[행정 판결문] 서울행정법원 2025구합51223 - 산업기능요원 연장복무처분 취소

 

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서 울 행 정 법 원
제 1 3 부
판 결
사 건 2025구합51223 산업기능요원 연장복무처분 취소
원 고 A
피 고 서울지방병무청장
변 론 종 결 2025. 7. 17.
판 결 선 고 2025. 9. 18.
주 문
1. 피고가 2024. 12. 19. 원고에 대하여 한 산업기능요원 연장복무처분을 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다.
청 구 취 지
주문과 같다.
이 유
1. 처분의 경위
가. 주식회사 B(이하 ‘B’라 한다)는 2022년경 병역법 제36조 제1항에 따라 병역지정
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업체로 선정되었고, 원고는 병역법상 산업기능요원으로 편입되어 2023. 2.경부터 B에
서 복무하였다.
나. 피고는 2024. 9.경부터 같은 해 10.경까지 B에 대하여 산업기능요원 복무실태조사
를 실시하였고, ‘B가 2024. 9. 24.부터 같은 달 30.까지 소속 산업기능요원인 원고를 등
록된 병역지정업체 소재지인 서울 강남구 (비실명화로 생략) 건물(이하 ‘이 사건 건물’이
라 한다) *층 ***호, ***호가 아닌 주식회사 C(이하 ’C‘라고 한다)의 소재지인 이 사건 
건물 *층 ***호에서 근무시켰다.’는 조사 결과를 제시하였다.
다. 피고는 2024. 11. 14. 위와 같은 복무실태조사 결과를 토대로 원고에 대하여 ‘편
입 당시 병역지정업체가 아닌 다른 업체로서 전직·파견할 수 없는 업체에 근무한 경우’
에 해당한다는 이유로 병역법 제41조 제1항 단서, 제40조 제2호, 병역법 시행령 제91조
의3 제2항 및 [별표 3]에 따라 7일의 연장복무처분을 할 것임을 사전통지하였다.
라. 원고는 2024. 12. 3. 피고에게 ‘원고가 전직·파견할 수 없는 업체인 C에서 근무하
였다고 볼 수 없고, 설령 원고가 C에서 근무하였다고 보더라도 원고는 2024. 9. 30. 연
차를 사용하였으므로 연장복무 기간에서 이를 제외하여야 한다.’는 취지의 의견을 제출
하였고, 피고는 2024. 12. 17. 원고의 의견 중 일부를 수용하여 원고가 연차를 사용한 
일수를 연장복무 기간에서 제외하여 6일의 연장복무처분을 할 예정이라고 회신하였다.
마. 피고는 2024. 12. 19. 원고에 대하여 ‘전직·파견할 수 없는 업체에 근무한 경우’
에 해당한다는 이유로 병역법 제41조 제1항 단서, 제40조 제2호, 병역법 시행령 제91조
의3 제2항 및 [별표 3]에 따라 6일의 연장복무처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 
한다).
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 3호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이
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하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 관계 법령
별지 기재와 같다.
3. 이 사건 처분의 위법 여부
가. 원고 주장의 요지
1) B는 사무실이 협소하여 C의 사무실인 이 사건 건물 *층 ***호 중 일부 좌석을 
적법하게 전차한 후 매월 시설이용료를 지급하며 이를 사용하였고, 이에 따라 원고가 
2024. 9. 24.부터 같은 달 30.까지 이 사건 건물 *층 ***호에서 임시로 근무하게 된 것
이다. 또한 원고는 이 사건 건물 *층 ***호에서 근무하는 동안 B의 지휘·감독 하에 B
의 업무를 처리하였을 뿐, C의 업무를 전혀 수행하지 아니하였다. 그러므로 원고가 위 
기간 동안 전직·파견할 수 없는 업체에서 근무하였다고 보기 어려우므로, 이 사건 처분
은 처분사유가 인정되지 않는다.
2) 설령 이 사건 처분의 처분사유가 인정된다고 보더라도, 이 사건 건물 *층 ***
호는 당시 B의 주소지로 등록되어 있었던 사무실과 연접하여 있는 곳으로, 원고가 그 
장소에서 근무한 기간은 5영업일에 불과할 뿐만 아니라 원고는 B의 실질적인 지휘·관
리·감독을 받으며 B의 업무를 수행하였으므로 원고의 법 위반의 정도가 경미하다. 반면 
이 사건 처분으로 인하여 원고가 입게 될 불이익이 지나치게 크므로, 이 사건 처분은 
비례의 원칙을 위반하여 재량권을 일탈·남용하였다.
3) 따라서 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.
나. 판단
1) 병역법 및 병역법 시행령에 의하면, 산업기능요원은 원칙적으로 편입 당시 병
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역지정업체의 해당 분야에 복무하여야 하고(병역법 제39조 제3항 본문), 산업기능요원
의 전직 또는 파견근무는 일정한 요건을 갖춘 경우에 한하여 관할 지방병무청장의 승
인을 받은 때에만 예외적으로 가능하도록 이를 제한하고 있으며(병역법 제39조 제3항 
단서, 병역법 시행령 제85조 제3항 및 제87조 제2항), 관할 지방병무청장은 산업기능요
원으로 편입된 사람이 편입 당시 병역지정업체의 해당 분야에 복무하지 아니한 경우에
는 편입을 취소하여야 하나, 병역지정업체의 장의 지시로 부득이하게 위반행위를 한 
경우에는 편입을 취소하지 아니하고 해당 분야에 복무하지 아니한 기간만큼 의무복무
기간을 연장하여 복무하게 할 수 있다(병역법 제40조 제2호, 제41조 제1항 제4호, 병
역법 시행령 제91조의3 제1항). 이에 따라 병역법 시행령 제91조의3 제2항 및 [별표 
3]에서는 산업기능요원의 의무복무기간 연장기준에 관하여 규정하면서 ‘편입 당시 병역
지정업체가 아닌 다른 업체에 근무한 경우’ 중 ‘전직·파견할 수 없는 업체에 근무한 경
우’에는 연장복무를 하여야 한다고 규정하고 있다.
이처럼 병역법은 산업기능요원에게 편입 당시 지정된 ‘병역지정업체’에서 복무할 
의무를 부과하면서 그 ‘업체’가 아닌 다른 ‘업체’에 근무한 경우에 연장복무처분을 할 수 
있다고 규정하고 있는데, 병역법 제2조 제1항 제18호는 병역지정업체란 연구기관, 기간
산업체, 방위산업체, 농업회사법인, 사후관리업체를 말한다고 규정하고 있고, 병역법 제
36조가 병역지정업체의 선정 및 승계, 선정된 병역지정업체의 인수 및 그에 따른 선정 
간주, 병역지정업체별 배정인원 결정 등에 관하여, 병역법 제38조의2와 제40조가 병역
지정업체에서의 해고나 퇴직, 병역지정업체의 휴업·영업정지·직장폐쇄·폐업 등에 관하여 
각각 규정하고 있으며, 병역법 제38조의2에는 ‘병역지정업체 대표이사’라는 문구가, 병
역법 제40조 등에는 ‘병역지정업체의 장’이라는 문구가 각 사용되고 있다. 이러한 병역
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법 관계 규정상 ‘업체’라는 문언의 통상적인 의미와 용례, 조문 체계 등과 침익적 행정
처분에서는 헌법상 요구되는 명확성의 원칙에 따라 그 근거가 되는 행정법규를 더욱 
엄격하게 해석·적용하여야 한다는 점(대법원 2016. 11. 25. 선고 2015두37815 판결 등 
참조)을 고려하면, ‘병역지정업체’에서의 ‘업체’란 기본적으로 ‘사업이나 기업의 주체로서 
일정한 목적에 의하여 조직화된 인적·물적 조직’을 뜻한다고 보아야 하고, 위와 같은 인
적·물적 조직에 의하여 사업이 영위되는 장소만을 의미하는 것이라고 한정하여 해석할 
수는 없다.
2) 갑 제1, 5, 9 내지 12호증, 을 제4호증의 각 기재에 의하면, 다음과 같은 사실
이 인정된다.
가) B와 C는 공유오피스 용도의 이 사건 건물 중 일부 호실을 각각 임차하여 
이를 사무실로 사용하여 왔는데, B와 C의 각 등기사항전부증명서 상 주소지는 아래와 
같이 변경되었다.
나) B는 2023. 6. 30. 이사회를 개최하여 C와 이 사건 건물 *층 ***호의 32개 
좌석 중 일부 좌석에 관하여 전대차계약을 체결하는 안건을 상정하여 심의한 후 승인
하는 의결을 하였다. 
다) B는 2023. 7. 1. C와, B가 C로부터 2023. 7. 1.부터 2024. 6. 30.까지 이 사
B C
변경일 주소 변경일 주소
2022. 5. 20. 변경
2022. 5. 24. 등기
이 사건 건물 **층
2022. 5. 20. 변경
2022. 6. 2. 등기
이 사건 건물 **층
2023. 4. 3. 변경
2023. 4. 4. 등기
이 사건 건물 *층 ***호, 
***호
2023. 4. 6. 변경
2023. 4. 20. 등기
이 사건 건물 *층 ***호
2024. 10. 25. 변경
2024. 10. 28. 등기
이 사건 건물 *층 ***호, 
***호, ***호
2024. 10. 25. 변경
2024. 11. 11. 등기
이 사건 건물 **층 
***호, ***호
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2024. 11. 1. 변경
2024. 11. 11. 등기
이 사건 건물 *층 ***호
비실명화로 생략
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건 건물 *층 ***호의 32개 좌석 중 일부 좌석을 전차하는 내용의 시설 등 이용계약을 
체결하였다.
라) 이후 B는 2024. 10.말경까지 C에게 위 전대차계약에 따른 시설이용료를 매
월 지급하였고, 그 무렵 등기사항전부증명서에 이 사건 건물 *층 ***호를 B의 주소지
로 등록하였다. 
마) 원고는 2024. 9. 24.부터 같은 달 30.까지 이 사건 건물 *층 ***호에서 근무
하였고, 당시 B의 대표이사와 CPO(Chief Product Officer)의 지휘를 받으면서 B의 데
이터 분석 업무를 수행하였다.
바) 한편 C의 대표이사인 D는 2024. 10. 22. ‘B에 전차한 이 사건 건물 *층 ***
호의 일부 좌석은 B의 임직원이 사용하였고, C는 B 소속 직원인 원고에 대하여 C의 
업무를 수행하도록 지시한 적이 없으며, 원고에 대한 복무 관리·감독도 한 사실이 전혀 
없다.’는 내용의 사실확인서를 작성하여 제출하였다.
3) 위 인정사실에 의하면, B가 C로부터 이 사건 건물 *층 ***호 일부 좌석을 전차
한 후 위 전대차계약이 묵시적으로 갱신되었으므로, 2024. 9.경 이 사건 건물 *층 ***
호 중 위 전차한 부분과 그에 연접한 이 사건 건물 *층 ***호 및 ***호는 B라는 ‘업
체’의 단일한 사업장으로 볼 수 있다. B 소속 산업기능요원으로 근무 중이었던 원고는 
2024. 9. 24.부터 같은 달 30.까지 B가 C로부터 적법하게 전차한 위 사무실에서 근무
하면서 B의 업무를 수행하였으므로, 원고는 산업기능요원 편입 당시 지정된 ‘병역지정
업체’인 B에 소속되어 계속하여 복무하였다고 봄이 타당하고, 달리 원고가 위 기간 동
안 B의 지휘·관리·감독을 벗어나 C에 전직·파견되어 C에서 근무하였다고 인정할 증거
가 없다. 이처럼 원고가 B가 적법하게 전차한 사무실에서 근무하면서 B의 지휘·관리·
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감독 하에 B의 업무를 수행한 이상, 원고가 복무한 장소가 병역지정업체로 지정되지 
않은 ‘업체’인 C의 사업장에 해당한다고 볼 수도 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 
이유 있다.
4) 이에 대하여 피고는, B가 병역지정업체로 선정될 당시 주소지는 이 사건 건물 
**층이었으나, 이후 2023. 4. 4. 주소지를 이 사건 건물 *층 ***호, ***호로 이전하고 
피고에게 주소지 변동 사실을 통보하였으므로, B에 배정된 산업기능요원이 복무할 수 
있는 사업장은 이 사건 건물 *층 ***호, ***호로 한정되는바, B와 C 사이에 이 사건 
건물 *층 ***호에 관한 전대차계약이 체결되었는지 여부나 원고가 수행한 업무의 내용 
등과 관계없이 원고가 병역지정업체가 아닌 C의 주소지로 등록되어 있었던 이 사건 
건물 *층 ***호에서 근무한 것은 전직·파견할 수 없는 업체에서 근무한 경우에 해당한
다는 취지로 주장한다.
그러나 앞서 본 바와 같이 병역법에 규정된 ‘병역지정업체’에서의 ‘업체’란 ‘사업이
나 기업의 주체로서 일정한 목적에 의하여 조직화된 인적·물적 조직’을 뜻한다고 보아
야 하고, 위와 같은 인적·물적 조직에 의하여 사업이 영위되는 장소만을 의미한다고 한
정하여 해석할 수는 없으므로, 피고가 주장하는 것처럼 원고가 B가 피고에게 통보한 B
의 주소지가 아닌 이 사건 건물 *층 ***호에서 근무하였다고 하더라도, 이러한 행위가 
관할 지방병무청장의 승인 등을 받지 않은 것이어서 병역법에 위배되는지 여부는 별론
으로 하고, B가 이 사건 건물 *층 ***호를 적법하게 전차하여 이를 이 사건 건물 *층 
***호 및 ***호와 함께 사무실로 사용한 이상, 원고가 B가 아닌 다른 ‘업체’로 전직하
거나 파견되어 근무하였다고 볼 수는 없다. 그러므로 피고의 위 주장은 받아들이기 어
렵다.
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5) 따라서 원고가 전직·파견할 수 없는 업체에서 근무하였다고 볼 수 없으므로, 이 
사건 처분은 처분사유가 인정되지 아니한다.
다. 소결론
결국 이 사건 처분은 처분사유가 인정되지 아니하므로, 재량권 일탈·남용 여부 등
에 관하여 더 나아가 살필 필요 없이 위법하여 취소되어야 한다.
4. 결론
그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용한다.
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별지
관계 법령
■ 병역법
제36조(병역지정업체의 선정 등)
① 병무청장은 연구기관·기간산업체 및 방위산업체 중에서 전문연구요원이나 산업기능요원이 복무할 병
역지정업체(농업회사법인과 사후관리업체는 제외한다)를 대통령령으로 정하는 기준에 따라 선정한다.
제39조(전문연구요원 및 산업기능요원의 복무)
③ 전문연구요원이나 산업기능요원은 편입 당시 병역지정업체의 해당 분야에 복무하여야 한다. 다만, 제
1호 또는 제2호에 해당하는 경우에는 기업 부설 연구소 등 대통령령으로 정하는 다른 병역지정업체
로 옮겨 복무하여야 하고, 제3호에 해당하는 경우에는 관할 지방병무청장의 승인을 받아 다른 병역지
정업체로 옮겨 복무할 수 있다.
1. 복무 중인 병역지정업체가 폐업하거나 병역지정업체의 선정이 취소되는 등 대통령령으로 정하는 사
유가 발생한 경우
2. 박사과정 전문연구요원이 박사학위를 취득한 경우
3. 복무 중인 병역지정업체의 변경, 관련업무 수행을 위한 파견ㆍ교육훈련, 학문 및 기술의 지도, 그 
밖에 부득이한 사유로 인하여 편입 당시 병역지정업체의 해당 분야에서 복무하는 것이 곤란한 경우
제40조(전문연구요원과 산업기능요원의 신상변동 통보) 
병역지정업체의 장(병역지정업체의 장을 위하여 인사관리를 담당하고 있는 사람을 포함한다), 특별시장·
광역시장·특별자치시장·도지사·특별자치도지사(후계농어업경영인의 경우만 해당한다)는 전문연구요원이나 
산업기능요원 또는 그 병역지정업체가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 14일 이내에 관할 
지방병무청장에게 통보하여야 한다. 다만, 농업 분야의 산업기능요원을 고용하고 있는 업체의 장은 관할 
특별자치시장·특별자치도지사·시장·군수·구청장을 거쳐 관할 지방병무청장에게 통보하여야 한다.
2. 편입 당시 병역지정업체(제39조 제3항 단서에 따라 병역지정업체를 옮긴 경우에는 옮긴 후의 병역
지정업체를 말한다)의 해당 분야에 복무하지 아니한 경우
제41조(전문연구요원과 산업기능요원의 편입취소 및 의무부과) 
① 관할 지방병무청장은 전문연구요원이나 산업기능요원으로 편입된 사람이 다음 각 호의 어느 하나에 
해당하는 경우에는 편입을 취소하여야 한다. 다만, 복무하고 있는 병역지정업체에서 해고된 사람이 ｢
근로기준법｣ 제28조 제1항에 따라 노동위원회에 구제신청을 하거나 법원에 해고의 효력을 다투는 소
송을 제기하여 계류 중일 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 결과가 확정될 때까지 편입의 취
소를 유보할 수 있으며, 제40조 제2호에 해당하는 사람이 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우
에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 편입을 취소하지 아니하고 해당 분야에 복무하지 아니한 기간만
큼 의무복무기간을 연장하여 복무하게 할 수 있다.
4. 제40조 제1호부터 제4호까지 및 제7호의 어느 하나에 해당한 경우
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■ 병역법 시행령
제85조(전문연구요원 및 산업기능요원의 전직)
③ 전문연구요원이나 산업기능요원이 법 제39조 제3항 제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하
는 경우에는 관할 지방병무청장의 승인을 받아 해당 분야의 다른 병역지정업체(병무청장이 정하여 고
시하는 대기업 연구기관은 제외한다)에 옮겨 복무할 수 있다. 이 경우 제1호 나목에 따른 병역지정업
체의 변경은 의무복무기간을 통틀어 2회로 한정한다. (이하 각 호 기재 생략)
제87조(교육훈련 및 파견근무 등)
② 제1항에 따른 관할 지방병무청장의 국내파견근무의 승인은 다음 각 호의 구분에 의한 파견에만 한정
한다.
2. 산업기능요원의 경우에는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 파견
가. 동일 업종 또는 분야의 병역지정업체 상호간의 파견
나. 동일 법인 내 병역지정업체가 아닌 업체의 제조·생산공장(｢산업집적활성화 및 공장설립에 관한 
법률｣ 제16조에 따라 등록된 공장만 해당한다)에의 파견
다. 그 밖에 제조·생산한 기계·장비 등의 설치 또는 시험운영에 따른 기술지도 등 병무청장이 필요하
다고 인정하는 파견
제91조의3(전문연구요원 등의 연장복무 등) 
① 법 제41조 제1항 단서에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 법 제40조 제2호에 해당하는 사람이 병역
지정업체의 장의 지시로 부득이하게 위반행위를 한 경우를 말한다.
② 법 제41조 제1항 단서에 따른 의무복무기간 연장에 관한 기준은 별표 3과 같다.
[별표 3] 전문연구요원 및 산업기능요원의 의무복무기간 연장기준 등(제91조의3 제2항 관련)
끝.
유형 내용 위반기간 의무자
1. 편입 당시 병역지정업
체가 아닌 다른 업체 
근무 등
가. 전직·파견할 수 없는 업체에 근무한 경우 연장복무