[행정 판결문] 서울행정법원 2025구합55035 - 요양급여비용 재환수결정 처분 취소

 

[행정] 서울행정법원 2025구합55035 - 요양급여비용 재환수결정 처분 취소.pdf

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서 울 행 정 법 원
제 1 4 부
판 결
사 건 2025구합55035 요양급여비용 재환수결정 처분 취소
원 고 A 
피 고 국민건강보험공단
변 론 종 결 2026. 2. 26.
판 결 선 고 2026. 3. 12.
주 문
1. 피고가 2025. 7. 1. 원고에게 한 요양급여비용 2,534,986,220원 재환수처분을 취소한
다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다. 
청 구 취 지
주문과 같다.
이 유
1. 처분의 경위
가. 이 사건 선행처분의 경위 
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1) 원고는 약사인데, 20**. **. **. 강릉시에 있는 ‘B병원’의 병원장 C와 이사 D(이하 
통틀어 ‘C 등’이라 한다)에게 고용되면서 자신의 약사 면허를 대여하여, C 등이 20**. 
**. **.부터 20**. **. *.까지 원고 명의로 강릉시에 ‘E약국’(이하 ‘이 사건 약국’이라 한
다)을 개설ㆍ운영하였고, 원고는 C 등의 지시에 따라 이 사건 약국에서 의약품 조제․
판매업무를 수행하였다.
2) 이 사건 약국은 위 기간 중 국민건강보험의 가입자 또는 피부양자에게 지급한 약
제와 관련하여 피고로부터 요양급여비용(공단부담금) 3,708,237,300원을 지급받았고, 
가입자 또는 피부양자로부터 요양급여비용(본인부담금) 1,484,106,930원을 지급받았다.
3) 피고는 2017. 9. 6. 원고에 대하여 ‘이 사건 약국은 약사법 제20조 제1항을 위반
하여 개설된 이른바 사무장약국으로서 위 요양급여비용은 원고가 속임수나 그 밖의 부
당한 방법으로 지급받은 경우에 해당한다’는 이유로 구 국민건강보험법(2011. 12. 31. 
법률 제11141호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조 제1항에 근거하여 위 요
양급여비용 합계 5,192,344,230원을 전액 징수하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 선행
처분’이라 한다). 
나. 선행 행정소송의 경과 
1) 원고는 2017. 11. 30. 피고를 상대로 이 사건 선행처분의 취소를 구하는 소송을 
제기하였으나, 제1심과 항소심에서 원고의 청구와 항소를 기각하는 판결이 선고되었고
[춘천지방법원 강릉지원 20**. *. **. 선고 20**구합***** 판결, 서울고등법원(춘천) 
20**. **. **. 선고 20**누*** 판결], 원고는 이에 불복하여 상고하였다.
2) 대법원은 구 의료법(2007. 4. 11. 법률 제8366호로 전부 개정되기 전의 것) 제33
조 제2항을 위반하여 개설된 이른바 ‘사무장병원’과 관련하여 피고가 의료기관의 개설
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명의인을 상대로 요양급여비용 전액을 징수한 사안에서, ‘구 국민건강보험법 제52조 제
1항이 정한 부당이득징수는 재량행위이고, 요양기관이 실시한 요양급여 내용과 요양급
여비용의 액수, 의료기관 개설․운영 과정에서의 개설명의인의 역할과 불법성의 정도, 
의료기관 운영성과의 귀속 여부와 개설명의인이 얻은 이익의 정도, 그 밖에 조사에 대
한 협조 여부 등의 사정을 고려하지 않고 의료기관의 개설명의인을 상대로 요양급여비
용 전액을 징수하는 것은 다른 특별한 사정이 없는 한 비례원칙을 위반하여 재량권을 
일탈․남용한 경우에 해당한다’는 판결을 선고하였다(대법원 2020. 6. 4. 선고 2015두
39996 판결). 
3) 같은 취지에서 대법원은 원고가 상고한 사건에 관해서도 ‘피고가 이 사건 약국의 
개설명의인인 원고를 상대로 요양급여비용 전액을 징수한 이 사건 선행처분은 비례원
칙을 위반하여 재량권을 일탈․남용한 경우에 해당한다’는 이유로 원고의 상고를 받아
들여 위 항소심판결을 파기환송하는 판결을 선고하였다(대법원 20**. **. **. 선고 
20**두***** 판결). 그에 따라 환송 후 항소심은 제1심판결을 취소하고 이 사건 선행
처분을 취소하는 판결을 선고하여[서울고등법원(춘천) 20**. *. **. 선고 20**누*** 판
결] 20**. *. **. 그대로 확정되었다(이하 ‘선행 취소판결’이라 한다).
다. 재량준칙의 제․개정 경과
1) 피고는 2021. 1.경 앞서 본 대법원 2015두39996 판결 취지에 따라 의료법 및 약
사법 등을 위반하여 개설된 요양기관이 부당청구․수령한 요양급여비용 상당액을 징수
할 때 적용할 재량준칙으로 ‘불법개설 요양기관 환수결정액 감액․조정 업무처리지침’
을 마련하였다(이하 ‘종전 재량준칙’이라 한다). 그러나 대법원은 종전 재량준칙에 대해
서도 그 감액․조정 기준이 객관적으로 합리성이 있다고 보기 어렵고, 이를 기계적으
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로 적용하여 처분에 이를 경우에는 의무위반의 내용에 비하여 징수금이 과중하여 사회
통념상 현저하게 타당성을 잃는 결과를 초래할 가능성이 크므로, 위 지침은 상위법령
의 규정과 입법목적, 비례원칙 등에 반하여 객관적으로 합리성이 없다고 판단하였다(대
법원 2023. 8. 18. 선고 2022두32474 판결 등). 
2) 이에 피고는 2023. 11.경 본인일부부담금의 감경조항을 신설하고 공단부담금 감
경 항목과 비율을 수정하여 ‘의료법 및 약사법 등을 위반하여 불법으로 의료기관․약
국을 개설․운영한 자에 대한 부당이득 환수결정금액 중 자진신고 또는 불법성 가담 
여부 등을 종합적으로 고려하여 요양급여비용 및 건강검진비용 환수 결정금액의 감경
비율을 정하기 위한 목적’으로 내부 재량준칙인 ‘불법개설기관 처분(감경) 업무처리지
침’을 마련하였다(이하 ‘이 사건 재량준칙’이라 한다). 이 사건 재량준칙에서 정한 항목
별 세부 감액비율은 아래와 같다.
라. 원고에 대한 요양급여비용 재환수처분 
1) 피고는 이 사건 재량준칙을 적용하여 아래와 같이 원고에 대한 항목별 감경비율
을 정하였고, 이를 합산한 감경비율(46%)에 대한 구간별 감경비율에 따라 최종 감경비
감경항목
감경비율(%)
개설명의자 실질운영자
(사무장)
의료기관(약국) 개설〮 운영 과정에서의 사무장과
개설명의자의 역할과 불법성의 정도
15% 이내 5% 이내
요양급여비용(건강검진비용) 관련 불법운영 기간별 감경 10% 이내 10% 이내
요양급여비용(건강검진비용 포함) 금액별 감경 10% 이내 10% 이내
의료기관(약국) 운영성과의 귀속 및 이익배분의 참여여부 20% 이내 20% 이내
요양급여(건강검진) 내용
(자격을 갖춘 의료인의 시행 여부〮 과잉진료에 해당 여부)
25% 이내 25% 이내
조사에 대한 협조 여부 등 5% 이내 5% 이내
심의위원회 추가 감경 5% 이내 5% 이내
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율을 50%로 정하였다. 
2) 이에 따라 피고는 2025. 5. 9. 원고에게 사전통지를 한 후, 2025. 7. 1. 요양급여
비용 환수금액을 2,534,986,220원(= 감경 전 금액 5,069,972,420원 × 50%)으로 감경한
다는 내용의 재환수처분을 하였다(이하 ’이 사건 재처분‘이라 한다).
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3~8호증, 을 제2~5호증, 변론 전체의 취지 
2. 이 사건 재처분의 위법 여부
가. 관계 법령
감경항목 감경비율 주요 판단 근거
의료기관(약국) 개설〮 운영 과정에서의 
사무장과 개설명의자의 역할과 불법성 정도
11%
중대성이 약한 위반행위
(단순 명의대여 및 진료만 담당)
요양급여비용(건강검진비용) 관련
불법운영 기간
4%
18개월 이상 ~ 24개월 미만
(2008. 11. 12.부터 2010. 10. 
7.까지 22개월) 
요양급여비용(건강검진비용 포함) 액수 0%
30억 원 이상
(약 51억 원)
의료기관(약국) 운영성과의 귀속 및 
이익배분의 참여 여부
9%
중대성이 보통인 위반행위
(이익〮 수익 배분에 단순 지원)
요양급여(건강검진) 내용
(자격을 갖춘 의료인의 시행 여부, 
과잉진료에 해당 여부)
20%
70만원 이상 120만원 미만
(1,180,990원)
조사에 대한 협조 여부 등 2%
약한 정도의 협조
(의견서만 제출)
심의위원회 추가 감경 0% -
합산비율 46%
■ 약사법
제20조(약국 개설등록) ① 약사 또는 한약사가 아니면 약국을 개설할 수 없다.
■ 구 국민건강보험법(2011. 12. 31. 법률 제11141호로 전부 개정되기 전의 것)
제52조(부당이득의 징수) ① 공단은 사위 기타 부당한 방법으로 보험급여를 받은 자 또
는 보험급여비용을 받은 요양기관에 대하여 그 급여 또는 급여비용에 상당하는 금액의 
전부 또는 일부를 징수한다.
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나. 비례원칙 위반 여부
1) 관련 법리 
구 국민건강보험법 제52조 제1항은 “공단은 사위 기타 부당한 방법으로 보험급여
를 받은 자 또는 보험급여비용을 받은 요양기관에 대하여 그 급여 또는 급여비용에 상
당하는 금액의 전부 또는 일부를 징수한다.”라고 규정하여 문언상 일부 징수가 가능함
을 명시하고 있다. 위 조항은 요양기관이 부당한 방법으로 급여비용을 지급청구하는 
것을 방지함으로써 바람직한 급여체계의 유지를 통한 건강보험 및 의료급여 재정의 건
전성을 확보하려는 데 입법 취지가 있다. 그러나 요양기관으로서는 부당이득징수로 인
하여 이미 실시한 요양급여에 대하여 그 비용을 상환받지 못하는 결과가 되므로 그 침
익적 성격도 크다. 이러한 관련 규정의 내용과 부당이득징수의 법적 성질 등을 고려할 
때, 구 국민건강보험법 제52조 제1항이 정한 부당이득징수는 재량행위에 해당한다(대
법원 2020. 6. 4. 선고 2015두39996 판결 등 참조).
비례원칙은 법치국가 원리에서 당연히 파생되는 헌법상의 기본원리로서, 모든 국
가작용에 적용된다. 따라서 행정목적을 달성하기 위한 수단은 목적달성에 유효ㆍ적절
하고, 가능한 한 최소침해를 가져오는 것이어야 하며, 아울러 그 수단의 도입에 따른 
침해가 의도하는 공익을 능가하여서는 안 된다. 특히 처분상대방의 의무위반을 이유로 
한 제재처분의 경우 의무위반의 내용과 제재처분의 양정 사이에 엄밀하게는 아니더라
도 대략적으로라도 비례 관계가 인정되어야 하며, 의무위반의 내용에 비하여 제재처분
이 과중하여 사회통념상 현저하게 타당성을 잃은 경우에는 재량권 일탈ㆍ남용에 해당
하여 위법하다고 보아야 한다(대법원 2019. 9. 9. 선고 2018두48298 판결 등 참조).
2) 구체적 판단
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이 사건 재량준칙 자체의 문제점에다가 이 사건 사안의 특수한 사정을 종합하면, 
피고가 이 사건 재량준칙을 적용하여 원고에 대하여 이 사건 약국이 부당청구․수령한 
요양급여비용 중 50%만을 감경하여 환수금액을 정한 이 사건 재처분은 의무위반 내
용․정도에 비해 지나치게 과중하여 사회통념상 현저하게 타당성을 잃은 것이어서 재
량권을 일탈ㆍ남용한 위법한 처분이라고 봄이 타당하다. 그 구체적인 이유는 다음과 
같다.
가) 구 국민건강보험법 제52조 제1항에 근거한 환수처분은 특수한 형태의 부당이
득반환의무에 관한 규정이지 불법행위책임을 묻는 규정이 아니므로(헌법재판소 2011. 
6. 30. 선고 2010헌바375 결정 참조), 해당 요양기관이 취득한 ’부당이득‘을 환수하는 
데 본질이 있고, 요양기관 개설명의인과 실질운영자(사무장)의 법 위반행위에 대한 제
재는 형벌을 부과하여 그 목적을 달성할 수 있다. 여기에 요양기관으로서는 부당이득
징수로 인하여 이미 실시한 요양급여에 관하여 그 비용을 일부 또는 전부 상환받지 못
하는 결과가 되므로 침익적 성격이 크고, 피고로서는 환수처분이 집행되면 실제 요양
급여 제공이 이루어졌는데도 그 비용을 지급하지 않게 되는 이익을 얻게 되는 점 등을 
함께 고려하면, 환수금액 산정 시 해당 요양기관이나 개설명의인, 실질운영자가 얻은 
실질적 이익의 정도나 범위는 중요하게 고려되어야 한다. 
나) 약사법 제20조 제1항이 금지하는 ‘약사 또는 한약사가 아닌 자의 약국 개설행
위’는 약국개설 자격이 없는 개설자가 약국의 시설 및 인력의 충원․관리, 개설신고, 
필요한 자금의 조달, 운영성과의 귀속 등을 주도적으로 처리하는 것을 의미한다(대법원 
2018. 11. 29. 선고 2018도10779 판결의 취지 참조). 즉, 약사인 개설명의인은 실질 개
설․운영자에게 자신의 명의를 제공할 뿐 약국의 개설과 운영에 관여하지 않으며, 그
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에게 고용되어 근로 제공의 대가를 받을 뿐 약국 운영에 따른 손익이 그대로 귀속되지
도 않는다(앞서 본 대법원 2015두39996 판결의 취지 참조). 이러한 점을 보더라도, 특
히 개설명의인이 얻은 실제 이익의 정도를 감경항목으로 설정하거나 감경비율에 반영
하는 것이 타당하다.
다) 이 사건 재량준칙은 환수금액 감경항목을 ‘의료기관(약국) 개설․운영 과정에
서의 사무장과 개설명의자의 역할과 불법성의 정도’, ‘요양급여비용 관련 불법운영 기
간’, ‘요양급여비용’, ‘의료기관(약국) 운영성과의 귀속 및 이익배분의 참여 여부’, ‘요양
급여 내용(자격을 갖춘 의료인의 시행 여부․과잉진료 해당 여부)’ 등 총 7개의 항목으
로 세분한 후 각 항목별 감경비율 한도를 정하고, 개별 감경비율을 합산한 비율을 토
대로 개설명의자의 경우 최대 90%의 범위 내에서, 실질운영자의 경우 최대 80%의 범
위 내에서 최종 감경비율을 정하게 하는 등 구체적으로 규정되어 있기는 하다. 
그러나 이 사건 재량준칙에는 약국과 개설명의인, 실질운영자가 얻은 실질적 이
익의 정도나 범위가 세부 감경항목으로 설정되어 있지 않거나, 그에 관한 항목별 감경
비율 한도가 비교적 낮게 설정되어 있다. 구체적으로, 이 사건 재량준칙은 부당청구․
수령한 요양급여비용 전액을 기준으로 기계적으로 감경비율을 정하고 있을 뿐이어서, 
약국의 실제 영업이익 규모 등은 감액비율 산정 시 직접 반영하지 못하게 되는 한계가 
있다. 특히 일반적으로 의료기관과 약국은 원가구조에 근본적인 차이가 있다. 의료기관
의 경우 요양급여(서비스) 제공원가에서 의약품 등 재료의 구매비용이 차지하는 비중
이 낮은 반면, 약국의 경우 제공원가에서 의약품 구매비용이 대략 75%를 상회하는 절
대적인 부분을 차지한다. 약국은 제약회사로부터 상당한 비용을 들어 의약품을 구매하
여 이를 건강보험 가입자, 피부양자에게 실제로 제공하였으며, 약국이 취하는 이익은 
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조제료 상당액에 불과하다. 이 사건 재량준칙은 이러한 의료기관과 약국의 원가구조의 
근본적 차이를 고려하지 않은 채, 환수금액 및 감경비율 산정에서 사무장병원과 사무
장약국을 기계적으로 동일하게 취급하는 중대한 문제점이 있다. 
나아가 이 사건 재량준칙은 감경항목 중 개설명의인의 ‘운영성과의 귀속 및 이
익의 배분’과 관련하여 이를 ‘① 중대성이 높은 위반행위(이익․수익 배분에 적극 참
여), ② 중대성이 보통인 위반행위(이익․수익 배분에 단순 지원), ③ 중대성이 약한 위
반행위(보수만 수령, 지원 없음), ④ 중대성이 낮은 위반행위(불법행위 해소 노력)’로 
세분화하여 감경비율을 설정하면서, 위 ③에 해당하는 경우에 한하여 명의대여에 따른 
대가(월 급여)에 따라 감경비율을 최소 11%에서 최대 15%로 정하고 있을 뿐이다. 따
라서 위 ③에 해당하지 않는 경우 개설명의인이 실제로 얻은 이익의 정도가 감경비율 
산정 시 전혀 반영되지 않게 되고, ③에 해당하는 경우라도 그 감경비율의 한도나 범
위가 상대적으로 낮게 고려되는 한계가 있다.
이러한 사정을 고려할 때, 이 사건 재량준칙을 단지 기계적ㆍ형식적으로 적용하
여 처분에 이를 경우에는 의무위반의 내용에 비하여 징수금이 과중하여 사회통념상 현
저하게 타당성을 잃는 결과를 초래할 가능성이 크다. 
라) 앞서 본 처분의 경위 및 변론 전체의 취지에 의하면, ① 원고가 C 등에게 약
사 면허를 대여하기는 하였으나, 고용되어 근로를 제공하고 급여를 받았을 뿐인 점, ② 
이 사건 약국 운영에 따른 이익은 대부분 실질운영자인 C 등에게 귀속된 점, ③ 원고
는 약 1년 11개월 동안 이 사건 약국에서 매월 350만원에서 450만원 정도의 급여와 
일정 금액의 퇴직금만을 지급받았다고 보이고, 피고에 의하더라도 원고가 얻은 이익이 
합계 약 9,000만원이라는 것인데, 이 사건 재처분에 따른 환수금액은 그 28배에 달하
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는 2,534,986,220원인 점, ④ 이 사건 약국에 지급된 요양급여비용 중 약가 부분의 경
우 이 사건 약국을 거쳐 제약회사에 이전되는 것이므로, 이 사건 약국에 실질적인 이
득이 귀속되었다고 보기도 어려운 점을 인정할 수 있다. 
마) 위와 같이 원고가 얻은 실제 이익의 정도를 포함하여 원고에게 참작할 만한 
사정이 상당히 있는데도, 피고는 이를 충분히 고려하지 않은 채 단지 이 사건 재량준
칙을 기계적으로 적용하여 도출된 감경비율을 적용하여 환수금액을 정하였으므로, 자
신에게 부여된 재량권을 합당하게 행사하였다고 보기 어려울 뿐 아니라, 부과된 환수
금액이 의무위반의 내용ㆍ정도에 비해 지나치게 과중하여 사회통념상 현저하게 타당성
을 잃었다고 판단된다.
다. 실권의 법리 위반 여부 
1) 관련 법리
행정기본법 제12조는 ‘행정청은 권한 행사의 기회가 있음에도 불구하고 장기간 권
한을 행사하지 아니하여 국민이 그 권한이 행사되지 아니할 것으로 믿을 만한 정당한 
사유가 있는 경우에는 그 권한을 행사해서는 아니 된다. 다만, 공익 또는 제3자의 이익
을 현저히 해칠 우려가 있는 경우는 예외로 한다’고 규정하고 있다.
실권 또는 실효의 법리란 본래 권리행사의 기회가 있음에도 불구하고 권리자가 장
기간에 걸쳐 그의 권리를 행사하지 아니하였기 때문에 의무자인 상대방이 이미 그의 
권리를 행사하지 아니할 것으로 믿을 만한 정당한 사유가 있게 되거나 행사하지 아니
할 것으로 추인케 할 경우에 새삼스럽게 그 권리를 행사하는 것이 신의성실원칙에 반
하는 결과가 될 때 그 권리행사를 허용하지 않는 것을 의미하며, 법의 일반원리인 신
의성실원칙에서 파생된 원칙이기 때문에 공법관계에도 적용된다(대법원 1988. 4. 27. 
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선고 87누915 판결 참조).
구체적 사안에서 실권 여부를 판단할 때에는 제재사유가 발생한 때부터 시간이 경
과할수록 법적안정성 요청과 행정상대방의 신뢰보호 필요성은 점증하며, 행정청이 위
반행위를 인지한 날부터 시간이 경과할수록 행정청의 직무해태에 대한 비난가능성이 
커진다는 점을 중요하게 고려하여야 한다. 행정청이 위반행위를 인지하고도 수년이 지
난 시점에서 뒤늦게 제재처분을 하였던 사안에서 비록 실권의 법리를 명시적으로 언급
하지는 않았으나 해당 제재처분이 재량권 일탈․남용에 해당한다고 판단한 대법원 판
례가 다수 있다(대법원 1987. 9. 8. 선고 87누373 판결, 대법원 2016. 7. 22. 선고 2014
두36297 판결, 대법원 2016. 7. 29. 선고 2014두1246 판결 참조). 
실권의 법리는 구체적 사안에서 법의 일반원칙을 적용하여 제반 사정을 고려하고 
상호 충돌하는 가치와 이익들을 형량하여 결론을 도출하는 것이기 때문에 결과의 예측
가능성이 떨어진다는 문제점이 있다. 이러한 문제점을 해소하기 위한 입법적 결단이 
바로 처분의 제척기간 제도이다. 행정상대방의 법적 안정성을 보장하고 예측가능성을 
높이기 위해 공정거래법 등 개별법률에서 제척기간 제도를 도입하기 시작하였고, 
2021. 3. 23. 법률 제17979호로 제정된 행정기본법 제23조에 제재처분의 제척기간 제
도를 도입하였다(다만 제척기간 제도의 적용대상을 일부 제재처분으로 한정하였다). 제
척기간 제도의 직접 적용대상이 아니라도 법의 일반원칙에서 파생된 실권의 법리가 보
충적으로 적용되며, 실권 여부를 판단할 때 입법자가 설정한 실정법상 기준이 중요하
게 고려되어야 한다.
일반적인 채권의 소멸시효기간이 권리발생일(불법행위의 경우 불법행위종료일)부
터 10년인 점(민법 제162조 제1항), 사기죄의 공소시효가 범죄종료일부터 10년인 점(형
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법 제347조 제1항, 형사소송법 제249조 제1항 제3호), 일반적인 제재처분의 제척기간
이 위반행위종료일부터 5년, 선행처분의 쟁송취소된 경우 취소일부터 1년(합의제행정
청의 경우 2년)인 점(행정기본법 제23조 제1항, 제3항) 등 관련 실정법 규정들의 내용
과 취지를 종합하면, 행정청의 귀책사유 없이 전쟁․재난 등으로 행정청의 기능이 장
기간 마비되었다거나 또는 행정상대방이 관련 조사․연구․수사․재판 결과를 기다려 
본 후 신중히 처분하여 줄 것을 요청하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 위반행위
종료일부터 10년이 경과하였거나 또는 행정청이 행정조사나 관계기관으로부터의 통보 
등을 통해 위반행위를 인지한 날부터 1년(합의제행정청의 경우 2년)이 경과한 후 뒤늦
게 제재처분을 하는 것은 실권의 법리에 의하여 허용될 수 없다고 보아야 한다.
2) 구체적 판단
이 사건 사안을 관련 법리에 비추어 살펴보면, 선행 취소판결이 확정된 이후 피고
가 원고에 대하여 요양급여비용 재환수처분을 할 기회가 있었음에도 불구하고 장기간 
처분권한을 행사하지 않았다 뒤늦게 한 이 사건 재처분은 실권의 법리에 의하여 허용
될 수 없고 ‘시(時)의 재량’을 일탈․남용한 것이어서 위법하다고 봄이 타당하다. 그 구
체적인 이유는 다음과 같다. 
가) 원고가 20**. **. **.부터 20**. **. *.까지 C 등에게 약사 면허를 대여하여 이 
사건 약국을 개설․운영하도록 하였다는 위반행위에 관하여, 피고는 20**. *. *. 이 사
건 선행처분을 하였다가 이를 취소하는 내용의 선행 취소판결이 2021. 1. 28. 확정되었
는데도, 20**. *. *. 원고에게 사전통지를 하여 비로소 재처분절차에 착수한 후 20**. 
*. *. 이 사건 재처분을 하였다. 결국 피고는 원고의 위반행위종료일로부터 약 14년 9
개월이 지난 시점이자, 선행 취소판결이 확정된 날로부터 약 4년 3개월 후에 재처분절
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차에 착수하여 약 4년 5개월이 지난 시점에서야 비로소 이 사건 재처분을 한 것이었
다.
나) 피고는, 구 국민건강보험법 제52조 제1항에 근거한 환수처분이 재량행위에 해
당한다는 대법원 2015두39996 판결 등이 선고된 이후 종전 재량준칙에서부터 이 사건 
재량준칙에 이르기까지 관련 업무처리지침을 제․개정하는 과정에서 시간이 소요된 것
이므로, 이 사건 재처분이 지연된 데에는 정당한 이유가 있었다는 취지로 주장한다. 그
러나 피고는 2021. 1. 종전 재량준칙을, 2023. 11.경 이 사건 재량준칙을 마련하였는데
도, 종전 재량준칙이 마련된 지 약 4년 6개월, 이 사건 재량준칙이 마련된 지 약 1년 
8개월이 지나서야 이 사건 재처분을 한 것이므로, 이는 직무해태의 결과라고 넉넉히 
추정할 수 있다. 피고는 자신이 마련한 재량준칙을 즉시 원고에게 적용하여 재처분을 
하지 못한 구체적인 사정을 제대로 밝히지 못하고 있을 뿐만 아니라, 그것이 무엇이든 
간에 피고의 내부적 사정에 불과하며 장기간 권한의 불행사를 정당화할 사유는 되지 
못한다.
다) 비록 피고가 선행 취소판결 후에 원고에게 재처분을 하지 않겠다는 의사를 명
시적으로 표명한 적은 없으나, 사무장약국 개설․운영에 대한 책임비난과 제재처분은 
1차적으로 실질운영자를 상대로 이루어져야 하는 것으로서, 고용약사에 불과했던 원고
의 의무위반행위의 구체적 내용과 정도, 그 종료시점, 피고가 그 권한을 불행사한 기
간, 이 사건 재처분의 내용 등을 고려하면, 원고로서는 피고가 그 권한을 행사하지 아
니할 것으로 믿을 만한 정당한 사유가 있었다고 인정할 수 있고, 피고가 정당한 이유 
없이 장기간 재처분을 하지 않다가 뒤늦게 이 사건 재처분을 한 것은 원고의 법적안정
성을 중대하게 침해하는 조치이다.
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3. 결론
그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 인용하고, 소송비용은 패소한 피고가 부담하
도록 정하여, 주문과 같이 판결한다.