19 환자 치료, 관리를 전담하는 병원인 반면, 거점전담병원은 코로
나19 중환자 및 고위험군의 효율적인 치료를 위하여 병상 전체 또는 일부를 소개하여 
코로나19 환자를 전담으로 치료하는 중환자병상, 준-중환자병상, 중등증환자병상을 갖
춘 병원이다. 감염병 전담병원과 거점전담병원은 환자치료의 중증도, 필요한 의료자원 
및 인력 측면 등에서 차이가 있고, 피고는 전체 병상을 장기간 소개한 거점전담병원은 
지정 해제 후 정상적인 진료 수준의 회복에 관한 불확실성이 감염병 전담병원보다 크
다는 점, 추가 보상을 통해 거점전담병원에 대한 지정 기피를 해소할 필요가 있는 점, 
의료기관별 기여 정도에 따른 차등 보상 지급의 필요성이 있는 점 등 두 병원의 규범
적․사실적 차이 및 거점전담병원 수의 일정한 유지라는 정책적 필요성을 종합적으로 
- 23 -
고려하여 전체 소개 거점전담병원에 대하여 최대 1년의 보상기간을 인정한 것인바, 감
염병 전담병원과 거점전담병원의 최대 보상기간을 달리 정한 것이 형평에 어긋난다거
나 현저히 부당하다고 보기 어렵다. 원고의 제3주장은 이유 없다.
라. 미사용병상 손실보상금 과소정산 주장에 관한 판단 
1) 소개병상 수 과소 인정 주장에 대한 판단
가) 원고들 주장 요지
이 사건 각 요양병원의 경우 비록 확보병상 감축명령에 따라 형식상 일부 병상이 
일반병상으로 전환되었더라도 감염병환자의 치료·진료 및 격리라는 특수한 기능 수행
을 수행한다는 점에서 해당 병상을 실제로 요양병원의 일반적인 입원 대상자에게 사용
할 수 없는 객관적인 사정이 존재한다, 그럼에도 피고가 전환된 병상을 손실보상의 대
상인 소개병상으로 인정하지 않고 손실보상의 대상이 아닌 일반병상으로 보아 미사용
병상 손실보상금을 과소정산 한 것을 위법하다.
나) 판단 
⑴ 앞서 인정한 사실과 앞서 든 증거 및 갑 제17의 기재에 변론 전체의 취지를 
더하여 인정되거나 알 수 있는 다음과 같은 사실 내지 사정들을 종합하여 보면, 확보
병상에서 병상 수 감축명령으로 인해 일반병상으로 전환한 병상에 대해 피고가 이 사
건 지침에 따라 소개병상으로 불인정하여 손실보상금을 산정하는 것은, 전환된 병상을 
일반병상으로 사용할 수 없는 객관적․구체적 사유가 인정된다는 등의 특별한 사정이 
없는 한, 그 자체로 심히 부당하거나 객관적으로 합리성이 없다고 보기는 어렵다.
① 이 사건 지침은 감염병전담병원에 대한 병상보상을 정부․지자체의 지시에 
의해 코로나19 환자를 치료하기 위해 확보한 병상인 ‘확보병상’에 대한 보상과 확보병
- 24 -
상을 만들기 위해 소개(疏開)한 병상인 ‘소개병상’에 대한 보상으로 나누고 있고, ‘소개
병상’에 대한 보상은 ‘병상 수×병상단가×1배’로 정하고 있으며, ‘코로나19 전담병상을 
일반병상으로 전환하여 감축한 병상은 소개병상으로 불인정’한다고 정하고 있다. 
② 피고는 이 사건 지침에서 정한 바와 같이 이 사건 각 요양병원에 대한 병상 
수 감축명령으로 확보병상에서 일반병상으로 전환된 병상은 소개병상으로 인정하지 않
고 손실보상금을 산정하였다. 이 사건 각 요양병원들에 대한 피고의 미사용병상(소개병
상) 산출내역은 별지3 목록 기재와 같다.
③ 피고는 2022. 4.경 코로나19 유행규모가 감소세로 전환되고, 위중증 환자와 
사망자 규모도 감소세로 전환되는 상황에서 중증 병상 중심으로 치료체계를 개편하고, 
입원수요가 낮아진 감염병전담병원부터 병상 규모를 단계적으로 조정하기로 함에 따라 
확보병상 감축 및 지정 해제 조치를 하였다. 이와 같은 확보병상 감축 조치는 일반 의
료체계로의 단계적 전환 추진 정책의 일환으로 이루어진 것으로서, 코로나19 이외의 
일반 의료수요에도 적절히 대응할 수 있도록 하기 위한 것이므로, 피고의 병상 수 감
축명령에 따라 확보병상에서 일반병상으로 전환된 병상은 당연히 ‘감염병전담병원이 
정부․지자체의 지시로 비운 병상 수’에서도 공제된다고 보는 것이 타당하다. 만약 이
와 달리 피고의 병상 수 감축명령에 따라 확보병상에서 일반병상으로 전환된 병상이 
확보병상 수에서만 공제될 뿐 ‘감염병전담병원이 정부․지자체의 지시로 비운 병상 수’
에서는 공제되지 않는다고 본다면, 피고의 병상 수 감축명령에 따라 코로나19 환자가 
입원치료할 수 있는 병상이 줄었음에도 감축된 병상 수만큼 소개병상이 늘어 그에 따
른 손실보상금이 여전히 지급되어야 한다는 의미가 되어 여전히 일반 환자의 의료수요 
충족에는 도움을 주지 못하게 되므로 오히려 부당하다.
- 25 -
④ 감염병전담병원에 대하여 확보병상 수 감축명령을 하게 되면, 일반병상으로 
사용할 수 없는 특별한 사정이 인정되지 않는 한, 확보병상에서 일반병상으로 전환된 
병상에 코로나19 환자가 아닌 일반환자를 입원시키는 등으로 일반병상으로 사용할 수 
있게 된다. 단지 병원의 구조 등으로 인하여 미사용병상을 일반병상으로 전환할 수 없
다는 등의 사정만으로는 전환된 병상을 일반병상으로 사용할 수 없다고 보기는 어렵
다. 따라서 이를 정부․지자체의 지시․요청의 이행으로 발생한 손실이라고 볼 수는 
없고, 원고의 선택에 따라 일반병상으로 사용하지 않아 발생한 손해를 마땅히 ‘소개병
상’으로 보아 보상해야 한다고 단정하기 어렵다. 
⑤ 다만 감염병전담병원에 다수의 코로나19 환자가 입원 중이라는 이유로 일반
환자가 감염병전담병원에서 치료받거나 또는 입원하는 것을 꺼릴 수는 있다. 이에 피
고는 감염병전담병원이 코로나19 환자의 치료기간 동안 발생할 수 있는 일반환자 감소
에 따른 진료비 손실을 ‘일반환자 감소 손실’ 항목으로 따로 보상하고 있으므로, 여기
에 더하여 원고들 주장과 같이 병상 수 감축명령에 따라 일반병상으로 전환된 병상까
지 소개병상으로 인정하여 손실보상을 하여야 한다고 보기도 어렵다(더욱이 ‘일반환자 
감소 관련 손실보상금’의 산식을 살펴보면, 산정된 ‘기대 진료비’ 등에서 ‘미사용병상․
사용병상 손실보상금’을 공제하므로, 결국 원고 주장과 같이 확보병상에서 일반병상으
로 전환된 병상을 소개병상으로 보아 손실보상금 지급대상으로 본다고 하더라도 그만
큼 ‘일반환자 감소 손실 보상금’이 줄어들게 되어, 주장의 실익이 크지 않다). 
⑵ 그러나 한편, 이 사건 각 요양병원과 같은 감염병전담 요양병원의 경우에는 
감축 명령에 따라 확보병상에서 일반병상으로 전환된 병상에 대한 손실보상과 관련하
여 요양병원에 대한 의료법 규정에 따른 규범적 측면과 사실적 측면이 고려되어야 한
- 26 -
다. 즉, 감염병전담요양병원의 경우 본래는 병원급 의료기관 중에서도 요양병원에 해당
하는바(의료법 제3조 제2항 제3호 라목 참조), 감염병예방법에 따른 감염병환자 등은 
요양병원의 입원 대상이 될 수 없다(의료법 제36조 제3호, 의료법 시행규칙 제36조 제
2항). 따라서 확보병상 감축 명령에 따라 형식상․통계상으로는 일부 확보병상이 일반
병상으로 전환되더라도, 본래는 요양병원에 입원할 수 없는 감염병환자들이 여전히 잔
존 확보병상에서 입원치료를 받고 있거나 받을 수 있는 이상, 병동이나 공용공간 등이 
완전히 분리되어 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한 법령에 따른 요양병원 입원 대상
인 노인성 질환자, 만성질환자, 외과적 수술 후 또는 상해 후 회복기간에 있는 자들(의
료법 시행규칙 제36조 제1항 참조)이 감염병전담요양병원의 일반병상에 입원할 것을 
합리적으로 기대하기 어렵다. 이러한 사정을 고려하면, 이 사건 병원과 같이 요양병원 
중에서 감염병전담병원으로 지정된 경우에는 확보병상이 감축되어 일반병상으로 전환
되더라도 이를 실제로 일반병상으로 사용할 수 없는 객관적 사유, 즉 ‘감염병환자등의 
치료․진료․격리로 시설을 원래 목적대로 사용하지 못하게 되는 경우’에 해당한다고 
보는 것이 타당하므로, 감축 명령에 따라 일반병상으로 전환된 부분에 대해서도 여전
히 적어도 소개병상으로 인정하여 손실보상금을 산정할 합리적 필요가 인정된다. 원고
들의 이 부분 주장은 이유 있다. 
2) 1일당 소개병상 단가의 과소산정 주장에 대한 판단
가) 원고들 주장 요지 
① 피고가 2021. 7.경부터 1일당 소개병상단가(이하 ‘1일당 병상단가’라고만 한다)
를 합리적 근거 없이 하향하거나 상향하는 등 자의적으로 조정하였고, 18차 개산급부
터 1일당 병상당가를 상향하고 그 상향된 금액을 소급적용하기로 결정하였음에도 
- 27 -
2021. 8. 이전에 감염병전담병원지정이 해제된 병원에 대하여는 상향된 병상단가를 적
용하지 않은 것은 손실보상기준을 자의적으로 변경한 것이어서 행정의 자기구속의 원
칙에 반하여 위법하다. 또한 ➁ 요양기관 종별 보장률 수치로 산출한 비급여진료비를 
기초로 1일당 병상단가를 산정한 것은 아래 마.항에서 보는 바와 같은 이유로 위법하
다.
나) 판단 
앞서 본 인정사실, 앞서 든 증거들, 갑 제39, 40호증, 을 제8 내지10호증의 각 기
재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 원고가 들고 
있는 사정만으로 피고가 합리적 근거 없이 기존에 적용하였던 1일당 병상단가를 변경
하여 행정의 자기구속의 원칙을 위반하였다고 볼 수 없고, 요양기관 종별 보장률 수치
로 산출한 비급여진료비를 기초로 1일당 병상단가를 산정한 것만으로 어떠한 위법이 
있다고 볼 수 없다. 이와 다른 전제에선 원고들의 주장은 받아들이지 않는다.
⑴ 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하면, 1일당 병상단가는 “[(급여진료
비) + (비급여진료비)] ÷ (진료비 산출연도의 연평균 신고 병상 수) ÷ (연간평균 영업
일수) × (1 + 종별 환산지수 증가율)”의 산식으로 산정되는데, 다만 2021. 1.분에 대한 
11차 개산급부터 2021. 6.분에 대한 16차 개산급까지는 위와 같이 산출된 금액이 ‘종별 
평균 병상단가(상급종합병원 537,324원, 종합병원 316,650원, 병원 161,585원)에 미달
하는 경우는 종별 평균 병상단가로 조정한다’는 기준에 따라 위 기간동안 이 사건 각 
요양병원의 1일당 병상단가가 161,585원으로 조정된 사실, 2021년 제6차 손실보상심의
위원회는 2021. 6. 23. ‘종별 평균 병상단가 보장의 배경은 2020. 12.경 긴급한 병상 확
충을 위해 도입되었으나, 개별 병원의 병상단가와 차이가 많아 과다보상이라는 비판이 
- 28 -
있다’는 이유로 개별 병원의 병상단가의 150%를 1일당 병상단가의 상한으로 설정하는 
한편 ‘2020. 12.경 신속한 병상 확보를 위해 소개병상에 확보병상과 동일하게 종별 평
균 병상단가를 적용하여 왔으나, 과다보상 우려가 있고 확보병상을 더 많이 보유할수
록 보상도 높아지는 구조가 바람직하다’는 이유로 소개병상의 1일당 병상단가는 개별 
병원 병상단가(다만 10% 인상분 반영)를 적용하기로 하면서, 현행 보상기준은 3차 대
유행시 긴급한 병상 확보를 위한 한시적 지원 성격을 가지므로 6월 말 병상 운영계획 
조정에 맞추어 위와 같은 새로운 기준은 2021. 7. 1.부터 적용하기로 의결한 사실, 그
에 따라 D병원의 2021. 7.분 1일당 병상단가는 88,083원로 계산되어 17차 개산급이 지
급된 사실, 2021년 제9차 손실보상심의위원회는 2021. 9. 27. 코로나19 4차 대유행 상
황에서 신규병상을 확보하고 기 운영병상의 이탈을 방지하기 위해 병상단가 등을 다시 
검토하였고, 그 결과 감염병 전담요양병원의 병상단가에 관하여 코로나19 4차 대유행
에 적극적으로 대응할 필요와 요양병원의 특수성을 고려하여 확보병상단가와 소개병상
단가를 상향하기로 하고 적용시기는 치료의료기관의 재정 부담 완화를 위하여 2021. 
7. 1.부터 소급적용하기로 의결한 사실, 피고는 위와 같이 지급된 이 사건 각 요양병원
에 대한 개산급이 정당하므로 추가로 지급할 것이 없다는 전제 하에 이 사건 각 처분
을 한 사실이 인정된다.
⑵ 위 인정사실과 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음의 사정들, 즉 17
차, 18차 개산급 지급시 1일당 병상단가가 조정된 것은 코로나19 유행 양상 변화와 병
상 확보 필요성의 증감에 따라 손실보상심의위원회가 당시 감염병 상황에 맞는 구체적
인 기준, 특히 상한 금액을 심의․의결한 결과이지, 피고가 임의로 금액을 변경한 것이 
아닌 점, 기존 종별 평균 병상단가인 161,585원의 적용은 2020. 12.경 코로나19 환자 
- 29 -
수가 폭발적으로 급증함에 따라 병상을 긴급히 확보하기 위해 정책유도적인 목적에서 
병상단가를 높여 준 측면이 있는바, 이후 코로나19 환자의 감소 등 사정변경이 발생한 
경우 원칙적인 산식에 따라 산정된 개별 병원의 병상단가를 적용한다고 하여 부당하다
고 보기 어려우며, 보건행정을 담당하는 피고로서는 감염병이 다시 유행할 경우 그 필
요성에 따라 객관적이고 합리적인 기준을 통해 병상단가를 다시 높게 설정하거나 상향
한 병상단가의 소급적용 여부 등을 탄력적으로 조정할 재량이 있는 점 등에 비추어 보
면, 원고가 들고 있는 사정만으로 피고가 기존에 결정한 1일당 병상단가를 하향 또는 
상향한 것만으로 행정의 자기구속의 원칙에 위반된다고 볼 수 없다(원고들은 피고가 1
일당 병상단가 상향하면서 상향된 병상단가를 2021. 8. 이후 운영 중인 감염병 전담병
원에 대하여만 적용하고 그 전에 지정해제 된 감염병 전담병원에 대하여 소급적용하지 
않는 것으로 변경한 것은 행정의 자기구속의 원칙에 반한다고 주장하나 피고가 기존에 
정한 1일당 병상단가에 구속되지 않는 것은 앞서 본 바와 같으므로, 상향 조정된 1일
당 병상단가의 소급적용 범위를 2021. 8. 이후 운영 중인 감염병 전담병원에 대하여만 
적용하도록 한 것의 당부 판단은 별론으로 하더라도(원고들은 이에 대하여 구체적으로 
다투지 않고 있다), 피고가 종전과 달리 1일당 병상단가를 변경하였다는 것만으로 행
정의 자기구속의 원칙에 반한다고 볼 수 없다. 그리고 원고들이 모두 2021. 8. 이후에
도 이 사건 각 요양병원을 운영하고 있었던 것은 앞서 본 바와 같으므로 원고들은 상
향된 1일당 병상단가 소급적용 제외 대상기관도 아니다. 그렇다면 피고가 상향 조정된 
1일당 병상단가의 소급적용 범위를 2021. 8. 이후 운영 중인 감염병 전담병원에만 적
용하도록 한 것에 당부 판단이 이 사건 각 결정의 위법 여부에 영향을 미치지도 않는
다). 
- 30 -
⑶ 원고들은 1일당 병상단가를 산정하는 항목 중 비급여진료비에 실제 비급여진
료비가 아닌 요양기관 종별 보장률 수치를 반영한 것은 위법하다고 주장하나, 이는 아
래 마. 2)항에서 보는 바와 같은 이유로 객관적으로 합리성이나 적정성을 결여한 것으
로 볼 수 없다.
마. 비급여진료비 요양기관 종별 보장률 반영 위법 주장에 대한 판단
1) 원고들 주장 요지
피고가 이 사건 각 요양병원과 같은 노인요양병원의 경우 비급여진료가 거의 이루
어지지 않음에도 실제 비급여진료비 비중을 파악하지 않고 요양기관 종별 보장률을 적
용하여 비급여진료비를 보상하는 것은 위법하다.
2) 판단
살피건대, 앞서 본 인정사실, 앞서 든 증거들의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의
하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉, ① 원고의 이 부분 주장은 이 사건 병원에 대
한 손실보상이 헌법 제23조 제3항에 따른 완전한 보상이라는 점을 전제하는 것인데, 
이 사건에 헌법 제23조 제3항이 적용되지 않음은 앞서 본 바와 같은 점, ② 피고에게
는 보상금 목적, 의료기관의 상황, 국가예산 등 다양한 사정을 고려하여 보상금 산정의 
기준을 정할 수 있는 재량이 있는 점, ③ 비급여진료의 경우 사적자치가 적용되는 영
역으로 진료내용과 진료비용 등의 차이가 크고 급여진료비와 달리 국민건강보험공단 
등 행정청이 그 진료내역과 비급여비용 등을 파악하기 어려워, 어느 범위의 비급여진
료비를 보상대상으로 할지에 대한 논의 및 그로 인한 후속 분쟁 발생 등으로 인하여 
손실보상이 지연될 우려가 있는 점, ④ 손실보상이 지연되는 것을 방지하고 한정된 예
산 안에서 지급되는 손실보상금 규모의 예측가능성을 보장하기 위하여 이 사건 지침을 
- 31 -
통해 비급여진료비 부분을 보상하되, 요양기관 종별 보장률을 적용하여 평균적인 수준
의 비급여진료비까지 보장한다는 통일적이고 일률적인 기준을 마련한 것이 피고가 가
지는 재량 판단의 범위에 비추어 객관적으로 불합리 하다고 보기 어려운 점 등을 종합
하면, 피고가 요양기관 종별 보장률 수치로써 비급여진료비를 산정한 것이 객관적으로 
합리성이나 적정성을 결여하였다고 보기 어렵다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고들
의 주장은 모두 받아들이지 않는다.
바. 지연손해금에 관한 판단 
1) 원고들 주장의 요지
감염병관리기관 지정으로 인한 회복기 손실은 회복기간이 만료되면서 손실의 범위
가 확정되고 그때 손실보상금 지급의무가 발생하므로, 피고는 원고들이 감염병 전담병
원에서 지정해제된 때로부터 1년의 회복기간이 만료되는 날의 다음날부터 연 5%의 비
율로 계산한 지연손해금을 추가로 지급하여야 한다. 감염병관리기관 지정으로 인한 미
사용 병상 손실은 감염병 전담병원 지정해제가 이루어지면서 손실의 범위가 확정되고 
그 때 손실보상금 지급의무가 발생하는 것이므로, 피고는 원고들이 감염병 전담병원에
서 지정해제된 날의 다음 날부터 연 5%의 비율로 계산한 지연손해금을 추가로 지급하
여야 한다. 그럼에도 피고가 이를 보상하지 않은 것은 위법하다.
2) 판단
원고들의 이 부분 주장은 이 사건 각 지정처분이 헌법 제23조 제3항의 공용침해에 
해당함을 전제로 하나, 이 사건 각 지정처분이 공용침해에 해당하지 아니함은 앞서 본 
바와 같다. 또한, 감염병예방법 제70조 제1항은 ‘보건복지부장관은 다음 각 호의 어느 
하나에 해당하는 손실을 입은 자에게 손실보상심의위원회의 심의․의결에 따라 그 손
- 32 -
실을 보상하여야 한다’고 규정하고, 제2항에서 ‘제1항에 따른 손실보상금을 받으려는 
자는 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 손실보상 청구서에 관련 서류를 첨부하여 보
건복지부장관 등에게 청구하여야 한다’고 규정하고 있다. 따라서 손실보상 사유가 발생
하였다고 하여 피고에게 당연히 사유 발생일로부터 구체적인 손실보상금 지급의무가 
인정된다고 할 수 없다. 이와 다른 전제에 선 원고들의 지연손해금 관련 주장은 더 나
아가 살펴볼 필요 없이 모두 이유 없다. 
사. 원고 I와 E의 직접비용 과소 정산 주장에 대한 판단
1) 원고들 주장 요지
원고 I는 직접비용으로 시설철거 및 원상복구 공사비로 167,459,040원을 지출하였
고, 원고 E는 직접비용으로 432,513,304원(= 시설철거비 280,995,0000원 + 의료폐기물
처리비용 151,518,304원)을 지출하였다. 그럼에도 피고가 위 각 금액 및 이에 대한 연 
5%의 비율의 지연손해금을 직접비용으로 손실보상하지 않은 것은 위법하다.
2) 판단
살피건대, 앞서 본 인정사실, 앞서 든 증거들, 갑 제25호증의 각 기재 및 변론 전체
의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들 즉, ① 직접비용 손실보상금은 정부․
지방자치단체의 조치 이행을 위해 시설철거, 폐기물처리, 환자전원에 소요된 직접 비용
에 대한 보상금으로서, 과도한 철거비용이나 원상복구비는 손실보상에서 제외하기 위
하여 일정한 기준에 따라 비용 지출의 적정성에 대한 검토를 거친 뒤 적정하게 지출된 
것으로 인정되는 범위 내에서 지급되는 점, ② 이 사건 지침에서 시설철거비 보상기준
에 대하여 ‘적정성 심사 후 감염병관리시설 설치와 직접적 관련성이 없는 병동·병상 전
체의 리모델링 등 과도한 철거비용과 병상의 구조변경 및 전반적인(전체) 도색·타일교
- 33 -
체 등 병상운영을 위한 과도한 수리비는 보상에서 제외된다’고 하고, ‘감염병관리시설 
설치시 사용된 시설물이나 물품 등을 철거한 후 해당 병상을 운영하기 위해 필요한 일
부 수리비는 지원’하는 것으로 하며, 폐기물처리비 보상기준에 대하여 코로나19 환자 
치료와 관련된 폐기물 처리비(용역비, 전용용기, 전자태그 비용, 내부봉투 구입비)를 보
상하며 코로나19 환자 치료로 인해 폐기물처리비가 종전보다 많이 발생한 경우 그 증
가액만큼 보상한다’고 하여 세부 보상기준을 명시하고 있는 점(갑 제24호증 제4, 5면), 
③ 피고가 위와 같은 직접비용 손실보상 지급기준에 따라 원고 I와 E가 제출한 자료들
을 검토․심사하여 적정하게 산출되어야 할 직접비용을 평가하여 직접비용 손실보상금
을 산정한 것으로 보이는 점, ④ 원고 I가 제출한 증거만으로는 원고 I가 지출한 
167,459,040원이 직접비용 손실보상 대상에 해당한다고 인정하기 부족하고 달리 이를 
인정할 증거가 없으며, 원고 E가 지출한 432,513,304원이 직접비용 손실보상 대상에 
해당하는 것으로 인정할 아무런 증거가 없는 점, ⑤ 원고 I가 이 사건 정산신청을 하면
서 직접비용에 대한 부분을 신청하지 않아 피고가 이를 직권으로 결정한 점 등을 종합
하면, 원고 I, E가 주장하는 사정만으로는 이 사건 각 처분 중 원고 I, E에 대한 직접
비용 정산결정이 위법하다고 볼 수 없다. 원고 I, E의 이 부분 주장은 받아들이지 않는
다.
아. 소결 및 취소의 범위
이 사건 각 요양병원의 미사용병상 손실보상금과 관련하여 본래 요양병원임에도 확
보병상에서 일반병상으로 전환된 병상을 소개병상으로 인정하지 않고 산정한 부분, 회
복기간 손실보상금과 관련하여 기대진료비 감액 조정 시 ‘의사 수’에 한의사 인력을 포
함시키지 않고 산정한 부분은 위법하다. 반면 그 외 원고들의 나머지 주장은 모두 이
- 34 -
유 없다. 다만 제출된 자료들만으로는 피고가 2023. 4. 11. 원고들에 대하여 한 이 사
건 각 처분 중 적법한 부분과 위법한 부분의 금액을 정확히 산출할 수 없으므로, 피고
가 2024. 4. 11. 원고들에 대하여 한 이 사건 각 처분 전부를 취소할 수밖에 없다.
6. 결론
원고 의료법인 B의 소 중 시설․장비비용 지원금 부분 및 2024. 7. 16.자 손실보상 
직접비용 정산결정통지처분의 취소청구 부분, 원고 의료법인 C의 소 중 시설․장비비
용 지원금 및 의료부대사업 손실보상금 부분은 각 각하하고, 원고들이 피고에 대하여 
이 사건 각 처분의 취소를 구하는 부분은 이유 있어 이를 모두 인용하며, 소송비용은 
소송 진행 경과와 실질적으로 인용되는 부분 등을 고려하여 소송비용 중 원고 A와 피
고 사이에 생긴 부분의 80%는 원고 A가, 나머지는 피고가 각 부담하고, 원고 I와 피고 
사이에 생긴 부분의 95%는 원고 I가, 나머지는 피고가 각 부담하며, 원고 E와 피고 사
이에 생긴 부분의 45%는 원고 E가, 나머지는 피고가 각 부담하도록 정하여 주문과 같
이 판결한다.
- 35 -
별지1
관계 법령 
▣ 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률
제37조(감염병위기 시 감염병관리기관의 설치 등) 
① 보건복지부장관, 질병관리청장, 시ㆍ도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 감염병환자가 대량
으로 발생하거나 제36조에 따라 지정된 감염병관리기관만으로 감염병환자등을 모두 수용하
기 어려운 경우에는 다음 각 호의 조치를 취할 수 있다.
1. 제36조에 따라 지정된 감염병관리기관이 아닌 의료기관을 일정 기간 동안 감염병관리기
관으로 지정
② 제1항제1호에 따라 지정된 감염병관리기관의 장은 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 감
염병관리시설을 설치하여야 한다. 
제70조(손실보상) 
① 보건복지부장관, 시ㆍ도지사 및 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 
손실을 입은 자에게 제70조의2의 손실보상심의위원회의 심의ㆍ의결에 따라 그 손실을 보상
하여야 한다. 
1. 제36조 및 제37조에 따른 감염병관리기관의 지정 또는 격리소 등의 설치ㆍ운영으로 발
생한 손실
1의2. 제39조의3에 따른 감염병의심자 격리시설의 설치ㆍ운영으로 발생한 손실
2. 이 법에 따른 조치에 따라 감염병환자, 감염병의사환자 등을 진료한 의료기관의 손실
3. 이 법에 따른 의료기관의 폐쇄 또는 업무 정지 등으로 의료기관에 발생한 손실
② 제1항에 따른 손실보상금을 받으려는 자는 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 손실보상 
청구서에 관련 서류를 첨부하여 보건복지부장관, 시ㆍ도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 
청구하여야 한다
④ 제1항에 따른 보상의 대상ㆍ범위와 보상액의 산정, 제3항에 따른 지급 제외 및 감액의 기준 
등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
▣ 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률 시행령
제28조(손실보상의 대상 및 범위 등) 
① 법 제70조제1항에 따른 손실보상의 대상 및 범위는 별표 2의2와 같다.
- 36 -
[별표 2의2] 손실보상의 대상 및 범위(제28조 제1항 관련)
1. 법 제36조 및 제37조에 따른 감염병관리기관의 지정 또는 격리소 등의 설치ㆍ운영으로 발
생한 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 손실
가. 감염병관리시설의 설치ㆍ운영으로 발생하는 비용(법 제36조제4항에 따라 감염병관리시
설을 설치ㆍ운영하는 경우는 제외한다)
나. 감염병환자, 감염병의사환자 등의 치료ㆍ진료ㆍ격리로 시설ㆍ장비ㆍ인력 등을 원래의 
목적대로 사용하지 못하게 되는 경우 발생하는 비용
비 고
1. 위 표에 따른 손실보상의 대상 및 범위에 관한 세부사항은 보건복지부장관이 정하여 고시한
다.
2. 보건복지부장관은 감염병의 특성에 따라 위 표에 따른 손실보상의 대상 및 범위를 적용하는 
것이 곤란하다고 판단하는 경우에는 위 표에도 불구하고 손실보상의 대상 및 범위를 별도로 
정하여 고시할 수 있다. 
끝.
- 37 -
별지2
목 록 
1. D병원 의사수 감소비율 산정 및 회복기 손실 산출내역
비실명화로 생략
2. B 의사수 감소비율 산정 및 회복기 손실 산출내역
비실명화로 생략
3. F 의사수 감소비율 산정 및 회복기 손실 산출내역
비실명화로 생략
끝.
- 38 -
별지3 
목 록 
1. D병원 미사용병상(소개병상) 산출내역
비실명화로 생략
2. B 미사용병상(소개병상) 산출내역
비실명화로 생략
3. F 미사용병상(소개병상) 산출내역
비실명화로 생략
끝.