[행정 판결문] 서울행정법원 2025구합53112 - 정산금 반환 청구의 소

 

[행정] 서울행정법원 2025구합53112 - 정산금 반환 청구의 소.pdf

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서 울 행 정 법 원
제 5 부
판 결
사 건 2025구합53112 정산금 반환 청구의 소
원 고 주식회사 A
피 고 1. 대한민국
2. 한국보건산업진흥원
3. 백신실용화기술개발사업단
변 론 종 결 2025. 10. 16.
판 결 선 고 2025. 12. 4.
주 문
1. 이 사건 소 중 원고가 피고 한국보건산업진흥원 및 백신실용화기술개발사업단에 대
하여 한 2024. 7. 29.자 연구개발비 집행잔액 반납안내 및 2024. 11. 28.자 정산 결
과에 따른 집행잔액 반납안내의 각 취소를 구하는 부분을 모두 각하한다.
2. 피고 대한민국은 원고에게 752,778,308원 및 이에 대하여 2025. 3. 20.부터 2025. 3. 
21.까지는 연 5%의, 2025. 3. 22.부터 다 갚는 날까지 연 12%의 각 비율로 계산한 
돈을 지급하라.
3. 원고의 피고 대한민국에 대한 나머지 청구와 피고 한국보건산업진흥원에 대한 부당
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이득반환청구를 각 기각한다.
4. 소송비용 중 원고와 피고 대한민국 사이에 생긴 부분은 피고 대한민국이 부담하고, 
원고와 피고 한국보건산업진흥원, 백신실용화기술개발사업단 사이에 생긴 부분은 원
고가 각 부담한다.
5. 제2항은 가집행할 수 있다.
청 구 취 지
1. 피고 대한민국과 피고 한국보건산업진흥원(이하 ‘피고 진흥원’이라 한다)은 공동하여 
원고에게 752,778,308원 및 이에 대하여 2025. 2. 19.부터 위 피고들에 대한 이 사
건 소장 부본 최종 송달일까지는 연 5%의, 그 다음 날부터 다 갚는 날까지는 연 
12%의 각 비율로 계산한 돈을 각 지급하라.
2. 피고 진흥원 및 백신실용화기술개발사업단(이하 ‘피고 사업단’이라 한다)이 원고에 
대하여 한 2024. 7. 29.자 연구개발비 집행잔액 반납안내 및 2024. 11. 28.자 정산 
결과에 따른 집행잔액 반납안내를 각 취소한다.
이 유
1. 기초 사실
가. 당사자의 지위
1) 원고는 백신류 및 관련된 진단제 개발, 제조, 판매 및 수출입 업무 등을 영위하는 
회사이다. B 주식회사(이하 ‘B’라 한다)는 실험실용 및 진단용 시약 제조 및 도소매업 
등을 영위하는 회사이다. 원고와 B는 상장회사인 주식회사 C(이하 ’C‘라 한다)의 계열
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사이다. 
2) 피고 진흥원은 국가연구개발혁신법 제22조, 보건의료기술 진흥법 제7조 등에 따
라 보건복지부의 ‘미래대응ㆍ미해결 감염병 신규 백신 개발 사업’(이하 ‘이 사건 사업’
이라 한다)의 추진을 위하여 연구개발과제의 수행 및 관리 등의 업무 일부를 대행할 
수 있도록 법령상 지정된 ‘전문기관’이다.
3) 피고 사업단은 보건복지부 고시인「보건의료기술 연구개발사업 운영·관리규정」
제5조 등에 따라 설치된 연구개발사업단으로 피고 진흥원의 업무 일부를 대행하는 기
관이다.
나. 이 사건 협약의 체결 및 연구개발비 지급 경위
1) 피고 사업단은 2022. 4. 28. 이 사건 사업과 관련하여 피고 진흥원 홈페이지에 
‘2022년도 제2차 백신실용화기술개발사업단 신규지원 대상과제 공고’를 하였다. 원고는 
위 사업에 지원하였고, 원고의 ‘노로바이러스 다가 백신 후보물질 개발을 목표로 하는 
연구개발과제(이하 ‘이 사건 연구과제’라 한다)‘가 지원대상으로 선정되었다.
2) 이에 따라 원고는 2022. 8. 5. 피고 사업단과 아래와 같은 내용의 협약(이하 ‘이 
사건 협약’이라 한다)을 체결하고, 피고 사업단으로부터 2022. 8. 22.과 2023. 2. 15. 두 
차례에 걸쳐 2022년도(1년차) 연구개발비와 2023년도(2년차) 연구개발비 합계 14억 
1,000만 원을 지급받았다(이하 ‘이 사건 연구개발비’라 한다).
Ÿ 중앙행정기관 : 보건복지부
Ÿ 전문기관명 : 한국보건산업진흥원
Ÿ 연구개발사업단명 : 백신실용화기술개발사업단
Ÿ 사업명 : 감염병 예방치료 기술개발
Ÿ 연구개발과제명 : 신규면역증강제를 이용한 범용 노로바이러스 다가 백신의 후
비실명화로 생략
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다. 이 사건 연구개발비 집행 잔액 반납 경위
1) 원고는 2023. 12. 이 사건 연구과제를 종료하고 2024. 2. 27. 피고 진흥원과 사업
단에 최종보고서를 제출하였고, 피고 진흥원은 위 연구과제에 대한 세부평가결과를 ‘보
통’으로 결정하였다.
2) 피고 진흥원이 회계법인을 통하여 이 사건 연구개발비에 대한 사용실적보고서를 
검토한 결과, ① 원고가 B에 지출한 연구재료비, 연구활동비, 연구시설장비비 총 
734,498,857원의 경우 원고와 B의 법인격이 분리되어 있기는 하지만 원고와 B의 최대
주주가 C로 동일하고, C가 B와 원고의 실적을 모두 포함한 연결재무제표를 작성해 보
고하는 등 원고 및 B와 단일한 경제적 실체를 형성하고 있어 원고와 B 사이의 거래는 
구 국가연구개발사업 연구개발비 사용기준(2025. 2. 19. 과학기술정보통신부고시 제
2025-6호로 개정되기 전의 것, 이하 ’이 사건 고시‘라 한다) 제21조 제4항 제6호에서 
정한 ‘인적ㆍ물적 구분이 명확하지 아니한 기관 간의 거래’에 해당한다는 이유로 불인
정하고, ② 그로 인하여 연구수당 44,774,754원이 직접비 집행비율 기준 80%에 미달한
다는 이유로 불인정하여, 원고로부터 위 합계액 779,273,611원 중 정부지분액에 해당
하는 금원(이하 ‘이 사건 반납액’이라 한다)을 회수하기로 하였다.
보물질 개발
Ÿ 공고번호 : 백신실용화기술개발사업단 공고 제2022-003호
Ÿ 주관 연구개발기관 : 주식회사 A
Ÿ 연구개발기간 : 2022. 7. 1. ~ 2023. 12. 31. (1년 6개월)
- 1년차 : 2022. 7. 1. ~ 2022. 12. 31.
- 2년차 : 2023. 1. 1. ~ 2023. 12. 31.
Ÿ 연구개발비 : 합계 14억 1,000만 원, 1년차 4억 7,000만 원, 2년차 9억 4,000만 원 
비실명화로 생략
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3) 이에 피고 진흥원은 피고 사업단을 통하여 2024. 7. 29. 원고에게 이 사건 연구개
발비 사용실적 보고에 대한 집행잔액 779,273,611원 중 정부지분액 752,778,463원을 
반납할 것을 안내하였다(청구취지 제2항 기재 ’2024. 7. 29.자 연구개발비 집행잔액 반
납안내‘를 의미한다. 이하 ’이 사건 1차 반납안내‘라 한다).
4) 원고가 이 사건 1차 반납안내에 대하여 재산정을 요청하면서 이의신청을 하였으
나 이의신청 심의위원회는 2024. 11. 22. 이를 기각하였다.
5) 피고 진흥원은 피고 사업단을 통하여 2024. 11. 28. 원고에게 이 사건 연구개발비 
최종 집행잔액 752,778,308원(이 사건 반납액에 해당한다)을 2024. 12. 25.까지 반납할 
것을 안내하였고(청구취지 제2항 기재 ’2024. 11. 28.자 정산 결과에 따른 집행잔액 반
납안내‘를 의미하고, 이하 이 사건 1차 반납안내와 통틀어 ’이 사건 반납안내‘라 한다), 
원고는 2024. 12. 30. 이의를 유보하고 피고 진흥원 명의 계좌(계좌번호 : D은행 (비실
명화로 생략))로 이 사건 반납액을 반납하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 18호증(가지번호 있는 것은 가지번호를 포함
한다. 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 관계 법령
별지 관계 법령 기재와 같다. 
3. 본안전 항변에 대한 판단 
가. 본안전 항변 요지
피고들은 이 사건 소 중 원고가 피고 진흥원 및 사업단에 대하여 이 사건 반납안내
의 각 취소를 구하는 부분에 대하여, ① 이 사건 반납안내는 피고 사업단 또는 진흥원
이 우월적 지위에서 일방적으로 하는 공권력의 행사나 이에 준하는 행정작용에 해당한
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다고 볼 수 없어 ’처분’에 해당하지 않으므로 그 취소를 구하는 것은 항고소송의 대상
적격을 흠결한 것이고, ② 피고 진흥원이나 사업단은 항고소송의 피고적격을 가지는 
행정청으로 볼 수 없으며, 특히 피고 사업단은 법인격이 없어 독립한 권리ㆍ의무의 주
체가 될 수 없으므로 당사자능력도 인정되지 않아 위 취소청구는 모두 부적법하다고 
주장한다.
나. 판단
앞서 인정한 사실과 앞서 든 증거들의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 
수 있는 다음과 같은 사실 및 사정들 즉, ① 이 사건 협약은 국가연구개발혁신법 제10
조 내지 11조 등에 따라 연구개발기관으로 선정된 원고와 피고 사업단 사이에 체결한 
계약으로, 원고는 이 사건 사업에 자발적으로 지원해 연구개발기관으로 선정되어 피고 
사업단과 대등한 당사자의 지위에서 이 사건 협약을 체결하여 이 사건 연구과제를 수
행하였으므로 이 사건 협약에 따른 법률관계는 피고들의 일방적인 공권력 행사에 따라 
형성된 것이 아닌 대등한 당사자 사이의 의사 합치를 통하여 체결된 공법상 계약에 해
당하는 점, ② 이 사건 반납안내는 이 사건 협약 제14조 제5항 제2호에 따른 정산절차
를 수행하기 위한 것으로 계약상 권리를 행사하기 위한 것인 점, ③ 연구개발기관이 
국가연구개발혁신법 제32조에 따른 제재부가금 부과처분 및 연구개발비 환수처분에 불
응하는 경우에는 강제징수를 할 수 있는 것(국가연구개발혁신법 제34조)과 달리 이 사
건 반납안내와 같이 정산결과에 따른 회수통보에 불응하는 행위에 대한 강제징수에 관
한 규정은 현행법상 존재하지 않는 점 등을 종합하면, 이 사건 반납안내는 피고 사업
단이 원고와 대등한 당사자로서 체결한 이 사건 협약에서 정한 정산절차를 거쳐 정산
금의 반환을 최고한 것에 불과하고, 피고 진흥원 또는 사업단이 우월적 지위에서 일방
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적으로 행하는 공권력의 행사나 이에 준하는 행정작용이라고 볼 수 없으므로 항고소송
의 대상이 되는 행정처분에 해당하지 않는다. 따라서 이 사건 소 중 이 사건 반납안내
가 행정처분에 해당함을 전제로, 피고 진흥원과 사업단을 상대로 그 취소를 구하는 부
분은 모두 부적법하다. 따라서 이를 지적하는 피고들의 본안전 항변은 이유 있다(대상
적격 흠결을 이유로 이 부분 소를 각하하는 이상 피고들의 나머지 본안전 항변에 대하
여는 나아가 판단하지 않는다).
4. 이 사건 반납액의 부당이득반환 청구에 대한 판단
가. 원고의 주장 요지 
원고와 B의 거래는 ‘계열사 간 거래’에는 해당하지만, 위 두 회사는 각각 독립한 인
적 조직과 물적 기반을 갖추고 있는 별개의 독립한 법인이므로 위 회사의 최대주주가 
동일하다거나 연결재무제표를 작성ㆍ보고한 사정만으로 원고와 B사이의 거래가 이 사
건 고시 제21조 제4항 제6호에서 정한 ‘인적ㆍ물적 구분이 명확하지 아니한 기관 간의 
거래’에 해당한다고 볼 수 없다. 또한 원고가 B에 지급한 연구개발비를 과다하게 책정
하였다거나 부당하게 사용하였다고 볼만한 사정도 전혀 존재하지 않는다. 그럼에도 피
고가 이와 다른 전제하에 원고로부터 이 사건 반납액을 회수한 것은 위법하므로, 피고 
대한민국과 진흥원은 공동하여 원고에게 원고가 피고 진흥원을 통하여 피고 대한민국
에 반납한 이 사건 반납액을 부당이득으로 반환할 의무가 있다.
나. 부당이득반환청구권의 발생 여부
살피건대, 앞서 인정한 사실, 앞서 든 증거들, 갑 제19 내지 21호증, 을 제1 내지 10
호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 
보면, 이 사건 연구과제 수행과 관련한 원고와 B 간 거래가 이 사건 고시 제21조 제4
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항 제6호에서 정한 ‘인적ㆍ물적 구분이 명확하지 아니한 기관 간의 거래’에 해당한다고 
볼 수 없어 피고 대한민국이 이와 다른 전제하에 원고로부터 이 사건 반납액을 회수한 
것은 법률상 원인을 결여한 것으로 봄이 타당하다. 따라서 이를 지적하는 원고의 주장
은 이유 있다(위와 같은 이유로 원고의 주장을 받아들이는 이상 원고의 나머지 주장에 
대하여는 나아가 살피지 아니한다).
다만, 아래에서 보는 바와 같이 이 사건 반납액의 실질적인 귀속 주체는 피고 대한
민국이라 할 것이고, 피고 진흥원은 보건의료기술 진흥법 제7조 등에 따라 피고 대한
민국의 연구개발비 회수 업무를 대행한 것에 불과하므로, 원고는 피고 대한민국에 대
해서만 부당이득반환청구권을 가지고, 이 사건 반납액의 실질적인 귀속자가 아닌 피고 
진흥원에 대하여 부당이득반환청구권을 가진다고 할 수 없다. 따라서 원고의 피고 대
한민국에 대한 부당이득반환청구는 이유 있으나, 피고 진흥원에 대한 부당이득반한청
구는 이유 없다.
1) 국가연구개발혁신법 제13조 제4항은 ’연구개발기관은 과학기술정보통신부장관이 
다음 각 호의 사항을 포함하여 고시하는 연구개발비 사용 기준에 따라 연구개발비를 
계상ㆍ사용하여야 한다‘고 규정하고 있고, 그 위임을 받은 이 사건 고시 제21조 제4항 
제6호는 연구개발기관의 장은 ’영리기관으로서 계열사 등으로 법인이 분리되어 있으나 
인적ㆍ물적 구분이 명확하지 아니한 계열사 또는 기관 간 발생하는 비용‘은 연구개발
비로 계상하여서는 아니 된다고 규정하고 있다. 
연구개발기관의 장이 이 사건 고시 제21조 제4항 제6호에 위반하여 연구개발비를 
계상ㆍ사용한 때에는 국가개발혁신법 제13조 제7항 및 제8항, 그 위임을 받은 같은 법 
시행령 제26조 제5항 제2호 및 제2항, 이 사건 고시 제83조 제1항 제2호 및 제3항에
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서 연구개발비를 전액 회수하도록 되어 있고, 그에 따라 이 사건 협약 제14조 제5항 
제2호에서는 중앙행정기관의 장은 연구개발기간이 연구개발비를 부당 또는 과다하게 
책정하였음을 발견할 때에는, 발견시점이 연구개발과제 협약기간 종료 후, 정산 전인 
경우에는 부당 또는 과다하게 책정한 금액을 정산시 불인정하여 회수하는 조치를 취할 
수 있다고 규정하고 있다. 
2) 피고 대한민국은 원고가 이 사건 고시 제21조 제4항 제6호에 위반하였음을 이유
로 이 사건 반납액을 회수하였다. 
위 조항에서 ’영리기관으로서 계열사 등으로 법인이 분리되어 있으나 인적ㆍ물적 
구분이 명확하지 아니한 계열사‘에 해당하는 경우에는 연구개발비를 계상ㆍ사용할 수 
없는 것으로 규정하고 있으므로, 이를 이유로 연구개발비를 회수하기 위해서는 연구개
발기관과 그와 거래한 회사가 서로 계열사에 해당한다는 것만으로 부족하고 인적ㆍ물
적 구분이 명확하지 아니한 경우이어야 함은 문언상 명백하다. 
또한, 국가연구개발혁신법이 정부로 하여금 연구개발기관에 연구개발비를 지원하도
록 하는 것은 국가연구개발사업의 추진 체제를 혁신하고 자율적이고 책임 있는 연구환
경을 조성함으로써 국가혁신역량을 제고하고 국민경제의 발전과 국민의 삶의 질 향상
에 이바지하기 위한 것이고(제1조), 그러한 목적을 달성하기 위하여 각종 지원을 하는 
것은 정부의 책무에 해당한다(제5조). 
그런데 피고들의 주장과 같이 이 사건 고시 제21조 제4항 제6호의 규정취지가 연
구개발비 집행 과정에서의 계열사 간 일감몰아주기를 방지하여 사익추구를 방지하고 
공정한 거래질서를 유지하기 위한 것으로 보더라도, 피고들로부터 연구개발비를 지원
받아 연구개발을 완료한 연구개발기관에 대해서까지 일감몰아주기 폐해 방지를 이유로 
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위 고시 규정을 폭넓게 적용하여 정부가 지원한 연구개발비의 전액을 회수할 수 있다
고 보는 것은 앞서 본 국가연구개발혁신법의 목적에 부합하지 않을 뿐만 아니라 연구
개발사업을 성실하게 수행한 연구개발기관의 입장에서 볼 때 지나치게 가혹한 점, 일
감 몰아주기 폐해를 방지하기 위하여 별도로 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 및 세
법상 각종 제도가 마련되어 있는 점 등을 고려하면, ’영리기관으로서 계열사 등으로 법
인이 분리되어 있으나 인적ㆍ물적 구분이 명확하지 아니한 계열사‘에 해당하는지 여부
는 엄격하게 해석할 필요가 있다.
3) 원고와 B는 C의 계열사로, 2024. 6. 30. 현재 C가 원고의 지분 38.49%와 주식회
사 E(이하 ’E‘라 한다)의 지분 46.49%를, E가 B의 지분 100%를 각 보유하고 있고, C가 
B와 원고의 실적을 모두 포함한 연결재무제표를 작성하여 보고하고 있기는 하다. 
그러나 ① B의 유일한 이사인 F가 원고의 지분을 소유하고 있는 C의 부사장이기는 
하지만 F가 원고의 대표이사 또는 이사 등 임원이 아니어서 C나 B가 원고의 의사결정
에 실질적으로 영향을 미친다고 단정할 수 없고 달리 이를 인정할 증거가 없으므로 원
고가 C의 자회사이고 B가 C의 손자회사라는 사정만으로 원고와 B의 인적구분이 불명
확하다고 볼 수 없다. 또한, ② 원고와 B는 별개의 법인격을 가지는 법인으로 사업장 
소재지와 조직, 직원 등이 서로 다르므로, 피고들이 주장하는 바와 같이 B가 직원이 7
명인 소기업으로 자본금과 순자산의 규모가 매출액에 비하여 작고, 주로 C 계열사에 
물품을 공급하고 있는 것으로 보이며, 채용공고에 C 그룹계열사로 표기하고 있다는 사
정만으로 원고와 B의 물적 구분이 불명확하다고 볼 수 없다. ③ 위와 같이 원고와 B 
사이의 인적ㆍ물적 구분이 명확하지 않다고 볼 수 없는 이상 원고가 B에게 일감몰아
주기를 한 정황이 있다는 것만으로 B가 이 사건 고시 제21조 제4항 제6호의 ’영리기관
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으로서 계열사 등으로 법인이 분리되어 있으나 인적ㆍ물적 구분이 명확하지 아니한 계
열사‘에 해당한다고 인정할 수 없다. 
다. 부당이득 반환범위
1) 원고는 피고 대한민국에 대하여 이 사건 반납액 752,778,308원 및 이에 대하여 
이 사건 소제기 다음날인 2025. 2. 19.부터 피고들에 대한 이 사건 소장 부본 최종송달
일인 2025. 3. 21.까지는 민법이 정한 연 5%의 비율로 계산한 법정이자와 그 다음 날
부터 다 갚는 날까지는 소송촉진 등에 관한 특례법이 정한 연 12%의 비율로 계산한 
지연손해금의 지급을 구한다.
2) 선의의 수익자가 패소한 때에는 그 소를 제기한 때부터 악의의 수익자로 보는데
(민법 제749조 제2항), '소를 제기한 때'란 소송이 계속된 때, 즉 소장 부본이 피고에게 
송달된 때를 말한다(대법원 2014. 2. 13. 선고 2012다119481 판결 등 참조). 부당이득
반환의무는 일반적으로 기한의 정함이 없는 채무로서, 수익자는 이행청구를 받은 다음
날부터 이행지체로 인한 지연손해금을 배상할 책임이 있다(대법원 2009. 9. 10. 선고 
2009다11808 판결). 
3) 살피건대, 원고는 피고 대한민국이 이 사건 소제기일 다음 날부터 악의임을 전제
로 그때부터 법정이자의 지급을 구하나 앞서 본 법리와 이 법원에 현저한 사실에 따르
면 피고 대한민국이 민법 제749조 제2항에　 따라 악의로 간주되는 시점은 이 사건 소
장부본이 피고 대한민국에게 송달된 2025. 3. 20.이므로 피고 대한민국은 그 때로부터 
악의의 수익자로서 원고에게 법정이자를 반환할 의무가 있다. 또한, 피고 대한민국은 
원고로부터 이행청구를 받은 다음 날인 2025. 3. 21.(이 사건 소장부본이 피고 대한민
국에 송달된 다음 날)부터 지연손해금을 배상할 책임이 있다. 
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라 소결론 
그렇다면, 피고 대한민국은 원고에 대하여 이 사건 반납액 752,778,308원 및 이에 
대하여 원고가 구하는 바에 따라 피고 대한민국이 이 사건 소장부본을 송달받은 날인 
2025. 3. 20.부터 2025. 3. 21.까지는 민법이 정한 연 5%의 법정이자와 대한민국과 진
흥원에 대하여 최종적으로 소장부분이 송달된 다음 날인 2025. 3. 22.부터 다 갚는 날
까지는 소송촉진 등에 관한 특례법이 정한 연 12%의 비율로 계산한 지연손해금을 지
급할 의무가 있다.1) 
5. 결론
이 사건 소 중 원고가 피고 진흥원 및 사업단에 대하여 한 2024. 7. 29.자 연구개발비 
집행잔액 반납안내 및 2024. 11. 28.자 정산 결과에 따른 집행잔액 반납안내의 각 취소
를 구하는 부분은 부적법하여 모두 각하하고, 피고 대한민국에 대한 부당이득반환청구
는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 인용하며, 피고 대한민국에 대한 나머지 청구와 
피고 진흥원에 대한 청구는 이유 없으므로 이를 각 기각하기로 하여 주문과 같이 판결
한다.
1) 원고의 피고 대한민국에 대한 부당이득반환청구 중 법정이자 부분 일부를 기각하기는 하였으나 이는 원고가 법정이자의 기산
점을 잘못 기산하였기 때문이고 피고 대한민국이 이에 대하여 항쟁한 바 없으므로, 소송촉진 등에 관한 특례법 제3조 제2항
이 적용되지 않는다고 봄이 타당하다. 따라서 원고가 피고 대한민국에 대하여 가지는 부당이득반환채권에 대한 지연손해금에 
대하여는 원고가 구하는 바에 따라 피고 대한민국과 진흥원에 대하여 소장부본이 최종 송달된 다음 날인 2025. 3. 22.부터 다 
갚는 날까지 소송촉진 등에 관한 특례법이 정한 법정이율 12%를 적용한다(피고 대한민국이 이 사건 소장부본을 송달받은 날
은 2025. 3. 20.이고 피고 진흥원이 이를 송달받은 날은 2025. 3. 21.임은 이 법원에 현저하다).
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별지
관계 법령 
▣ 보건의료기술 진흥법 
제7조(연구개발사업 전문기관의 지정) 
① 보건복지부장관은 「한국보건산업진흥원법」에 따른 한국보건산업진흥원이나 보건의료 분
야의 기관ㆍ단체를 연구개발사업 전문기관으로 지정하여 다음 각 호의 업무를 수행하게 할 
수 있다. 
1. 보건의료산업체에 대한 연구ㆍ기술개발 지원
2. 연구개발사업의 조사ㆍ기획ㆍ평가 및 관리
3. 제5조제2항에 따른 연구과제에 대한 협약
4. 제10조제2호부터 제4호까지의 규정에 따른 보건의료정보의 관리ㆍ유통 등
5. 그 밖에 보건의료기술 진흥을 위하여 보건복지부령으로 정하는 업무
▣ 보건의료기술 연구개발사업 운영·관리규정 
제5조(연구개발사업단) 
① 보건복지부장관은 연구개발사업을 효율적으로 추진하기 위하여 연구개발사업단(이하 "사업
단"이라 한다)을 설치ㆍ운영할 수 있다. 
② 연구개발사업단은 보건복지부장관이 별도로 정하는 바에 따라 법 제7조 제1항에서 정한 전
문기관의 업무 일부를 대행할 수 있다. 
▣ 이 사건 협약
제4조(중앙행정기관의 권한과 의무)
중앙행정기관의 권한과 의무를 다음 각 호와 같다.
1. 연구개발과제 협약체결 및 수행에 관한 종합적인 지원
2. 연구개발비 중 정부지원금의 지급 
3. 연구개발비 관리 및 사용실적에 대한 점검, 정산
(이하 생략)
제5조(전문기관의 권한과 의무)
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전문기관은 보건의료기술진흥법 제7조와 보건의료기술 연구개발사업 가이드라인 및 국가연구
개발혁신법 제22조에서 정하는 바에 따라 제4조에서 정하는 중앙행정기관의 권한과 의무를 대
행한다.
제6조(연구개발사업단의 권한과 의무)
연구개발사업단은 보건의료기술 연구개발사업 운영·관리 규정 그 밖에 보건복지부 장관이 별
도로 정하는 바에 따라 제5조에서 정하는 전문기관의 권한과 의무 일부를 대행할 수 있다.
제14조(연구개발비 부담·지급·사용·관리 및 사용내역 보고·정산 등)
⑤ 중앙행정기관의 장은 연구개발기관이 연구개발비를 부당 또는 과다하게 책정하였음을 발견
할 때에는 다음 각 호의 조치를 취할 수 있다.
2. 발견시점이 연구개발과제 협약기간 종료 후, 정산 전인 경우에는 부당 또는 과다하게 책
정한 금액을 정산시 불인정하여 회수
⑥ 제1항부터 제5항까지에서 정한 사항 외에 연구개발비 부담·지급·사용·관리 및 사용내역 보
고·정산 등에 관하여는 국가연구개발혁신법 제13조, 국가연구개발혁신법 시행령 제19조 부
터 제26조까지의 규정과 국가연구개발혁신법 제13조, 국가연구개발혁신법 시행령 제19조 
부터 제26조까지의 규정에서 위임한 사항을 정하는 행정규칙에서 정하는 바에 따른다. 
▣ 국가연구개발혁신법
제13조(연구개발비의 지급 및 사용 등) 
① 연구개발과제의 연구개발비는 정부가 지원하는 연구개발비와 대통령령으로 정하는 바에 따
라 연구개발기관이 부담하는 연구개발비를 포함하여 산정한다.
② 중앙행정기관의 장은 소관 국가연구개발사업의 추진목적ㆍ성격 등을 고려하여 연구개발비
의 지급 횟수, 시기, 지급 조건ㆍ방법 등을 정할 수 있다.
③ 연구개발비는 다음 각 호의 비용으로 구성하며, 그 사용용도는 대통령령으로 정한다.
1. 직접비: 연구개발기관이 연구개발과제를 수행하는 데 소요되는 비용으로서 개별 연구개발
과제로부터 직접 산출할 수 있는 비용
2. 간접비: 연구개발기관이 연구개발과제를 수행하는 데 공통적으로 소요되는 비용으로서 개
별 연구개발과제로부터 직접 산출할 수 없는 비용
④ 연구개발기관은 과학기술정보통신부장관이 다음 각 호의 사항을 포함하여 고시하는 연구개
발비 사용 기준에 따라 연구개발비를 계상ㆍ사용하여야 한다.
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1. 연구개발기관 유형에 따른 직접비ㆍ간접비의 계상한도 및 인정기준, 비용 정산의 방법ㆍ
절차
2. 연구개발기관별 간접비 계상기준
3. 연구개발비 사용 계획의 변경을 위하여 사전 승인이 필요한 경우에 대한 사항
4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항
⑤ 연구개발기관은 제20조에 따른 통합정보시스템을 통하여 연구개발비를 사용ㆍ관리하여야 
한다.
⑥ 연구개발기관은 매년 중앙행정기관의 장에게 해당 연도 연구개발비의 사용내역을 보고하여
야 한다.
⑦ 중앙행정기관의 장은 연구개발과제의 각 단계가 종료된 날부터 3개월 이내에 연구개발비 
정산을 실시하여야 하며, 정산 결과에 따라 연구개발비의 회수 등 필요한 조치를 할 수 있
다
⑧ 제6항에 따른 연구개발비 사용내역 보고, 제7항에 따른 연구개발비 정산ㆍ회수 등의 세부
기준과 절차는 대통령령으로 정한다
제31조(국가연구개발사업 관련 부정행위의 금지)
① 올바른 연구윤리 확보를 위하여 연구자 및 연구개발기관은 국가연구개발활동을 수행하는 
경우 다음 각 호의 국가연구개발사업 관련 부정행위(이하 "부정행위"라 한다)를 하여서는 
아니 된다.
2. 제13조제3항에 따른 연구개발비의 사용용도와 제13조 제4항에 따른 연구개발비 사용 기
준을 위반한 행위
⑤ 부정행위의 세부기준, 제2항에 따른 부정행위에 대한 검증ㆍ조치ㆍ보고의 내용ㆍ절차, 제3
항에 따른 조사의 내용ㆍ절차는 대통령령으로 정한다.
제32조(부정행위 등에 대한 제재처분) 
① 중앙행정기관의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 연구개발기관, 연
구책임자, 연구자, 연구지원인력 또는 연구개발기관 소속 임직원에 대하여 10년 이내의 범
위에서 국가연구개발활동(연구지원은 제외한다)에 대한 참여를 제한하거나 이미 지급한 정
부 연구개발비의 5배의 범위에서 제재부가금을 부과할 수 있다.
1. 제12조제2항에 따른 평가 결과 연구개발과제의 수행과정과 결과가 극히 불량한 경우
2. 연구자 또는 연구개발기관이 이 법 또는 협약에 따른 의무를 고의로 이행하지 아니하여 
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제15조제1항에 따라 연구개발과제가 변경 또는 중단된 경우
3. 연구자 또는 연구개발기관이 제31조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 부정행위를 한 
경우
4. 연구자 또는 연구개발기관이 정당한 사유 없이 연구개발과제의 수행을 포기한 경우
5. 연구개발기관이 정당한 사유 없이 제18조제2항에 따른 기술료의 일부 또는 수익의 일부
를 납부하지 아니한 경우
6. 연구개발기관이 정당한 사유 없이 제13조 제7항에 따른 연구개발비 회수 금액을 납부하
지 아니한 경우
② 제1항에 따른 참여제한 처분이나 제재부가금 부과처분은 병과할 수 있다.
③ 중앙행정기관의 장은 제1항 및 제2항에 따른 제재처분과 별도로 이미 지급한 정부 연구개
발비 중 제재사유와 관련된 연구개발비를 환수할 수 있다.
④ 중앙행정기관의 장은 제재처분을 하거나 연구개발비를 환수하는 때에는 제재사유의 중대
성, 위반행위의 고의 유무, 위반 횟수, 연구개발과제의 수행 단계 및 진행 정도 등을 고려
하여야 한다.
⑤ 제1항에 따른 제재처분은 그 제재사유가 발생한 연구개발과제의 종료일 또는 그 제재사유
가 발생한 국가연구개발활동의 종료일부터 10년이 지나면 할 수 없다.
⑥ 제1항에 따른 제재사유별 참여제한의 기준 및 제재부가금의 부과기준, 제3항에 따른 연구
개발비 환수의 기준 및 범위는 대통령령으로 정한다.
제34조(제재처분의 사후관리) 
② 중앙행정기관의 장은 제32조에 따라 연구개발비 환수처분 및 제재부가금 부과처분을 받은 
자가 환수금 또는 제재부가금을 기한까지 납부하지 아니하면 기간을 정하여 독촉을 하고, 
그 지정된 기간 내에 환수금 또는 제재부가금을 내지 아니하면 국세 체납처분의 예에 따라 
징수한다.
▣ 국가연구개발혁신법 시행령
제26조(연구개발비의 정산 등)
① 연구개발기관의 장은 연구개발과제의 각 단계가 끝나는 날부터 3개월 이내에 과학기술정보
통신부령으로 정하는 연구개발비 사용실적보고서에 해당 단계의 연구개발비 사용용도와 사
용실적(제20조제3항에 따른 이자 총액과 그 사용용도와 사용실적을 포함한다)을 적어 중앙
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행정기관의 장에게 제출해야 한다.
② 제1항에 따른 연구개발비 사용실적보고서를 제출받은 중앙행정기관의 장은 해당 보고서에 
적힌 사용용도와 사용실적이 제20조제1항에 따른 연구개발비 사용용도(이하 “사용용도”라 
한다)와 법 제13조 제4항에 따른 연구개발비 사용 기준(이하 “사용기준”이라 한다)에 적합
한지 여부를 검토하는 방법으로 법 제13조제7항에 따른 연구개발비의 정산을 실시해야 한
다. 
③ 제2항에도 불구하고 중앙행정기관의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구개발과
제의 경우 그 연구개발비 사용실적보고서의 제출 여부를 확인하는 방법으로 법 제13조제7
항에 따른 연구개발비의 정산을 실시할 수 있다. 
1. 법 제4조 단서의 기본사업에 관하여 수행하는 연구개발과제
2. 법 제25조에 따른 연구지원체계평가 결과가 우수한 연구개발기관이 수행하는 연구개발과
제
3. 그 밖에 자체 정산 역량을 충분히 갖춘 것으로 중앙행정기관의 장이 인정하는 연구개발
기관이 수행하는 연구개발과제
④ 중앙행정기관의 장은 제2항에 따라 연구개발비의 정산을 실시하는 과정에서 사용용도와 사
용기준을 위반하여 연구개발기관이 연구개발비를 사용한 것으로 의심되는 경우에는 해당 
연구개발기관에 관련 자료의 제출을 요청할 수 있다.
⑤ 중앙행정기관의 장은 법 제13조 제7항에 따른 정산 결과에 따라 연구개발기관에 지급한 정
부지원연구개발비 중 다음 각 호의 금액을 회수해야 한다. 다만, 법 제4조 단서의 기본사업
에 관하여 수행하는 연구개발과제인 경우 및 연구개발기관이 폐업하는 경우 등 과학기술정
보통신부장관이 정하여 고시하는 경우에는 그 금액을 회수하지 않는다.
1. 직접비 사용 잔액(제20조제4항제1호 또는 제2호에 따른 사용 기준이 적용되는 학생인건
비 또는 연구시설ㆍ장비비는 제외한다)
2. 제2항에 따른 정산 결과 사용용도와 사용기준을 위반하여 연구개발기관이 연구개발비를 
사용한 경우에는 위반하여 사용한 연구개발비 전액
3. 직접비 집행비율이 100분의 50 이하인 연구개발과제의 간접비 집행비율이 직접비 집행비
율을 초과한 경우에는 다음 계산식에 따라 계산한 금액
간접비 총액 × (간접비 집행비율 – 직접비 집행비율)
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4. 법 제11조제4항에 따라 연구개발과제협약이 해약된 경우에는 간접비 사용 잔액
5. 연구개발기관이 제19조제1항 제1호, 제2호 또는 제4호에 해당하는 경우에는 간접비 사용 
잔액
6. 기관부담연구개발비 중 연구개발기관이 실제 부담하지 않은 금액에 상응하는 금액으로서 
과학기술정보통신부장관이 정하여 고시하는 금액
⑥ 중앙행정기관의 장은 법 제13조 제7항에 따라 회수한 연구개발비를 국고에 납입해야 한다.
▣ 구 국가연구개발사업 연구개발비 사용 기준(2025. 2. 19. 과학기술정보통신부고시 제
2025-6호로 개정되기 전의 것)
제21조(연구개발비 공통 계상기준) 
④ 연구개발기관의 장은 연구개발비로 다음 각 호에 해당하는 비용을 계상하여서는 아니 된
다.
6. 영리기관으로서 계열사 등으로 법인이 분리되어 있으나 인적ㆍ물적 구분이 명확하지 아
니한 계열사 또는 기관 간 발생하는 비용
제83조(연구개발비 회수) 
① 중앙행정기관의 장은 법 제13조 제7항에 따라 연구개발과제(연구개발과제가 단계로 구분되
는 경우에는 해당 단계를 말한다)가 종료된 날부터 3개월 이내에 연구개발비 정산에 착수
하여야 하며, 제80조에 따라 정산 결과를 반영하여 다음 각 호에 해당하는 금액을 영 제26
조 제5항에 따른 회수 금액으로 결정하여 연구개발기관의 장에게 통보하여야 한다.
2. 현금으로 계상된 연구개발비에서 적정하게 사용된 연구개발비로 인정하는 금액을 제외한 
금액에 대하여는 다음의 계산식에 따라 계산된 정부 지원금 지분에 해당하는 금액
③ 제1항, 제2항에 따라 회수 금액을 통보받은 연구개발기관의 장은 통보를 받은 날부터 1개
월 이내에 중앙행정기관의 장이 지정하는 계좌에 회수 금액을 반납하여야 한다. 다만, 국가
안보 또는 사회ㆍ경제적 긴급한 상황이 발생하여 중앙행정기관의 장이 연구개발비 회수의 
시기와 방법을 달리 정하는 경우에는 이에 따라 회수 금액을 반납하여야 한다. 끝.
정부가 지원한 연구개발비 ÷ (정부가 지원한 연구개발비 + 연구개발기관이 현금으로 
부담한 연구개발비 + 그 외 기관 + 단체 + 개인이 현금으로 지원한 연구개발비)