[행정 판결문] 대구고등법원 2021누4671 - 양도소득세 부과처분취소 등

 

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대 구 고 등 법 원
제 행 정 부
판 결
사 건 누 양도소득세 부과처분취소 등2021 4671 
원고 항소인, A
피고 피항소인, 남대구세무서장
제 1 심 판 결 대구지방법원 선고 구합 판결2021. 9. 30. 2021 236 
변 론 종 결 2022. 3. 4.
판 결 선 고 2022. 3. 25.
주 문
제 심판결 중 가산세 해당 금원의 지급청구 부분을 취소하고 그 부분에 해당하는 1. 1 , 
이 사건 소를 각하한다.
원고의 나머지 항소를 기각한다2. .
소송총비용 중 는 원고가 부담하고 는 피고가 부담한다3. 90% , 10% .
청구취지 및 항소취지
제 심판결을 취소한다 피고가 원고에게 한 자 양도소득세 원 1 . 2020. 2. 10. 57,080,110
및 자 양도소득세 원의 각 부과처분을 취소하고 피고는 원고에게 2020. 3. 2. 8,927,260 , 
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원 가산세 원 포함 및 이에 대하여 부터 이 사건 소장 부66,592,440 ( 585,070 ) 2020. 3. 2.
본 송달일까지는 연 그 다음 날부터 다 갚는 날까지는 연 의 각 비율로 계산5%, 12%
한 돈을 지급하라 원고는 당심에서 피고의 자 가산세 원의 직권취( , 2022. 2. 8. 585,070
소에 따라 가산세 부과처분 취소청구 부분의 항고소송을 취하하되 그 가산세 해당 금, 
원의 지급청구는 그대로 유지하였다).
이 유 
처분의 경위1. 
가 원고는 대구 달서구 구거 및 그 지상 건물 중 각 지분 . 2019. 8. 19. B 475 1/3 ㎡ 
이하 이 사건 토지 및 건물 이라 한다 을 양도하고 피고에게 양도소득( ‘ ’ ) , 2019. 10. 31. 
세 예정신고 산출세액 및 납부할 세액 원 를 하였는데 그 양도소득세 중 ( 114,160,236 ) , 
원을 납부하고 나머지 원 이하 이 사건 분할 납부세액 이라 한57,080,118 , 57,080,118 ( ‘ ’
다 을 분할납부하기로 하였다) 2019. 12. 31. .
나 원고는 대구 달성군 답 중 지분 이하 이 사건 농 . 2019. 12. 13. C 1,944 1/3 ( ‘㎡ 
지 라 한다 을 양도하고 피고에게 ’ ) , 2019. 12. 23. 이 사건 농지와 이 사건 토지 및 건물
로 발생한 양도소득을 모두 합산하여 그 과세표준과 세액을 산출한 후 년 이상 자경8
농지 감면규정을 적용하여 양도소득세 예정신고를 하였다가 위 감면규정, 2020. 3. 2. 
에 따른 감면세액을 원에서 원으로 변경하여 산정한 양도소득세 100,000,000 62,718,860
원으로 수정하여 양도소득세 예정신고를 하면서 이하 자 예정신8,927,260 ( ‘2020. 3. 2.
고 라 한다 위 양도소득세 원을 자진납부하였고 피고로부터 영수증서 납세자’ ) 8,927,260 , (
용 를 발부받았다 이하 자 발부행위 라 한다) ( ‘2020. 3. 2. ’ ).
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다 한편 피고는 원고가 이 사건 분할 납부세액을 납부하지 않자 이 사 . 2020. 2. 10. , 
건 분할 납부세액 원에 그에 대한 납부불성실 가산세 57,080,110 원을585,070 합산한 
원을 양도소득세로 고지하였다57,665,180 이하 양도소득세액 고지부분을 ( ‘2020. 2. 10.
자 양도소득세 납세고지 라 하고 납부불성실가산세액 고지부분을 자 가산’ , ‘2020. 2. 10.
세 부과고지 라 하며 이를 통틀어 자 고지 라 한다’ , ‘2020. 2. 10. ’ ).
라 원고는 피고에게 이 사건 농지에 관한 자 예정신고에 대 . 2020. 3. 20. 2020. 3. 2.
하여 양도소득금액 합산배제 경정청구를 하였으나 피고는 원고에 대하여 , 2020. 4. 20. 
위 청구를 거부하는 처분을 하였다.
인정근거 다툼 없는 사실 갑 제 호증 을 제 내지 호증의 각 기재 변론 [ ] , 1, 3, 4, 5 , 1 5 , 
전체의 취지
이 사건 소의 적법 여부2. 
가 관계 법령 . 
별지 관계 법령 기재와 같다 ‘ ’ .
나 자 양도소득세 부과처분 취소청구 부분 . 2020. 2. 10.
피고의 본안 전 항변 1) 
피고가 원고에게 한 예정신고 무납부 고지는 조세의 징수를 위한 2020. 2. 10. 
적법한 징수처분일 뿐 취소소송의 대상이 되는 과세처분으로 볼 수 없다, .
판단 2) 
가 관련 법리 ) 
양도소득세는 신고납세 방식의 조세로서 납세의무자가 그 과세표준과 세액을 
신고하는 때에 세액이 확정되어 신고와 함께 세액을 납부할 의무가 있는 것으로서 납, 
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세의무자가 과세표준과 세액의 신고만 하고 세액을 납부하지 아니하여 과세관청이 신
고한 사항에 대하여 아무런 경정 없이 신고내용과 동일한 세액을 납부하도록 고지한 
것은 확정된 조세의 징수를 위한 징수처분일 뿐 취소소송의 대상이 되는 과세처분으로 
볼 수는 없다 대법원 선고 두 판결 등 참조 그 납세의무를 이행( 2004. 9. 3. 2003 8180 ). 
하지 아니한다는 이유로 과세관청이 신고된 세액에 납부불성실가산세를 더하여 납세고
지를 한 경우 이는 신고에 의하여 확정된 조세채무의 이행을 명하는 징수처분과 그에 
대한 가산세의 부과처분 및 그 징수처분이 혼합된 처분이라고 할 것이다 대법원 ( 1992. 
선고 누 판결 대법원 선고 두 판결 등 참조4. 28. 91 13113 , 2014. 2. 13. 2013 19066 ). 
나 과세처분 해당 여부 ) 
앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 토지 및 건물을 양도하고 , 2019. 8. 19. ① 
과세관청에 년 귀속 양도소득세 원을 신고한 사실2019. 10. 31. 2019 114,160,236 , ② 
피고가 원고에 대하여 양도소득세 원과 납부불성실가산세 2020. 2. 10. 57,080,110
원의 납부를 고지한 사실이 인정된다585,070 .
위 인정사실에 의하면 자 고지는 양도소득과세표준의 예정신고에 따 , 2020. 2. 10. ㉮ 
라 납세의무가 확정된 양도소득세의 납부 이행을 명하는 징수처분과 그 납부불성실㉯ 
에 따른 가산세의 부과 징수처분이 혼합된 처분이라 할 수 있다 그 중 부분 양도소· . ㉮ 
득세는 신고납세방식의 세목으로 원고의 예정신고에 따라 납세의무가 확정될 뿐 피고, 
의 부과처분에 따라 비로소 납세의무가 확정되는 것이 아니다 따라서 자 . 2020. 2. 10.
양도소득세 납세고지 부분은 이미 확정된 조세채무의 징수를 위하여 피고가 원고에게 
조세채무 이행을 청구하거나 명령한 것에 불과할 뿐 항고소송의 대상이 되는 과세처, 
분이 아니다. 
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따라서 이 사건 소 중 피고가 원고에게 한 양도소득세 원의 2020. 2. 10. 57,080,110
납세고지에 대한 취소청구 부분은 항고소송의 대상이 되는 과세처분이 아닌 행위를 , 
대상으로 한 것으로 부적법하므로 이를 지적하는 피고의 본안 전 항변은 이유 있다, .
다 자 양도소득세 부과처분 취소청구 부분 . 2020. 3. 2.
앞서 본 바와 같이 양도소득세는 신고납세방식의 세목으로 원고의 예정신고에 따 , 
라 납세의무가 확정될 뿐 피고의 부과처분에 따라 비로소 납세의무가 확정되는 것이 , 
아니다 납세의무자의 양도소득세과세표준 예정신고에 대하여 과세관청이 이를 수리하. 
는 경우에도 그 수리 자체는 단순한 사무적 행위에 불과할 뿐 그로써 조세채무를 확, 
정하는 과세처분에 해당하지 않는다.
이 사건에서 원고가 이 사건 농지에 관하여 이 사건 토지 및 건물의 매 , 2020. 3. 2. 
매차익을 합산하여 예정신고를 한 후 양도소득세 원을 자진납부한 이상 그로8,927,260 , 
써 납세의무가 확정되었을 뿐 피고의 수리행위에 의하여 비로소 과세처분이 이루어졌, 
다고 볼 수 없다.
따라서 이 사건 소 중 피고가 원고에게 한 양도소득세 원의 부 2020. 3. 2. 8,927,260
과처분에 대한 취소청구 부분은 항고소송의 대상이 되는 과세처분이 아닌 행위를 대, 
상으로 한 것으로 역시 부적법하다.
라 금원지급청구 부분 . 
관련 법리 1) 
행정소송법 제 조에 의한 관련청구소송의 병합은 본래의 항고소송이 적법할 것 10
을 요건으로 하는 것이어서 본래의 항고소송이 부적법하여 각하되면 그에 병합된 관련
청구도 소송요건을 흠결한 부적합한 것으로 각하되어야 한다 대법원 선( 2001. 11. 27. 
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고 두 판결 등 참조2000 697 ).
자 및 자 각 양도소득세 부과처분과 관련된 금원지급청 2) 2020. 2. 10. 2020. 3. 2.
구 부분
앞서 본 바와 같이 이 사건 소 중 피고가 원고에게 한 양도소득세 , 2020. 2. 10. 
원의 부과처분 취소청구 부분 및 원고에게 한 양도소득세 57,080,110 2020. 3. 2. 
원의 부과처분 취소청구 부분은 모두 부적법하므로 위 금원의 부당이득반환8,927,260 , 
을 구하기 위하여 위 취소청구에 관련청구로 병합된 합계 원 원 66,007,370 (= 57,080,110
원 의 금원지급청구 부분도 소송요건을 흠결한 부적법한 것이 된다+ 8,927,260 ) .
자 가산세 부과고지와 관련된 금원지급청구 부분 3) 2020. 2. 10.
금원지급청구 중 나머지 원 원 원 부분은 585,070 (= 66,592,440 66,007,370 ) – 
자 가산세 원의 부과처분이 위법함을 전제로 이를 취소하고 위 금2020. 2. 10. 585,070 , 
원의 부당이득반환을 구하는 것으로 위 취소청구에 관련청구로 병합된 것이다, . 
그런데 을 제 호증의 기재에 의하면 피고는 원고에 대한 자 6 , 2022. 2. 8. 2020. 2. 10.
가산세 부과처분을 직권취소한 사실을 인정할 수 있다 위 인정사실에 의하면 위 가산. , 
세 부과처분 취소청구는 이미 효력을 상실하여 더 이상 존재하지 않는 행정처분을 대
상으로 삼고 있어 소의 이익이 없어 부적법하다 대법원 선고 두( 2012. 12. 13. 2012
판결 등 참조 따라서 위와 같이 부적법한 처분취소청구에 관련청구로 병합된 18202 ). 
위 원의 금원지급청구 부분도 역시 소송요건을 흠결한 부적법한 것이 된다585,070 .
마 예비적 판단 자 경정청구 거부처분 취소의 소로 선해할 경우 . (2020. 4. 20. )
나아가 원고의 위와 같은 처분취소 청구 부분을 피고의 자 경정청구 , , 2020. 4. 20.
거부처분의 취소를 구하는 것으로 선해하여 그 청구의 당부에 관하여 본다. 
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소득세법 제 조 제 항은 제 조에 따른 양도소득금액에 이 법 또는 다른 조 1) 90 1 , 95
세에 관한 법률에 따른 감면대상 양도소득금액이 있을 때에는 제 조 제 항에 따른 , 92 2
양도소득과세표준에 제 조에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액에 해당 감면대상 104 , 
양도소득금액에서 제 조 제 항에 따른 양도소득 기본공제를 한 후의 금액이 양도소103 2
득 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 이 법 또는 다른 조세에 관, 
한 법률에서 정한 감면율을 곱한 양도소득세 감면액을 양도소득 산출세액에서 공제하
도록 규정하고 있다 조세특례제한법 제 조 제 항에서는 년 이상 자경농지의 경우 . 69 1 8
그 감면율을 로 규정하고 있으므로 그에 따라 산출되는 이 사건 농지의 감면세100% , 
액은 원62,718,860 [ 총 산출세액 원 농지분 소득금액 원 = 185,806,363 × {( 177,781,228
전체 양도소득 과세표준 원 감면율 0) / 526,681,816 } × 100%]－ 이 된다. 
이에 대하여 원고는 소득세법 제 조 제 항을 적용하여 제 조에 따른 양도소득금 , 90 2 95
액에서 감면대상 양도소득금액을 차감한 후 양도소득과세표준을 계산하는 방식으로 양
도소득세를 감면해야 한다고 주장한다. 
그러나 소득세법 제 조는 양도소득세액 감면과 양도소득금액 감면을 나누어 규정하 90
고 있는데 같은 조 제 항은 양도소득금액에 감면대상 양도소득금액이 있을 때에는 , 1 “
양도소득세액 감면 방식으로 감면한다 고 규정하고 다만 같은 조 제 항은 조세특례제” , 2 “
한법에서 양도소득세의 감면을 양도소득금액 감면 방식으로 규정하는 경우에는 양도소
득금액 감면 방식으로 감면한다 고 규정하고 있다 조세특례제한법 제 조는 자경농” . 69 “
지에 대한 양도소득세의 감면은 양도소득세액 감면 방식으로 한다 고 규정하고 있으므”
로 원고의 이 사건 양도소득세에 대한 감면은 소득세법 제 조 제 항에 규정된 양도, ‘ 90 2
소득금액 감면 방식 으로 할 수 없고 소득세법 제 조 제 항에 규정된 양도소득세액 ’ , ‘ 90 1
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감면 방식 에 따라야 할 뿐이다’ .
따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유 없다 . 
한편 소득세법 제 조 제 항 제 조 제 조 제 항에 의하면 양도소득이 해 2) , 5 1 , 94 , 107 2 , 
당 과세기간에 회 이상 발생하는 경우에는 합산하여 양도소득세를 산정하되 해당 과2 , 
세기간에 누진세율 적용자산에 대해 회 이상 예정신고를 하는 경우에는 이미 신고한 2
자산의 양도소득금액과 회 이후 신고하는 자산의 양도소득금액을 합산하고 양도소득 2
기본공제를 한 후 누진세율을 적용하여 총 세액을 산정하고 총 세액에서 이미 신고한 , 
예정신고 산출세액을 공제하는 방법으로 회 이후 신고하는 예정신고 산출세액을 산정2
한다 양도소득세는 기간과세의 원칙이 적용되어 당해 과세기간이 끝나야 납세의무가 . 
성립하고 당해 과세기간 중에 발생한 양도소득을 모두 합산하여 과세표준과 세액을 , 
산출하여 총괄적으로 신고함으로써 구체적 납세의무가 확정된다 대법원 ( 2020. 6. 11. 
선고 두 판결 등 참조2017 40235 ).
이 사건의 경우 을 제 호증의 기재와 변론 전체의 취지에 의하면 원고는 , 3 , 2020. 3. 
자 예정신고를 하면서 이 사건 토지 및 건물과 농지의 각 양도소득금액을 합산한 다2. , 
음 기본공제를 한 금액을 과세표준으로 삼아 소정의 누진세율을 적용하여 총 세액을 
원으로 산정하고 총 세액에서 이미 신고한 자 예정신고 산출185,806,363 , 2019. 10. 31.
세액 원과 앞서 본 감면세액 원을 공제한 후 원고가 납부할 세114,160,236 62,718,860
액을 원 원 원 원 으로 산정한 사실을 8,927,267 (= 185,806,363 114,160,236 62,718,860 )– – 
알 수 있다 이와 같은 양도소득세의 세액 산출은 앞서 본 관계 법령의 규정에 따라 . 
이루어진 것이라 할 것이므로 피고가 원고의 자 예정신고에 , 2020. 4. 20. 2020. 3. 2.
대한 경정청구를 거부한 처분은 적법하다. 
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이에 대하여 원고는 자 예정신고가 피고 담당자의 강요에 의해 이루어졌 , 2020. 3. 2.
으므로 당연 무효라는 취지로 주장한다 그러나 원고가 제출한 증거들만으로는 그 주. , 
장사실을 인정하기에 부족하므로 원고의 위 주장은 이유 없다, . 
그러므로 이 사건 처분취소 청구 부분을 피고의 자 경정청구 거부 3) , 2020. 4. 20.
처분의 취소를 구하는 것으로 선해하여 보더라도 위 경정청구 거부처분은 적법하다고 , 
할 것이므로 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다, .
결론3. 
그렇다면 이 사건 소는 모두 부적법하므로 이를 각하하여야 한다. 제 심판결 중 가1
산세 해당 금원의 지급청구 부분은 이와 결론을 달리 하여 부당하므로 이를 취소하고 , 
그 부분에 해당하는 이 사건 소를 각하한다 제 심판결 중 나머지 부분. 1 당심의 심판범(
위에서 제외된 가산세부과처분취소 청구 부분은 제외)은 이와 결론을 같이 하여 정당
하므로 그 부분에 대한 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다, .
재판장 판사 김태현
판사 원호신
판사 정성욱
- 10 -
별지
관계 법령
국세기본법■ 
제 조 납세의무의 확정22 ( )
국세는 이 법 및 세법에서 정하는 절차에 따라 그 세액이 확정된다. ① 
다음 각 호의 국세는 납세의무자가 과세표준과 세액을 정부에 신고했을 때에 확정된다 다 . ② 
만 납세의무자가 과세표준과 세액의 신고를 하지 아니하거나 신고한 과세표준과 세액이 , 
세법에서 정하는 바와 맞지 아니한 경우에는 정부가 과세표준과 세액을 결정하거나 경정하 
는 때에 그 결정 또는 경정에 따라 확정된다 . 
소득세 1. 
제 조 수정신고45 ( )
과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 소득세법 제 조제 항제 호부터 제 호 ( 73 1 1 7① 「 」 
까지의 어느 하나에 해당하는 자를 포함한다 및 제 조의 제 항에 따른 기한후과세표준신 ) 45 3 1
고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세법에 
따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서 제 조의 제 26 2 1 
항부터 제 항까지의 규정에 따른 기간이 끝나기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다4 .
과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 1. 
신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못할 때 
과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 2. 
따라 신고하여야 할 결손금액이나 환급세액을 초과할 때 
제 호 및 제 호 외에 원천징수의무자의 정산 과정에서의 누락 세무조정 과정에서의 누 3. 1 2 , 
락 등 대통령령으로 정하는 사유로 불완전한 신고를 하였을 때 제 조의 에 따라 경정 ( 45 2
등의 청구를 할 수 있는 경우는 제외한다 )
소득세법■ 
제 조 과세기간5 ( ) 
소득세의 과세기간은 월 일부터 월 일까지 년으로 한다1 1 12 31 1 . ① 
제 조 양도소득의 범위94 ( ) 
양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. ① 
토지 공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률 에 따라 지적공부 에 등록하 1. [ ( )地籍公簿「 」
여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다 또는 건물 건물에 부속된 시설물과 구축물을 포] (
- 11 -
함한다 의 양도로 발생하는 소득 )
제 조 양도소득세액의 감면90 ( )
제 조에 따른 양도소득금액에 이 법 또는 다른 조세에 관한 법률에 따른 감면대상 양도소95① 
득금액이 있을 때에는 다음 계산식에 따라 계산한 양도소득세 감면액을 양도소득 산출세액
에서 감면한다. 
제 항에도 불구하고 조세특례제한법 에서 양도소득세의 감면을 양도소득금액에서 감면 1② 「 」
대상 양도소득금액을 차감하는 방식으로 규정하는 경우에는 제 조에 따른 양도소득금액에 95
서 감면대상 양도소득금액을 차감한 후 양도소득과세표준을 계산하는 방식으로 양도소득세 
를 감면한다 .
제 조 예정신고 산출세액의 계산107 ( ) 
해당 과세기간에 누진세율 적용대상 자산에 대한 예정신고를 회 이상 하는 경우로서 거주2② 
자가 이미 신고한 양도소득금액과 합산하여 신고하려는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따
른 금액을 제 회 이후 신고하는 예정신고 산출세액으로 한다2 . 
제 조제 항제 호에 따른 세율 적용대상 자산의 경우 다음의 계산식에 따른 금액 1. 104 1 1 : 
조세제한특례법■ 
제 조 자경농지에 대한 양도소득세의 감면69 ( )
농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 년 이상 대통령령으로 정하는 경 8 [① 
- 12 -
영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법 「 」 
에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인 
이하 이 조에서 농업법인 이라 한다 에 년 월 일까지 양도하는 경우에는 년 이 ( " " ) 2021 12 31 3
상 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도 ] 
로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 분의 에 상당하는 세액을 감면 100 100
한다 다만 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따 . , 「 」 
라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입 
되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 , 
대해서만 양도소득세의 분의 에 상당하는 세액을 감면한다 끝 100 100 . .