[행정 판결문] 서울고등법원 2024누56018 - 취득세등부과처분취소

 

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서 울 고 등 법 원

제 1 - 1 행 정 부

판 결

사 건 2024누56018 취득세등부과처분취소

원고, 항소인 주식회사 A

소송대리인 변호사 박재찬

피고, 피항소인 서울특별시 강서구청장

소송대리인 법무법인 인본(담당변호사 서범석)

제 1심판결 서울행정법원 2024. 7. 25. 선고 2024구합51929 판결

변 론 종 결 2024. 11. 29.

판 결 선 고 2024. 12. 20.

주 문

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 피고가 2022. 1. 12. 원고에게 한 취득세, 지방교육세, 농어촌특별세 합계

266,168,880원(각 가산세 포함)의 부과처분 중 농어촌특별세 117,426,100원을 초과

하는 부분을 취소한다.

3. 소송 총 비용은 피고가 부담한다.

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청구취지 및 항소취지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 건물의 취득 등

1) 원고는 2014. 9.경 도시개발사업 등을 시행하고자 유동화전문회사로 설립한 이

래 2017. 9.경 일반 주식회사로 전환하기까지, 구 법인세법(2020. 12. 22. 법률 제

17652호로 개정하기 전의 것) 제51조의2 제1항 제9호에서 정한 ‘회사의 자산을 설비투

자 등 특정사업에 운용하고 그 수익을 주주에게 배분하는 회사’ 등 각 목의 요건을 갖

추고 있었다.

2) 원고는 서울 강서구 B 지상에 C 복합빌딩(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 신

축하여 2017. 1. 20. 사용승인을 받았다.

나. 중과세율 배제 및 녹색건축 인증 건축물 감면

원고는 2017. 2. 1. 피고에게 이 사건 건물의 취득과 관련하여 취득세 757,587,190

원, 지방교육세 43,062,120원, 농어촌특별세 70,574,030원 합계 867,223,340원을 신고

ㆍ납부하였는바, 이때 원고는 구 지방세특례제한법(2017. 12. 26. 법률 제15295호로 개

정하기 전의 것, 이하 같다) 제180조의2 제1항 제3호에 따른 ‘중과세율 적용 배제 특

례’(이하 ‘특례조항’이라 한다)와 같은 법 제47조의2에 따른 ‘녹색건축 인증 건축물에

대한 감면’에 공히 해당하는 것으로 보아 세액을 계산하였다.

다. 과세예고통지 및 취득세 등 부과처분

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구 지방세특례제한법 제180조 본문은 동일한 과세대상에 대하여 지방세를 감면할

때 둘 이상의 감면 규정이 적용되는 경우에 그 중 감면율이 높은 쪽 하나만 적용하도

록 규정하고 있었는바, 피고는 2021. 12. 27. 원고에게, 특례조항과 같은 법 제47조의2

의 녹색건축 인증 건축물에 대한 감면은 같은 법 제180조 본문에서 정한, 동일 과세대

상에 대한 중복 감면에 해당하므로, 그 중 감면율이 높은 전자만 적용하여 추가로 취

득세 등을 부과하려 하니, 통지를 받은 날부터 30일 이내에 과세전적부심사를 청구하

거나 조기결정 신청을 할 수 있다는 취지의 과세예고통지를 하였다가, 그로부터 정확

히 1주일째 되는 2022. 1. 3. ‘지방세 과세예고 통지 정정 및 수시분 부과안내’라는 제

목의 통지서를 원고에게 보내, 지방세 부과제척기간 만료일까지 남은 기간이 3개월 이

하인 경우에 해당하므로, 과세전적부심사를 청구 대상에 해당하지 않는다고 2021. 12.

27.자 통지 내용을 일부 정정하였다(이하 위와 같이 정정 과정까지 거친 과세예고통지

를 ‘이 사건 과세예고통지’라 한다).

3) 피고는 2022. 1. 12. 원고에게 ① 취득세 본세 83,731,910원, 동 가산세 49,008,

280원, ② 지방교육세 본세 4,784,680원, 동 가산세 2,322,000원, ③ 농어촌특별세 본

세 84,928,080원, 동 가산세 41,393,930원, 합계 266,168,880원을 부과하였다(이하 ‘당

초 처분’이라 한다).

라. 조세심판원의 결정

원고는 2022. 4. 7. 조세심판원에 심판청구를 하였는바, 조세심판원은 2023. 10. 23.

당초 처분 중 농어촌특별세(가산세 포함) 중 117,426,100원에 관한 부분을 취소하는 결

정을 하였다(당초 처분 중 위와 같이 취소하고 남은 부분은 아래 [표] 기재와 같은바, 이

하 이를 ‘이 사건 처분’이라 한다).

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구분 본세(원) 가산세(원) 합계(원)신고불성실가산세 납부지연가산세
취득세 83,731,910 8,373,190 40,635,090 132,740,190

지방교육세 4,784,680 　- 2,322,000 7,106,680
농어촌특별세 5,980,850 　- 2,915,060 8,895,910

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1부터 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

1) 절차적 하자

피고는 이미 원고의 이 사건 건물 취득에 관한 과세자료를 충분히 확보하였음에

도, 합리적 이유 없이 장기간 과세권을 행사하지 않다가, 취득세 부과제척기간 만료일

(이하 ‘이 사건 부과제척기간 만료일’이라 한다)에 임박한 2021. 12. 27.에 이르러서야

이 사건 과세예고통지를 함으로써 원고의 과세전적부심사 청구권을 박탈하였다. 따라

서 이 사건 처분은 중대한 절차적 하자가 있어 위법하다.

2) 실체적 하자

가) 특례조항은 ‘일반세율’의 예외인 ‘중과세율’을 다시 ‘일반세율’로 되돌려 과세

하는 것일 뿐이어서, 구 지방세특례제한법 제180조 본문의 ‘감면 규정’에 해당한다고

볼 수 없으므로, 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다.

나) 설령, 특례조항이 구 지방세특례제한법 제180조 본문의 ‘감면 규정’에 해당

한다 하더라도, 관련 법령 규정들 및 이에 대한 과세당국의 유권해석, 이 사건 처분의

경위 등에 비추어 볼 때, 세법 해석상 의의(疑意)가 있어, 원고에게 납세의무의 적시

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이행을 기대하는 것이 무리이므로, 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 있다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 절차적 하자 존부에 관한 판단

1) 관련 법령 규정 및 그에 대한 법리적 해석

가) 지방세기본법 제88조 제1항 제4호는, 지방자치단체의 장은 비과세 또는 감

면한 세액을 추징하는 경우 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 ‘과세예고

통지’라 한다)하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 조 제2항 제2호는, 과세예고통지를

받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 지방자치단체의 장에게 통지 내용의 적법

성에 관한 심사(이하 ‘과세전적부심사’라 한다)를 청구할 수 있다고 규정하는 한편, 같

은 조 제3항 제3호에서 세무조사결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 지방세부과

제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다고

하여그 예외를 규정하고 있다.

나) 과세예고통지는 과세관청이 조사한 사실 등 과세 관련 정보를 미리 납세자

에게 제공하여, 충분한 시간을 두고 준비한 다음, 과세전적부심사 절차에서 의견을 진

술할 수 있도록 기회를 줌으로써, 스스로 권익을 보호할 수 있도록 보장하려는 제도로

서, 성질상 처분의 사전통지에 해당한다. 또한, 심사․심판청구나 행정소송의 소 제기

는 일단 과세처분이 있은 다음에야 가능한데다가, 시간과 비용이 많이 들어 효율적인

구제 수단으로서는 미흡한 측면이 있는 반면, 과세전적부심사 제도는 과세관청이 위

법․부당한 처분을 할 가능성을 줄이고, 납세자도 과세처분에 앞서 자신의 주장을 반

영할 수 있도록 하는 예방적 구제제도로서 고유한 기능을 수행한다. 이러한 과세예고

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통지와 과세전적부심사 제도는 2016. 12. 27. 법률 제14474호로 지방세기본법을 전부

개정하면서 지방세 납세자의 권익 향상과 세정의 선진화를 위하여 도입하였는바, 과세

예고통지를 받은 자가 청구할 수 있는 과세전적부심사는 위법한 처분은 물론 부당한

처분까지 심사 대상으로 삼고 있어 행정소송보다 그 권리 구제의 폭이 넓다.

다) 이와 같이 사전구제절차로서 과세예고통지와 과세전적부심사 제도가 가지는

기능이나 이를 통하여 권리구제가 가능한 범위, 제도의 도입 경위와 취지, 납세자의 절

차적 권리 침해를 효율적으로 막기 위한 통제 방법 등을 종합적으로 고려하여 보면,

지방세기본법 및 동 시행령이 과세예고통지의 대상으로 삼고 있지 않다거나 과세전적

부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있는 등의 특

별한 사정이 없는 한, 과세관청이 과세처분에 앞서 필수적으로 행하여야 할 과세예고

통지를 하지 아니함으로써 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채

과세처분을 하였다면, 이는 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분의 효력

을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재하는 경우에 해

당하므로, 그 과세처분은 위법하다고 보아야 할 것이다(국세에 관한 대법원 2016. 4.

15. 선고 2015두52326 판결 등 참조).

라) 비록 지방세기본법 제88조 제3항 제3호에서 납세자에게 과세전적부심사의

기회를 부여하지 않는 예외사유로 ‘과세예고통지를 하는 날부터 지방세 부과 제척기간

의 만료일까지 기간이 3개월 이하인 경우’라고 규정하여 남은 ‘기간’만을 요건으로 하

고 있기는 하나, ① 헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 형사소

송절차뿐만 아니라 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우에도 마찬가지로 준수하여야

하므로(대법원 2012. 10. 18. 선고 2010두12347 전원합의체 판결 등 다수 참조), 조세

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법령 조항들을 해석할 때도 이에 합치하도록 하여야 하고, 특히 법원이 처분의 절차적

적법성을 심사할 때는, 행정청이 그에 권한을 부여하는 개별 법령이나 행정규칙에서

정한 절차를 형식적으로 준수하였는지 살피는 것을 넘어서, 그러한 법정 절차가 헌법

의 적법절차 원칙에 비추어 적합한지, 나아가 행정청이 해당 절차를 적법절차 원칙에

맞게 운영하였는지까지 두루 검토하여야 하는 점(상고제기기간 도과로 확정된 서울고

등법원 2023. 12. 19. 선고 2021누65721 판결 참조), ② 지방세기본법상 과세예고통지

는 과세전적부심사의 기회를 보장하기 위한 것인 점(앞서 본 대법원 2015두52326 판

결 중 “과세예고통지는 과세관청이 조사한 사실 등의 정보를 미리 납세자에게 알려줌

으로써 납세자가 충분한 시간을 가지고 준비하여 과세전적부심사와 같은 의견청취절차

에서 의견을 진술할 기회를 가짐으로써 자신의 권익을 보호할 수 있도록 하기 위한 처

분의 사전통지로서의 성질을 가진다.”라고 한 부분 참조), ③ 법은 원칙적으로 불특정

다수인에 대하여 동일한 구속력을 갖는 사회의 보편타당한 규범이므로, 그 표준적 의

미를 밝혀 객관적 타당성이 있도록 해석하여야 하고, 가급적 모든 사람이 수긍할 수

있도록 일관성을 유지함으로써 법적 안정성을 손상하지 않도록 하여야 하지만, 다른

한편, 실정법은 보편적이고 전형적인 사안을 전제하기 마련이어서, 현실사회에서 일어

나는 다양한 사안에 그 법을 적용하려면 구체적 사안에 맞는 가장 타당한 해결책을 도

출할 수 있도록 해석하여야 하므로, 법률 조항은 가능한 한 그 문언의 통상적 의미에

충실하게 해석하는 것을 원칙으로 하되, 법률의 입법 취지와 목적, 그 제․개정 연혁,

전체 법질서의 조화 및 체계성, 다른 법령과 맺는 관계 등을 고려하는 체계적․논리적

해석방법을 더하여 타당한 해석을 도모하여야 하는 점(대법원 2013. 1. 17. 선고 2011

다83431 전원합의체 판결, 대법원 2010. 12. 23. 선고 2010다81254 판결 및 대법원

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2022. 10. 27. 선고 2022두44354 판결 등 참조), ④ 특히 납세자의 절차적 권리를 배제

하는 규정일수록 이를 엄격히 해석함이 마땅한 점, ⑤ 지방세기본법 제88조 제3항 각

호에 해당하는 경우라도 같은 조 제1항에 따른 과세예고통지 자체나 같은 조 제2항에

따른 과세전적부심사 청구 자체를 배제하는 것으로 보아서는 안 되는 점(대법원 2024.

4. 12. 선고 2023두58701 판결로써 상고기각하여 확정한 서울고등법원 2023. 10. 20.

선고 2023누36239 판결 참조), ⑥ 과세전적부심사 청구가 있으면 지방세심의위원회의

심사를 거쳐 결정을 하여 그 결과를 청구를 받은 날부터 30일 이내에 청구인에게 통지

하여야 하고(지방세기본법 제88조 제4항), 납세자는 지방세심의위원회의 심사 과정에서

과세관청 소속 공무원 등 관계인의 신문, 감정, 검증 등 증거조사를 신청할 수도 있으

며(같은 조 제6항, 행정심판법 제36조 제1항), 구술심리를 신청할 수도 있음은 물론,

이를 신청한 경우에는 서면심리만으로 결정할 수 있다고 인정하는 경우 외에는 구술심

리를 원칙으로 하게 되어 있는 등(같은 법 제88조 제6항, 행정심판법 제40조)의 강력

한 절차상의 보장이 뒤따르므로, 과세처분 전에 의견을 개진하고 소명자료를 제출할

사실상의 기회를 부여하였다 하여, 과세전적부심사의 기회를 박탈하는 결과를 정당화

할 수도 없는 점, ⑦ 지방세기본법 제18조는 “납세자와 세무공무원은 신의에 따라 성

실하게 그 의무를 이행하거나 직무를 수행하여야 한다.”라고 규정하여 신의성실의 원

칙을 선언하고 있는바, 세무공무원에게 책임 있는 사유로 생긴 사실관계로 말미암아

납세자에게 불이익을 주도록 조세 관련 법령 규정을 해석․적용하는 것은 지극히 부당

하다고 볼 수밖에 없는 점 등에 비추어 보면, 과세관청이 스스로 정당한 사유 없이 과

세행정을 장기간 해태하여 부과제척기간 만료에 임박한 시점에야 뒤늦게 과세예고통지

를 함으로써 과세전적부심사의 기회를 박탈하기에 이른 경우까지 적법한 과세예고통지

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가 있었다고 볼 수는 없으므로, 이러한 경우에는 비록 형식상 과세예고통지를 하였어

도, 해당 과세처분에는 취소사유에 해당하는 절차상 하자가 있다고 보아야 한다.

2) 구체적 판단

가) 앞서 든 증거들과 갑 제11호증, 을 제1호증의 1, 2, 3, 을 제2호증의 각 기

재를 종합하면, 아래의 사실들을 인정할 수 있다.

(1) 서울특별시장은 부동산투자회사가 지방세특례제한법 제52조의2의 기업합

병, 분할 등에 대한 감면과 특례조항의 적용 대상에 모두 해당할 경우, 중과세 배제를

감면으로 보아 같은 법 제180조에 따른 중복감면 배제 대상에 해당하는 것으로 보아야

할지 질의한 데 대하여 2019. 8. 30. “중과세 제도는 국가 정책목적에 따라 특정한 부

동산의 취득이나 사업의 신설 및 확장을 제한 및 억제하기 위하여 보통의 세금보다 높

게 부과하는 것으로, 지방세특례제한법에서 사업의 특성 등을 고려하여 대도시내 중과

세 필요성이 없어 중과세를 배제하도록 하는 것은 일반세율을 적용함을 의미한다 할

것이고, 등록세에 대한 중과세가 배제되는 경우 등록세 중과세율과 일반세율의 차액을

｢농어촌특별세｣ 제5조 제1항 제1호에 따른 등록세의 감면세액으로 볼 수 없어 농어촌

특별세 과세대상에 해당하지 아니한 점(지방세운영과-1007, 2010.3.12.) 등을 비추어

볼 때, 지방세특례제한법상 중과세 배제는 같은 법 제180조에 따른 중복감면 배제 대

상인 감면에 해당되지 아니한 것으로 판단됩니다. 다만, 이에 해당하는지 여부는 과세

관청이 객관적인 사실관계 등을 종합적으로 조사하여 최종 결정할 사안임을 알려드립

니다.”라고 회신하였다.

(2) 행정안전부는 2020. 2. 6. 특례조항이 구 지방세특례제한법 제180조 본문

에서 말하는 ‘감면 규정’에 해당한다는 취지의 유권해석을 한 바 있고(지방세특례제도

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과-249), 조세심판원도 2021. 3. 29. ‘부동산투자회사가 대도시내의 부동산을 현물출자

받아 취득하는 경우 특례조항과 지방세특례제한법 제57조의2 제3항 제3호의 감면 규

정을 모두 적용할 수 있는지’가 쟁점인 사건에서 양자를 모두 적용하는 것은 지방세특

례제한법 제180조에 따른 중복 감면으로 허용할 수 없다’는 취지로 심판청구를 기각하

는 결정을 함으로써 같은 입장을 취하였다(2020지1267).

(3) 서울특별시는 2021. 12. 9. 피고에게 ‘PEV 및 부동산투자회사 등 중복감면

분 추징 협조요청’이라는 제목으로, “1. PEV 및 부동산투자회사 등에 대하여 지특법에

의한 중과배제와 지특법에 의한 감면이 동시에 적용되는 사례가 확인되고 있습니다. 2.

이에 따라, PEV 및 부동산투자회사 등이 지특법상 ‘중과배제’와 ‘감면’을 모두 적용받

은 경우, 그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용하고 나머지 감면 부분에 대하여는 붙

임1 ‘추징 요령’을 참고하여 조속히 추징하여 주시기 바랍니다. 3. 아울러, 각 자치구

추진결과는 붙임2 ‘추징대상(세무종합시스템 활용, 발췌)’ 양식에 따라 ‘21.12.31까지 공

문으로 제출하여 주시기 바랍니다.”라는 내용의 공문을 발송하였고(밑줄은 원문에 있는

대로 옮긴 것이다), 같은 달 13. 농어촌특별세에 관하여도 같은 취지의 공문을 발송하

였다.

나) 앞서 인정한 사실들 및 이 사건 변론에 드러난 아래의 사정들을 종합하여

보면, 피고는 정당한 사유 없이 과세권 행사를 해태하여 부과제척기간 만료일이 임박

한 시점에 과세예고통지를 하였고, 나아가 2022. 1. 3.자 ’지방세 과세예고 통지 정정

및 수시분 부과안내‘를 통하여 원고의 과세전적부심사 청구권을 드러내놓고 부인하기까

지 하였으며, 최초 과세예고통지일로부터 겨우 보름째 되는 시점에 이 사건 처분을 함

으로써 원고의 과세전적부심사 청구권을 완전히 박탈하는 결과를 낳았는바, 비록 형식

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상 과세예고통지를 하였다고는 하나, 이는 과세전적부심사 절차의 전제가 되는 적법한

과세예고통지로 볼 수 없다.

(1) 원고가 이 사건 건물을 취득한 시점은 2017. 1. 20.이고, 이 사건 부과제척

기간 만료일은 2022. 3. 19.인데(지방세기본법 제38조 제1항 제3호 및 제4항, 지방세기

본법 시행령 제19조 제1항 제1호, 지방세법 제20조 제1항 참조), 피고는 원고에게, 이

사건 과세예고통지 시점(2021. 12. 27.)으로부터 부과제척기간 만료일까지의 기간이 3

개월 이하에 해당한다며, 과세전적부심사를 청구할 기회 자체를 부여하지 않았다. [앞

서 본 바와 같이 지방세기본법 제88조 제3항 각 호에 해당하는 경우라도 같은 조 제2

항에 따른 과세전적부심사 청구권 자체를 배제하는 것으로 보아서는 안 될 것인바, 이

사건 과세예고통지의 최초 통지일로부터 이 사건 부과제척기간 만료일까지는 3개월에

서 단 8일이 부족할 뿐으로, 지방세기본법 제88조 제2, 4항에 따르면, 납세자는 과세예

고통지를 받은 날부터 30일 이내에 과세전적부심사를 청구할 수 있고, 과세전적부심사

청구를 받은 지방자치단체장은 같은 법 제147조 제1항에 따른 지방세심의위원회의 심

사를 거쳐 제5항에 따른 결정을 하여 그 결과를 청구받은 날부터 30일 이내에 청구인

에게 알려야 하므로(지방세기본법 시행령 제58조 제6항 각 호에 해당하는 사유가 있으

면 30일의 범위에서 1회에 한하여 심사기간을 연장할 수 있으나, 이 사건의 경우 그

중 어디에도 해당한다고 보기 어렵다), 비록 이 사건 과세예고통지가 다소간 늦어졌다

고는 하나, 피고로서는 과세전적부심사를 거치기 곤란한 상황도 전혀 아니었다.]

(2) 이 사건 건물의 취득에 따른 취득세, 지방교육세, 농어촌특별세는 신고납

부방식의 조세로, 이 사건은 원고가 각 신고․납부까지 마쳤던 사안이므로, 납세자가

신고를 하지 않아 과세관청이 과세요건사실을 포착하기 어려웠던 경우도, 과세관청이

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과세 여부를 판단하기 위하여 세무조사 등을 통하여 사실관계를 추가로 확인할 필요가

있었던 경우도 아니고, 그저 특례조항이 같은 법 제180조에서 규정하는 ‘감면 규정’에

해당하는지에 관하여 해석상 의의(疑義)가 있었을 뿐이다. 비록 피고의 상급관청인 서

울특별시가 이 사건 부과제척기간 만료일에 임박하여 피고에게 중복감면분의 추징 지

침을 내려보냈다 하더라도, 피고는 지방세 부과 및 징수에 관한 권한과 책임이 있는

과세관청으로서, 스스로 적법․타당하게 법령을 해석하고 그에 따른 과세를 하여야 할

의무를 부담하므로, 상급관청의 지침과 무관하게 적법한 과세를 하였어야 하고, 특히

해당 쟁점에 관하여 이미 정부 주무 부처인 행정안전부의 2020. 2. 6.자 유권해석 및

조세심판원의 2021. 3. 29.자 결정이 존재하였다는 점에서, 그로부터 상당한 기간(전자

로부터는 거의 2년 가까이, 후자로부터도 거의 9개월)이 도과한 2021. 12. 27.에 이르

러서야 비로소 이 사건 과세예고통지를 한 것은 달리 특별한 사정이 없는 한, 과세권

을 행사하는 관서로서 임무를 해태한 것으로 볼 수밖에 없다(서울특별시가 2019. 8.

30. 특례조항이 구 조세특례제한법 제180조 소정의 ‘감면 규정’에 해당하지 않는다는

취지의 질의회신을 한 점에 비추어 볼 때, 피고 역시 종래에 유사한 사안에서 서울특

별시와 동일하게 법령을 해석․적용하여 과세해왔을 것임을 어렵지 않게 추인할 수 있

는데, 지방세에 관하여 유권해석 권한이 있는 행정안전부나 지방세 관련 분쟁에 관하

여 행정심판 권한을 지닌 조세심판원에서 이와 정반대 취지의 유권해석이나 재결이 나

왔다면 지방세 과세관청인 피고로서는 응당 이를 면밀히 검토하여 주체적으로 과세 여

부를 판단하였어야 마땅하다). [이에 대하여 피고는 취득세와 지방교육세는 구세가 아

닌 특별시세이고, 농어촌특별세 역시 구세가 아닌 국세로서, 특별시세인 취득세․지방

교육세 부분에 관하여 위임기관인 서울특별시의 지침이 내려온 뒤, 그에 따라 과세를

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한 것을 두고 피고가 과세를 해태하였다고 볼 수는 없다고 주장한다. 지방자치단체의

장은 조례나 규칙으로 정하는 바에 따라 그 권한에 속하는 사무의 일부를 소속 행정기

관 또는 하부행정기관에 위임할 수 있고(지방자치법 제117조 제1항), 지방세기본법 또

는 지방세관계법에 따른 권한의 일부를 다른 지방자치단체의 장 등에게 위임할 수 있

으며(지방세기본법 제6조 제1항), 특히 서울특별시장은 지방세기본법 제6조 제1항에 따

라 시세의 부과․징수를 해당 과세대상의 납세지를 관할하는 구청장에게 위임하고 있

다(｢서울특별시 시세 기본 조례｣ 제3조 제1항). 또한, 농어촌특별세법은 취득세 납세의

무자에 대한 농어촌특별세는 처음부터 시장․군수 및 자치구의 구청장이 취득세 부

과․징수의 예에 따라 부과․징수하도록 정하고 있다(제8조 제2항 제3호, 제3조 제5

호). 피고가 이처럼 법령이 정한 바에 따라 적법하게 취득세 등에 관한 과세권한을 수

임하거나 보유하는 이상, 어디까지나 자기 명의와 책임으로 그 권한을 행사하여야 하

는 것이므로(앞서 본 바와 같이 서울특별시장도 특례조항이 지방세특례제한법 제180조

본문에 따른 중복감면 배제 대상인 감면에 해당하는지에 관한 질의 회신에서 일응 해

당하지 아니하는 것으로 본다는 입장을 취하면서도, 이에 해당하는지는 과세관청이 객

관적인 사실관계 등을 종합적으로 조사하여 최종 결정할 사안이라 하여 구청장에게 결

정 권한이 있음을 명백히 한 바 있다), 해당 세목이 특별시세나 국세에 해당하고, 위임

기관의 중복감면분 추징 협조요청이 뒤늦게 내려왔다 하여 과세예고통지의 지연이나

그로 인한 과세전적부심사 기회의 박탈을 정당화할 수는 없다(피고의 주장은, 결국, 잘

못이 있어도 위임기관인 서울특별시에 있는 것이지 자신에게 있는 것이 아니라는 취지

에 지나지 않는바, 이는 서울특별시장과 피고 사이에서 따질 문제일 뿐, 납세자인 원고

에게 할 이야기는 아니다).]

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(3) 위에서 본 바와 같이 이 사건은 종전과 법령의 해석․적용만 달리 하여

과세하였을 뿐이므로, 피고가 서울특별시로부터 지침을 받은 이후라도 신속하게, 적어

도 2021. 12. 18.까지, 원고에 대하여 과세예고통지를 하였다면, 원고에게 과세전적부

심사 청구 기회를 보장할 수도 있었을 것임에도, 이를 만연히 지연하여 원고의 절차적

권리를 박탈하였다

(4) 처분의 적법성은 처분청이 입증하여야 한다는 것이 행정법의 대원칙이므

로, 과세예고통지가 늦어질 수밖에 없었고, 과세전적부심사 절차를 거칠 수 없는 정당

한 사유가 있었다는 점 또한 과세관청인 피고가 입증하여야 할 것이다. 특히 부과처분

절차상 적법성은 그 입증사항의 특성으로 보더라도 과세관청이 이를 입증하여야 할 것

이나, 피고는 이를 인정할만한 아무런 객관적 증거를 내놓지 못하고 있다.

(5) 이처럼 피고는 정당한 사유 없이 과세행정을 장기간 해태함으로써 지방세

부과제척기간 만료일의 임박이라는 예외 사유를 스스로 형성하고, 이를 이유로 원고에

게서 과세전적부심사라는 사전적 구제절차의 기회를 아예 박탈한 것인바, 단지 지방세

기본법에서 과세관청이 부과제척기간 만료일에 임박하여 과세예고통지를 한 경우 과세

전적부심사를 배제하는 규정을 두고 있다는 이유만으로, 과세예고통지가 늦어진 데 대

하여 과세관청이 책임질 사유가 있음에도 과세전적부심사를 생략할 수 있다고 보는 것

은, 과세전적부심사 제도의 도입 취지에 반할 뿐만 아니라, 과세관청의 자의(恣意)로 과

세전적부심사를 회피할 수 있게 하여 과세전적부심사 제도 자체를 형해화할 수 있다.

3) 소결

이상 살펴본 바에 따르면, 이 사건 처분에는 취소사유에 해당하는 절차상 하자

가 있으므로, 원고의 나머지 주장들에 대해서는 더 나아가 살필 것 없이 위법하여 이

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를 취소하여야 한다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 인용할 것인데, 제1심 판결은 이와 결론이 달라

부당하다. 원고의 항소는 이유 있으므로, 이를 인용하여 주문과 같이 판결한다.

재판장 판사 심준보

판사 김종호

판사 이승한

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별지

관계 법령
■ 구 지방세특례제한법(2017. 12. 26. 법률 제15295호로 개정하기 전의 것)
제2조(정의)
① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. […]
3. “지방세 특례”란 세율의 경감, 세액감면, 세액공제, 과세표준 공제(중과세 배제, 재산세 과

세대상 구분전환을 포함한다) 등을 말한다. […]
제4조(조례에 따른 지방세 감면)
① 지방자치단체는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에는 3년의 기간 이내에서 지방세의

세율경감, 세액감면 및 세액공제(이하 이 조 및 제182조에서 “지방세 감면”이라 한다)를 할
수 있다. […]

제31조의4(주택임대사업에 투자하는 부동산투자회사에 대한 감면)
① ｢부동산투자회사법｣ 제2조제1호나목에 따른 위탁관리 부동산투자회사(해당 부동산투자회사

의 발행주식 총수에 대한 국가, 지방자치단체, 한국토지주택공사 및 지방공사가 단독 또는
공동으로 출자한 경우 그 소유주식 수의 비율이 100분의 50을 초과하는 경우를 말한다)가
임대할 목적으로 취득하는 부동산[｢주택법｣ 제2조제3호에 따른 공동주택(같은 법 제2조제4
호에 따른 준주택 중 오피스텔을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 건축 또는 매입하기 위
하여 취득하는 경우의 부동산으로 한정한다]에 대해서는 취득세의 100분의 30을 2018년
12월 31일까지 경감한다. 이 경우 ｢지방세법｣ 제13조제2항 본문 및 같은 조 제3항의 세율
을 적용하지 아니한다. […]

제47조의2(녹색건축 인증 건축물에 대한 감면)
① 신축(증축 또는 개축을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 건축물로서 다음 각 호의 어느

하나에 해당하는 건축물(｢건축법｣ 제2조제1항제2호에 따른 건축물 부분으로 한정한다. 이하
이 조에서 같다) 또는 주택에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 취득세를 100분의
5부터 100분의 15까지의 범위에서 2018년 12월 31일까지 경감한다.

1. ｢녹색건축물 조성 지원법｣ 제16조에 따른 녹색건축의 인증 등급이 대통령령으로 정하는
기준 이상일 것

2. ｢녹색건축물 조성 지원법｣ 제17조에 따라 인증받은 건축물 에너지효율등급이 대통령령으

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로 정하는 기준 이상일 것 […]
제54조(관광단지 등에 대한 과세특례) […]
③ ｢관광진흥법｣ 제3조제1항제2호가목에 따른 호텔업을 하기 위하여 취득하는 부동산에 대해

서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 과세할 때에는 제4조제2항제1호에도 불구하고 지방
자치단체의 조례로 표준세율을 적용하도록 규정하는 경우에 한정하여 ｢지방세법｣ 제13조제
1항부터 제4항까지의 세율을 적용하지 아니하며, 법인등기(설립 후 5년 이내에 자본 또는
출자액을 증가하는 경우를 포함한다)에 대하여 2014년 12월 31일까지 등록면허세를 과세할
때에는 제4조제2항제1호에도 불구하고 지방자치단체의 조례로 표준세율을 적용하도록 규정
하는 경우에 한정하여 ｢지방세법｣ 제28조제2항 및 제3항의 세율을 적용하지 아니한다. 다
만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추
징한다. […]

제58조(벤처기업 등에 대한 과세특례) […]
② ｢벤처기업육성에 관한 특별조치법｣에 따라 지정된 벤처기업집적시설 또는 ｢산업기술단지

지원에 관한 특례법｣에 따라 조성된 산업기술단지에 입주하는 자(벤처기업집적시설에 입주
하는 자 중 벤처기업에 해당되지 아니하는 자는 제외한다)에 대하여 취득세, 등록면허세 및
재산세를 과세할 때에는 2018년 12월 31일까지 ｢지방세법｣ 제13조제1항부터 제4항까지,
제28조제2항ㆍ제3항 및 제111조제2항의 세율을 적용하지 아니한다. […]

제60조(D조합 등에 대한 과세특례) […]
③ ｢중소기업창업 지원법｣에 따른 창업보육센터에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라

지방세를 감면한다.
1. 창업보육센터사업자의 지정을 받은 자가 창업보육센터용으로 직접 사용하기 위하여 취득

하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를, 재산세의 100분의 50을 각각 2017년 12
월 31일까지 경감한다.

1의2. 제41조제1항에 따른 학교등이 창업보육센터사업자의 지정을 받고 창업보육센터용으로
직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(학교등이 취득한 부동산을 ｢산업교육진흥 및 산학
연협력촉진에 관한 법률｣에 따른 산학협력단이 운영하는 경우의 부동산을 포함한다)에 대
해서는 취득세의 100분의 75를, 재산세(｢지방세법｣ 제112조에 따른 부과액을 포함한다)의
100분의 100을 각각 2017년 12월 31일까지 감면한다.

2. 창업보육센터에 입주하는 자에 대하여 취득세, 등록면허세 및 재산세를 과세할 때에는

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2018년 12월 31일까지 ｢지방세법｣ 제13조제1항부터 제4항까지, 제28조제2항ㆍ제3항 및
제111조제2항의 세율을 적용하지 아니한다. […]

제180조(중복 감면의 배제)
동일한 과세대상에 대하여 지방세를 감면할 때 둘 이상의 감면 규정이 적용되는 경우에는 그
중 감면율이 높은 것 하나만을 적용한다. 다만, 제73조, 제74조, 제92조 및 제92조의2의 규정과
다른 규정은 두 개의 감면규정(제73조, 제74조 및 제92조 간에 중복되는 경우에는 그 중 감면
율이 높은 것 하나만을 적용한다)을 모두 적용할 수 있다.
제180조의2(지방세 중과세율 적용 배제 특례)
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산의 취득에 대해서는 ｢지방세법｣에 따른 취득세

를 과세할 때 2018년 12월 31일까지 같은 법 제13조제2항 본문 및 같은 조 제3항의 세율
을 적용하지 아니한다. […]

3. ｢법인세법｣ 제51조의2제1항제9호에 해당하는 회사 […]

■ 지방세특례제한법
제180조(중복 특례의 배제)
동일한 과세대상의 동일한 세목에 대하여 둘 이상의 지방세 특례 규정이 적용되는 경우에는
그 중 감면되는 세액이 큰 것 하나만을 적용한다. 다만, 제66조제1항, 제73조, 제74조의2제1항,
제92조 및 제92조의2와 다른 지방세 특례 규정이 함께 적용되는 경우에는 해당 특례 규정을
모두 적용하되, 제66조제1항, 제73조, 제74조의2제1항 및 제92조 간에 중복되는 경우에는 그
중 감면되는 세액이 큰 것 하나만을 적용한다.

■ 지방세기본법
제38조(부과의 제척기간)
① 지방세는 대통령령으로 정하는 바에 따라 부과할 수 있는 날부터 다음 각 호에서 정하는

기간이 만료되는 날까지 부과하지 아니한 경우에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세
를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)에 따라 상호합의절차가 진행
중인 경우에는 ｢국제조세조정에 관한 법률｣ 제51조에서 정하는 바에 따른다. […]

3. 그 밖의 경우: 5년 […]
④ 제1항 각 호에 따른 지방세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다. […]

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제88조(과세전적부심사)
① 지방자치단체의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내

용을 서면으로 통지(이하 이 조에서 “과세예고통지”라 한다)하여야 한다. […]
3. 비과세 또는 감면 신청을 반려하여 과세하는 경우(｢지방세법｣에서 정한 납기에 따라 납세

고지하는 경우는 제외한다) […]
5. 납세고지하려는 세액이 30만원 이상인 경우(｢지방세법｣에서 정한 납기에 따라 납세고지하

는 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 따라 과세하는 경우는 제외한다)
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지받은 날부터 30일 이내에 지방

자치단체의 장에게 통지내용의 적법성에 관한 심사(이하 “과세전적부심사”라 한다)를 청구
할 수 있다. […]

2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지
③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다. […]
3. 세무조사결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 지방세 부과 제척기간의 만료일까지의

기간이 3개월 이하인 경우 […]
④ 과세전적부심사청구를 받은 지방자치단체의 장은 제147조제1항에 따른 지방세심의위원회의

심사를 거쳐 제5항에 따른 결정을 하고 그 결과를 청구받은 날부터 30일 이내에 청구인에
게 알려야 한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 사유가 있으면 30일의 범위에서 1회에 한정
하여 심사기간을 연장할 수 있다. […]

⑥ 과세전적부심사에 관하여는 ｢행정심판법｣ 제15조, 제16조, 제20조부터 제22조까지, 제29조,
제36조제1항 및 제39조부터 제42조까지의 규정을 준용한다. 이 경우 “위원회”는 “지방세심
의위원회”로 본다. […]

■ 행정심판법
제36조(증거조사)
① 위원회는 사건을 심리하기 위하여 필요하면 직권으로 또는 당사자의 신청에 의하여 다음

각 호의 방법에 따라 증거조사를 할 수 있다.
1. 당사자나 관계인(관계 행정기관 소속 공무원을 포함한다. 이하 같다)을 위원회의 회의에

출석하게 하여 신문(訊問)하는 방법
2. 당사자나 관계인이 가지고 있는 문서ㆍ장부ㆍ물건 또는 그 밖의 증거자료의 제출을 요구

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하고 영치(領置)하는 방법
3. 특별한 학식과 경험을 가진 제3자에게 감정을 요구하는 방법
4. 당사자 또는 관계인의 주소ㆍ거소ㆍ사업장이나 그 밖의 필요한 장소에 출입하여 당사자

또는 관계인에게 질문하거나 서류ㆍ물건 등을 조사ㆍ검증하는 방법 […]
제40조(심리의 방식)
① 행정심판의 심리는 구술심리나 서면심리로 한다. 다만, 당사자가 구술심리를 신청한 경우에

는 서면심리만으로 결정할 수 있다고 인정되는 경우 외에는 구술심리를 하여야 한다.
② 위원회는 제1항 단서에 따라 구술심리 신청을 받으면 그 허가 여부를 결정하여 신청인에게

알려야 한다. […]

■ 지방세기본법 시행령
제19조(부과 제척기간의 기산일)
① 법 제38조제1항 각 호 외의 부분 본문에 따른 지방세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호의

구분에 따른다.
1. 법 또는 지방세관계법에서 신고납부하도록 규정된 지방세의 경우: 해당 지방세에 대한 신

고기한의 다음 날. 이 경우 예정신고기한, 중간예납기한 및 수정신고기한은 신고기한에 포
함되지 아니한다. […]

제58조(과세전적부심사) […]
⑥ 법 제88조제4항 후단에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경

우를 말한다. 

1. 다른 기관에 법령해석을 요청하는 경우
2. 풍수해, 화재, 천재지변 등으로 법 제147조에 따른 지방세심의위원회를 소집할 수 없는 경

우
3. 청구인의 요청이 있거나 관련 자료의 조사 등을 위하여 필요한 경우로서 법 제147조에 따

른 지방세심의위원회에서 심사기간의 연장을 결정하는 경우
4. 법 제93조의2제2항에 따른 대리인의 선정 등을 위해 필요한 경우

■ 지방세법
제20조(신고 및 납부)
① 취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날(「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제10조제

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1항에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역에 있는 토지를 취득하는 경우로서 같은 법 제11
조에 따른 토지거래계약에 관한 허가를 받기 전에 거래대금을 완납한 경우에는 그 허가일
이나 허가구역의 지정 해제일 또는 축소일을 말한다)부터 60일[무상취득(상속은 제외한다)
또는 증여자의 채무를 인수하는 부담부 증여로 인한 취득의 경우는 취득일이 속하는 달의
말일부터 3개월, 상속으로 인한 경우는 상속개시일이 속하는 달의 말일부터, 실종으로 인한
경우는 실종선고일이 속하는 달의 말일부터 각각 6개월(외국에 주소를 둔 상속인이 있는
경우에는 각각 9개월)] 이내에 그 과세표준에 제11조부터 제13조까지, 제13조의2, 제13조의
3, 제14조 및 제15조의 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신
고하고 납부하여야 한다. […]

■ 구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정하기 전의 것)
제120조(취득세의 면제 등) […]
④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(｢지방세법｣ 제13조제5항 각 호의 어느 하나에

해당하는 부동산은 제외한다)을 2014년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 취득세의 100분
의 30(제3호의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다. 이 경우 ｢지방세법｣ 제
13조제2항 본문 및 제3항의 세율을 적용하지 아니한다.

1. ｢부동산투자회사법｣에 따른 부동산투자회사가 취득하는 부동산
2. ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣에 따른 부동산집합투자기구의 집합투자재산으로 취

득하는 부동산
3. 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산 […]

■ 농어촌특별세법
제2조(정의)
① 이 법에서 “감면”이란 ｢조세특례제한법｣․｢관세법｣․｢지방세법｣ 또는 ｢지방세특례제한법｣에 따

라 소득세․법인세․관세․취득세 또는 등록에 대한 등록면허세가 부과되지 아니하거나 경감되
는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 비과세․세액면제․세액감면․세액공제 또는 소득공제
2. ｢조세특례제한법｣ 제72조제1항에 따른 조합법인 등에 대한 법인세 특례세율의 적용 또는

같은 법 제89조제1항 및 제89조의3에 따른 이자소득․배당소득에 대한 소득세 특례세율의

- 22 -

적용
3. ｢지방세법｣ 제15조제1항에 따른 취득세 특례세율의 적용 […]

■ 구 법인세법(2020. 12. 22. 법률 제17652호로 개정되기 전의 것)
제51조의2(유동화전문회사 등에 대한 소득공제)
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이 대통령령으로 정하는 배당가능이익의 100

분의 90 이상을 배당한 경우 그 금액은 해당 사업연도의 소득금액에서 공제한다. […]
9. 제1호부터 제8호까지와 유사한 투자회사로서 다음 각 목의 요건을 갖춘 법인일 것
가. 회사의 자산을 설비투자, 사회간접자본 시설투자, 자원개발, 그 밖에 상당한 기간과 자

금이 소요되는 특정사업에 운용하고 그 수익을 주주에게 배분하는 회사일 것 […]
끝.