[행정 판결문] 대구지방법원 2025구합20480 - 부가가치세부과처분취소

 

[행정] 대구지방법원 2025구합20480 - 부가가치세부과처분취소.pdf

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대 구 지 방 법 원
제 2 행 정 부
판 결
사 건 2025구합20480 부가가치세부과처분취소
원 고 A 
피 고 서○○세무서장
소송수행자 김지은
변 론 종 결 2025. 7. 24.
판 결 선 고 2025. 11. 13.
주 문
1. 피고가 2024. 8. 8. 원고에 대하여 한 별지1 목록 기재 각 부가가치세 부과처분을 
모두 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다. 
청 구 취 지
주문과 같다. 
이 유
1. 처분의 경위 
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가. 당사자의 지위
1) 원고는 2012. 11. 21. 개업하여 대구 서구에서 “B 서○○지점(이하 ‘B’라 한다)”
이라는 상호로 자동차부품(휠) 제조 및 도·소매업을 영위하는 개인사업자이다. 
2) C는 2013. 5. 6. 개업하여 대구 서구에서 ‘D타이어’라는 상호로 타이어 도·소매
업을 영위하는 개인사업자이다. 
나. 피고의 C에 대한 세무조사 
1) 피고는 2023. 6. 27.부터 2023. 9. 15.까지 C에 대하여 2018년부터 2022년까지 
과세기간에 대한 개인통합조사(이하 ‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실시하였는데, 2023. 
6. 28. 조사과정에서 D타이어 사무실의 컴퓨터에 있는 경영박사 회계프로그램의 자료
를 엑셀파일(이하 ‘이 사건 전자정보’라 한다)로 복사·저장하여 국세청 망간자료 시스템
을 이용하여 국세청 내부망으로 전송하였다. 이 사건 전자정보에는 일자별로 거래처, 
품명, 공급가액 등 매출 및 매입 내역 등이 수록되어 있었다. 
2) C의 세무대리인은 2023. 7. 28. 피고에게 이 사건 전자정보와 내용이 동일한 매
입·매출장, 계좌내역, 소명자료(이하 ‘이 사건 소명자료’라 한다)를 메일로 제출하였다. 
다. 피고의 원고에 대한 이 사건 처분 
1) 피고는 이 사건 세무조사를 통하여 확보한 이 사건 전자정보, C의 문답서, 이 
사건 소명자료를 근거로 원고가 매입세금계산서를 과다 수취한 사실을 확인하고, 이러
한 내용의 과세자료에 따라 2024. 2. 21. 원고에게 다음과 같은 ‘부가가치세 해명자료 
제출 안내’를 송부하였다. 
○ 수신자 : B 서○○점
귀하(귀사)의 사업과 관련하여 아래와 같이 과세자료가 발생하여 알려드리니 이에 대한 
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2) 원고가 해명자료 제출 안내에 응하지 않자, 피고는 원고가 2019년 제1기부터 
2022년 제1기까지 공급가액 187,079,714원의 매입세금계산서를 과다 발급받아 매입세
액을 공제한 것으로 보아, 과세예고 통지를 거쳐 2024. 8. 8. 원고에게 별지1 목록 기
재와 같이 2019년 제1기부터 2022년 제1기까지 과세기간 부가가치세 합계 35,778,830
원(가산세 포함)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 
라. 피고의 C에 대한 부과처분
1) 피고는 이 사건 세무조사 결과 C가 2018년 제2기부터 2022년 제2기까지 과세
해명자료를 2024. 2. 28.까지 제출하여 주시기 바라며, 해명자료를 제출 기한까지 제출한 
경우 제출일로부터 30일(기한의 말일이 토요일 또는 공휴일인 경우 그 다음날, 기한연장 
통지를 한 경우 그 기한연장일) 내에 그 검토결과를 통지합니다. 
제출 기한까지 회신이 없거나 제출한 자료가 불충분할 때에는 과세자료의 내용대로 세금
이 부과될 수 있음을 알려드립니다. 
○ 과세자료 발생 경위
이 자료를 귀사의 거래처(D타이어)를 세무조사한 결과 매입세금계산서 과다수취 받은 것
으로 확인되는 자료입니다. 
○ 과세자료 내용
○ 제출할 자료
- 납세자 해명자료(부가가치세 사무처리규정 별지 제15호 서식)
- 관련 증빙서류 (보기) 세금계산서, 계약서, 거래명세표, 금융거래내역 등 
과세자료명
구분
(매입·매출)
과세기간
과세자료 발생처 과세자료금액
(공급가액)
비고
상호(성명) 사업자등록번호
매입신고과다 매입 2019-01 C 41,088,236
매입신고과다 매입 2019-07 C 31,932,595
매입신고과다 매입 2020-01 C 21,935,744
매입신고과다 매입 2020-07 C 24,946,775
매입신고과다 매입 2021-01 C 19,090,909
매입신고과다 매입 2021-07 C 24,545,455
매입신고과다 매입 2022-01 C 23,540,000
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기간 부가가치세 신고 시 세금계산서를 과다 발행하고, 매출금액을 과소 신고한 혐의 
등을 확인하고, 2024. 1. 3. C에게 2019년 제1기부터 2022년 제2기까지 과세기간 부가
가치세 합계 63,510,689원과, 2018년부터 2022년까지 과세연도 종합소득세 합계 
284,538,960원을 경정·고지하였다. 
2) 이후 C는 위 부과처분에 불복하여 2024. 5. 20. 국세청장에게 국세심사를 청구
하였고, 국세청장은 2024. 10. 14. 이 사건 전자정보를 기초로 이루어진 부과처분은 위
법하므로 과세표준 및 세액에서 제외하여 다시 계산하고 그 결과에 따라 과세표준 및 
세액을 경정하라는 결정을 하였다. 
3) 이에 따라 피고는 2024. 10. 30. C에 대하여 위 2024. 1. 3.자 부가가치세 및 
종합소득세 경정·고지를 취소하였다. 
마. 전심전차
원고는 2025. 1. 8. 국세청장에게 이 사건 처분의 취소를 구하는 국세심사를 청구
하였으나, 국세청장은 2025. 3. 5. 원고의 심사청구를 기각하는 결정을 하였다. 
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증(가지번호 포함), 을 제2, 3호증의 각 기
재, 변론 전체의 취지 
2. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 원고의 주장 요지
이 사건 처분 및 그 과세표준의 기초가 된 이 사건 전자정보는 피고가 적법절차의 
원칙을 위반하여 수집한 위법한 증거에 해당하므로, 이 사건 처분의 근거자료로 삼을 
수 없다. 
나. 관계 법령
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별지2 기재와 같다. 
다. 판단
1) 관련 법리 
가) 조세법의 영역에서 법치국가원리는 조세법률주의로 나타난다(헌법 제59조). 
조세법률주의는 조세의 종목과 세율 그 밖의 과세요건과 조세의 부과·징수절차를 법률
로 정하여야 한다는 것을 그 기본내용으로 한다. 조세채무는 법률이 정하는 과세요건
이 충족되는 때에는 당연히 자동적으로 성립한다. 그러나 법률의 규정에 의하여 조세
채무가 성립한다고 하더라도 그 내용을 적법하게 확정하여 납부 및 징수 등의 후속절
차가 이루어지도록 하려면 과세관청이 과세요건이 되는 사실관계를 정확하게 파악할 
수 있어야 한다. 이러한 취지에서 세법은 세무공무원에게 납세의무자 또는 관계인에게 
필요에 따라 질문을 하고, 관계서류, 장부 그 밖의 물건을 검사할 수 있는 권한을 부여
하고 있다(소득세법 제170조, 법인세법 제122조, 부가가치세법 제74조 등). 질문검사권
의 행사를 통해 과세요건 사실을 조사·확인하고 과세에 필요한 직접·간접의 자료를 수
집하는 일련의 행위가 세무조사이다.
국세기본법 제81조의4 제1항은 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 
위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조
사권을 남용해서는 아니된다고 정하고 있다. 위 조항은 세무조사의 적법 요건으로 객
관적 필요성, 최소성, 권한 남용의 금지 등을 규정하고 있는데, 이는 법치국가원리를 
조세절차법의 영역에서도 관철하기 위한 것으로서 그 자체로서 법규적 효력을 가진다. 
따라서 세무조사가 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증이라는 본연의 목적
이 아니라 부정한 목적을 위하여 행하여진 것이라면 이는 세무조사에 중대한 위법사유
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가 있는 경우에 해당하고, 이러한 세무조사에 의하여 수집된 과세자료를 기초로 한 과
세처분 역시 위법하다(대법원 2016. 12. 15. 선고 2016두47659 판결 등 참조). 
나) 한편 헌법 제12조 제1항에서 정하고 있는 적법절차의 원칙은 형사소송절차
에 국한되지 아니하고 모든 국가작용 전반에 대하여 적용된다(헌법재판소 1992. 12. 
24. 선고 92헌가8 전원재판부 결정). 세무조사는 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정
조사의 일종으로서 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증 등을 위하여 필요불
가결하며, 종국적으로는 조세의 탈루를 막고 납세자의 성실한 신고를 담보하는 중요한 
기능을 수행하지만 이러한 세무공무원의 세무조사권의 행사에서도 적법절차의 원칙은 
마땅히 준수되어야 한다(대법원 2014. 6. 26. 선고 2012두911 판결 등 참조).
2) 구체적 판단 
위 법리에 비추어 살피건대, 다음과 같은 사정에 비추어 보면 이 사건 처분은 위
법한 세무조사에 기초하여 이루어진 것으로서 위법하다 할 것이다.
가) 국세기본법에 의하면, 세무공무원은 ① 세무조사를 하기 위하여 필요한 최소
한의 범위에서 장부등의 제출을 요구하여야 하고(제81조의4 제3항), ② 세무조사(조세
범 처벌절차법에 따른 조세범칙조사를 포함한다)의 목적으로 납세자의 장부등을 세무
관서에 임의로 보관할 수 없으나(제81조의10 제1항), ③ 조사 목적에 필요한 최소한의 
범위에서 납세자, 소지자 또는 보관자 등 정당한 권한이 있는 자가 임의로 제출한 장
부등을 납세자의 동의를 받아 세무관서에 일시 보관할 수 있고(제81조의10 제2항), 
④ 이와 같이 납세자의 장부등을 세무관서에 일시 보관하려는 경우 납세자로부터 일시 
보관 동의서를 받아야 하고, 일시 보관증을 교부하여야 하며(제81조의10 제3항), ⑤ 일
시 보관하고 있는 장부등에 대하여 납세자가 반환을 요청하는 경우 그 반환을 요청한 
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날부터 14일 이내에 장부 등을 반환하여야 한다(제81조의10 제4항). 
이러한 국세기본법의 규정 내용에 비추어 보면, 세무조사는 그 목적을 달성하
는 데 필요한 최소한의 범위에서 납세자의 동의와 승인을 전제로 하여 이루어지는 임의
조사의 성격을 가진다 할 것이므로, 단순한 세무조사 절차에서 조사 상대방의 동의나 승
인에 의하지 아니한 강제수사 및 조사의 일종인 압수·수색은 허용되지 않는다고 할 것이
다.
나) 그런데 ① 피고의 세무공무원은 2023. 6. 28. 이 사건 세무조사를 실시하며 
D타이어 사무실의 컴퓨터에서 이 사건 전자정보를 발견하고 C의 동의 없이 이를 이메
일로 국세청 내부망으로 전송하여 압수하였고(피고는 당시 C의 배우자의 구두 동의를 
받았다고 주장하나 이를 인정할만한 자료가 없다), ② 피고가 이 사건 전자정보를 국세
청에 일시 보관함에 있어 C로부터 일시 보관 동의서를 받거나 일시 보관증을 교부하
지 않았다는 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제3호증(가지번호 포함)의 기재
에 의하여 이를 인정할 수 있다. 
위 인정사실에 의하면, 이 사건 세무조사는 국세기본법에서 정한 세무조사의 
절차와 방식을 위반하였을 뿐만 아니라 헌법에서 정한 적법절차의 원칙, 조세범 처벌
절차법 또는 형사소송법에서 정한 영장주의를 위반한 중대한 위법사유가 있다 할 것이
고, 위와 같이 위법한 절차에 따라 취득한 이 사건 전자정보를 기초로 이루어진 이 사
건 처분은 위법하다 할 것이다(대법원 2016. 12. 27. 선고 2014두46850 판결 취지 참
조).
다) 이에 대하여 피고는 이 사건 세무조사가 위법하다 하더라도 원고는 이 사건 
세무조사의 직접 상대방이 아니므로 적법절차의 실질적인 내용을 침해당한 당사자가 
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아니라는 취지로 주장한다. 그러나 행정처분에 이르는 일련의 절차에 위법사유가 있는 
경우 그 처분의 효력에도 당연히 영향을 미치므로, 이 사건 세무조사의 절차와 방식에 
중대한 위법사유가 있는 이상 이 사건 처분의 효력을 부인할 수 있다. 또한 헌법에서 
정한 적법절차의 원칙은 개인의 생명·자유·재산을 보호하기 위한 기능과 함께 공무원
의 위법행위를 억제한다는 기능도 수행하고 있으므로, 단순히 원고가 이 사건 세무조
사의 상대방이 아니라는 이유만으로 적법절차의 원칙이 적용되지 않는다고 할 수 없
다. 따라서 피고의 위 주장은 받아들이지 않는다. 
라) 또한 피고는 이 사건 처분은 이 사건 전자정보와는 무관하게 C의 문답서, 
이 사건 소명자료를 근거로 한 것이라는 취지로 주장한다. 그러나 앞서 본 증거 및 인
정사실에 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정 즉, ① 피고는 이 사
건 세무조사를 하며 2023. 6. 28. D타이어 사무실에서 이 사건 전자정보를 취득하였는
데 이 사건 전자정보에는 일자별로 D타이어의 거래처, 품명, 공급가액 등 매출 및 매
입 내역 등이 기재되어 있었던 점, ② 피고는 약 한달 뒤인 2023. 7. 28. C의 세무대리
인으로부터 이 사건 전자정보와 동일한 내용의 이 사건 소명자료를 제출받은 점, ③ 
피고는 2023. 8. 10. C에 대한 조사를 하며 문답서를 작성하였는데, 당시 C에게 이 사
건 전자정보의 내용을 기초로 하여 원고(B)에 대한 매출세금계산서 과다 발행과 관련
하여 질의한 점, ④ 피고가 2023. 6. 28. 이 사건 세무조사 착수 시 이 사건 전자정보
를 D타이어 사무실에서 확보하지 않았다면 C(D타이어)의 원고(B)에 대한 매출세금계산
서 과다 발행(즉, 원고의 매입세금계산서 과다 수취)과 관련하여 소명을 요구하거나 C
에게 질의할 수 없었을 것으로 보이는 점, ⑤ 피고는 원고에 대하여 별도의 세무조사 
등을 한 사실이 없는 점 등을 고려하면, 피고는 이 사건 전자정보를 통하여 원고(B)가 
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C(D타이어)로부터 매입세금계산서를 과다 수취(즉, C의 매출세금계산서 과다 발행)하
였다고 판단한 사실을 인정할 수 있고, 달리 피고가 이 사건 전자정보와 무관하게 원
고에 대한 과세요건 사실을 독자적으로 파악할 수 있었다고 볼 만한 객관적인 증거자
료가 없다. 따라서 이 사건 처분은 위법한 절차와 방식에 따른 세무조사에 기초하였다
고 봄이 타당하다.1) 
3. 결론
그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한
다. 
재판장 판사 이종길
판사 김다혜
판사 손용도
1) 대구고등법원 2020. 1. 31. 선고 2019누3699 판결(대법원 2020. 6. 11. 선고 2020두35578 심리불속행기각 판결로 확정됨) 참
조
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별지1
목 록
세목 귀속 고지일 고지세액(가산세 포함)
부가가치세
2019년 제1기
2024. 8. 8.
8,350,800원
2019년 제2기 6,340,710원
2020년 제1기 4,255,390원
2020년 제2기 4,726,000원
2021년 제1기 3,529,790원
2021년 제2기 4,426,000원
2022년 제1기 4,150,140원
합 계 35,778,830원
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별지2
관계 법령
■ 국세기본법
제81조의4(세무조사권 남용 금지)
① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조
사(「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 하여
야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다. 
③ 세무공무원은 세무조사를 하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 장부등의 제출을 요구하
여야 하며, 조사대상 세목 및 과세기간의 과세표준과 세액의 계산과 관련 없는 장부등의 
제출을 요구해서는 아니 된다.
제81조의10(장부등의 보관 금지)
① 세무공무원은 세무조사(「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 
조에서 같다)의 목적으로 납세자의 장부등을 세무관서에 임의로 보관할 수 없다. 
② 제1항에도 불구하고 세무공무원은 제81조의6제3항 각 호의 어느 하나의 사유에 해당하는 
경우에는 조사 목적에 필요한 최소한의 범위에서 납세자, 소지자 또는 보관자 등 정당한 
권한이 있는 자가 임의로 제출한 장부등을 납세자의 동의를 받아 세무관서에 일시 보관할 
수 있다.
③ 세무공무원은 제2항에 따라 납세자의 장부등을 세무관서에 일시 보관하려는 경우 납세자로
부터 일시 보관 동의서를 받아야 하며, 일시 보관증을 교부하여야 한다.
④ 세무공무원은 제2항에 따라 일시 보관하고 있는 장부등에 대하여 납세자가 반환을 요청한 
경우에는 그 반환을 요청한 날부터 14일 이내에 장부등을 반환하여야 한다. 다만, 조사 목
적을 달성하기 위하여 필요한 경우에는 제81조의18제1항에 따른 납세자보호위원회의 심의
를 거쳐 한 차례만 14일 이내의 범위에서 보관 기간을 연장할 수 있다.
⑤ 제4항에도 불구하고 세무공무원은 납세자가 제2항에 따라 일시 보관하고 있는 장부등의 반
환을 요청한 경우로서 세무조사에 지장이 없다고 판단될 때에는 요청한 장부등을 즉시 반
환하여야 한다.
⑥ 제4항 및 제5항에 따라 납세자에게 장부등을 반환하는 경우 세무공무원은 장부등의 사본을 
보관할 수 있고, 그 사본이 원본과 다름없다는 사실을 확인하는 납세자의 서명 또는 날인
을 요구할 수 있다.
⑦ 제1항부터 제6항까지에서 규정한 사항 외에 장부등의 일시 보관 방법 및 절차 등에 관하여 
필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 끝.