[행정 판결문] 수원지방법원 2024구합73197 - 부가가치세경정거부처분취소

 

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수 원 지 방 법 원
제 1 행 정 부
판 결
사 건 2024구합73197 부가가치세경정거부처분취소
원 고 A
소송대리인 법무법인 인사이트
담당변호사 이경윤, 안영서
피 고 B
변 론 종 결 2026. 1. 15.
판 결 선 고 2026. 2. 5.
주 문
1. 피고가 2023. 11. 23. 원고에게 한 별지 표 기재 부가가치세 및 종합소득세에 관한 
각 경정거부처분을 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다.
청 구 취 지
주문과 같다.
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이 유
1. 처분의 경위
가. 2016. 8. 9. 도배, 실내장식 및 내장목공사업 등을 영위하는 사업장인 ‘F’1)(이하 
‘이 사건 사업장’이라 한다)은 원고와 C의 공동명의로 사업자등록(원고 지분 90%, C 
지분 10%)이 되었다가, 2017. 1. 10. 원고 단독으로 사업자등록 명의가 변경되었다.
나. 원고는 2023. 9. 25. 피고에게 ‘이 사건 사업장의 실제 운영자는 D이므로, 이 사
건 사업장과 관련하여 신고한 별지 표 기재 부가가치세 및 종합소득세의 납부의무자는 
원고가 아니므로, 세액을 0원으로 경정하여 달라는 내용의 경정청구를 하였다.
다. 그러나 피고는 2023. 11. 23. 원고에게 ‘원고가 이 사건 사업장의 실사업자가 아
니라고 판단할 객관적 근거가 미비하다’는 이유로 위 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 
사건 처분’이라 한다).
라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2024. 2. 15. 조세심판원에 심판청구를 제기하
였으나, 조세심판원은 2024. 7. 22. 위 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 
같다), 을 제1 내지 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 원고의 주장 요지
원고는 이 사건 사업장에서 D의 지휘·감독을 받으며 근무한 종업원에 불과한 사람으
로, D으로부터 사업자 명의를 빌려달라는 부탁을 받고 이 사건 사업장의 대표자로 사
업자등록을 하였을 뿐, 이 사건 사업장을 실제로 운영한 자는 D이었다. 따라서 원고는 
이 사건 사업장과 관련하여 부가가치세 및 종합소득세를 납부할 의무가 없으므로, 이 
1) 2014. 9. 29. C 단독 명의로 개업할 당시의 상호는 ‘E’이었으나, 2017. 6. 29. ‘F’으로 변경되었다. 
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사건 처분은 국세기본법 제14조 제1항에서 규정한 실질과세의 원칙에 위반되어 위법하
다.
3. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 관련 법리
1) 국세기본법 제14조 제1항은 “과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거
래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 
자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.”고 하여 실질과세의 원칙을 천명하고 있다. 
따라서 소득이나 수익, 재산, 행위 또는 거래 등의 과세대상에 관하여 귀속 명의와 달
리 실질적으로 이를 지배·관리하는 자가 따로 있는 경우에는 형식이나 외관을 이유로 
귀속 명의자를 납세의무자로 삼을 것이 아니라, 실질과세의 원칙에 따라 실질적으로 
당해 과세대상을 지배·관리하는 자를 납세의무자로 삼아야 할 것이다. 그리고 그러한 
경우에 해당하는지는 명의사용의 경위와 당사자의 약정 내용, 명의자의 관여 정도와 
범위, 내부적인 책임과 계산 관계, 과세대상에 대한 독립적인 관리·처분 권한의 소재 
등 여러 사정을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다.
2) 한편 과세요건사실의 존부 및 과세표준에 관하여는 원칙적으로 과세관청이 증
명할 책임을 부담하는바, 이는 거래 등의 귀속 명의와 실질적인 귀속주체가 다르다고 
다투어지는 경우에도 증명책임을 전환하는 별도의 법률 규정이 있는 등의 특별한 사정
이 없는 한 마찬가지이다. 다만 과세관청이 사업명의자를 실사업자로 보아 과세를 한 
이상 거래 등의 귀속 명의와 실질이 다르다는 점은 그 과세처분을 받은 사업명의자가 
주장·증명할 필요가 생기는데, 이 경우에 증명의 필요는 법관으로 하여금 과세요건이 
충족되었다는 데 대하여 상당한 의문을 가지게 하는 정도면 족하다. 그 결과 거래 등
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의 실질이 명의자에게 귀속되었는지 여부가 불분명하게 되고 법관이 확신을 가질 수 
없게 되었다면 그로 인한 불이익은 궁극적인 증명책임을 부담하는 과세관청에 돌아간
다.
3) 이와 달리 사업명의자가 아닌 사실상의 사업자에게 실질과세가 가능하다는 점
에 대한 주장·증명책임은 명의자 과세를 다투는 자에게 있다고 한 대법원 1984. 6. 26. 
선고 84누68 판결, 대법원 1987. 10. 28. 선고 86누635 판결 등은 구 소득세법(1994. 
12. 22. 법률 제4803호로 전문 개정되기 전의 것) 제7조 제1항 및 그 시행령(1994. 12. 
31. 대통령령 제14467호로 전문 개정되기 전의 것) 제21조에서 규정하였던 명의자 과
세 제도가 1996. 1. 1. 폐지되기 전까지 시행될 당시의 소득세 사건에 대한 것으로서 
이와 다른 사건에서는 적용될 수 없다(대법원 2014. 5. 16. 선고 2011두9935 판결 등 
참조).
나. 판단
앞서 든 증거들, 갑 제4 내지 12호증, 을 제8 내지 19호증의 각 기재, 증인 G의 
증언, H 주식회사, 주식회사 I, 주식회사 J에 대한 각 금융거래정보 제출명령 회신 결
과 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고는 
D이 이 사건 사업장을 운영할 수 있도록 사업자명의를 대여한 자에 불과하다고 의심
할 만한 사정들이 충분히 인정되고, 피고가 제출한 증거들만으로는 원고가 이 사건 사
업장의 실질적인 사업주로서 부가가치세 및 종합소득세 납세의무를 부담한다고 인정하
기에 부족하며, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 원고가 이 사건 사업장의 
실질적인 운영자라는 전제에서 피고가 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법
하여 취소되어야 한다.
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1) 관련자들이 작성한 사실확인서
가) 당초 단독 명의로 사업자등록을 하였다가 2016. 8. 9. 원고와 동업계약서를 
작성하고 사업자등록 명의를 공동명의로 변경하였던 C은, ‘2024. 9. 29. 이 사건 사업
장을 개설하고 D과 공동으로 운영을 하였고, 당시 원고는 직원으로 근무하였다. 2016. 
8. 9. 운영상의 이유로 원고에게 명의를 이전하였는데, 그 후에도 실운영은 D이 하였
고, 원고는 계속 직원으로 근무하였다’는 내용의 사실확인서(갑 제6호증)를 작성하였다.
나) 원고가 이 사건 사업장에서 근무한 직원이라고 주장하는 K, L, M, N, O, P, 
Q(이 중 K, L, M, N은 국세청 전산 상으로도 이 사건 사업장의 근로자로 등재된 바 
있다)은 ‘이 사건 사업장의 사업자등록상 명의자는 원고였으나 실제 대표자는 D으로 
알고 일을 하였다. 근무 당시 D을 사장으로 부르고 D으로부터 월급을 받았다’는 내용
의 사실확인서를 작성하였다. 특히 이들 중 M은 ‘모든 업무지시 및 급여이체는 D이 직
접 하였고, 원고는 이 사건 사업장에서 직원으로 근무하였으며, D의 신용상 문제로 원
고 명의로 사업자등록을 하여 인테리어업을 영위하고 있다고 들었다. 입사시 면접, 연
봉협상도 D이 하였고, 근무 중 D은 대표로 칭하고 원고는 실장으로 칭하였다’라는 내
용의 사실확인서(갑 제6호증)를 작성하였다.
다) 이 사건 사업장의 거래처 3곳의 대표자들(R, S, T)도 ‘D이 이 사건 사업장을 
실제 운영한 대표자이고, 원고는 이 사건 사업장에서 근무하는 직원으로 알고 있다’는 
내용의 사실확인서(갑 제9호증)를 작성하였다.
2) 금융거래내역
가) 원고 명의의 H 계좌((계좌번호 생략), 이하 ‘사업용 계좌’라 한다)가 이 사
건 사업장의 사업용 계좌로 사용되었는데, 그 거래내역을 살펴보면 이 사건 사업장에
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서 발생한 매출금액이 거래처에서 위 계좌로 입금되었다가 곧바로 G 명의의 I 계좌
((계좌번호 생략), 이하 ‘G 계좌’라 한다)로 전액 입금된 이력을 다수 확인할 수 있다
(사업용 계좌에서 G 계좌로 이체된 내역은 총 255건, 합계 6,106,324,770원). G 계좌
에는 위와 같은 거래내역의 ‘거래내용’란에 ‘D’의 성명이 표시되어 있다.
나) G 계좌에서 이 사건 사업장에 소속된 근로자들에게 급여가 지급된 이력이 
다수 확인된다(갑 제6호증).
다) 원고가 개인용으로 사용하는 것으로 보이는 J 계좌((계좌번호 생략), 이하 
‘원고 계좌’라 한다)의 거래내역을 살펴보면, 2018. 1.부터 2021. 12.까지 4년 동안 사
업용 계좌와 G 계좌에서 총 163건 합계 239,304,550원이 이체된 내역을 확인할 수 있
는데, 그 중에는 ‘비고’란에 ‘급여’, ‘수당’으로 기재되어 있는 거래내역들이 다수 있다.
3) G의 증언 등
가) G은 이 법원에 증인으로 출석하여 ‘2017년경부터 D과 사귀게 되었는데, 당
시 D은 자신을 인테리어 업체 사장으로 소개하였고, D으로부터 자신이 운영하는 이 
사건 사업장의 실장으로 원고를 소개받았다. 원고는 이 사건 사업장에 소속된 직원으
로서 실장이라는 직함을 가지고 현장 업무를 주로 한 것으로 알고 있으며, 이 사건 사
업장의 대표 내지 사장은 D이었다.’, ‘D과 사귈 당시 동물병원을 개설하게 되었는데, 
당시 D이 동물병원 운영을 도와주겠다며 내 명의로 핸드폰을 개통하여 사용하고 다녔
다. 당시 그 핸드폰 등을 사용하여 내 명의로 I 계좌를 개설한 것으로 보인다. 당시에
는 D이 위 계좌를 개설하여 사용하고 있다는 사실을 잘 알지 못했고, 2021년경 D과 
헤어지게 되면서 위 계좌의 존재를 알게 되었다.’, ‘D이 동물병원 운영이 처음인 나를 
도와주겠다고 하여 D에게 동물병원 관련 자금관리 등을 부탁하였다.’라고 진술하였다.
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나) G은 2024. 8. 8. D을 사전자기록위작, 위작사전자기록행사, 사문서위조, 위
조사문서행사 등의 혐의로 고소하였다.
다) 주식회사 U은 2024. 1. 23. 의정부지방법원 고양지원에 G과 D을 공동피고로 
하여 대여금의 지급을 구하는 민사소송을 제기하였는데, 위 법원은 2024. 12. 18. D이 
위 회사에 차용증을 작성해 주면서 G 명의의 서명을 위조한 것으로 보인다는 등의 이
유로 위 회사의 G에 대한 청구를 기각하고, D에 대하여는 공시송달로 절차를 진행하
여 위 회사의 D에 대한 청구를 전부 인용하는 판결을 선고하였다(위 법원 2024가단
52669). 위 법원은 판결이유에서 ‘G은 D이 G 몰래 I 계좌를 개설하여 사용하고 있었다
고 주장하고 있고, D이 2021. 9.경 제3자와 주고받은 휴대폰 메시지 내용이 G의 위 주
장사실에 부합하는 점’, ‘이 사건 차용금이 G 명의의 I 계좌에 입금된 당일 D이 운영하
고 있던 인테리어업체와 관련된 비용으로 모두 지출된 것으로 보이는 점‘ 등을 적시하
였다(위 판결은 2025. 1. 4. 그대로 확정되었다).
4) 그 밖의 사정들
가) 원고와 D 사이의 카카오톡 대화내역(갑 제8호증)에서 D이 원고에게 업무지
시를 하는 내용, 원고가 자신의 근태와 관련하여 D의 허락을 받는 내용, 원고가 D에게 
거래처 대금, 관리비 등의 지급을 요청하는 내용 등이 확인된다.
나) 2014. 9. 29.부터 2017. 6. 29.까지 이 사건 사업장의 소재지는 ’군포시 용호
(주소생략)‘였는데, 이는 2017. 7. 4.부터 2018. 1. 30.까지의 D 주소지와 동일하다.
다) 원고는 D이 이 사건 사업장 외에도 수원시 권선구 매송고색로(주소생략)에 
‘F 인테리어’라는 사업장을 설립하고 이 사건 사업장과 마찬가지로 V을 명의상 대표자
로 내세웠다고 주장하고 있는데, 실제로 G 계좌에서 V에게 급여 등이 이체된 거래내
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역이 확인되고(‘거래내용’란에 ‘V’, ‘V급여’ 등으로 표시되어 있다), D과 V의 카카오톡 
대화내용(갑 제10호증)도 원고의 위와 같은 주장에 부합하는 것으로 보인다.
라) 피고는, 이 사건 사업장의 운영과 관련하여 원고 명의로 사업자등록 정정신
청서 등이 작성되었고, 원고 명의로 민원증명을 발급받거나 신고행위 등을 하였으며, 
원고 명의의 사업용 계좌가 사용되었다는 사정 등을 근거로 원고가 이 사건 사업장을 
실질적으로 운영하였다고 주장하나, 위와 같은 사정들은 D이 원고의 명의로 이 사건 
사업장을 운영하는 과정에서 당연히 원고의 명의로 이루어져야 하는 문서 내지 업무임
에 기인한 것일 뿐이므로, 그것만으로는 원고가 이 사건 사업장을 실질적으로 운영하
였다고 단정할 수 없다.
4. 결론
그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한
다.
재판장 판사 김용태
판사 김도완
판사 박기범
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[별지]
표
세목 귀속시기 세액(원) 비고
부가가치세
2020년 제2기 100,655,310
2021년 제1기 67,625,600
2021년 제2기 38,265,570
2022년 제1기 5,690,420
합 계 212,237,900
종합소득세
2020년 귀속 158,184,206
2021년 귀속 293,379
합 계 158,477,585