[행정 판결문] 서울행정법원 2025구단52314 - 양도소득세경정거부처분취소

 

[행정] 서울행정법원 2025구단52314 - 양도소득세경정거부처분취소.pdf

0.22MB

[행정] 서울행정법원 2025구단52314 - 양도소득세경정거부처분취소.docx

0.01MB

 

 

- 1 -
서 울 행 정 법 원
판 결
사 건 2025구단52314 양도소득세경정거부처분취소
원 고 1. A 
2. B 
피 고 송파세무서장
변 론 종 결 2025. 8. 13.
판 결 선 고 2025. 10. 15.
주 문
1. 피고가 2024. 5. 16. 원고들에게 한 각 2018년 귀속 양도소득세 124,541,568원의 경
정거부처분을 모두 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다.
청 구 취 지
주문과 같다.
이 유
1. 처분의 경위
가. 원고들은 2002. 3. 11. 서울 관악구 C 토지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 및 그 지
- 2 -
상 3층 건물(이하 ‘종전 건물’이라 한다)의 각 1/2 지분을 각 취득하고, 종전 건물을 멸
실시킨 후, 이 사건 토지에 지상 5층 건물(이하 ‘이 사건 전체건물’이라 한다)을 신축하
여 2011. 11. 3. 사용승인을 받고, 2011. 11. 16. 원고들 앞으로 1/2 지분씩 이 사건 전
체건물에 관한 소유권보존등기를 마쳤다.
나. 이 사건 전체건물의 일반건축물대장상 건축물현황은 아래 표 기재와 같다. 원고
들은 2018. 12. 27. 이 사건 토지와 이 사건 전체건물을 합계 30억 4,000만 원에 양도
(이하 ‘이 사건 양도’라 한다)하고, 이 사건 전체건물 중, 5층 부분에 대해서는 주택으
로 보아 1세대 1주택 비과세규정을 적용하고 2~4층 부분(아래 표 비고란 기재 이 사건 
해당층, 이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)에 대해서는 기타건물(고시원)로 보아 기본세율
과 장기보유특별공제를 적용하여, 2019. 1. 3. 피고에게 각 2018년 귀속 양도소득세 
147,756,280원을 각 예정신고ㆍ납부하였다. 
다. 피고는 세무조사 결과 이 사건 건물이 공부상 2종 근린생활시설(고시원)로 되어 
있으나, 실제로는 원룸형 주택으로 사용된 사실을 확인하고, 이 사건 건물의 각 호실
(24호실)을 1개의 주택으로 보아 장기보유특별공제 적용을 배제하고 중과세율을 적용
하여, 2019. 9. 1. 원고들에게 이 사건 양도에 대하여 각 2018년 귀속 양도소득세 
182,117,960원(가산세 포함)을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 선행 처분’이라 한다).
라. 원고들은 이 사건 선행 처분에 불복하여 양도소득세부과처분취소의 소(이하 ‘선
- 3 -
행 소송’이라 한다)를 제기하였으나(서울행정법원 2020구단*****호), 위 법원은 2020. 
7. 8. 원고들의 청구를 기각하는 판결을 선고하였다. 원고들은 위 판결에 불복하여 항
소를 제기하였으나(서울고등법원 2020누*****호), 2021. 1. 29. 항소기각 판결을 선고
받았고, 이에 상고를 제기하였으나(대법원 2021두*****호), 2021. 6. 30. 심리불속행 기
각되었다.
마. 원고들은 2024. 3. 18. 피고에게 이 사건 건물 취득일(2011. 11. 3.)이 소득세법 
부칙(2008. 12. 26. 법률 제9270호)(2010. 12. 27. 법률 제10408호로 개정된 것) 제14조 
제1항(이하 ‘이 사건 부칙조항’이라 한다)에서 정한 ‘2009. 3. 16.부터 2012. 12. 31.까
지’ 이내이므로 이 사건 부칙조항에 따른 특례에 따라 일반세율이 적용된다는 이유로 
원고들에게 각 2018년 귀속 양도소득세 124,541,568원을 환급해 달라는 취지로 경정청
구(이하 ‘이 사건 경정청구’라 한다)를 하였으나, 피고는 2024. 5. 16. 이 사건 부칙조항
에서 규정하는 양도자산에 해당되지 아니한다는 이유로 이를 거부하였다(이하 ‘이 사건 
처분’이라 한다).
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증, 을 제1, 2, 4호증(가지번호 있는 것은 
가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 관계 법령
별지 기재와 같다.
3. 피고의 본안전항변에 관한 판단
가. 피고의 본안전항변 요지
이 사건 경정청구는 구 국세기본법(2024. 12. 31. 법률 제20611호로 개정되기 전
의 것, 이하 같다) 제45조의2 제1항 단서에서 정한 경정청구기간을 도과한 상태에서 
- 4 -
이루어져 부적법하므로, 피고가 이 사건 경정청구를 거절하였다고 하여 이를 항고소송
의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없다. 
나. 판단
1) 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 납세자가 그 후 이루어진 과세관
청의 결정이나 경정으로 인한 처분에 대하여 소정의 불복기간 내에 다투지 아니하였더
라도 5년의 경정청구기간 내에서는 경정청구권을 행사하는 데에는 아무런 영향이 없다
(대법원 2014. 6. 26. 선고 2012두12822 판결 참조). 그리고 통상의 과세처분 취소소송
에서와 마찬가지로 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송 역시 그 거부처분의 실체
적ㆍ절차적 위법사유를 취소 원인으로 하는 것으로서 그 심판의 대상은 과세표준 및 
세액의 객관적인 존부이므로, 그 과세표준 및 세액의 인정이 위법하다고 내세우는 개
개의 위법사유는 자기의 청구가 정당하다고 주장하는 공격방어방법에 불과한 점, 과세
처분에 대한 취소소송과 경정청구는 모두 정당한 과세표준 및 세액의 존부를 정하고자 
하는 동일한 목적을 가진 불복수단이므로, 납세자로 하여금 과세관청의 증액경정사유
에 대하여는 취소소송으로써, 과다신고사유에 대하여는 경정청구로써 각각 다투게 하
는 것은 납세자의 권익보호나 소송경제에 부합하지 않는 점 등에 비추어 보면, 납세자
는 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송에서 당초 신고에 대한 과다신고사유뿐만 
아니라 과세관청의 증액경정사유도 함께 주장하여 다툴 수 있다. 다만 증액경정처분에 
대한 불복기간이 경과한 경우에는 구 국세기본법 제45조의2 제1항 단서에 따라 ‘경정
으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액’에 관하여는 취소를 구할 수 없고, 당초 신고한 
과세표준 및 세액을 한도로 하여서만 취소를 구할 수 있을 따름이다(대법원 2024. 6. 
27. 선고 2021두39997 판결 참조).
- 5 -
2) 앞서 본 바와 같이 원고들이 이 사건 양도에 대하여 2019. 1. 3. 각 2018년 귀
속 양도소득세 147,756,280원을 각 신고ㆍ납부한 이상, 원고들은 이 사건 소송에서 증
액경정처분에 대한 불복기간의 경과 여부와 상관없이 피고의 증액경정사유도 주장하여 
다툴 수 있고 다만 구 국세기본법 제45조의2 제1항 단서에 따라 ‘경정으로 인하여 증
가된 과세표준 및 세액’에 관하여는 취소를 구할 수 없고, 당초 신고한 과세표준 및 세
액을 한도로 하여서만 취소를 구할 수 있다고 봄이 타당하므로, 이와 다른 전제에 선 
피고의 본안전항변은 이유 없다.
4. 이 사건 처분의 위법 여부
가. 원고들 주장의 요지
원고들은 이 사건 토지 지상에 있던 종전 건물을 멸실한 후, 이 사건 토지 지상에 
이 사건 전체건물을 신축하고 2011. 11. 3. 이 사건 전체건물에 대한 사용승인을 받아 
이 사건 전체건물을 취득하였고, 이 사건 건물은 신축 당시부터 소득세법상 ‘주택’이었
으므로, 이 사건 건물은 이 사건 부칙조항에서 규정한 ‘2009년 3월 16일부터 2012년 
12월 31일까지 취득한 자산’에 해당한다. 따라서 이 사건 건물에 대한 이 사건 양도에 
관하여 이 사건 부칙조항에 따라 일반세율이 적용되어야 한다. 이와 다른 전제에 선 
이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
나. 판단
앞서 든 증거들과 갑 제4, 6, 8, 9호증의 각 기재 또는 영상에 변론 전체의 취지를 
더하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 건물에 대한 이 사
건 양도에 관하여 이 사건 부칙조항에 따라 일반세율이 적용되어야 한다고 봄이 타당
하다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
- 6 -
1) 이 사건 부칙조항은 ‘2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산
을 양도함으로써 발생하는 소득’에 대하여는 ‘제104조 제1항 제4호부터 제9호까지의 
규정’에도 불구하고 ‘같은 항 제1호에 따른 세율’을 적용한다고 규정하고 있다. 당시 소
득세법 제104조 제1항 제1호는 양도소득세에 관한 일반세율을 정하는 규정이므로, 결
국 이 사건 부칙조항의 의미는 ‘제104조 제1항 제4호부터 제9호까지의 규정’에서 정한 
자산이라 하더라도, 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도
함으로써 발생하는 소득에 대하여는 중과세율 적용을 배제하고 일반세율을 적용한다’
는 것이다.
즉, 이 사건 부칙조항은 그 취득 시기를 기준으로 특정 기간 취득한 자산(주택)에 
대한 세율의 특례를 정한 것으로서 위 기간 동안 취득한 자산은 그 양도 시기에 관계
없이 특례규정의 적용을 받는다고 볼 것이다.
2) 원고들은 이 사건 전체건물을 신축한 후 이 사건 부칙조항에서 규정한 자산의 
취득 시기(2009. 3. 16.부터 2012. 12. 31.까지) 내인 2011. 11. 3. 이 사건 전체건물에 
대한 사용승인을 받음으로써 이 사건 건물을 취득하였고[구 소득세법(2018. 12. 31. 법
률 제16104호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제98조, 소득세법 시행령 제162조 제1항 
제4호 참조], 어떤 건물이 소득세법에서 정한 ‘주택’에 해당하는지 여부는 건물공부상의 
용도 구분에 관계없이 실제 용도가 사실상 주거에 공하는 건물인가에 의하여 판단하여
야 한다(구 소득세법 제88조 제7호). 
그런데 ① 원고들이 2011. 5. 6.경 D와 이 사건 전체건물 신축공사에 관하여 체결
한 공사도급계약에 첨부된 ‘추가 시방 내역’ 제7항에는 ‘보일러는 각 층에 난방용 1대, 
온수용 1대를 설치하며 세대별로 온도조절장치를 설치하며’라고 기재되어 있고, 제13항
- 7 -
에는 ‘고시원 내 시설은 싱크대, 붙박이장, 커튼, 드럼세탁기, 쿡탑, 냉장고, 전자레인지, 
에어컨, 책꽂이, 책상, 회전의자 등으로 하며’라고 기재되어 있으며, 제20항에는 ‘각 세
대(고시원) 욕실에 유리 선반을 시공한다’고 기재되어 있을 뿐만 아니라, 원고들이 제출
한 2011. 11. 27.경 촬영한 것으로 보이는 사진들에 의하더라도 이 사건 건물의 각 호
실별로 싱크대, 세탁기, 쿡탑, 에어컨, 냉장고, 화장실 등이 설치되어 있는 모습이 확인
되는바, 이 사건 전체건물의 신축 당시부터 이 사건 건물의 24호실로 구분된 각 호실별
로 취사시설, 욕조 등이 설치되어 독립된 주거가 가능한 구조를 갖추고 있었던 것으로 
보이는 점, ② 원고들은 이 사건 전체건물에 대한 사용승인일(2011. 11. 3.)로부터 얼마 
지나지 않은 2011. 12. 초경 이 사건 전체건물 벽면에 ‘신축 원룸 임대’라는 현수막을 
걸어놓은 점, ③ 선행 소송 제1심법원도 ‘이 사건 전체건물 신축공사의 추가 시방 내역
에 이 사건 건물 각 호실에 취사시설 등을 별도로 시공하는 내용이 포함된 사실이 인정
되고, 위 인정 사실에 의하면 이 사건 건물은 신축 당시부터 관련 법령에서 정하는 고
시원의 요건을 갖추지 못한 사정이 인정된다’고 판단한 점 등에 비추어 보면, 원고들의 
이 사건 전체건물 취득 당시 이 사건 건물은 소득세법에서 정한 ‘주택’에 해당한다고 봄
이 타당하므로, 이 사건 건물에 대한 이 사건 양도에 관하여는 이 사건 부칙조항에 따
라 일반세율이 적용되어야 한다.
3) 피고는 원고들이 이 사건 부칙조항에서 규정한 자산의 취득 시기 이전에 취득
한 종전 건물을 멸실하고 이 사건 부칙조항에서 규정한 자산의 취득 시기에 다시 이 
사건 전체건물을 신축하여 취득한 경우에는 이 사건 부칙조항이 적용될 수 없다고 주
장한다. 
그러나 ① 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막
- 8 -
론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이
유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 
가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 
원칙에도 부합하는데(대법원 2020. 6. 11. 선고 2017두36953 판결 참조), 이 사건 부칙
조항은 세율의 특례 적용 자산 요건에 관하여 ‘2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31
일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득’이라고 명시하고 있을 뿐, 취득의 
종류에 관하여 어떠한 예외사유도 규정하고 있지 않은 점, ② 구 소득세법 제98조는 
‘자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득 시기 및 양도 시기는 대금을 청산한 날이 분명
하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청
산한 날로 한다’고 규정하고, 소득세법 시행령 제162조 제1항 제4호 본문은 법 제98조 
전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 
‘자기가 건설한 건축물에 있어서는 건축법 제22조 제2항에 따른 사용승인서 교부일’ 등
을 말한다고 규정하고 있는바, 구 소득세법은 원시취득도 ‘취득’에 포함된다는 전제에
서 양도차익에 관하여 규정하고 있는 점, ③ 구 소득세법 부칙(2008. 12. 26. 법률 제
9270호) 제14조 제1항은 ‘주택거래 활성화 및 부동산 세제의 정상화’를 도모하기 위하
여 신설되었는데, 원고들이 이 사건 부칙조항에서 규정한 자산의 취득 시기 이전에 취
득한 종전 건물을 멸실하고 이 사건 부칙조항에서 규정한 자산의 취득 시기에 다시 이 
사건 전체건물을 신축하여 취득한 경우에 대하여 이 사건 부칙조항을 적용한다고 하여 
위와 같은 입법취지에 반한다고 보기 어렵고, 피고가 주장하는 사정만으로 이 사건 부
칙조항의 적용 범위를 축소하는 것은 조세의 형평에 반할 우려가 있는 점, ④ 기획재
정부 예규(재산세제과-910, 2011. 10. 26.)가 ‘1세대가 이 사건 부칙조항에 따른 양도소
- 9 -
득세 특례세율 적용 기간(2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지의 기간) 전에 
취득한 주택을 멸실하여 양도소득세 특례세율 적용 기간 중에 다시 건축한 경우 해당 
주택은 양도소득세 특례세율 적용 기간 중에 취득한 주택에 해당하지 않는다’는 내용
이기는 하나, 위 기획재정부 예규에 법원이나 납세의무자가 구속된다고 볼 수 없는 점
(대법원 1980. 9. 9. 선고 80누47 판결 참조) 등에 비추어 보면, 피고의 위 주장은 받
아들일 수 없다.
5. 결론
원고들의 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
- 10 -
별지
관계 법령
■ 구 국세기본법(2024. 12. 31. 법률 제20611호로 개정되기 전의 것)
제45조의2(경정 등의 청구) 
① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준
신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 
국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세
무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 
대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내
(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다. 
1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 
결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)
이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때
■ 구 소득세법(2018. 12. 31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것)
제55조(세율) 
① 거주자의 종합소득에 대한 소득세는 해당 연도의 종합소득과세표준에 다음의 세율을 적용
하여 계산한 금액(이하 "종합소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다.
- 11 -
제88조(정의) 
이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
7. "주택"이란 허가 여부나 공부(公簿)상의 용도구분에 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 
건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다.
제94조(양도소득의 범위) 
① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여
야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함
한다)의 양도로 발생하는 소득
제98조(양도 또는 취득의 시기) 
자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니
한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 
경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수
자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. 
제104조(양도소득세의 세율) 
① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하
여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 
자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 
양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다. 
1. 제94조 제1항 제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산
　 제55조 제1항에 따른 세율
■ 소득세법 부칙(2008. 12. 26. 법률 제9270호)(2010. 12. 27. 법률 제10408호로 개정된 것)
제14조(양도소득세의 세율 등에 관한 특례) 
① 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 
대하여는 제104조 제1항 제4호부터 제9호까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 
세율(그 보유기간이 2년 미만이면 같은 항 제2호 또는 제3호에 따른 세율)을 적용한다. 
[이 사건 부칙조항의 연혁]
- 12 -
■ 구 소득세법(2010. 12. 27. 법률 제10408호로 개정된 것)
제104조(양도소득세의 세율) 
① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하
여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 
자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상의 세율에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 것을 
적용한다.
1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산
제55조 제1항에 따른 세율
4. 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이
하 이 조에서 같다)
▲ 구 소득세법 부칙(2008. 12. 26. 법률 제9270호)
제14조(양도소득세의 세율 등에 관한 특례)
① 이 법 시행 후 2010년 12월 31일까지 취득한 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대
하여는 제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의6까지의 규정에도 불구하고 다음 각 호에 
따른 세율을 적용한다.
1. 제104조 제1항 제2호의3 및 제2호의4에 해당하는 주택: 양도소득과세표준의 100분의 
45(그 보유기간이 1년 미만인 주택은 제104조 제1항 제2호의2에 따른 세율)
2. 제104조 제1항 제2호의5 및 제2호의6에 해당하는 주택: 제104조 제1항 제1호의 개정
규정에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만인 주택은 제104조 제1항 제2호 또는 제2
호의2에 따른 세율)
▲ 구 소득세법 부칙(2008. 12. 26. 법률 제9270호)(2009. 5. 21. 법률 제9672호로 개정되고, 
2010. 12. 27. 법률 제10408호로 개정되기 전의 것)
제14조(양도소득세의 세율 등에 관한 특례) 
① 2009년 3월 16일부터 2010년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소
득에 대하여는 제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지의 규정에도 불구하고 같은 
항 제1호에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만이면 같은 항 제2호 또는 제2호의2에 따
른 세율)을 적용한다.
- 13 -
양도소득 과세표준의 100분의 60
6. 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택 양도소득 과세표준의 100분의 50
■ 소득세법 시행령
제162조(양도 또는 취득의 시기) 
① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 
경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.
4. 자기가 건설한 건축물에 있어서는 「건축법」 제22조 제2항에 따른 사용승인서 교부일. 다
만, 사용승인서 교부일 전에 사실상 사용하거나 같은 조 제3항 제2호에 따른 임시사용승
인을 받은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인을 받은 날 중 빠른 날로 하
고 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일로 한다.
끝.