[행정 판결문] 서울행정법원 2024구단78675 - 취득세부과처분취소

 

[행정] 서울행정법원 2024구단78675 - 취득세부과처분취소.pdf

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서 울 행 정 법 원
판 결
사 건 2024구단78675 취득세부과처분취소
원 고 별지1. 과세처분 ‘원고’란 기재와 같음. 
피 고 서울특별시 은평구청장
변 론 종 결 2025. 9. 10.
판 결 선 고 2025. 11. 12.
주 문
1. 피고가 2023. 11. 10. 별지1. 과세처분 ‘원고’란 기재 원고에 대하여 한 ‘취득세’란 
기재 각 취득세 부과처분을 모두 취소한다. 
2. 소송비용은 피고가 부담한다. 
청 구 취 지
주문과 같다. 
이 유
1. 처분의 경위 
가. 원고들의 취득세 신고 등
1) 원고들은 2014. 10.경부터 2018. 11.경까지 A구역 B지구주택재개발정비사업(사업
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구역: 서울 은평구 C 일원)의 원 조합원들로부터 사업구역 내 멸실 주택의 부속토지(이
하 ‘종전 토지’라 한다)를 취득하여 조합원 지위를 승계하였다. 원고들은 종전 토지의 
취득 시 원 조합원에게, 조합원 권리가액에 추가 금원(이하 ’이 사건 프리미엄‘이라 한
다)을 더하여 매매대금을 지급하고, 그 매매대금을 종전 토지의 과세표준으로 하여 취
득세 등을 신고‧납부하였다. 
2) 위 재개발사업의 시행으로 서울 은평구 D아파트가 신축되어 2018. 10. 10. 사용
승인을 받았다. 원고들은 2018년 10월경 별지1. 과세처분 ‘과세대상(물건지) 주소’란 기
재와 같이 분양받은 아파트(이하 ‘이 사건 아파트’라 한다)를 취득하였다. 원고들은 이 
사건 아파트의 총 공급가액[조합원 분양가액(권리가액+분담금) + 옵션가액]에서 종전 
토지의 매매대금을 차감한 금액을 과세표준으로 하여, 원시취득세율(2.8%)과 구 지방세
특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16041호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제47조의2
에 따른 감면(10%, 녹색건물 인증 건축물에 대한 감면)을 적용한 취득세 등을 신고‧납
부하였다. 
나. 행정안전부장관의 질의회신 등 
1) 행정안전부장관은 2023. 8. 22. 전국 광역자치단체장들에게, 다음 요지의 질의회
신(행정안전부 지방세특례제도과-2207)을 통보하였다. 
재개발 신축 아파트의 취득세 과세표준은 사실상의 취득가격을 적용하여야 하고 프리미엄
은 승계조합원이 재개발사업으로 준공된 아파트를 취득하기 위하여 원 조합원에게 실제로 
지급한 비용이므로 신축 아파트 과세표준에 포함하는 것이 타당하다
2) 서울특별시장은 2023. 10. 19. 피고 등 자치구청장들에게, 위 질의회신에 기초하
여 프리미엄 누락분 취득세를 과세하도록 ‘재개발 승계조합원의 초과액 상당 부동산 
취득세 과세 추진계획(서울특별시 세무과-19147)을 통보하였다. 
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3) 피고는 구 지방세특례제한법 제74조 제1항 제2호 및 같은 법 시행령 제35조 제2
항에 따라 승계조합원의 재개발주택 취득시 취득세 과세표준에서 이 사건 프리미엄을 
누락하고 신고한 것으로 보아 2023. 11. 10. 원고들에게 별지. 과세처분 ’취득세‘란 기
재와 같이 각 취득세 등을 경정‧고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다, 피고는 가산
세를 부과하지 않았다). 
[인정근거] 갑 제1 내지 9호증, 을 제5호증의 1 내지 68의 각 기재, 변론 전체의 취지 
2. 이 사건 처분의 위법 여부 
가. 원고들 주장의 요지 
1) 절차상 하자
피고는 원고들에게 과세예고통지를 하지 않았다. 과세예고통지는 과세전적부심사를 
청구할 수 있는지와 무관하게 생략할 수 없는 절차이다. 
2) 실체적 하자 
피고는 행정안전부의 유권해석 변경에 따라 취득세를 추가 고지하였다. 이 사건 처
분은 지방세기본법 제18조에서 정한 신의성실원칙이나 같은 법 제20조에서 정한 소급
과세금지 원칙에 위배되어 위법하다. 
나. 절차상 하자의 존재 여부 
1) 관계 법령 
별지2. 관계 법령 기재와 같다. 
2) 관련 법리(대법원 2025. 2. 13. 선고 2023두41659 판결) 
• 구 국세기본법(2020. 12. 29. 법률 제17758호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81
조의15 제3항은 각호에서 과세전적부심사를 거치지 않아도 되는 예외사유를 규정하고 
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있는데, 제3호(이하 ‘제3호 규정’이라 한다)에서 ‘과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 
제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’를 들고 있다. 다만 조세법규에 대
한 엄격해석의 원칙, 구 국세기본법 제81조의15 제1항, 제2항 제2호, 제4항, 제8항, 제
9항, 국세기본법 시행령 제63조의15 제4항의 문언과 체계, 과세예고통지의 기능 등에 
비추어 보면 제3호 규정을 과세전적부심사를 넘어 과세예고통지에 대한 예외사유로까
지 확장해석할 수는 없으므로, 과세관청은 구 국세기본법 제81조의15 제1항이 정한 과
세예고통지 대상에 해당하는 경우에는 국세부과 제척기간 만료일까지 기간이 3개월 이
하인 때에도 과세예고통지를 하여야 하고, 과세예고통지 없이 이루어진 과세처분은 이
로 인하여 절차적 정당성이 상실되지 않았다고 볼 만한 특별한 사정이 없는 한 위법하
다고 보아야 한다. 
• 과세관청의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 국세부과 제척기간의 만료일이 매우 
임박하게 되었고, 이로 인하여 과세처분에 앞서 과세예고통지를 할 시간적 여유가 거
의 없고 과세예고통지를 하더라도 납세자가 누릴 절차적 이익도 거의 없는 등 과세예
고통지를 생략하더라도 절차적 정당성이 상실되지 않았다고 볼 만한 특별한 사정이 있
는 경우에는 과세예고통지를 하지 않았다는 점만으로 과세처분이 위법하게 된다고 평
가하기는 어렵다. 이러한 특별한 사정의 존재는 과세관청이 증명하여야 한다.
3) 판단 
처분의 경위에서 알 수 있는 다음 사정 고려하면, 피고가 부과제척기간 만료일까지 
남은 기간이 3개월 이하라는 점을 들어 과세예고통지를 하지 않고 이 사건 처분을 한 
것은, 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 중대한 절차적 하자이다. 원고가 주장
하는 나머지 사유에 관하여 더 나아가 살펴 볼 필요 없이 이 사건 처분은 위법하다. 
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❶ 원고들은 과세예고통지 대상이고, 예외 사유가 없음에도 과세예고통지를 생략한 것
은 그 자체로 위법하다. 
• 원고들의 경우 세액이 30만 원 이상이고, 지방세기본법 제88조 제1항에서 정한 과세
예고통지를 하지 않아도 되는 예외 사유에 해당하지 않는다. 
• 원고들의 부과제척기간 만료일은 2023. 11. 26.부터 2024. 2. 6.까지이다. 피고는 이 
사건 처분 당시 제척기간 만료일부터 3개월 이내라는 이유로 원고들에게 별도로 과세
예고통지를 하지 않았다(다툼 없는 사실). 
• 지방세기본법 제88조 제3항 제3호는 ‘지방세 부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 
3개월 이하인 경우’ 과세전적부심사를 거치지 않아도 되는 예외사유로 규정하고 있는
데, 이를 과세예고통지에 대한 예외사유로까지 확장 해석할 수 없다(대법원 2023두
41659 판결 취지 참조). 부과 제척기간의 만료일까지 기간이 3개월 이하라는 이유로 
과세예고통지 자체를 생략할 수 없다. 
• 지방세기본법 시행령 제58조 제2항은 과세전적부심사 청구서를 제출받은 지방자치단
체의 장은 그 결정 전에 과세표준 및 세액의 결정을 유보하도록 규정하면서, 단서에서 
지방세기본법 제88조 제3항 각호에서 정한 경우에는 그 결정 전이라도 과세표준 및 세
액을 결정할 수 있도록 규정하고 있다. 즉 과세관청은 과세예고통지 후 납세의무자가 
과세전적부심사를 청구하더라도 지방세 부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 
이하인 경우를 이유로 그 결정 전에 과세처분을 할 수 있다. 
❷ 과세관청의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 국세부과 제척기간 만료일이 임박하
게 되었다고 할 수 없다. 
• 원고들은 2018년 10월경 이미 이 사건 아파트에 관한 취득세 신고‧납부를 마쳤다. 
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• 원고들의 경우, 과세관청이 세무조사 등을 통해 추가적인 사실관계 확인이 필요하다
는 등으로 과세요건사실을 포착하기 어려운 사안이 아니다. 승계조합원이 원 조합원에
게 지급한 이 사건 프리미엄이 신축 아파트의 취득세 과세표준에 포함되는지, 법령 해
석에 다툼이 있을 뿐이다. 
• 피고는 지방세 부과 및 징수에 관한 권한과 책임이 있다. 피고가 과세권 행사에 관
해 어떠한 노력을 기울였는지 알 수 있는 자료도 없다. 피고가 2023년경 있은 상급관
청의 질의회신이나 과세 추진계획 따랐다는 것만으로 피고에게 과세처분 지연에 대해 
귀책사유가 없다고 할 수 없다. 
❸ 과세예고통지를 생략하더라도 이 사건 처분에 절차적 정당성이 상실되지 않았다고 
볼 만한 특별한 사정이 있다고 할 수 없다. 
• 과세예고통지는 처분의 사전통지로서 성질을 가진다. 절차적 정당성이 상실되지 않
았다고 보기 위해서는, 과세예고통지가 없지만 과세예고통지가 보장하고 있는 납세자
의 절차적 권리가 충분히 보장된 경우와 같이 납세자를 중심으로 특별한 사유를 한정
적으로 해석하여야 한다. 
• 피고는 이 사건 처분에서, 원고들에게 별도로 가산세를 부과하지 않았다. 원고들이 
과세예고통지에 따라 조기결정 요청을 함으로써 가산세를 줄일 수 있는 이익은 없다. 
• 그러나 과세예고통지를 받은 납세자는 과세관청에 자신의 의견을 사실상 전달함으로
써 과세처분의 오류를 미리 바로잡을 기회를 가질 수 있다. 가산세가 부과되지 않았다
고 하여, 처분의 사전통지로서 과세예고통지 실익이 전혀 없다고 할 수 없다(피고는 납
부고지서와 함께 취득세 추가 부과에 따른 안내문을 보내 납세자로서는 과세처분에 대
하여 대비할 시간적 여유나 과세관청에 자신의 의견을 전달할 만한 시간적 여유가 전
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혀 없었다). 
• 피고가 주장하는 사정(부과제척기간이 임박하여 행정안전부의 통보, 서울시의 추진계
획 통보가 있었고, 추진계획에서 부과제척기간이 임박한 경우 과세예고통지를 생략하
도록 안내되어 있었다. 피고는 이 사건 사업 관련 아파트를 포함하여 12개 신축 아파
트 단지 내 3,500여명에 대한 대량의 취득세를 함께 검토하여야 했던 상황이었다)은 
과세관청 측의 사유이고, 그 사유가 납세자의 절차적 권리를 보장한 것도 아니다. 
❹ 과세예고통지를 하지 않고 한 과세처분은 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 
과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자에 해당
한다(대법원 2016. 4. 15. 선고 2015두52326 판결 참조). 
• 과세예고통지를 하지 않은 것은 경미한 하자가 아니고 중대한 하자에 해당하여 과세
처분 전체가 위법하고, 과세처분 자체를 취소할 수 밖에 없다. 
• 그러나 절차적 하자의 특성상 과세관청은 지방세기본법 제38조 제2항 제1호 특례제
척기간 규정에 따라 해당 처분이 위법하다는 판결 이후 과세예고통지를 함으로써 절차 
하자를 보완하여 재처분이 가능하다. 
3. 결 론
원고들의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
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별지1. 과세처분 
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별지2. 관계 법령 
▣ 지방세기본법 
제88조 【과세전적부심사】
① 지방자치단체의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내
용을 서면으로 통지(이하 이 조에서 "과세예고통지"라 한다)하여야 한다.
5. 납세고지하려는 세액이 30만원 이상인 경우(「지방세법」에서 정한 납기에 따라 납세고지하는 
경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 따라 과세하는 경우는 제외한다)
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지받은 날부터 30일 이내에 지방
자치단체의 장에게 통지내용의 적법성에 관한 심사(이하 "과세전적부심사"라 한다)를 청구
할 수 있다. 
1. 세무조사결과에 대한 서면 통지
2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지
③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다. 
2. 범칙사건조사를 하는 경우
3. 세무조사결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 지방세 부과 제척기간의 만료일까지의 
기간이 3개월 이하인 경우
4. 그 밖에 법령과 관련하여 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대
통령령으로 정하는 경우
⑦ 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 과세전적부심사를 청구하지 아니하
고 그 통지를 한 지방자치단체의 장에게 통지받은 내용의 전부 또는 일부에 대하여 과세표
준 및 세액을 조기에 결정 또는 경정결정을 해 줄 것을 신청할 수 있다. 이 경우 해당 지방
자치단체의 장은 신청받은 내용대로 즉시 결정 또는 경정결정을 하여야 한다. 
▣ 지방세기본법 시행령 
제58조 【과세전적부심사】
② 제1항에 따라 과세전적부심사청구서를 제출받은 지방자치단체의 장은 그 청구부분에 대하
여 법 제88조제4항에 따른 결정이 있을 때까지 과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정을 
유보해야 한다. 다만, 법 제88조제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그렇지 않다. 
③ 법 제88조제1항제5호에서 "「지방세법」에서 정한 납기에 따라 납세고지하는 경우 등 대통령
령으로 정하는 사유에 따라 과세하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다. 
1. 「지방세법」에서 정한 납기에 따라 납세고지하는 경우
2. 납세의무자가 신고한 후 납부하지 않은 세액에 대하여 납세고지하는 경우
3. 세무서장 또는 지방국세청장이 결정 또는 경정한 자료에 따라 지방소득세를 납세고지하는 
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경우
4. 「지방세징수법」제22조제2항 전단에 따라 납기 전에 징수하기 위하여 고지하는 경우
5. 「지방세법」제62조ㆍ제98조ㆍ제103조의9ㆍ제103조의26 및 제128조제2항 단서에 따라 수시
로 그 세액을 결정하여 부과ㆍ징수하는 경우
6. 법 제88조제5항제2호 단서, 제96조제1항제3호 단서 또는 제96조제7항 및 「국세기본법」제81
조에 따라 준용되는 같은 법 제65조제1항제3호 단서에 따른 재조사 결정을 하여 그 재조사
한 결과에 따라 과세하는 경우. 끝.