[행정 판결문] 제주지방법원 2023구합6230 - 종합소득세부과처분취소

 

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제 주 지 방 법 원

제 1 행 정 부

판 결

사 건 2023구합6230 종합소득세부과처분취소

원 고 A

피 고 B

변 론 종 결 2024. 5. 28.

판 결 선 고 2024. 7. 9.

주 문

1. 피고가 2023. 1. 26. 원고에 대하여 한, 2017년 종합소득세 138,633,030원, 2018년

종합소득세 75,052,440원, 2019년 종합소득세 103,428,750원, 2020년 종합소득

세 47,024,640원의 각 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

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○ 원고는 1994. 5월경부터 T(이하 ‘이 사건 양돈장’이라 한다)이라는 상호로 양돈업

을 영위하고 있다.

○ 원고는 2017년부터 2020년까지의 각 귀속 종합소득세 확정신고 시 소득세법 제12

조 제2호 다항, 구 소득세법 시행령(2024. 2. 29. 대통령령 제34265호로 개정되기 전의

것, 이하 같다) 제9조 제1항 제1호 별표1(이하 ‘소득세법령’이라 한다)에서 정한 양돈농

가 비과세 부업규모의 범위를 ‘90kg 이상의 돼지를 700마리까지 사육하는 경우’로 보고,

이 사건 농장에서 사육 중인 돼지 중 90kg 이상을 기준으로 아래 표와 같이 700마리를

초과하는 사육두수와 이에 따른 과세수입금액을 계산하여 종합소득세신고를 하였다.

○ 부산지방국세청장은 2020. 11. 10.부터 2023. 1. 2.까지 원고에 대한 개인사업자

통합조사를 실시한 결과, ‘① 2017년부터 2019년까지 원고의 배우자 D 명의 계좌로 돼

지 판매대금을 입금받는 방법으로 매출액을 누락하였고, ② 소득세법령에 따른 비과세

부업규모범위를 부당하게 적용하여 2017년부터 2020년까지 60kg 이상 90kg 미만의

비육돈 1,892마리의 사육두수를 과소신고함으로써 과세소득금액을 누락하였으며, ③

2018년 및 2019년 귀속연도에는 소득세법 제70조의2 제1항에서 정한 성실신고확인대

상사업자에 해당하였음에도 성실신고확인서를 제출하지 아니하였다.‘는 내용으로 피고

에게 원고에 대한 종합소득세 경정자료를 통보하였다.

귀속 연도 월평균
사육두수(90kg 이상)

농가부업소득
기준(700마리)
초과 사육두수

총 수입금액(원)
2017년 894 194 118,000,000
2018년 1,100 400 112,000,000
2019년 1,222 522 144,000,000
2020년 1,188 488 298,000,000

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○ 피고는 위 경정자료를 토대로 2023. 1. 26. 원고에게 2017년 귀속 종합소득세

138,633,030원, 2018년 귀속 종합소득세 75,025,440원, 2019년 귀속 종합소득세

103,428,750원, 2020년 귀속 종합소득세 47,024,640원으로 경정‧고지하였다(이하 ‘이

사건 처분’이라 한다)

○ 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2023. 2. 21. 조세심판원에 심판청구를 하였

으나 2023. 7. 20. 기각되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1 내지 6호증(가지번호 있는 것은 각

가지번호 포함), 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

가. 관계 법령

별지 기재와 같다.

나. 주요 내용

소득세법령은 성축인 돼지 700마리 이내의 사육으로 발생하는 소득을 양돈농가의 비과

세 부업소득으로 정하면서, ‘성축’을 판단하는 기준은 명시하지 않고 있다.

축산법 제22조 제1항 제4호, 같은 법 시행령 제14조 제2항 별표1(이하 ‘축산법령’이

라 한다)은 양돈업의 경우 돼지를 ① 번식에 활용되는 웅돈(수퇘지), 번식돈(어미돼지)

과 ② 고기생산을 목적으로 사육하는 비육으로 나누고, 그 중 비육은 성장단계를 다음

과 같이 구분한 후 각 단계별로 마리당 가축시설 면적을 정하고 있다.

구분 새끼돼지 육성돈 비육돈초기 후기
성장단계 20kg 미만 20kg 이상 30kg

미만
30kg 이상 60kg

미만 60kg 이상

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구 살처분 가축 등에 대한 보상금 지급요령(O 제2021-10호) 제4조 별표1(이하 ‘보상

금지급요령’이라 한다)에 의하면, 살처분 대상인 돼지의 보상금은 그 성장단계별로 유

사산 태아, 포유(4주 이내), 이유(4 내지 8주), 자돈(9 내지 10주), 육성돈(31kg 초과

60kg이하), 성돈(61kg 초과)으로 구분하여 지급된다.1)

3. 처분의 적법 여부

가. 원고와 피고의 주장 요지2)

⑴ 원고

소득세법령의 ‘성축’이란 ‘성장이 완료되고, 교배가 가능하며, 사회경제적으로 축산물로

서 판매가 가능한 성장단계에 이른 가축을 의미하고, 돼지의 경우 ’90 내지 100kg 이상의

성돈’을 의미한다. 피고는 축산법령이나 보상금지급요령을 근거로 ‘60kg 이상 90kg 미

만의 비육돈’도 성축에 포함된다고 보아 이 사건 처분을 하였다. 따라서 이 사건 처분

은 비과세요건을 합리적 이유 없이 축소해석하여 납세의무자인 원고에게 불리한 결과

를 초래한 것으로 조세법률주의 원칙에 위배된다.

⑵ 피고

소득세법령은 ‘판매두수’가 아니라 ‘사육두수’를 기준으로 비과세 범위를 정하고 있으

므로 성축의 범위를 ‘출하 가능할 정도로 자랐는지’ 여부가 아니라 ‘가축 본연의 기능

을 수행할 수 있을 정도로 자랐는지’ 여부를 기준으로 해석하여야 하므로, 최종 성장단

1) 보상금지급요령은 2023. 7. 11. 농림축산식품부고시 제2023-45호로 개정되어 ‘성돈’은 ‘비육돈’으로 표기가 변경되었다.
2) 원고는 ‘이 사건 처분은 신뢰보호의 원칙 또는 조세평등원칙에 위배된다.’는 취지로도 주장하나, 조세법률주의 위반 주장을 받

아들여 원고의 청구를 인용하는 이상 별도로 판단하지 아니한다.

○ 새끼돼지 : 초기(젖먹이 돼지), 후기(젖 뗀 돼지)
○ 육성돈 : 성장이 빠르게 일어나는 시기의 돼지(30kg 이상 60kg 미만)
○ 비육돈 : 육성돈 이후 고기생산을 목적으로 사육되는 돼지

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계의 돼지인 비육돈 중 살을 찌우기 위한 사육이 필요한 경우도 ‘성축’에 포함하여야

한다. 축산법령은 최종 성장단계의 돼지를 ‘60kg 이상의 비육돈’으로 정하고 있고, 보

상금지급요령은 성돈을 ‘61kg 초과 돼지’로 정하고 있으므로 관계 법규의 통일적 해석

을 위하여 소득세법령의 ‘성축’도 ‘60kg 이상의 비육돈’을 의미한다고 보아야 한다.

나. 판단

⑴ 법리

조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조

세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확

장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두

11372 판결). 조세 법령 자체에 그 법령에서 사용하는 용어의 정의나 포섭의 구체적인

범위가 명확히 규정되어 있지 아니한 경우, 그 용어의 해석은 해당 법령의 전반적인

체계와 취지․목적, 해당 조항의 규정 형식과 내용 및 관련 법령을 종합적으로 고려하

여 해석할 수밖에 없고(대법원 2017. 9. 21. 선고 2015두59624 판결 등 참조), 이때 관

계 법령의 체제와 문언, 개정 연혁과 취지 또한 고려하여야 한다(대법원 2017. 8. 29.

선고 2014두43301 판결 등의 취지 참조).

⑵ 법령의 해석

아래의 근거를 종합하면, 피고가 소득세법령의 ‘성축’인 돼지를 축산법령이나 보상금

지급요령의 ‘60kg 이상의 돼지’라고 보아 이 사건 처분을 한 것은 비과세요건을 합리적

이유 없이 축소해석하거나 유추해석한 것으로 위법하다.

① 소득세법령은 농어가부업소득에 대한 비과세의 범위를 정하기 위함이고, 축산법령

은 가축사육업의 허가․등록을 위한 사육시설 면적 기준을 마련하기 위함이며, 보상금

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지급요령3)은 살처분 가축 등의 보상 요건을 정하기 위함으로, 법령의 취지와 목적이

같지 않다. 소득세법령은 비과세되는 축산의 범위를 정하는 기준을 ‘가축의 수’로 정하

고 있고, 축산법령은 적정사육기준을 성장단계별 마리당 필요한 가축사육시설 ‘면적’으

로 정하고 있는바, 그 기준을 산정하는 방법도 같지 않다. 따라서 다른 취지와 목적에

서 마련된 축산법령 등의 기준을 소득세법령의 해석과 적용에 반영하는 것은 유추해

석․적용의 범위를 넘어선다.

② 농어가부업소득 비과세에 관한 근거 법령은 1976. 12. 22. 법률 제2933호로 개정

된 구 소득세법 제5조 제3호 (나)목, 1976. 12. 31. 대통령령 제8451호로 개정된 구 소

득세법 시행령 제6조의2 별표3으로, 위 근거 법령은 1977. 1. 1.부터 시행되었는데, 위

시행령 별표3은 비과세 혜택이 적용되는 농가의 부업규모를 현행 법령과 같이 ‘성축’의

사육두수를 기준으로 하였다. 한편 가축사육업의 시설기준에 관한 근거 법령은 2012. 2.

22. 법률 제11359호로 개정되고 같은 날 시행된 구 축산법 제22조, 2013. 2. 20. 대통령령

제24388호로 개정되고 2013. 2. 23.부터 시행된 구 축산법 시행령 제14조 별표1로, 위 근

거 법령은 그 이전의 축산업 등록제를 축산업 허가․등록제로 변경하며 가축사육업의 시

설기준을 마련하였다. 따라서 1977. 1. 1.부터 위 축산법 근거 법령이 개정된 2013. 2. 23.

까지 35년여 동안 농어가부업소득 비과세 범위를 판단하는 기준은 소득세법령이 정한 ‘성

축’의 해석에 따라 판단할 수밖에 없었다고 보이고, 그 기간동안 60kg 이상 90kg 이하

의 돼지를 성축으로 판단하여 과세하였다는 자료는 제출되지 않았다.

③ 원고는 ‘성축’이란 ‘성장이 완료되고, 교배가 가능하며, 사회경제적으로 축산물로서

판매가 가능한 성장단계에 이른 가축’을 의미하여, 돼지의 경우 ’90 내지 100kg 이상의

3) 보상금지급요령은 2003. 7. 29. 대통령령 제18070호로 개정된 구 가축전염병예방법 시행령 제11조 제2항에 따라 2005. 1. 15.
농림부고시 제2005-4호로 개정되어 같은 날부터 시행되었는데, 이는 행정청 내부규정에 불과하여 이 사건 처분의 근거 법령
의 해석의 근거로 삼기에 부족하다.

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돼지’가 이에 해당한다고 주장하고, 피고는 ‘최종 성장단계의 돼지인 비육돈 중 살을 찌

우기 위한 사육이 필요한 경우’도 ‘성축’에 포함되므로, ‘60kg 이상 90kg 이하의 돼지’도

성축에 해당한다고 주장한다.4) ‘60kg 이상 90kg 이하의 돼지’가 성축에 해당하는지 여부

를 판단할 근거가 부족한 상황에서 납세자인 원고에게 불리하게 소득세법령을 해석하는

것은 타당하지 않다.

④ 앞서 판단한 소득세법령과 축산법령의 취지와 목적, 연혁, 소득세법령의 비과세

규정의 해석 방법 등을 종합적으로 고려하면, 소득세법령의 비과세기준인 ‘성축’에 ‘60

대기돈g 이상 90kg 이하의 돼지’를 포함시켜 해석하려면 준용규정이나 별도의 자체 규

정을 마련해야 한다.

4, 결론

원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

재판장 판사 홍순욱

판사 강미혜

판사 이승현

4) 90kg 이상의 돼지가 소득세법령의 성축에 해당한다는 점에 대해서는 원고와 피고 사이에 별다른 다툼이 없어 보인다.

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별지
관계 법령

□ 소득세법
제12조(비과세소득) 다음 각 호의 소득에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다.
2. 사업소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득
다. 대통령령으로 정하는 농어가부업소득
제80조(결정과 경정)
① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른

과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 해당
과세기간 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른
과세표준확정신고를 한 자(제2호 및 제3호의 경우에는 제73조에 따라 과세표준확정신고를
하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세기
간의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우
③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 해당 과세기간의 과세표

준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한
다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산
할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득금액을 추계조사결정할 수 있다.

④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결
정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 그 과세표준과 세액을
다시 경정한다.

□ 구 소득세법[일부 개정 1976. 12. 22.(법률 제2933호, 시행 1977. 1. 1.)]
제5조(비과세소득)
다음 각호의 소득에 대하여는 소득세를 부과하지 아니한다.
3. (나) 대통령령이 정하는 농가부업소득

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□ 구 소득세법 시행령(2024. 2. 29. 대통령령 제34265호로 개정되기 전의 것
제9조(농어가부업소득의 범위)
① 법 제12조제2호다목에서 "대통령령으로 정하는 농어가부업소득"이란 농·어민이 부업으로

경영하는 축산·고공품(藁工品)제조·민박·음식물판매·특산물제조·전통차제조·양어 및 그 밖에
이와 유사한 활동에서 발생한 소득 중 다음 각 호의 소득을 말한다

1. 별표 1의 농가부업규모의 축산에서 발생하는 소득
2. 제1호 외의 소득으로서 소득금액의 합계액이 연 3천만원 이하인 소득

□ 구 소득세법 시행령[일부개정 1976. 12. 31.(대통령령 제8351호, 시행 1977. 1. 1.)]
제6조의2(농가부업소득의 범위)
법 제5조제3호(나)에서 "대통령령이 정하는 농가부업소득"이라 함은 농ㆍ어민이 부업으로 영위
하는 축산ㆍ양어ㆍ고공품 기타의 소득을 말한다. 다만, 부업적인 소득(별표3에 게기하는 농가
부업적인 축산에서 얻는 소득을 제외한다)의 합계금액이 연108만원을 초과하는 경우에 그 초
과하는 금액에 대하여는 예외로 한다.

[별표1]
농가부업규모 축산의 범위(제9조 제1항 제1호 관련)

가축별 규모 비고
젖 소

소
돼 지

50마리
50마리

700마리

1. 성축을 기준으로 한다. 다만, 육성우의
경우에는 2마리를 1마리로 본다.

2. 사육두수는 매월 말 현황에 의한 평균
두수로 한다.

[별표3]<신설 1976·12·31>
농가부업적인축산의범위

가 축 별 규 모 비 고
젖 소 7 마리 성축을 기준으로 한다. 다만, 육성우의 경우에는

2마리를 1마리로 본다.
소 10 마리

돼 지 50 마리
산 양 100 마리
면 양 100 마리
토 끼 1,000 마리

닭 1,000 마리
오 리 1,000 마리

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□ 축산법
제22조(축산업의 허가 등)
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 축산업을 경영하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에

따라 해당 영업장을 관할하는 시장ㆍ군수 또는 구청장에게 허가를 받아야 한다. 허가받은
사항 중 가축의 종류 등 농림축산식품부령으로 정하는 중요한 사항을 변경할 때에도 또한
같다.

4. 가축 종류 및 사육시설 면적이 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 가축사육업
□ 축산법 시행령
제14조(축산업 허가의 절차 및 기준)
① 법 제22조제1항에 따라 축산업 허가(허가받은 사항을 변경하는 허가를 포함한다. 이하 이

조에서 같다)를 받으려는 자는 농림축산식품부령으로 정하는 허가신청서에 농림축산식품부
령으로 정하는 서류를 첨부하여 특별자치시장, 특별자치도지사, 시장, 군수 또는 자치구의
구청장(이하 "시장·군수 또는 구청장"이라 한다)에게 제출(전자문서에 의한 제출을 포함한
다)하여야 한다.

② 제1항에 따라 축산업 허가를 받으려는 자가 법 제22조제2항제2호부터 제5호까지 및 제7호
에 따라 갖추어야 하는 요건은 별표 1과 같다

[별표1]
축산업의 허가 및 등록 요건

나. 단위면적당 적정사육기준
3) 돼지
가) 성장단계별 마리당 가축사육시설 면적

(단위: ㎡)
구분 웅돈

번식돈 비육
임신돈 K 종부

대기돈 후보돈 새끼돼지 육성돈 비육돈초기 후기
마리당 면적 6.0 1.4 3.9

1.4(스톨)
2.6[군사(群

飼)]
2.3(군사) 0.2 0.3 0.45 0.8

비고
1. 웅돈: 성숙한 수퇘지(교배에 활용되는 수퇘지)
2. 번식돈: 번식에 활용되는 어미돼지

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□ 구 살처분 가축 등에 대한 보상금 등 지급요령(2023. 7. 11. 농림축산식품부고시 2023-45
호로 개정되기 전의 것)

제4조(평가액의 상한선) 살처분가축 등에 대한 보상금평가액의 상한선은 별표 1과 같다.
[별표1]

보상금 평가액 상한선(제4조 관련)
1. 살처분한 가축

3. 임신돈: 임신한 돼지
4. 분만돈: 돼지를 분만하여 젖을 먹이는 중인 암퇘지
5. 종부대기돈: 임신, 분만 및 이유(離乳)를 거쳐 교배를 기다리는 암퇘지
6. 후보돈: 어미돼지로 활용하기 위한 미성숙된 암퇘지
7. 새끼돼지: 초기(젖먹이 돼지), 후기(젖뗀 돼지)
8. 육성돈: 성장이 빠르게 일어나는 시기의 돼지(30kg 이상 60kg 미만)
9. 비육돈: 육성돈 이후 고기생산을 목적으로 사육되는 돼지
10. 군사: 무리사육
다) 마리당 가축사육시설 면적 산정방법
(1) 가)와 나)의 기준 중 선택하여 적용함.
(2) 새끼돼지는 젖을 뗀 새끼돼지의 마릿수를 기준으로 함(번식돈을 함께 사육하는

새끼돼지의 마릿수는 제외한다).
(3) 성장단계는 다음 기준을 적용하여 구분함.

구분 새끼돼지 육성돈 비육돈초기 후기

성장단계 20kg
미만

20kg 이상 30kg 미
만

30kg 이상 60kg
미만

60kg
이상

돼지 유사산 태아 포유자돈가격×유사산 발생당시 임신
개월수÷3.8개월×평균이유두수

혈청검사 등으로 충격 등
으로 인한 경우에 해당

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끝.

포유(4주이내) 전문가 회의를 거쳐 농식품부에서 결정 포유, 이유, 자돈의 두수
는 4:4:2의 비율을 원
칙으로 하되, 농가가 입
증하는 경우 별도 인정이유(4-8주) 포유자돈가격+[( 자돈가격-포유가

격)÷2]
자돈(9-10주) 해당 살처분 농가의 최근 거래내역

(세금계산서 첨부) 또는 시․군이 해당
지역 또는 인접지역에서 조사한 거래
시세, 다만, 최근거래내역 또는 인접
지역 거래시세가 없는 경우에는 전문가
회의를 거쳐 농식품부에서 결정한 지육
1kg의 가격 배수를 적용

육성돈(31kg초과～60kg이하)․
성돈(61kg초과)

자돈가격(30㎏기준)+(당해체중-30
㎏)× [110㎏당 비육돈 농가수취가격
-자돈가격(30kg기준)]/80

* 110kg 비육돈 농가수
취가격 : 농협중앙회에
서 발표하는 축산물 가
격동향 중 탕박돈 평균
가격기준(농가 수취가
격)

구제역 발생으로 살처분하거나
돼지열병 예방접종 금지지역
에서 돼지열병 발생으로 살처분
하는 모돈

-후보돈 외부구입시 : [종부전 후보
돈 평가액(후보돈 구입비＋모돈 선
발을 위한 후보돈 추가 손실비＋후보
돈 구입 시부터 종부전까지 사육비)
- 평균 감가상각비]

-후보돈 자체생산시 : [종부전 후보
돈 평가액(육성 후보돈 시가＋모돈 선
발을 위한 후보돈 추가 손실비＋후보돈
선정 시부터 종부전까지 사육비) -
평균 감가상각비]

․임신태아 가격 : 자돈 생산비×평균
이유두수×평균 임신기간율(50%)

가격산정 기준 및 방법은
비고 4.에 의함

돼지오제스키병 항체양성 모돈․
웅돈

250,000원
구제역 발생으로 살처분하거나
돼지열병 예방접종 금지지역
에서 돼지열병 발생으로 살처분
하는 종돈

(사)한국종축개량협회 또는 (사)대한
양돈협회에서 제시한 금액 또는 당해
종돈 구입시 거래한 영수증 등에 기재된
가격

한국종축개량협회에 등록된
종돈 또는 한국종축개량
협회가 종돈으로 인정
한 것

인공수정 센터(AI) 종모돈(♂) 후보종모돈 구입비+종모돈 선발을 위한
추가 손실비+후보돈 구입 시부터 정액
채취 전 사육비-감가상각비+정액 잔
존 가치