[행정 판결문] 서울행정법원 2024구단76464 - 양도소득세부과처분취소

 

[행정] 서울행정법원 2024구단76464 - 양도소득세부과처분취소.pdf

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서 울 행 정 법 원
판 결
사 건 2024구단76464 양도소득세부과처분취소
원 고 1. A 
2. B 
피 고 영등포세무서장
변 론 종 결 2025. 11. 26.
판 결 선 고 2025. 12. 24.
주 문
1. 피고가 2024. 5. 7. 원고 A에게 한 2016년 귀속 양도소득세 7,035,130원(가산세 
3,424,396원 포함) 및 원고 B에게 한 2016년 귀속 양도소득세 16,471,270원(가산세 
8,017,488원 포함)의 부과처분을 모두 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다.
청 구 취 지
주문과 같다.
이 유
1. 처분의 경위
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가. C 환지공동주택조합(이하 ‘이 사건 조합’이라 한다)은 인천 중구 D 토지(이하 ‘이 
사건 토지’라 한다)의 공유자들이 위 토지 위에 공동주택을 건설하고 이를 제3자에게 
분양하는 사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 하여 그 수익금을 배분하는 것을 목적
으로 하는 단체1)이고, 원고들은 이 사건 조합의 조합원이다.
나. 피고는 2024. 4. 26. 또는 2024. 5. 7. 원고들에게, ‘원고들이 2016. 3. 25. 원고들 
소유의 이 사건 토지 지분을 이 사건 조합에 양도하였음에도 이에 대한 양도소득세를 
신고ㆍ납부하지 않았다’는 이유로 2016년 귀속 양도소득세 및 가산세(일반무신고가산
세 및 납부불성실가산세)를 부과하겠다는 세무조사결과를 통지하고, 2024. 5. 7. 원고 
A에게 2016년 귀속 양도소득세 7,035,130원(가산세 3,424,396원 포함) 및 원고 B에게 
2016년 귀속 양도소득세 16,471,270원(가산세 8,017,488원 포함)을 결정ㆍ고지하였다(이
하 합하여 ‘이 사건 처분’이라 한다).
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 19, 20, 32호증, 을 제1호증(가지번호 있는 것은 
가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 관계 법령
별지 기재와 같다.
3. 이 사건 처분의 위법 여부
가. 원고들 주장의 요지
원고들은 이 사건 조합에 이 사건 토지 지분을 현물출자함으로써 사업시행에 따른 
수익 배분을 받을 수 있는 사원의 지위를 취득한 것으로, 이는 소득세법상 양도소득세 
1) 이 사건 조합은 2009. 12. 21. 강서세무서로부터 국세기본법 제13조 제2항에 의한 법인으로 보는 단
체로 승인을 받았고, 2017. 2. 20. 사업자등록증을 발급받았다. 이 사건 조합이 그 명칭에도 불구하고 
‘비법인사단’에 해당한다는 점에 대하여는 당사자들 사이 다툼이 없으나, 편의상 ‘이 사건 조합’으로, 
그 구성원을 ‘조합원’으로 칭하기로 한다.
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과세원인인 ‘양도’에 해당한다. 따라서 원고들이 이 사건 조합에 이 사건 토지 지분을 
양도한 시기는 이 사건 토지에 관한 환지처분이 있었던 2014. 1. 27. 또는 늦어도 이 
사건 조합의 제2차 총회에서 현물출자 결의를 한 2015. 5. 6.이므로, 이 사건 처분은 
부과제척기간(7년)을 도과한 후에 이루어져서 위법하다. 
나. 인정사실
1) 이 사건 사업 시행 경과 및 이 사건 조합의 설립 경위 
가) 재정경제부는 2003. 8. 11. 인천 영종(중구) 등 일원에 대한 개발사업을 추진
하고자 해당 일대를 인천경제자유구역으로 지정하고, 2006. 12. 5. 인천광역시도시개발
공사와 한국토지공사의 인천경제자유구역 영종지구 개발사업 실시계획을 승인하였다. 
나) 한국토지공사는 2006. 12. 13. 위 개발사업에 편입된 토지의 소유자들에게 
수용방식 또는 환지방식의 보상을 시행할 예정이라고 공지하였고, 환지계획이 인가됨
에 따라 2009. 1. 23. C 환지예정지 지정을 예고하였다.
다) 이 사건 조합은 2009. 11. 14. C AA, AB, AC 구역의 환지처분 대상자를 조
합원으로 하여 창립총회를 개최하여 설립되었고, 창립총회에서 이 사건 조합의 정관을 
승인하는 결의를 하였다. 위 정관에서는 조합원이 소유한 토지를 이 사건 조합의 사업
목적에 따라 공여하고, 이 사건 조합은 건설산업기본법에 의한 건설업 등록을 한 자와 
공동으로 위 구역에 공동주택을 건설하여 제3자에게 분양하는 개발사업을 시행하며, 
조합원들에게 출자한 비율에 따라 수익을 배분하기로 정하였다. 
라) 한국토지주택공사2)는 도시개발법 등 관련 법령에 따라 환지방식의 보상을 
받을 토지 소유자들에게 공동주택용지를 공유로 하여 환지를 지정하고, 2014. 1. 27. C 
2) 한국토지공사가 2009. 10.경 대한주택공사와 합병하면서 ‘한국토지주택공사’로 그 명칭이 변경되었다.
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AA 구역의 환지처분 대상자 중 공동주택 건설에 동의하는 사람은 AA 구역으로, 동의
하지 않는 사람은 AB, AC 구역으로 구분하도록 하는 최종 환지처분 공고를 하였다. 
이에 따라 이 사건 조합의 사업대상 부지는 C AA 구역(이 사건 토지)으로, 이 사건 조
합의 조합원의 자격은 이 사건 토지의 공유자로 확정되었고, 각 조합원별 이 사건 토
지 지분도 확정되었다. 
2) 이 사건 조합의 2015. 5. 6. 자 제2차 총회 개최 및 결의
가) 이 사건 조합은 2015. 5. 6. 아래와 같은 안건을 상정하는 제2차 총회(이하 
‘2차 총회’라 한다)를 개최하였다. 2차 총회 자료에서 총회 상정 안건에 대하여 안내하
고 있는 내용 중 이 사건 처분과 관련된 주요 내용은 아래와 같다. 
총회 상정 안건
○ 제1호 안건: 조합(비법인사단) 정관 개정의 건
○ 제2호 안건: AA 블록 공동주택개발사업 결의 및 신탁결의의 건
구분 내용
의결주문 C 환지공동주택의 조합정관 개정의 건을 상정합니다.
제안사유
C 환지공동주택조합은 2014. 1. 시행된 환지처분에 따라 블록 및 사업
시행구역의 변경, 공동주택 건립 규모의 조정과 사업시행 방법 중 주
택법, 신탁법 및 관계 법령 등에 의거하여 부동산신탁회사의 신탁 개
발방식을 추가하고자 정관을 「붙임3」의 내용과 같이 변경하고자 합니
다. 
구분 내용
의결주문
C 환지공동주택조합 AA 블록의 공동주택개발사업의 사업계획 승인과 
공동주택 및 부대복리시설 건축을 위한 사업결의 및 신탁결의의 건을 
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나) 2차 총회의 제1호 안건 결의에 따라 개정된 이 사건 조합의 정관은 환지처
분 공고를 반영하여 이 사건 토지만을 사업시행구역으로 정하고, 이 사건 사업의 시행
방법을 신탁개발 방식으로 정하며, 조합원은 조합 또는 선정된 부동산신탁회사에 신탁
법에 의한 신탁등기를 이행할 의무가 있다는 등의 내용을 정하고 있다. 위 정관의 주
요 내용은 아래와 같다. 
상정합니다. 
제안사유
인천광역시 중구 E동 AA 블록(**,***㎡) 공동주택개발사업의 사업시행
을 위하여 정관 제1, 3, 5, 23, 40조에 의거 신탁법 및 주택법 제16조
의 사업계획승인과 동법 제38조의 공동주택 및 부대복리시설의 건축을 
위한 사업결의 및 신탁결의를 구합니다.
첨부자료
- C AA 블록 개발사업 개요 
- 사업결의 및 신탁결의서 
제3조(사업시행구역 및 공동주택건설 규모)
① 본 조합의 사업시행구역은 한국토지주택공사와 인천도시개발공사가 공동으로 시행하는 
「C 개발사업」 중 인천 중구 E동 일대의 AA 블록(**,***㎡)으로 한다. 다만 관계 법령 및 
이 정관이 정하는 바에 따라 추가로 편입 또는 제외되는 토지 등이 있을 경우에는 그 
변경 승인된 사업구역과 면적으로 한다. 
② 공동주택의 건축 규모는 60㎡ 이하, 60㎡~85㎡, 85㎡ 초과의 ***세대 및 부대복리시설을 
관계 법령에 의거하여 건립함을 원칙으로 한다. (이하 생략)
제5조(시행방법)
① 조합원은 소유한 토지를 조합의 사업목적에 따라 공여 또는 신탁(부동산신탁회사로의 차
입형 토지신탁 또는 관리형 토지신탁)하고, 조합은 주택법 제10조에 의거하여 건설산업 
기본법 제9조에 의한 건설업 등록을 한 자와 공동으로 사업을 시행하거나, 선정된 등록
사업자(부동산신탁회사 포함)로 하여금 단독으로 사업을 시행하도록 하여, 주택법 제16
조에 따라 사업계획승인을 받은 후 주택법 제38조에 의거하여 공동주택 및 부대복리시
설을 건설, 일반에게 분양하여 조합원에게 출자된 비율에 따라 수익을 배분한다. 
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다) 또한 2차 총회의 제2호 안건 결의에 따라 이 사건 조합의 조합원들에게 이 
사건 조합에 아래와 같은 ‘사업결의 및 신탁결의서’(이하 ‘이 사건 신탁결의서’라 한다)
를 제출하도록 하였고, 원고들 역시 2015. 5.경 이 사건 조합에 이 사건 신탁결의서를 
제출하였다. 
사업결의 및 신탁결의서 
C AA 블록의 “C 환지공동주택조합(이하 ‘본 조합’)”은 2012. 9. 18. 자 신탁계약증서에 의거
한 본 조합의 위탁자 및 사업시행자 겸 수탁자 모두 2015. 5. 6. 자 총회의 결의에 따라 본 
조합 및 본 조합의 조합원 전원의 동의로써 아래 결의사항을 결의한다. 
③ 조합은 사업시행을 위하여 필요한 경우 업무대행사, 시행대행사, 시공사, 부동산신탁회사 
또는 금융기관 등으로부터 신용의 제공 및 자금을 대여받아 사업을 시행할 수 있다.
④ 조합은 인·허가 등 행정업무 지원, 사업성 검토, 설계자·시공자 등의 선정·계약에 관한 업
무의 지원, 사업계획의 수립 및 분양업무 등을 지원하는 업무대행사 또는 시행대행사를 
선정 또는 변경할 수 있다 
⑤ 조합은 총회에서 등록사업자를 선정하여 공동으로 사업을 시행하거나 선정된 등록사업
자(부동산신탁회사 포함)로 하여금 단독으로 사업을 시행하게 할 수 있다. 
제40조(신탁등기 등)
① 본 사업의 원활한 추진을 위하여 필요한 경우 조합원은 조합이 정한 기간 내에 조합원
의 소유로 되어 있는 사업시행 지구 안의 토지에 대하여 조합 또는 선정된 부동산신탁
회사에 신탁법에 의한 필요한 제 신탁등기를 이행하여야 하며, 기간 내에 신탁등기를 이
행하지 않을 경우 조합은 신탁등기 이행의 소를 제기할 수 있다. 
② 선정된 부동산신탁회사가 단독명의로 사업승인을 득할 경우 조합원은 개별적으로 또는 
조합이 선정된 부동산신탁회사와 차입형 토지신탁 또는 관리형 토지신탁계약을 체결한 
후 신탁법에 의거한 필요한 제 신탁등기를 이행하여야 한다. 
③ 조합 또는 선정된 부동산신탁회사는 신탁된 조합원의 재산권을 본 사업의 시행 목적에 
맞게 적합하게 운용 및 관리·처분하여야 하며 권리이전 등 필요한 경우에는 조합장은 직
권으로 신탁을 해지하여 신탁 재산을 당해 조합원에게 반환하여 주어야 한다. 
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3) 신탁계약의 체결 및 신탁등기의 경료 등
가) 이 사건 조합은 2015. 8. 27. 신탁사인 주식회사 F(이하 ‘F’이라 하고, 이하 
법인명에서 ‘주식회사’ 기재는 생략한다), 시공사 G, 시행업무대행사 H와 이 사건 사업 
시행을 위한 사업협약을 체결하였다. F은 2015. 10. 13. 인천광역시경제자유구역청에 
이 사건 사업 시행을 위한 주택건설사업계획 승인신청서 및 토지사용승낙서를 제출하
였고, 2015. 12. 21. 인천광역시경제자유구역청으로부터 위 주택건설사업계획을 승인받
았다. 
- 결의사항 -
1. 본 조합은 C AA 블록의 공동주택 등의 신축 및 개발사업 등을 위하여 주택법과 신탁법 
및 관계법 등에 의거하여 「관리형 토지신탁 또는 차입형 토지신탁」으로 사업을 시행한
다. 
2. 본 결의서 위 1항에서 언급한 사업의 시행을 위하여 본 조합은 위탁자로서 본 조합(2012
년 월 일자 신탁계약서상의 사업시행자 겸 수탁자)이 정하는 부동산신탁회사를 수탁자로 
하는 「관리형 토지신탁 또는 차입형 토지신탁」을 신탁법에 의거하여 부동산신탁회사와 
체결함에 조합원 전원이 동의한다. 
3. 본 결의서 위 1항과 2항에 의거하여 C AA 블록에 공동주택 등의 신축 및 개발사업을 위
하여 본 조합은 PM 용역대행사와의 적절한 절차를 거쳐 본 조합의 요청에 근거 부동산
신탁회사 단독의 명의로 사업승인(건축허가 등)을 신청할 수 있으며, 이를 위하여 부동산
신탁회사가 관리신탁 또는 처분신탁 또는 담보신탁계약 체결 등을 본 조합에 요청할 경
우 본 조합과 본 조항의 조합원 전원은 동의하고 아울러 사업승인의 진행과 결과에 대하
여 부동산신탁회사에 이의를 제기하지 아니한다.
위 결의사항 등의 동의 및 결의 사실을 증명하기 위하여 각 조합원의 서명과 인감을 날인
하고 인감증명서를 첨부한다. 
2015. 5. C 환지공동주택조합
조합원: 원고들
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나) 한편 이 사건 조합은 2015. 11. 20. 제3차 총회에서 시공사의 선정, 환지등
기 및 신탁등기 실행의 건(환지 촉탁등기, 이 사건 조합 명의로의 신탁등기, 신탁사 명
의로의 신탁등기를 같은 날 경료한다는 내용) 등을 결의하였다. 
다) 그런데 신탁사인 F이 이 사건 사업에 대한 투자심의를 보류하고 2016. 2.경 
재심의 후 결정하겠다고 통보하자, 이 사건 조합은 2016. 1. 21. 임시총회를 개최하여 
신탁사를 변경하고, 담보신탁을 통한 경비조달 등을 결의하였고, 위 결의에 따라 이 사
건 조합은 2016. 3. 22. I과 신탁계약을 체결하였다. 
라) 이후 한국토지주택공사의 환지촉탁에 따라 2016. 3. 25. 이 사건 조합의 조
합원들이 도시개발사업에 따른 환지처분으로 인하여 종전 토지 대신에 이 사건 토지의 
공유 지분을 취득하는 것으로 하는 소유권 변경등기가 이루어졌고, 같은 날 그 지분에 
관하여 이 사건 조합을 수탁자로 하는 신탁을 원인으로 하는 소유권이전등기, I을 수탁
자로 하는 신탁을 원인으로 하는 소유권이전등기(이하 이 사건 조합을 수탁자로 하는 
신탁등기와 I을 수탁자로 하는 신탁등기를 통틀어 ‘이 사건 신탁등기’라 한다)가 이루어
졌다. 
4) 이 사건 사업의 완료
I에 의하여 이 사건 사업이 진행되어 2018. 8. 20. 이 사건 토지 위에 공동주택
이 준공되었고, 이 사건 조합은 일반분양에 따른 분양수익금을 2019. 6.경부터 2023년
경까지 각 조합원들의 지분비율대로 정산하여 지급하였다. 
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 17, 32, 39호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
다. 판단
1) 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 
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‘양도’란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등
으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다고 정함으로써(제88조 
제1호), 양도인이 자산의 유상 이전으로 양도소득을 얻는 경우에 그 자산의 이전에 관
하여 등기 또는 등록 절차를 마쳤는지 여부를 불문하고 양도소득에 관하여 납세의무를 
진다는 점을 명시하고 있다. 
한편 조합에 출자된 자산은 출자자의 개인재산과 구별되는 별개의 조합재산을 이
루어 조합원의 합유로 되고 출자자는 그 출자의 대가로 조합원의 지위를 취득하는 것
이므로, 조합에 대한 자산의 현물출자는 자산의 유상이전으로서 양도소득세의 과세원
인인 양도에 해당하고, 그 양도시기는 조합에 현물출자를 이행한 때이다(대법원 1985. 
11. 12. 선고 85누339 판결, 대법원 2002. 4. 23. 선고 2000두5852 판결 참조).
나아가 구 소득세법 제88조 제1항에서는 ‘법인에 대한 현물출자’로 인하여 그 자산
이 사실상 유상으로 이전되는 경우를 양도소득세 과세원인이 되는 ‘양도’라고 명시적으
로 규정하고 있고, 위와 같은 소득세법의 규정 및 민법상 조합에 대한 현물출자도 양
도소득세 과세원인이 되는 양도시기는 그 출자의 대가로 조합원의 지위를 취득하게 되
는 조합에 현물출자를 이행한 때인 점 등을 종합하면, 비법인사단의 경우에도 그 사원
이 자산을 비법인사단에 현물출자하면서 그 구성원으로서 구체적인 사업의 수익권을 
배분받을 권리 등 사원으로서의 지위를 취득하였다면 그 현물출자를 이행한 때를 자산
의 양도시기로 봄이 타당하다.
2) 위와 같은 법리에 비추어 앞서 인정한 사실과 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취
지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고들이 이 사건 조합에 
이 사건 토지 지분을 양도한 시기는 2차 총회에서 현물출자 결의를 한 2015. 5. 6.로, 
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2015년 과세기간 중이라고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 처분이 이루어진 2024. 5. 
7.에는 부과제척기간 7년이 도과하였음이 역수상 명백하다. 
가) 앞서 인정한 사실에 의하면, 이 사건 토지에 관한 2014. 1. 27. 환지처분 및
2015. 5. 6. 2차 총회 결의를 통해 이 사건 조합은 이 사건 토지를 사업시행구역으로 
정하면서, 이 사건 사업을 신탁 방식으로 시행하고 사업시행에 따른 수익금을 조합원
들에게 출자 비율에 따라 배분한다는 점, 이 사건 조합의 조합원은 그 소유로 되어 있
는 이 사건 토지 지분에 대하여 이 사건 조합 또는 선정된 부동산신탁회사에 신탁등기
를 이행할 의무가 있다는 점 등을 결의하였다. 또한 2차 총회 결의에 따라 원고들을 
비롯한 조합원들은 ‘이 사건 사업을 신탁 방식으로 진행하기 위하여 이 사건 조합을 
위탁자로, 부동산신탁회사를 수탁자로 하는 신탁계약을 체결함에 동의한다’는 취지의 
이 사건 신탁결의서를 제출하였는바, 이는 곧 이 사건 사업 시행을 위하여 자신의 이 
사건 토지 지분을 이 사건 조합에 출자하고, 이 사건 조합이 이를 부동산신탁회사에 
신탁함을 동의한 것이다. 따라서 2차 총회 결의와 이 사건 신탁결의서의 제출로 원고
들의 이 사건 토지 지분에 대한 소유권은 그 등기 여부와 상관없이 사실상 원고들로부
터 이 사건 조합에 이전되었다고 봄이 타당하다. 즉 이와 같이 2차 총회 결의를 통하
여 원고들을 포함한 이 사건 조합의 조합원들 사이에 현물출자하는 재산의 종류와 수
량, 가격 및 대가로 부여받을 권리가 특정되고, 원고들의 이 사건 토지에 대한 소유권
이 사실상 이 사건 조합에 이전된 이상, 위 결의 당시를 자산의 양도시기인 현물출자
가 이루어진 때로 봄이 상당하다. 비록 2차 총회 결의 이후에 신탁사가 변경되고 이 
사건 신탁등기가 이루어지기는 하였으나, 이러한 사정만으로 이 사건 신탁등기가 이루
어진 때를 자산의 양도시기로 볼 수는 없다. 
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나) 피고는 조합에 대한 현물출자의 경우 그 대가로 ’조합원의 지위‘를 취득하므
로 이는 자산의 유상이전이라고 볼 수 있지만, 비법인사단의 경우 그 소유형태는 총유
이고, 구성원 개인의 총유재산에 대한 지분권이 인정되지 않으므로, 비법인사단에 현물
출자를 하여 ’사원의 지위‘를 취득한다고 하여 아무런 소득이 발생하는 것이 아니어서 
이를 자산의 유상이전이라고 볼 수 없다고 주장한다. 
민법상의 조합과 비법인사단은 일반적으로 그 단체성의 강약을 기준으로 구분되
는 것으로, 조합은 어느 정도 단체성에서 오는 제약을 받기는 하나 조합원의 개인성이 
강하게 드러나는 인적 결합체인 데 비하여, 비법인사단은 조합원의 개인성과는 별개로 
권리ㆍ의무의 주체가 될 수 있는 독자적 존재로서의 단체적 조직을 가진다는 점에서 
차이가 있기는 하다. 그러나 조합에 대한 현물출자를 하는 경우 ’조합원의 지위‘를 얻
는 것과 마찬가지로, 비법인사단에 대한 현물출자를 하는 경우 관계 법령, 정관 등의 
정함에 따라 사업수행에 따른 수익을 배분받을 수 있는 권리 등을 포함하는 ’사원의 
지위‘를 얻을 수 있는바, 비법인사단에 대한 현물출자 역시 자산의 유상이전으로서 양
도소득세의 과세원인인 양도에 해당한다고 보지 않을 수 없다. 2차 총회에서 결의된 
이 사건 조합의 정관을 보더라도 사업시행의 방법에 관하여 정하면서 ’공동주택 및 부
대복리시설을 건설, 일반에게 분양하여 조합원에게 출자된 비율에 따라 수익을 배분한
다‘고 정하고 있는바(정관 제5조 제1항), 원고들은 이 사건 조합의 조합원으로써 이 사
건 조합에 자신의 이 사건 토지 지분을 현물출자함으로써 위와 같이 사업시행에 따른 
수익을 배분받을 수 있는 지위를 얻게 된 것으로, 이는 자산의 유상이전에 해당한다. 
따라서 조합과 비법인사단이 그 단체성의 강약에 차이가 난다는 이유로 조합에 대한 
현물출자와 비법인사단에 대한 현물출자가 소득세법상 ’양도‘에 해당하는지 여부를 달
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리 판단하여야 한다고 볼 근거가 없다(단체성이 더 강한 법인에 대한 출자의 경우 주
식 또는 출자지분의 취득이 유상의 대가로 인정되어 소득세법상 양도가 있었다고 볼 
것이라는 점, 부과제척기간은 납세의무자와 과세관청의 법률관계에 중대한 영향을 미
치므로 그 기산일은 일률적으로 정하여야 할 필요성이 크다는 점 등을 고려하면 더욱 
그러하다).
다) 피고는 또한 조합의 경우 공동사업자, 약정한 손익분배비율 등을 포함하여 
사업자등록을 하여야 하므로 과세관청은 조합원이 조합에 재산을 출자하였으나 이에 
대한 양도소득세를 신고하지 않았다면 이를 확인하여 별도의 과세처분을 하는 등의 조
치를 취할 수 있는 반면, 비법인사단의 경우 조합원의 재산 출연 사실을 알 수 있는 
방법이 전혀 없으므로, 내부 의사결정에 불과한 현물출자 결의일을 양도일로 보는 경
우 양도시기를 인지하지 못하여 막대한 세수일실의 우려가 크다는 과세 실무상의 난점
을 들고 있다. 
그러나 주택건설사업, 재건축사업 등을 목적으로 결성된 단체가 민법상 조합에 
해당하는지, 아니면 비법인사단에 해당하는지에 관하여는 빈번히 다툼의 대상이 되고 
있고, 이는 ‘민법상 조합의 명칭을 가지고 있는 단체라 하더라도 고유의 목적을 가지고 
사단적 성격을 가지는 규약을 만들어 이에 근거하여 의사결정기관 및 집행기관인 대표
자를 두는 등의 조직을 갖추고 있고, 기관의 의결이나 업무집행방법이 다수결의 원칙
에 의하여 행해지며, 조합원의 가입, 탈퇴 등으로 인한 변경에 관계없이 단체 그 자체
가 존속되고, 그 조직에 의하여 대표의 방법, 총회나 이사회 등의 운영, 자본의 구성, 
재산의 관리 기타 단체로서의 주요사항이 확정되어 있는 경우에는 비법인사단으로서의 
실체를 가진다’(대법원 1992. 7. 10. 선고 92다2431 판결 참조)는 법리에 따라 여러 사
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정들을 종합하여 판단되고 있다. 따라서 ‘조합’에 대한 현물출자인지, ‘비법인사단’에 대
한 현물출자인지를 판단하는 것은 과세관청이 그 과세 단계에서 판단하기 어려운 문제
로서, 피고 주장과 같이 현물출자의 상대방이 조합인지 비법인사단인지에 따라 소득세
법상 양도가 있었는지 여부를 달리 판단하여야 한다고 한다면, 이는 오히려 실무상 혼
란과 부담을 초래할 가능성이 높다. 
라) 한편 피고는 과세대상 소득이 발생하였다고 하기 위하여는 소득이 현실적으
로 실현되었을 것까지는 필요 없지만 소득이 발생할 권리가 그 실현의 가능성에 있어 
상당히 높은 정도로 성숙ㆍ확정되어야 하는데(대법원 2011. 10. 13. 선고 2009두22270 
판결 참조), 2015. 5. 6. 자 2차 총회 당시 양도소득이 발생할 권리가 그 실현의 가능
성에 있어 성숙, 확정되었다고 보기 어렵다고 주장한다. 
그러나 앞서 본 바와 같이 2차 총회에서 이루어진 정관 변경 및 이 사건 신탁결
의서의 제출로써 2015. 5. 6. 당시 이 사건 사업 시행의 범위 및 방식, 조합원의 범위, 
조합원이 각 현물출자하는 재산의 종류 및 수량, 현물출자의 대가로 사업시행의 수익
을 배분받을 것이라는 점, 이 사건 조합이 정한 바에 따라 이 사건 토지 지분을 신탁
등기하여야 한다는 점 등이 확정되었다. 이 사건 조합 정관에서 정한 바에 따라 조합
원은 조합이 정한 기간 내에 조합 또는 선정된 부동산신탁회사에 신탁등기를 하여야 
하고, 기간 내에 신탁등기를 이행하지 않으면 조합은 신탁등기 이행의 소를 제기할 수 
있다. 이처럼 원고들을 비롯한 조합원들은 2차 총회 결의를 통해 자신의 이 사건 토지 
지분을 이 사건 조합에 출자하여 더 이상 각자 소유한 자신의 이 사건 토지 지분을 이 
사건 조합의 사업 시행 외 목적으로는 사용할 수 없게 됨으로써 그 소유권을 사실상 
이 사건 조합에 양도하는 대신 이 사건 사업을 통해 얻을 수익금을 배분받을 지위를 
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얻었다고 보아야 한다.
또한 위 2차 총회 결의에 따라 이 사건 조합은 신탁사 등과 사업협약서를 체결
하였고, 2015. 11. 20. 자 3차 총회에서 이 사건 토지 지분의 신탁등기 절차 등을 결의
하였으며, 이후 신탁사가 변경되기는 하였으나 위와 같은 방식으로 이 사건 토지 지분
에 대한 신탁등기가 경료되어 사업이 진행되었다. 따라서 이러한 사정에 비추어 보면, 
신탁등기의 경료 여부와 상관없이 2015년에는 이 사건 조합의 조합원으로서의 권리ㆍ
의무가 구체적으로 확정되었고, 소득이 발생할 권리가 그 실현의 가능성에 있어 상당
히 높은 정도로 성숙ㆍ확정되었다고 인정할 수 있다. 이 사건 사업의 좌초 위험성, 이 
사건 사업 시행에 따른 수익금액의 미확정 및 미실현의 문제는 2차 총회 결의일 뿐 아
니라 피고가 주장하는 양도일인 신탁등기 경료일에도 여전히 남아있는 것으로, 이러한 
사정을 들어 2차 총회 결의일이 아닌 신탁등기 경료일을 양도일로 보아야 한다는 주장
은 받아들이기 어렵다. 
라. 소결 
따라서 원고들의 나머지 주장에 대하여 나아가 판단할 필요 없이 이 사건 처분은 
부과제척기간을 도과하여 이루어진 처분으로서 위법하다. 
한편 국세부과의 제척기간이 경과한 후에 이루어진 부과처분은 무효라 할 것이지
만(대법원 2019. 8. 30. 선고 2016두62726 판결 참조), 원고들은 이 사건 처분의 취소
를 구하고 있고 원고들의 취소 청구에는 무효를 선언하는 의미에서 취소를 구하는 취
지가 포함되어 있다 할 것이므로, 원고들의 청구에 따라 이 사건 처분을 취소한다.
4. 결론
원고들의 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
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별지
관계 법령
■ 국세기본법
제26조(납부의무의 소멸) 
국세 및 강제징수비를 납부할 의무는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에 소멸한다. 
2. 제26조의2에 따라 국세를 부과할 수 있는 기간에 국세가 부과되지 아니하고 그 기간이 끝
난 때
제26조의2(국세의 부과제척기간) 
① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 “부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부
터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[「국제조세조정에 관한 법률」 제2조 제1항 제1호에 따른 
국제거래(이하 “국제거래”라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국
내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용
역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 
한다.
② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따
른 기간을 부과제척기간으로 한다.
1. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우: 해당 국세를 부과
할 수 있는 날부터 7년(역외거래의 경우 10년)
■ 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것)
제5조(과세기간) 
① 소득세의 과세기간은 1월 1일부터 12월 31일까지 1년으로 한다.
제88조(양도의 정의) 
① 제4조 제1항 제3호 및 이 장에서 "양도"란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 
교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한
다. 이 경우 부담부증여(負擔附贈與)(「상속세 및 증여세법」 제47조 제3항 본문에 해당하는 
경우는 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자(受贈者)가 인수하는 경우에는 증여가액 
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중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다.
제98조(양도 또는 취득의 시기) 
자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니
한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 
경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수
자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. 
■ 소득세법 시행령
제162조(양도 또는 취득의 시기) 
① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 
경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.
1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 
등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일
2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 
등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일
(이하 생략)
끝.