[행정 판결문] 서울행정법원 2024구합82893 - 종합소득세부과처분취소

 

[행정] 서울행정법원 2024구합82893 - 종합소득세부과처분취소.pdf

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서 울 행 정 법 원
제 8 부
판 결
사 건 2024구합82893 종합소득세부과처분취소
원 고 1. A
2. B
3. C
4. D 
5. E
6. F
피 고 1. 노원세무서장
2. 용인세무서장
3. 동고양세무서장
4. 부평세무서장
5. 동작세무서장
변 론 종 결 2025. 4. 30.
판 결 선 고 2025. 6. 4.
주 문
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1. 원고들의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다.
2. 소송비용은 원고들이 부담한다.
청 구 취 지
피고들이 별지 1 부과처분 내역 ‘처분일’ 란 기재 각 일자에 ‘처분상대방’ 란 기재 각 
원고들에게 한 각 종합소득세 부과처분을 모두 취소한다. 
이 유
1. 처분의 경위
가. 재단법인 G재단(이하 ‘이 사건 재단’이라 한다)은 종교의 보급 등을 목적으로 민
법 제32조에 따라 문화체육관광부장관 또는 지방자치단체의 장의 허가를 받아 설립된 
비영리법인이고, H교회(이하 ‘이 사건 교회’라 한다)는 이 사건 재단에 소속된 종교단
체이다. 
이 사건 재단과 이 사건 교회는 구 법인세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31443
호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제39조 제1항 제1호 (마)목에서 정한 지정기부금단
체에 해당한다.
나. 원고들은 이 사건 교회의 교인으로서, 이 사건 교회를 설립한 I 목사 측의 목회 
및 재정관리 등에 반대하고 위 교회의 개혁을 바라는 사람들로 구성된 ‘H교회 교회개
혁협의회’(이하 ‘교개협’이라 한다)를 지지하고 있다.
원고들은 2018년부터 2020년까지 교개협에 기부한 헌금(이하 ‘이 사건 헌금’이라 한
다)에 관하여 교개협이 지정기부금단체에 해당한다는 전제 아래, 사업자인 경우 구 소
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득세법(2020. 12. 29. 법률 제17757호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제34조 제2항에 
따라 산입한도액 내에서 필요경비에 산입하였고, 근로소득자인 경우 구 소득세법 제59
조의4 제4항에 따라 특별세액공제(기부금 세액공제)를 받았다. 
다. 피고들은 교개협이 지정기부금단체에 해당하지 않는다고 보아, 이 사건 헌금에 
관하여 구 소득세법 제34조 제2항에 따라 필요경비에 산입하지 않거나 구 소득세법 제
59조의4 제4항에 따른 특별세액공제(기부금 세액공제)의 적용을 배제하여, 원고들에게 
별지 1 부과처분 내역 기재와 같이 2018년 내지 2020년 귀속 종합소득세를 부과하였
다(이하 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다).
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같
다), 을 제3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 
2. 관계 법령
별지 2 기재와 같다. 
3. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 원고의 주장
1) 교개협은 이 사건 교회 내부의 임시 단체이고, 이 사건 헌금은 교개협을 지지
하는 이 사건 교회 지역예배당 등의 운영을 위해서만 사용되었으며, 교개협은 이 사건 
헌금을 이 사건 교회의 총유재산으로 관리하고 사용ㆍ수익하였다. 따라서 이 사건 헌
금은 구 소득세법상 필요경비 산입 및 특별세액공제 대상인 지정기부금에 해당한다.
2) 설령 이 사건 헌금이 구 소득세법상 필요경비 산입 및 특별세액공제 대상인 지
정기부금에 해당하지 않는다고 하더라도, 원고들은 이 사건 헌금이 지정기부금에 해당
한다고 믿었고 그와 같이 믿은 데에 과실이 없으므로, 피고들이 이 사건 헌금에 관하
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여 필요경비에 산입하지 않거나 특별세액공제의 적용을 배제하는 것은 허용되지 않는
다. 
3) 이 사건 처분은 구 소득세법 제80조 제2항 각 호가 정한 경정사유 없이 이루어
져 위법하므로, 취소되어야 한다. 
나. 인정사실
앞서 든 증거, 갑 제10, 11호증, 을 제4, 5호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 
의하면, 아래와 같은 사실을 인정할 수 있다.
1) 교개협의 재정팀장인 J는 2020. 8. 11. ‘기부금 영수증’의 “기부금 단체” 란과 
“기부금 수령인” 란에 각 “이 사건 교회”라고 기재하고, 그 옆에 “교개협”이라는 직인
을 찍어 이 사건 교회 명의의 사실증명에 관한 사문서를 위조하고 이를 600여 명의 교
인들에게 교부하여 행사하였다’는 등의 범죄사실에 관하여 사문서위조죄 및 위조사문
서행사죄의 유죄판결을 선고받았고[서울남부지방법원 2019고정****, 2019고정****(병
합), 2020고정****(병합)], J의 항소 및 상고가 모두 기각되어 위 판결이 그대로 확정되
었다(이하 ‘관련 형사판결’이라 한다).
관련 형사판결에서 J는 교개협에 이 사건 교회 명의의 문서를 작성할 권한이 있다
고 주장하였으나, ‘교개협은 이 사건 교회의 교인들로 구성된 이 사건 교회의 내부적이
고 임시적인 조직에 불과하고, 이 사건 교회의 대표자로부터 이 사건 교회 명의의 문
서를 작성할 권한을 위임받지 않았다’는 이유로 위 주장이 받아들여지지 않았다. 
2) 이 사건 교회가 교개협 등을 채무자로 하여 제기한 헌금처분금지 등 가처분 사
건의 항고심 법원은 ‘교개협에 소속된 교인들에게 이 사건 교회와 별개의 권리의무의 
주체인 독자적 존재로서의 단체를 조직하려는 의사가 있었다고 보기 어렵다’고 보아 
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채무자 교개협의 당사자능력을 부정함과 동시에 ‘교개협에 기부된 헌금이 이 사건 교
회의 헌금이라고 단정할 수 없고, 교개협 측에 별도로 증여된 돈으로 보인다’고 판단하
는 결정을 하였고(서울고등법원 2019라****호), 위 결정이 그대로 확정되었다(이하 ‘관
련 가처분결정’이라 한다). 
3) 이 사건 교회 등은 ‘이 사건 교회의 사무처에 헌금을 납입하지 않고 이 사건 교
회의 운영자금이 아닌 교개협의 운영자금으로 사용하였다’고 주장하면서 교개협의 2기 
회장인 K 등을 업무상배임죄 등으로 고소하였고(서울남부지방검찰청 2017년 형제****
호), 검사는 2018. 7. 17. 위 K 등에 대하여 불기소결정을 하였는데, 불기소이유의 요
지는 ‘교인들이 자발적으로 교개협에 금원을 납부하였고, 그 금원의 사용 목적을 사전
에 공고하고 모금한 이상 그 금원을 수수한 행위를 들어 업무상배임죄에 해당한다고 
보기는 어렵다’는 것이었다(이하 ‘관련 불기소결정’이라 한다). 
4) 이 사건 교회는 2020. 11. 26. 이 사건 교회를 관할하는 피고 동작세무서장에 
‘교개협은 자신들이 직접 수령한 헌금을 이 사건 교회에 전달한 사실이 없으며, 이 사
건 교회에 기부금 영수증을 발급해달라고 요청하거나 이 사건 교회가 기부금 단체로 
기재된 기부금 영수증을 발급하면서 이 사건 교회로부터 허락을 받은 사실이 없습니
다. 교개협은 등록된 종교단체 또는 등록된 종교단체의 소속단체가 아니므로 기부금 
영수증을 발급할 권한이나 자격이 없습니다’는 입장을 밝혔다. 
다. 판단
1) 관련 법리
가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론
하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 
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없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운
데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원
칙에도 부합한다(대법원 1998. 3. 27. 선고 97누20090 판결, 대법원 2007. 10. 26. 선고 
2007두9884 판결 등 참조). 
나) 과세처분 취소소송에서 비과세요건이나 공제요건 등에 대한 증명책임은 원
칙적으로 납세의무자에게 있다고 할 것이다(대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결 
참조).
그리고 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 
적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있으므로 
과세소득확정의 기초가 되는 필요경비나 손금에 관하여도 원칙적으로 과세관청이 그 
증명책임을 부담한다. 그렇지만 필요경비나 손금에 관한 사항은 일반적으로 납세의무
자에게 유리한 것일 뿐 아니라 그 기초가 되는 사실관계도 대부분 납세의무자의 지배
영역 안에 있어 과세관청으로서는 그 증명이 곤란한 경우가 있으므로, 그 증명의 곤란
이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 증명하게 하는 것이 합리적
인 경우에는 증명의 필요를 납세의무자에게 돌릴 수 있다고 할 것이다(대법원 2013. 
10. 31. 선고 2010두4599 판결 참조).
2) 구체적 판단
가) 위 인정사실과 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아
래와 같은 사정에 비추어 보면, 이 사건 헌금은 구 소득세법상 필요경비 산입 및 특별
세액공제 대상인 지정기부금, 즉 ‘지정기부금단체(이 사건 재단 및 그 소속 단체)에 대
하여 해당 지정기부금단체의 고유목적사업비로 지출하는 기부금’에 해당하지 않는다고 
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봄이 타당하다. 
① 종교의 보급, 그 밖에 교화를 목적으로 민법 제32조에 따라 문화체육관광부 
장관 또는 지방자치단체의 장의 허가를 받아 설립한 비영리법인(그 소속 단체를 포함
하며, 이하 ‘지정기부금단체등’이라 한다)에 대하여 해당 지정기부금단체등의 고유목적
사업비로 지출하는 기부금, 즉 구 법인세법 시행령 제39조 제1항 제1호 (마)목에 따른 
기부금은 구 소득세법 제34조 제2항, 제4항, 제59조의4 제4항, 구 소득세법 시행령 제
80조 제1항 제1호에 따라 필요경비 산입 및 특별세액공제 대상이 되며, 여기에서 ‘고
유목적사업비’란 해당 비영리법인 또는 단체에 관한 법령 또는 정관에 규정된 설립목
적을 수행하는 사업으로서 수입사업 외의 사업에 사용하기 위한 금액을 말한다(구 법
인세법 시행령 제39조 제3항). 
이 사건 재단이 종교의 보급, 그 밖에 교화를 목적으로 민법 제32조에 따라 문
화체육관광부장관 또는 지방자치단체의 장의 허가를 받아 설립한 비영리법인에 해당한
다는 점, 이 사건 교회가 이 사건 재단에 소속된 단체에 해당한다는 점에 관하여는 당
사자 사이에 다툼이 없으므로, 교개협이 이 사건 교회의 내부 단체로서 이 사건 재단
에 소속된 단체에 해당한다고 볼 수 있는지, 이 사건 헌금이 이 사건 재단 또는 이 사
건 교회의 고유목적사업비로 지출하는 기부금에 해당한다고 볼 수 있는지가 문제된다. 
② 그런데 앞서 본 바와 같이 ㉠ 이 사건 교회는 교개협이 이 사건 재단에 ‘소
속’된 단체가 아니라는 입장을 밝혔고, ㉡ 관련 가처분결정 등에서 교개협에 대하여 
‘단체’로서의 실질이 부정되었으며, ㉢ 관련 형사판결에서 교개협이 이 사건 교회로부
터 기부금 영수증을 작성할 권한을 위임받은 바 없다는 이유로 교개협의 재정팀장에 
대하여 사문서위조죄 및 위조사문서위조죄의 유죄판결이 확정되었으므로, 교개협은 이 
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사건 교회의 구성원 중 교회의 운영 등에 관하여 공통된 의견을 가진 교인들에 의하여 
결성된 단순한 내부 모임에 불과하다고 보일 뿐이고, 이 사건 재단에 소속된 단체에 
해당한다고 보기 어렵다.
③ 나아가 앞서 본 바와 같이 ㉠ 이 사건 교회는 교개협이 수령한 헌금을 이 사
건 교회에 전달한 사실이 없다는 입장을 밝혔고, ㉡ 이 사건 헌금은 이 사건 교회의 
정관 또는 규약, 교인 전체를 구성원으로 하는 총회 결의 등에서 정한 방식에 따라 모
금ㆍ관리ㆍ처분된 것이 아니라, 교개협이 지정한 계좌 등으로 모금되어 교개협을 구성
하는 교인들만의 의사에 따라 관리ㆍ처분된 것으로 보이며, ㉢ 관련 불기소결정에 따
르면 교개협 측 교인들은 교개협을 위하여 사용하라고 교개협에 헌금을 기부하였고, 
교개협 역시 관리 주체를 정하여 교개협에 기부된 헌금을 교개협의 필요경비로 사용한 
것으로 보이므로, 이 사건 헌금이 이 사건 재단 또는 이 사건 교회의 고유목적사업비
로 지출하는 기부금에 해당한다고 볼 수도 없다.
이에 대하여 원고들은, 이 사건 헌금이 이 사건 재단 또는 이 사건 교회의 고유
목적사업비로 지출되었다고 주장하면서 교개협의 2017년 내지 2021년 주간 수입지출 
보고(갑 제12 내지 16호증, 이하 통틀어 ‘교개협 수입지출 보고’라 한다) 등을 제출하고 
있으나, 교개협 수입지출 보고에는 지출 내역이 간략하게만 기재되어 있어 이 사건 헌
금이 이 사건 교회의 고유목적사업에 사용되었음을 객관적으로 확인하기 어려우므로, 
원고들이 필요경비에 대한 증명의 필요 내지 특별세액공제요건에 대한 증명책임을 다 
하였다고 보기 어렵다. 
나) 한편 이 사건 처분은 이 사건 헌금이 법정기부금 또는 지정기부금의 요건을 
충족하지 못하였다는 이유로 이루어진 것이고, 구 소득세법 제34조 제2항, 제59조의4 
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제4항은 납세의무자의 주관적인 인식을 묻지 않고 법정기부금 또는 지정기부금의 요건
을 충족하지 못하면 필요경비 산입 및 특별세액공제 대상에서 제외된다고 규정하고 있
다. 따라서 설령 원고들 주장과 같이 원고들이 이 사건 헌금이 지정기부금에 해당한다
고 믿었고 그와 같이 믿은 데에 과실이 없다고 하더라도, 이 사건 처분이 위법하다고 
보기 어렵다(원고들이 드는 대법원 1989. 10. 24. 선고 89누2134 판결 등은 모두 부가
가치세법상 사실과 다르게 기재된 세금계산서의 매입세액 공제 여부와 관련된 것이고, 
위 매입세액 공제제도는 다른 세법의 과세표준 또는 세액 공제제도와 그 취지, 성격이 
완전히 구별되는 것이어서, 이 사건에 부가가치세법상 매입세액 공제의 법리를 그대로 
적용할 수는 없다).
다) 마지막으로 이 사건 처분은, 원고들이 구 소득세법령에서 정한 필요경비 또
는 특별세액공제의 요건을 충족하지 못하였음에도 해당 규정을 적용하여 사업소득 신
고ㆍ근로소득자 세액 공제신고를 한 데에 오류가 있다는 이유로, 구 소득세법 제80조 
제2항 제1호(신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우)에 근거하여 이루어진 것이므로, 
원고들의 주장과 달리 경정사유가 없다고 볼 수 없다. 
4. 결론
그렇다면, 원고들의 피고들에 대한 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하
여 주문과 같이 판결한다. 
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별지 1
부과처분 내역
끝.
순번
피고
(처분청)
원고
(처분상대방)
처분일 귀속연도
종합소득세액
(단위: 원)
1 노원세무서장 A 2024. 4. 9. 2019년 1,155,030
2 용인세무서장 B 2024. 4. 1.
2018년 5,502,820
2019년 4,023,970
3 용인세무서장 C 2024. 4. 1.
2018년 5,316,180
2019년 4,023,970
4 동고양세무서장 D 2024. 5. 1.
2018년 1,627,270
2019년 1,409,140
5 부평세무서장 E 2024. 3. 16.
2018년 1,427,930
2019년 1,948,700
2020년 444,940
6 동작세무서장 F 2023. 12. 20.
2018년 683,650
2019년 789,760
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별지 2
관계 법령
▣ 구 소득세법
제34조(기부금의 필요경비 불산입) 
① 이 조에서 “기부금”이란 사업자가 사업과 직접적인 관계없이 무상으로 지출하는 금액(대통
령령으로 정하는 거래를 통하여 실질적으로 증여한 것으로 인정되는 금액을 포함한다)을 
말한다.
② 사업자가 해당 과세기간에 지출하거나 제5항에 따라 이월된 기부금 중 법정기부금과 지정
기부금은 다음 각 호의 구분에 따라 산출한 필요경비 산입한도액 내에서 해당 과세기간의 
사업소득금액을 계산할 때 순차적으로 필요경비에 산입하고, 필요경비 산입한도액을 초과하
는 금액과 그 외의 기부금은 필요경비에 산입하지 아니한다. 
1. 법정기부금의 필요경비 산입한도액: 다음 계산식(생략)에 따라 계산한 금액
2. 지정기부금의 필요경비 산입한도액: 다음 각 목의 구분에 따라 계산한 금액
가. 종교단체에 기부한 금액이 있는 경우(생략)
나. 종교단체에 기부한 금액이 없는 경우
③ 제2항에서 법정기부금은 다음 각 호의 기부금(이하 “법정기부금”이라 한다)으로 한다. 
1. 「법인세법」 제24조제3항에 따른 기부금
2. 「재난 및 안전관리 기본법」에 따른 특별재난지역을 복구하기 위하여 자원봉사를 한 경우 
그 용역의 가액. 이 경우 용역의 가액산정방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 
정한다.
④ 제2항에서 지정기부금은 사회복지ㆍ문화ㆍ예술ㆍ교육ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술 등 공익성을 고려
하여 대통령령으로 정하는 기부금(법정기부금은 제외한다. 이하 이 조 및 제59조의4에서 같
다)으로 한다. 
제59조의4(특별세액공제)
④ 거주자(사업소득만 있는 자는 제외하되, 제73조제1항제4호에 따른 자 등 대통령령으로 정하
는 자는 포함한다)가 해당 과세기간에 지급한 기부금[괄호 생략]이 있는 경우 다음 각 호의 
기부금을 합한 금액에서 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입한 기부금을 뺀 금액의 
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100분의 15(해당 금액이 1천만원을 초과하는 경우 그 초과분에 대해서는 100분의 30)에 해
당하는 금액(이하 제61조제2항에서 “기부금 세액공제액”이라 한다)을 해당 과세기간의 합산
과세되는 종합소득산출세액(필요경비에 산입한 기부금이 있는 경우 사업소득에 대한 산출세
액은 제외한다)에서 공제한다. 이 경우 제1호의 기부금과 제2호의 기부금이 함께 있으면 제
1호의 기부금을 먼저 공제하되, 2013년 12월 31일 이전에 지급한 기부금을 2014년 1월 1
일 이후에 개시하는 과세기간에 이월하여 소득공제하는 경우에는 해당 과세기간에 지급한 
기부금보다 먼저 공제한다. 
1. 법정기부금
2. 지정기부금. 이 경우 지정기부금의 한도액은 다음 각 목의 구분에 따른다.
가. 종교단체에 기부한 금액이 있는 경우(생략)
나. 가목 외의 경우(생략)
제80조(결정과 경정) 
② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 
과세표준확정신고를 한 자(제2호 및 제3호의 경우에는 제73조에 따라 과세표준확정신고를 
하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세기
간의 과세표준과 세액을 경정한다. 
1. 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우
▣ 구 소득세법 시행령
제79조(기부금의 범위) 
⑤ 사업자가 지정기부금과 법정기부금을 지출한 때에는 과세표준확정신고서에 기획재정부령이 
정하는 기부금명세서를 첨부하여 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
제80조(지정기부금의 범위) 
① 법 제34조제4항에서 "대통령령으로 정하는 기부금"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하
는 것을 말한다.
1. 「법인세법 시행령」 제39조제1항 각 호의 것
▣ 구 법인세법 시행령
제39조(지정기부금의 범위 등) 
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① 법 제24조제4항에서 "대통령령으로 정하는 기부금"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하
는 것을 말한다. 
1. 다음 각 목의 비영리법인(단체 및 비영리외국법인을 포함하며, 이하 이 조에서 "지정기부금
단체등"이라 한다)에 대하여 해당 지정기부금단체등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금. 
(단서 생략)
마. 종교의 보급, 그 밖에 교화를 목적으로 「민법」 제32조에 따라 문화체육관광부장관 또는 
지방자치단체의 장의 허가를 받아 설립한 비영리법인(그 소속 단체를 포함한다).
③ 제1항제1호 본문 및 제2항에서 "고유목적사업비"란 해당 비영리법인 또는 단체에 관한 법
령 또는 정관에 규정된 설립목적을 수행하는 사업으로서 제3조제1항에 해당하는 수익사업
(보건업 및 사회복지 서비스업 중 보건업은 제외한다)외의 사업에 사용하기 위한 금액을 말
한다.
끝.