[행정 판결문] 서울행정법원 2022구합68954 - 부가가치세경정거부처분취소

 

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서 울 행 정 법 원

제 5 부

판 결

사 건 2022구합68954 부가가치세경정거부처분취소

원 고 A

피 고 남대문세무서장

변 론 종 결 2024. 3. 21.

판 결 선 고 2024. 6. 27.

주 문

1. 피고가 2021. 9. 30. 원고에게 한 별지 목록 기재 각 부가가치세 경정청구 거부처분

을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

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가. 원고는 금융지주회사법에 따라 설립되어, 자회사 등의 지배 또는 경영관리 등을

주된 목적사업으로 영위하고 있다. 원고는 위와 같은 업무를 수행하면서 브랜드사용료

매출과 자회사 등에 대한 자금지원(이하 ‘이 사건 자금지원 용역’이라 한다)에 따른 대

여이자(이하 ‘이 사건 대여이자’라 한다)를 얻고 있다.

나. 원고는 2018. 7.경 및 2019. 1.경 피고에게 브랜드사용료 매출에 관한 2018년 제

1기, 제2기(이하 ‘이 사건 과세기간’이라 한다) 부가가치세를 신고ㆍ납부하였다. 이때

원고는 ① 브랜드사용료 매출에 직접 대응되는 브랜드광고 선전비, 브랜드수수료 산정

용역비 등에 관한 매입세액은 매출세액에서 공제하고, ② 이 사건 자금지원 용역을 위

한 차입 비용 등에 관한 매입세액은 면세사업 등에 관한 것이라는 이유로 공제대상에

서 제외하였으며, ③ 그 외에 사무실 유지를 위한 각종 경비 등에 관한 매입세액(이하

‘이 사건 매입세액’이라 한다)은 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액으로서, 그중

면세사업 등의 공급가액에 상응하는 부분은 부가가치세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령

령 제29535호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조 제1항에 따라 총 공급가액에서

면세공급가액이 차지하는 비율로 안분하여 계산한 후 이를 공제대상에서 제외하되, 이

사건 대여이자 전부를 면세공급가액으로 산정하였다.

다. 그런데 원고는 2021. 7. 26. 피고에게 이 사건 매입세액 중 위 ③항에 따라 공제

되지 아니한 부분 상당의 별지 목록 기재 각 부가가치세를 환급하여 달라는 경정청구

를 하였다. 그 주된 이유는 ‘이 사건 대여이자는 면세사업 등과 관련한 수입금액으로

볼 수 없으므로, 이 사건 매입세액 중 매출세액에서 공제되지 아니하는 부분을 계산할

때, 이 사건 대여이자를 면세공급가액으로 산정하여서는 아니 된다’는 것이다.

라. 그러나 피고는 2021. 9. 30. 원고에게 ‘이 사건 대여이자를 면세공급가액에 포함

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한 후 이 사건 매입세액 중 공제되지 아니하는 부분을 계산하는 것이 맞다’는 이유로

경정청구를 거부하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 이 사건과 관련된 법령은 별지 ‘관계 법령’ 기재와 같다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제 1내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의

취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

이 사건 자금지원 용역의 공급은 부가가치세가 과세되지 아니하는 영역, 즉 비과세

사업에 해당한다. 그리고 이 사건 대여이자는 이 사건 자금지원 용역의 공급과 관련되어

있기는 하지만, 그 전부가 위 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 없고 그 대가 부분이 특

정되지도 않는다. 그런데도 피고는 이 사건 대여이자가 이 사건 자금지원 용역의 공급가

액에 전부 포함된다는 취지에서 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사건 처분은 위법하여

취소되어야 한다.1)

나. 관계 규정의 내용

부가가치세법(2018. 12. 31. 법률 제16101호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제39

조 제1항 제7호는 면세사업 등(같은 법 제29조 제8항에 따르면, 면세사업 및 부가가치

세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 말한다. 이하 같다)과 관련

된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있다. 그리고 같은 법 제

40조는 사업자가 과세사업과 면세사업 등을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업 등

에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따르되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세

1) 원고는 제2회 변론기일에서 주식인수자문수수료와 관련된 주장은 철회하였다.

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액, 즉 공통매입세액은 총 공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정

하는 기준(이하 ‘공통매입세액 안분기준’이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는

바에 따라 안분하여 계산한다고 규정하고 있다.

그 위임에 따른 부가가치세법 시행령 제81조 제1항은 법 제40조에 따라 과세사업

과 면세사업 등을 겸영하여 공통매입세액이 있는 경우에는 기획재정부령으로 정하는

일정한 경우를 제외하고 ‘공통매입세액 × 면세공급가액 / 총 공급가액’의 계산식에 따

라 안분하여 계산하되, 다만 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총 공급가

액에 대한 면세공급가액(면세사업 등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업 등과

관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조

금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신

고를 할 때에 정산한다고 규정하고 있다. 한편, 부가가치세법 시행령 제81조 제4항 본

문은 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업 등의 공급가액이 없거

나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 총

매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업 등에 관련된 매입가액의 비율(제1

호), 총 예정공급가액에 대한 면세사업 등에 관련된 예정공급가액의 비율(제2호), 총 예

정사용면적에 대한 면세사업 등에 관련된 예정사용면적의 비율(제3호)의 순서에 따른

다고 규정하고 있다.

다. 구체적 판단

1) 부가가치세법 제40조 및 그 시행령 제81조의 적용

대법원은 ‘원고가 2009년 제2기부터 2012년 제2기까지의 과세기간 동안 자회사

등에 이 사건 자금지원 용역을 공급한 것은 면세사업이 아니라 비과세사업에 해당한

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다’고 판단하였다(대법원 2019. 1. 17. 선고 2015두60662 판결, 이하 ‘관련 판결’이라

한다). 그 후로 원고의 지위, 사업구조나 이 사건 자금지원 용역 및 그와 관련하여 받

은 이 사건 대여이자의 형태, 성격 등이 변동되었다고 볼 만한 사정이 없으므로, 원고

가 이 사건 과세기간 동안 자회사 등에 이 사건 자금지원 용역을 공급한 것은 여전히

비과세사업에 해당한다고 봄이 타당하다.

그리고 부가가치세법 제39조 제1항 제7호는 비과세사업이 포함된 면세사업 등

과 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않는다고 규정하고 있으므로, 원칙적으

로 이 사건 매입세액 중 이 사건 자금지원 용역의 공급과 관련된 부분은 과세사업인

브랜드사용 용역으로 인한 매출세액에서 공제할 수 없다. 그런데 이 사건 매입세액이

과세사업인 브랜드사용 용역과 면세사업 등인 이 사건 자금지원 용역 중 어디에 얼마

만큼 귀속되는 것인지를 구분할 수 없어 공통매입세액에 해당한다는 점에 관해서는 당

사자 사이에 다툼이 없으므로, 이 사건 매입세액 중 매출세액에서 공제하는 부분과 공

제하지 아니하는 부분은 부가가치세법 제40조, 그 시행령 제81조에서 정한 공통매입세

액 안분기준에 따라 계산하여야 한다.

2) 부가가치세법 시행령 제81조 제1항의 적용 가부

가) 부가가치세법 시행령 제81조 제1항은 총 공급가액에 대한 면세공급가액, 즉

면세사업 등에 대한 공급가액의 비율에 따라 안분하여 면세사업 등에 관련된 매입세액

을 계산하도록 하고 있다. 부가가치세법 제29조 제1항 제1호는 금전으로 대가를 받는

경우 그 대가를 공급가액으로 한다고 정하고 있으므로, 면세사업 등에 대한 공급가액

이 무엇인지를 정할 때에도 해당 용역의 공급과 상대방으로부터 받은 금전 사이에 대

가관계가 있는지를 따져보아야 한다. 그런데 대법원은 관련 판결에서 ‘이 사건 대여이

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자 산정의 근거가 된 원고의 지침에는 조달금리, 조달부대비용, 대손충당금 적립비율,

업무원가만을 더한 금액을 대출이자율로 정하고 있고, 거기에 별다른 수수료 명목의

금전이 포함되어 있지 않다는 사실관계에 비추어, 이 사건 대여이자는 그 전부가 이

사건 자금지원 용역의 공급에 대한 대가로는 볼 수 없다’고 판단하였다. 이 사건에서도

여전히 이 사건 대여이자 중 이 사건 자금지원 용역의 공급에 대한 대가라고 인정할

수 있는 부분이 특정되지 않으므로, 결국 면세사업 등의 공급가액을 확정할 수 있을

때 적용할 수 있는 부가가치세법 시행령 제81조 제1항은 이 사건 매입세액 중 공제되

지 아니하는 부분을 계산할 때에는 적용될 수 없다.

나) 이에 대하여 피고는 ‘이 사건 대여이자는 이 사건 자금지원 용역의 공급과

관련하여 받았으나 부가가치세법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금

과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액으로서 부가가치세법 시행령 제81조 제1

항 단서 괄호 부분(이하 ’이 사건 괄호부분‘이라 한다)에 따라 면세공급가액에 포함된

다’고 주장한다.

살피건대, 보조금은 일반적으로 국가 외의 자가 수행하는 사무 또는 사업에 대

하여 국가 등이 이를 조성하거나 재정상의 원조를 하기 위하여 교부하는 보조금, 부담

금, 그 밖에 상당한 반대급부를 받지 아니하고 교부하는 급부금 등이라고 정의할 수

있다(보조금 관리에 관한 법률 제2조 제1호 참조). 그리고 부가가치세법 제29조 제5항

제4호가 ‘재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금

을 공급가액에 포함하지 아니한다’고 규정한 것은 위와 같은 보조금이 원칙적으로 특

정 용역의 공급과 대가관계에 있지 않기 때문이라고 볼 수 있다.

그런데 이 사건 괄호부분은 위와 같은 국고보조금, 공공보조금도 면세공급가액

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에 포함시키고 있으므로, 위 괄호부분은 부가가치세법에서 정한 ‘공급가액’의 개념을

예외적으로 확대하는 의미를 가진다. 한편, 부가가치세법 제40조의 취지는 공통매입세

액 중 공제되는 부분과 공제되지 아니하는 부분을 가려낼 때 원칙은 실지귀속에 따르

되, 이를 구분할 수 없는 경우 법규명령인 부가가치세법 시행령 제81조에서 미리 열거

한 방식과 순서에 따라 합리적으로 안분한다는 것이다(대법원 2012. 11. 29. 선고 2010

두4810 판결 참조). 이처럼 부가가치세법 시행령 제81조에서 정한 공통매입세액의 안

분기준을 따르면 실질과는 달리 공통매입세액 중 더 공제되거나 덜 공제되는 부분이

불가피하게 발생하므로, 위 안분기준에 관한 문언은 보다 엄격하게 해석되어야 하고,

납세의무자나 과세관청 어느 한쪽에 유리하게 유추해석하거나 확장해석할 수는 없다.

결국 이 사건 괄호부분은 법문 그대로 부가가치세법 제29조의 과세표준에 포함

되지 아니하는 국고보조금, 공공보조금 및 이와 지급주체, 목적, 성격 등이 유사한 금

액만을 면세공급가액에 포함시키는 규정으로 보아야 한다. 이와 달리, 피고 주장대로

단순히 면세사업 등과 관련성만을 가진다거나 그에 대한 대가관계가 특정되지 아니하

는 돈이 모두 위 규정에 의해 면세공급가액에 포함된다고 볼 수는 없다.

3) 소결론

부가가치세법 시행령 제81조 제1항에 따라 공급가액 비율에 의한 공통매입세액

안분기준을 적용할 수 없는 경우에는 부가가치세법 시행령 제81조 제4항에 따라 매입

가액비율, 예정공급가액비율, 예정사용면적비율의 순서대로 안분계산을 하여야 한다(위

2010두4810 판결 참조). 한편, 과세처분 취소소송에서 처분의 적법 여부는 정당 세액

의 초과 여부에 따라 판단하고, 당사자는 사실심 변론 종결까지 객관적인 과세표준과

세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있으나, 이러한 자료에 의해서도 적법하

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게 부과할 정당한 세액을 산출할 수 없는 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없

고(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 등 참조), 이러한 법리는 특별한 사정이

없는 한 거부처분 취소소송에서도 마찬가지로 적용된다.

앞서 본 것처럼, 이 사건 매입세액에 대해서는 면세공급가액을 확정할 수 없어

부가가치세법 시행령 제81조 제1항에서 정한 공통매입세액 안분기준이 적용될 수 없음

에도, 이 사건 처분은 위 기준을 적용하여 계산한 세액에 기초한 것이어서 위법하다.

그 밖에 제출된 자료들만으로는 부가가치세법 시행령 제81조 제4항에서 정한 공통매입

세액 안분기준을 적용하여 정당한 세액을 산출할 수 없으므로, 결국 이 사건 처분은

그 전부가 취소되어야 한다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

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별지

목 록

과세기간 경정청구 및 거부처분 비고

2018년 제1기 239,478,659원 대리납부세액 1,622,870원 포함

2018년 제2기 289,736,072원 대리납부세액 217,848원 포함

합 계 1,458,354,227원

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관계 법령

■ 부가가치세법(2018. 12. 31. 법률 제16101호로 개정되기 전의 것)

제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세)

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

11. 금융·보험 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

제29조(과세표준)

③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어

떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든

것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가. 다만, 그 대가를 외국통화나 그 밖의 외국환으로 받

은 경우에는 대통령령으로 정한 바에 따라 환산한 가액

⑤ 다음 각 호의 금액은 공급가액에 포함하지 아니한다.

1. 재화나 용역을 공급할 때 그 품질이나 수량, 인도조건 또는 공급대가의 결제방법이나 그 밖

의 공급조건에 따라 통상의 대가에서 일정액을 직접 깎아 주는 금액

2. 환입된 재화의 가액

3. 공급받는 자에게 도달하기 전에 파손되거나 훼손되거나 멸실한 재화의 가액

4. 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금

5. 공급에 대한 대가의 지급이 지체되었음을 이유로 받는 연체이자

6. 공급에 대한 대가를 약정기일 전에 받았다는 이유로 사업자가 당초의 공급가액에서 할인해

준 금액

⑧ 사업자가 과세사업과 면세사업 및 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급

하는 사업(이하 "면세사업등"이라 한다)에 공통적으로 사용된 재화를 공급하는 경우에는 대

통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

제38조(공제하는 매입세액)

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에

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대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

② 제1항제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출

세액에서 공제한다.

제39조(공제하지 아니하는 매입세액)

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과

대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

제40조(공통매입세액의 안분)

사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매

입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하

“공통매입세액”이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는

기준(이하 “공통매입세액 안분기준”이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안

분(按分)하여 계산한다.

■ 부가가치세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29535호로 개정되기 전의 것)

제40조(면세하는 금융·보험 용역의 범위)

① 법 제26조제1항제11호에 따른 금융·보험 용역은 다음 각 호의 용역, 사업 및 업무에 해당

하는 역무로 한다.

1. 「은행법」에 따른 은행업무 및 부수업무로서 다음 각 목의 용역

18. 금전대부업(어음 할인, 양도담보, 그 밖에 비슷한 방법을 통한 금전의 교부를 업으로 하는

경우를 포함한다)

제63조(과세사업과 면세사업등에 공통으로 사용된 재화의 공급가액 계산)

② 제1항에도 불구하고 제81조제4항제3호, 같은 조 제5항 또는 제82조제2호를 적용받은 재화

또는 제83조에 따라 납부세액이나 환급세액을 사용면적비율에 따라 재계산한 재화로서 과

세사업과 법 제29조제8항에 따른 면세사업등(이하 “면세사업등”이라 한다)에 공통으로 사

용되는 재화를 공급하는 경우에 과세표준에 포함되는 공급가액은 다음 계산식에 따라 계산

한다. 이 경우 휴업 등으로 인하여 직전 과세기간의 사용면적비율이 없을 때에는 그 재화

를 공급한 날에 가장 가까운 과세기간의 사용면적비율에 의하여 계산한다.

제81조(공통매입세액 안분 계산)

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① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을

구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된

매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산

식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급

가액에 대한 면세공급가액(면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관

련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및

이와 유사한 금액의 합계액을 말한다. 이하 이 조 및 제82조에서 같다)의 비율에 따라 안

분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.

④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느

한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서

에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공

할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율

■ 부가가치세법 시행규칙

제54조(공통매입세액 안분 계산)

② 영 제81조제1항 및 제2항에 따른 총공급가액은 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간의 과

세사업에 대한 공급가액과 영 제81조제1항 단서에 따른 면세공급가액의 합계액으로 한다.

■ 보조금 관리에 관한 법률

제2조(정의)

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “보조금”이란 국가 외의 자가 수행하는 사무 또는 사업에 대하여 국가(「국가재정법」 별표

2에 규정된 법률에 따라 설치된 기금을 관리ㆍ운용하는 자를 포함한다)가 이를 조성하거나

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재정상의 원조를 하기 위하여 교부하는 보조금(지방자치단체에 교부하는 것과 그 밖에 법인

ㆍ단체 또는 개인의 시설자금이나 운영자금으로 교부하는 것만 해당한다), 부담금(국제조약

에 따른 부담금은 제외한다), 그 밖에 상당한 반대급부를 받지 아니하고 교부하는 급부금으

로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.