[행정 판결문] 대구고등법원 2025누10140 - 법인세등부과처분취소

 

[행정] 대구고등법원 2025누10140 - 법인세등부과처분취소.pdf

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대 구 고 등 법 원
제 1 행 정 부
판 결
사 건 2025누10140 법인세등부과처분취소
원고, 항소인 주식회사 A
대표이사 B
소송대리인 법무법인 이엔씨 담당변호사 임성규, 조지혜
법무법인(유한) 대륙아주 담당변호사 김신희, 박형주
피고, 피항소인 수성세무서장
소송수행자 이호열
소송대리인 정부법무공단 담당변호사 송지연, 최호진
제 1심판결 대구지방법원 2025. 6. 12. 선고 2023구합21428 판결
변 론 종 결 2025. 10. 31.
판 결 선 고 2025. 11. 28.
주 문
1. 제1심판결을 취소한다.
2. 피고가 2021. 5. 6. 원고에게 한 2019 사업연도 법인세 3,606,489,070원(가산세 포
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함)의 부과처분을 취소한다.
3. 소송총비용은 피고가 부담한다.
청구취지 및 항소취지
주문과 같다.
이 유
1.? 처분의 경위
가. 원고는 2018. 3. 14. 본점 소재지를 ‘대구 수성구 D’으로 하여 설립된 법인(변경 전 
상호: 주식회사 E, 2020. 12. 30. 상호 변경)으로, 수도권 과밀억제권역 외의 지역에서 
창업한 중소기업이고, 화장품을 위탁업체를 통해 제조하여 화장품 대리점에 판매해오고 
있다.
나. 원고는 당초 구 조세특례제한법(2019. 12. 31. 법률 제16835호로 개정되기 전의 
것, 이하 같다) 제6조 제1항 제1호 나목에 따른 ‘창업중소기업 등에 대한 세액감면’을 
적용하여 2019 사업연도(2019. 1. 1.부터 2019. 12. 31.까지, 이하 같다) 법인세의 50%
를 감면하는 방식으로 해당 법인세를 신고·납부하였다.
다. 이후 대구지방국세청장은 피고에게 ‘원고가 2019. 10. 30. 수도권과밀억제권역인 
“서울 강남구 F” 소재에 지점 또는 사업장(이하 ‘이 사건 쟁점사무소’라고 한다)을 설치
하였으므로, 구 조세특례제한법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30390호로 개정되기 
전의 것, 이하 같다) 제5조 제24항 제2호(이하 ‘이 사건 시행령 조항’이라 한다)에 따른 
창업중소기업 세액공제 요건을 충족하지 못하였다’는 내용의 조사결과를 통보하였다.
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라. 피고는 위 조사결과에 따라 2021. 5. 6. 당초 원고의 2019 사업연도 법인세의 감면
세액을 부인하고, 원고에게 2019 사업연도 법인세 3,606,489,070원(= 본세 3,058,614,710
원 + 가산세 547,874,360원)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2021. 7. 29. 조세심판원에 심판청구를 제기하
였으나, 조세심판원은 2022. 12. 20. 이를 기각하였다.
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 11호증, 을 제1, 2, 4호증의 각 기재, 변론 
전체의 취지
2.? 관계 법령 및 규정
별지 ‘관계 법령 및 규정’ 기재와 같고, 그중 구 조세특례제한법 제6조 제1항 제1호 
및 이 사건 시행령 조항의 구체적인 내용은 아래와 같다.
■ 구 조세특례제한법(2019. 12. 31. 법률 제16835호로 개정되기 전의 것)
제6조(창업중소기업 등에 대한 세액감면)
① 2021년 12월 31일 이전에 제3항 각 호에 따른 업종으로 창업한 중소기업(이하 "창업중
소기업"이라 한다)과 「중소기업창업 지원법」 제6조 제1항에 따라 창업보육센터사업자
로 지정받은 내국인(이하 "창업보육센터사업자"라 한다)에 대해서는 해당 사업에서 최초
로 소득이 발생한 과세연도(사업 개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해
당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 
말한다. 이하 제6항에서 같다)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과
세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 다음 각 호의 구
분에 따른 비율을 곱한 금액에 상당하는 세액을 감면한다.
1. 창업중소기업의 경우: 다음 각 목의 구분에 따른 비율
가. 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 대통령령으로 정하는 청년창업중소기업
(이하 "청년창업중소기업"이라 한다)의 경우: 100분의 100
나. 수도권과밀억제권역에서 창업한 청년창업중소기업 및 수도권과밀억제권역 외의 지
역에서 창업한 창업중소기업의 경우: 100분의 50
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3.? 원고 주장
가. 조세법률주의 또는 법률유보원칙 위반 
피고는 이 사건 시행령 조항을 적용하여 원고가 구 조세특례제한법 제6조 제1항 
제1호 나목의 ‘수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 창업중소기업’에 해당하지 않
는다고 보아 이 사건 처분을 하였다. 그러나 이 사건 시행령 조항은 모법의 위임이 없
어 조세법률주의 또는 법률유보원칙에 위배되어 무효이므로, 무효인 시행령에 근거한 
이 사건 처분은 위법하다.
나. 처분사유의 부존재
이 사건 시행령 조항에서 규정하는 ‘지점 또는 사업장’은 사실상 본점의 역할을 수
행하는 정도에 이르러야 한다. 그런데 이 사건 쟁점사무소는 당초 원고가 ‘전시장’으로 
이용할 용도로 2019년 10월 말에 임차한 곳이고, 임차 이후 인테리어 공사 등을 진행
하여 제대로 활용하지도 못하였으며, 그 결과 2019 사업연도 당시 사실상 본점의 역할
을 수행하는 정도에 이르지 않았으므로, 이 사건 시행령 조항에서 규정하는 ‘지점 또는 
사업장’에 해당하지 않는다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분에는 그 처분사
■ 구 조세특례제한법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30390호로 개정되기 전의 것)
제5조(창업중소기업 등에 대한 세액감면)
㉔ 법 제6조 제1항·제5항·제6항 및 제7항을 적용할 때 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 
창업한 창업중소기업이 창업 이후 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 
경우에는 해당 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 남은 감면기간 동안 해당 창업
중소기업은 수도권과밀억제권역에서 창업한 창업중소기업으로 본다.
1. 창업중소기업이 사업장을 수도권과밀억제권역으로 이전한 경우
2. 창업중소기업이 수도권과밀억제권역에 지점 또는 사업장을 설치(합병·분할·현물출자 
또는 사업의 양수를 포함한다)한 경우
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유가 존재하지 않는다. 
다. 세액감면 배제 적용 시점의 문제점
설령 이 사건 쟁점사무소가 이 사건 시행령 조항에서 규정하는 지점 또는 사업장
에 해당한다고 하더라도, 그에 따른 세액감면 배제는 이 사건 쟁점사무소가 설치된 이
후의 시기에 한정되어야 한다. 
라. 가산세 부과의 위법성
원고 입장에서는 2019 사업연도 법인세 신고시 이 사건 시행령 조항의 적용을 받
아 ‘창업중소기업 세액감면’을 받지 못하게 될 것이라는 점을 알기 어려웠고, 이에 대한 
해석상 견해 대립 역시 존재하였으므로, 이는 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유
에 해당한다. 따라서 이 사건 처분 중 가산세 부분은 위법하여 취소되어야 한다.
4.? 이 사건 처분의 적법 여부
가. 조세법률주의 또는 법률유보원칙 위반 여부 판단
1) 관련 법리 및 규정
법규명령이 법률의 위임 범위를 벗어났는지는 직접적인 위임 법률조항의 형식과 
내용뿐만 아니라 법률의 전반적인 체계와 목적 등도 아울러 고려하여 법률의 위임 범
위나 한계를 객관적으로 확정한 다음 법규명령의 내용과 비교해서 판단해야 한다. 법
규명령의 내용이 위와 같이 확정된 법률의 위임 범위 내에 있다고 인정되거나 법률이 
예정하고 있는 바를 구체적으로 명확하게 한 것으로 인정되면 법규명령은 무효로 되지 
않는다. 나아가 어느 시행령 규정이 모법의 위임 범위를 벗어난 것인지를 판단할 때 
중요한 기준 중 하나는 예측 가능성이다. 이는 해당 시행령의 내용이 이미 모법에서 
구체적으로 위임되어 있는 사항을 규정한 것으로서 누구라도 모법 자체로부터 위임된 
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내용의 대강을 예측할 수 있는 범위에 속한다는 것을 뜻한다. 이러한 예측 가능성의 
유무는 해당 조항 하나만을 가지고 판단할 것은 아니고 법률의 입법 취지 등을 고려하
여 관련 법조항 전체를 유기적ㆍ체계적으로 종합하여 판단하여야 한다(대법원 2021. 7. 
29. 선고 2020두39655 판결 등 참조).
법률의 시행령이나 시행규칙은 그 법률에 의한 위임이 없으면 개인의 권리·의무
에 관한 내용을 변경·보충하거나 법률이 규정하지 아니한 새로운 내용을 정할 수는 없
지만, 법률의 시행령이나 시행규칙의 내용이 모법의 입법 취지와 관련 조항 전체를 유
기적·체계적으로 살펴보아 모법의 해석상 가능한 것을 명시한 것에 지나지 아니하거나 
모법 조항의 취지에 근거하여 이를 구체화하기 위한 것인 때에는 모법의 규율 범위를 
벗어난 것으로 볼 수 없으므로, 모법에 이에 관하여 직접 위임하는 규정을 두지 아니
하였다고 하더라도 이를 무효라고 볼 수는 없다(대법원 2014. 8. 20. 선고 2012두
19526 판결, 대법원 2016. 12. 1. 선고 2014두8650 판결 등 참조). 
한편, 구 조세특례제한법 제6조는, 제1항에서 소득세 및 법인세 감면대상이 되는 
창업중소기업에 관하여, 제2항에서 소득세 및 법인세 감면대상이 되는 창업벤처중소기
업에 관하여, 제3항에서 창업중소기업 및 창업벤처중소기업의 범위(업종)에 관하여, 제
4항에서 소득세 및 법인세 감면대상이 되는 에너지신기술중소기업에 관하여 각 규정하
고 있고, 제10항 및 제11항에서는 감면대상의 예외에 해당하는 경우(창업에 해당하지 
않거나 중소기업에 해당하지 않는 경우)를, 제12항에서는 소득세 및 법인세 감면규정
을 적용받고자 하는 내국인의 세액감면신청에 관하여 각 규정하고 있다. 
위 법 규정의 위임을 받은 구 조세특례제한법 시행령 제5조는 감면규정 적용을 
위한 세부요건을 규정하면서, 감면대상이 되는 창업중소기업 등의 구체적인 범위 및 
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요건뿐만 아니라 명시적 위임이 없음에도 이 사건 시행령 조항과 같이 감면이 적용되
지 아니하는 구체적인 경우도 함께 규정하고 있다.
3) 판단
위 관련 법리 및 규정에 비추어 살펴보면, 먼저 구 조세특례제한법 제6조의 입
법 취지는 지방의 창업중소기업에 대한 세액감면 및 중소기업 창업을 지속적으로 지원
함으로 인하여 기업활동이 수도권과밀억제권역으로 집중되는 것을 억제하고, 지역의 
균형발전을 촉진하고자 하는 데 있다.
그런데 창업중소기업에 대한 위와 같은 세제 혜택은 당초 부과할 조세를 감면하
는 것에 해당하므로, 일반적인 침익적 행정행위에 비해 하위 법령에 폭넓은 재량을 부
여할 수 있다고 보인다. 또한 구 조세특례제한법 제6조 자체에서 창업중소기업의 ‘창업 
장소’ 즉, 수도권과밀억제권역인지 그 외의 지역인지에 따라 감면대상 내지 감면비율을 
구분하고 있고, ‘창업’에 해당하지 않아 감면대상의 예외에 해당하는 경우를 규정하고 
있기도 하다. 즉, 위 법 자체에서 이미 하위법령을 통해 감면대상이 되는 ‘수도권과밀
억제권역 외의 지역에서 창업’의 의미 내지 범위를 구체화 또는 한정할 수 있다는 것
이 예측 불가능하지 않은 점 등에 비추어 볼 때, 모법인 구 조세특례제한법 제6조에서 
대통령령에 소득세 및 법인세 감면대상이 되는 창업중소기업 등을 정하는 권한을 위임
한 것에는 단순히 감면대상이 되는 창업중소기업 등의 요건을 정하는 것뿐만 아니라 
그 범위를 제한할 수 있는 권한도 그 위임 범위에 포함되었다고 봄이 합리적이다.
다만, 앞서 본 바와 같은 조세특례제한법 제6조의 입법 취지를 고려하면, 아래 
‘나.의 1)항’ 부분에서 살펴보는 바와 같이, 이 사건 시행령 조항은 구 조세특례제한법 
제6조의 입법 취지에 따라 본점을 수도권과밀억제권역 외에 설립하고 본점 역할을 하
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는 지점을 수도권과밀억제권역에 두는 등 편법 내지 우회적인 방법으로 감면규정을 적
용받는 것을 방지하기 위한 목적으로 제정된 것으로 해석할 필요성이 크다. 만일 이와 
달리 본다면, 위 법의 취지에 반할 여지가 있을 뿐만 아니라, 그 규정 해석 여부에 따
라 법률관계의 불안정을 초래하거나 오히려 이 사건 시행령 조항이 상위법령의 위임 
범위를 벗어난 것으로서 무효에 해당할 여지도 있다.
따라서 이러한 사정들을 고려하면, 이 사건 시행령 조항에서 규정하는 ‘지점 또
는 사업장’은 사실상 본점의 역할을 수행하는 정도에 이르러야 한다고 해석할 필요가 
있고, 그와 같이 해석하는 이상 이 사건 시행령 조항이 조세법률주의 또는 법률유보의 
원칙에 반한다고 볼 수는 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 
이유 없다.
나. 처분사유 존부에 대한 판단
1) 이 사건 시행령 조항에서 ‘지점 또는 사업장을 설치한 경우’의 의미
가) 관련 법리
조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 
해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지
만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법
률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 
및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다(대법원 2008. 2. 15. 선고 
2007두4438 판결 등 참조). 
법령의 해석은 어디까지나 법적 안정성을 해치지 않는 범위 내에서 구체적 타
당성을 찾는 방향으로 이루어져야 한다. 이를 위해서는 가능한 한 원칙적으로 법령에 
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사용된 문언의 통상적인 의미에 충실하게 해석하고, 나아가 당해 법령의 입법 취지와 
목적, 그 제·개정 연혁, 법질서 전체와의 조화, 다른 법령과의 관계 등을 고려하는 체계
적·논리적 해석방법을 추가적으로 동원함으로써, 위와 같은 타당성 있는 법령 해석의 
요청에 부응하여야 한다(대법원 2009. 4. 23. 선고 2006다81035 판결, 대법원 2010. 
12. 23. 선고 2010다81254 판결 등 참조).
하위법령은 그 규정이 상위법령의 규정에 명백히 저촉되어 무효인 경우를 제
외하고는 관련 법령의 내용과 입법 취지 및 연혁 등을 종합적으로 살펴서 의미를 상위
법령에 합치되는 것으로 해석하여야 한다(대법원 2016. 6. 10. 선고 2016두33186 판결 
등 참조).
나) 관련 규정 내용 및 제정 경위 등
구 조세특례제한법 제6조 제1항 제1호 나목에서는 ‘2021년 12월 31일 이전에 
제3항 각 호에 따른 업종으로 창업한 중소기업(이하 ‘창업중소기업’이라 한다)이 수도
권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 경우, 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과
세연도(사업 개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 
발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다)와 그 다음 
과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 
대한 소득세 또는 법인세에 100분의 50을 곱한 금액에 상당하는 세액을 감면한다.’고 
규정하고 있다. 
위와 같은 창업중소기업에 대한 조세특례는 1986. 12. 26. 조세감면규제법 제
15조를 통해 처음 도입되었는데, 그 과정에서 본점은 수도권과밀억제권역 외의 지역에 
두면서 실질적으로 본점 역할을 하는 지점을 수도권과밀억제권역 내에 두는 등의 방식
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을 통해 세액감면 혜택을 받는 사례가 발생하였고, 이를 규제하기 위하여 2002. 4. 15. 
국세청 예규인 ｢조세특례제한법 기본통칙｣ 6-0…1 제4항이 마련되었다. 위 제4항에서는 
창업중소기업의 세액감면 배제 시점으로 제1호에서 ‘수도권과밀억제권역(최종 제정 당
시는 ‘수도권지역’, 제2호 역시 같다)으로 이전하여 사업을 영위하는 경우 그 이전일’을 
제2호에서 ‘수도권과밀억제권역에 지점을 설치한 경우 그 설치일’을 규정하였는데, 위 
제2호 규정의 의미에 대해 재정경제부(현 기획재정부)는 2007. 2. 9. ‘수도권과밀억제권
역 외 지역에서 창업한 중소기업이 수도권과밀억제권역 내에 지점을 설치하고, 경영진
이 상주하여 사실상 본사를 수도권 내로 이전하였다고 볼 수 있는 경우에는 원칙적으로 
창업중소기업 세액감면을 적용받을 수 없다’는 내용의 유권해석을 하기도 하였다.
이후 위 기본통칙 조항을 상향입법하는 형식으로, 2018. 8. 28. 이 사건 시행
령 조항을 포함한 구 조세특례제한법 시행령 제5조 제24항이 신설되었고, 이후 위 기
본통칙 조항은 삭제되었다.
한편, 구 조세특례제한법 시행령 제5조 제24항은 ‘구 조세특례제한법 제6조 
제1항을 적용할 때 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 창업중소기업이 창업 이
후 ① 사업장을 수도권과밀억제권역으로 이전하였거나(제1호), ② 수도권과밀억제권역
에 지점 또는 사업장을 설치(합병·분할·현물출자 또는 사업의 양수를 포함한다)한 경우
(제2호, ‘이 사건 시행령 조항’)에는 해당 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 남
은 감면기간 동안 해당 창업중소기업은 수도권과밀억제권역에서 창업한 창업중소기업
으로 본다.’고 규정하고 있다.
다) 판단
위 관련 법리 및 규정 내용과 제정 경위 등에 비추어 살펴보면, 아래 ① 내지 
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⑤ 기재와 같은 이유에서, 이 사건 시행령 조항에서 ‘지점 또는 사업장을 설치한 경우’란 
‘사실상 본점의 역할을 하는 지점 또는 사업장을 설치한 경우’라고 해석함이 타당하다.
① 앞서 본 바와 같이, 구 조세특례제한법 제6조의 입법 취지 내지 목적은 지
방의 창업중소기업에 대한 세액감면 및 중소기업 창업을 지속적으로 지원함으로 인하
여 기업활동이 수도권과밀억제권역으로 집중되는 것을 억제하고, 지역의 균형발전을 
촉진하고자 하는 데 있다. 이 사건 시행령 조항은, 그 목적 달성을 위하여 편법 내지 
우회적인 방법으로 감면규정을 적용받는 것을 방지하고자 감면대상이었던 수도권과밀
억제권역 외의 지역에서 창업한 창업중소기업이 수도권과밀억제권역에 지점 또는 사업
장을 설치하는 경우 이를 ‘수도권과밀억제권역에서 창업한 창업중소기업과 동일한 것’
으로 간주하여 감면대상에서 배제하고 있다고 할 것이다.
② 실제 이 사건 시행령 조항을 포함한 구 조세특례제한법 시행령 제5조 제24
항의 문언을 살펴보면, 단지 ‘수도권과밀억제권역에 지점 또는 사업장을 설치’한 경우 
바로 세액감면을 배제하는 것이 아닌, 그러한 경우를 ‘수도권과밀억제권역에서 창업한 
창업중소기업’으로 보아 세액감면 배제를 하는 구조이다. 
즉, 위 시행령 제5조 제24항은 ‘수도권과밀억제권역에서 창업한 창업중소기업’
으로 볼 수 있는 구체적인 형태를 각호에 규정하였다고 볼 수 있다. 그런데 앞서 본 
바와 같이 제1호에서는 실제 본점을 이전하는 경우를 상정하고 있음에도, 이와 병렬적
으로 구성되는 제2호에서는 이에 대한 아무런 제한 없이 단지 그 운용 방식과 상관없
이 ‘지점 내지 사업장’ 형태의 사무소를 설치하기만 하면 ‘수도권과밀억제권역에서 창
업한 창업중소기업’에 해당한다고 보는 것은, 규정의 체계적 해석에 반한다. 
③ 만일 이 사건 시행령 조항의 의미에 대해 창업중소기업이 설치한 모든 ‘지
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점 내지 사업장’ 형태가 해당한다고 본다면, 구 조세특례제한법 및 같은 법 시행령 내
지 시행규칙 어디에도 이에 대한 정의 규정이 없는 상황에서, 오히려 조세법률주의가 
지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치게 되는 결과가 초래될 수 있다. 피고도 
‘연락사무소’ 정도는 제외될 수 있다고 하나, 그와 같이 볼 근거도 찾기 어렵다.
④ 또한 구 조세특례제한법 제6조는 창업중소기업을 지속적으로 지원함을 목
적으로 하여 세액감면을 해주는 형태인데, 오히려 창업중소기업이 경쟁력을 갖추고 기
업활동을 보다 폭넓게 수행하기 위해 수도권과밀억제권역까지 그 ‘지점 및 사업장’을 
확대하는 것을 두고, 편법적 본점 이전이 아님에도 과연 무조건 제한을 가할 필요가 
있는지도 의문이다. 즉, 피고 입장과 같이 본다면, 창업중소기업이 세액감면을 받기 위
해서는 특정 시점까지 ‘수도권과밀억제권역’에는 ‘지점 및 사업장’을 설치할 수 없다는 
결론에 이르게 되는데, 이는 경제 현실에도 부합하지 않는다.
⑤ 더욱이 이 사건 시행령 조항은, 실제 창업중소기업의 운용 형태 등을 고려
하지 않은 채 ‘설치’의 경우 바로 세액감면을 배제하고 있다. 이러한 문언 형태 및 위 
조항이 납세의무자에게 미치는 영향, 상위법령과의 관계 등을 고려할 때, 이 사건 시행
령 조항에서 말하는 ‘지점 또는 사업장을 설치한 경우’의 의미는 본점 역할에 미치지 
못하는 지점 또는 사업장을 설치하는 모든 경우가 아니라 ‘본점 역할을 하는 지점 또
는 사업장을 설치한 경우’만으로 한정하여 해석할 필요성이 매우 크다.
2) 원고가 2019 사업연도에 이 사건 쟁점사무소를 설치·운영한 형태
가) 인정사실
아래 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 앞서 든 증거들 및 갑 제7 내지 
12, 14, 20, 25, 26, 41, 44호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제
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3, 9호증의 각 기재와 변론 전체의 취지에 의하여 인정된다.
(1) 법인등기부상 원고가 2019 사업연도 전·후로 본점 소재지를 변경한 내역
은 아래와 같다.
(2) 원고가 2019년 4월경부터 서울(수도권과밀억제권역) 내에서 사무공간으로 
임차한 사무소 내역은 아래와 같다.
(3) 원고는 2019. 10. 30. 이 사건 쟁점사무소를 임차한 뒤, 같은 해 12월 20
순번 등기일 본점 소재지
등기사유 및 
등기원인일
1 2018. 3. 14. 대구 수성구 D 설립등기
2 2018. 12. 12. 대구 수성구 G -
3 2019. 11. 26.
<이 사건 쟁점사무소>
서울 강남구 F
2019. 11. 22. 
서울로 본점 이전
4 2019. 12. 20. 대구 수성구 G
2019. 12. 17. 
대구로 본점 이전
5 2020. 2. 12.
<이 사건 쟁점사무소>
서울 강남구 F
2020. 2. 10. 
서울로 본점 이전
6 2020. 4. 9. 대구 수성구 G
2020. 3. 30. 
대구로 본점 이전
임대인 상호(장소) 계약기간
계약면적
(공용 포함)
월 임대료
(원)
H(강남) 2019. 4. 1. ~ 2019. 9. 30. 약 5평 2,250,000
I빌딩(여의도) 2019. 6. 1. ~ 2019. 10. 30. 약 10평 900,000
J(당산) 2019. 8. 1. ~ 2019. 10. 31. 약 5평 1,272,000
K(청담동)
<이 사건 쟁점사무소>
2019. 10. 30. ~ 2021. 10. 29. 약 64.2평 9,500,000
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일경까지 이 사건 쟁점사무소에 전시장 및 부수 회의실을 설치하는 리모델링 공사를 
진행하였다.
(4) 원고는 이 사건 쟁점사무소를 설치한 이후 시점에 인터넷 구직사이트(잡코
리아)에 채용공고를 하였는데, 그 당시 이 사건 쟁점사무소를 ‘서울지사’로 표시하였고, 
근무처를 ‘서울지사’, 채용분야를 ‘화장품 제품 개발 및 운영(MD), 화장품 구매 및 발주
업무’라고 표시하였다. 원고는 2020년도에 채용공고를 하면서도 동일하게 ‘서울지사/대
구지사’로 구분하여 채용하였다.
(5) 원고의 ‘2019년 근로소득지급명세서’에는, 2019 사업연도 근로소득자 중 
주소지가 수도권으로 나타난 근로자가 ‘L, M, N, O, P, 대표자 Q‘ 총 6명이다.
(6) 원고의 직원인 L은 2019년 12월경 카카오톡에 ‘E 서울지사’ 단체채팅방을 
개설하였고, 당시 위 단체채팅방에는 N가 있었으며, L이 2020. 1. 7. O, P을 위 단체채
팅방에 초대하여 “E ‘서울지사’ 단톡방입니다. 교육팀 두 분을 초대하였습니다.”라는 메
시지를 보냈다. 
(7) 피고 측은 2020. 7. 15. 이 사건 쟁점사무소 현장을 방문하여 조사를 진행
하였다.
(8) 한편, 원고가 제1심법원에 제출한 M 작성 사실확인서에는 아래와 같은 내
용이 기재되어 있다(일부 내용만 수정하여 기재한다).
○ 2019. 9. 초경 원고 회사에 입사하여 대구에서 제품 발주, 품질관리 등에 관한 교육을 
받고 2019. 11. 4.부터 이 사건 쟁점사무소로 출근하였다.
○ 본인이 이 사건 쟁점사무실에 처음 방문하였을 때에는 사무실 전체가 텅 빈 상황이었다. 
당시 위 사무실은 꽤 오랜 시간 동안 인테리어 공사를 할 예정이었는데, 그 사이에 저
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나) 구체적인 판단
앞서 인정한 사실들에다가 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하여 
알 수 있는 아래 ① 내지 ⑥ 기재 사정들에 비추어 보면, 피고가 제출한 증거들만으로
는, 이 사건 쟁점사무소가 2019 사업연도 당시 원고의 영업에 관하여 총괄적 지휘를 
하는 본점에 준하는 역할을 수행하였음을 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거
가 없다. 따라서 이 사건 처분에는 그 처분사유가 존재하지 않고, 이를 지적하는 원고
의 이 부분 주장은 결국 이유 있다.
① 기본적으로, 이 사건 쟁점사무소의 2019 사업연도 당시 운영형태 등을 알 
수 있는 피고 측 자료는 없다. 피고 측이 이 사건 쟁점사무소의 현장을 확인한 것은 
위 사업연도 이후로 약 7개월 이상 지난 2020. 7. 15.이고, 그 당시 상황을 근거로, 
2019 사업연도의 운영형태 등을 가정적으로 판단하기는 무리가 있다.
② 원고는 이 사건 쟁점사무소를 2019년 10월 말에 임차하고, ‘전시장’으로 활
용하기 위해 인테리어 공사 등을 진행하였다고 주장하고 있는데, 실제로 이와 관련된 
인테리어 공사는 이루어진 것으로 보일 뿐만 아니라, 그 공사 완료 시점도 2019년 12
와 당시 L 과장님만 위 사무실에 상주하고, 대표이사님도 서울에서 사무를 보실 필요가 
있으실 때에는 사무실을 이용하실 수 있다고 하였기 때문에, 당분간은 책상 3개와 회의
실용 탁자 정도만 필요했다.
○ 2019. 11.경부터 2020. 2.경까지 이 사건 쟁점사무소에서 L 과장님과 함께 위 사무실의 
인테리어 공사 관련 업무와 시장조사, 제품테스트 등의 업무를 수행하였다.
○ 이 사건 쟁점사무소의 벽면 구획, 진열대나 책상 및 의자 설치 등의 기본적인 인테리어 
공사는 2019. 12.경까지 이어졌고, 이후 업무에 필수적인 화상 회의 시스템의 설치가 
2020. 2.경까지 이어졌다.
○ 이 사건 쟁점사무소가 본격적으로 운영된 시기는 2020. 3. 초경이었다.
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월 20일경으로 확인된다. 또한 2019년도에 이 사건 쟁점사무소로 실제 출근하여 근무
한 인원은 앞서 본 수도권 근무자 6명 중 L, M 2명으로 보이는데, 이들이 이 사건 쟁
점사무소에서 한 역할도 주로 위와 같은 공사 진행 상황을 관리·감독하는 것이었고, 반
면에 그 당시 대구지역 근무자는 30명 이상으로 확인된다.
③ 이에 대해 피고는, 원고가 2019. 11. 22. 이 사건 쟁점사무소로 원고 본점을 
이전한 것을 문제 삼고 있으나, 피고 역시 위와 같은 본점 이전을 근거로 구 조세특례
제한법 시행령 제5조 제24항 제1호에 따른 과세조치로 나아가지는 않았다. 또한 원고 
주장에 따르면, 그 당시 본점 이전의 목적은 관련 형사사건 수사 관할을 원고 측에 유
리하게 하기 위함이었다고도 보인다. 이러한 사정들을 고려하면, 단순히 원고가 2019 
사업연도 당시 이 사건 쟁점사무소로 본점을 형식적으로 이전하였다고 하여, 이 사건 
시행령 조항에 따른 본점에 준하는 ‘지점 또는 사업장’을 설치한 것으로 보기는 어렵다.
④ 또한 피고는, 원고 대표이사가 이 사건 쟁점사무소가 위치한 서울지역에서 
법인카드 등을 사용한 내역을 근거로, 이 사건 쟁점사무소를 ‘본점’과 같이 볼 수 있다
는 취지로도 주장한다. 그러나 원고 대표이사가 2019년도에 이 사건 쟁점사무소를 본
인의 업무공간으로 활용하였다고 볼 만한 별다른 증거가 없고, 원고 대표이사의 거주
지가 서울인 사정까지 고려하면, 단지 위와 같은 법인카드 사용내역을 근거로, 이 사건 
쟁점사무소의 형태를 피고 주장처럼 볼 수는 없다.
⑤ 앞서 본 바와 같이, 원고는 2020. 2. 10. 이 사건 쟁점사무소로 그 본점을 
다시 이전하기도 하였고, 원고 주장에 의하더라도 그 당시는 관련된 공사 등이 거의 
마무리된 상태였다. 이와 함께 피고 측이 2020. 7. 15. 확인한 이 사건 쟁점사무소의 
운영형태를 고려하면, 원고가 2020년 2월 무렵에는 이 사건 쟁점사무소를 본점에 준하
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는 형태로 운영할 의사가 있었다고 볼 여지는 있다. 그러나 이를 근거로 원고가 2019 
사업연도부터 이 사건 쟁점사무소를 본점 형태로 운영할 의사가 확실했다고 평가할 수
는 없다.
⑥ 달리 앞서 본 ① 내지 ⑤ 기재 사정들을 뒤집고, 2019년 10월부터 12월까
지 사이에 이 사건 쟁점사무소가 본점의 준하는 시설 등을 갖추고, 실제 본점 역할을 
수행하였다고 볼 만한 사정은 찾기 어렵다.
다. 소결
이 사건 처분에는 그 처분사유가 존재하지 않아 위법하여 취소되어야 한다(원고의 
청구를 받아들이는 이상, 원고의 나머지 주장에 대하여는 더 나아가 판단하지 않는다).
5.? 결론
원고의 청구는 이유 있어 인용하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당
하므로, 원고의 항소를 받아들여 제1심판결을 취소하고, 이 사건 처분을 취소하기로 하
여 주문과 같이 판결한다. 
재판장 판사 곽병수
판사 송민화
판사 박영순
- 18 -
[별지]
관계 법령 및 규정
■ 구 조세특례제한법(2019. 12. 31. 법률 제16835호로 개정되기 전의 것)
제1조(목적)
이 법은 조세(租稅)의 감면 또는 중과(重課) 등 조세특례와 이의 제한에 관한 사항을 규정하여 
과세(課稅)의 공평을 기하고 조세정책을 효율적으로 수행함으로써 국민경제의 건전한 발전에 
이바지함을 목적으로 한다.
제6조(창업중소기업 등에 대한 세액감면)
① 2021년 12월 31일 이전에 제3항 각 호에 따른 업종으로 창업한 중소기업(이하 "창업중소
기업"이라 한다)과 「중소기업창업 지원법」 제6조 제1항에 따라 창업보육센터사업자로 지
정받은 내국인(이하 "창업보육센터사업자"라 한다)에 대해서는 해당 사업에서 최초로 소득
이 발생한 과세연도(사업 개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 
소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다. 이하 제6
항에서 같다)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사
업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 
금액에 상당하는 세액을 감면한다.
1. 창업중소기업의 경우: 다음 각 목의 구분에 따른 비율
가. 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 대통령령으로 정하는 청년창업중소기업(이
하 "청년창업중소기업"이라 한다)의 경우: 100분의 100
나. 수도권과밀억제권역에서 창업한 청년창업중소기업 및 수도권과밀억제권역 외의 지역
에서 창업한 창업중소기업의 경우: 100분의 50
2. 창업보육센터사업자의 경우: 100분의 50
② 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조 제1항에 따른 벤처기업(이하 "벤처기업"이라 한
다) 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업 후 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 2021
년 12월 31일까지 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 "창업벤처중소기업"이라 한다)의 경우
에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도(벤처기업으로 확인받은 날부터 
5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 
5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 
과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상
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당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항을 적용받는 경우는 제외하며, 감면기간 중 다음 각 
호의 사유가 있는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 날이 속하는 과세연도부터 감면을 
적용하지 아니한다.
1. 벤처기업의 확인이 취소된 경우: 취소일
2. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조 제2항에 따른 벤처기업확인서의 유효기간
이 만료된 경우(해당 과세연도 종료일 현재 벤처기업으로 재확인받은 경우는 제외한다): 
유효기간 만료일
③ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 
한다.
1. 광업
2. 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 대통령령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다)
3. 건설업
4. 음식점업
5. 출판업
6. 영상ㆍ오디오 기록물 제작 및 배급업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다)
7. 방송업
8. 전기통신업
9. 컴퓨터 프로그래밍, 시스템통합 및 관리업
10. 정보서비스업(뉴스제공업, 블록체인 기반 암호화자산 매매 및 중개업은 제외한다)
11. 연구개발업
12. 광고업
13. 그 밖의 과학기술서비스업
14. 전문디자인업
15. 전시ㆍ컨벤션 및 행사대행업
16. 창작 및 예술관련 서비스업(자영예술가는 제외한다)
17. 대통령령으로 정하는 엔지니어링사업(이하 "엔지니어링사업"이라 한다)
18. 대통령령으로 정하는 물류산업(이하 "물류산업"이라 한다)
19. 「학원의 설립ㆍ운영 및 과외교습에 관한 법률」에 따른 직업기술 분야를 교습하는 학
원을 운영하는 사업 또는 「근로자직업능력 개발법」에 따른 직업능력개발훈련시설을 
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운영하는 사업(직업능력개발훈련을 주된 사업으로 하는 경우에 한한다)
20. 「관광진흥법」에 따른 관광숙박업, 국제회의업, 유원시설업 및 대통령령으로 정하는 
관광객이용시설업
21. 「노인복지법」에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업
22. 「전시산업발전법」에 따른 전시산업
23. 인력공급 및 고용알선업(농업노동자 공급업을 포함한다)
24. 건물 및 산업설비 청소업
25. 경비 및 경호 서비스업
26. 시장조사 및 여론조사업
27. 사회복지 서비스업
28. 보안시스템 서비스업
29. 통신판매업
30. 개인 및 소비용품 수리업
31. 이용 및 미용업
④ 창업일이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도가 지나지 아니한 중소기업으로서 2021
년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 에너지신기술중소기업(이하 "에너지신기술중소기업
"이라 한다)에 해당하는 경우에는 그 해당하는 날 이후 최초로 해당 사업에서 소득이 발생
한 과세연도(에너지신기술중소기업에 해당하는 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까
지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)
와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 
소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항 
및 제2항을 적용받는 경우는 제외하며, 감면기간 중 에너지신기술중소기업에 해당하지 않
게 되는 경우에는 그 날이 속하는 과세연도부터 감면하지 아니한다.
⑤ 제1항, 제2항 및 제4항에도 불구하고 2021년 12월 31일 이전에 수도권과밀억제권역 외의 
지역에서 창업한 창업중소기업(청년창업중소기업은 제외한다), 2021년 12월 31일까지 벤처
기업으로 확인받은 창업벤처중소기업 및 2021년 12월 31일까지 에너지신기술중소기업에 
해당하는 경우로서 대통령령으로 정하는 신성장 서비스업을 영위하는 기업의 경우에는 최
초로 세액을 감면받는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 2년 이내에 끝나는 과세
연도에는 소득세 또는 법인세의 100분의 75에 상당하는 세액을 감면하고, 그 다음 2년 이
내에 끝나는 과세연도에는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.
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⑥ 제1항 및 제5항에도 불구하고 2021년 12월 31일 이전에 창업한 창업중소기업(청년창업중
소기업은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)에 대해서는 최초로 소득이 발생한 과세연도와 그 
다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지의 기간에 속하는 과세연도의 
수입금액(과세기간이 1년 미만인 과세연도의 수입금액은 1년으로 환산한 총수입금액을 말
한다)이 4천800만원 이하인 경우 그 과세연도에 대한 소득세 또는 법인세에 다음 각 호의 
구분에 따른 비율을 곱한 금액에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제2항 또는 제4항을 적
용받는 경우는 제외한다.
1. 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 창업중소기업의 경우: 100분의 100
2. 수도권과밀억제권역에서 창업한 창업중소기업의 경우: 100분의 50
⑦ 제1항, 제2항, 제4항 및 제5항에 따라 감면을 적용받는 업종별로 대통령령으로 정하는 상
시근로자 수(이하 이 조에서 "업종별최소고용인원"이라 한다) 이상을 고용하는 수도권과밀
억제권역 외의 지역에서 창업한 창업중소기업(청년창업중소기업은 제외한다), 창업보육센터
사업자, 창업벤처중소기업 및 에너지신기술중소기업의 같은 항에 따른 감면기간 중 해당 
과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수(직전 과세연도의 상시근로자 
수가 업종별최소고용인원에 미달하는 경우에는 업종별최소고용인원을 말한다)보다 큰 경우
에는 제1호의 세액에 제2호의 율을 곱하여 산출한 금액을 같은 항에 따른 감면세액에 더하
여 감면한다. 다만, 제6항에 따라 100분의 100에 상당하는 세액을 감면받는 과세연도에는 
이 항에 따른 감면을 적용하지 아니한다.
1. 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세
2. 다음의 계산식에 따라 계산한 율. 다만, 100분의 50(제5항에 따라 100분의 75에 상당하
는 세액을 감면받는 과세연도의 경우에는 100분의 25)을 한도로 하고, 100분의 1 미만
인 부분은 없는 것으로 본다.
⑧ 제4항을 적용할 때 해당 사업에서 발생한 소득의 계산은 대통령령으로 정한다.
⑨ 제7항을 적용할 때 상시근로자의 범위, 상시근로자 수의 계산방법 및 그 밖에 필요한 사항
은 대통령령으로 정한다.
⑩ 제1항부터 제9항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 창업
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으로 보지 아니한다.
1. 합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사
업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우. 다만, 다음 
각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.
가. 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수하거나 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우 
그 자산가액의 합계가 사업 개시 당시 토지ㆍ건물 및 기계장치 등 대통령령으로 정
하는 사업용자산의 총가액에서 차지하는 비율이 100분의 50 미만으로서 대통령령으
로 정하는 비율 이하인 경우
나. 사업의 일부를 분리하여 해당 기업의 임직원이 사업을 개시하는 경우로서 대통령령으
로 정하는 요건에 해당하는 경우
2. 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우
3. 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우
4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으
로 보기 곤란한 경우
⑪ 제1항, 제2항 및 제4항부터 제7항까지의 규정에 따라 감면을 적용받은 기업이 「중소기업
기본법」에 따른 중소기업이 아닌 기업과 합병하는 등 대통령령으로 정하는 사유에 따라 
중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 해당 사유 발생일이 속하는 과세연도부터 감면
하지 아니한다.
⑫ 제1항, 제2항 및 제4항부터 제7항까지의 규정을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하
는 바에 따라 세액감면신청을 하여야 한다.
■ 구 조세특례제한법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30390호로 개정되기 전의 것)
제5조(창업중소기업 등에 대한 세액감면)
㉔ 법 제6조 제1항·제5항·제6항 및 제7항을 적용할 때 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창
업한 창업중소기업이 창업 이후 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우에
는 해당 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 남은 감면기간 동안 해당 창업중소기업
은 수도권과밀억제권역에서 창업한 창업중소기업으로 본다. 
1. 창업중소기업이 사업장을 수도권과밀억제권역으로 이전한 경우
2. 창업중소기업이 수도권과밀억제권역에 지점 또는 사업장을 설치(합병·분할·현물출자 또
는 사업의 양수를 포함한다)한 경우
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■ 조세특례제한법 기본통칙(2019. 12. 23. 개정되기 전의 것)
6-0…1[창업중소기업의 범위]
④ 창업중소기업이 법 제6조 제1항의 규정에 의해 세액감면을 받던 중 다음 각호의 1에 해당
하는 사유가 발생한 경우에는 그 발생일이 속하는 과세연도 이후부터는 감면을 적용받을 
수 없다. 다만, 잔존감면기간 중 수도권 외 지역으로 다시 이전하거나 수도권지역에 설치한 
지점을 폐쇄하는 경우에는 제3항의 예에 따라 세액감면을 받을 수 있다.
1. 수도권과밀억제권역으로 이전하여 사업을 영위하는 경우 그 이전일
2. 수도권과밀억제권역에 지점을 설치한 경우 그 설치일
끝.