[행정 판결문] 서울행정법원 2024구단55535 - 재산세등부과처분취소

 

[행정] 서울행정법원 2024구단55535 - 재산세등부과처분취소.pdf

0.26MB

[행정] 서울행정법원 2024구단55535 - 재산세등부과처분취소.docx

0.01MB

 

 

- 1 -
서 울 행 정 법 원
판 결
사 건 2024구단55535 재산세등부과처분취소
원 고 AA
피 고 서울특별시 서대문구청장
변 론 종 결 2025. 8. 27.
판 결 선 고 2025. 10. 15.
주 문
1. 이 사건 소 중 다음 처분의 취소청구부분을 각하한다. 
서울 서대문구 BB번지 B, C, D동에 대한 2022. 7. 10.자 각 처분 (단위: 원)
과세대상 재산세 도시지역분 지역자원시설세(소방분) 지방 교육세 소계 
B동 3,770,000 1,650,240 13,570 754,000 6,187,810
C동 3,774,750 1,651,910 13,590 754,950 6,195,200
D동 2,598,170 1,240,100 9,490 519,630 4,367,390
2. 다음 각 처분의 ‘당초세액’란 기재 금원 중 ‘정당세액’란 기재 금원을 초과하는 부분
을 취소한다. 
- 2 -
가. 서울 서대문구 CC번지 A, F동에 대한 2022. 7. 10.자 각 처분 (단위: 원)
과세
대상
재산세 도시지역분
지역자원
시설세(소방분)
지방
교육세
당초세액 정당세액 당초세액 정당세액 당초세액 정당세액 당초세액 정당세액
A동 3,375,130 2,705,230 1,512,040 1,277,580 17,680 13,580 675,020 541,050
F동 8,967,640 5,443,190 4,026,400 2,627,300 46,580 27,110 1,793,520 1,088,640
나. 서울 서대문구 CC번지 A, F동에 대한 2022. 9. 10.자 각 처분 (단위: 원)
과세
대상
재산세 도시지역분
지역자원
시설세(소방분)
지방
교육세
당초세액 정당세액 당초세액 정당세액 당초세액 정당세액 당초세액 정당세액
A동 3,860,450 2,705,230 1,681,910 1,277,580 17,680 13,580 772,090 541,050
F동 10,258,690 5,443,190 4,478,910 2,627,300 46,580 27,110 2,051,730 1,088,640
3. 다음 처분의 취소청구를 기각한다. 
서울 서대문구 BB번지 B, C, D동에 대한 2022. 9. 10.자 각 처분 (단위: 원)
과세대상 재산세 도시지역분
지역자원
시설세(소방분)
지방
교육세
소계 
B동 3,915,040 1,701,020 13,570 783,000 6,412,630 
C동 3,919,890 1,702,710 13,590 783,970 6,420,160 
D동 2,707,110 1,278,240 9,490 541,420 4,536,260 
4. 소송비용 중 70%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 
청 구 취 지
주문 제2항과 같다, 주문 제1, 3항 기재 각 처분을 취소한다. 
이 유
- 3 -
1. 처분의 경위 
가. 원고는 미국DD교 한국선교회의 사업을 위하여 필요한 자산의 취득 등을 목적으
로 1957. 9. 10. 설립된 법인이다. 법인등기부상 목적은 다음과 같다. 
목적 
본 법인은 미국DD교 한국선교회의 국내 및 해외사업을 위하여 필요한 토지 건물 및 설비
품을 소유관리하며 또는 이를 경영하고 이에 필요한 자산을 공급함을 목적으로 한다. 위의 
목적을 달성하기 위하여 다음 각호의 사업을 행한다. 
1. 국내전도사업
2. 해외선교사업
3. 종교교육
4. 구료사업(EE병원)
5. 출판사업지원(FF)
6. 국내외 구호사업 등의 빈민구제활동
7. 목적사업에 필요한 기타 사업
나. 과세기준일(2022. 6. 1.) 현재 원고 소유 주택(서울 서대문구 CC번지 A, F동, 같
은 동 BB번지 B, C, D동, 이하 ‘A, B, C, D, F동’만 표시한다)에 대하여, 피고는 원고
에게 주문 제1, 3항 및 제2항 중 ‘당초세액’란 기재와 같이 2022. 7. 10. 2022년도 주택
분 재산세(1기분) 등을, 2022. 9. 10. 2022년도 주택분 재산세(2기분) 등을 각 부과하였
다. 
다. 원고는 A, F동에 대한 2022. 7. 10.자 처분에 대하여만 2022. 10. 11. 이의신청 
거쳐, 2022. 7. 10.자 및 2022. 9. 10.자 각 처분에 대하여 2022. 12. 13. 심판청구를 하
였다. 원고는 2023. 12. 26. 조세심판원으로부터 B, C, D동에 대한 2022. 7. 10.자 처분
에 대한 취소청구부분은 청구기간을 도과하였다는 이유로 각하, 나머지 청구를 기각한
다는 결정을 받았다. 
- 4 -
[인정근거] 갑 제1, 3, 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 
2. 본안 전 항변에 관한 판단(B, C, D동에 대한 2022. 7. 10.자 처분 취소청구부분) 
갑 제3, 4호증, 을 제1호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하면, 원고는 2022. 
7. 13. 2022. 7. 10.자 각 처분을 수령하였고, A, F동에 대한 2022. 7. 10.자 처분에 대
하여만 2022. 10. 11. 이의신청을 거쳐 심판청구를 하고, B, C, D동에 대한 2022. 7. 
10.자 처분에 대하여는 이의신청을 거치지 않은 채 2022. 12. 13. 심판청구를 한 사실
을 인정할 수 있다. 
과세대상(B, C, D동)이 같더라도 2022. 7. 10.자 각 처분과 2022. 9. 10.자 각 처분은 
별개의 처분이다. 원고는 B, C, D동에 대한 2022. 7. 10.자 각 처분에 대하여는 2022. 
7. 13. 처분의 통지를 받고 그로부터 90일이 경과하였음이 역수상 명백한 2022. 12. 
13.에야 심판청구를 하여 해당 부분이 각하되었다. B, C, D동에 대한 2022. 7. 10.자 
각 처분의 취소 청구 부분은 제소기간이 도과하여 부적법하다. 
원고는, 재산세 부과처분의 분할납부가 하나의 재산세 부과처분을 납세자 편의를 위
해 분할한 것에 불과하여 제소기한을 도과하지 않았다는 취지로 주장한다. 그러나 
2022. 7. 10.자 각 처분과 2022. 9. 10.자 각 처분은 별개의 처분이고, 취소소송의 제소
기간을 제한하는 취지에도 맞지 않아 이를 받아들일 수 없다. 
3. 나머지 각 처분의 적법 여부에 관한 판단(A, F동에 대한 2022. 7. 10.자 및 2022. 9. 
10.자 각 처분, B, C, D동에 대한 2022. 9. 10.자 각 처분) 
가. 원고 주장의 요지 
다음 부분은 종교단체가 직접 사용하는 재산이므로, 각 처분 중 해당 부분은 지방세특
례제한법 제50조 제2항에 따라 재산세 등이 면제된다. 
- 5 -
❶ A동 일부(A-5, 256.4㎡)는 외국인 선교사 사역관으로, F동 사무실동 1, 2층(각 
315.69㎡)은 선교사 및 훈련 숙소, 3층(309.33㎡)은 사무실, 세미나, 훈련센터로, 
F-5(368.916㎡)는 외국인 선교사 사역관으로 원고가 사용하고 있다(F동 관련 원고가 
다투는 부분은 사무실동 1 내지 3층, F-5로 면적 합계 1309.626㎡이다).1)
❷ B, C, D동은 원고가 GG 해외선교회(이하 ‘해외선교회’라 한다)에 무상 임대하여, 해
외선교회가 해외파송 선교사들의 국내 숙소로 사용하고 있다. 
나. 관계 법령 
지방세특례제한법 
제50조 【종교단체 또는 향교에 대한 면제】
① 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하
여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. -단서 생략-
② 제1항의 종교단체 또는 향교가 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용(종교단체 또는 
향교가 제3자의 부동산을 무상으로 해당 사업에 사용하는 경우를 포함한다)하는 부동산
(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대해서는 재산세(「지방세법」 제
112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 「지방세법」 제146조제3항에 따른 지역자원시설세
를 각각 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경
우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일
부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다. 
다. A, F동 부분에 관한 판단 
1) 인정사실 
❶ A, F동은 2층 또는 3층 다가구형 건물로 구분되어 있고, 등기부상 용도는 기숙사 
이다. 
❷ F동 이용현황은 다음과 같다.2) 
1) 원고는 2025. 8. 20.자 청구취지 및 청구원인 변경을 통해 F동 중 다투는 부분과 해당 면적을 최종 확정하였다. 
2) 피고 소속 공무원이 F동 현장조사를 여러 차례 하였는데, 사용현황은 크게 달라지지 않고 유사하다[을 제6호증(2022년경 조
사), 제10호증(2025. 5. 22. 현장조사), 을제15호증(2023. 12. 7. 현장조사)]. 
- 6 -
사무실동 외관 이용현황 및 면적 
- 생략 -
❸ 미국DD교에서 한국으로 파송하여 A-5, F-5, F동 사무실동 1, 2층(이용현황 중 게
스트하우스)에 거주한 미국인 선교사들은 다음과 같다. 
- 7 -
❸ 미국DD교에서 한국에 파견한 외국인 선교사들은 원고 소속으로 국내전도사업을 한
다. 외국인 선교사들은 미국DD교에서 급여를 받고, 원고의 초청으로 종교비자(D-6)를 
받아 입국한다[일부는 재외동포(F-4) 자격]. 원고는 별도로 신도를 대상으로 예배당을 
갖춘 예배활동을 하지 않고, 미국DD교에서 파견된 외국인 선교사들이 국내전도사업을 
한다. 외국인 선교사들은 선교 및 전도활동, 성경공부, 제자훈련, 한국교회 지원활동 등
을 하고 있다. 
[인정근거] 갑 제18, 20, 21, 22, 24, 27 내지 30호증, 을 제6, 10, 15호증(가지번호 있
는 것은 가지번호 포함)의 각 기재 또는 영상, 변론 전체의 취지 
2) 판단
❶ 원고는 미국DD교 한국선교회의 국내전도사업 등을 위하여 필요한 자산의 소유‧관
리를 목적으로 하여 설립된 법인이다. 종교단체의 종교행위를 목적으로 하는 사업에 
사용되는 자산의 소유‧관리만을 목적으로 하더라도, 자산 취득 목적이 ‘종교행위를 목
적으로 하는 사업’ 등으로 제한되어 원고도 종교단체에 해당한다. 
❷ 지방세특례제한법 제50조 제2항은 과세기준일 현재 ‘종교단체가 종교행위를 목적으
로 하는 사업에 직접 사용’하는 부동산에 대해서 재산세 등을 면제한다. 종교단체에게 
일정 부동산에 대하여 세금을 면제하는 취지는 그 단체가 수행하는 ‘종교행위를 목적
으로 하는 사업’, 즉 ‘종교사업’의 공익성을 감안하여 종교의 사회적 기능과 역할을 원
활히 수행할 수 있도록 지원하기 위한 것이다. 종교단체가 부동산을 ‘종교사업에 사용’
한다는 것은 현실적으로 부동산을 종교사업 자체에 직접 사용하는 것을 뜻하고, ‘그 사
업에 사용’의 범위는 종교단체의 사업목적과 취득목적을 고려하여 실제의 사용관계를 
기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 2002. 10. 11. 선고 2001두878 판결 참
- 8 -
조). 
원고는 자산 관리를 위한 법인이지만, 목적사업은 종교사업인 국내전도사업이다. 목
적사업에 직접 제공되는지 여부는 종교사업을 기준으로 해야 한다. 구성원에게 제공한 
사택은 ‘주거용’으로 사용하는 것이다. 구성원이 부동산을 주거용으로 사용하는 경우에
는 원칙적으로 종교행위를 목적으로 하는 사업에 해당 부동산을 직접 사용한다고 할 
수 없다. 
❸ 판례는 일부 구성원에게 제공한 사택이나 숙소도 일정한 경우 목적사업에 직접 사
용되는 것으로 보아 면제 규정의 적용범위를 확대하고 있다. 주거용 주택을 종교용으
로 인정하는 것 자체가 면제 적용범위의 확대이다. 종교단체가 구성원에게 숙소를 제
공한 경우 숙소의 제공이 단지 구성원에 대한 편의를 도모하기 위한 것이거나 그곳에 
체류하는 것이 직무수행과 크게 관련되지 않는다면 숙소는 종교단체의 목적사업에 직
접 사용되는 것으로 볼 수 없다. 그러나 구성원이 종교단체의 사업 활동에 필요불가결
한 존재이고 사택이나 숙소에 체류하는 것이 직무수행의 성격도 겸비한다면 사택이나 
숙소는 목적사업에 직접 사용되는 것으로 볼 수 있다(대법원 2015. 9. 15. 선고 2014두
557 판결 참조). 즉 주거용 주택이라도 제한된 구성원(종교단체의 사업 활동에 필요불
가결한 존재)이 직무수행 용도로 체류하는 경우로 한정하여 종교사업에 직접 사용되는 
것으로 인정한 것이다. 
❹ 미국DD교에서 한국에 파견한 외국인 선교사들은 원고 소속으로 국내전도사업을 한
다. 해외선교사들은 국내전도사업을 담당하고, 미국에서 파송된 해외선교사들이 없다면 
원고는 한국 내에서 국내전도사업을 수행할 수 없다. 목적사업인 종교사업 자체를 할 
수 없다. 외국인 선교사들이 미국DD교로부터 급여를 받는다고 하여 원고의 목적사업
- 9 -
인 국내전도사업을 외국인 선교사들이 담당하지 않는다고 할 수 없다. 해외선교사들은 
전도사업을 위해 국내로 입국한 것이어서, 해외선교사들의 국내 체류 자체가 직무수행
의 성격도 겸하고 있다. 미국DD교 한국선교회의 설립 연혁이나 국내전도사업 수행 방
법 등을 고려하면 해외선교사들은 국내전도라는 종교사업을 수행하는데 필요불가결한 
존재이고, 국내 체류 자체가 직무수행의 성격도 겸하고 있다. 원고가 국내전도사업을 
위해 미국에서 파송된 해외선교사에게 제공한 숙소는, 주거용 부동산이지만 종교사업
에 직접 제공한 부동산으로 봄이 상당하다. 
❺ 피고도, F동 사무실동 3층(309.33㎡)은 원고가 사무실, 세미나, 훈련센터로 사용하여 
정당한 감면대상으로 인정하고 있다. 
❻ A-5 외국인 선교사 사역관(256.4㎡), F-5 외국인 선교사 사역관(368.916㎡), F동 사
무실동 1 내지 3층 부분은 원고가 종교사업에 직접 사용하고 있는 재산으로 재산세 등 
면제 대상에 해당한다. A, F동에 대한 2022. 7. 10.자 및 2022. 9. 10.자 각 재산세등부
과처분(주문 제2항 ‘당초세액’) 중 ‘정당세액’란 기재 금원을 초과하는 부분은 위법하여, 
취소되어야 한다. 
라. B, C, D동에 관한 판단 
1) 인정사실
❶ 해외선교회는 ‘재단법인 HH유지재단’ 소속으로 선교사업 수행을 목적으로 한다. 
❷ 원고는 2010. 5. 27. 해외선교회와 사이에, 해외선교회에 2010. 7. 1. ~ 2030. 6. 30.
까지, B, C, D동을 해외 파송 선교사들의 한국 거주 주택으로 제공하기로 하는 내용의 
계약을 체결하였다. 주요 내용은 다음과 같다. 
- 10 -
❸ 과세기준일 현재 B, C, D동은 해외선교회에서 해외에 파견한 선교사들이 국내에 일
시 귀국하여 거주하는 용도로 사용하고 있다(원고는 ‘본국사역관’이라 표현한다). B, C, 
D동 내부는 침대, 책상, 소파, 냉장고, 싱크대 등 가구를 갖추고 주거 생활을 할 수 있
는 주택이다. 거주자에 따라 남아공 사역관, 우크라이나 사역관 표시가 되어 있거나, 
‘성경 연구실’, ‘사무실’로 표시가 되어 있다. 
[인정근거] 갑 제7, 9, 10, 13, 14, 19호증, 을 제2, 3, 4호증의 각 기재 및 영상, 변론 
전체의 취지 
2) 판단
위 인정사실에서 알 수 있는 다음 사정을 고려하면, B, C, D동은 종교단체인 해외선
교회가 종교사업에 직접 사용한다고 할 수 없어, 지방세특례제한법 제50조 제2항에서 
정한 재산세 등의 면제대상에 해당하지 않는다. B, C, D동에 대한 2022. 9. 10.자 각 
처분은 적법하다. 
❶ 해외선교회는 소속 해외선교사들이 국내에 일시적으로 체류할 목적으로 B, C, D동
- 11 -
을 빌렸다. 해외선교사 및 가족들의 국내 숙소가 주된 용도이다. 
❷ 원고는 해외선교회 소속 선교사들이 온라인 예배 및 성경공부 등을 통해 선교활동
을 하고, 후원 및 전도 행사를 하고 있으므로 B, C, D동을 종교활동에 직접 사용하고 
있다는 취지로 주장한다. 그러나 주택 내 비치된 가구, 각종 생활용품 등은 숙박을 위
한 것이므로, 주거용 주택을 바로 종교사업 용도로 사용하는 것으로 볼 수 없다. 원고 
주장대로라면 선교사가 소유하거나 사용하는 모든 부동산이 면제대상이 되어 그 범위
가 지나치게 넓고, 면제를 규정한 법령의 취지에도 맞지 않는다. 
❸ B, C, D동은 주거용 주택이어서, 주거용 주택 내에서 일부 종교활동이 이루어졌다
고 하더라도 주된 용도는 주거용이다. 해외선교사들은 국내 종교사업이 아니라 해외 
종교사업을 주된 업무로 하고, 해외 종교사업 중 일시 귀국한 것이다. 선교사들이 본인
의 숙소에서 해외 종교활동을 하였다고 하여 숙소의 주된 용도를 종교사업용으로 볼 
수 없다. 
❹ B, C, D동은 해외선교회 소속 해외선교사들이 일시 귀국하는 경우 숙소이다. 해외
선교사들의 직무수행은 해당 파견국가에서의 종교활동이다. 국내 숙소는 몇 달 정도로 
일시적인 거주 공간인 점, 계약 내용 등에 비춰 해외선교사들이 국내에서 휴식시간을 
주기 위한 것으로 보이는 점 등을 고려하면, 숙소 제공은 구성원에 대한 편의를 도모
하기 위한 것으로 국내에서 체류하는 것이 직무수행과 크게 관련되지 않는다. 
4. 결 론
B, C, D동에 대한 2022. 7. 10.자 각 재산세등부과처분 취소청구 부분은 부적법하여 
각하하고, A, F동에 대한 2022. 7. 10.자 및 2022. 9. 10.자 각 재산세등부과처분의 일
부 취소청구는 이유 있으므로 이를 인용하고, B, C, D동에 대한 2022. 9. 10.자 각 재
- 12 -
산세등부과처분 취소청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한
다.