[행정 판결문] 서울행정법원 2025구단50650 - 재산세등부과처분취소

 

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서 울 행 정 법 원
판 결
사 건 2025구단50650 재산세등부과처분취소
원 고 A
피 고 서울특별시 동작구청장
변 론 종 결 2025. 9. 24.
판 결 선 고 2025. 10. 29.
주 문
1. 피고가 2022. 9. 10. 원고에게 한 다음 ‘당초 세액’란 기재 각 처분 중 ‘정당 세액’란 
기재 금원을 초과하는 부분을 취소한다. 
세목 당초 세액(원) 정당 세액(원)
재산세 602,888,650 542,756,840
지방교육세 120,577,730 108,551,360
2. 소송비용은 피고가 부담한다. 
청 구 취 지
주문과 같다.
이 유
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1. 인정사실 
가. 원고는 B협동조합법에 따라 설립되었고, 2021. 1. 14. ‘서울 C 대 40173.6㎡’에 
관하여, 2021. 2. 24. 그 토지 지상 건물에 관하여 각 소유권보존등기를 마친 후 ‘서울
특별시 D도매시장(이하 ’이 사건 시장‘이라 한다)’을 운영하고 있다[위 토지 중 ‘D도매
시장 구판사업’에 직접 사용하는 부분(4663.55㎡)만 ‘이 사건 토지’라 한다]. 이 사건 시
장은 지하 2층부터 지상 6층 건물로, 경매장 등이 있고, 수도권 ** 유통량의 45% 이상
을 점유하고 있다. 
나. 지방세법 제106조 제1항 제3호 아목, 같은 법 시행령 제102조 제8항 제2호에 따
라, B협동조합법에 따라 설립된 조합이 과세기준일 현재 구판사업에 직접 사용하는 토
지는 분리과세대상 토지이다. 그런데 2020. 6. 2. 대통령령 제30728호로 다음과 같이 
지방세법 시행령 제102조 제8항 2호 단서가 신설되었다(이하 2020. 6. 2. 개정된 시행
령 제102조 제8항 제2호를 ‘이 사건 조항’, 그 단서를 ‘이 사건 단서’라 한다). 
다만, 「유통산업발전법」 제2조제3호에 따른 대규모점포(「농수산물 유통 및 가격안정에 관한 
법률」 제2조제12호에 따른 농수산물종합유통센터 중 대규모점포의 요건을 충족하는 것을 
포함한다)로 사용하는 토지는 제외한다. 
다. 피고는 이 사건 토지를 이 사건 단서에 따라 별도합산 과세대상으로 분류하되 
지방세법 시행령 부칙(제30728호, 2020. 6. 2.) 제3조에 따른 비율을 곱하여, 2022. 9. 
10. 원고에게 재산세 602,888,650원, 지방교육세 120,577,730원을 부과하였다(이하 ‘이 
사건 처분’이라 한다). 
라. 원고는 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2024. 10. 10. 기각 결정을 
받았다. 
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[인정근거] 갑 제 1 내지 4, 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 
2. 이 사건 처분의 적법 여부 
가. 쟁점 
이 사건 토지가 이 사건 단서에 따라 분리과세대상 토지에서 제외되는지 여부이다. 
나. 관계 법령 
별지. 관계 법령 기재와 같다. 
다. 판단 
1) 관계 법령의 취지 
❶ 이 사건 조항의 취지
• 지방세법은 토지에 대한 재산세 과세대상을 종합합산과세대상, 별도합산과세대상, 분
리과세대상으로 구분하면서(지방세법 제106조 제1항), 국가의 보호‧지원이 필요한 토지
는 분리과세대상 토지로 분류하여 저율의 단일 세율을 적용하여 과세한다(지방세법 제
111조 제1항 제1호). 소유한 토지의 용도 등 질적인 차이를 반영하지 못하는 종합합산
과세의 단점을 보완하기 위한 목적에서 분리과세제도가 도입되었고, 분리과세대상 토
지의 질적인 차이인 ‘토지의 용도’를 고려한다. 
• 지방세법 제106조 제1항 제3호 아목은 분리과세대상 토지에 대해 ‘공익성 정도’ 등
을 고려하여 분리과세하여야 할 타당한 이유가 있는 토지를 대통령령으로 정하도록 규
정하고, 그 위임에 따라 같은 법 시행령 제102조 제8항 제2호는 농수산물 유통과 관련
된 토지 중 농업협동조합, 수산업협동조합, 농림수협의 유통자회사, 한국농수산식품유
통공사 등이 구판사업이나 농수산물 유통시설로 사용하는 토지를 재산세 분리과세대상
으로 규정하고 있다. 
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• 농수산물 유통과 관련하여 구판사업에 직접 사용하는 토지에 대한 분리과세대상 규
정은, 구 지방세법 시행령(1995. 12. 30. 대통령령 제14878호로 개정된 것) 제194조의
15 제4항 제13호에서 종합토지세 분리과세대상 토지로 신설한 이래 현재까지 존재한
다(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 전부개정 후 제102조 제8항 제2호에서 규정). 
• 농수산물 유통을 위해 넓은 면적의 토지가 필요하고, 토지에 대한 재산세 부담은 농
수산물 유통 원가에 반영될 수밖에 없다. 이 사건 조항은 농업협동조합, 수산업협동합, 
한국농수산식품유통공사 등 법령에 따라 설립되어 농수산물의 유통에 관한 공적인 역
무를 수행하고 있는 납세의무자에 대해서만 적용된다. 납세의무자에 대한 재산세 분리
과세로 인한 유통비용 감소로 인한 편익은 납세의무자에게 사적으로 귀속되는 것이 아
니라 납세의무자의 조합원이나 소비자들에게 귀속될 것이 보장되어 있다. 
• 분리과세제도의 취지, 이 사건 조항의 연혁이나 규정 내용에 비춰, 이 사건 조항은 
농수산물 유통 관련 토지의 세금 부담을 낮춰 농수산물 가격 안정 및 유통 활성화를 
위한 정책적인 지원을 목적으로 한 것으로 보인다. 
❷ 유통산업발전법상 대규모점포 규제 
• 유통산업발전법은 제3장 ‘대규모점포 등’에서, 대규모점포의 개설 등을 시장 등에게 
등록하여야 할 사항으로 정하고, 그 과정에서 상권영향평가서 및 지역협력계획서(지역 
중소유통기업과의 상생협력, 지역 고용 활성화 등의 사항을 포함)를 첨부하도록 하며
(제8조 제1항, 제8조의2), 대규모점포의 영업시간 제한에 관한 규제(제12조의2) 등을 
정하고 있다. 유통산업발전법 제2조 제3호 ‘대규모점포’와 관련하여, ‘별표’는 ‘대규모점
포의 종류’를 대형마트, 전문점, 백화점, 쇼핑센터, 복합쇼핑몰, 그 밖의 대규모점포로 
한정하고 있다. 
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• 유통산업발전법에서 정한 대규모점포의 종류나 그 규제 내용에 비춰, 유통산업발전
법은 대규모점포가 자본력과 규모의 경제를 바탕으로 지역 상권을 잠식하는 것을 규제
하기 위한 것이다. 
❸ 농수산물유통법과 유통산업발전법의 관계 
• 농수산물 유통 및 가격안정에 관한 법률(이하 ‘농수산물유통법’이라 한다)은, ‘농수산
물의 유통을 원활하게 하고 적정한 가격을 유지하게 함으로써 생산자와 소비자의 이익
을 보호하고 국민생활의 안정에 이바지’하기 위한 목적으로(제1조), 농수산물도매시장, 
농수산물공판장, 농수산물유통센터 등의 개설, 허가 및 운영 등에 관한 내용을 정하고 
있다(제3장, 제4장, 제69조 참조). 
• 농수산물유통법상 ‘중앙도매시장’은 ‘특별시장 등이 개설한 농수산물도매시장 중 해
당 관할 구역 및 그 인접지역에서 도매의 중심이 되는 농수산물도매시장’으로서 같은 
법 시행규칙에서 정하고 있다. 이 사건 시장은 농수산물유통법 시행규칙 제3조 제2호
따라 지정된 중앙도매시장이다. 
• 농수산물유통법상 도매시장의 개설 주체는 특별시‧광역시‧특별자치시‧특별자치도‧시
로 한정되고(제17조 제1항), 도지사의 허가나 일정 요건이 필요하며(제19조), 도매시장
에서 농수산물은 경매‧입찰‧정가매매 또는 수의매매 방법으로 매매된다(제32조). 이 사
건 도매시장은 서울특별시가 농수산물유통법 제19조 제1항 각호 요건을 충족하여 개설
한 시장으로 통수산물 유통이라는 공적인 기능이 수행될 수 있도록 농수산물유통법에
서 요건을 정하고 있다. 
• 유통산업발전법상 규제 대상인 대규모점포는 대형마트 등 최종소비자를 대상으로 상
품을 판매하는 소매업이다. 농수산물도매시장 등은 농수산물유통법에서 설립 주체나 
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허가 요건 등이 정하여지고, 도매의 중심이 되는 등 지역 상권에 미치는 영향도 대형
마트 등 대규모점포와 다르다. 이에 따라 유통산업발전법 제4조 제1호 및 농수산물유
통법 제3조는 농수산물유통법에서 정하고 있는 농수산물도매시장‧농수산물공판장‧민영
농수산물도매시장‧농수산물종합유통센터의 경우 규모와 상관없이 유통산업발전법의 적
용을 배제하고 있다. 
❹ 이 사건 단서 조항의 취지
• 이 사건 단서 신설 당시, 지방세법 시행령 개정이유는 다음과 같다. 
농협 등이 구판사업에 직접 사용하는 토지 중 대규모점포로 사용하는 토지 및 인천국제공
항공사가 소유하고 있는 공항시설용 토지 중 국제업무지역, 공항신도시 등에 해당하는 토지 
등을 분리과세대상에서 제외하고, 전통사찰보존지 중 수익사업이나 유료로 사용하지 않는 
토지는 분리과세대상에 추가하는 등 과세형평성을 높이기 위하여 재산세 분리과세대상 토
지의 범위를 정비하려는 것임
• 행정안전부의 지방세법 시행령 일부개정안 입법예고시 이 사건 단서와 관련한 개정
이유는 ‘별도합산과세대상으로 환원하여 재산세 합산과세 원칙을 회복하고 과세형평성
을 제고하고자 함’이다. 입법예고 당시 행정안전부의 토지분 재산세 분리과세대상정비 
해명자료(을제1호증) 내용은 다음과 같다. 즉 이 사건 단서에서 ‘유통산업발전법 제2조 
제3호에 따른 대규모점포에 사용하는 토지’를 분리과세대상에서 제외하는 것은, 유통산
업발전법에서 규제대상으로 정한 대규모점포에 해당하는 대형마트 등이 오히려 재산세 
분리과세 대상이 되는 불합리를 조정하기 위한 것이다. 
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• 농업협동조합, 수산업협동조합 등이 운영하는 구판사업이나 유통시설로 사용하는 토
지 중 이 사건 단서의 ‘유통산업발전법 제2조 제3호에 따른 대규모점포’에 해당하는 시
설로는 농업협동조합에서 운영하는 대형마트인 ‘하나로마트’가 있다. 하나로마트는 농
수산물유통법 제69조에 따른 농수산물종합유통센터로 설치된 점포를 제외하고 유통산
업발전법의 적용을 받아, 유통산업발전법 제2조 제3호의 요건을 충족하면 유통산업발
전법상 대규모점포로서 규제를 받게 된다. ‘하나로마트’는 실제 이마트 등 대형마트와 
마찬가지로 소매유통단계로 운영되어(갑 제12호증 참조), 재산세 분리과세를 적용하는 
것이 적절하지 않다. 
❺ 이 사건 단서 중 괄호(농수산물유통법 제2조 제12호에 따른 농수산물종합유통센터 
중 대규모점포의 요건을 충족하는 것) 부분 
• 현재 농수산물유통법 제69조에 따라 설치된 농산물종합유통센터는 ‘하나로마트 양재
점’ 등 15곳이고, 수산물종합유통센터는 없다(갑 제6호증 참조). ‘하나로마트 양재점’과 
같은 농산물종합유통센터는 대형마트와 차이가 없다. 이러한 유통시설에 대해서까지 
재산세 분리과세 대상으로 할 공익성이 인정되기 어렵다. 
• 농수산물유통법 제3조는 유통산업발전법 규정의 적용을 배제하고 있어, 이 사건 단
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서 중 ‘유통산업발전법 제2조 제3호에 따른 대규모점포’에 ‘농수산물유통법 제2조 제12
호 농수산물종합유통센터’가 포함되지 않는다. 
• 이 사건 단서 중 괄호 부분(농수산물유통법 제2조 제12호에 따른 농수산물종합유통
센터 중 대규모점포의 요건을 충족하는 것)은 공익성이 낮고 대형마트와 별 차이가 없
는 특정 농수산물종합유통센터 시설로 사용되는 토지를 분리과세대상에서 제외되도록 
규정한 것으로 보인다. 
2) 이 사건 토지
이 사건 시장은 농수산물유통법 제2조 제2호(농수산물유통시장), 제3호(중앙도매시
장)이다. 이 사건 시장은 매장구조, 판매품목, 운용방식 모두 유통산업발전법상 소매유
통인 대규모점포와 다르다. 유통산업발전법에서 대규모점포를 규제하는 취지에도 맞지 
않다. 농수산물유통법이나 유통산업발전법에서, 농수산물유통법이 정하는 농수산물도매
시장은 유통산업발전법의 적용이 배제된다. 이 사건 시장은, 이 사건 단서 조항에서 정
한 ‘유통산업발전법 제2조 제3호에 따른 대규모점포’에 해당하지 않는다. 이 사건 시장
은 농수산물유통법 제69조를 근거로 설치된 것도 아니다. 이 사건 시장은 이 사건 단
서 중 괄호 부분에서 정한 농수산물유통법 제2조 제12호가 정한 농수산물종합유통센터
에도 해당하지 않는다. 이 사건 시장은 유통산업발전법 제2조 제3호 대규모점포나 농
수산물유통법 제2조 제12호의 농수산물종합유통센터에도 해당하지 않아 이 사건 토지
를 해당 용도로 사용하고 있다고 할 수 없다. 
이 사건 토지는 이 사건 단서 조항에 해당하지 않으므로 이 사건 조항에 따라 분리
과세대상 토지에 해당한다. 이 사건 토지가 분리과세대상이 아니고 별도합산 과세대상
으로 보아 한 이 사건 처분은 위법하여, 분리과세대상으로 계산한 정당 세액을 초과하
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는 부분은 취소되어야 한다. 
3. 결 론
원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
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별지. 관계 법령 
▣ 지방세법 
제106조【과세대상의 구분 등】
① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 
분리과세대상으로 구분한다. 
3. 분리과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호ㆍ지원 또
는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지
가. 공장용지ㆍ전ㆍ답ㆍ과수원 및 목장용지로서 대통령령으로 정하는 토지
나. 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야 및 종중 소유 임야로서 대통령령으로 정하는 임야
다. 제13조제5항에 따른 골프장용 토지와 같은 항에 따른 고급오락장용 토지로서 대통령령으
로 정하는 토지
라. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제2조제1호에 따른 공장의 부속토지로서 개발
제한구역의 지정이 있기 이전에 그 부지취득이 완료된 곳으로서 대통령령으로 정하는 토지
마. 국가 및 지방자치단체 지원을 위한 특정목적 사업용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지
바. 에너지ㆍ자원의 공급 및 방송ㆍ통신ㆍ교통 등의 기반시설용 토지로서 대통령령으로 정하는 
토지
사. 국토의 효율적 이용을 위한 개발사업용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지
아. 그 밖에 지역경제의 발전, 공익성의 정도 등을 고려하여 분리과세하여야 할 타당한 이유가 
있는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지
▣ 구 지방세법 시행령(2020. 6. 2. 대통령령 제30728호로 개정되기 전의 것)
제102조【분리과세대상 토지의 범위】
⑧ 법 제106조제1항제3호아목에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 다음 각 호에서 정하는 토지
(법 제106조제1항제3호다목에 따른 토지는 제외한다)를 말한다. <신설 2017.12.29., 
2019.5.31>
2. 「농업협동조합법」에 따라 설립된 조합, 농협경제지주회사 및 그 자회사, 「수산업협동조합
법」에 따라 설립된 조합, 「산림조합법」에 따라 설립된 조합 및 「엽연초생산협동조합법」에 
따라 설립된 조합(조합의 경우 해당 조합의 중앙회를 포함한다)이 과세기준일 현재 구판사
업에 직접 사용하는 토지와 「농수산물 유통 및 가격안정에 관한 법률」 제70조에 따른 유통
자회사에 농수산물 유통시설로 사용하게 하는 토지 및 「한국농수산식품유통공사법」에 따라 
설립된 한국농수산식품유통공사가 농수산물 유통시설로 직접 사용하는 토지
▣ 구 지방세법 시행령(2020. 6. 2. 대통령령 제30728호로 개정된 것) 
제102조 【분리과세대상 토지의 범위】
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⑧ 법 제106조제1항제3호아목에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 다음 각 호에서 정하는 토지
(법 제106조제1항제3호다목에 따른 토지는 제외한다)를 말한다. <신설 2017.12.29, 
2019.5.31., 2020.6.2>
2. 「농업협동조합법」에 따라 설립된 조합, 농협경제지주회사 및 그 자회사, 「수산업협동조합
법」에 따라 설립된 조합, 「산림조합법」에 따라 설립된 조합 및 「엽연초생산협동조합법」에 
따라 설립된 조합(조합의 경우 해당 조합의 중앙회를 포함한다)이 과세기준일 현재 구판사
업에 직접 사용하는 토지와 「농수산물 유통 및 가격안정에 관한 법률」 제70조에 따른 유통
자회사에 농수산물 유통시설로 사용하게 하는 토지 및 「한국농수산식품유통공사법」에 따라 
설립된 한국농수산식품유통공사가 농수산물 유통시설로 직접 사용하는 토지. 다만, 「유통산
업발전법」 제2조제3호에 따른 대규모점포(「농수산물 유통 및 가격안정에 관한 법률」 제2조
제12호에 따른 농수산물종합유통센터 중 대규모점포의 요건을 충족하는 것을 포함한다)로 
사용하는 토지는 제외한다.
부칙 <제30728호,2020.6.2.>
제3조(분리과세대상 토지의 범위에 관한 특례) 
제102조제8항제1호부터 제3호까지, 제8호 및 제9호의 개정규정에 따라 분리과세대상에서 별도
합산과세대상 또는 종합합산과세대상으로 과세대상의 구분이 변경되는 토지(이하 이 조에서 "
과세대상 구분 변경 토지"라 한다)에 대해서는 같은 항 제1호부터 제3호까지, 제8호 및 제9호
의 개정규정에도 불구하고 2025년까지는 과세대상 구분 변경 토지의 필지별로 다음 표에 따른 
과세연도별 비율을 곱하여 계산한 면적은 분리과세대상 토지로 본다. 이 경우 과세대상 구분 
변경 토지의 납세의무자가 변경되지 않은 경우로 한정한다.
▣ 유통산업발전법 
제1조(목적) 
이 법은 유통산업의 효율적인 진흥과 균형 있는 발전을 꾀하고, 건전한 상거래질서를 세움으로
써 소비자를 보호하고 국민경제의 발전에 이바지함을 목적으로 한다.
제2조(정의) 
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이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 
3. "대규모점포"란 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 매장을 보유한 점포의 집단으로서 별표에 
규정된 것을 말한다.
가. 하나 또는 대통령령으로 정하는 둘 이상의 연접되어 있는 건물 안에 하나 또는 여러 개로 
나누어 설치되는 매장일 것
나. 상시 운영되는 매장일 것
다. 매장면적의 합계가 3천제곱미터 이상일 것
제4조(적용 배제) 
다음 각 호의 시장ㆍ사업장 및 매장에 대하여는 이 법을 적용하지 아니한다. 
1. 「농수산물 유통 및 가격안정에 관한 법률」 제2조제2호ㆍ제5호ㆍ제6호 및 제12호에 따른 농
수산물도매시장ㆍ농수산물공판장ㆍ민영농수산물도매시장 및 농수산물종합유통센터
2. 「축산법」 제34조에 따른 가축시장
▣ 농수산물 유통 및 가격안정에 관한 법률 
제1조(목적) 
이 법은 농수산물의 유통을 원활하게 하고 적정한 가격을 유지하게 함으로써 생산자와 소비자
의 이익을 보호하고 국민생활의 안정에 이바지함을 목적으로 한다.
제2조(정의) 
이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
2. “농수산물도매시장”이란 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ특별자치도 또는 시가 양곡류ㆍ청과
류ㆍ화훼류ㆍ조수육류(鳥獸肉類)ㆍ어류ㆍ조개류ㆍ갑각류ㆍ해조류 및 임산물 등 대통령령으
로 정하는 품목의 전부 또는 일부를 도매하게 하기 위하여 제17조에 따라 관할구역에 개설
하는 시장을 말한다.
3. “중앙도매시장”이란 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시 또는 특별자치도가 개설한 농수산물도매시
장 중 해당 관할구역 및 그 인접지역에서 도매의 중심이 되는 농수산물도매시장으로서 농림
축산식품부령 또는 해양수산부령으로 정하는 것을 말한다.
4. “지방도매시장”이란 중앙도매시장 외의 농수산물도매시장을 말한다.
12. “농수산물종합유통센터”란 제69조에 따라 국가 또는 지방자치단체가 설치하거나 국가 또는 
지방자치단체의 지원을 받아 설치된 것으로서 농수산물의 출하 경로를 다원화하고 물류비
용을 절감하기 위하여 농수산물의 수집ㆍ포장ㆍ가공ㆍ보관ㆍ수송ㆍ판매 및 그 정보처리 등 
농수산물의 물류활동에 필요한 시설과 이와 관련된 업무시설을 갖춘 사업장을 말한다.
제3조(다른 법률의 적용 배제) 
이 법에 따른 농수산물도매시장(이하 “도매시장”이라 한다), 농수산물공판장(이하 “공판장”이라 
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한다), 민영농수산물도매시장(이하 “민영도매시장”이라 한다) 및 농수산물종합유통센터(이하 “종
합유통센터”라 한다)에 대하여는 「유통산업발전법」의 규정을 적용하지 아니한다.
▣ 농수산물 유통 및 가격안정에 관한 법률 시행규칙
제3조(중앙도매시장) 
법 제2조제3호에서 “농수산물도매시장으로서 농림축산식품부령 또는 해양수산부령으로 정하는 
것”이란 다음 각 호의 농수산물도매시장을 말한다. 
2. 서울특별시 D도매시장. 끝.