[행정 판결문] 수원고등법원 2025누751 - 종합소득세등부과처분취소

 

[행정] 수원고등법원 2025누751 - 종합소득세등부과처분취소.pdf

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수 원 고 등 법 원
제 2 행 정 부
판 결
사 건 2025누751 종합소득세등부과처분취소
원고, 피항소인 A
피고, 항소인 B
제 1심판결 수원지방법원 2025. 2. 5. 선고 2023구합72234 판결
변 론 종 결 2026. 3. 18.
판 결 선 고 2026. 6. 10.
주 문
1. 제1심판결 중 피고가 2022. 10. 4.1) 원고에 대하여 한 별지 1 목록 기재 종합소득
세 부과처분 중 2017년, 2019년, 2020년, 2021년 귀속 종합소득세 부과처분의 취소
를 명한 피고 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 피고에 대한 
청구를 기각한다. 
2. 소송 총비용은 원고가 부담한다. 
청구취지 및 항소취지
1. 청구취지
1) ‘2022. 10. 5.’는 오기로 보이므로 위와 같이 정정한다. 
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피고가 2022. 10. 4. 원고에 대하여 한 별지 1 목록 기재 종합소득세 부과처분(이하 
통틀어 ‘이 사건 각 종합소득세 부과처분’이라 한다) 중 2017년, 2019년, 2020년, 2021
년 귀속 종합소득세 부과처분(이하 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 취소한다[원고는 
청구취지를 위와 같이 감축(일부 취하)하였다].
2. 항소취지
주문과 같다(원고의 청구취지 감축에 따라 피고의 항소취지도 감축된 것으로 본다).
이 유
1. 이 법원의 심판범위 
원고는 제1심에서, 피고를 상대로 피고가 2022. 10. 4. 원고에 대하여 한 이 사건 각 
종합소득세 부과처분의 취소를, 제1심 공동피고 천안세무서장(이하 ‘천안세무서장’이라 
한다)을 상대로 천안세무서장이 2022. 6. 8. 원고에 대하여 한 부가가치세 부과처분(귀
속연도 : 2012년 1기, 2012년 2기, 2013년 1기, 2013년 2기, 2014년 1기, 2014년 2기, 
2015년 1기, 2016년 1기, 2016년 2기, 2017년 1기, 2017년 2기, 2018년 1기, 2018년 2
기, 2019년 1기, 2019년 2기, 2020년 1기, 2021년 1기, 2021년 2기, 이하 통틀어 ‘이 
사건 각 부가가치세 부과처분’이라 한다)의 취소를 각 구하였다. 제1심법원은 원고의 
피고 및 천안세무서장에 대한 청구를 모두 인용하는 제1심판결을 선고하였다. 
제1심판결에 대하여 피고 및 천안세무서장이 항소하였다. 천안세무서장은 이 법원의 
2026. 3. 24. 자 조정권고 결정에 따라 2026. 4. 16. 및 2026. 4. 22. 이 사건 각 부가
가치세 부과처분 중 일정 금원을 초과하는 부분을 직권취소하였고, 이에 원고는 2026. 
5. 6. 천안세무서장에 대한 소를 취하하였다. 피고는 2026. 4. 17. 이 사건 각 종합소득
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세 부과처분 중 이 사건 처분을 제외한 나머지 처분, 즉 2012년, 2013년 귀속 각 종합
소득세 부과처분을 직권취소하였고, 이에 원고는 2026. 5. 6. 피고에 대한 소 중 2012
년, 2013년 귀속 각 종합소득세 부과처분 취소 청구 부분을 취하하였다. 
따라서 이 법원의 심판범위는 원고의 피고에 대한 이 사건 각 종합소득세 부과처분 
중 이 사건 처분의 취소청구 부분에 한정된다.
2. 처분의 경위 
가. 원고는 천안시 서북구 a에서 ‘D’이라는 상호로 인력공급업(이하 ‘이 사건 사업’이
라고 한다)을 영위하는 자이다. 
나. 피고는 2022. 10. 4. 원고의 종합소득세 신고 내용 중 필요경비(주요경비)인 ‘매
입비용’과 ‘임차료’ 부분이 허위이고 ‘2019년 귀속 인건비 부분 중 일부’의 증빙서류가 
제출되지 않았다는 이유로 이를 모두 부인하여 소득세법 제80조 제3항 단서, 소득세법 
시행령 제143조 제1항 제1호 및 같은 조 제3항 제1호에서 정한 추계과세방법으로 
2017년, 2019년, 2020년, 2021년 귀속 종합소득세를 별지 1 목록 기재와 같이 경정․
고지하는 이 사건 처분을 하였다.
다. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2022. 12. 18. 이의신청을 하였으나 2023. 1. 
31. 기각결정을 받았고, 2023. 3. 14. 조세심판을 청구하였으나 조세심판원은 2023. 6. 
13. 기각결정을 하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 갑 제2호증의 1, 2, 을 제10호증의 각 
기재, 변론 전체의 취지
3. 관계 법령 
별지 2 기재와 같다.
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4. 원고의 주장 요지
가. 이 사건 처분은 원고의 과세전적부심사 청구에 대해 부당하게 심사제외결정을 
한 절차상 하자가 있어 위법하다. 
나. 원고는 필요경비인 ‘매입비용’과 ‘임차료’에 관한 증빙자료로 일반영수증, 간이영
수증 등(이하 ‘이 사건 증빙자료’라 한다)을 제출하였다. 필요경비 금액에 대한 입증책
임은 원칙적으로 과세관청에게 있으므로, 이 사건 증빙자료에 따른 필요경비를 전액 
부인하기 위해서는 피고가 위 필요경비 전액이 이 사건 사업과 무관하게 지출되었다는 
점을 입증해야 한다. 그럼에도 불구하고 이를 입증하지 않고 필요경비를 일괄 부인하
였으므로 이 사건 처분은 위법하다. 
5. 판단
가. 과세전적부심사 배제 주장에 대한 판단
원고는 이 사건 각 부가가치세 부과처분과 관련하여 과세전적부심사를 청구하였을 
뿐 이 사건 처분과 관련하여서는 과세전적부심사를 청구하였음을 인정할 증거가 없다. 
따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 
없다.
나. 필요경비 공제 주장에 대한 판단
1) 관련 규정 및 법리 
소득세법 제80조 제3항에 따르면, 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 
같은 조 제1항과 제2항에 따라 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하
는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 하는데, 다만 대통령령으로 정
하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 
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대통령령으로 정하는 바에 따라 소득금액을 추계조사결정할 수 있다. 소득세법 시행령 
제143조 제1항은 소득세법 제80조 제3항 단서에 따라 소득금액의 추계결정 또는 경정
을 할 수 있는 사유로 “과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 
중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우” 등을 규정하고 있고, 같은 조 제3항 제1호는 
추계결정 또는 경정을 하는 방법으로, 수입금액에서 ‘매입비용(사업용 유형자산 및 무
형자산의 매입비용을 제외한다)과 사업용 유형자산 및 무형자산에 대한 임차료로서 증
빙서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액’(가목), ‘종업원의 급여와 임금 및 퇴직급여
로서 증빙서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액’(나목), ‘수입금액에 기준경비율을 
곱하여 계산한 금액’(다목)을 공제하는 방법을 정하고 있다. 
나아가 소득세법 시행령 제143조 제5항은 “제3항 제1호 가목에 따른 매입비용과 
사업용 유형자산 및 무형자산에 대한 임차료의 범위, 같은 호 가목 및 나목에 따른 증
빙서류의 종류는 국세청장이 정하는 바에 따른다.”고 규정하고, 그 위임에 따라 『매입
비용․임차료의 범위와 증명서류의 종류 고시』(국세청고시 제2024-31호, 이하 ’이 사
건 고시‘라 한다)는 소득금액을 추계결정 또는 경정하는 경우에 수입금액에서 공제하는 
매입비용과 사업용 유형자산 및 무형자산에 대한 임차료의 범위를 규정하고 있다. 이
에 따르면, 매입비용은 ’재화의 매입(사업용 유형자산 및 무형자산의 매입을 제외함), 
외주가공비 및 운송업의 운반비‘로 한정되고, ’외주가공비와 운송업의 운반비 이외의 
용역을 제공받고 지출하였거나 지출할 금액‘은 매입비용에 포함하지 아니하며, 매입비
용에 포함되는 않는 용역은 예컨대, 음식료 및 숙박료, 창고료(보관료), 통신비, 보험료, 
수수료, 광고선전비(광고선전용 재화의 매입은 매입비용으로 함), 수선비(수선용ㆍ수리
용 재화의 매입은 매입비용으로 함), 사업서비스, 교육서비스, 개인서비스, 보건서비스 
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및 기타 서비스(용역)를 제공받고 지급하는 금액 등이다(이 사건 고시 제2조). 사업용 
유형자산 및 무형자산에 대한 임차료는 사업에 직접 사용하는 건축물 및 기계장치 등 
유형자산 및 무형자산을 타인에게서 임차하고 그 임차료로 지출하였거나 지출할 금액
으로 한다(이 사건 고시 제3조).
이와 같은 소득세법 시행령 제143조 제3항에서 정한 기준경비율 방법에 따른 
추계과세방법은 2000. 12. 29. 소득세법 시행령 개정(2002. 1. 1. 시행) 당시 도입된 것
이다. 이는 장부가 없는 사업소득자의 소득금액을 추계함에 있어서 종전에는 총수입금
액에 표준소득률을 곱하여 계산한 금액을 소득금액으로 하던 것을, 앞으로는 총수입금
액이 일정규모 이상인 사업자에 대하여는 재료비․인건비 등 주요경비는 지출증빙이 
있는 경우에만 비용으로 인정하여 소득금액을 계산하도록 하는 기준경비율제도를 도입
함으로써 기장 및 증빙에 의한 근거과세가 이루어질 수 있도록 하는 데에 그 취지가 
있다. 
이러한 관련 규정의 내용과 체계, 기준경비율 방법에 따른 추계과세방법의 취지 
등을 고려하면, 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 과세표준을 계산함에 있어
서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위이면, 소득금액의 
추계결정 또는 경정을 할 수 있고, 소득세법 시행령 제143조 제3항 제1호에 따라 소득
금액을 추계결정 또는 경정하는 경우 수입금액에 기준경비율을 곱하여 계산한 금액을 
수입금액에서 공제하는 한편, 필요경비는 이 사건 고시에서 정한 일부 항목에 한하여 
지출증빙이 있는 경우에만 비용으로 인정한다고 할 것이다. 즉, 매입비용은 ’재화의 매
입(사업용 유형자산 및 무형자산의 매입을 제외함)‘, ’외주가공비‘, ’운송업의 운반비‘에 
한하여 비용으로 인정하고, ’외주가공비와 운송업의 운반비 이외의 용역을 제공받고 지
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출하였거나 지출할 금액‘은 제외되며, 임차료는 ’사업에 직접 사용하는 건축물 및 기계
장치 등 유형자산 및 무형자산을 타인에게서 임차하고 그 임차료로 지출하였거나 지출
할 금액‘에 한하여 비용으로 인정한다. 
한편, 소득세 부과처분 취소소송에 있어서 과세근거로 되는 과세표준의 입증책
임은 과세관청에 있는 것이고 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 
수입 및 필요경비의 입증책임은 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에
게 유리한 것이고 그 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배
하는 영역 안에 있는 것이어서 그 입증이 손쉽다는 것을 감안해 보면 납세의무자가 그
에 관한 입증활동을 하지 않고 있는 필요경비에 대해서는 부존재의 추정을 하는 것이 
마땅하고 이와 같은 부존재의 추정을 용인하여 납세의무자에게 증명의 필요성을 인정
하는 것은 공평의 관념에도 부합된다(대법원 1988. 5. 24. 선고 86누121 판결 등 참
조).
2) 구체적 판단
위 법리에 비추어 보건대, 앞서 인정한 사실, 앞서 든 증거, 을 제4호증의 기재 
및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보
면, 피고가 원고에 대한 2017년, 2019년, 2020년, 2021년도 귀속 종합소득세와 관련하
여 원고가 위 종합소득세 신고 당시 필요경비(주요경비)인 ’매입비용‘과 ’임차료‘로 계
상한 부분을 모두 부인하여 한 이 사건 처분은 적법하다고 할 것이다. 원고의 이 부분 
주장은 이유 없다.
가) 원고는 2017년, 2019년, 2020년, 2021년 귀속 종합소득세 신고 당시 소득세
법 제160조 제3항에 따른 복식부기의무자임에도 그 신고서에 재무상태표․손익계산서 
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등을 첨부하지 아니한 채 간편장부소득금액 계산서 또는 추계소득금액 계산서를 첨부
하였고, 아래에서 보듯이 매입비용, 임차료 등 주요경비에 관하여 그 증빙서류를 제대
로 제출하지 아니하였으므로, 소득금액의 추계결정 또는 경정을 할 수 있는 ’과세표준
을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위
인 경우‘에 해당한다. 따라서 피고가 원고의 종합소득세 과세표준과 세액을 경정함에 
있어서 소득금액의 추계과세방법에 의한 것은 적법하다. 
나) 이처럼 소득금액의 추계과세방법에 의할 경우 소득세법 시행령 제143조 제3
항 제1호, 같은 조 제5항에 따라 필요경비는 이 사건 고시에서 정한 일부 항목에 한하
여 지출증빙이 있는 경우에만 비용으로 인정한다. 
원고는 2017년, 2021년 귀속 종합소득세 신고 당시 필요경비(주요경비)로 임
차료를 계상하였다. 그러나 이 사건 사업장 소재지로 신고된 곳은 ’천안시 서북구 a, 
b(E, F아파트)‘로서 특별한 사정이 없는 한 위와 같은 공동주택이 인력공급업인 이 사
건 사업에 직접 사용하기 위하여 임차한 건축물에 해당한다고 보기 어렵고, 달리 원고
가 이 사건 사업에 직접 사용하기 위하여 건축물 등을 임차하였다고 볼 만한 증거를 
찾을 수 없다. 따라서 원고가 이 사건 고시에서 정한 임차료, 즉 이 사건 사업에 직접 
사용하는 건축물을 타인에게서 임차하고 그 임차료로 지출하였거나 지출할 금액이 존
재한다고 보기 어려우므로, 원고가 계상한 위 임차료는 비용으로 인정할 수 없다. 
또한 원고는 2017년, 2019년, 2020년, 2021년 귀속 종합소득세 신고 당시 주
요경비로 매입비용을 계상하였다. 원고가 이에 부합하는 증거라고 주장하는 이 사건 
증빙자료는 일반음식점, 대형마트, 미용실, 노래방, 카페, 피부과, 의류매장, 약국, 주점, 
주유소 등에서 발급한 신용카드 영수증 등을 포함하는데, 이 사건 고시는 소득금액을 
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추계과세하는 경우 수입금액에서 공제하는 매입비용에 ’음식료‘와 ’외주가공비와 운송
업의 운반비 이외의 용역을 제공받고 지출하였거나 지출할 금액‘은 포함되지 않는다고 
규정하고 있는 점, 원고는 수원지방법원 안산지원 2022고단3541호로 조세범처벌법위반 
혐의로 기소되어 “2016. 1. 22.부터 2022. 2. 8.까지 이 사건 사업에 관하여 부가가치세 
확정신고를 하면서 12회에 걸쳐 공급가액 합계 2,514,332,024원 상당의 재화나 용역을 
공급받은 것처럼 허위 기재한 매입처별 세금계산서합계표를 제출하였다.”는 내용의 범
죄사실로 징역 1년, 집행유예 2년의 유죄확정판결을 받았는바, 이 사건 증빙자료가 허
위일 가능성도 배제할 수 없는 점 등을 고려하면, 제출된 증거만으로는 원고가 계상한 
위 매입비용은 이 사건 고시에서 정한 매입비용에 해당한다거나 원고가 그와 같은 비
용을 지출하였다고 보기 어려우므로, 이를 비용으로 인정할 수 없다. 
6. 결론
그렇다면 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 
한다. 제1심판결 중 피고에 대한 부분은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로, 피고
의 항소를 받아들여 제1심판결 중 피고가 원고에 대하여 한 이 사건 각 종합소득세 부
과처분 중 이 사건 처분의 취소를 명한 피고 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 
해당하는 원고의 피고에 대한 청구를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다. 
재판장 판사 이제정
판사 정희엽
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판사 배윤경
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별지 1
종합소득세 부과처분 내역
(단위: 원)
귀속연도 고지세액
2012년 16,650,080
2013년 25,163,660
2017년 66,487,300
2019년 36,990,230
2020년 15,303,120
2021년 53,664,130
합계 214,258,520
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별지 2
관 계 법 령 
■ 소득세법
제80조(결정과 경정) ③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 해
당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 
근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소
득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득금액을 추계조사결정
할 수 있다.
■ 소득세법 시행령
제143조(추계결정 및 경정) ① 법 제80조 제3항 단서에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다
음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 
1. 과세표준을 계산할 때 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 한국표준산업분류에 따른 동종업
종 사업자의 신고내용 등에 비추어 수입금액 및 주요 경비 등 중요한 부분이 미비 또는 
허위인 경우
2. 기장의 내용이 시설규모ㆍ종업원수ㆍ원자재ㆍ상품 또는 제품의 시가ㆍ각종 요금 등에 비
추어 허위임이 명백한 경우
3. 기장의 내용이 원자재사용량ㆍ전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우
③ 법 제80조 제3항 단서에 따라 소득금액의 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호
의 방법에 따른다. 다만, 제1호의2는 단순경비율 적용대상자만 적용한다. 
1. 수입금액에서 다음 각 목의 금액의 합계액(수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금
액은 제외한다)을 공제한 금액을 그 소득금액(이하 이 조에서 “기준소득금액”이라 한다)
으로 결정 또는 경정하는 방법. 다만, 기준소득금액이 제1호의2에 따른 소득금액에 재정경
제부령으로 정하는 배율을 곱하여 계산한 금액 이상인 경우 2027년 12월 31일이 속하는 
과세기간의 소득금액을 결정 또는 경정할 때까지는 그 배율을 곱하여 계산한 금액을 소득
금액으로 결정할 수 있다.
가. 매입비용(사업용 유형자산 및 무형자산의 매입비용을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)
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과 사업용 유형자산 및 무형자산에 대한 임차료로서 증빙서류에 의하여 지출하였거나 
지출할 금액
나. 종업원의 급여와 임금 및 퇴직급여로서 증빙서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액
다. 수입금액에 기준경비율을 곱하여 계산한 금액. 다만, 복식부기의무자의 경우에는 수입
금액에 기준경비율의 2분의 1을 곱하여 계산한 금액
⑤ 제3항 제1호 가목에 따른 매입비용과 사업용 유형자산 및 무형자산에 대한 임차료의 범위, 
같은 호 가목 및 나목에 따른 증빙서류의 종류는 국세청장이 정하는 바에 따른다. 
■ 매입비용·임차료의 범위와 증명서류의 종류 고시(국세청고시 제2024-31호)
제2조(매입비용의 범위) ① 매입비용은 다음 각 호의 재화의 매입(사업용 유형자산 및 무형자
산의 매입을 제외함)과 외주가공비 및 운송업의 운반비로 한다.
1. 재화의 매입은 재산적 가치가 있는 유체물(상품ㆍ제품ㆍ원료ㆍ소모품 등 유형적 물건)과 
동력ㆍ열 등 관리할 수 있는 자연력의 매입으로 한다.
2. 외주가공비는 사업자가 판매용 재화의 생산ㆍ건설ㆍ건축 또는 가공을 타인에게 위탁하거
나 하도급하고 그 대가로 지출하였거나 지출할 금액으로 한다.
3. 운송업의 운반비는 육상ㆍ해상ㆍ항공 운송업 및 운수관련 서비스업을 영위하는 사업자가 
사업과 관련하여 타인의 운송수단을 이용하고 그 대가로 지출하였거나 지출할 금액으로 
한다.
② 제1항의 외주가공비와 운송업의 운반비 이외의 용역을 제공받고 지출하였거나 지출할 금액은 
매입비용에 포함하지 아니한다. 매입비용에 포함되지 않는 용역을 예시하면 다음 각 호와 같다.
1. 음식료 및 숙박료
2. 창고료(보관료), 통신비
3. 보험료, 수수료, 광고선전비(광고선전용 재화의 매입은 매입비용으로 함)
4. 수선비(수선용ㆍ수리용 재화의 매입은 매입비용으로 함)
5. 사업서비스, 교육서비스, 개인서비스, 보건서비스 및 기타 서비스(용역)를 제공받고 지급하
는 금액 등
제3조(사업용 유형자산 및 무형자산에 대한 임차료의 범위) 사업용 유형자산 및 무형자산에 대
한 임차료는 사업에 직접 사용하는 건축물 및 기계장치 등 유형자산 및 무형자산을 타인에게
서 임차하고 그 임차료로 지출하였거나 지출할 금액으로 한다. 끝.