[행정 판결문] 서울행정법원 2022구합82042 - 법인세부과처분취소

 

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서 울 행 정 법 원

제 8 부

판 결

사 건 2022구합82042 법인세부과처분취소

원 고 A

피 고 역삼세무서장

변 론 종 결 2024. 5. 21.

판 결 선 고 2024. 6. 11.

주 문

1. 원고의 주위적 청구를 기각한다.

2. 피고가 2020. 9. 8. 원고에 대하여 한 2014 사업연도 결손금을 4,105,126,737원 감

액한 처분 중 3,651,971,000원 부분을 취소한다.

3. 소송비용 중 60%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

1. 주위적 청구취지

피고가 2020. 9. 8. 원고에 대하여 한 2016 사업연도 법인세 139,865,440원의 부과처

분, 2017 사업연도 법인세 141,888,990원의 부과처분 중 65,128,380원을 초과하는 부

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분, 2018 사업연도 법인세 113,356,460원의 부과처분 중 33,629,270원을 초과하는 부

분, 2019 사업연도 법인세 37,399,360원의 부과처분을 각 취소한다.

2. 예비적 청구취지

주문 제2항과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 상호저축은행법상의 상호저축은행으로 예금자보호법 제30조에 따라 예금

보험공사에 예금보험료를 납부하고 예금보험의 적용을 받는 부보금융회사이다.

나. 원고는 예금자보호법 제30조 제1항, 같은 법 시행령 제16조 제1항 본문에 따라

각 사업연도 결산일에 당해 사업연도 예금등의 연평균잔액을 기준으로 산정한 예금보

험료(= 연평균잔액의 0.40%)를 회계상 미지급비용으로 계상하고, 법인세법상 이를 해

당 사업연도의 손금으로 보아 법인세를 신고‧납부해왔다.

다. 예금자보호법 시행령 제16조의2가 2009. 6. 9. 대통령령 제21532호로 신설되면서

2014년 이후 최초로 납부의무가 발생하는 보험료분부터는 표준보험료율을 기준으로

100분의 10의 범위에서 예금보험위원회가 정하는 보험료율(이하 ‘차등보험료율’이라 한

다)을 적용하여 예금보험료를 납부하는 차등보험료 제도가 도입되었다.

라. 원고는 차등보험료 제도의 도입 이후에도 이전과 동일하게 예금보험료 납부의무

가 매 사업연도 종료시점에 성립한다고 보아 해당 사업연도 결산일에 그 사업연도 예

금등의 연평균잔액에 0.40%를 곱하여 산정한 예금보험료를 회계상 미지급비용으로 계

상하고 해당 사업연도의 손금으로 산입하여 법인세를 신고‧납부하였다.

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마. 서울지방국세청장은 2020. 5. 20.부터 2020. 7. 27.까지 원고에 대한 법인세제 통

합세무조사를 실시한 후 피고에게 2014년 이후 예금보험료의 손금 귀속시기는 원고가

손금으로 산입한 사업연도가 아니라 그 다음 사업연도, 즉 ‘원고가 차등보험료율을 통

보받은 날이 속하는 사업연도’라는 내용의 세무조사결과를 통지하였다. 이에 피고는 위

조사결과에 따라 2020. 9. 8. 원고에게 다음과 같이 법인세(가산세 포함)를 각 경정‧고

지하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

바. 원고는 2021. 6. 16. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 원고의 청

구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 주위적 청구에 관한 판단

가. 원고의 주장

예금자보호법에 따라 해당 사업연도의 결산일이 되면 보험료지급채무가 확정적으

로 성립하고, 해당 사업연도에 대한 보험용역(=예금보험료의 반대급부)이 모두 완료되

며, 표준보험료 0.40%와 차등보험료율이 법령에 명시적으로 규정되어 있기 때문에 납

세자가 자의적인 손익 왜곡 없이 채무금액을 합리적으로 측정 가능하다. 따라서 예금

보험료 채무는 법인세법 제40조의 권리의무확정주의에 따라 예금보험료 산출기준이 되

는 사업연도의 말에 확정되므로, 해당 사업연도의 손금으로 산입하여야 한다.

나. 관계 법령

사업연도 2016 2017 2018 2019

고지세액(원) 139,865,440 141,888,990 113,356,460 37,399,360

예금보험료
관련 세액(원)

139,865,440 76,760,610 79,727,180 37,399,360

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별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 관련 법리 및 규정

가) 예금자보호법 제30조 제1항은 ‘각 부보금융회사는 매년 예금등의 잔액에 1

천분의 5를 초과하지 아니하는 범위에서 대통령령으로 정하는 비율을 곱한 금액을 연

간 보험료로 예금보험공사에 내야 한다. 이 경우 부보금융회사별로 경영상황 및 재무

상황, 제24조의3 제2항에 따른 각 계정별 적립금액 등을 고려하여 대통령령으로 정하

는 바에 따라 그 비율을 다르게 한다’고 규정하고 있고, 위 위임에 따른 예금자보호법

시행령 제16조 제1항은 ‘부보금융회사는 법 제30조 제1항에 따라 매 사업연도 종료 후

3개월 이내에 별표 1의 산식에 따른 보험료를 예금보험공사에 납부하여야 한다’고, 제

16조의2 제1항은 ‘법 제30조 제1항 후단에 따라 예금보험공사는 별표 1의 산식에 따른

보험료율을 기준으로 100분의 10의 범위에서 부보금융회사별로 위원회가 정하는 보험

료율(이하 "차등보험료율"이라 한다)을 적용한다’고, 같은 조 제2항1)은 ‘차등보험료율

을 적용받는 부보금융회사는 제16조 제1항에도 불구하고 매 사업연도 종료 후 6개월

이내에 차등보험료율에 따른 보험료를 예금보험공사에 납부하여야 한다’고 각 규정하

고 있다.

나) 법인세법 제40조 제1항은 ‘내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사

업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다’고 정하고 있다. 이처

럼 법인세법은 손익이 권리의무의 확정 시에 실현되는 것으로 보는 권리의무확정주의

를 채택하여 손익의 귀속시기를 명확하게 규정하고 있다. 이는 납세자의 과세소득을

1) 예금자보호법 시행령 제16조, 제16조의2는 이 사건 각 처분의 과세연도 중인 2016. 3. 11. 한 차례 개정된 바
있으나, 용어만이 일부 변경되었을 뿐 조문의 내용은 동일하므로 편의상 현행법을 기준으로 살펴본다.

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획일적으로 파악하여 법적 안정성을 도모하고 과세의 공평을 기함과 동시에 납세자의

자의를 배제하기 위한 것이다(대법원 2004. 2. 13. 선고 2003두10329 판결, 대법원

2017. 3. 22. 선고 2016두51511 판결 등 참조). 이처럼 법인세법 제40조 제1항은 권리

의무확정주의를 선언하면서 같은 조 제2항은 ‘제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연

도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다’고 규정함으로써 거래유형

등에 따라 익금과 손금의 구체적인 귀속시기를 법인세법 시행령에 위임하고 있다. 위

위임에 따른 법인세법 시행령 제68조 내지 제71조는 거래유형에 따른 익금과 손금의

구체적인 귀속시기 등을 규정하고 있고, 법인세법 시행령 제71조 제7항, 법인세법 시

행규칙 제36조는 ‘별도로 규정한 것외의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손

금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다’고 규정하고 있다.

다) 권리확정주의란 소득 원인이 되는 권리 확정시기와 소득 실현시기 사이에

시간적 간격이 있는 경우 과세상 소득이 실현된 때가 아닌 권리가 발생한 때를 기준으

로 하여 그때 소득이 있는 것으로 보고 당해 사업연도 소득을 산정하는 방식이다. 이

와 같은 과세대상 소득이 발생하였다고 하기 위해서는, 즉 익금이 확정되었다고 하기

위해서는 소득이 현실적으로 실현되었을 것까지는 필요 없다고 하더라도 소득이 발생

할 권리가 그 실현 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙․확정되어야 한다. 따라서

그 권리가 이런 정도에 이르지 아니하고 단지 성립한 것에 불과한 단계에서는 소득이

발생하거나 익금이 확정되었다고 할 수 없다. 여기서 소득이 발생할 권리가 성숙․확

정되었는지 여부는 일률적으로 말할 수 없고 개개의 구체적인 권리의 성질과 내용 및

법률상․사실상 여러 사항을 종합적으로 고려하여 결정하여야 한다(대법원 2003. 12.

26. 선고 2001두7176 판결, 대법원 2011. 9. 29. 선고 2009두11157 판결 등 참조).

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라) 수익비용대응 원칙은 기간손익을 정확하게 파악하기 위해 수익과 그 수익

발생에 들어간 비용을 동일한 회계연도에 인식하여야 한다는 원칙인데, 이는 법인세법

상 손금 귀속시기에 관해서도 적용될 수 있다. 이러한 수익비용대응 원칙으로 인하여

권리확정주의와 달리 채무확정주의의 경우 손금의 귀속시기를 결정할 때 제한적인 의

미만을 가지게 된다. 수익비용대응 원칙에 따르면, 익금에 직접 대응하는 손금은 그 자

체가 성숙․확정된 때가 아니라, 그에 대응하는 익금이 확정된 사업연도에 귀속되어야

하기 때문이다. 반면 간접 대응(또는 기간 대응)하는 손금의 경우 직접 대응하는 수익

이 없기 때문에 채무확정주의에 따라 그 채무가 확정된 때에 손금으로 산입된다.

2) 구체적 판단

가) 법인세법 시행령에 예금보험료 채무의 구체적인 귀속시기에 관한 규정은 존

재하지 않는다. 또한 예금보험료 채무는 익금에 직접 대응하는 손금에 해당하지 않는

것으로 보인다. 따라서 예금보험료 채무는 채무확정주의에 따라 그 채무가 확정된 때

에 손금으로 산입되어야 한다.

나) 앞서 살펴본 관련 법리를 토대로 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의

하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 예금보험료 채무가 예금보험료 산

출기준이 되는 사업연도의 말에 확정된다고 볼 수 없고, 차등보험료율을 통보받은 날

이 속하는 사업연도(그 다음 사업연도)에 확정되어 손금으로 산입된다고 봄이 타당하

다. 따라서 원고의 주위적 청구는 이유 있다.

① 어떠한 채무가 확정되었다고 하려면, 민사법상 채무성립의 요건을 갖추고, 급부를

하여야 할 원인이 되는 사실이 실제로 존재하며, 이를 금액으로 평가할 수 있는 상태

가 되어야 한다.

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② 차등보험료 제도의 도입 이후부터는 부보금융기관이 사업연도 종료 후 보험료 산

정에 관한 자료(보험료 산정표, 연평균 재무상태표 및 기타 산정내용을 확인할 수 있는

자료)를 제출하고, 예금보험위원회는 이를 토대로 다음과 같은 평가항목 및 평가지표에

따라 점수를 매겨 부보금융회사들의 등급을 1, 2, 3등급으로 나누어 결정한다. 이렇게

산출된 등급에 따라 등급별 보험료율이 차등적으로 반영(±10% 범위)되고, 이를 부보금

융회사들에게 통보한다.

③ 위와 같이 세부 평가항목 및 평가지표 등이 정해져 있기는 하나, 구체적인 점수

산정방식이 공개되어 있지 않고 평가항목에 정성적인 항목들도 포함되어 있기 때문에

원고를 비롯한 부보금융회사가 각자의 등급을 정확히 예측할 수는 없다.

④ 이 사건 각 처분의 과세연도 기간 동안 원고의 등급은 다음과 같이 변동하였다.
2013 2014 2015 2016 2017 2018 2019

원고
2등급
(0.40)

2등급
(0.40)

2등급
(0.40)

1등급
(0.38)

3등급
(0.42)

2등급
(0.40)

2등급
(0.40)

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⑤ 그럼에도 원고는 사업연도말 예금 등 잔액에 자신들이 추정한 보험료율을 곱한

예금보험료를 그 사업연도의 손금으로 계상하고, 실제로 통보받은 차등보험료율이 다

를 경우 미리 계상한 예금보험료와 실제 예금보험료 간의 차액을 다음 사업연도(차등

보험료율을 통보받은 날이 속하는 사업연도)의 손익으로 회계처리하였다. 그러나 앞서

살펴본 바와 같이 원고는 각자의 등급을 정확히 예측할 수 없는 상태에서 단지 등급을

추정하는 것에 불과한 점, 원고의 사업연도말 예금 등 잔액에 차등보험료율을 곱하여

예금보험료가 정해지기 때문에 예금 등 잔액의 변화와 위 보험료율의 변화가 겹쳐지

면, 미리 계상한 예금보험료와 실제 예금보험료 간의 차액이 상당히 커질 수 있는 점

등을 고려하면, 이는 납세자의 과세소득을 획일적으로 파악하여 법적 안정성을 도모하

고 과세의 공평을 기함과 동시에 납세자의 자의를 배제하기 위한 것이라는 권리의무확

정주의의 취지에 부합한다고 볼 수 없다.

⑥ 원고는 채무 확정의 요건 중 채무액과 관련하여 대법원 2017두68585 판결, 대법

원 2003두10831 판결과 미국, 일본의 사례 등을 근거로 들면서 그 채무의 금액을 납세

의무자의 의도적인 손익 왜곡이 불가능하게 합리적으로 측정할 수 있으면 채무를 확정

할 수 있다는 취지로 주장한다. 그러나 대법원 2017두68585 판결의 경우 법인세법 시

행령 제70조 제1항 제2호 단서에 따른 지급이자의 귀속시기가 문제되었던 사건으로

이자액도 정확하게 계산할 수 있었던 사안이었고, 대법원 2003두10831 판결의 경우 수

익비용대응 원칙이 적용되는 사안이었는바 채무확정주의에 따른 손금의 귀속시기가 문

제된 이 사건에 원용하기 적절하지 않은 점, 원고가 들고 있는 미국과 일본의 사례가

해당 국가에서 확립된 법리에 해당한다고 단언하기 어렵고, 설령 그렇다고 하더라도

이는 하나의 참고자료에 불과한 점 등에 비추어 보면 원고의 이 부분 주장을 받아들이

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기 어렵다.

3. 예비적 청구에 관한 판단

가. 원고의 주장

피고의 주장과 같이 예금보험료 채무가 차등보험료율을 통보받은 날이 속하는 사

업연도의 손금으로 산입된다면, 차등보험료율을 통보받은 날이 속하는 사업연도에 납

부한 예금보험료의 경우 해당 사업연도의 손금에 산입되어야 한다. 이에 따라 피고가

원고에 대하여 한 2014 사업연도 결손금을 4,105,126,737원만큼 감액한 처분 중

3,651,971,000원 부분은 취소되어야 한다.

나. 판단

1) 손금 산입 여부

가) 앞서 살펴본 바와 같이 예금보험료 채무는 차등보험료율을 통보받은 날이

속하는 사업연도에 확정되어 손금으로 산입되어야 한다. 따라서 차등보험료율을 통보

받은 날이 속하는 사업연도에 납부한 예금보험료는 해당 사업연도의 손금으로 산입되

어야 한다.

나) 피고는 예금보험료 채무가 차등보험료율을 통보받은 날이 속하는 사업연도

에 확정되어 손금으로 산입되어야 한다고 보아 원고가 2014 사업연도 말에 손금으로

미리 계상한 예금보험료(원고가 2014 사업연도에 보유한 예금의 연평균잔액에 대한 예

금보험료) 4,105,126,737원을 손금불산입하였음에도 원고가 2014 사업연도 중 통보받

은 보험료율에 따라 납부한 예금보험료(원고가 2013 사업연도에 보유한 예금의 연평균

잔액에 대한 예금보험료) 3,651,971,000원을 2014 사업연도의 손금으로 산입하지 않았

는바, 이를 추가로 손금으로 산입하여야 한다. 따라서 피고가 원고에 대하여 결손 사업

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연도였던 2014 사업연도 결손금을 4,105,126,737원만큼 감액한 처분 중 3,651,971,000

원 부분은 취소되어야 한다.

다) 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

2) 신의칙 위반 여부

가) 피고의 주장

원고의 예비적 청구는 원고가 이미 부과제척기간이 도과한 2013 사업연도에

미리 손금으로 산입한 예금보험료를 2014 사업연도에 이중으로 산입해달라는 것이고,

이는 원고가 부과제척기간을 악용하여 부당한 조세혜택을 입는 것이므로 시효제도의

기반이 무너지고 조세정의와 형평에 반하는 결과를 초래하므로 신의칙, 권리남용금지

원칙, 모순금지원칙 등에 반한다.

나) 관련 법리

조세법률주의에 의하여 합법성의 원칙이 강하게 작용하는 조세실체법과 관련

한 신의성실의 원칙은 합법성을 희생해서라도 구체적 신뢰를 보호할 필요성이 있다고

인정되는 경우에 한하여 비로소 적용된다고 할 것인바, 납세의무자에게 신의성실의 원

칙을 적용하기 위해서는 객관적으로 모순되는 행태가 존재하고, 그 행태가 납세의무자

의 심한 배신행위에 기인하였으며, 그에 기하여 야기된 과세관청의 신뢰가 보호받을

가치가 있는 것이어야 할 것이다(대법원 2009. 4. 23. 선고 2006두14865 판결 등 참

조). 또한 과세관청은 실지조사권을 가지고 있을 뿐만 아니라 경우에 따라서 그 실질을

조사하여 과세하여야 할 의무가 있으며, 과세처분의 적법성에 대한 증명책임도 부담하

고 있는 점 등에 비추어 보면, 납세의무자가 자산을 과대계상하거나 부채를 과소계상

하는 등의 방법으로 분식결산을 하고 이에 따라 과다하게 법인세를 신고, 납부하였다

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가 그 과다납부한 세액에 대하여 취소소송을 제기하여 다툰다는 사정만으로 신의성실

의 원칙에 위반될 정도로 심한 배신행위를 하였다고 볼 수는 없는 것이고, 과세관청이

분식결산에 따른 법인세 신고를 그대로 믿고 과세하였다고 하더라도 이를 보호받을 가

치가 있는 신뢰라고 할 수도 없다(대법원 2006. 1. 26. 선고 2005두6300 판결 등 참

조).

다) 구체적 판단

위와 같은 관련 법리를 토대로 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여

인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고가 신의성실의 원칙에 위반될 정

도로 심한 배신행위를 하였다고 보기 어렵다. 따라서 피고의 이 부분 주장은 이유 없

다.

① 차등보험료 제도의 도입 당시 예금보험료의 손금 산입시기가 변동되는지 여부와

관련한 논의들이 충분히 이루어지지 않았고, 이에 관한 과세관청의 입장도 뚜렷하지

않았던 것으로 보인다(과세관청도 2019년에 이르러서야 이에 관한 문제를 처음 인식하

였던 것으로 보인다).

② 이와 같은 상황에서 원고는 예금보험료의 손금 산입시기에 관한 자체적인 논의를

통해 차등보험료 제도의 도입 이전과 동일하게 보아 회계‧세무처리를 하기로 하였다.

원고의 입장에서 예금보험료의 손금 산입시기만이 달라질 뿐 종국적으로 부담하게 되

는 세액에서는 별다른 차이가 없었기 때문에 의도적으로 산입시기를 조정하려고 했던

것으로 보이지는 않는다.

③ 이후 이 사건 각 처분이 있었고, 예금보험료의 손금 산입시기의 변동에 따라

2013 사업연도에 손금산입한 예금보험료를 2014 사업연도에 손금산입하게 되고, 원래

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대로라면 2013 사업연도에 손금산입한 예금보험료를 재차 손금불산입해야 하는데, 부

과제척기간 도과로 인해 손금불산입을 할 수 없게 되었다. 즉, 원고가 2013 사업연도

에 손금산입한 예금보험료를 다시 한 번 손금산입하게 되는 결과가 발생한 것이다. 그

러나 이는 부과제척기간 도과라는 법적 효과로 인한 것이고, 원고가 부과제척기간을

악용하였다고 보기는 어렵다.

④ 과세관청이 위법한 처분을 하더라도 법에서 정한 기한 내에 처분의 위법성을 다

투지 아니하면 처분이 그대로 확정되어 위법한 처분에 따른 세금을 납부해야 하는 경

우와 비교할 때 이 사건에서 원고가 이익을 본다고 하더라도, 그와 같은 사정만으로

조세정의와 형평에 반하는 결과를 초래한다고 보기 어렵다.

4. 결론

그렇다면 원고의 주위적 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하고, 원고의 예비

적 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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[별지]
관계 법령

■ 예금자보호법
제30조(보험료의 납부 등)
① 각 부보금융회사는 매년 예금등의 잔액(보험회사의 경우에는 「보험업법」 제120조에 따른 책임준비금

을 고려하여 대통령령으로 정하는 금액)에 1천분의 5를 초과하지 아니하는 범위에서 대통령령으로
정하는 비율을 곱한 금액(그 금액이 10만원보다 적은 경우에는 10만원)을 연간 보험료로 공사에 내
야 한다. 이 경우 부보금융회사별로 경영상황 및 재무상황, 제24조의3제2항에 따른 각 계정별 적립
금액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 비율을 다르게 한다.

■ 예금자보호법 시행령
16조(보험료의 납부시기 등)
① 부보금융회사는 법 제30조제1항에 따라 매 사업연도 종료 후 3개월 이내에 별표 1의 산식에 따른

보험료를 공사에 납부하여야 한다. 다만, 은행의 경우에는 매 분기 종료 후 1개월 이내에 납부하여야
한다.

제16조의2(차등보험료율의 적용 등)
① 법 제30조제1항 후단에 따라 공사는 별표 1의 산식에 따른 보험료율(제16조의5제1항의 경우에는 그

감액된 보험료에 따라 산정한 보험료율을 말한다)을 기준으로 100분의 10의 범위에서 부보금융회사
별로 위원회가 정하는 보험료율(이하 "차등보험료율"이라 한다)을 적용한다.

② 차등보험료율을 적용받는 부보금융회사는 제16조제1항에도 불구하고 매 사업연도 종료 후 6개월(은
행의 경우에는 매 분기 종료 후 1개월) 이내에 차등보험료율에 따른 보험료를 공사에 납부하여야 한
다.

■ 법인세법
제14조(각 사업연도의 소득)
① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금(익금)의 총액에서 그 사업연도에 속하

는 손금(손금)의 총액을 뺀 금액으로 한다.
제40조(손익의 귀속사업연도)
① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사

업연도로 한다.
② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

- 14 -

■ 법인세법 시행령
제71조(임대료 등 기타 손익의 귀속사업연도)
⑦ 법 제40조제1항 및 제2항을 적용할 때 법(제43조를 제외한다)ㆍ「조세특례제한법」 및 이 영에서 규정

한 것외의 익금과 손금의 귀속사업연도에 관하여는 기획재정부령으로 정한다.

■ 법인세법 시행규칙
제36조(기타 손익의 귀속사업연도)
영 제71조제7항을 적용할 때 이 규칙에서 별도로 규정한 것외의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금
과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.
끝.