[행정 판결문] 서울행정법원 2025구합55836 - 종합소득세부과처분취소

 

[행정] 서울행정법원 2025구합55836 - 종합소득세부과처분취소.pdf

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서 울 행 정 법 원
제 1 0 부
판 결
사 건 2025구합55836 종합소득세부과처분취소
원 고 A
피 고 성동세무서장
변 론 종 결 2026. 3. 25.
판 결 선 고 2026. 4. 29.
주 문
1. 피고가 2024. 3. 14. 원고에 대하여 한 2018년 귀속 종합소득세 142,035,540원의 부
과처분을 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다.
청 구 취 지
주문과 같다.
이 유
1. 처분의 경위
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가. 원고는 2018. 5. 18. 주식회사 B에 서울 광진구 C 지상 **** 건물(지상 *층, 지하 
*층, 이하 ‘이 사건 건물’이라 하고, 이 사건 건물에서 ‘D’라는 상호로 영위되던 ***업 
및 *****업 사업을 ‘이 사건 **** 사업’이라 한다) 1/2 지분을 28억 원에 매도하기로 
하는 매매계약을 체결하였는데, 그 매매계약 특약사항에는 ‘본 계약과 별도로 **관련 
집기 3억 5,000만 원은 별도 계약으로 작성하며 매수인은 매도인에게 추가로 지급한
다’고 정하였다(이하 위 특약사항 상 ‘**관련 집기’의 대가로 기재된 3억 5,000만 원을 
‘이 사건 대가’라 한다).
나. 원고는 2018. 7. 18. 이 사건 건물 1/2 지분에 대하여 양도가액을 28억 원으로 하
여 양도소득세 31,700,105원을 신고·납부하였다.
다. 피고는 2021. 3. 17.부터 2021. 4. 12.까지 원고의 2018년 귀속 종합소득세에 대한 
조사를 실시하여 이 사건 대가가 사업용 유형자산을 함께 양도함으로써 발생하는 소득
인 사업소득임에도 불구하고 원고가 종합소득세 신고 당시 이를 누락하였다고 판단하
고, 2024. 3. 4. 원고에게 2018년 귀속 종합소득세 141,956,817원에 대한 과세예고통지
를 한 뒤 2024. 3. 14. 142,035,540원(가산세 포함)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처
분’이라 한다).
라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2024. 4. 26. 피고에게 이의신청을 제기하였으나 
2024. 5. 21. 이의신청이 기각되었고, 2024. 8. 16. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 
2025. 7. 21. 심판청구가 기각되었다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증(가지번호 있는 경우 각 가지번호 포함, 
이하 달리 특정하지 않는 한 같다), 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 관계 법령
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별지 기재와 같다.
3. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 원고 주장의 요지
1) 피고는 정당한 사유 없이 이 사건 처분을 해태하다가 국세부과제척기간 만료일이 
임박해서 과세예고통지를 함으로써 원고가 과세전적부심사를 받을 기회를 박탈하였는
바, 이 사건 처분은 위와 같이 원고의 과세전적부심사 기회를 박탈한 중대한 절차적 
하자가 존재하여 무효에 해당하여 취소되어야 한다.
2) 이 사건 대가에는 ** 영업권의 대가가 포함되어 있으므로 그 실질에 따라 양도소
득으로 과세되어야 함에도, 이 사건 처분은 이와 달리 이 사건 대가를 사업용 유형자
산 양도에 따른 사업소득이라고 보아 실질과세원칙에 반하는 위법이 있어 취소되어야 
한다.
나. 절차적 하자 존부에 관한 판단
1) 관련 법리
국세기본법 제81조의15 제3항 각 호는 긴급한 과세처분의 필요가 있거나 형사절차
상 과세관청이 반드시 과세처분을 할 수밖에 없는 등의 일정한 사유가 있는 경우에는 
과세전적부심사를 거치지 않아도 된다고 규정하면서, 이러한 예외사유 가운데 하나로 
‘과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 
경우’(제3호)를 들고 있다. 그러나 과세관청이 정당한 사유 없이 스스로 과세행정을 장
기간 해태하여 부과제척기간 만료일이 임박한 시점에야 뒤늦게 과세예고통지를 함으로
써 납세자로부터 과세전적부심사의 기회를 박탈하기에 이른 경우에는, 과세관청이 납
세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 할 수 있는 예외사
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유에 해당한다고 할 수 없다. 과세예고통지가 부과제척기간 만료일부터 3개월이 남지 
않은 시점에 이루어지기만 하면 아무런 제한 없이 과세전적부심사를 생략할 수 있다고 
볼 경우, 과세관청이 임의로 부과제척기간 만료일이 임박한 시점에 과세예고통지를 함
으로써 과세전적부심사를 회피할 수 있을 뿐 아니라, 과세전적부심사에 관한 납세자의 
절차적 권리가 과세관청의 선택에 의하여 좌우되는 부당한 결과를 초래하기 때문이다.
따라서 과세관청이 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호의 사유를 들어 납세자에게 
과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분으로 나아간 것이 절차상 정당
성을 갖추었다고 보기 위해서는, 과세관청의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 부과제
척기간의 만료일이 임박하게 되었고 이로 인하여 부과제척기간의 만료 전까지 과세전
적부심사를 거칠 시간적 여유가 없게 되었다는 등의 정당한 사유가 추가로 인정되어야 
하고, 이에 관하여는 과세관청이 증명하여야 한다(대법원 2025. 6. 5. 선고 2025두
33014 판결 참조).
2) 구체적 판단
가) 을 제3 내지 5호증의 각 기재에 의하면 ① 피고 재산세과에서 2021. 3. 17.부터 
2021. 4. 12.까지 원고에 대한 2018년 귀속 양도소득세 조사를 실시하여 원고가 이 사
건 대가에 대하여 신고한 사실이 없음을 확인하고 2022. 1. 11. 소득세 과세자료를 생
성하여 피고 소득세과로 위 과세자료를 통보하였으며, 같은 날 담당자가 지정된 사실, 
② 피고는 2023. 2. 21. 이 사건 건물의 공유자였던 E에게 이 사건 건물 매매 특약사
항 중 ’본 계약과 별도로 ** 관련 집기 3억 5,000만 원은 별도 계약으로 작성하며, 매수
인은 매도인에게 추가로 지급한다‘는 부분과 관련하여 거래내역 또는 신고내용, 금융거
래 내용 등 해명자료를 2023. 3. 15.까지 제출하라고 안내하면서 ’제출 기한까지 회신
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이 없거나 제출한 자료가 불충분할 때에는 과세자료의 내용대로 세금이 부과될 수 있
다‘고 안내한 사실, ③ 피고 소득세과 담당자는 2024. 2. 15. 재차 E에게 문의사항에 
대한 답변을 메일로 회신하여 달라는 취지로 문자메시지를 보낸 사실을 각 인정할 수 
있고, 이후 피고가 2024. 3. 4. 원고에게 2018년 귀속 종합소득세 141,956,817원에 대
한 과세예고통지를 한 뒤 2024. 3. 14. 이 사건 처분을 한 사실은 앞서 인정한 바와 같
다.
나) 앞서 든 증거, 위 인정사실을 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 위 법
리에 비추어 보면, 피고 제출 증거만으로 피고의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 부
과제척기간의 만료일이 임박하게 되었고 이로 인하여 부과제척기간의 만료 전까지 과
세전적부심사를 거칠 시간적 여유가 없게 되었다는 등의 정당한 사유가 증명되었다고 
보기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 이 사건 처분은 원고의 과세전적부심사 
기회를 박탈한 절차적 하자가 있어 위법하므로 취소되어야 하고, 원고의 이 부분 주장
은 이유 있다.
(1) 이 사건 대가에 대한 종합소득세 부과제척기간 만료일은 2024. 5. 31.인데[구 
국세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항 제3
호 및 제5항, 구 국세기본법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29534호로 개정되기 전의 
것) 제12조의3 제1항 제1호, 소득세법 제70조 제1항 참조], 피고는 원고에게 과세예고
통지를 한 시점(2024. 3. 4.)으로부터 불과 10일 후인 2024. 3. 14. 이 사건 처분을 함
으로써 원고에게서 과세전적부심사의 기회를 박탈하였다.
(2) 피고 재산세과에서 피고 소득세과에 이 사건 대가 관련 과세자료를 통보하여 
피고 소득세과 담당자가 지정된 시점은 2022. 1. 11.이고, 과세예고통지를 한 시점은 
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2024. 3. 4.인데, 약 2년 2개월에 가까운 기간 동안 피고가 원고에 대한 종합소득세 부
과 여부를 검토하거나 관련 사실을 조사하였다고 볼 증거가 없다. 이에 대하여 피고는 
E에게 해명자료 제출을 요구하였음에도 E이 해명자료를 제출하지 아니하였고, 최종 소
명요구일인 2024. 2. 15. 다음달인 2024. 3. 4. 원고에게 과세예고통지를 하였으므로 
피고가 장기간 과세자료를 방치하였다고 볼 수 없다는 취지로 주장하나, E이 이 사건 
건물의 공유자이자 이 사건 **사업의 공동사업자였던 점을 고려하더라도 원고가 아닌 
E에게 해명자료 제출을 요구한 것이 원고에 대한 종합소득세 부과를 위한 조사라고 
보기는 어렵다(피고가 2024. 2. 15. E에게 보낸 문자메시지에 의하더라도, 원고와 E은 
각각 별도로 이 사건 건물 각 1/2 지분에 관한 매매계약서를 작성하였고, 각 매매계약
의 특약사항에 ** 관련 집기의 대가로 3억 5,000만 원이 정하여져 있다).
(3) E에 대한 해명자료 제출 요청부터 원고에 대한 과세예고통지 및 이 사건 처분
에 이르기까지의 경과에 비추어 보더라도, 피고는 통상 납세자에게 과세자료에 대한 
해명요청을 하였으나 납세자가 불응하는 경우 피고가 그 때까지 확보한 과세자료의 내
용대로 세금을 부과한다는 것이고(피고 2026. 4. 2. 자 참고서면 2/4면), 이 사건에서도 
2023. 2. 21. E에게 해명자료 제출을 안내하면서 2023. 3. 15.까지 회신이 없거나 제출
한 자료가 불충분할 때에는 과세자료의 내용대로 세금이 부과될 수 있음을 통지하였
다. 그러나 피고는 이후 E으로부터 별다른 회신을 받지 못하였음에도 약 1년의 시간이 
흐른 2024. 3. 4.에야 원고에게 과세예고통지를 하였다.
(4) 피고의 원고에 대한 과세예고통지일인 2024. 3. 4.로부터 이 사건 대가에 대한 
종합소득세 부과제척기간 만료일인 2024. 5. 31.까지는 3개월에서 단 4일이 부족하였
을 뿐이므로, 피고는 과세전적부심사를 거치고서도 부과제척기간 내에 목적한 과세처
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분을 할 수 있었을 것으로 보인다.
다. 소결론
따라서 이 사건 처분은 절차상 하자가 있어 위법하므로, 실체적 하자에 관한 원고의 
주장에 대하여 더 나아가 살필 필요 없이 취소되어야 한다.
4. 결론
그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
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별지
관계 법령
● 국세기본법
제81조의15(과세전적부심사) 
① 세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자
에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 이 조에서 “과세예고통지”라 한다)하여야 한다. 
3. 납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우. (단서 생략)
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통
지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 
“과세전적부심사”(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청
장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 
사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.
2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지
③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다. 
3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 
기간이 3개월 이하인 경우
● 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것)
제26조의2(국세 부과의 제척기간) 
① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과
세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진
행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제25조에서 정하는 바에 따른다. 
3. 제1호·제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날
부터 5년간(역외거래의 경우 7년간)
⑤ 제1항 각 호에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다.
● 구 국세기본법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29534호로 개정되기 전의 것)
제12조의3(국세 부과 제척기간의 기산일) 
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① 법 제26조의2제5항에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호의 날로 한다.
1. 과세표준과 세액을 신고하는 국세(「종합부동산세법」 제16조제3항에 따라 신고하는 종합
부동산세는 제외한다)의 경우 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고
서 제출기한(이하 "과세표준신고기한"이라 한다)의 다음 날. 이 경우 중간예납ㆍ예정신
고기한과 수정신고기한은 과세표준신고기한에 포함되지 아니한다.
● 소득세법
제70조(종합소득과세표준 확정신고) 
① 해당 과세기간의 종합소득금액이 있는 거주자(종합소득과세표준이 없거나 결손금이 있는 거
주자를 포함한다)는 그 종합소득 과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31
일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 끝.