[행정 판결문] 서울행정법원 2020구단66766 - 양도소득세경정거부처분취소

 

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서 울 행 정 법 원

판 결

사 건 2020구단66766 양도소득세경정거부처분취소

원 고 A

피 고 은평세무서장

변 론 종 결 2024. 8. 14.

판 결 선 고 2024. 10. 16.

주 문

1. 피고가 2019. 10. 17. 원고에 대하여 한 2018년 귀속 양도소득세 52,061,078원의 경

정거부처분 중 47,692,189원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 9/10는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2019. 10. 17. 원고에 대하여 한 2018년 귀속 양도소득세 52,061,078원의 경정

거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

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가. 원고는 충남 아산시 B 대 499.4㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 지상에 4층(1층

30.37㎡, 2층 230.06㎡, 3층 227.21㎡, 4층 172.04㎡) 규모의 다가구주택(이하 ‘이 사건

건물’이라 한다)을 2017. 11. 15. 신축하여 취득하고, 2017. 12. 26. 이 사건 건물 1층에

65.27㎡의 근린생활시설을 증축하여 취득한 후, 그 취득일로부터 5년 이내인 2018. 5.

11. 제3자에게 이 사건 토지 및 이 사건 건물을 양도하면서, 이 사건 건물에 대하여 구

소득세법(2019. 12. 31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제97조 제1항

제1호 나목 및 구 소득세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30395호로 개정되기 전의

것, 이하 같다) 제163조 제12항에 따라 양도가액에 대하여 취득 당시와 양도 당시의 기

준시가를 적용하여 환산취득가액 1,041,221,587원(= 신축 953,843,799원 + 증축

87,377,788원)을 산정하고, 여기에 구 소득세법 제114조의2 제1항(이하 ‘이 사건 법률조

항’이라 한다)에 따라 환산취득가액의 5%인 52,061,078원(= 신축 47,692,189원 + 증축

4,368,889원)을 가산세로 결정세액에 더하여 그 무렵 피고에게 양도소득세를 신고ㆍ납

부하였다.

나. 이후 원고는 2019. 8. 23. 이 사건 건물 신축 이후인 2017. 12. 19. 법률 제

15225호로 신설된 이 사건 법률조항에 기하여 가산세를 부담시키는 것은 소급과세 금

지 원칙에 위배된다는 취지로 경정청구를 하였으나, 피고는 2019. 10. 17. 소급과세 금

지 원칙에 위배되지 않는다는 이유로 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처

분’이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

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1) 이 사건 건물 중 증축한 부분은 이 사건 법률조항에 따른 가산세 부과 대상이 아

니므로, 이 사건 처분 중 47,692,189원을 초과하는 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.

2) 가산세는 세법에서 규정하는 의무위반에 대하여 부과할 수 있다. 그런데 이 사

건 법률조항은 어떠한 의무위반이 없음에도 가산세를 부과하도록 한 입법상 문제점이

있을 뿐 아니라, 원고는 환산취득가액으로 신고하는 것이 법적으로 금지되지 않아 취

득가액 증빙서류를 비치ㆍ보관하지 않았던 것인데, 아무런 경과규정 없이 이 사건 법

률조항의 신설ㆍ시행으로 말미암아 취득가액 증빙서류를 비치ㆍ보관하지 아니한 것에

대해 가산세를 부담하기에 이르렀다. 이러한 사정들을 고려하면, 원고에 대하여는 가산

세 감면의 정당한 사유가 있다고 보아야 하고, 이와 다른 전제의 이 사건 처분은 위법

하므로 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 이 사건 건물의 증축 부분도 이 사건 법률조항에 따른 가산세 부과 대상인지

원고가 2017. 11. 15. 이 사건 토지 지상에 이 사건 건물(1층 30.37㎡, 2층 230.06

㎡, 3층 227.21㎡, 4층 172.04㎡)을 신축하고, 2017. 12. 26. 이 사건 건물 1층에 65.27

㎡의 근린생활시설을 증축한 사실은 앞서 본 바와 같고, 앞서 든 증거들에 변론 전체의

취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 건물의 증축 부분은

이 사건 법률조항에 따른 가산세 부과 대상이 아니라고 봄이 타당하므로, 이 사건 건

물의 증축 부분도 가산세 부과 대상이라고 인정한 이 사건 처분 중 47,692,189원을 초

과하는 부분은 위법하므로 취소되어야 하고, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론

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하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유

없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2008. 10. 23. 선고

2008두7830 판결 참조).

2) 이 사건 법률조항은 ‘거주자가 건물을 신축하고 그 신축한 건물의 취득일부터

5년 이내에 해당 건물을 양도하는 경우로서 제97조 제1항 제1호 나목에 따른 환산가

액을 그 취득가액으로 하는 경우’에는 해당 건물 환산가액의 100분의 5에 해당하는 금

액을 제93조 제2호에 따른 양도소득 결정세액에 더한다고 규정하고 있는데, 구 소득세

법에서는 건물의 ‘신축’이나 ‘증축’에 관한 별도의 정의 규정을 두고 있지 아니하나, 건

축법 시행령은 ‘신축’을 ‘건축물이 없는 대지(기존 건축물이 해체되거나 멸실된 대지를

포함한다)에 새로 건축물을 축조하는 것(부속건축물만 있는 대지에 새로 주된 건축물

을 축조하는 것을 포함하되, 개축 또는 재축하는 것은 제외)‘으로(제2조 제1호), ’증축

‘을 ’기존 건축물이 있는 대지에서 건축물의 건축면적, 연면적, 층수 또는 높이를 늘리

는 것‘으로(제2조 제2호) 각 정의하고 있고, 사전적 의미도 이와 다르지 아니하므로, 이

사건 법률조항에서 규정한 ’신축‘도 이와 같이 해석하는 것이 타당하다.

3) 2019. 12. 31. 법률 제16834호로 이 사건 법률조항이 ’거주자가 건물을 신축 또

는 증축(증축의 경우 바닥면적 합계가 85제곱미터를 초과하는 경우에 한정한다)하고

그 건물의 취득일 또는 증축일부터 5년 이내에 해당 건물을 양도하는 경우로서 제97조

제1항 제1호 나목에 따른 감정가액 또는 환산취득가액을 그 취득가액으로 하는 경우에

는 해당 건물의 감정가액(증축의 경우 증축한 부분에 한정한다) 또는 환산취득가액(증

축의 경우 증축한 부분에 한정한다)의 100분의 5에 해당하는 금액을 제93조 제2호에

따른 양도소득 결정세액에 더한다‘로 개정되어, ’거주자가 건물을 증축(바닥면적 합계가

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85㎡를 초과하는 경우에 한정함)하고 그 건물의 증축일부터 5년 이내에 해당 건물을

양도하는 경우로서 제97조 제1항 제1호 나목에 따른 감정가액 또는 환산취득가액을

그 취득가액으로 하는 경우‘ 등도 가산세 부과 대상으로 추가하였고, 이는 이 사건 법

률조항에 따른 가산세 부과 대상을 확대하는 취지로 보인다.

4) 따라서 이 사건 법률조항에 따른 가산세 부과 대상인 ’거주자가 건물을 신축하

고 그 신축한 건물의 취득일부터 5년 이내에 해당 건물을 양도하는 경우로서 제97조

제1항 제1호 나목에 따른 환산가액을 그 취득가액으로 하는 경우‘에서의 ’신축‘은 건축

법령상의 ’신축‘에 한정된다고 해석하는 것이 법문과 입법자의 의사에 부합하고, 이와

달리 위 ’신축‘에 건축법령상 ’증축‘을 포함하여 해석하는 것은 합리적 이유 없이 이를

확장 내지 유추해석하는 것으로서 허용되지 않는다고 봄이 타당하다.

라. 가산세 감면 여부

앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종

합하면, 원고에 대하여 국세기본법 제48조 제1항 제2호에 따라 이 사건 법률조항에 따

른 가산세를 감면하여 달라는 취지의 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

1) 2006. 1. 1.부터 시행된 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정된 것)

제96조 제1항에 의하여, 종전까지 양도가액을 양도 당시의 기준시가에 의하여 산정하

던 것이, 실지거래가액에 의하는 것을 원칙으로 하되 실지거래가액을 알 수 없는 경우

에만 환산가액 등 대통령령이 정하는 보충적 가액을 적용하도록 바뀐 이후로, 이러한

기본틀이 현재까지 이어지고 있는바, 원고가 이 사건 건물을 취득할 당시에도 실지거

래가액을 확인하여 양도차익을 산정하는 것이 원칙이었다. 나아가 소득세법이 적정한

과세를 위해 환산가액 등 보충적 가액을 예비하였다는 것이 납세의무자가 양도소득세

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산정에 있어 취득가액으로 적용할 가액을 임의로 선택할 수 있다거나 해당 실지거래가

액을 확인하여 신고할 필요가 없음을 의미한다고 볼 수 없다. 또한 원고가 환산취득가

액을 선택하더라도 특별한 불이익이 따르지 않을 것이라거나 당시 법령이 바뀌지 않을

것이라고 기대하여 실질거래가액에 따라 신고할 준비를 하지 않았다 하더라도 이를 보

호가치 있는 신뢰로 보기 어렵다. 건물 신축 당시 관련 자료를 구비하지 못한 납세의

무자라 하더라도 정상적인 계약관계 등을 통하여 건물을 시공하였다면 사후적으로 세

금계산서나 이체내역 등 신빙성 있는 관련 자료를 제출하여 소요된 금액을 증빙할 여

지가 남아있다는 점 역시 고려되어야 한다.

2) 양도소득세는 양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세대상으로 하므로

양도자산이 과세요건 및 감면요건에 해당하는지 여부는 양도시기를 기준으로 판단하여

야 한다(대법원 2008. 6. 12. 선고 2007두15124 판결 등 참조). 원고는 이 사건 법률조

항이 신설ㆍ시행된 이후에 이 사건 건물을 양도한 것이므로, 그 양도에 이 사건 법률

조항을 적용하더라도 소급적으로 불이익을 주는 것이라 볼 수 없다.

3) 앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 건물을 취득할 당시 시행되던 소득세법에 따

르더라도 실지거래가액을 확인하여 양도가액을 산정하는 것이 원칙이었던 점, 원고가

이 사건 건물 취득 시점에는 취득가액 증빙서류를 구비하지 못하였더라도 사후적으로라

도 세금계산서 등 신빙성 있는 관련 자료를 제출할 여지가 있었을 것으로 보이는 점,

만일 원고가 이 사건 건물의 취득일로부터 5년이 경과한 뒤에 이 사건 건물을 양도하였

다면 이 사건 법률조항의 적용에서 벗어날 수 있었을 것인데, 원고가 스스로 5년 내의

양도를 선택하였고, 이러한 양도 시점을 기준으로 이 사건 법률조항이 적용된다는 점을

원고가 이미 알았거나 충분히 알 수 있었을 것인 점 등에 비추어 보면, 이 사건 법률조

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항이 신설되면서 경과규정 등이 따로 마련되지 않았다 하더라도 이를 위헌이라고 볼 수

는 없다. 헌법재판소도 같은 취지로 이 사건 법률조항이 과잉금지원칙에 위반하여 재산

권을 침해하지 않고 평등원칙에도 위반되지 않는다고 보아 이 사건 법률조항에 대하여

합헌결정을 하였다(헌법재판소 2024. 2. 28. 선고 2020헌가15 결정 참조).

4) 원고가 주장하는 바대로, 이 사건 법률조항은 양도소득세의 납세의무자에 대한

가산세 부과를 규정하면서도 세법상 의무위반이라고 보기 어려운 환산가액 적용을 과

세대상으로 정하고 있어 국세기본법의 규정들과 가산세의 법적 성격에 부합하지 않는

측면이 있기는 하다. 그러나 이 사건 법률조항은 건물을 신축한 뒤 5년 내 양도하는

경우 해당 건물을 건축ㆍ취득하기 위해 실제 지출한 비용을 확인할 수 있음에도 불구

하고 환산취득가액을 사용하여 양도소득세의 부담을 회피하는 사례가 다수 발생하자,

건물의 취득가액을 실지거래가액으로 신고한 사례와 환산취득가액으로 신고한 사례의

평균적 세액 차이가 환산취득가액의 5% 수준이라는 객관적 근거를 토대로 환산취득가

액으로 신고하는 경우 환산취득가액의 5%를 추가로 납부하도록 하여 실지거래가액으

로 신고한 경우와의 차액만큼을 추가로 징수하여 신고방법에 따른 납부세액의 편차를

줄이기 위해 신설된 것이라는 점이 고려되어야 한다. 이와 같은 입법 취지와 함께 앞

서 본 헌법재판소 결정이 취한 결론과 동일하게 이 사건 법률조항에는 위헌적인 요소

가 없다고 보이는 점(참고로 위 헌법재판소 결정의 보충의견은 이 사건 법률조항이 가

산세의 개념 및 조세법의 체계에 다소 부합하지 않아 체계정당성 등에 관한 ‘불필요한’

논란이 반복될 우려가 있으므로 세법상 가산세 개념에 부합할 수 있도록 이 사건 법률

조항을 개정하는 등 관련 규정들을 합리적, 체계적으로 정비하기 위한 입법개선의 필

요가 있다는 것을 지적하면서도, 다수의견과 마찬가지로 이 사건 법률조항 자체는 합

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헌이라는 입장을 취하였다), 궁극적으로 이 사건 법률조항은 가산세라는 형식을 빌려

건물의 취득가액 신고방법에 따른 납부세액의 편차를 조정하고자 하는 것일 뿐 환산취

득가액 적용이 어떠한 의무를 위반한 것이라고 보아 이를 제재하고자 하는 것이 아닌

점 등을 종합하면, 원고에 대하여 국세기본법 제48조 제1항 제2호를 근거로 이 사건

법률조항에 따른 가산세를 감면하는 것은 타당하다고 볼 수 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지

청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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별지

관계 법령

■ 구 소득세법(2019. 12. 31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것)
제92조(양도소득과세표준의 계산)
② 양도소득과세표준은 제94조부터 제99조까지, 제99조의2, 제100조부터 제102조까지 및 제

118조에 따라 계산한 양도소득금액에서 제103조에 따른 양도소득 기본공제를 한 금액으로
한다.

제96조(양도가액)
① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간

에 실지거래가액에 따른다.
제97조(양도소득의 필요경비 계산)
① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는

것으로 한다.
1. 취득가액(「지적재조사에 관한 특별법」 제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면

적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거
래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액
나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액
제114조의2(환산가액 적용에 따른 가산세)
① 거주자가 건물을 신축하고 그 신축한 건물의 취득일부터 5년 이내에 해당 건물을 양도하는

경우로서 제97조 제1항 제1호 나목에 따른 환산가액을 그 취득가액으로 하는 경우에는 해
당 건물 환산가액의 100분의 5에 해당하는 금액을 제93조 제2호에 따른 양도소득 결정세
액에 더한다.

② 제1항은 제93조 제1호에 따른 양도소득 산출세액이 없는 경우에도 적용한다.
부칙 <제15225호, 2017.12.19.>
제1조(시행일)
이 법은 2018년 1월 1일부터 시행한다. (단서 이하 생략)

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제2조(일반적 적용례)
① 이 법은 이 법 시행 이후 발생하는 소득분부터 적용한다.
② 이 법 중 양도소득에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 양도하는 자산으로부터 발생하는

소득분부터 적용한다.

■ 구 소득세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30395호로 개정되기 전의 것)
제163조(양도자산의 필요경비)
⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 "대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산

가액"이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다.
제176조의2(추계결정 및 경정)
② 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액"이란 다음 각

호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다.
2. 법 제96조 제1항에 따른 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음

계산식에 따른 금액. 이 경우 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별주택가격 및
공동주택가격(이들에 부수되는 토지의 가격을 포함한다)이 최초로 공시되기 이전에 취득
한 주택과 부수토지를 함께 양도하는 경우에는 다음 계산식 중 취득당시의 기준시가를
제164조 제7항에 따라 계산한 가액으로 한다.

■ 국세기본법
제48조(가산세 감면 등)
① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다

음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우
끝.

양도당시의 실지거래가액, 제3항 제1호의
매매사례가액 또는 동항 제2호의 감정가액 ✕

취득당시의 기준시가
양도 당시의 기준시가(제168조 제8항의 규정에

해당하는 경우에는 동항의 규정에 의한 양도당시의
기준시가