[행정 판결문] 서울행정법원 2023구단53235 - 취득세 등 경정거부처분취소

 

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서 울 행 정 법 원

판 결

사 건 2023구단53235 취득세 등 경정거부처분취소

원 고 A

피 고 서울특별시 서초구청장

변 론 종 결 2024. 3. 6.

판 결 선 고 2024. 4. 17.

주 문

1. 피고가 2021. 11. 22. 원고에 대하여 한 경정거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2020. *. *. 행정안전부장관으로부터 협동조합 기본법 제85조 제1항에 따

른 설립인가를 받아 2020. *. *. 설립된 사회적협동조합이다.

나. 원고는 2021. 8. 20. 서울 S구 T 대 234.8㎡ 및 그 지상 3층 근린생활시설(이하

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합하여 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 취득한 다음, 이 사건 부동산의 건물 1층과 2층

중 원고의 조합원들에게 임대한 부분(이하 ‘이 사건 쟁점 부분’이라 한다)을 제외한 원

고의 직접 사용 부분이 구 서울특별시 시세 감면 조례(2021. 12. 30. 서울특별시 조례

제8217호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 서울특별시 시세 감면 조례’라 한다) 제11조

제1항 본문(이하 ‘이 사건 감면조항’이라 한다)에 따른 ‘사회적협동조합이 그 고유업무

에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산’에 해당된다는 사유로 취득가액

2,537,640,000원을 과세표준으로 하여 취득세 50%를 감면받아 피고에게 취득세

144,903,760원, 지방교육세 21,735,560원, 농어촌특별세 15,244,070원 합계 181,883,390

원을 신고ㆍ납부하였다.

다. 이후 원고는 2021. 9. 29. 피고에게 이 사건 쟁점 부분도 이 사건 감면조항에 따

라 취득세 50%를 감면받아야 된다는 취지로 경정청구를 하였으나, 피고는 2021. 11.

22. 원고에게 이 사건 쟁점 부분은 임차인이 사용하는 공간으로 이 사건 부동산의 소

유자인 원고가 직접 사용한 것으로 볼 수 없다는 이유로 원고의 경정청구를 거부하는

처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 서울특별시장에게 이의신청을 하였으나, 2022.

4. 27. 기각되었고, 이에 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2022. 12. 7. 기각되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 10, 12, 13, 14호증(가지번호 있는 것은 가지번

호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

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가. 원고 주장의 요지

이 사건 감면조항은 원고와 같은 사회적협동조합이 그 고유업무에 직접 사용하기

위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 50% 감면하도록 규정하고 있다.

구 서울특별시 시세 감면 조례 제2조, 구 지방세특례제한법(2021. 12. 28. 법률 제

18656호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세특례제한법’이라 한다) 제2조 제1항 제1

호 및 제8호에 따라, 이 사건 감면조항의 ‘고유업무’란 법령에서 개별적으로 규정한 업

무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말하고, 이 사건 감면조항의 ‘직접

사용’이란 부동산 등의 소유자가 해당 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에

맞게 사용하는 것을 말한다.

그런데 원고의 법인등기부에 목적사업으로 ‘지역공동체 활성화를 위한 공간운영사

업’ 및 ‘시민자산화를 위한 부동산 임대 및 관리’가 명시되어 있으므로, 원고가 이 사건

쟁점 부분을 원고의 조합원들에게 임대하기 위해 취득하는 것도 원고가 그 고유업무에

직접 사용하기 위하여 취득하는 것으로 보아야 한다.

따라서 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 인정사실

1) 원고는 2020. *. *. 행정안전부장관으로부터 협동조합 기본법 제85조 제1항에

따른 설립인가를 받고 2020. *. *. 설립되었는데, 원고의 설립 당시 법인등기부상 목적

사업은 다음과 같다.

원고는 자주적, 자립적, 자치적인 조합 활동으로 공동자산을 구지역공동체 활성화를 위한
공유공간을 조성 운영한다. 또한 사회적 경제 활성화와 노동존중문화 정착을 통하여 지역
사회에 기여함을 목적으로 한다.

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2) 서울특별시는 2021. 4.경 ‘서울특별시 사회투자기금’을 수행기관(사회적금융기

관)에 무이자로 융자하여 수행기관으로 하여금 3개 이상 사회적경제기업을 구성원으로

하고 민간자산 공동소유 및 사용을 계획하는 사회적경제조직에 ‘공동으로 사무, 주거,

커뮤니티 공간을 조성하기 위한 토지 및 건물 매입비용’ 등의 용도로 장기ㆍ저리로 재

융자하도록 함으로써 사회적경제주체들이 공동소유 자산을 구축하여 사무, 주거, 커뮤

니티 공간을 마련하고 협업화를 촉진하기 위한 공간을 조성하는 사업인 ‘2021년도 민

간자산 클러스터 융자사업’(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)의 수행기관을 공모하는 계획

을 밝히고 이를 공고하였다.

위 공문의 ‘실융자 대상 및 조건’의 내용 중 이 사건과 관련된 부분은 다음과 같다.

원고는 그 목적을 달성하기 위하여 다음 사업을 주 사업으로 한다.
- 지역공동체 활성화를 위한 공간운영사업

□ 실융자 대상 및 조건
○ 실융자 대상: 3개 이상 사회적경제기업을 구성원으로 하고, 민간자산 공동소유 및 사

용을 계획하는 사회적경제조직(법인 또는 단체)
※ 자산을 실질적으로 공동소유ㆍ사용할 목적을 가진 협동조합, 사단법인 등 법인ㆍ단

체로서 본 융자를 통해 매입한 자산의 매각, 처분, 사용 등에 대하여 구성원 공동
의사결정을 통해 결정됨을 법인 정관 또는 규약(규정) 등에 명시하고 있는 법인

○ 실융자 대상 의무사항
- 민간자산 클러스터 조성 공간 내 사회적경제기업 50% 이상 입주
※ 사회적경제기업은 서울시 사회적경제 기본조례 제3조 제2호에 따른 사회적경제기

업 및 소셜벤처를 포함하며, 공간 내 면적 및 입주기업 수를 기준으로 50% 이상
되어야 함

- 입주기업 임차계약 시 임대료 인상률 연 5% 이내
- 클러스터 조성 이후 자산 매각 등 본 사업 목적 외로 융자금(기금) 사용 금지
※ (1) 자산의 소유권 또는 처분으로 인한 이익이 사회적경제조직 공동체가 아닌 특

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3) 서울특별시는 2021. 5.경 이 사건 사업의 수행기관으로 B협동조합(이하 ‘B’이라

한다)을 선정하였고, 원고는 B의 이 사건 사업의 참여기관 공모에 지원하여 2021. 7.경

이 사건 사업의 참여기관으로 선정되었다.

위 참여기관 공고문에는 지원대상이 ‘민간자산 공동소유 및 사용을 계획하는 사회

적경제조직’이라고 기재되어 있었고, 지원기관 의무사항이 ‘민간자산 클러스터 조성 공

간 내 사회적경제기업 60% 이상 입주’, ‘입주기업 임차계약 시 임대료 인상률 연 5%

이내’, ‘융자 협약 기간 동안 본 사업 목적의 사회적경제조직 클러스터 의무 운영 지속’

등이라고 기재되어 있었다.

4) 원고는 2021. 7. 6. 임시총회를 개최하여 원고의 정관 제60조(사업의 종류) 제1항

에 ‘시민자산화를 위한 부동산 임대 및 관리, 지역공동체 활성화를 위한 교육 및 서비스

제공’을 추가하는 것으로 정관을 개정하기로 의결하고, 2021. 7. 14. 행정안전부장관으로

부터 협동조합 기본법 제86조 제3항에 따른 정관 변경에 대한 인가를 받은 다음, 2021.

7. 16. 원고의 법인등기부상 목적사업에 ‘1) 시민자산화를 위한 부동산 임대 및 관리, 2)

지역공동체 활성화를 위한 교육 및 서비스 제공’을 추가하는 변경등기를 마쳤다.

5) 이 사건 사업에 따라, 원고는 2021. 8. 17.경 B와 대출금 23억 1,000만 원, 이

자 연 1.5%로 정하여 대출약정(이하 ‘이 사건 대출약정’이라 한다)을 체결하였다.

6) 원고는 2021. 8. 20. 이 사건 부동산에 관하여 2021. 4. 28. 매매를 원인으로 하

는 소유권이전등기를 원고 앞으로 마친 후, 이 사건 부동산 중 건물에 대한 리모델링

정 개인 또는 법인에게 귀속되는 경우, (2) 융자 협약 기간 내 당초 민간자산 클러
스터 추진 방향 및 취지와 맞지 않는 공간 운영 시에는 市 융자금 전액 회수 등
불이익 조치(※ 실융자 대상과의 여신거래약정서에 반드시 포함)

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공사를 시작하여 2021. 12.경 그 공사를 완료하였다. 이 사건 부동산의 이용 현황은 다

음 표 기재와 같다.

7) 원고의 조합원들인 ‘C’ 등은 원고로부터 이 사건 쟁점 부분을 임차하여 2021.

12.경 이 사건 쟁점 부분에 입주하였다. 이 사건 쟁점 부분의 원고 조합원들 임대차 현

황은 다음 표 기재와 같다.

8) 한편 원고의 정관(2021. 7. 6. 개정된 것, 이하 ‘원고의 정관’이라 한다) 및 ‘A

관리 운영 규정’의 내용 중 이 사건과 관련된 부분은 다음과 같다.

[원고의 정관]
제2조(목적)

순번 임차인(조합원) 층수 및 용도 면적(㎡) 월차임(원) 보증금(원)
1 C 1층 카페 16.83 500,000 10,000,000
2 D 1층 돌봄센터 75.66 1,800,000 40,000,000
3 E 2층 사무실 17.46 420,000 15,000,000
4 F 2층 사무실 17.46 420,000 15,000,000
5 G 2층 사무실 20.88 500,000 15,000,000
6 H 2층 사무실 8.73 200,000 5,000,000

합계 157.02 3,840,000 100,000,000

구분 면적(㎡) 용도 현황
3층 61.41 공유주방, 중회의실 원고 운영
2층 129.59 공동사무실, 소회의실 원고 운영 및 조합원 임대
1층 128.60 소회의실, 소형카페 등 조합원 임대
지하 40.66 복합문화공간 원고 운영

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A(이하 ‘조합’이라 한다)는 자주적ㆍ자립적ㆍ자치적인 조합 활동으로 공동자산을 구축하고
지역공동체 활성화를 위한 공유공간을 조성 운영한다. 또한 사회적경제 활성화와 노동존중
문화 정착을 통하여 지역 사회에 기여함을 목적으로 한다.
제10조(조합원의 자격 및 유형)
① 조합의 설립목적에 동의하고 조합원으로서의 의무를 다하고자 하는 자는 조합원이 될

수 있다.
② 조합원의 유형은 다음 각호와 같다.
1. 생산자조합원: 조합의 공간에 입주하거나 예정인 개인 및 법인
2. 소비자조합원: 조합의 공간을 이용하는 개인 및 법인
3. 직원조합원: 조합에서 고용된 자
4. 자원봉사자조합원: 조합에 무상으로 필요한 서비스 등을 제공하거나 조합운영을 지원

하는 자
5. 후원자조합원: 조합에 필요한 물품 등을 기부하거나 자금 등을 후원하는 개인 및 법인
제18조(출자)
① 조합원은 유형에 따라 다음 각호의 규정된 좌수 이상의 출자를 하여야 하며, 출자 1좌의

금액은 1백만 원으로 한다.
1. 생산자조합원: 50좌 이상
2. 소비자 조합원: 10좌 이상
3. 직원조합원: 1좌 이상
4. 자원봉사자조합원: 1좌 이상
5. 후원자조합원: 10좌 이상
제23조(경비 및 사용료와 수수료)
① 조합은 사업운영을 위하여 조합원 및 조합의 사업을 이용하는 자에게 다음 각호의 경비

및 사용료와 수수료를 부과 및 징수할 수 있다.
1. 기본회비
2. 공유공간 활성화를 위한 비용
3. 건물사용료
4. 공간이용료
5. 사업수수료
② 제1항에 따른 경비 및 사용료와 수수료의 부과대상, 부과금액, 부과방법, 징수시기와 징수

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방법은 규약으로 정한다.
제60조(사업의 종류)
① 이 조합은 그 목적을 달성하기 위하여 다음 각호의 사업을 주 사업으로 하여야 하고, 주

사업은 협동조합 전체 사업량의 100분의 40 이상이어야 한다.
1. 지역공동체 활성화를 위한 공간 운영사업
- 시민자산화를 위한 부동산 임대 및 관리
- 지역공동체 활성화를 위한 교육 및 서비스 제공
④ 이 조합은 주 사업의 목적 및 판단기준을 적용하기 위하여 수행할 사업유형은 ‘지역사업

형’으로서 ‘수입ㆍ지출 예산서 및 사업결과보고서상 전체 사업비의 100분의 40 이상을
주 사업 목적으로 지출할 것’으로 한다.

[A 관리 운영 규정]
제1조(목적)
이 규정은 정관 제23조(경비 및 사용료와 수수료) 및 사용료 및 수수료에 관한 규약에 의하
여 본 조합 소유건물 및 임차공간의 관리운영에 필요한 사항을 규정함을 목적으로 한다.
제3조(임대차계약)
사무공간 및 그 외 임대공간의 계약은 아래의 기준을 적용한다.
1. 생산자조합원에게는 사무공간을 제공할 수 있으며 유상으로 한다.
2. 소비자조합원, 공유오피스 이용자의 시설임대에 대해서는 이사회의 결정이 있어야 한다.
제4조(공간대여)
조합 소유의 공간을 일시적으로 대여하는 경우에는 아래의 기준을 적용한다.
1. 생산자조합원은 ‘문화공간(비정규공간 비) 혹은 강의실(신길수홀)’에 대해서 주 2회(4시간

기준, 야간은 1회로 제한)의 사용권, ‘공유주방’에 대해서 주 1회(4시간 기준) 사용권을
가지며 이 경우에는 무상으로 사용한다.

2. 생산자조합원이 우선 사용권을 행사하지 않을 경우에는 주 단위로 조합이 사용권을 행사
한다.

3. 생산자조합원이 보장된 우선 사용권보다 더 많은 횟수를 사용할 경우에는 유상으로 사용
한다. 다만 이사회 의결이 있는 경우는 무상으로 할 수 있다.

4. 생산자조합원, 소비자 조합원은 소규모 회의실이 ‘사전예약’ 되어 있지 않은 경우 한해서
무상으로 사용할 수 있다.

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[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 8, 9, 10, 11, 13, 17, 18, 19, 23호증의 각

기재 또는 영상, 변론 전체의 취지

다. 판단

1) 관련 법리

조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고

조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이

확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명

백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도

부합한다(대법원 2021. 9. 9. 선고 2021두34558 판결 참조).

2) 구체적 판단

앞서 인정한 사실에다가, 앞서 든 증거들과 갑 제5, 7호증 각 기재에 변론 전체

의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 앞서 본 법리 및 관계 법령의 내

용과 형식 및 체계 등에 비추어 보면, 원고가 그 고유업무인 ‘시민자산화를 위한 부동

산 임대 및 관리’에 직접 사용하기 위하여 이 사건 쟁점 부분을 취득하였다고 봄이 타

당하다. 따라서 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

가) 이 사건 감면조항은 ‘협동조합 기본법 제85조에 따라 인가를 받은 사회적협

동조합이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세의

100분의 50을 경감한다.’라고 규정하고 있고, 구 서울특별시 시세 감면 조례는 ‘고유업

무’나 ‘직접 사용’에 관하여 별도의 정의규정을 두고 있지 않고 제2조에서 ‘이 조례에서

제7조(사용허가 등)
1. 공간을 사용하려는 자는 기본적으로 사전예약을 통해 진행한다.

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사용하는 용어의 뜻은 별도의 규정이 없으면 지방세특례제한법 및 지방세특례제한법

시행령에서 정하는 바에 따른다.’라고 규정하고 있다. 한편 구 지방세특례제한법은 제2

조 제1항 제1호에서 ‘고유업무’란 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목

적사업으로 정하여진 업무를 말한다고 규정하고 있고, 같은 항 제8호에서 ‘직접 사용’

이란 부동산 등의 소유자가 해당 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게

사용하는 것을 말한다고 규정하고 있다.

이 사건 감면조항을 위 정의규정을 적용하여 객관적 문언대로 해석하면, 소유자

인 원고가 이 사건 쟁점 부분을 고유업무, 즉 ‘법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법

인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무’의 목적이나 용도에 맞게 사용하기 위하여 취

득한 경우 이 사건 감면조항의 적용대상이 된다고 해석함이 타당하다.

나) 원고가 이 사건 쟁점 부분을 취득한 것은 원고의 고유업무인 ‘시민자산화를

위한 부동산 임대 및 관리’의 목적이나 용도에 맞게 사용하기 위한 것으로 봄이 타당하

다. 그 구체적인 이유는 다음과 같다.

① 원고는 서울 S구 지역에서 공동체 활동을 수행하는 단체들을 중심으로 ‘지역

공동체 활성화를 위한 공간운영사업’을 주된 목적사업으로 하여 설립되었다. 특히 원고

는 2021. 7. 16. 원고의 법인등기부에 위 ‘지역공동체 활성화를 위한 공간운영사업’의

세부 목적사업으로 ‘시민자산화를 위한 부동산 임대 및 관리’ 등을 추가하는 변경등기

를 마쳤고, 원고의 정관 제60조 제1항도 ’원고는 지역공동체 활성화를 위한 공간 운영

사업(시민자산화를 위한 부동산 임대 및 관리, 지역공동체 활성화를 위한 교육 및 서비

스 제공)을 주 사업으로 하여야 하고, 주 사업은 협동조합 전체 사업량의 100분의 40

이상이어야 한다.’라고 규정하고 있다. 여기서 ‘시민자산화’는 지역 주민들이 지역공동

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체 활동을 할 수 있는 안정적인 공간 마련을 위해 건물ㆍ토지 등의 자산을 공동으로

매입ㆍ운영하고 이에 따라 창출되는 유무형의 가치를 지역 사회에 기여하는 활동을 의

미하는 것으로 보인다.

② 이 사건 사업은 ‘사회적경제주체들이 공동소유 자산을 구축하여 사무, 주거,

커뮤니티 공간을 마련하고 협업화를 촉진하기 위한 공간을 조성’하기 위하여 추진된

것으로서, 실융자 대상을 ‘3개 이상 사회적경제기업을 구성원으로 하고, 민간자산 공동

소유 및 사용을 계획하는 사회적경제조직’으로 한정하고 있고 실융자 대상 의무사항으

로 ‘민간자산 클러스터 조성 공간 내 사회적경제기업 50% 이상 입주’, ‘입주기업 임차

계약 시 임대료 인상률 연 5% 이내’, ‘클러스터 조성 이후 자산 매각 등 본 사업 목적

외로 융자금(기금) 사용 금지’ 등의 엄격한 제한을 두고 있다. 이와 같은 이 사건 사업

의 내용과 대상 및 조건 등을 고려하면, 이 사건 사업은 시민자산화(지역자산화) 지원

사업의 일환으로 추진된 것으로 보인다.

③ 원고는 이 사건 부동산의 매입자금 등을 마련하기 위하여 이 사건 사업의 참

여기관으로 지원하여 그 참여기관으로 선정되었고, 이 사건 대출약정 체결을 통해 약

23억 원을 대출받았다. 원고는 그 대출금으로 이 사건 부동산의 매매대금을 대부분 지

급한 것으로 보인다.

④ 원고의 조합원은 ㉠ 생산자조합원(조합의 공간에 입주하거나 예정인 개인 및

법인), ㉡ 소비자조합원(조합의 공간을 이용하는 개인 및 법인), ㉢ 직원조합원(조합에

서 고용된 자), ㉣ 자원봉사자조합원(조합에 무상으로 필요한 서비스 등을 제공하거나

조합운영을 지원하는 자), ㉤ 후원자조합원(조합에 필요한 물품 등을 기부하거나 자금

등을 후원하는 개인 및 법인)으로 나뉘는데(원고의 정관 제10조 제2항 참조), 원고와

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이 사건 쟁점 부분 중 해당 부분에 관하여 임대차계약을 각각 체결하고 이 사건 쟁점

부분에 입주한 조합원들은 모두 ‘생산자조합원’이거나 ‘소비자조합원’으로서 이 사건 부

동산이 위치한 지역에서 공동체 활동을 수행하는 단체로 보인다. 이 사건 쟁점 부분에

입주한 조합원들의 출자금 액수도 적게는 1,000만 원에서 많게는 1억 7,000만 원으로

그 출자금 액수 합계는 5억 7,000만 원1)에 달하고, 그 조합원들의 출자금은 이 사건

부동산의 매입비용 및 관련 부대비용으로 지출된 것으로 보인다.

⑤ 원고가 앞서 본 경위와 같이 이 사건 부동산을 취득하여 그중 이 사건 쟁점

부분을 이 사건 부동산이 위치한 지역에서 공동체 활동을 수행하는 원고의 조합원들에

게 임대하는 것은, 원고의 법인등기부상 목적사업인 ‘시민자산화를 위한 부동산 임대

및 관리’의 통상적인 방법일 뿐만 아니라, 원고가 이 사건 쟁점 부분을 원고의 조합원

들에게 임대하지 않고 일시적으로 사용하게 하는 것보다 법인등기부상 ‘시민자산화를

위한 부동산 임대 및 관리’의 상위 목적사업이자 원고의 주된 목적사업인 ‘지역공동체

활성화를 위한 공간운영사업’을 더욱 적극적으로 영위하는 것으로서 그 사업의 목적이

나 용도에 맞게 사용한 것으로 볼 수 있다.2) 따라서 ‘시민자산화를 위한 부동산 임대

및 관리’라는 행위 자체가 법인등기부에 목적사업으로 정해진 업무인 원고가 이 사건

부동산의 소유자로서 원고의 조합원들에게 이 사건 부동산 중 이 사건 쟁점 부분을 임

대하는 방법으로 이 사건 쟁점 부분을 사용하는 것은 원고가 그 고유업무인 법인등기

부상 목적사업 중 ‘시민자산화를 위한 부동산 임대 및 관리’에 이 사건 쟁점 부분을 직

접 사용하는 것으로 평가할 수 있다.

1) 2021. 12. 31. 기준 원고 조합원들의 총 출자금 액수는 6억 4,700만 원이다(갑 제11호증 91쪽 참조).
2) 원고는 ‘A 관리 운영 규정’을 마련하여 원고의 조합원 등이 사전예약을 통해 이 사건 부동산의 일부

공간을 일시적으로 이용할 수 있도록 하고 있다.

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다) 이에 대하여 피고는, 원고가 이 사건 쟁점 부분을 원고의 조합원들에게 임대

하는 것은 수익사업이어서 협동조합 기본법 제4조 제2항에 따라 비영리법인인 원고의

‘고유업무’에 해당한다고 볼 수 없다고 주장하나, ① 구 지방세특례제한법 제2조 제1항

제1호는 ‘고유업무’란 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로

정하여진 업무를 말한다고 규정하여 ‘법령에서 개별적으로 규정한 업무’와 ‘법인등기부

에 목적사업으로 정하여진 업무’를 병렬적으로 규정하고 있는데, 원고의 법인등기부에

목적사업으로 ‘시민자산화를 위한 부동산 임대 및 관리’가 정하여져 있는 점, ② 앞서

본 바와 같이 원고가 이 사건 쟁점 부분을 원고의 조합원들에게 임대하는 것은 ‘시민

자산화를 위한 부동산 임대 및 관리’에 해당하는 것으로 볼 수 있는 점, ③ 원고가 비

영리법인에 해당하기는 하나(협동조합 기본법 제4조 제2항 참조), 비영리법인이라 하더

라도 사업의 목적을 달성하는 데 필요하여 비영리법인의 본질에 반하지 않을 정도의

영리행위를 하는 것은 무방한데, 원고가 이 사건 쟁점 부분을 원고의 조합원들에게 임

대한 것을 두고 원고가 비영리법인의 본질에 반할 정도의 영리행위를 하였다고 단정하

기 어려운 점 등에 비추어 보면, 피고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.

라) 피고는 이 사건 쟁점 부분을 원고가 직접 사용하는 것이 아니라 이를 임차

한 조합원들이 현실적으로 사용하는 것이어서 원고가 이 사건 쟁점 부분을 그 고유업

무에 ‘직접 사용’한 것으로 볼 수 없다고도 주장한다.

살피건대, 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음

과 같은 사정들, 즉 ① 협동조합 기본법은 제93조 제1항에서 사회적협동조합이 일정한

사업 중 하나 이상을 주 사업으로 하여야 한다고 규정하면서 같은 항 제1호에서 ‘지역

사회의 재생, 지역 경제의 활성화, 지역 주민들의 권익ㆍ복리 증진 및 그 밖에 지역 사

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회가 당면한 문제 해결에 기여하는 사업’을 규정하는 등 사회적협동조합이 주 사업으

로 영위해야 하는 사업의 범위를 상당히 광범위하게 규정하고 있고, 행정안전부는

2020. 3. 5.경 보도자료(갑 제5호증)를 통해 지역자산화 지원사업을 신청할 수 있는 대

표적인 주체 중의 하나로 사회적협동조합을 들고 있었으며, 서울특별시에서도 2021. 2.

경 ‘2021년 서울시 사회투자기금 운용계획’(갑 제7호증)에서 ‘사회적경제공동체 소유의

사무, 주거, 커뮤니티 공간 및 협업화를 위한 클러스터 공간 매입비 융자’를 사업내용

으로 하는 ‘민간자산 클러스터 융자 사업’의 융자대상을 ‘민간자산 공동소유 및 사용을

계획하는 협동조합 등 사회적경제조직’이라고 밝히면서 ‘입주기업 임차계약 시 임대료

인상률 연 5% 이내’ 등의 조건을 제시하기도 하였음에도, 이 사건 감면조항에서 임대

하는 부동산을 감면대상에서 제외한다고 규정하고 있지 아니하고 있는 점, ② 구 지방

세특례제한법 제2조 제1항 제8호의 ‘직접 사용’이라는 문언의 의미를 축소 해석하여 법

인등기부에 목적사업으로 ‘시민자산화를 위한 부동산 임대 및 관리’가 정해져 있고 사

실상 그 사업을 주된 사업으로 영위하고 있는 원고와 같은 사회적협동조합이 그 소유

의 부동산을 그 목적사업에 맞게 사용하는 것이 구 지방세특례제한법 제2조 제1항 제8

호의 ‘직접 사용’에 포함되지 않는다고 해석할 별다른 이유가 없는 점 등에 비추어 보

면, 원고의 조합원들이 이 사건 쟁점 부분을 임차하여 현실적으로 사용한다는 사정만

으로 원고가 이 사건 쟁점 부분을 그 고유업무에 ‘직접 사용’한 것으로 볼 수 없다고

인정하기 어려우므로, 피고의 위 주장도 받아들이기 어렵다,

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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별지

관계 법령

■ 구 서울특별시 시세 감면 조례(2021. 12. 30. 서울특별시 조례 제8217호로 개정되기 전의 것)
제2조(다른 법령 등과의 관계)
이 조례에서 사용하는 용어의 뜻은 별도의 규정이 없으면 「지방세특례제한법」(이하 "법"이라
한다) 및 「지방세특례제한법 시행령」(이하 "영"이라 한다)에서 정하는 바에 따른다.
제11조(사회적협동조합에 대한 감면)
① 「협동조합 기본법」 제85조 및 제105조의2에 따라 인가를 받은 사회적협동조합(이하 이 조

에서 "사회적협동조합"이라 한다)이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산
에 대하여는 취득세의 100분의 50을 2021년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 다음 각호에
해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

1. 사회적협동조합이 설립인가를 받은 날부터 3년 이내에 설립인가가 취소되는 경우
2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니

하는 경우
3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사

용하는 경우

■ 구 지방세특례제한법(2021. 12. 28. 법률 제18656호로 개정되기 전의 것)
제2조(정의)
① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "고유업무"란 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진

업무를 말한다.
8. "직접 사용"이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차

량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것
을 말한다.

■ 협동조합 기본법

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제2조(정의)
이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "협동조합"이란 재화 또는 용역의 구매ㆍ생산ㆍ판매ㆍ제공 등을 협동으로 영위함으로써 조

합원의 권익을 향상하고 지역 사회에 공헌하고자 하는 사업조직을 말한다.
3. "사회적협동조합"이란 제1호의 협동조합 중 지역주민들의 권익ㆍ복리 증진과 관련된 사업을

수행하거나 취약계층에게 사회서비스 또는 일자리를 제공하는 등 영리를 목적으로 하지 아
니하는 협동조합을 말한다.

제4조(법인격과 주소)
② 사회적협동조합ㆍ사회적협동조합연합회 및 제115조의8 제2항을 적용받는 이종협동조합연합

회는 비영리법인으로 한다.
제85조(설립인가 등)
① 사회적협동조합을 설립하고자 하는 때에는 5인 이상의 조합원 자격을 가진 자가 발기인이

되어 정관을 작성하고 창립총회의 의결을 거친 후 기획재정부장관에게 인가를 받아야 한다.
제86조(정관)
① 사회적협동조합의 정관에는 다음 각호의 사항이 포함되어야 한다.
1. 목적
2. 명칭 및 주된 사무소의 소재지
3. 조합원 및 대리인의 자격
4. 조합원의 가입, 탈퇴 및 제명에 관한 사항
5. 출자 1좌의 금액과 납입 방법 및 시기, 조합원의 출자좌수 한도
6. 조합원의 권리와 의무에 관한 사항
7. 잉여금과 손실금의 처리에 관한 사항
8. 적립금의 적립방법 및 사용에 관한 사항
9. 사업의 범위 및 회계에 관한 사항
10. 기관 및 임원에 관한 사항
11. 공고의 방법에 관한 사항
12. 해산에 관한 사항
13. 출자금의 양도에 관한 사항
14. 그 밖에 총회ㆍ이사회의 운영 등에 관하여 필요한 사항

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③ 사회적협동조합의 정관의 변경은 기획재정부장관의 인가를 받아야 그 효력이 발생한다.
제93조(사업)
① 사회적협동조합은 다음 각 호의 사업 중 하나 이상을 주 사업으로 하여야 한다.
1. 지역(시ㆍ도의 관할 구역을 말하되, 실제 생활권이 둘 이상인 시ㆍ도에 걸쳐 있는 경우에

는 그 생활권 전체를 말한다. 이하 이 호에서 같다) 사회의 재생, 지역 경제의 활성화, 지
역 주민들의 권익ㆍ복리 증진 및 그 밖에 지역 사회가 당면한 문제 해결에 기여하는 사업

2. 대통령령으로 정하는 취약계층에 복지ㆍ의료ㆍ환경 등의 분야에서 사회서비스를 제공하
는 사업

3. 대통령령으로 정하는 취약계층에 일자리를 제공하는 사업
4. 국가ㆍ지방자치단체로부터 위탁받은 사업
5. 그 밖에 공익증진에 이바지 하는 사업
② 제1항 각 호에 따른 주 사업은 협동조합 전체 사업량의 100분의 40 이상이어야 한다.
③ 제1항 각 호에 따른 주 사업의 판단기준은 대통령령으로 정한다.
④ 제1항부터 제3항까지에서 규정한 사항 외에 사회적협동조합의 사업에 관하여는 제45조를

준용한다. 이 경우 “협동조합”은 “사회적협동조합”으로 본다.
제116조(권한의 위임 및 위탁)
② 이 법에 따른 기획재정부장관의 권한은 그 일부를 대통령령으로 정하는 바에 따라 제93조

에 따른 사회적협동조합의 주 사업 소관 중앙행정기관의 장에게 위탁할 수 있다. 이 경우
주 사업이 둘 이상인 경우 등으로서 그 소관 중앙행정기관의 장이 분명하지 아니한 경우에
는 사회적협동조합이 수행하는 구체적인 사업 내용, 성격 등을 고려하여 기획재정부장관이
소관 중앙행정기관의 장을 정하여 위탁한다.

■ 구 협동조합 기본법 시행령(2023. 6. 7. 대통령령 제33498호로 개정되기 전의 것)
제21조(주 사업의 판단 기준 및 방법)
① 법 제93조제1항에 따른 사회적협동조합의 주 사업의 판단기준은 다음 각 호의 구분에 따른다.
1. 법 제93조제1항제1호의 사업: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업일 것
가. 지역특산품ㆍ자연자원 활용사업 등 지역의 인적ㆍ물적 자원을 활용하여 지역 사회의

재생 및 지역 경제의 활성화에 기여하는 사업
나. 지역 주민의 생활환경 개선사업 등 지역 주민의 권익과 복리를 증진시키는 사업

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다. 그 밖에 지역 사회가 당면한 문제 해결에 기여하는 사업
2. 법 제93조제1항제2호의 사업: 「사회적기업 육성법」 제2조제2호의 취약계층이나 그 밖에

기획재정부장관이 정하는 취약계층에 사회서비스를 제공하는 사업으로서 다음 각 목의
어느 하나에 해당하는 사업일 것

가. 교육, 보건ㆍ의료, 사회복지, 환경 및 문화 분야의 관련 사업
나. 보육, 간병 및 가사 지원 서비스를 제공하는 사업
다. 「직업안정법」 제2조의2제9호에 따른 고용서비스를 제공하는 사업
라. 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 사업
3. 법 제93조제1항제3호의 사업: 조직의 주된 목적이 「사회적기업 육성법」 제2조제2호의 취

약계층이나 그 밖에 기획재정부장관이 정하는 취약계층에 일자리를 제공하는 사업일 것
② 제1항에서 규정한 사항 외에 주 사업의 판단 기준 및 방법 등에 관하여 필요한 사항은 기

획재정부령으로 정한다.
제32조(권한의 위탁)
① 기획재정부장관은 법 제116조 제2항에 따라 다음 각 호의 권한을 법 제93조에 따른 사회적

협동조합의 주 사업 소관 중앙행정기관(「정부조직법」 제2조에 따른 부ㆍ처ㆍ청과 방송통신
위원회, 원자력안전위원회, 공정거래위원회, 금융위원회, 국민권익위원회 및 개인정보 보호
위원회를 말한다. 이하 같다)의 장에게 위탁한다.

1. 법 제85조에 따른 사회적협동조합의 설립인가(제2항제7호에 따른 사항은 제외한다)
2. 법 제86조제3항에 따른 사회적협동조합의 정관변경 인가
끝.