[행정 판결문] 서울행정법원 2024구합58463 - 예산운용지침 통보 처분 취소

 

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서 울 행 정 법 원
제 6 부
판 결
사 건 2024구합58463 예산운용지침 통보 처분 취소
원 고 1. A
2. B
3. C
4. D
5. E
6. F
피 고 기획재정부장관
변 론 종 결 2025. 8. 29.
판 결 선 고 2025. 11. 21.
주 문
1. 원고들의 소를 모두 각하한다.
2. 소송비용은 원고들이 부담한다.
청 구 취 지
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피고가 2023. 12. 14. 공기업ㆍ준정부기관에 대하여 한 2024년도 공기업ㆍ준정부기관 
예산운용지침 통보 처분을 취소한다.
이 유
1. 기초사실
가. 원고들은 공공기관의 운영에 관한 법률(이하 ‘공공기관운영법’이라 한다) 제4조 
내지 제6조에 따라 지정ㆍ고시된 공공기관에 종사하는 근로자들이 소속된 노동조합 내
지 그 상급단체이다.
나. 피고는 공공기관운영법 제50조 제1항 제2호에 따라 2023. 12. 14. ‘2024년도 공
기업ㆍ준정부기관 예산운용지침’(이하 ‘이 사건 지침’이라 한다)을 정하였는데, 여기에
는 ① 2024년도 총인건비 예산은 2023년도 총인건비 예산의 2.5% 이내에서 증액하여 
편성하고 예산의 범위 내에서 집행하며, ② 직무 중심 보수체계 개편 우수기관에 대하
여 인센티브를 부여하고, ③ 주택자금 등의 대출 이자율, 대출한도는 ｢공공기관의 혁신
에 관한 지침｣ 제46조 제5 내지 7항에 따라 결정한다는 내용 등이 포함되어 있으며, 
이는 그 무렵 공기업ㆍ준정부기관 및 주무기관의 장에게 통보되었다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2호증의 기재, 변론 전체의 취지
2. 관계 법령
별지 기재와 같다.
3. 이 사건 소의 적법 여부
가. 당사자들 주장의 요지
1) 원고들은, 피고가 법률에 따라 이 사건 지침을 정하고 이를 바탕으로 2024년도 
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경영평가편람을 작성하여 공공기관의 경영실적을 평가함으로써 이 사건 지침은 경영실
적평가를 받는 공공기관에 대하여 사실상 구속력을 미치게 되었고, 이로써 공공기관 
소속 근로자들의 근로조건이 일방적으로 결정되게 되었으므로, 이 사건 지침은 원고들
의 단체교섭권과 단체협약체결권 등을 침해하는 것으로서 위법하다고 주장한다. 
2) 피고는, 이 사건 지침은 피고가 공공기관을 관리ㆍ감독하기 위하여 하는 행정
기관 내부의 사무처리에 불과하므로 행정처분에 해당하지 않을 뿐만 아니라 공공기관
이 이 사건 지침에 위배되는 단체교섭을 하거나 단체협약을 체결하는 것을 직접 제한
하는 것도 아니므로 제3자인 원고들은 이를 다툴 원고적격도 없다고 주장한다.
나. 관련 법리 
항고소송의 대상인 ‘처분’이란 “행정청이 행하는 구체적 사실에 관한 법집행으로서의 
공권력의 행사 또는 그 거부와 그 밖에 이에 준하는 행정작용(행정소송법 제2조 제1항 
제1호)”을 말한다. 행정청의 행위가 항고소송의 대상이 될 수 있는지는 추상적ㆍ일반적으
로 결정할 수 없고, 구체적인 경우에 관련 법령의 내용과 취지, 그 행위의 주체ㆍ내용ㆍ
형식ㆍ절차, 그 행위와 상대방 등 이해관계인이 입는 불이익 사이의 실질적 견련성, 법치
행정의 원리와 그 행위에 관련된 행정청이나 이해관계인의 태도 등을 고려하여 개별적으
로 결정하여야 한다(대법원 2010. 11. 18. 선고 2008두167 전원합의체 판결 등 참조). 
다. 판단
1) 피고는 공기업ㆍ준정부기관의 운영에 관한 일상적 사항과 관련하여 운영위원회
의 심의ㆍ의결을 거쳐 조직 운영과 정원ㆍ인사 관리에 관한 사항, 예산과 자금 운영에 
관한 사항, 그 밖에 공기업ㆍ준정부기관의 재무건전성 확보를 위하여 필요하다고 인정하
는 사항에 관한 경영지침을 정하고, 이를 공기업ㆍ준정부기관 및 주무기관의 장에게 통
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보하여야 한다(공공기관운영법 제50조 제1항). 
이 사건 지침은 피고가 위와 같은 공공기관운영법 제50조 제1항에 따라 마련한 
경영지침이기는 하나 위와 같은 경영지침의 내용이나 취지는 기본적으로 공공기관이 
예산과 자금을 적정하고 효율적으로 운영하는 것을 도모하기 위하여 예산과 자금 운영
에 관한 일반적 기준을 제시하는 것으로 그 통보행위가 공공기관 내지 그 구성원들의 
구체적인 권리ㆍ의무나 법률상 지위에 개별적이고 직접적인 변동을 초래하는 행위에 
해당한다고 보기는 어렵다. 구체적 이유는 다음과 같다.
가) 공공기관운영법은 공공기관의 경영을 합리화하고 운영의 투명성을 제고함으
로써 공공기관의 대국민 서비스 증진에 기여함을 목적으로 하는 것으로(제1조), 피고 
또는 공공기관의 업무를 관장하는 행정기관의 장은 공기업ㆍ준정부기관의 자율적 운영
이 침해되지 아니하는 범위에서 공기업ㆍ준정부기관을 감독할 권한을 갖는다(제51조). 
한편 공공기관은 책임경영체제를 확립하기 위하여 자율적 운영권을 보장받고(공공기관
운영법 제3조), 아울러 경영효율성을 제고하고 공공서비스 품질 개선을 위하여 지속적
인 경영혁신을 추진할 의무가 있다(같은 법 제15조). 경영지침은 피고의 위와 같은 감
독권에 근거하여 공기업ㆍ준정부기관의 경영효율성 제고 및 경영혁신의무 등을 지원하
기 위해 제정되는 것으로, 그 내용도 공기업ㆍ준정부기관에 공통적으로 적용되는 일반
적인 기준으로서 조직 운영과 정원 인사 관리에 관한 사항, 예산과 자금 운영에 관한 
사항, 그 밖에 재무건전성 확보를 위하여 필요한 사항을 규정하는 것이다. 
나) 공기업ㆍ준정부기관의 기관장은 공공기관운영법 제46조의 규정에 따른 경영목
표와 제50조에 따른 경영지침에 따라 다음 회계연도의 예산안을 편성하고 다음 회계연도 
개시 전까지 그 공기업ㆍ준정부기관의 이사회에 제출하여야 하며, 이에 따라 편성․제출
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한 예산안은 이사회의 의결로 확정되고 공기업ㆍ준정부기관은 예산이 확정되거나 변경된 
경우 지체 없이 피고 등에게 그 내용을 보고하여야 한다(공공기관운영법 제40조 참조). 
이에 따라 공기업ㆍ준정부기관이 예산안을 편성하고 확정하는데 이 사건 지침과 같은 경
영지침이 하나의 기준이 되기는 하나, 한편 공공기관운영법은 예산안은 ‘(공기업ㆍ준정부
기관) 이사회의 의결’로 확정된다는 점을 명시하고 있고(같은 법 제40조 제4항) 공기업ㆍ
준정부기관이 이 사건 지침과 다른 예산안을 편성하여 확정한다고 하여 그 자체만으로 
이를 직접 제재하거나 이 사건 지침대로 예산과 자금 운영을 할 것을 강제하는 규정을 
별도로 두고 있지는 않으므로 원칙적으로 공기업ㆍ준정부기관은 이 사건 지침을 그대
로 받아들일지 여부에 관하여 자율권을 가지고 있고 소속 근로자들이나 근로자단체와
의 협의 등을 거쳐 합리적으로 그 수용 여부를 결정할 수 있다고 보아야 한다. 그렇다
면 이 사건 지침을 정하거나 이를 통보한 행위 자체가 공공기관 내지 그 구성원들의 
구체적인 권리ㆍ의무나 법률상 지위에 직접적인 변동을 초래한다고 보기는 어렵다. 
다) 한편 피고는 공기업ㆍ준정부기관의 경영실적을 평가하고 그 평가 결과 위 
지침 위반으로 경영부실을 초래한 공기업ㆍ준정부기관에 대하여는 운영위원회의 심의
ㆍ의결을 거쳐 향후 경영책임성 확보 및 경영개선을 위하여 필요한 인사상 또는 예산
상의 조치 등을 취하도록 요청할 수 있으며(공공기관운영법 제48조 제9항), 경영실적이 
부진한 공기업ㆍ준정부기관에 대하여 운영위원회의 심의ㆍ의결을 거쳐 기관장ㆍ상임이
사의 임명권자에게 그 해임을 건의하거나 요구할 수 있고(같은 법 제48조 제1, 8항), 
위와 같은 인사상 또는 예산상의 조치에 대한 건의 및 요구 외에도 성과급 지급률 결
정 등의 후속조치를 할 수도 있다(같은 법 제48조 제10항, 같은 법 시행령 제27조 제4
항). 경영실적평가는 평가결과를 총 6등급(탁월-S, 우수-A, 양호-B, 보통-C, 미흡-D, 
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아주 미흡-E)으로 나누고 있는데, 피고가 위와 같은 제재적 조치 내지 성과급 지급을 
결정함에 있어서 경영실적평가 결과가 활용되기도 한다.
원고들은 위와 같이 이 사건 지침의 준수 여부에 따른 제재가 가능하다는 사정
을 고려하면 이 사건 지침이 공공기관에 사실상의 구속력을 가진다는 이유로 그 처분성
을 인정하여야 한다는 취지이나, 피고의 인사상 또는 예산상 조치 등의 요구, 기관장ㆍ상
임이사의 임명권자에 대한 해임 건의나 요구 등의 제재적 조치는 어디까지나 피고가 공
공기관 경영실적 평가 후 해당 공공기관이 이 사건 지침과 같은 경영지침 위반으로 경영
부실이나 경영부진을 초래하였다고 인정하여 관련 지침에 따라 후속 조치를 취하는 경우 
등에 비로소 발생할 수 있는 결과이다.
또한 갑 제3호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고가 작성한 ‘2024
년도 공공기관 경영평가편람’은 평가항목을 ‘경영관리’, ‘주요사업’ 2개 범주로 나누어 그 
안에 세부 평가기준을 제시하면서, 공기업의 경우 경영관리 분야에 55점을, 주요사업 분
야에 45점을 각 배정하고, 경영관리 점수 중에 3.5점을 ‘보수 및 복리후생관리’ 평가항목
에, 3점을 ‘총인건비관리’ 평가항목에 각 할당하고 있음을 알 수 있다. 그리고 위 ‘보수 
및 복리후생관리’ 평가항목에 관한 세부평가내용으로 ‘직무분석 등 사전절차의 이행여부 
및 직무급 도입을 위한 보수규정 개정 등 직무중심 보수체계 개편 노력과 성과 평가’에 
2.5점을, ‘예산운용지침 등 규정 준수 여부’ 등에 1점을 각 배점하고, 이 사건 지침의 총
인건비 인상률 준수여부를 평가하는 ‘총인건비 관리’ 평가항목에 3점을 배정하고 있다. 
즉 경영실적 평가에 있어 이 사건 지침의 준수 여부가 평가항목에 포함되어 있으나 그
뿐만 아니라 다른 평가항목까지 종합한 평가가 이루어지고 특히 주요사업에 관한 평가
항목은 공공기관마다 상당한 차이가 있으므로 공공기관이 이 사건 지침에서 정한 사항
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을 일부 따르지 않았다는 사정이 평가결과에 결정적 영향을 미치는 기준이 된다고 단정
하기도 어렵다. 공공기관이 경영실적평가를 위해 이 사건 지침 내용을 준수하도록 간접
적인 압박을 받더라도, 그러한 사정만으로 이 사건 지침 자체가 독립적인 법률효과를 갖
고 있거나 공공기관의 법률적 지위에 구체적이고 직접적인 영향을 미친다고 볼 수 없다.
2) 그렇다면 이 사건 지침을 통보한 행위가 행정처분에 해당한다고 볼 수 없으므
로, 이 사건 소는 부적법하고 이를 지적하는 피고의 본안전항변은 이유 있다. 
4. 결론
원고들의 소는 부적법하므로 이를 모두 각하하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
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[별지]
관계 법령
▣ 공공기관의 운영에 관한 법률
제1조(목적) 
이 법은 공공기관의 운영에 관한 기본적인 사항과 자율경영 및 책임경영체제의 확립에 관하여 
필요한 사항을 정하여 경영을 합리화하고 운영의 투명성을 제고함으로써 공공기관의 대국민 
서비스 증진에 기여함을 목적으로 한다.
제3조(자율적 운영의 보장) 
정부는 공공기관의 책임경영체제를 확립하기 위하여 공공기관의 자율적 운영을 보장하여야 한
다.
제4조(공공기관)
① 기획재정부장관은 국가ㆍ지방자치단체가 아닌 법인ㆍ단체 또는 기관(이하 “기관”이라 한다)
으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기관을 공공기관으로 지정할 수 있다. 
1. 다른 법률에 따라 직접 설립되고 정부가 출연한 기관 
2. 정부지원액(법령에 따라 직접 정부의 업무를 위탁받거나 독점적 사업권을 부여받은 기관
의 경우에는 그 위탁업무나 독점적 사업으로 인한 수입액을 포함한다. 이하 같다)이 총수
입액의 2분의 1을 초과하는 기관 
(이하 각 호 생략)
제5조(공공기관의 구분)
① 기획재정부장관은 공공기관을 다음 각 호의 구분에 따라 지정한다. 
1. 공기업ㆍ준정부기관: 직원 정원, 수입액 및 자산규모가 대통령령으로 정하는 기준에 해당
하는 공공기관 
2. 기타공공기관: 제1호에 해당하는 기관 이외의 기관 
제40조(예산의 편성)
① 공기업ㆍ준정부기관의 예산은 예산총칙ㆍ추정손익계산서ㆍ추정대차대조표와 자금계획서로 
구분하여 편성한다.
② 기관장은 제46조의 규정에 따른 경영목표와 제50조의 규정에 따른 경영지침에 따라 다음 
회계연도의 예산안을 편성하고, 다음 회계연도 개시 전까지 그 공기업ㆍ준정부기관의 이사
회에 제출하여야 한다.
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(중략)
④ 제2항의 규정에 따라 편성ㆍ제출한 예산안은 이사회의 의결로 확정된다. 다만, 다른 법률에
서 공기업ㆍ준정부기관의 예산에 관하여 주주총회나 출자자총회 등 사원총회의 의결이나 
제23조의 규정에 따른 기금운용심의회의 의결 등 별도의 절차를 거치도록 한 경우에는 이
사회 의결후 이를 거쳐 확정하고, 준정부기관의 예산에 관하여 주무기관의 장의 승인을 거
쳐 확정하도록 한 경우에는 이사회 의결을 거친 후 주무기관의 장의 승인을 얻어야 한다. 
⑤ 제6조의 규정에 따라 공기업ㆍ준정부기관으로 지정될 당시 이미 확정되어 있는 예산은 제1
항부터 제4항까지의 규정에 따라 편성되어 확정된 것으로 본다. 
⑥ 기관장은 공기업ㆍ준정부기관의 예산이 확정된 후 그 공기업ㆍ준정부기관의 경영목표가 변
경되거나 그 밖의 불가피한 사유로 인하여 예산을 변경하고자 하는 경우에는 변경된 예산
안을 작성하여 이사회에 제출하여야 한다. 이 경우 제4항은 변경된 예산안의 확정에 관하여 
이를 준용한다. 
⑦ 공기업ㆍ준정부기관은 제4항부터 제6항까지의 규정에 따라 예산이 확정되거나 변경된 경우 
지체 없이 기획재정부장관, 주무기관의 장 및 감사원장에게 그 내용을 보고하여야 한다. 다
만, 제4항 단서에 따라 주무기관의 장의 승인을 얻은 경우에는 주무기관의 장에게 보고된 
것으로 본다. 
⑧ 공기업ㆍ준정부기관은 제4항부터 제6항까지의 규정에 따라 예산이 확정되거나 변경된 경우 
지체 없이 국회 소관 상임위원회에 그 내용(해당 연도 수입ㆍ지출 계획서를 포함한다)을 제
출하여야 한다.
제48조(경영실적 평가) 
① 기획재정부장관은 제24조의2 제3항에 따른 연차별 보고서, 제31조 제3항 및 제4항의 규정
에 따른 계약의 이행에 관한 보고서, 제46조의 규정에 따른 경영목표와 경영실적보고서를 
기초로 하여 공기업ㆍ준정부기관의 경영실적을 평가한다. 다만, 제6조의 규정에 따라 공기
업ㆍ준정부기관으로 지정(변경지정은 제외한다)된 해에는 경영실적을 평가하지 아니한다. 
④ 공기업ㆍ준정부기관이 제24조의2 제3항에 따른 연차별 보고서, 제31조 제3항 및 제4항에 
따른 계약의 이행에 관한 보고서, 경영실적보고서 및 그 첨부서류를 제출하지 아니하거나 
거짓으로 작성ㆍ제출한 경우 또는 불공정한 인사운영 등으로 윤리경영을 저해한 경우로서 
대통령령으로 정하는 경우에는 기획재정부장관은 운영위원회의 심의ㆍ의결을 거쳐 경영실
적 평가 결과와 성과급을 수정하고, 해당 기관에 대하여 주의ㆍ경고 등의 조치를 취하거나 
주무기관의 장 또는 기관장에게 관련자에 대한 인사상의 조치 등을 취하도록 요청하여야 
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한다. 이 경우 기획재정부장관 또는 주무기관의 장은 감사, 감사위원회 감사위원 또는 기관
장이 관련 직무를 이행하지 아니하거나 게을리 하였다면 운영위원회의 심의ㆍ의결을 거쳐 
해당 감사, 감사위원회 감사위원 또는 기관장을 해임하거나 그 임명권자에게 해임을 건의
할 수 있다. 
⑤ 제1항에 따른 경영실적의 평가 기준과 방법은 운영위원회의 심의ㆍ의결을 거쳐 기획재정부
장관이 정하되, 공기업ㆍ준정부기관에 대하여 다음 각 호의 사항이 평가에 반영될 수 있도
록 정하여야 한다. 
1. 경영목표의 합리성 및 달성 정도
2. 주요사업의 공익성 및 효율성
3. 직원의 고용 형태 등 조직ㆍ인력 운영의 적정성
4. 제39조의2에 따른 중장기재무관리계획의 이행 등 재무운용의 건전성 및 예산 절감노력
5. 제13조 제2항에 따른 고객만족도 조사 결과
6. 합리적인 성과급 지급제도 운영
7. 그 밖에 공기업ㆍ준정부기관의 경영에 관련된 사항
⑦ 기획재정부장관은 운영위원회의 심의ㆍ의결을 거쳐 매년 6월 20일까지 공기업ㆍ준정부기관
의 경영실적 평가를 마치고, 그 결과를 국회와 대통령에게 보고한다.
⑧ 기획재정부장관은 제7항에 따른 경영실적 평가 결과 경영실적이 부진한 공기업ㆍ준정부기
관에 대하여 운영위원회의 심의ㆍ의결을 거쳐 제25조 및 제26조의 규정에 따른 기관장ㆍ상
임이사의 임명권자에게 그 해임을 건의하거나 요구할 수 있다. 
⑨ 기획재정부장관은 제1항에 따른 경영실적 평가 결과 인건비 과다편성 및 제50조 제1항에 
따른 경영지침 위반으로 경영부실을 초래한 공기업ㆍ준정부기관에 대하여는 운영위원회의 
심의ㆍ의결을 거쳐 향후 경영책임성 확보 및 경영개선을 위하여 필요한 인사상 또는 예산
상의 조치 등을 취하도록 요청할 수 있다. 
⑩ 제1항에 따른 경영실적 평가의 절차, 경영실적 평가 결과에 따른 조치 및 경영평가단의 구
성ㆍ운영 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 
제50조(경영지침) 
① 기획재정부장관은 공기업ㆍ준정부기관의 운영에 관한 일상적 사항과 관련하여 운영위원회
의 심의ㆍ의결을 거쳐 다음 각 호의 사항에 관한 지침(이하 “경영지침”이라 한다)을 정하고, 
이를 공기업ㆍ준정부기관 및 주무기관의 장에게 통보하여야 한다. 
1. 조직 운영과 정원ㆍ인사 관리에 관한 사항
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2. 예산과 자금 운영에 관한 사항
3. 그 밖에 공기업ㆍ준정부기관의 재무건전성 확보를 위하여 기획재정부장관이 필요하다고 
인정하는 사항
제51조(공기업ㆍ준정부기관에 대한 감독) 
① 기획재정부장관과 주무기관의 장은 공기업ㆍ준정부기관의 자율적 운영이 침해되지 아니하
도록 이 법이나 다른 법령에서 그 내용과 범위를 구체적으로 명시한 경우에 한정하여 감독
한다. 
② 기획재정부장관은 공기업의 경영지침 이행에 관한 사항을 감독한다. 
③ 주무기관의 장은 다음 각 호의 사항에 대하여 공기업ㆍ준정부기관을 감독한다.
1. 법령에 따라 주무기관의 장이 공기업ㆍ준정부기관에 위탁한 사업이나 소관 업무와 직접 
관련되는 사업의 적정한 수행에 관한 사항과 그 밖에 관계 법령에서 정하는 사항
2. 준정부기관의 경영지침 이행에 관한 사항
④ 기획재정부장관과 주무기관의 장은 제2항 및 제3항의 규정에 따라 행하는 감독의 적정성을 
대통령령으로 정하는 바에 따라 점검하고, 운영위원회의 심의ㆍ의결을 거쳐 개선에 필요한 
조치를 취하여야 한다.
▣ 공공기관의 운영에 관한 법률 시행령
제27조(경영실적 평가) 
① 기획재정부장관은 필요하다고 인정되는 때에는 운영위원회의 의결을 거쳐 전문기관에 공기
업ㆍ준정부기관의 경영실적 평가를 의뢰할 수 있다. 
② 기획재정부장관은 법 제48조에 따른 경영실적 평가의 기준과 방법 및 평가결과에 따른 조
치사항 등을 고려하여 매 회계연도 개시 전까지 경영실적 평가에 관한 편람을 작성하여야 
한다. 다만, 법 제6조에 따라 새로이 지정된 공기업ㆍ준정부기관의 경우에는 지정된 후 4개
월 이내에 경영실적 평가에 관한 편람을 작성하여야 한다. 
③ 법 제48조 제4항 전단에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 법, 「상법」, 「형법」, 「조세범 처
벌법」, 「지방세기본법」, 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」, 해당 공공기관의 설립 근거 
법률 또는 그 밖에 해당 공공기관의 업무와 관련되는 법률 등을 위반하여 채용비위, 조세포
탈, 회계부정, 불공정거래행위 등과 관련한 중대한 위법행위를 한 경우를 말한다. 
④ 기획재정부장관은 운영위원회의 심의ㆍ의결을 거쳐 평가결과에 따른 인사상 또는 예산상의 
조치에 대한 건의 및 요구, 성과급 지급률 결정 등의 후속조치를 할 수 있다. 끝.