[행정 판결문] 서울행정법원 2022구합56524 - 법인지방소득세 경정거부처분 취소

 

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서 울 행 정 법 원

제 4 부

판 결

사 건 2022구합56524 법인지방소득세 경정거부처분 취소

원 고 1. A

2. B

3. C

4. D

피 고 서울특별시 강남구청장 외 105

변 론 종 결 2024. 2. 2.

판 결 선 고 2024. 2. 14.

주 문

1. 원고들의 청구를 각 기각한다.

2. 소송비용은 모두 원고들이 부담한다.

청 구 취 지

피고들이 원고들에 대하여 한 별지 경정거부처분 목록 기재 각 법인지방소득세 경정거

부처분을 모두 취소한다.

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이 유

1. 처분의 경위

가. 지방세법이 2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정(이하 ‘이 사건 개정’이라 하고, 이

사건 개정 전 지방세법을 ‘구 지방세법’, 이 사건 개정 후 지방세법을 ‘개정 지방세법’

이라 한다)되면서, 내국법인의 소득에 관한 지방세 과세체계가 종래 ‘법인세액’을 과세

표준으로 하고 ‘10%’의 세율을 적용하는 부가세 방식(지방소득세 법인세분)에서 ‘법인

세의 과세표준’을 과세표준으로 하고 독자적인 세율을 적용하는 독립세 방식(법인지방

소득세)으로 변경되었다. 이 사건 개정에 따른 개정 지방세법 부칙은 제1조 본문에서

‘이 법은 2014. 1. 1.부터 시행한다’고 규정하고, 제2조 단서에서 ‘법인지방소득세에 대

해서는 이 법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용

한다’고 규정하는 한편, 제15조에서 ‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는

감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다’(이하

‘이 사건 경과규정’이라 한다)고 규정하였다.

나. 원고들은 구 법인세법(2014. 1. 1. 법률 제12166호로 개정되기 전의 것, 이하 같

다) 제57조 제2항에 따라 2013 사업연도 외국납부세액 공제한도를 초과한 부분에 대하

여 이월공제를 적용하여 2014 사업연도 이후 법인세를 신고·납부하였는데, 2014 사업

연도 이후 법인지방소득세에 대하여는 개정 지방세법에 따라 이월공제를 적용하지 아

니한 채로 신고·납부하였다.

다. 원고들은 별지 목록 기재와 같이, 2021. 4. 28. 또는 2021. 4. 29. 해당 피고들에

게 외국납부세액이 이월공제 되어야 함을 전제로 감액경정을 청구하였으나, 피고들은

이를 거부(의제거부 포함, 이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

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[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑1 내지 13호증(가지번호 있는 것은 이를 포함)의 각

기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장 요지

이 사건 경과규정에서의 ‘종전의 규정’에는 구 법인세법 제57조 제2항의 이월공제

규정이 포함되고, 이에 대한 원고들의 신뢰는 마땅히 보호되어야 하므로, 이 사건 경과

규정에 따라 이 사건 법인지방소득세에도 외국납부세액 이월공제가 적용되어야 한다.

따라서 이와 다른 전제에서의 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 판단

1) 관련 법리

살피건대, “이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과

또는 감면하여야 할 …세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.”와 같은 개정된 세법 부

칙조항을 근거로 하여 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게

유리한 종전 규정을 적용할 경우가 있더라도, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시

에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과

세요건의 충족이 있는 경우에까지 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다

는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한, 설령 납세의무자가 종전 규정에 의한

조세감면 등을 신뢰하였더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으

로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다(대법원 2001. 5. 29. 선고 98

두13713 판결, 대법원 2013. 9. 12. 선고 2012두12662 판결, 대법원 2023. 12. 7. 선고

2020두42668 판결 등 참조).

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또한 이 사건 경과규정은 이 사건 개정에 따른 신구 법령의 적용관계를 정한 것

이므로, 이 사건 경과규정에서의 ‘종전의 규정’은 이 사건 개정의 대상이 된 구 지방세

법 본칙만을 가리킨다고 보아야 하고, 구 지방세법 본칙에 있지 않고 이 사건 개정의

대상이 되지도 않은 구 법인세법 규정 등은 여기서의 ‘종전의 규정’에 해당한다고 볼

수 없다(대법원 2023. 12. 7. 선고 2020두42668 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

위와 같은 관련 법리에 비추어 이 사건으로 돌아와 보건대, 원고들이 주장하는

구 법인세법 제57조 제2항 등은 법인세에 대한 세액공제·이월공제 규정일 뿐 지방소득

세 법인세분에 대한 조세감면 등을 정한 규정이 아니고, 구 법인세법 관련 규정은 이

사건 경과규정에서의 ‘종전의 규정’에 해당한다고 볼 수도 없으며, 구 지방세법 본칙에

지방소득세 법인세분에 관한 조세감면 등을 명시하였다고 볼 만한 규정도 없는바, 결

국 이 사건에는 ‘장래의 한정된 기간 동안 조세감면 등을 명시적으로 규정한’ 종전의

규정이 존재한다고 볼 수 없다.

따라서 이 사건 법인지방소득세에 대하여 이 사건 경과규정을 근거로 구 지방세

법의 과세표준 및 세율을 적용할 수는 없으므로, 이와 다른 전제에서 나온 원고들의

주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고들의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 각 기각하기로 하여 주문과

같이 판결한다.