[행정 판결문] 서울행정법원 2025구단53110 - 양도소득세부과처분취소

 

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서 울 행 정 법 원
판 결
사 건 2025구단53110 양도소득세부과처분취소
원 고 A
피 고 용산세무서장
변 론 종 결 2025. 9. 12.
판 결 선 고 2025. 10. 24.
주 문
1. 피고가 2025. 1. 2. 원고에 대하여 한 2023년 귀속 양도소득세 94,263,430원(가산세 
포함) 부과처분을 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다. 
청 구 취 지
주문과 같다.
이 유
1. 처분의 경위
가. 원고는 2022. 9. 16. B(이하 “매도인”이라고 한다)로부터 C의 전환사채(권면총액 
10,000,000,000원)를 10,000,000,000원에 매수하기로 하는 전환사채 매매계약을 체결하
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였다(이하 “이 사건 매매계약”이라고 한다). 이에 따르면 원고는 계약금 1,000,000,000
원을 당일 지급하고, 잔금 9,000,000,000원을 2022. 9. 16.부터 2022. 12. 20.까지의 계
약기간 동안 지급하기로 약정하였다.
나. 원고와 매도인은 2022. 12. 10. 계약기간의 종료일을 기존의 2022. 12. 20.에서 
2023. 3. 31.로 연장하기로 합의하였고, 2023. 3. 20. 다시 계약기간의 종료일을 기존 
2023. 3. 31.에서 2023. 9. 20.까지로 6개월 연장하면서 원고가 매도인에게 “잔금 지급
일 연장에 따른 지연이자”로서 잔금 9,000,000,000원에 대하여 2022. 12. 20.부터 실제 
지급일까지 연 10%의 비율로 계산한 돈을 합산하여 지급하기로 합의하였다.
다. 원고는 2022. 9. 16. 위 계약금 지급과 동시에 매도인으로부터 전환사채를 교부
받아 이를 주식으로 전환(전환된 주식 7,062,146주, 이하 “쟁점주식”이라고 한다)하였
고, 2023. 4. 13.부터 2023. 5. 3.까지에 걸쳐 쟁점주식을 양도가액 합계 
17,812,809,615원에 제3자에게 양도하였다. 원고는 2023. 8. 24. 피고에 대하여 쟁점주
식의 양도에 따른 양도소득세를 신고·납부하였는데, 원고는 위 2023. 3. 20.자 약정에 
따라 원고가 매도인에게 지급한 이자인 313,150,679원(이하 “쟁점이자”라고 한다)을 쟁
점주식의 취득가액에 포함하여 양도소득세를 신고하였다.
라. 피고는 쟁점이자가 쟁점주식의 취득가액에 포함되어서는 안 된다고 보고 이를 
취득가액에서 제외한 후 2025. 1. 2. 원고에게 양도소득세 78,287,986원, 가산세 
15,975,445원 합계 94,263,430원을 부과하는 처분을 하였다(이하 “이 사건 부과처분”이
라고 한다).
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증, 을 제 1 내지 4호증의 각 기재 
2. 이 사건 부과처분의 위법 여부
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가. 원고의 주장
원고는 매도인과 합의하여 잔금지급기일을 변경하면서 그에 따라 실제 지급일까지
의 이자를 지급하기로 약정한 것이므로, 쟁점이자는 “약정에 의한 대금지급방법에 따
라 지급한 이자”에 해당하고 “지급기일의 지연으로 인하여 추가로 발생하는 이자”에 
해당하지 않으므로, 소득세법 시행령 제163조 제1항 제3호 본문에 따라 취득가액에 포
함되어야 한다. 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 부과처분은 위법하다.
나. 판단
1) 관련 법령
2) 판단
위의 증거들, 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되거나 알 수 있는 다음의 사실 및 
사정들을 종합하면, 쟁점이자는 원고와 매도인이 약정한 대금지급방법에 따라 원가에 
가산된 이자상당액이라고 봄이 상당하므로 이는 소득세법 시행령 제163조 제1항 제3
호 본문에 따라 쟁점주식의 취득가액에 포함되어야 한다고 해석되어야 한다. 이와 다
소득세법 시행령 제163조(양도자산의 필요경비)
① 법 제97조 제1항 제1호 가목에 따른 취득에 든 실지거래가액은 다음 각 호의 금액을 합
한 것으로 한다.
1. 제89조 제1항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호에 따른 
현재가치할인금과 부가가치세법 제10조 제1항 및 제6항에 따라 납부하였거나 납부할 부
가가치세를 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다).
3. 제1호를 적용할 때 당사자 약정에 의한 대금지급방법에 따라 취득원가에 이자상당액을 
가산하여 거래가액을 확정하는 경우 당해 이자상당액은 취득원가에 포함된다. 다만, 당초 
약정에 의한 거래가액의 지급기일의 지연으로 인하여 추가로 발생하는 이자상당액은 취
득원가에 포함되지 아니한다.
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른 전제에서 이루어진 피고의 이 사건 부과처분은 위법하다.
① 원고가 최초 매도인과 체결한 전환사채 매매계약의 내용은 다음과 같다. 이에 
따르면 잔금 9,000,000,000원의 지급기일은 2022. 12. 20.까지로 되어 있었지만, 상호간
의 합의에 따라 이를 연장할 수 있음을 처음부터 약정해 놓았다. 
② 원고와 매도인은, 위 전환사채 매매계약에 따른 계약기간이 경과하기 전인 
2022. 12. 10. 다음과 같은 내용으로 매매계약 변경합의를 하였다. 문건의 표제부에서
부터 이 사건 매매계약의 계약조건을 당사자의 합의에 따라 일부 변경하는 것임을 명
확히 밝히고 있고, 변경내용을 보면 잔금기일을 2023. 3. 31.까지 연장하면서 상호간의 
합의에 따라 이를 다시 연장할 수 있음을 명시해 놓았다. 
전환사채 매매 계약서
제3조(계약기간 및 매매대금의 지급 방법)
① 본 계약에 따른 계약기간은 2022년 9월 16일 ~ 2022년 12월 20일까지로 한다(단, 상호
간의 합의가 있는 경우 계약기간을 연장할 수 있다).
② 매수인은 제2조 매매 목적물에 대하여 본 계약 체결일에 계약금 일십억원(1,000,000,000)
을 매도인에게 지급한다.
③ 매수인은 잔금 구십억원(9,000,000,000)에 대하여 매도인에게 계약기간 내에 매매대금을 
일시 또는 분할하여 지급할 수 있다.
전환사채 매매계약 변경합의서
매도인과 원고는 C가 발행한 전환사채에 대하여 2022년 9월 16일에 매매계약(이하 “본 계
약”이라 함)을 체결하였고, 당사자들간의 합의에 따라 계약조건을 일부 변경하기로 합의함
에 따라 본 합의서를 작성하기로 한다.
제1조(본 합의서의 목적 및 효력)
본 합의서는 본 계약에 우선하되, 본 합의서에서 정하지 아니한 사항은 본 계약의 내용을 
따르기로 한다.
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③ 원고와 매도인은, 위 전환사채 매매계약에 따른 계약기간이 경과하기 전인 
2023. 3. 20. 다시 다음과 같은 내용으로 매매계약 변경합의를 하였다. 문건의 표제부
에서 이 사건 매매계약의 계약조건을 당사자의 합의에 따라 일부 변경하는 것임을 다
시 명확히 밝히고 있고, 변경내용을 살피면 잔금기일을 2023. 9. 20.까지 연장하기로 
하면서 “잔금 지급일 연장에 따른 지연이자”로서 잔금 9,000,000,000원에 대하여 2022. 
12. 20.부터 실제 지급일까지 연 10%의 비율로 계산한 돈을 합산하여 지급하는 것으로 
정해 놓았다. 
제2조(계약기간의 연장)
본 계약의 계약기간 종료일을 2023년 3월 31일까지 연장하기로 한다(단, 상호간의 합의가 
있는 경우 계약기간을 연장할 수 있다).
전환사채 매매계약 변경합의서(2)
매도인과 원고는 C가 발행한 전환사채에 대하여 2022년 9월 16일에 매매계약(이하 “본 계
약”이라 함)을 체결하였고, 2022년 12월 10일에 변경합의서를 체결하였으며, 당사자들간의 
합의에 따라 계약조건을 일부 변경하기로 합의함에 따라 본 합의서를 작성하기로 한다.
제1조(본 합의서의 목적 및 효력)
본 합의서는 본 계약에 우선하되, 본 합의서에서 정하지 아니한 사항은 본 계약의 내용을 
따르기로 한다.
제2조(계약기간의 연장)
본 계약의 계약기간 종료일을 2023년 9월 20일까지 6개월 연장하기로 하며, 원고의 선택에 
따라 계약기간 종료일 전이라도 매매대금 잔금을 지급하고 계약을 종료할 수 있다.
제4조(지연이자의 지급)
원고는 매매대금의 잔금 지급일 연장에 따른 지연이자를 매도인에게 지급하기로 하며, 다음 
각호의 내용을 따르기로 한다
1. 이자계산기간: 2022년 12월 20일부터 잔금 지급기일까지
2. 지연이자금액: 9,000,000,000(매매대금 잔금)의 연 10%
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④ 원고와 매도인은 최초 이 사건 매매계약을 체결할 때부터 잔금지급기일을 향
후 합의하여 연장할 수 있음을 명시해 두었고, 실제로도 약정한 잔금지급기일이 경과
하기 이전에 잔금지급기일을 합의하여 연장하였다. 결국 원고는 이 사건 매매계약에 
따른 잔금의 이행을 지체하는 등 채무를 불이행한 사실이 없고, 이 사건 매매계약에 
대하여는 채무불이행에 따른 효과(계약상대방인 매도인의 강제이행 청구, 지연손해금 
청구, 이행최고 후 계약해제 등)도 발생하지 않는다. 원고와 매도인 사이에 체결된 최
초 매매계약의 내용, 변경계약을 체결한 시점과 변경계약의 내용 등을 종합하면, 원고
와 매도인 사이에 2023. 3. 20. 체결된 매매계약 변경합의는 원고의 채무불이행 이후 
원고가 지급해야 할 손해배상금의 액수나 계약이행방안 등을 협의한 후속조치에 해당
한다고 평가하기보다는, 매매계약의 양 당사자가 잔금의 지급시기를 늦추기로 하면서 
연장된 기간만큼 일정한 비율에 따라 계산한 이자를 매수자가 지급할 매매대금에 추가
하는 방식으로 매매계약을 변경하는 합의를 한 것으로 평가함이 상당하다. 일반적인 
경제거래에서 “지연손해금”과 “지연이자”, “이자” 등의 표현이 별다른 구별 없이 혼용
되어 사용된다는 점, 2023. 3. 20.자 변경합의 당시 원고의 채무불이행이나 이행지체가 
없었다는 점을 고려하면, 2023. 3. 20.자 변경합의서 제4조의 “지연이자”는 그 본질이 
법률상 이행지체에 따른 지연손해금에 해당하는 것으로 평가할 수 없다.
⑤ 부동산, 주식 등의 매매와 관련하여, 최초 매매계약이 체결된 이후 매매계약
의 내용이 변경되어 변경된 내용을 토대로 대금의 청산까지 마쳐졌다면, 그 양도차익
을 산정하기 위한 양도가액, 취득가액 등은 양도시와 취득시에 대금청산의 기준이 된 
3. 계산식: 900,000,000 ÷ 365 × 경과일수
4. 지급일: 매매대금 잔금 지급일에 합산하여 지급
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최종 변경계약의 내용을 기준으로 판단하는 것이 타당하다. 소득세법 시행령 제163조 
제1항 제3호 본문은 당사자가 체결한 계약 자체에서 정해진 대금지급방법에 따라 이자
상당액이 거래가액에 포함되어 있는 경우를 의미하는 것으로 해석할 수 있는바, 매매
계약의 내용이 변경된 경우 반드시 최초의 매매계약에서부터 매매대금이 이자상당액을 
포함하도록 규정한 경우만 이에 해당하는 것으로 한정하여 해석할 이유가 없다(소득세
법 시행령 제163조 제1항 제3호 단서의 “당초 약정에 의한 거래가액”은 ‘매매계약 자
체에 이미 정해진 거래가액’을 의미하는 것으로 보아야 하고, 매매계약이 여러 차례에 
걸쳐 변경된 경우 ‘최초의 제1차 매매계약에서부터 정해져 있는 거래가액’을 의미하는 
것으로 해석될 수는 없다). 이 사안에서도 최초 매매계약 당시 매매대금은 
1,000,000,000원이고 잔금지급기한은 2022. 12. 20.까지로 되어 있었지만, 원고와 매도
인의 합의가 있을 경우 잔금지급기일을 연장할 것을 예정하고 있었고 실제로 잔금지급
기한을 2023. 9. 20.까지로 연장하면서 이를 반영하여 매매대금을 증액하되 그 증액방
식을 이자 방식으로 계산하여 가산하기로 합의한 이상, 위 이자상당액은 이 사건 매매
계약 자체에서 매매대금으로 포함시키기로 정해져 있는 것으로 평가할 수 있다.
⑥ 피고는 지연손해금에 대하여 부동산의 취득가액에 포함되지 않는다는 판단이 
이뤄진 법원판결들을 지적하기도 하나, 이 사건에서는 원고와 매도인 사이에 사전에 
잔금지급기한의 변경이 있어 쟁점이자의 성격이 이행지체에 따른 지연손해금에 해당하
지 않으므로 위 판결 사례와는 사안이 같다고 보기 어렵다. 
3. 결론
원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용한다.