[행정 판결문] 서울행정법원 2024구합76966 - 고등교육 프로그램 평가ㆍ인증 인정기관 재지정 부관 등 취소의 소

 

[행정] 서울행정법원 2024구합76966 - 고등교육 프로그램 평가ㆍ인증 인정기관 재지정 부관 등 취소의 소.pdf

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[행정] 서울행정법원 2024구합76966 - 고등교육 프로그램 평가ㆍ인증 인정기관 재지정 부관 등 취소의 소.docx

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서 울 행 정 법 원
제 8 부
판 결
사 건 2024구합76966 고등교육 프로그램 평가ㆍ인증 인정기관 재지정 
부관 등 취소의 소
원 고 재단법인 A
피 고 교육부장관
변 론 종 결 2025. 9. 17.
판 결 선 고 2025. 11. 12.
주 문
1. 피고가 2024. 7. 5. 원고에게 한 고등교육 프로그램 평가ㆍ인증 인정기관 재지정 통
보 중 ‘주요변화계획서 평가의 기준, 방법 및 절차 등 변경 시 인정기관심의위원회
에서 사전 심의’라는 부관을 취소한다. 
2. 소송비용은 피고가 부담한다.
청 구 취 지
주위적으로, 주문 제1항, 예비적으로, 피고가 2024. 5. 10. 원고에게 한 고등교육 프로
그램 평가ㆍ인증 인정기관 조건부 재지정 통보를 취소한다. 
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이 유
1. 처분의 경위
가. 원고의 인정기관 재지정 신청
1) 고등교육법에 따르면 의학 교육과정을 운영하는 학교는 인정기관의 평가ㆍ인증
을 받아야 하고(제11조의2 제2항), 의료법에 따르면 의사가 되려는 자는 인정기관의 인
증을 받은 의과대학ㆍ의학전문대학원을 졸업하거나 이에 준하는 외국의 학교를 졸업하
여야 한다(제5조 제1항 제1호).
2) 피고는 2019. 5. 2.경 유효기간을 5년으로 하여 원고를 의학 교육과정의 운영 
등을 평가ㆍ인증하는 유일한 인정기관으로 지정하였고, 원고는 2023. 11. 10.경 피고에
게 인정기관 재지정 신청을 하였다. 
나. 정부의 의대정원 증원 및 원고의 성명서 발표 
1) 보건복지부장관은 2024. 2. 6. 의과대학 입학정원 확대방안에 관하여 2025학년
도부터 2,000명 증원할 것이라고 발표하였고, 피고는 의과대학을 보유한 각 대학의 장
으로부터 의대정원 증원 신청을 받아 2024. 3. 20. 2025학년도 전체 의대정원을 2,000
명 증원하여 각 대학별로 배정하였다. 
2) 원고는 2024. 3. 24. 정부가 의대정원을 2,000명 증원하더라도 원고의 인증기준
을 준수할 수 있다고 언급한 것에 깊은 우려를 표하면서 아래와 같은 성명서를 발표하
였다.
원고는 의과대학 입학정원의 10% 이상 증원을 포함하여 기존의 의학교육에 지대한 영향을 
미칠 수 있는 상황이 발생하는 경우 이를 ‘주요변화1)’라고 정의하고 의학교육인증단 규정에 
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다. 이 사건 재지정 처분 및 원고의 이의신청
1) 피고는 2024. 5. 10. 유효기간을 5년으로 하되 2년이 되는 2026. 5.에 중간평가
를 실시하기로 하고, ‘주요변화계획서 평가, 중간평가를 포함한 평가ㆍ인증의 기준, 방
법 및 절차 등 변경 시 인정기관심의위원회에서 사전 심의’를 조건으로 하여, 원고를 
인정기관으로 재지정하고 원고의 장에게 이를 통보하였다(이하 ‘이 사건 재지정 처분’
이라 한다). 
2) 원고의 장은 2024. 5. 21. 피고에게 아래와 같은 이유로 재지정 조건(주요변화
계획서 평가, 중간평가를 포함한 평가ㆍ인증의 기준, 방법 및 절차 등 변경 시 인정기
관심의위원회에서 사전 심의)의 철회를 요청하는 이의 신청을 하였다. 
1) 원고의 ｢주요변화계획서 작성에 관한 지침｣ 제2조는 기본의학교육에 영향을 미치는 주요 변화는 다음 각 호를 포함한다고 규
정하면서 제4호에서 ‘현 입학정원 또는 총 재적생 대비 10% 이상 증원’을, 제5호에서 ‘그 외 기본의학교육과정에 지대한 영향
을 끼칠 수 있다고 인정되는 경우’를 들고 있다. 
따라 해당 대학이 ‘주요변화 평가 기준’을 충족하고 있는지 평가하고 있습니다. 정부의 입
학정원 배정 계획에 의하면 30개 대학이 주요변화 평가 대상이 되고, 평가 결과에 따라 해
당 대학의 인증유형과 인증기간이 변경될 수 있습니다. 불인증을 받는 대학은 관련 법령에 
따라 정원 감축 및 모집 정지, 학생의 의사 국가시험 응시 불가와 더불어 해당 대학의 폐교
까지 처분될 수 있습니다. 이러한 심각한 상황이 발생하지 않도록 대학별 증원 규모와 적용 
시기를 논의하는 전문가 협의체를 원고를 포함하여 구성할 것을 제안합니다. 
○ 인정기관 지정기준을 충족하여 인정기관으로 (재)지정된 인정기관이 평가ㆍ인증의 기준, 
방법 및 절차를 변경할 때마다 인정기관심의위원회의 심의를 받도록 하는 것은 인정기
관의 전문성과 독립성을 심각하게 훼손할 우려가 있는 부당한 절차입니다. 
○ ｢고등교육기관의 평가ㆍ인증 등에 관한 규정｣ 제6조 제7항에 따르면 인정기관의 평가ㆍ
인증의 기준, 방법 및 절차 등의 변경은 피고에게 사후에 보고할 대상에 불과하므로, 사
전에 인정기관심의위원회의 심의를 거쳐야 할 대상이라고 볼 수 없습니다. 
○ ｢고등교육 평가ㆍ인증 인정기관 지정기준｣은, 신청기관이 인정기관 지정기준을 충족하는 
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라. 이 사건 부관의 부가 및 이 사건 평가기준 등 변경 
1) 피고는 2024. 7. 5. 인정기관심의위원회의 심의를 거쳐 ‘주요변화계획서 평가의 
기준, 방법 및 절차 등 변경 시 인정기관심의위원회에서 사전 심의’를 조건(이하 ‘이 사
건 부관’이라 한다)으로 원고를 인정기관으로 재지정하기로 결정하고 원고의 장에게 이
를 알렸다.
2) 원고는 2024. 9. 5. 인정기관심의위원회의 심의를 거치지 않고 ｢주요변화계획서
에 관한 지침｣(이하 ‘이 사건 지침’이라 한다)을 개정하고 의대정원 증원이 이 사건 지
침 제2조 제4호(현 입학정원 또는 총 재적생 대비 10% 이상 증원)가 아닌 같은 조 제
5호(그 외 기본의학교육과정에 지대한 영향을 끼칠 수 있다고 인정되는 경우)에 해당
한다는 전제 아래 ｢2025학년도 주요변화평가 계획｣을 발표하였다(이하 ‘이 사건 평가
기준 등 변경’이라 한다). 이 사건 평가기준 등 변경의 주요 내용은 아래와 같다.
경우 인정기관으로 지정한다고 규정하고 있으므로(제7조 제1호), 인정기관으로 재지정하
면서 ‘조건’을 붙일 수는 없습니다. 
변경 전 변경 후
주요변화 유형별 
기술항목
이 사건 지침 
제2조 제4호: 
15개
이 사건 지침 제2조 제4호: 15개
이 사건 지침 제2조 제5호: 49개
주요변화계획서 
제출기한
주요 변화 시작 
1개월 전까지
주요 변화 시작 3개월 전까지
(의대정원 증원이 적용된 신입생 입학ㆍ개강 3개월 전인 
2024. 11. 30.까지)
평가 횟수
총 1회
(주요 변화 발생 시)
총 6회
(입학정원 증원 결정 시부터 졸업생 배출 전까지 
총 6년간 매년)
판정 지침 별도로 없음
○ 기술항목 49개 중 80% 이상(40개)을 충족하여야 함
○ 기술항목 중 대규모 증원에 따른 교육의 질 유지
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마. 이 사건 평가기준 등 변경에 관한 인정기관심의위원회 사후 심의
1) 피고는 2024. 9. 10. 인정기관심의위원회의 심의를 위하여 각 의과대학에 이 사
건 평가기준 등 변경에 대한 의견 조회를 진행한 결과, 각 의과대학으로부터 ‘신설된 
주요변화 유형별 기술항목(이 사건 지침 제2조 제5호에 대한 것)이 지나치게 많고, 신
임 총장 취임ㆍ예산 확정 등의 문제로 2024. 11. 30.까지 주요변화계획서를 제출하는 
것이 현실적으로 어려우며, 6년간 매년 평가를 받는 것은 시간적ㆍ비용적으로 상당한 
부담이 되고, 엄격한 내용의 정량적인 판정 지침이 갑작스럽게 신설된 것은 합당하지 
않다’는 취지의 의견을 회신 받았다. 
2) 피고는 2024. 9. 11. 인정기관심의위원회를 개최하여 이 사건 평가기준 등 변경
에 관한 사항을 심의하였고, 2024. 10. 14. 원고에게 아래와 같은 내용의 심사의견서를 
송부하였다(이하 ‘이 사건 심의 결과’라 한다). 
2) 구체적으로 K.5.1.1.(의과대학은 세계의학교육연합회가 권고하는 기초의학 분야별로 적절한 수의 교수를 확보하고 있다), 
K.5.1.4.(의과대학은 임상의학 전공분야별로 적절한 수의 교수를 확보하고 있다), K.6.1.1.(의과대학은 학생 교육을 위한 교육 
기본시설을 적절하게 갖추고 있다), K.6.1.2.(의과대학은 학생 교육을 위한 교육 지원시설을 적절하게 갖추고 있다), K.8.3.2.
(의과대학은 교육과정의 실행을 위해 필요한 자원을 확보하고 교육적 요구에 필요한 자원을 할당하고 있다)가 이에 해당한다.
에 가장 핵심적인 역할을 하는 5개 기준2)은 모두 
충족하여야 함
1. 평가 일정
○ 주요변화평가 계획에 대한 대학들의 의견 조회 결과, 주요변화계획서 제출기한을 연장
하여 줄 것을 요청하고 있으므로, 이에 대한 고려가 필요함
○ 평가일정상 대학의 투자 및 인력 확보 등을 위한 적절한 대응과 준비를 위한 기간을 
고려할 필요가 있음. 예산(재정) 투자 등은 이미 회계연도가 성립되어 있고, 국립대학
은 내년도 예산이 편성되었으나 사립대학은 예산편성을 위한 의견수렴도 이루어지지 
않아 교육여건 개선을 위한 투자계획의 적실성을 판단하기가 상대적으로 어려움. 특히 
사립대학은 2025년도 예산안이 일반적으로 2025. 2. 말경 이사회 의결로 결정되므로, 
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대학의 보고서 제출기한을 1개월가량 연기하는 방안을 권고함
2. 평가 횟수
○ 2024년도 1차 주요변화계획 평가는 대규모 정원 증원으로 인한 기본의학 교육환경의 
변화 및 이에 대한 개선계획을 점검한다는 차원에서 기존의 정기평가와 구분하여 별도 
시행하는 것이 타당함
○ 다만, 2차 연도(2025년도)부터의 평가는 정기평가(중간평가)와 주요변화평가의 목적이
나 내용(실적과 향후 개선계획)에 명확한 차별성이 있다고 보기 곤란함. 주요변화계획 
평가의 2차 연도 평가부터는 가급적 정기평가(중간평가)와 연계하여 추진할 것을 권고
함
3. 평가 기준
○ 주요변화평가의 목적에 부합하도록 증원과의 관련성이 큰 기준 위주로 평가기준을 간
소화하고, 평가기준을 지속적으로 고도화할 것을 권고함
○ 주요변화계획서의 기술항목과 관련하여 정원의 증원과 관련이 큰 항목 중심으로 단순
화할 필요가 있음. 예컨대 K.1.2.1.(의과대학의 자율성) 등 일부 평가항목은 정원증원 
대응 차원의 시급한 평가항목이라고 인정하기 어려우며, K.5.2.3.(신임교수 워크샵)은 
정원증원으로 인하여 부정적 영향이 발생되는 문제에 관한 평가항목으로 보기 어려움
○ 반면, 의학교육 기여도가 큰 필수분야의 분야별 교수 현황 등은 전체 교수 수를 평가하
는 것만으로는 적정성을 평가하는 데에 한계가 있으므로 이러한 문제에 대한 대비를 
할 수 있도록 평가항목의 고도화 검토 필요 
4. 결과 판정
○ 1차 연도 평가는 계획에 관한 평가이고, 평가 결과에 따른 인증유형 등의 변경은 결과
적으로 학생의 피해와 의학교육 현장의 극심한 혼란을 유발할 수도 있으므로, 1차 연
도 평가는 인증유형 변경(예: 불인증)보다는 보완요구 및 교육의 질 향상을 위한 컨설
팅으로 진행할 것을 권고함
5. 주요변화계획서에 관한 지침
○ 원고가 제시한 주요변화평가 계획의 내용에 따르면 의대 정원이 10% 이상 증가된 대
학에 대한 평가에 해당하므로, 이 사건 지침 제2조 제4호에 따라 [표 1: 기술항목 15
개]에 해당하나, 원고는 이 사건 지침 제2조 제5호에 따라 [표 2: 기술항목 49개]를 
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바. 3개의 의과대학에 대한 불인증 유예 판정
1) 원고는 2024. 10. 23. 피고에게 이 사건 심의 결과에 대하여 대부분 받아들일 수 
없다는 취지의 ‘심사의견서 권고 및 보완에 대한 이행계획’을 제출하였다.
2) 원고는 2025. 2.경 이 사건 평가기준 등 변경된 내용에 따라 주요변화평가를 실시
한 결과 B, C, D에 대하여 ‘불인증(non-accreditation) 유예’ 판정3)을 하였다.
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 5, 6호증, 을 제2 내지 5, 8, 11, 12, 16 
내지 23호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 관계 법령
별지 기재와 같다. 
3. 원고의 주장
가. 주위적 청구
이 사건 부관은 독립하여 항고소송의 대상이 되는 ‘부담’에 해당하고, 아래와 같은 
이유로 위법하므로 취소되어야 한다. 
3) 원고의 ｢의학교육인증단 규정｣ 제10조 제2항에 따르면, 인증유형에는 인증(accreditation), 불인증(non-accreditation)이 있으
며, 대학이 인증기준을 충족하지 못하거나 정당한 사유 없이 평가인증에 응하지 않는 경우 불인증에 해당하며, 불인증 판정
을 1년간 유예할 수 있다.
제시하고 있으므로, 이 사건 지침과 주요변화평가 계획이 불일치하는 것으로 판단됨. 
이 사건 지침의 규정과 주요변화평가 계획을 개정하여 일치성을 확보할 수 있도록 보
완이 필요함
- 부가하면, 이 사건 지침과 주요변화평가 계획상의 변화 유형 기술이 혼동을 초래하거나 
충돌할 소지가 있으므로, 변화 유형 및 평가항목 적용상의 문제제기 가능성을 해소할 
수 있도록 보완이 필요함
6. 기타
○ 이 사건 지침의 규정과 주요변화평가 계획의 일치성 확보를 위하여 새롭게 이 사건 지
침 및 계획을 수립할 때 인정기관심의위원회의 사전 심의를 거칠 것을 권고함
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1) 고등교육법 제11조의2의 위임을 받은 ｢고등교육기관의 평가ㆍ인증 등에 관한 
규정｣(이하 ‘이 사건 대통령령’이라 한다) 제6조 제7항은 ‘인정기관은 평가ㆍ인증의 기
준ㆍ방법 및 절차 등을 변경할 때에는 결정 후 1주일 이내에 그 사실을 교육부장관(피
고)에게 알려야 한다’고 정하고 있을 뿐, 인정기관이 평가ㆍ인증의 기준ㆍ방법 및 절차 
등을 변경할 때 사전에 피고에게 보고하여 인정기관심의위원회의 심의를 거쳐야 한다
고 정하고 있지 않다. 따라서 이 사건 부관은 법률상 근거가 없을 뿐만 아니라, 이 사
건 대통령령 제6조 제7항의 취지, 즉 평가ㆍ인증의 기준ㆍ방법 및 절차 등을 변경할 
때 사후에 보고할 의무만을 부과함으로써 인정기관의 독립성과 전문성을 보장하고자 
하는 것에 반하므로 위법하다.
2) 피고는 이 사건 부관을 통하여 피고의 정책 목표와 일치하지 않는 평가ㆍ인증
의 기준ㆍ방법 및 절차 등의 변경을 막고자 하는 것으로 보이는데, 이는 앞서 본 이 
사건 대통령령 제6조 제7항의 취지에 위배되고, 평가ㆍ인증의 기준ㆍ방법 및 절차 등
을 변경할 때마다 사전에 피고에게 보고하여 인정기관심의위원회의 심의를 거치도록 
하는 것은 원고에게 지나치게 가혹하며, 피고로서는 이 사건 대통령령 제7조의3 제1
항, 제2항 제2호에 따라 인정기관이 지정기준에 미달하게 된 경우 보완 지시ㆍ재지정 
취소를 할 수 있으므로 최소 침해를 가져오는 것이라고 보이지도 않는다. 따라서 이 
사건 부관은 비례의 원칙에 위배되므로 위법하다. 
나. 예비적 청구
설령 이 사건 부관이 독립하여 항고소송의 대상이 되지 않는 ‘조건’에 불과하다고 
하더라도, 이 사건 재지정 처분은 위 가. 1), 2)항과 같은 이유로 위법하므로 취소되어
야 한다. 
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4. 주위적 청구에 관한 판단
가. 이 사건 부관의 법적 성격: 부담
1) 행정행위의 부관은 행정행위의 일반적인 효력이나 효과를 제한하기 위하여 의
사표시의 주된 내용에 부가되는 종된 의사표시이지 그 자체로서 직접 법적 효과를 발
생하는 독립된 처분이 아니므로 현행 행정쟁송제도 아래서는 부관 그 자체만을 독립된 
쟁송의 대상으로 할 수 없는 것이 원칙이나, 행정행위의 부관 중에서도 행정행위에 부
수하여 그 행정행위의 상대방에게 일정한 의무를 부과하는 행정청의 의사표시인 ‘부담’
인 경우에는 다른 부관과는 달리 행정행위의 불가분적인 요소가 아니고 그 존속이 본
체인 행정행위의 존재를 전제로 하는 것일 뿐이므로 ‘부담’ 그 자체로서 행정쟁송의 대
상이 될 수 있다고 할 것이다(대법원 1992. 1. 21. 선고 91누1264 판결 참조).
행정행위에 부관이 부가된 경우 그것이 조건, 기한, 부담, 철회권의 유보 중 어느 
종류의 부관에 해당하는지는 당해 처분에 표시된 행정청의 객관적 의사를 중심으로 그 
처분의 경위나 제도적 배경, 처분의 근거가 된 법령과 당해 처분을 통하여 행정청이 
달성하려는 행정목적을 종합적으로 참작하여 판단하여야 한다(대법원 2008. 11. 13. 선
고 2006두16724 판결 참조).
2) 위 인정사실과 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 아
래와 같은 사정에 비추어 볼 때, 이 사건 부관은 이 사건 재지정 처분에 부수하여 원
고에게 일정한 의무를 부과하는 부담에 해당하므로, 그 자체로서 독립하여 항고소송의 
대상이 된다고 봄이 타당하다. 
① 이 사건 부관의 내용은 원고가 주요변화계획서 평가의 기준, 방법 및 절차 등
을 변경할 때 인정기관심의위원회의 사전 심의를 거쳐야 한다는 것으로서 그 문언의 
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내용상 원고에게 일정한 의무를 부담하도록 하는 것이다.
② 피고는 이 사건 재지정 처분에서 이 사건 부관을 준수하지 않을 경우 이 사건 
재지정 처분의 효력이 소멸한다는 내용을 명시적으로 기재하지 않았고, 원고가 이 사
건 부관을 준수하지 않고 이 사건 평가기준 등 변경을 하였음에도 이 사건 재지정 처
분의 효력을 문제 삼는 대신 앞으로 이 사건 부관을 준수할 것을 권고하고 있을 뿐이
다.
③ 원고는 주위적 청구로 이 사건 부관의 취소를 구하면서 예비적 청구로 이 사건 
부관이 ‘부담’에 해당하지 않을 경우를 대비하여 이 사건 재지정 처분의 취소를 구하고 
있는데, 피고는 이 사건 소 중 주위적 청구 부분에 관하여 이 사건 부관이 독립된 쟁
송의 대상이 되지 않는다는 본안전항변을 하는 대신 주위적 청구가 이유 없다고 주장
하고 있을 뿐이다. 
나. 이 사건 부관의 위법 여부
1) 부관의 내용적 한계
가) 재량행위에 있어서는 법령상의 근거가 없다고 하더라도 부관을 붙일 수 있
는데, 그 부관의 내용은 적법하고 이행가능하여야 하며 비례의 원칙 및 평등의 원칙에 
적합하고 행정처분의 본질적 효력을 해하지 아니하는 한도의 것이어야 한다(대법원 
1997. 3. 14. 선고 96누16698 판결 참조).
나) 행정기본법 제17조 제1항은 ‘행정청은 처분에 재량이 있는 경우에는 부관(조
건, 기한, 부담, 철회권의 유보 등)을 붙일 수 있다’고 규정하고 있고, 같은 조 제4항은 
‘부관은 다음 각 호의 요건에 적합하여야 한다’고 규정하면서 제3호에서 ‘해당 처분의 
목적을 달성하기 위하여 필요한 최소한의 범위일 것’을 들고 있다. 
- 11 -
2) 관련 법령의 내용
가) 고등교육법 제11조의2 제5항의 위임을 받은 이 사건 대통령령(고등교육기관
의 평가ㆍ인증 등에 관한 규정)은 제7조 제2항에서 ‘인정기관의 재지정 기준은 제5조
를 준용한다’고 규정하고 있고, 제5조 제1항에서 인정기관의 지정기준으로 ‘공정하고 
객관적인 평가ㆍ인증을 할 수 있는 조직ㆍ기구 및 인력 등의 체제를 갖추고 있을 것’
(제1호), ‘평가ㆍ인증과 관련한 재정ㆍ예산 체제를 갖추고 있을 것’(제1의2호), ‘평가ㆍ
인증하는 데 적합한 기준, 평가방법 및 절차를 갖추고 있을 것’(제2호) 등을 열거하고 
있다. 
이 사건 대통령령 제5조 제2항은 ‘인정기관의 지정기준에 대한 구체적인 내용은 
교육부장관이 정한다’고 규정하고 있고, 그 위임을 받은 ｢고등교육 평가ㆍ인증 인정기
관 지정기준｣(이하 ‘이 사건 교육부고시’라 한다)은 제4조에서 ‘조직ㆍ기구 및 인력 등 
체제 관련 지정기준’으로 ‘프로그램 평가ㆍ인증을 목적으로 하는 비영리법인으로 회원
기관이나 지원기관 등으로부터 독립성을 보장받고 있을 것’(제1호 나목), ‘전문성을 갖
추고 공공의 이익을 대표할 수 있는 인사로 평가ㆍ인증 여부에 대한 최종 의사결정기
구인 인증판정위원회를 구성ㆍ운영하고 있을 것’(제1호 다목), ‘평가ㆍ인증 업무를 원활
하고 공정하게 수행하기 위하여 필요한 재정적 기반과 독립성을 갖추고 있을 것’(제2호 
가목) 등을, 제5조 제2항에서 ‘평가ㆍ인증기준, 방법 및 절차 관련 지정기준’으로 ‘평가
ㆍ인증기준의 결정, 변경 시 공정성과 투명성을 확보하기 위한 방안이 확보되어 있으
며, 평가ㆍ인증 당시에 포함되지 않았던 변경사항이 평가ㆍ인증 대상 교육과정 등에 
발생할 경우 이에 대한 평가ㆍ인증 원칙과 절차를 가지고 있을 것’(제1호 다목), ‘공정
하고 일관된 평가ㆍ인증 판정기준을 가지고 있을 것’(제2호, 제1항 제2호 라목), ‘평가
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ㆍ인증 기준, 절차 및 결과에 대한 사회적 신뢰를 확보하고 있을 것’(제2호, 제1항 제2
호 바목) 등을 열거하고 있다. 
나) 고등교육법 제11조의2 제3항은 ‘교육부장관은 관련 평가전문기관 등을 인정
기관으로 지정할 수 있다’고 하여 인정기관의 지정을 교육부장관의 재량행위로 규정하
고 있고, 이 사건 대통령령은 제4조 제1항에서 ‘교육부장관은 인정기관의 평가ㆍ인증 
관련 업무의 지도ㆍ감독 등 인정기관에 대한 지도ㆍ감독을 할 수 있다’고 규정하면서, 
제7조의3 제1항, 제2항 제2호에서 ‘교육부장관은 인정기관이 지정기준에 미달하게 된 
경우 기간을 정하여 해당 사항을 보완하도록 지시할 수 있고, 그에 따른 보완을 하지 
아니한 경우 인정기관심의위원회의 심의를 거쳐 해당 인정기관에 대한 지정ㆍ재지정을 
취소할 수 있다’고 규정하고 있다. 
한편 이 사건 대통령령 제6조 제7항은 ‘인정기관은 평가ㆍ인증의 기준ㆍ방법 및 
절차 등을 변경할 때에는 결정 후 1주일 이내에 그 사실을 교육부장관에게 알려야 한
다’고 규정하고 있고, 이 사건 교육부고시 제9조 제1항, 제2항은 ‘교육부장관은 인정기
관이 지정기준을 일관되게 준수하는지 여부를 점검할 수 있고, 인정기관이 지정기준과 
다르게 운영하거나 평가ㆍ인증의 기준ㆍ방법 및 절차 변경 등의 사항이 발생한 경우에
는 인정기관에 대하여 지도ㆍ점검을 할 수 있다’고 규정하고 있다. 
3) 구체적 판단
앞서 본 법령의 내용과 앞서 든 증거에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 사정에 
비추어 볼 때, 이 사건 부관은 이 사건 재지정 처분의 목적을 달성하기 위하여 필요한 
최소한의 범위를 넘어 원고에게 지나치게 가혹한 의무를 부과한 것으로서 비례의 원칙
을 위반하였다고 봄이 타당하다. 
- 13 -
① 원고가 민간 단체이기는 하나, 이 사건 재지정 처분을 받은 이상 인정기관의 
재지정 기준, 즉, ㉠ 비영리 법인으로 회원기관이나 지원기관 등으로부터 조직적ㆍ재정
적으로 독립성을 갖추고 있다는 점, ㉡ 전문성을 갖추고 공공의 이익을 대표할 수 있
는 인사로 인증판정위원회를 구성ㆍ운영하고 있다는 점, ㉢ 평가ㆍ인증기준의 결정, 변
경 시 공정성과 투명성을 확보하기 위한 방안이 확보되어 있다는 점 등이 인정된다고 
볼 수 있고, 달리 원고가 이 사건 재지정 처분 당시 재지정 기준에 미달하였다고 볼 
만한 사정이 없다.
② 이 사건 부관의 내용은 원고가 주요변화계획서 평가의 기준, 방법 및 절차 
등을 변경할 때 인정기관심의위원회의 사전 심의를 거쳐야 한다는 것으로서, 주요변화
계획서와 관련하여 피고(교육부장관)가 대통령령의 개정 없이 이 사건 대통령령 제6조 
제7항(인정기관은 평가ㆍ인증의 기준ㆍ방법 및 절차 등을 변경할 때에는 결정 후 1주
일 이내에 그 사실을 교육부장관에게 알려야 한다)의 내용을 실질적으로 변경한 것이
라고 볼 수 있다.
그런데 피고로서는 이 사건 부관이 없더라도, 지도ㆍ감독권 행사의 일환으로 인
정기관인 원고에 대하여 재지정 기준을 일관되게 준수하는지를 점검할 수 있고, 원고
가 재지정 기준과 다르게 운영하거나 평가ㆍ인증의 기준ㆍ방법 및 절차 변경 등의 사
항이 발생한 경우에는 지도ㆍ점검을 할 수 있으며, 재지정 기준에 미달하게 된 경우 
기간을 정하여 해당 사항을 보완하도록 지시할 수 있고, 그에 따른 보완을 하지 아니
한 경우 인정기관심의위원회의 심의를 거쳐 재지정을 취소할 수 있는데, ㉠ 평가ㆍ인
증기준의 결정, 변경 시 공정성과 투명성을 확보하기 위한 방안이 확보되어 있을 것, 
㉡ 공정하고 일관된 평가ㆍ인증 판정기준을 가지고 있을 것, ㉢ 평가ㆍ인증 기준, 절차 
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및 결과에 대한 사회적 신뢰를 확보하고 있을 것은 재지정 기준에 해당한다. 
즉, 이 사건 대통령령 제6조 제7항이 정한 사후 보고 방식에 따르더라도, 피고는 
원고가 한 주요변화계획서 평가의 기준, 방법 및 절차 등의 변경에 공정성ㆍ투명성ㆍ
일관성ㆍ사회적 신뢰가 결여된 경우, 늦어도 1주일 뒤에 지도ㆍ점검ㆍ보완 지시ㆍ재지
정 취소를 통하여 이를 시정할 수 있다고 보이는데, 이 사건 부관은 심의의 기준을 정
하지도 않은 채 원고로 하여금 주요변화계획서 평가의 기준, 방법 및 절차 등을 변경
할 때마다 인정기관심의위원회의 사전 심의를 거치도록 요구하고 있다.
③ 원고가 2024. 9. 5. 이 사건 부관에도 불구하고 인정기관심의위원회의 심의 
없이 이 사건 평가기준 등 변경을 하고, 그로부터 1주일 이내인 2024. 9. 10. 그 사실
을 피고에게 알린 사실, 피고가 그다음 날인 2024. 9. 11. 인정기관심의위원회를 개최
하고 2024. 10. 14. 이 사건 심의 결과를 원고에게 송부한 사실, 원고가 2024. 10. 23. 
피고에게 이 사건 심의 결과를 대부분 받아들일 수 없다고 회신한 사실이 인정되기는 
한다. 그러나 이는 이 사건 부관의 존부와는 무관하게 발생한 것이므로, 이 사건 부관
의 필요성과 정당성을 뒷받침하는 사정이라고 보이지는 않는다. 
다. 소결론 
따라서 이 사건 부관은 비례의 원칙을 위반하였으므로, 원고의 나머지 주장에 관
하여 나아가 살필 필요 없이 위법하여 취소되어야 한다. 
5. 결론
그렇다면, 원고의 주위적 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 
판결한다. 
- 15 -
별지
관계 법령
▣ 행정기본법
제17조(부관)
① 행정청은 처분에 재량이 있는 경우에는 부관(조건, 기한, 부담, 철회권의 유보 등을 말한다. 
이하 이 조에서 같다)을 붙일 수 있다.
② 행정청은 처분에 재량이 없는 경우에는 법률에 근거가 있는 경우에 부관을 붙일 수 있다.
④ 부관은 다음 각 호의 요건에 적합하여야 한다.
1. 해당 처분의 목적에 위배되지 아니할 것
2. 해당 처분과 실질적인 관련이 있을 것
3. 해당 처분의 목적을 달성하기 위하여 필요한 최소한의 범위일 것
▣ 고등교육법
제11조의2(평가 등) 
① 학교는 교육부령으로 정하는 바에 따라 해당 기관의 교육과 연구, 조직과 운영, 시설과 설
비 등에 관한 사항을 스스로 점검하고 평가하여 그 결과를 공시하여야 한다.
② 교육부장관으로부터 인정받은 기관(이하 이 조에서 “인정기관”이라 한다)은 학교의 신청에 
따라 학교운영의 전반과 교육과정(학부ㆍ학과ㆍ전공을 포함한다)의 운영을 평가하거나 인증
할 수 있다. 다만, 의학ㆍ치의학ㆍ한의학 또는 간호학에 해당하는 교육과정을 운영하는 학
교는 대통령령으로 정하는 절차에 따라 인정기관의 평가ㆍ인증을 받아야 한다.
③ 교육부장관은 관련 평가전문기관, 제10조에 따른 학교협의체, 학술진흥을 위한 기관이나 단
체 등을 인정기관으로 지정할 수 있다. 
⑤ 제2항의 평가 또는 인증, 제3항의 인정기관의 지정과 제4항의 평가 또는 인증 결과의 활용
에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
▣ 고등교육기관의 평가ㆍ인증 등에 관한 규정
제4조(인정기관에 대한 지도ㆍ감독 등) 
- 16 -
① 교육부장관은 인정기관의 평가ㆍ인증 관련 업무의 지도ㆍ감독 등 인정기관에 대한 지도ㆍ
감독을 할 수 있다. 
② 교육부장관은 예산의 범위에서 인정기관의 평가ㆍ인증 프로그램 개발 등 평가ㆍ인증의 체
계화와 품질을 높이는 데에 필요한 지원을 할 수 있다.
제5조(인정기관의 지정기준) 
① 인정기관의 지정기준은 다음 각 호와 같다. 
1. 공정하고 객관적인 평가ㆍ인증을 할 수 있는 조직ㆍ기구 및 인력 등의 체제를 갖추고 있을 
것
1의2. 평가ㆍ인증 사업을 다른 회계와 구분하여 별도의 회계로 관리하는 등 평가ㆍ인증과 관
련한 재정ㆍ예산 체제를 갖추고 있을 것
2. 법 제11조의2제2항에 따른 대학운영의 전반과 교육과정(학부ㆍ학과ㆍ전공을 포함한다)의 
운영을 평가 또는 인증하는 데 적합한 기준, 평가방법 및 절차를 갖추고 있을 것
3. 학교에 대한 평가ㆍ인증 또는 자문활동 등을 한 실적이 있을 것
4. 최근 2년 내에 지정ㆍ재지정이 취소된 사실이 없을 것
② 제1항제1호, 제1호의2, 제2호 및 제3호의 기준에 대한 구체적인 내용은 교육부장관이 정한
다. 
제6조(인정기관의 지정) 
① 인정기관으로 지정받으려는 자(이하 “신청기관”이라 한다)는 별지 제1호서식의 인정기관 지
정 신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 교육부장관에게 신청하여야 한다. 
1. 정관 또는 이에 준하는 서류
2. 등기사항 증명서에 준하는 서류(신청기관이 법인이 아닌 경우에만 첨부한다)
3. 학교에 대한 평가ㆍ인증 및 자문활동 실적 내용
4. 신청한 날이 속하는 사업연도의 사업계획 및 예산내역 명세
5. 평가ㆍ인증의 기본방침과 평가실시에 관한 내용을 적은 평가ㆍ인증실시요강 및 평가기준
6. 평가ㆍ인증의 방법ㆍ절차, 인증의 종류 및 유효기간에 관한 규정
7. 평가ㆍ인증 외의 업무를 수행할 때에는 그 업무의 종류 및 개요를 적은 자료
8. 그 밖에 신청기관의 지정 여부를 심의하기 위하여 교육부장관이 정하는 자료
④ 교육부장관은 제1항에 따라 신청을 받으면 제10조에 따른 인정기관심의위원회의 심의를 거
쳐 신청일부터 3개월 이내에 인정기관의 지정 여부를 신청기관의 장에게 알리고 이를 공고
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하여야 한다. 
⑤ 교육부장관은 신청기관을 인정기관으로 지정할 때에는 별지 제2호서식의 인정기관 지정서 
또는 별지 제3호서식의 예비인정기관 지정서를 발급하며, 지정의 유효기간은 5년 이내(예비
인정기관 지정의 경우에는 2년 이내)로 한다.
⑦ 인정기관은 평가ㆍ인증의 기준ㆍ방법 및 절차 등을 변경하거나 평가ㆍ인증 업무의 전부 또
는 일부를 중단 또는 폐지할 때에는 결정 후 1주일 이내에 그 사실을 교육부장관에게 알려
야 한다. 
제7조(인정기관의 재지정) 
① 인정기관(예비인정기관은 제외한다)으로 재지정을 받으려는 자는 제6조제5항에 따른 인정 
기간이 만료되기 6개월 이전까지 교육부장관에게 재지정을 신청하여야 한다. 
② 제1항에 따른 재지정의 기준 및 절차는 제5조ㆍ제6조 및 제8조를 준용한다.
제7조의3(인정기관 지정 취소 등) 
① 교육부장관은 인정기관이 제5조에 따른 지정기준에 미달하게 된 경우 기간을 정하여 해당 
사항을 보완하도록 지시할 수 있다.
② 교육부장관은 인정기관이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 제10조에 따른 인정기
관심의위원회의 심의를 거쳐 해당 인정기관에 대한 지정ㆍ재지정을 취소할 수 있다.
2. 제5조에 따른 지정기준에 미달하는 경우로서 제1항에 따른 보완을 하지 아니한 경우
제8조(이의 신청 등) 
① 신청기관의 장은 제6조제4항 또는 제7조의3제4항에 따른 통보결과에 이의가 있으면 그 통
보를 받은 날부터 10일 이내에 교육부장관에게 이의 신청을 할 수 있다. 
② 교육부장관은 제1항에 따라 이의 신청을 받으면 제10조에 따른 인정기관심의위원회의 심의
를 거쳐 지정ㆍ재지정 및 지정ㆍ재지정 취소 여부를 결정하고, 그 결과를 이의 신청일부터 
2개월 이내에 해당 신청기관의 장에게 알려야 한다. 
제10조(인정기관심의위원회) 
① 다음 각 호의 사항을 심의하기 위하여 교육부에 인정기관심의위원회(이하 “위원회”라 한다)
를 둔다. 
1. 제6조에 따른 인정기관의 지정 및 지정의 유효기간에 관한 사항
2. 제7조에 따른 인정기관의 재지정 및 재지정의 유효기간에 관한 사항
2의2. 제7조의3제2항에 따른 인정기관의 지정ㆍ재지정 취소에 관한 사항
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3. 제8조에 따른 이의 신청에 관한 사항
4. 그 밖에 인정기관에 관하여 교육부장관이 심의를 요청하는 사항
② 위원회는 위원장 1명을 포함하여 15명 이내의 위원으로 구성한다. 
③ 위원회의 위원장은 위원 중에서 호선(互選)하며, 위원은 다음 각 호의 사람 중에서 교육부장
관이 성별을 고려하여 임명하거나 위촉한다. 
1. 교원
2. 대학의 평가에 전문적인 지식과 경험이 풍부한 사람
3. 교육부의 고위공무원단에 속하는 일반직공무원으로서 대학평가에 관한 업무를 담당하는 사
람 
④ 위원회의 사무를 처리하기 위하여 위원회에 간사 1명을 두되, 간사는 교육부 소속 공무원 
중에서 교육부장관이 임명한다. 
⑤ 위원의 임기는 2년으로 하며, 1회에 한하여 연임할 수 있다.
▣ 고등교육 평가ㆍ인증 인정기관 지정기준
제2조(정의) 
이 기준에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각 호와 같다.
1. "기관 평가ㆍ인증"이라 함은 「고등교육법」(이하 "법"이라 한다) 제2조의 각호에서 정하는 
학교(이하 "학교"라 한다)의 교육ㆍ연구, 조직ㆍ운영, 시설ㆍ설비 등의 학교 운영 전반을 평
가ㆍ인증하는 것을 말한다.
2. "프로그램 평가ㆍ인증"이라 함은 학교의 교육과정(학부ㆍ학과ㆍ전공 및 학문분야를 포함한
다)의 운영 등을 평가ㆍ인증하는 것을 말한다.
제3조(평가ㆍ인증의 종류 등) 
① 「고등교육기관의 평가ㆍ인증 등에 관한 규정」(이하 "영"이라 한다) 제6조제1항에 따른 인정
기관 지정신청과 영 제6조제3항에 따른 인정기관 지정에 적용하는 평가ㆍ인증의 종류는 기
관 평가ㆍ인증과 프로그램 평가ㆍ인증으로 구분한다.
② 기관 및 프로그램 평가ㆍ인증 신청기관은 영 별지 제1호 서식 인정기관 지정신청서의 "평
가ㆍ인증의 종류"란에 각각 평가ㆍ인증 대상에 해당하는 학교의 종류 및 인정기관으로 지
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정받으려는 평가ㆍ인증 대상 교육과정 등을 병기(倂記)하여야 하며, 교육부장관이 인정기관
으로 지정할 경우에도 이와 같다.
제4조(조직ㆍ기구 및 인력 등 체제 관련 지정기준) 
영 제5조제1항제1호에 따른 조직ㆍ기구 및 인력 등의 체제와 관련한 구체적인 내용은 다음 각 
호와 같다.
1. 조직ㆍ기구 및 인력 관련
가. 평가ㆍ인증의 실시목적이 고등교육법과 고등교육의 질적 향상에 부합하며, 목적달성을 
위한 추진계획과 추진전략을 갖추고 있을 것
나. 법 제11조의2제3항에서 정하는 기관이나 단체 중 기관 평가ㆍ인증 또는 프로그램 평가
ㆍ인증을 목적으로 하는 비영리 법인이며, 회원기관이나 지원기관 등으로부터 독립성을 
보장받고 있을 것
다. 전문성을 갖추고 공공의 이익을 대표할 수 있는 인사로 평가ㆍ인증 여부에 대한 최종 의
사결정기구인 인증판정위원회를 구성ㆍ운영하고 있을 것
라. 전문성을 갖춘 평가위원과 평가ㆍ인증 업무를 전담하는 상근(常勤) 평가지원조직을 갖추
고 있을 것
마. 평가ㆍ인증 업무에 종사하는 자를 위한 연수 프로그램 및 운영 실적이 있을 것
2. 평가ㆍ인증 실시를 위한 재정ㆍ예산 관련
가. 평가ㆍ인증 업무를 원활하고 공정하게 수행하기 위하여 필요한 재정적 기반과 독립성을 
갖추고 있으며, 평가ㆍ인증에 필요한 예산계획을 수립하고 예산을 확보ㆍ집행하고 있을 
것
나. 타 업무의 사업회계와 구분된 평가ㆍ인증 사업회계를 갖추고, 평가ㆍ인증 업무와 관련한 
기관운영경비 및 사업비 등에 대한 재무제표를 구비하고 있으며, 회계운영의 투명성을 
보장하는 절차 및 규정을 가지고 있을 것
다. 평가ㆍ인증에 관한 비용 및 수수료 기준이 있을 것
제5조(평가ㆍ인증기준, 방법 및 절차 관련 지정기준) 
① 영 제5조제1항제2호에 따른 평가ㆍ인증기준, 방법 및 절차와 관련한 구체적인 내용중 기관 
평가ㆍ인증 신청기관에 대한 사항은 다음 각 호와 같다.
2. 평가ㆍ인증방법, 절차 등 관련
- 20 -
가. 평가ㆍ인증 심사단계별로 구체적 실시기준, 양식 및 절차가 갖추어져 있으며, 이에 관한 
내용을 기재한 평가ㆍ인증 실시요강을 갖추고 있을 것
나. 평가ㆍ인증 주기와 유효기간이 있을 것
다. 평가ㆍ인증의 과정 및 결과 등에 대한 의견제출과 이의신청절차 및 이를 처리하는 공정
한 방법과 절차를 구비하고 있을 것
라. 공정하고 일관된 평가ㆍ인증 판정기준을 가지고 있을 것
마. 평가ㆍ인증 결과를 평가ㆍ인증 대상 학교와 외부에 공개하는 방법과 절차를 가지고 있을 
것
바. 평가ㆍ인증 기준, 절차 및 결과에 대한 사회적 신뢰를 확보하고 있을 것
② 영 제5조제1항제2호에 따른 평가ㆍ인증기준, 방법 및 절차와 관련한 구체적인 내용중 프로
그램 평가ㆍ인증 신청기관에 대한 사항은 다음 각 호와 같다. 다만, 신청기관이 국제적 인
증기관 협의체(인정기관심의위원회의 심의를 거쳐 인정되는 경우에 한한다)의 정회원 자격
을 갖는 경우에는 제1호 각목에서 정하는 인정기관 지정기준을 충족한 것으로 볼 수 있다.
1. 평가ㆍ인증기준 관련
가. 평가ㆍ인증기준이 해당 교육과정 등의 교육목표, 특성화된 발전계획 및 추진실적, 교육과
정 및 교수방법, 학사관리, 학생, 교원ㆍ직원, 시설ㆍ설비, 교육 또는 연구성과 등을 포함
할 것
나. 평가ㆍ인증 대상 교육과정 등의 특성화된 교육 또는 연구 성과 향상을 위한 다양한 평가
ㆍ인증기준을 갖출 것
다. 평가ㆍ인증기준의 결정, 변경시 공정성과 투명성을 확보하기 위한 방안이 확보되어 있으
며, 평가ㆍ인증 당시에 포함되지 않았던 변경사항이 평가ㆍ인증 대상 교육과정 등에 발
생할 경우 이에 대한 평가ㆍ인증 원칙과 절차를 가지고 있을 것
2. 평가ㆍ인증방법, 절차 등에 관한 기준은 제5조제1항제2호 가목 내지 바목을 준용한다.
제7조(인정기관 지정 여부 결정 구분) 
이 기준에 따라 위원회의 심의를 거쳐 교육부장관의 인정기관 지정 여부 결정은 다음 각 호와 
같이 구분한다.
1. "인정": 신청기관이 인정기관 지정기준을 충족하는 경우 인정기관으로 지정하고 그 유효기
간은 5년 이내로 한다.
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제9조(지도ㆍ감독) 
① 교육부장관은 인정기관이 영 제5조 및 동 고시에서 정한 지정기준을 일관되게 준수하는지 
여부를 점검할 수 있다.
② 교육부장관은 인정기관이 지정기준과 다르게 운영하거나 영 제6조제4항4)에 따른 변경 등 
사항이 발생한 경우에는 인정기관에 대하여 지도ㆍ점검을 할 수 있다. 
▣ 고등교육법 시행령(2025. 5. 27. 대통령령 제35536호로 개정된 것) 
제30조의3(의과대학 등이 있는 대학의 2026학년도 입학에 관한 특례)
① 「의료법」 제2조제1항의 의료인 중 의사의 양성을 목적으로 하는 전문대학원(이하 이 조에
서 "의학전문대학원"이라 한다) 또는 의과대학이 있는 대학의 장은 제28조제3항 및 제30조
제3항에도 불구하고 대학의 교육여건 등을 고려하여 교육부장관이 관계 중앙행정기관의 장
과 협의하여 정한 기준에 따라 입학정원을 조정한 모집인원의 범위에서 입학을 허가할 수 
있다. 이 경우 의학전문대학원 또는 의과대학이 있는 대학의 장은 필요하다고 인정하는 경
우 의학전문대학원의 장 또는 의과대학의 장의 의견을 청취할 수 있다.
② 의과대학이 있는 대학의 장은 제1항 전단에 따라 입학정원을 조정한 모집인원의 범위에서 
입학을 허가하는 경우 법 제34조의5제4항 전단에 따라 수립하여 공표한 2026학년도 대학
입학전형시행계획을 같은 조 제6항 단서에 따라 2025년 5월 31일까지 변경하여 공표해야 
한다.
끝.
4) 위 조항은 ｢고등교육 평가ㆍ인증 인정기관 지정기준｣이 2009. 6. 30. 제정된 이후 개정되지 않았는데, 위 조항의 ‘영 제6조 
제4항’은 당시 시행 중이던 구 ｢고등교육기관의 평가ㆍ인증 등에 관한 규정｣(2013. 3. 23. 대통령령 제24423호로 개정되기 전
의 것) 제6조 제4항을 의미하는 것으로 보이고, 그 내용은 “인정기관은 평가ㆍ인증의 기준ㆍ 방법 및 절차 등을 변경하거나 
평가ㆍ인증 업무의 전부 또는 일부를 중단 또는 폐지할 때에는 결정 후 1주일 이내에 그 사실을 교육과학기술부장관에게 알
려야 한다”로 현행 ｢고등교육기관의 평가ㆍ인증 등에 관한 규정｣ 제6조 제7항과 같다.