[행정 판결문] 서울행정법원 2024구합71077 - 부가가치세부과처분취소

 

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서 울 행 정 법 원
제 4 부
판 결
사 건 2024구합71077 부가가치세부과처분취소
원 고 주식회사 A
피 고 금천세무서장
변 론 종 결 2026. 1. 16.
판 결 선 고 2026. 3. 20.
주 문
1. 원고의 청구를 모두 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다. 
청 구 취 지
피고가 2021. 10. 1. 원고에 대하여 한, 2018년도 1기분 부가가치세 3,972,110,110원(가
산세 1,189,152,963원 포함), 2020년도 2기분 부가가치세 1,844,579,550원(가산세 
796,225,162원 포함)의 부과처분을 모두 취소한다.
이 유
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1. 처분의 경위 
가. 원고는 2018. 2. 27. B 주식회사(이하 ‘B’이라 한다)와 서울 금천구 C 외 1필지 
공장용지 30,180㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 및 위 지상 건물(이하 ‘이 사건 건물’이
라 하고, 이 사건 토지와 이 사건 건물을 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 
230,000,000,000원에 매수하기로 하는 내용의 매매계약(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한
다)을 체결하고, 2018. 3. 30. 이를 취득하였다.
나. 원고는 2018. 7.경 2018년 제1기 부가가치세 신고 시 이 사건 건물 매매에 대한 
부가가치세 2,781,600,000원(이하 ‘제1 쟁점금액’이라 한다)과 관련 수수료의 부가가치
세 1,357,153원의 합계 2,782,957,153원을 매입세액으로 납부할 세액에서 공제하여 신
고하였으며, 원고가 추진하는 D 개발사업’(이하 ‘이 사건 개발사업’이라 한다)을 위하여 
2019. 12.경 이 사건 건물을 철거하였다.
다. 한편, 원고는 이 사건 개발사업을 추진하는 과정에서 2020. 12. 10. 주식회사 E
(이하 ‘E’라 한다)로부터 분양대행수수료 명목으로 공급가액 합계 10,483,543,963원의 
세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 수취하고, 2020년 제2기 부가가치세 
신고 시 이 사건 세금계산서에 기재된 부가가치세 1,048,354,397원(이하 ‘제2 쟁점금액’
이라 한다)을 매입세액으로 납부할 세액에서 공제하였다. 
라. 피고는 제1 쟁점금액이 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 해당하여 매출세
액에서 공제할 수 있는 매입세액이 아니고, 이 사건 세금계산서는 E가 실제 분양대행 
용역 제공 없이 발급한 가공세금계산서에 해당하여 제2 쟁점금액 또한 불공제 대상에 
해당한다고 보아, 2021. 10. 1. 원고에게 2018년 제1기 부가가치세 3,972,110,110원(가
산세 포함, 이하 ‘제1 처분’이라 한다), 2020년 제2기 부가가치세 1,844,579,550원(가산
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세 포함, 이하 ‘제2 처분’이라 한다)을 각 경정·고지하였다(이하 제1 처분과 제2 처분을 
통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다).
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2 내지 4, 17호증, 을 제13, 14호증(각 가지번호 
포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지 
2. 관련 법령
별지 기재와 같다. 
3. 이 사건 처분의 위법 여부 
가. 원고의 주장 요지 
1) 원고가 이 사건 건물을 철거한 것이 당초부터 건축물을 철거하여 토지만을 이
용하려는 목적에서 토지와 그 지상 건축물을 매수하고 그 지상 건축물을 사업상 용도
로 사용하지 않고 단기간 내에 철거한 경우에 해당한다고 보기 어렵다. 따라서 제1 쟁
점금액이 토지에 관한 매입세액임을 전제로 이루어진 제1 처분은 위법하다.
2) 원고는 이 사건 개발사업을 위하여 설립된 특수목적법인으로 E로부터 분양 관
련 용역을 제공받을 필요가 있었고, E와 체결한 용역계약은 합리적인 경영상의 필요에 
따른 것으로서 가장행위에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 세금계산서를 가공
세금계산서로 보아 매입세액 공제를 부인한 제2 처분은 위법하다.
나. 제1 쟁점금액에 대한 주장에 관한 판단 
1) 부가가치세법 제39조 제1항 제7호는 ‘대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입
세액’은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있고, 부가가치세법 시행령 제80
조는 ‘법 제39조 제1항 제7호에서 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액이란 
토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나
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에 해당하는 경우를 말한다’고 규정하면서, 제2호에서 ‘건축물이 있는 토지를 취득하여 
그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건물의 취득 및 철거 비용과 
관련된 매입세액’을 규정하고 있다. 
2) 위에서 본 사실과 증거, 갑 제5, 6, 19, 20, 22호증, 을 제1 내지 3호증의 각 기
재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하여 보면, 원
고는 이 사건 건물을 철거하고 이 사건 개발사업에 따른 지식산업센터 등을 신축하기 
위하여 이 사건 매매계약을 체결하였다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 건물의 취득
에 관련된 매입세액인 제1 쟁점금액은 부가가치세법 시행령 제80조 제2호에서 정한 
매입세액 공제 제외 대상이므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없
다. 
가) 원고의 관계회사인 주식회사 F(이하 ‘F’라 한다)는 이 사건 매매계약을 체결
하기 전인 2018. 1.경 이 사건 개발사업을 추진하기 위하여 G 주식회사(이하 ‘G’이라 
한다) 등과 컨소시엄을 구성하였고, 원고는 이 사건 매매계약을 체결할 무렵인 2018. 
3. 29. G과 사업협약을 체결하였으며, 2018. 3. 30. 건설설계용역 계약을 체결하였다. 
이러한 이 사건 개발사업의 진행경과 등에 비추어 보면, 원고는 이 사건 매매계약을 
체결할 당시 이미 이 사건 건물을 철거하고 지식산업센터 등을 신축하는 이 사건 개발
사업을 추진하기로 결정한 것으로 보인다. 
나) 원고는 B이 사전에 제시한 매각조건에 따라 2018. 2. 27. B과 이 사건 부동
산에 관한 임대차계약을 체결하여 B이 2019. 1. 31.까지 이 사건 부동산을 사용할 수 
있도록 하였고, 기존 임차인들이 기존 임대차계약 종료일인 2018. 10. 31.까지 퇴거하
는 조건으로 기존 임대차계약을 승계하였다. 이에 따라 기존 임차인들은 기존 임대차
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계약 종료일 이전에 전부 퇴거하였고, 원고는 이 사건 건물을 철거하기 위하여 새로운 
임차인을 받지 않고 공실 상태를 유지하였다. 만약 원고가 이 사건 건물에서 임대업을 
계속 영위할 의사가 있었다면, 위와 같이 모든 임대차계약을 종료할 필요는 없었을 것
으로 보인다. 따라서 원고가 이 사건 부동산을 일시적으로 임대한 것은 적극적으로 임
대업을 영위하기 위한 것이라기보다는 이 사건 개발사업의 추진 과정에서 발생한 일시
적인 조치에 불과한 것으로 보인다. 
다) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제38조의2에 따르면, 이 사건 부
동산과 같은 산업시설구역 등에서 산업용지 및 공장 등의 임대사업을 하려는 자는 원
칙적으로 공장설립 등의 완료신고 또는 사업개시의 신고를 한 후에 입주계약을 체결하
여야 한다. 원고는 2018. 3.경 한국산업단지공단에 지식산업센터 설립 승인 신청을 하
면서 제출한 ‘부지매입에 따른 기존 임차 입주기업체 관리방안’에서, 기존 임대차계약
을 조건부로 승계한 것은 지식산업센터 건설부지를 조기에 확보하기 위한 것에 불과하
고, 위와 같이 임대차계약을 승계하는 등으로 얻는 수익 역시 일반적인 임대사업자가 
얻을 수 있는 수준에 현저히 미치지 못한다는 사정 등을 근거로 원고를 임대사업자로 
볼 수 없다는 취지의 의견을 밝힌 바 있다. 이와 같은 사정에 비추어 보면, 원고 역시 
이 사건 매매계약 체결 당시 이 사건 부동산에서의 임대사업이 법령상 제한됨을 인식
하고 있었다.
라) 원고는 이 사건 부동산을 취득한 이후 2018. 3. 29. 지식산업센터 설립 승인
신청을 하였고, 2019. 1. 28. 교통영향평가 심의를 거치는 등 인·허가 절차를 순차적으
로 진행하였다. 또한, B의 매각조건에 따른 임대차계약이 종료되자 2019. 5. 27. 건축
허가신청을 하고, 2019. 7. 1. 이 사건 건물의 철거신고를 마친 후 2019. 12.경 이 사건 
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건물을 철거하였다. 이와 같은 경과에 비추어 볼 때에도, 원고는 이 사건 부동산을 취
득한 이후 일관되게 이 사건 건물의 철거 및 지식산업센터의 신축을 전제로 인·허가 
절차를 진행하였다.
다. 제2 쟁점금액에 대한 주장에 관한 판단 
1) 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 
및 과세요건 사실의 존재에 대한 증명책임은 과세관청에 있으나, 납세의무자가 신고한 
특정 재화나 용역의 거래에 관한 세금계산서가 재화 등의 수수 없이 허위로 작성되었
다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 가공거래인지 여부가 다투
어지고, 납세의무자가 주장하는 특정 거래가 실제로 용역의 제공 등이 없는 가공거래
라는 사실이 상당한 정도로 증명된 경우에는 재화나 용역이 실제로 수수되었다는 점에 
관하여 장부와 증빙 등의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 
있다고 봄이 타당하다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결, 대법원 2010. 10. 
28. 선고 2010두11108 판결 등 참조).
2) 위에서 본 사실과 증거, 갑 제15, 16호증, 을 제7, 14호증의 각 기재에 변론 전
체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 세금계
산서는 실제 분양대행 용역의 제공 없이 허위로 작성되었다는 점이 상당한 정도로 증
명되었다고 보는 것이 타당하다. 그러므로 원고가 이 사건 세금계산서와 관련하여 실
제로 분양대행 용역 등이 제공되었다는 사실을 증명할 필요가 있는데, 원고가 제출한 
증거들만으로는 이를 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거도 없다. 따라서 
원고의 이 부분 주장도 이유 없다. 
가) 원고는 이 사건 개발사업 초기부터 지식산업센터 내 근린생활시설(이하 ‘이 
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사건 상업시설’이라 한다)을 개별 호실별로 일반분양하는 대신 이 사건 상업시설 전체
를 펀드에 일괄매각하기로 계획하였고, 시공사인 G도 이에 동의하였다. 이에 원고와 G
은 이 사건 상업시설에 대한 분양대행 수수료를 지출하지 않아도 되는 비용으로 보아 
사업성을 분석하였고, 이 사건 상업시설을 제외한 지식산업시설, 기숙사 등에 대하여만 
일반분양을 진행하기 위하여 분양대행사와 분양대행계약을 체결하였다. 즉, 이 사건 상
업시설에 대하여는 별도의 분양대행 용역이 필요하지 않음에도 원고와 E는 이 사건 
상업시설의 분양대행 업무를 위임하는 내용의 분양대행 용역계약을 체결하였다. 
나) 원고의 대표자인 H은 2020. 7.경 당초 계획대로 이 사건 상업시설을 펀드에 
일괄매각하기 어려워지자 H과 그의 자녀가 지분 100%를 보유하고 있는 E가 이 사건 
상업시설을 우선 일괄매수하여 분양수입을 일부 확보한 후 잔금기일 이전에 펀드에 재
매각하는 방안을 구상하여 G과 함께 추진하였다. 그런데 원고와 G은 2020. 12.경 이 
사건 상업시설 매매계약 체결 직전에 이 사건 상업시설의 일괄매수인을 E에서 H이 대
표자이자 주주로 있는 F로 변경하고, E를 이 사건 상업시설에 대한 분양대행사로 변경
하여 이 사건 상업시설 일괄매각 업무협약서를 체결하였다. 이와 같은 일괄매수인 선
정 및 업무협약서 체결 과정은 원고와 G이 주도하였고, E가 이에 관여하였다고 볼 만
한 사정은 확인되지 않는다. 
다) 이 사건 상업시설에 대한 분양대행수수료 명목으로 11,531,898,360원이 
2020. 12. 3. 이 사건 개발사업의 신탁사인 I신탁의 사업비 운영계좌에서 E의 계좌로 
송금되었고, 위 돈은 곧바로 F의 계좌로 이체되었다. 이후 F는 위 돈을 포함한 총 
13,531,898,360원을 이 사건 상업시설의 매매계약금 명목으로 I신탁의 분양수입금 관리
계좌로 송금하였다. 이러한 자금 흐름에 비추어 보면, 원고와 E와의 분양대행 용역계
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약은 실제 분양대행 용역의 제공을 전제로 한 거래라기보다는 사업비 운영계좌에 있던 
자금을 분양수입금 관리계좌로 이전하기 위한 외관을 형성하기 위하여 체결된 가장거
래가 아닌지 의심된다. 
라) 분양대행 수수료의 자금집행요청서에 첨부하기 위한 2020. 11. 30.자 분양대
행 용역계약서와 세무서에 제출하기 위하여 체결일자를 2020. 9. 11.로 소급하여 작성
한 분양대행 용역계약서가 각 존재할 뿐, E가 실제로 분양대행 용역 등을 수행하였다
고 볼 수 있는 객관적인 자료는 제출되지 않았다. 
마) E가 이 사건 상업시설의 분양대행 용역 등을 수행하기 위하여 필요한 인적·
물적 설비를 갖추었다거나 이 사건 상업시설의 분양대행 용역과 관련된 경비를 지출하
였다고 볼 만한 자료도 제출되지 않았다. 
4. 결론 
그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판
결한다.
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별지
관련 법령
▣ 부가가치세법
제39조(공제하지 아니하는 매입세액)
① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 
2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 
수입세금계산서에 제32조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 
기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 
매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금
액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외
한다.
7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 
대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액
▣ 부가가치세법 시행령
제80조(토지에 관련된 매입세액)
법 제39조제1항제7호에서 "대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액"이란 토지의 조성 등
을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말
한다.
1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액
2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건
축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액
3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액
(끝)