[행정 판결문] 서울행정법원 2025구합54530 - 취득세등부과처분취소

 

[행정] 서울행정법원 2025구합54530 - 취득세등부과처분취소.pdf

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서 울 행 정 법 원
제 8 부
판 결
사 건 2025구합54530 취득세등부과처분취소
원 고 주식회사 A
피 고 서울특별시 강서구청장
변 론 종 결 2026. 3. 18.
판 결 선 고 2026. 4. 8.
주 문
1. 피고가 2022. 9. 20. 원고에게 한 서울 강서구 B 지상 건축물 중 본점 사무실 사용 
부분(면적비율 41.17%)에 관한 취득세 387,435,970원, 지방교육세 7,621,690원의 경
정거부처분 중 취득세 63,514,100원을 초과하는 부분, 그 부속토지에 관한 취득세 
281,709,790원, 지방교육세 12,073,280원의 경정거부처분 중 취득세 6,096,290원을 
초과하는 부분을 모두 취소한다. 
2. 소송비용은 피고가 부담한다.
청 구 취 지
주문과 같다.
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이 유
1. 처분의 경위
가. 원고는 ‘C’ 명칭의 온라인 통합 보안 서비스 등 소프트웨어를 개발ㆍ제작ㆍ생산
ㆍ유통ㆍ운영ㆍ유지ㆍ관리하는 회사이다. 
나. 원고는 2018. 11. 30. 마곡산업단지 내에 위치한 서울 강서구 B 대 0,000.0㎡(이
하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 사실상 취득한 후, 이 사건 토지 전체가 구 지방세특례제
한법(2020. 1. 15. 법률 제16865호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지특법’이라 한다) 제
78조 제4항 제2호 가목, 구 지특법 시행령(2023. 3. 14. 대통령령 제33324호로 개정되
기 전의 것, 이하 같다) 제38조 본문, 제29조 제1항 제3호(이하 통틀어 ‘이 사건 감면 
규정’이라 한다)에 따른 취득세 경감 대상에 해당한다는 전제 아래, 2019. 2. 18. 취득
세, 지방교육세, 농어촌특별세(이하 통틀어 ‘취득세 등’이라 한다) 합계 205,160,370원을 
신고ㆍ납부하였다.
다. 원고는 2020. 12. 11. 이 사건 토지에 지상 8층, 지하 2층 규모의 건물(이하 ‘이 
사건 건물’이라 한다)을 신축한 후, 이 사건 건물을 본점 사무실로 사용되는 부분(면적
비율 41.17%, 이하 ‘본점 사무실용 부분’이라 한다)과 기업부설연구소로 사용되는 부분
(면적비율 58.83%, 이하 ‘연구시설용 부분’이라 한다)으로 구분하여 연구시설용 부분만
이 이 사건 감면 규정에 따른 취득세 경감 대상에 해당한다는 전제 아래, 2021. 1. 28. 
취득세 등 합계 109,835,390원을 신고ㆍ납부하였다.
또한 원고는 이 사건 토지 중 본점 사무실용 부분의 부속토지에 해당하는 부분(이하 
본점 사무실용 부분과 통틀어 ‘쟁점 부동산’이라 한다)이 이 사건 감면 규정에 따른 취
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득세 경감 대상에 해당하지 않게 되었다는 전제 아래, 2021. 1. 28. 위 부분에 관하여 
취득세 등 합계 335,329,760원을 추가로 수정신고ㆍ납부하였다.
라. 원고는 2022. 7. 22. 쟁점 부동산에 관하여도 이 사건 감면 규정을 적용하여 달
라는 취지가 포함된 경정청구를 하였으나, 피고는 2022. 9. 20. 본점 사무실용 부분은 
그 비중이 41.16%에 달하여 연구시설용 부분의 부속시설에 해당한다고 볼 수 없고, 그 
자체로 이 사건 감면 규정이 적용되는 ‘산업용 건축물’에 해당한다고 볼 수도 없다는 
이유 등으로 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 위 쟁점에 관한 부분만을 ‘이 사건 처
분’이라 한다).
원고는 이 사건 처분에 불복하여 2022. 12. 15. 이의신청을 거쳐 2023. 5. 31. 조세
심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2025. 4. 14. 원고의 심판청구를 기각하
는 결정을 하였다. 
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 10, 11호증(가지번호 있는 것은 가지번
호 포함, 이하 같다), 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 
2. 관계 법령
별지 기재와 같다. 
3. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 이 사건 감면 규정은 ‘산업용 건축물 등을 신축하기 위하여 취득하는 토지와 신
축하여 취득하는 산업용 건축물 등’을 취득세 경감 대상으로 정하면서, 산업용 건축물 
등이란 ‘산업입지 및 개발에 관한 법률(이하 ‘산업입지법’이라 한다) 제2조에 따른 공장
ㆍ지식산업ㆍ문화산업ㆍ정보통신산업ㆍ자원비축시설용 건축물과 이와 직접 관련된 교
육ㆍ연구ㆍ정보처리ㆍ유통시설용 건축물‘을 말한다고 규정하고 있다.
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산업입지법 제2조 제4호는 정보통신산업이란 정보통신산업 진흥법(이하 ’정보통신산
업법‘이라 한다) 제2조 제2호에 따른 정보통신산업을 말한다고 규정하고 있고, 정보통
신산업법 제2조 제2호 본문은 정보통신산업이란 정보통신제품을 개발ㆍ제조ㆍ생산 또
는 유통하거나 정보통신 관련 서비스를 제공하는 사업으로서 다음 각 목의 산업을 말
한다고 규정하면서 나목에서 소프트웨어 진흥법 제2조 제2호에 따른 소프트웨어산업을 
들고 있다.
구 지특법 제78조 제5항 제1호는 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때
까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따
라 감면된 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있고, 같은 법 제2조 제1항 제8호는 ’직접 
사용‘이란 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다
고 규정하고 있다.
한편 구 지특법 제46조 제1항은 ’대통령령으로 정하는 기업부설연구소에 직접 사용
하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정
한다)‘을 취득세 경감 대상으로 정하고 있다. 
나. 이러한 규정의 내용, 체계, 문언 등에 비추어 볼 때, 이 사건 감면 규정이 적용되
는 산업용 건축물에 해당하는 ’정보통신산업용 건축물‘이란 정보통신산업(정보통신제품
의 개발ㆍ제조ㆍ생산 또는 유통하거나 정보통신 관련 서비스를 제공하는 사업) 자체에 
직접 사용(사업의 목적이나 용도에 맞게 사용)되는 건축물을 의미한다고 봄이 타당하
다.
이에 대하여 피고는 정보통신산업을 영위하는 회사의 본점 사무실은 언제나 이 사건 
감면 규정이 적용되는 산업용 건축물에 해당하는 ’정보통신산업용 건축물‘에서 제외된
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다고 주장하나, 아래와 같은 사정에 비추어 볼 때, 피고의 위 주장을 받아들이기 어렵
다.
① 이 사건 감면 규정의 입법 취지는 산업단지 내에 입주하는 서비스 업종에 대하여
도 세제 지원을 확대함으로써 고용 창출을 증대시키고 제조업과 더불어 새로운 성장 
동력으로서의 서비스 산업을 발전시켜 경제 활성화를 기여하기 위한 것으로 보이는데
(행정자치부 발표 2005년 개정 지방세 해설 참조), 그렇다면 세제 지원에 있어 산업단
지 내에 본점 사무실이 입주하는 경우와 연구시설이 입주하는 경우를 달리 취급할 이
유를 찾기 어렵다.
② 피고는 이 사건 감면 규정의 적용 대상에 정보통신산업을 영위하는 회사의 본점 
사무실이 포함된다고 볼 경우 구 지특법 시행령 제29조 제1항 제3호에서 ’이와 직접 
관련된 교육ㆍ연구ㆍ정보처리ㆍ유통시설용 건축물‘이라고 병기한 것이 무의미해진다고 
주장하나, 구 지특법 시행령 제29조 제1항 제3호는 ’산업입지법 제2조에 따른 공장ㆍ
지식산업ㆍ문화산업ㆍ정보통신산업ㆍ자원비축시설용 건축물과 이와 직접 관련된 교육
ㆍ연구ㆍ정보처리ㆍ유통시설용 건축물‘이라고 규정하고 있으므로, 특히 공장과의 관계
에서 ’이와 직접 관련된 교육ㆍ연구ㆍ정보처리ㆍ유통시설용 건축물‘의 문언이 충분히 
독자적인 의미를 가질 수 있다. 오히려 피고와 같이 정보통신산업을 영위하는 회사의 
기업부설연구소만이 ’정보통신산업용 건축물‘에 해당한다고 해석할 경우 병렬적으로 규
정된 ’이와 직접 관련된 연구시설용 건축물‘의 문언이 무의미해질 뿐만 아니라 기업부
설연구소를 취득세 경감 대상으로 정한 구 지특법 제46조 제1항과의 관계에서 이 사건 
감면 규정이 가지는 독자적인 의미가 퇴색된다. 
③ 정보통신산업이란 정보통신제품의 개발ㆍ제조ㆍ생산 또는 유통하거나 정보통신 
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관련 서비스를 제공하는 산업을 말하는 것이고, 그중 소프트웨어산업이란 소프트웨어 
진흥법 제2조 제2호에 따르면 소프트웨어의 개발ㆍ제작ㆍ생산ㆍ유통ㆍ운영 및 유지ㆍ
관리 등과 그 밖에 소프트웨어와 관련된 서비스를 제공하는 산업을 말하는 것이다. 소
프트웨어산업에 있어 ’정보통신산업용 건축물‘이 구 지특법 제46조 제1항이 취득세 경
감 대상으로 정한 기업부설연구소와 같이 소프트웨어의 연구ㆍ개발을 위한 시설로 한
정된다고 볼 수는 없고, 본점 사무실로 사용되는 경우에도 소프트웨어의 개발ㆍ제작ㆍ
생산ㆍ유통 및 유지ㆍ관리 등의 목적과 용도에 맞게 사용된다면 이 사건 감면 규정이 
적용된다고 볼 것이다. 
④ 현행 과세실무(지방세특례제도과-559, 2019. 9. 10.)에서 정보통신산업용 건축물
을 비롯하여 이 사건 감면 규정이 적용되는 산업용 건축물의 범위에 본점 사무실이 포
함되지 않는다고 해석하고 있는 것으로 보이기는 하나, 이는 산업용 건축물 중 공장의 
범위에 관한 해석을 문언상 근거 없이 정보통신산업용 건축물에 그대로 적용한 것에 
불과하다. 즉, 산업입지법 제2조, 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률(이하 ’산업
집적법‘이라 한다) 제2조 제1호, 같은 법 시행령 제2조 제2항 제2호는 제조시설의 관리
ㆍ지원, 종업원의 복지후생을 위하여 해당 공장부지 안에 설치하는 ’부대시설‘이 공장
의 범위에 포함된다고 규정하고 있으므로, 본점 사무실의 경우 부대시설이 아니어서 
공장에 해당하지 않는다는 해석(지방세특례제도과–1913, 2019. 5. 17.)으로 이어질 수 
있으나, 정보통신산업법은 정보통신산업용 건축물의 범위에 관하여 아무런 규정을 두
고 있지 않으므로, ’정보통신산업용 건축물‘에 공장의 범위에 관한 위 해석을 그대로 
적용할 수 없다. 
⑤ 앞서 본 바와 같이 이 사건 감면 규정이 적용되는 산업용 건축물에 해당하는 ’정
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보통신산업용 건축물‘이란 정보통신산업 자체에 직접 사용되는 건축물을 의미한다고 
할 것인데, 정보통신산업을 주로 영위하는 회사의 본점 사무실이 정보통신산업 자체에 
’직접 사용(사업의 목적이나 용도에 맞게 사용)‘된다는 것은 피고가 제시한 대법원 
2009. 6. 11. 선고 2007두20027 판결의 법리에 비추어 보더라도 비교적 분명하다(담임
목사의 유일한 주택으로 사용되는 목사관이 교회의 목적 사업에 직접 사용된다고 판단
한 대법원 1983. 11. 22. 선고 83누456 판결 참조). 
다. 앞서 든 증거, 갑 제12호증, 을 제2호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하
여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고는 정보통신산업을 영위하는 회사로서 지
점을 두고 있지 않고 원고의 매출액 중 소프트웨어개발매출이 차지하는 비중이 약 
99.61%에 달하는 점, ② 원고는 지점을 두고 있지 않고 피고 역시 이 사건 건물 중 면
적비율 58.83%에 달하는 연구시설용 부분이 정보통신산업용 건축물에 해당한다는 점
에 관하여는 다투고 있지 않은 점, ③ 피고의 주장에 의하더라도 본점 사무실용 부분
은 이 사건 건물 중 기업부설연구소로 사용되는 부분을 제외한 나머지 부분으로 ’CEO
실, 경영지원실, 전략사업부, 글로벌사업부, 솔루션사업부, 사업지원실 등‘이라는 것이
고, 특히 영업관리팀, 기술지원팀이 소속된 전략사업부, 글로벌사업부 사무실의 경우 
소프트웨어의 유통 및 유지ㆍ관리 등의 목적과 용도에 맞게 사용되고 있음이 명칭 자
체로 분명한 점 등에 비추어 볼 때, 본점 사무실용 부분은 소프트웨어의 개발ㆍ제작ㆍ
생산ㆍ유통 및 유지ㆍ관리 등의 목적과 용도에 맞게 사용되어 이 사건 감면 규정이 적
용되는 ’정보통신산업용 건축물‘이라고 봄이 타당하다. 따라서 이와 다른 전제에서 이
루어진 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다. 
4. 결론
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그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한
다. 
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별지
관계 법령
▣ 구 지방세특례제한법(2020. 1. 15. 법률 제16865호로 개정되기 전의 것)
제2조(정의) 
① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
8. "직접 사용"이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차량
ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말
한다.
제46조(연구개발 지원을 위한 감면) 
① 대통령령으로 정하는 기업부설연구소(이하 이 조에서 "기업부설연구소"라 한다)에 직접 사
용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한
다. 이하 이 조에서 같다)에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 과세기준일 현재 기업부설연
구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 35를 각각 2019년 12월 31일
까지 경감한다. 
제78조(산업단지 등에 대한 감면) 
① 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 「산업기
술단지 지원에 관한 특례법」 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조
성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 조성공사가 시행되고 
있는 토지에 대해서는 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 
100분의 60)를 각각 2022년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해
당하는 경우에는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다. 
1. 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 
정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 
대해서는 경감된 취득세를 추징한다.
④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 
취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.
1. 대상 지역
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가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지
2. 경감 내용
가. 산업용 건축물등을 신축하기 위하여 취득하는 토지와 신축 또는 증축하여 취득하는 산업
용 건축물등에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2022년 12월 31일까지 경감한다. 이 경
우 공장용 건축물(「건축법」 제2조제1항제2호에 따른 건축물을 말한다)을 신축 또는 증축
하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함한다.
⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 
취득세 및 재산세를 추징한다. 
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하
는 경우
⑧ 제4항에 따라 취득세를 경감하는 경우 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정여건 등을 고
려하여 100분의 25(같은 항 제2호나목에 따라 취득세를 경감하는 경우에는 100분의 15)의 
범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다. 이 경우 제4조제1항 각 호 외의 부
분, 같은 조 제6항 및 제7항을 적용하지 아니한다. 
▣ 구 지방세특례제한법 시행령(2023. 3. 14. 대통령령 제33324호로 개정되기 전의 것)
제29조(산업용 건축물 등의 범위) 
① 법 제58조제3항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 건축물"이란 다음 각 호
의 어느 하나에 해당하는 건축물을 말한다. 
3. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제2조에 따른 공장ㆍ지식산업ㆍ문화산업ㆍ정보통신산업
ㆍ자원비축시설용 건축물과 이와 직접 관련된 교육ㆍ연구ㆍ정보처리ㆍ유통시설용 건축물
제38조(산업용 건축물 등의 범위) 
법 제78조제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 산업용 건축물등"이란 제29조제1
항 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물을 말한다. 다만, 제29조제1항제3호에 해당하는 공장
용 건축물은 행정안전부령으로 정하는 업종 및 면적기준 등을 갖추어야 한다.
▣ 산업입지 및 개발에 관한 법률
제2조(정의) 
이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
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1. "공장"이란 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제2조제1호에 따른 공장을 말한다.
4. “정보통신산업”이란 「정보통신산업 진흥법」 제2조제2호에 따른 정보통신산업을 말한다.
▣ 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률
제2조(정의)
이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 
1. "공장"이란 건축물 또는 공작물, 물품제조공정을 형성하는 기계ㆍ장치 등 제조시설과 그 부
대시설(이하 "제조시설등"이라 한다)을 갖추고 대통령령으로 정하는 제조업을 하기 위한 사
업장으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.
▣ 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령
제2조(공장의 범위)
② 법 제2조제1호에 따른 공장의 범위에 포함되는 것은 다음 각 호와 같다. 
1. 제조업을 하기 위하여 필요한 제조시설(물품의 가공ㆍ조립ㆍ수리시설을 포함한다. 이하 같
다) 및 시험생산시설
2. 제조업을 하는 경우 그 제조시설의 관리ㆍ지원, 종업원의 복지후생을 위하여 해당 공장부
지 안에 설치하는 부대시설로서 산업통상부령으로 정하는 것
3. 제조업을 하는 경우 관계 법령에 따라 설치가 의무화된 시설
4. 제1호부터 제3호까지의 시설이 설치된 공장부지. 다만, 건축물의 일부만 소유하거나 임차하
여 제1호부터 제3호까지의 시설을 설치하는 경우로서 법 제16조제2항에 따라 등록되는 공
장의 경우에는 그 소유 또는 임차한 부분의 바닥면적을 공장부지로 본다.
▣ 정보통신산업 진흥법
제2조(정의) 
이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 
1. “정보통신”이란 정보의 수집ㆍ가공ㆍ저장ㆍ검색ㆍ송신ㆍ수신 및 그 활용과 관련되는 기기
(器機)ㆍ기술ㆍ서비스 등 정보화를 촉진하기 위한 일련의 활동과 수단을 말한다.
2. “정보통신산업”이란 정보통신과 관련한 제품(이하 “정보통신제품”이라 한다)을 개발ㆍ제조
ㆍ생산 또는 유통하거나 이에 관련한 서비스(이하 “정보통신 관련 서비스”라 한다)를 제공
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하는 산업으로서 다음 각 목의 산업을 말한다. 다만, 「정보통신망 이용촉진 및 정보보호 
등에 관한 법률」 제2조제1항제2호에 따른 정보통신서비스를 제공하는 산업은 제외한다.
나. 「소프트웨어 진흥법」 제2조제2호에 따른 소프트웨어산업
▣ 소프트웨어 진흥법
제2조(정의)
이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "소프트웨어"란 컴퓨터, 통신, 자동화 등의 장비와 그 주변장치에 대하여 명령ㆍ제어ㆍ입력
ㆍ처리ㆍ저장ㆍ출력ㆍ상호작용이 가능하게 하는 지시ㆍ명령(음성이나 영상정보 등을 포함
한다)의 집합과 이를 작성하기 위하여 사용된 기술서(기술서)나 그 밖의 관련 자료를 말한
다.
2. "소프트웨어산업"이란 소프트웨어의 개발, 제작, 생산, 유통, 운영 및 유지ㆍ관리 등과 그 
밖에 소프트웨어와 관련된 서비스를 제공하는 산업을 말한다.
끝.