[행정 판결문] 서울행정법원 2025구합54492 - 보정서 반려처분 취소의 소

 

[행정] 서울행정법원 2025구합54492 - 보정서 반려처분 취소의 소.pdf

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서 울 행 정 법 원
제 1 4 부
판 결
사 건 2025구합54492 보정서 반려처분 취소의 소
원 고 A 주식회사
피 고 지식재산처장
변 론 종 결 2025. 10. 30.
판 결 선 고 2025. 12. 11.
주 문
1. 피고가 2025. 3. 27. 원고에 대하여 한 보정서 반려처분을 취소한다. 
2. 소송비용은 피고가 부담한다. 
청 구 취 지
주문과 같다.
이 유
1. 처분의 경위
가. 원고는 20**. *. *. ‘미세 전기 접속 구조체(Micro electrical connector)’ 발명을 
특허출원하였다(출원번호: 비실명화로 생략).
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나. 원고는 위 특허출원일으로부터 1년 이내인 20**. *. *. ‘미세피치 전기 접속 구조
체(Micro-pitch electrical connector)’ 발명을 특허출원하였는데(출원번호: 비실명화로 생
략), 그 출원서에 특허법 제55조에 따른 우선권 주장의 취지와 선출원의 표시를 누락
하였다. 원고는 위와 같은 누락을 발견하고 같은 날 ‘출원서에 우선권 주장의 취지와 
선출원의 표시를 추가한다’는 내용의 보정서를 제출하였다. 
다. 피고는 2025. 2. 21. 원고에게 ‘원고가 출원 시 우선권 주장을 하지 않았으므로 
우선권 주장의 보정 또는 추가가 인정되지 않는다’는 이유로 특허법 시행규칙 제11조 
제2항에 따른 반려처분의 사전통지를 하여, 2025. 3. 19. 원고로부터 소명서를 제출받
은 후, 2025. 3. 27. 원고에게 보정서 반려처분을 하였다(이하 ‘이 사건 반려처분’이라 
한다).
[인정근거] 갑 제1∼4호증, 을 제1, 2, 8호증, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 반려처분의 위법 여부
가. 관련 규정(별지 참조) 및 우선권제도의 취지
1) 특허법 제55조에 의하면, 특허를 받으려는 자는 먼저 한 출원(선출원)의 출원서에 
최초로 첨부된 명세서 또는 도면에 기재된 발명을 기초로 그 특허출원한 발명에 관하
여 우선권을 주장할 수 있으나(제1항 본문), 그 특허출원이 선출원의 출원일부터 1년이 
지난 후에 출원된 경우에는 그러하지 아니하며(제1항 단서 제1호), 제1항에 따른 우선
권을 주장하려는 자는 특허출원을 할 때 특허출원서에 그 취지와 선출원의 표시를 하
여야 하고(제2항), 제1항에 따른 요건을 갖추어 우선권 주장을 한 자는 선출원일부터 1
년 4개월 이내에 그 우선권 주장을 보정하거나 추가할 수 있다(제7항). 우선권 주장이 
있는 경우 선출원의 출원서에 최초로 첨부된 명세서 또는 도면에 기재된 발명과 같은 
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발명에 관하여 제29조(특허요건), 제36조(선출원) 등의 규정을 적용할 때 그 특허출원
은 선출원을 한 때에 특허출원한 것으로 보고(제3항), 우선권 주장의 기초가 된 선출원
은 그 출원일부터 1년 3개월이 지난 때에 취하된 것으로 본다(제56조 제1항).
2) 특허법 제55조의 우선권제도란 특허를 받으려는 자가 선출원일로부터 1년 이내에 
자신의 선출원을 기초로 우선권 주장을 하면 진보성 등의 특허요건에 관한 규정을 적
용하거나 다른 출원과의 선후관계를 판단할 때 선출원일로 소급해 그 특허출원일을 인
정해주어, 기본발명을 출원한 출원인이 이후 기본발명에 관한 내용을 개량․보충․추
가한 경우 이를 선출원의 발명에 포함시켜 하나의 특허를 취득할 수 있도록 함으로써 
기술개발의 성과를 하나의 특허권으로서 보호받을 수 있도록 하기 위하여 도입되었다. 
다만 우선권제도에 의하여 실제 특허출원일보다 앞서 선출원일에 특허출원된 것으로 
보아 그 특허요건을 심사함으로써 선출원일과 우선권 주장을 수반하는 특허출원일 사
이에 특허출원을 한 사람 등 제3자의 이익을 부당하게 침해하는 결과를 초래할 수 있
으므로(대법원 2015. 1. 15. 선고 2012후2999 판결 등 참조), 선출원주의를 채택하고 
있는 우리 특허법제 아래서 특허법 제55조를 해석할 때에는 우선권 주장으로 인하여 
제3자의 이익이 부당하게 침해되는지 여부를 중심으로 살펴볼 필요가 있다. 
나. 판단
1) 원고는 ① 우선권 주장 표시가 누락된 출원서 자체를 보정하거나, ② 특허법 제
55조 제7항에 근거해 우선권 주장을 추가하기 위해 보정서를 제출하였다고 주장하는 
반면, 피고는 원고가 ① 출원 시 특허법 제55조 제2항에 따라 출원서에 우선권 주장을 
표시하지 않았으므로 이는 보정할 수 없는 흠이고, ② 원고가 우선권 주장을 하지 않
은 이상 특허법 제55조 제7항에 따라 우선권 주장을 추가할 수도 없으므로 이 사건 반
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려처분은 적법하다고 주장한다. 
2) 우선 특허법 제55조 제1항, 제2항, 제7항의 규정 문언과 체계를 고려하면, 특허법 
제55조 제7항에 따라 우선권 주장을 보정 또는 추가하기 위해서는 출원인이 이미 우선
권 주장을 할 것을 그 요건으로 하므로, 피고의 ②주장과 같이 원고가 출원서 제출 당
시 우선권 주장을 누락한 이상 최초의 우선권 주장을 특허법 제55조 제7항에 따라 추
가할 수는 없다고 보아야 한다. 
3) 그러나 원고는 출원서 제출 당일 출원서에 우선권 주장을 추가하는 내용의 보정
서를 제출하였는데, 이처럼 보정서 제출이 출원일에 함께 이루어진 경우에는 출원서 
보정의 방법으로도 출원서에 우선권 주장을 추가하는 것이 허용된다고 보아야 한다. 
그 구체적인 이유는 아래와 같다. 
① 특허법은 먼저 출원한 자에게 우선적으로 특허를 받을 수 있는 권리를 부여하
는 선출원주의를 채택하고 있고, 선출원의 판단에 관하여는 시(時)를 기준으로 하는 시
각(時刻)주의가 아닌 일(日)을 기준으로 하는 역일(曆日)주의를 채택하고 있다. 이에 따
라 특허법 제36조 제1항은 ‘동일한 발명에 대하여 다른 날에 둘 이상의 특허출원이 있
는 경우에는 먼저 특허출원한 자만이 그 발명에 대하여 특허를 받을 수 있다’고 규정
하고 있고, 제2항은 ‘동일한 발명에 대하여 같은 날에 둘 이상의 특허출원이 있는 경우
에는 특허출원인 간에 협의하여 정한 하나의 특허출원인만이 그 발명에 대하여 특허를 
받을 수 있으며, 다만 협의가 성립하지 아니하거나 협의를 할 수 없는 경우에는 어느 
특허출원인도 그 발명에 대하여 특허를 받을 수 없다’고 규정하고 있다. 
② 특허법상 보정제도는 특허출원의 내용이나 형식에 하자가 있는 경우 일정한 범
위 내에서 이를 법령에서 정한 요건에 맞게 고치거나 출원인의 의사대로 바로잡는 것
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을 말하고, 적법한 보정이 이루어질 경우 보정의 효력은 출원 시로 소급하여 인정된다. 
이처럼 보정은 당초의 출원일로 소급하여 효과가 발생함으로써 제3자의 이익을 부당하
게 침해할 우려가 있으므로 특허법은 제47조 등은 특허출원의 보정에 관하여 시간적․
내용적으로 일정한 제한을 두고 있다. 그러나 제3자의 이익을 부당하게 침해할 우려가 
없는 보정에 관하여도 동일한 제한을 가하는 것은 제3자의 이익보호라는 입법취지를 
넘어서는 과도한 형식주의에 해당하고, 보정의 한계와 제한은 보정의 시기, 보정으로 
인한 권리관계의 변동가능성, 제3자의 이익 침해 여부 등을 종합적으로 고려하여 구체
적인 사안에 맞게 적용할 필요가 있다. 
③ 우선권 주장을 추가하는 보정이 출원서 제출과 같은 날 이루어진 경우 선출원
의 판단에 관하여 역일주의를 채택하는 우리 특허법상 그 보정을 인정하더라도 보정일
과 출원일이 동일하므로 보정의 소급효로 인하여 제3자의 이익을 침해할 우려가 없다. 
또한 특허법 제55조 제2항은 ‘제1항에 따른 우선권을 주장하려는 자는 특허출원을 할 
때 특허출원서에 그 취지와 선출원의 표시를 하여야 한다’고 규정하여 우선권 주장의 
시기를 제한하고 있는데, ‘특허출원을 할 때’ 역시 출원일을 통칭하는 개념으로 이해되
므로, 출원일이라는 시간적 범위 내에서 이루어진 출원서의 보정은 곧 출원 시의 우선
권 주장과 동일하게 평가할 수 있다. 
④ 특허법 제55조 제7항, 제1항, 제2항에 의하면, 출원서에 우선권 주장 표시를 한 
경우 선출원일부터 1년 4개월 이내에는 우선권 주장을 보정할 수 있을 뿐만 아니라 
‘추가’할 수도 있다. 여기에서 말하는 ‘추가’에는 출원 당시 우선권 주장을 전혀 하지 
않았던 선출원에 관하여 사후적으로 우선권 주장을 새로이 하는 경우까지 포함하는 것
으로 이해되는데, 이는 일정한 요건 하에서 당초 출원 시점에 표시하지 않았던 우선권 
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주장조차도 후발적으로 인정해 주겠다는 취지로 보인다. 그런데 이와 같은 방식의 우
선권 주장의 추가는 허용하면서, 출원서에 우선권 주장 표시를 단순히 누락한 경우에
는 같은 날 우선권 주장을 추가하는 보정조차 불가능하다고 보는 것은 사안 간 균형에 
맞지 않을뿐더러 이를 달리 취급하는 합리적인 이유도 찾을 수 없다. 특히 제3자 이익 
보호의 관점에서도 출원일과 같은 날 제출된 보정서를 통해 우선권 주장을 추가하는 
것보다 특허법 제55조 제7항에 따라 선출원일로부터 1년 4개월 이내 새로운 우선권 
주장을 추가하는 것이 제3자의 이익을 침해할 가능성이 크다는 점에서 더욱 그러하다. 
⑤ 특허법은 물론이고 특허법 시행령과 시행규칙 어디에도 우선권 주장을 추가하
는 내용의 출원서 보정을 명시적으로 금지하고 있지 않는 점, 특허법 시행규칙 별지 
제14호 특허출원서 서식은 우선권 주장을 출원서 기재사항 중 하나로 두고 있고, 별지 
제9호 보정서 서식 역시 출원서의 보정을 허용하고 있는 점 등을 고려하면, 보정서의 
방식으로 출원서에 누락된 우선권 주장을 추가하는 것이 불가능하다고 할 수 없다. 
⑥ 피고는, 구 특허법(2015. 1. 28. 법률 제13096호로 개정되기 전의 것) 제30조의 
공지예외 규정에 관하여 출원서에 공지예외 적용의 취지가 없다면 출원 후 그에 관한 
보정이 허용되지 않는다고 본 대법원 2011. 6. 9. 선고 2010후2353 판결을 근거로 우
선권 주장에 관하여도 출원서에 우선권 주장이 표시되지 않았다면 사후적인 보정이 허
용되지 않는다고 주장한다. 그러나 위 판례의 사안에서는 출원인이 출원서를 제출한 
날짜와 공지예외 적용을 주장한 날짜가 서로 달랐던 점, 공지예외 규정은 원칙적으로 
이미 공지된 발명은 특허를 받을 수 없다는 특허법 제29조 제1항에 관한 예외 규정이
므로 이를 엄격하게 해석해야할 필요가 있으나(대법원 2020. 5. 28. 선고 2017두73693 
판결 참조) 특허법 제55조의 우선권 주장은 진보성 등 특허요건이나 출원 사이의 선후
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관계를 판단하는 시기 등을 선출원일로 소급하여 보겠다는 것에 불과하여 공지예외 규
정과는 성질을 달리하는 점, 위 판례의 사안에 적용되었던 구 특허법 제30조에는 현행 
특허법 제55조 제7항과 같이 우선권 주장을 사후적으로 보정하거나 추가할 수 있다는 
별도의 규정이 없었으나 2015. 1. 28. 법률 제13096호로 제30조 제3항에 보정에 관한 
규정이 신설되었던 점 등을 고려하면, 사안을 전혀 달리하는 이 사건에 위 판례를 그
대로 원용하는 것은 적절하지 않다. 
⑦ 피고는 출원인이 우선권 주장 표시를 누락한 출원서를 제출한 뒤 이를 즉시 취
하하고 같은 날 우선권 주장 표시를 포함한 출원서를 다시 제출하는 것은 적법하여 허
용된다고 한다. 그러나 이러한 재출원은 형식적으로 별개의 출원에 해당하긴 하나 실
질적으로 동일한 발명에 관하여 우선권 주장만을 추가한 것과 다르지 않다. 출원서 제
출 이후 같은 날 보정을 통해 우선권 주장을 추가할 수 있는 방법은 허용하지 않은 채 
기존의 출원을 취하하고 새로운 출원을 하여야 한다는 것은 출원인에게 불필요한 절차
를 반복하도록 강요하는 것과 마찬가지이다.
뿐만 아니라 피고의 해석의견대로라면, 피고는 2025. 2. 9. 원고로부터 우선권 
주장을 추가한다는 취지의 보정서를 제출받자마자 그와 같은 보정서 제출은 허용되지 
않음을 지적하면서 즉시 같은 날 제출한 출원서와 보정서를 모두 취하함과 동시에 완
전한 형태의 출원서를 다시 제출하도록 행정지도를 하였어야 옳다. 그런데도 피고는 
즉시 그와 같은 행정지도를 하지 않은 채, 뒤늦게 2025. 2. 21.에서야 반려처분의 사전
통지를 하고 2025. 3. 27. 이 사건 반려처분을 하였다. 만일 피고의 해석의견이 확립된 
통설․판례였거나 사전에 공표한 처분기준(행정절차법 제20조 참조)이었다면 즉시 행
정지도를 하지 않은 채 이 사건 반려처분을 하는 것이 정당하다고 평가할 여지가 있
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다. 그러나 피고의 해석의견은 이를 뒷받침하는 문헌도 없고 사전에 공표하지도 않았
으므로 행정상대방은 피고와 같은 업무처리를 예견하기 어려웠고, 따라서 피고로서는 
더더욱 즉시 행정지도를 하여 행정상대방으로 하여금 특허출원의 방식상 흠을 보완할 
수 있는 기회를 제공하였어야 마땅하다. 피고는 심사인력의 한계상 즉시 보정서를 확
인하여 행정지도를 하는 것은 불가능하다고 주장하나, 행정청이 자신의 업무처리에 관
해서는 엄격한 잣대를 들이대지 않으면서 행정상대방인 국민에게만 엄격한 잣대를 들
이대는 것은 민주적 법치국가 시대에 국민의 공복(公僕)으로서 올바른 처신이 아니며 
단지 ‘행정편의주의’일 뿐이다.
4) 원고가 출원서를 제출한 후 같은 날 출원서에 우선권 주장을 추가하는 내용의 보
정서를 제출하였다면 이는 적법한 보정이라고 보아야 한다. 결국 출원서에 관한 보정
이 불가능하다는 반려사유는 특허법 제55조의 우선권제도를 잘못 해석한 결과일 뿐이
므로, 이 사건 반려처분은 위법하다.
3. 결론
그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 인용하고, 소송비용은 패소한 피고가 부담하
도록 정하여, 주문과 같이 판결한다. 
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[별지]
관계 법령
◈ 특허법
제30조(공지 등이 되지 아니한 발명으로 보는 경우) ① 특허를 받을 수 있는 권리를 가진 자
의 발명이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 날부터 12개월 이내에 특허출원
을 하면 그 특허출원된 발명에 대하여 제29조제1항 또는 제2항을 적용할 때에는 그 발명은 
같은 조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니한 것으로 본다.
1. 특허를 받을 수 있는 권리를 가진 자에 의하여 그 발명이 제29조 제1항 각 호의 어느 하
나에 해당하게 된 경우. 다만, 조약 또는 법률에 따라 국내 또는 국외에서 출원공개되거
나 등록공고된 경우는 제외한다.
2. 특허를 받을 수 있는 권리를 가진 자의 의사에 반하여 그 발명이 제29조 제1항 각 호의 
어느 하나에 해당하게 된 경우
② 제1항 제1호를 적용받으려는 자는 특허출원서에 그 취지를 적어 출원하여야 하고, 이를 증
명할 수 있는 서류를 총리령으로 정하는 방법에 따라 특허출원일부터 30일 이내에 지식재산
처장에게 제출하여야 한다. 
제36조(선출원) ① 동일한 발명에 대하여 다른 날에 둘 이상의 특허출원이 있는 경우에는 먼
저 특허출원한 자만이 그 발명에 대하여 특허를 받을 수 있다.
② 동일한 발명에 대하여 같은 날에 둘 이상의 특허출원이 있는 경우에는 특허출원인 간에 협
의하여 정한 하나의 특허출원인만이 그 발명에 대하여 특허를 받을 수 있다. 다만, 협의가 
성립하지 아니하거나 협의를 할 수 없는 경우에는 어느 특허출원인도 그 발명에 대하여 특
허를 받을 수 없다.
제46조(절차의 보정) 지식재산처장 또는 특허심판원장은 특허에 관한 절차가 다음 각 호의 어
느 하나에 해당하는 경우에는 기간을 정하여 보정을 명하여야 한다. 이 경우 보정명령을 받
은 자는 그 기간에 그 보정명령에 대한 의견서를 지식재산처장 또는 특허심판원장에게 제출
할 수 있다. 
1. 제3조제1항 또는 제6조를 위반한 경우
2. 이 법 또는 이 법에 따른 명령으로 정하는 방식을 위반한 경우
3. 제82조에 따라 내야 할 수수료를 내지 아니한 경우
제47조(특허출원의 보정) ① 특허출원인은 제66조에 따른 특허결정의 등본을 송달하기 전까지 
특허출원서에 첨부한 명세서 또는 도면을 보정할 수 있다. 다만, 제63조제1항에 따른 거절
이유통지(이하 “거절이유통지”라 한다)를 받은 후에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간(제3호
의 경우에는 그 때)에만 보정할 수 있다. 
1. 거절이유통지(거절이유통지에 대한 보정에 따라 발생한 거절이유에 대한 거절이유통지는 
제외한다)를 최초로 받거나 제2호의 거절이유통지가 아닌 거절이유통지를 받은 경우: 해
당 거절이유통지에 따른 의견서 제출기간
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2. 거절이유통지(제66조의3제2항에 따른 통지를 한 경우에는 그 통지 전의 거절이유통지는 
제외한다)에 대한 보정에 따라 발생한 거절이유에 대하여 거절이유통지를 받은 경우: 해
당 거절이유통지에 따른 의견서 제출기간
3. 제67조의2에 따른 재심사를 청구하는 경우: 청구할 때
② 제1항에 따른 명세서 또는 도면의 보정은 특허출원서에 최초로 첨부한 명세서 또는 도면에 
기재된 사항의 범위에서 하여야 한다. 이 경우, 외국어특허출원에 대한 보정은 최종 국어번
역문(제42조의3제6항 전단에 따른 정정이 있는 경우에는 정정된 국어번역문을 말한다) 또는 
특허출원서에 최초로 첨부한 도면(도면 중 설명부분은 제외한다)에 기재된 사항의 범위에서
도 하여야 한다.
제55조(특허출원 등을 기초로 한 우선권 주장) ① 특허를 받으려는 자는 자신이 특허나 실용
신안등록을 받을 수 있는 권리를 가진 특허출원 또는 실용신안등록출원으로 먼저 한 출원
(이하 “선출원”이라 한다)의 출원서에 최초로 첨부된 명세서 또는 도면에 기재된 발명을 기
초로 그 특허출원한 발명에 관하여 우선권을 주장할 수 있다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나
에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. 
1. 그 특허출원이 선출원의 출원일부터 1년이 지난 후에 출원된 경우
② 제1항에 따른 우선권을 주장하려는 자는 특허출원을 할 때 특허출원서에 그 취지와 선출원
의 표시를 하여야 한다.
③ 제1항에 따른 우선권 주장을 수반하는 특허출원된 발명 중 해당 우선권 주장의 기초가 된 
선출원의 출원서에 최초로 첨부된 명세서 또는 도면에 기재된 발명과 같은 발명에 관하여 
제29조 제1항ㆍ제2항, 같은 조 제3항 본문, 같은 조 제4항 본문, 제30조 제1항, 제36조 제1
항부터 제3항까지, 제96조 제1항 제3호, 제98조, 제103조, 제105조 제1항ㆍ제2항, 제129조 
및 제136조 제5항(제132조의3 제3항 또는 제133조의2 제4항에 따라 준용되는 경우를 포함
한다), ｢실용신안법｣ 제7조 제3항ㆍ제4항 및 제25조, ｢디자인보호법｣ 제95조 및 제103조 제
3항을 적용할 때에는 그 특허출원은 그 선출원을 한 때에 특허출원한 것으로 본다.
⑦ 제1항에 따른 요건을 갖추어 우선권 주장을 한 자는 선출원일(선출원이 둘 이상인 경우에
는 최선출원일을 말한다)부터 1년 4개월 이내에 그 우선권 주장을 보정하거나 추가할 수 있
다.
제56조(선출원의 취하 등) ① 제55조 제1항에 따른 우선권 주장의 기초가 된 선출원은 그 출
원일부터 1년 3개월이 지난 때에 취하된 것으로 본다. 다만, 그 선출원이 다음 각 호의 어느 
하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. 
1. 포기, 무효 또는 취하된 경우
2. 설정등록되었거나 특허거절결정, 실용신안등록거절결정 또는 거절한다는 취지의 심결이 
확정된 경우
3. 해당 선출원을 기초로 한 우선권 주장이 취하된 경우
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