[행정 판결문] 제주지방법원 2025구합533 - 건축허가 불허가처분 취소

 

[행정] 제주지방법원 2025구합533 - 건축허가 불허가처분 취소.pdf

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제 주 지 방 법 원
제 1 행 정 부
판 결
사 건 2025구합533 건축허가 불허가처분 취소
원 고 A
피 고 서귀포시장
변 론 종 결 2025. 7. 8.
판 결 선 고 2025. 8. 12.
주 문
1. 피고가 2024. 10. 31. 원고에 대하여 한 건축허가 불허가처분을 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다. 
청 구 취 지
주문과 같다.
이 유
1. 처분의 경위 등
○ 원고는 서귀포시 B(대지면적 10,596㎡) 지상에 동․식물 관련시설 11동을, 같은 
리 774-2 외 1필지 5,085㎡ 지상에 동․식물 관련시설 4동을 각 조성하여 ‘C’라는 양돈
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농장을 운영하고 있다(이하 위 시설들을 합하여 ‘기존 시설’이라 한다). 
○ 원고는 2024. 6. 10. 기존 시설과 인접한 서귀포시 D(대지면적 6,282㎡, 이하 ‘이 
사건 신청지’라 한다) 지상에 연면적 4,524.56㎡ 규모의 동․식물 관련시설) 2동(이하 
‘이 사건 시설’이라 한다)을 신축하기 위한 건축허가신청을 하였다(이하 ‘이 사건 신청’
이라 한다). 
○ 피고는 2024. 10. 31. 원고에게 아래와 같은 사유로 이 사건 신청을 거부하는 처
분(이하 ’이 사건 처분‘이라 한다)을 하였다. 
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 2호증의 기재(가지번호 있는 것은 
가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지
2. 원고의 주장
□ 불허가처분사유
○ 소규모 환경영향평가 협의내용에 따른 반영결과(계획) 미흡
- 본 사업은 환경영향평가법 제43조에 따라 가축분뇨의 배출시설 및 처리시설 면적의 합계
가 5천㎡ 이상으로 소규모환경영향평가 대상 사업이며, 2016. 11. 2. 도 환경정책과에서 
협의한 소규모환경영향평가 협의내용에 따라 해당 사업은 가축분뇨로 인한 악취로 민원
이 자주 발생하는 사업유형으로 건축허가 시 이에 따른 민원대책 마련․제출하도록 하였으
나, 사업주가 제출한 소규모 환경영향평가 협의내용 반영결과서에는 ① 기존 시설 운영 
시 발생한 민원내용 정리․제시(→민원 접수사항 없음으로 제출), ② 사업대상지 인근에 거
주하는 주민 파악(→사업부지 반경 1양돈장m 내 정온시설은 파악했으나 주민현황은 파악
하지 않음), ③ 신규 확장되는 본 사업에 영향을 받을 가능성이 있는 이해관계자들을 대
상으로 본 사업으로 인한 영향에 대한 민원사항 조사(→자체 조사 미실시, 건축허가 사전
예고제 접수내용 활용 정리 제출됨/조사주체, 조사방법 부적정), ④ 개진된 민원의 반영 
결과를 공지할 수 있는 방안 마련(→미제출)이 미흡하여 소규모 환경영향평가 협의내용을 
사업계획에 성실히 반영하였다고 할 수 없음. 
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가. 처분사유의 부존재(사실오인)
원고는 소규모 환경영향평가 협의내용에 따른 민원 대책을 마련하였고, 피고가 
미흡하다고 판단한 부분은 피고가 이미 관련 정보를 보유하고 있거나 피고가 처리할 
사항을 원고에게 전가한 것이므로, 소규모 환경영향평가 협의 내용에 의한 민원대책을 
성실하게 반영하지 않았다는 사유로 건축허가를 제한할 수 없다. 
나. 재량권 일탈․남용
원고는 이 사건 시설로 인한 악취 저감이나 가축분뇨로 인한 환경보전 방안을 충
실히 사업계획에 반영하였고, 이 사건 신청지는 가축사육 제한구역에 해당하지 않으며, 
건축법 등 관계 법령에 위반되는 사유가 없다. 또한 이 사건 시설에 대한 복합악취 측
정 결과도 기준치보다 훨씬 미달하는 반면 이 사건 신청으로 인하여 발생할 환경오염
이나 주민들의 피해에 대한 아무런 근거가 없는바, 피고는 인근 주민의 민원이라는 막
연한 사정만으로 이 사건 처분을 하였다. 따라서 이 사건 처분으로 인하여 보호되는 
공익과 원고에게 발생할 손해를 비교․교량해보면 원고의 손해가 훨씬 커 이 사건 처
분은 재량권을 일탈․남용한 처분이다.
3. 처분의 적법여부 
가. 인정사실
○ 원고는 2016년경 기존 시설에 연접한 이 사건 신청지 지상에 이 사건 시설을 설
치하는 내용의 돈사 증축사업을 추진하고자 하였고, 2016. 11. 8. 이 사건 시설에 대한 
소규모 환경영향평가가 이루어졌는데, 그 협의내용 중 이 사건과 관련된 부분은 아래
와 같다. 
○ 본 사업은 가축분뇨로 인한 악취로 민원이 자주 발생하는 사업유형으로 아래 사항을 참
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○ 이 사건 신청지로부터 약 570m 떨어진 곳에 위치한 집단주거단지인 ’H‘의 입주
자 및 토지 소유자들로 구성된 ’C 신축 반대대책위원회‘와 약 900m에서 1.4km 떨어진 
곳에 위치한 취락지구인 L 마을회 및 인근 초등학교의 학부모 등은 2023년경부터 ’양
돈장이 주민들에게 심각한 정신적, 신체적 고통을 주고, 양돈장으로 인하여 토지 소유
자들의 재산권 행사에 제약을 받고 있으며, 아이들의 건강과 안전을 위협하고 있다.‘고 
주장하며, 피고에게 의견서를 제출하고 기자회견을 하는 등 현재까지 이 사건 시설의 
설치를 반대하는 취지의 민원을 꾸준히 제기하고 있다. 
○ 피고는 2024. 7. 8.과 2024. 7. 23. 이 사건 신청에 대하여 소규모 환경영향평가 
협의내용 관련 민원대책을 마련하여 제출할 것을 촉구하였고, 2024. 8. 16. 이 사건 시
설 신축 관련 복합민원 일괄협의회를 개최하였다. 위 협의회의에 따라 협의부서인 도
시과에서 2024. 9. 26. 소규모 환경영향평가 협의 결과에 따라 악취로 민원이 자주 발
생하는 사업유형임에도 구체적인 민원(악취) 해소방안을 미제출 하였다는 의견을, 기후
환경과에서는 2024. 10. 28. 아래와 같은 의견을 회신하였다. 
조하여 민원대책을 마련하여야 함.
- 기존 시설 운영 시에 발생한 민원 내용을 정리하여 제시
- 사업대상지 인근지역(예시: 반경 1킬로, 2킬로)에 거주하는 주민 파악
- 신규 확장되는 본 사업의 영향을 받을 가능성이 있는 이해관계자들을 대상으로 본 사업
으로 인한 영향에 대한 민원 사항을 조사
- 개진된 민원의 반영결과를 공지할 수 있는 방안 마련
[협의결과: 허가가능]
○ 발생한 민원 조사결과 악취 영향이 가장 클 것으로 판단되며, 악취저감을 위하여 안개분
무, 밀폐화 등의 악취저감시설을 설치할 것임
- (의견)악취 저감을 위하여 밀폐화 등의 악취 저감시설을 설치한다고 하였으나, 2024. 8. 1. 
복합 악취 측정 결과, 14로 배출허용기준에 근접함
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○ 원고는 2024. 10. 24. 피고에게 소규모 환경영향평가 협의내용을 반영한 사업계획 
내용 및 민원 대책에 관한 결과서(이하 ’환경영향평가 반영결과서‘라 한다)를 제출하였
고, 그 구체적 내용은 아래 기재와 같다.
○ 민원제기가 많았던 H에 대하여 H쪽 도로에 높이 6m의 펜스를 설치하고 악취측정기를 
설치하여 기준치 초과 여부를 지속적으로 관찰해 나갈 것임
- (의견) 악취측정기 설치 위치, 펜스제원, 길이가 구체적으로 제시되어 있지 않음
○ 2023년 4월 및 5월 복합악취측정결과 3~4배(배출허용기준 15배 이하)로 배출허용기준을 
만족하는 것으로 조사됨
- (의견) 악취 포집결과 수치는 농가의 배출시설 및 처리시설의 운영상태, 포집시간, 바람의 
방향, 습도, 온도 등에 따라 다르게 나타날 수 있음
○ 사육두수제한, 악취저감시설을 설치하여 주변지역 피해를 최소화할 계획이며, 운영시 민
원이 발생할 경우 별도의 민원관리대장을 작성하여 비치하고, 발생된 민원에 대하여 공
지하는 방안을 별도로 마련할 것임
- (의견) 사육두수를 제한한다고 하였으나, 가축분뇨배출시설 변경허가신청서와는 상이하며 
주변 피해 최소화 계획이 구체적으로 제시되어 있지 않음
※ 가축분뇨 배출시설 변경허가 신청서에 사육두수를 11,332두에서 7,500두로 변경하여 신
청. 사육두수를 7,500두수 초과하여 사육헐 경우 허위신고로 가축분뇨 관리 및 이용에 
관한 법률 제18조 제1항 제1호에 따라 처분 받을 수 있음을 안내하여 주시기 바람
사업계획 내용
▷ 운영시 민원대책을 마련하여 사업을 시행할 것임(별첨 2, 3 참조).
- 현재 기존시설 운영에 따른 민원발생사항은 없는 것으로 확인됨
- 사업대상지 인근에 정온시설이 위치하고 있으며, 악취모델링 예측결과 환경기준을 만족하
는 것으로 예측됨
- 금회 사업계획 변경으로 돈사시설이 추가됨에 따라 악취 및 시설에 대한 민원이 있을 것
으로 판단되며, 민원해결을 위하여 사업지역 내 민원관리대장을 비치하고 발생하는 민원
에 대하여 적극적으로 대처해 나갈 계획이며, 접수된 민원인에게 반영결과를 공지할 수 
있도록 할 것임
(별첨2)
악취민원 관련 정리 및 대책
구분 처리결과
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기존시설 운영
시 발생한 민원
○ 기존 시설 운영시 본 사업장으로 제출된 직접적인 민원은 없었음
○ 그러나 본 사업 승인 전 사전예고제(2023년 4월) 실시시 승인부서(건축
과)로 제출된 민원 확인결과 총 329건의 민원이 접수된 것으로 확인됨
사업대상지 인
근지역 거주하
는 주민 파악
○ 사업지역 반경 1km 이내 거주민은 일부 펜션, H 및 I에 일부 단독주택
이 포함되는 것으로 조사됨
신규 확장에 따
른 이해관계자
들의 민원사항 
조사
○ 사전예고제 실시 시 제시된 민원사항 조사결과 각취로 인한 정주여건 
불리, 영농생활지장, 재산상 손해, 대규모 돈사 단지로 확장 우려, 단순반
대 증 총 5건으로 확인됨
- 이 중 악취로 인한 정주여건 불리가 가장 많은 것으로 확인됨
개진된 민원의 
반영결과를 공
지할 수 있는 
방안 마련
○발생한 민원 조사결과 악취영향이 가장 클 것으로 판단되며, 악취저감을 
위하여 안개분무, 밀폐화 등의 악취저감시설을 설치할 것임
○ 현재 운영 중인 사업장에 악취자동측정기를 설치하여 실시간으로 악취
를 측정하고 있음(사진참조)
○ 또한 민원제기가 많았던 H에 대하여 H쪽 도로에 높이 6m의 펜스를 
설치하고 방향성 수종(약 260주)을 식재하여 악취로 인한 영향을 최소화 
할 것임
- 2023년 4월 및 5월 복합악취 측정결과 3~4배(배출허용기준 15배 이하)
로 배출허용기준을 만족하는 것으로 조사됨
○ 양돈장증축에 따라 사육두수가 증가하는 것을 우려하는 사항이 있으나, 
금회 사업계획 변경에 따라 양돈장을 증축하나 기존 양돈장에서 사육중인 
양돈을 분산사육계획을 수립하는 것으로 L 주민과도 7,500두 이상의 양돈
은 사육하지 않는 것으로 마을과 협의하였음.
○ 이와 같이 사육두수제한, 악취저감시설을 설치하여 주변지역 피해를 최
소화할 계획이며, 운영시 민원이 발생할 경우 별도의 민원관리대장을 작성
하여 비치하고, 발생된 민원에 대하여 공지하는 방안을 별도로 마련할 것
임
- 현재 대부분의 민원은 H 측에서 제시된 민원으로 민원 반영결과에 대하
여 H 측과 협의하여 관리사무소 등 공고게시판에 반영된 내용을 공고하
고 의견수렴을 할 것임. 또한, 개별적인 민원에 대하여 유무선을 통한 
공고를 시행할 것임
기타 ○ 본 사업을 추진함에 있어 마을과 지속적으로 협의하고 있으며, 사업진
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[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3 내지 7호증, 을 제7, 13, 14호증의 기재, 변론 전체
의 취지 
나. 이 사건 처분사유 인정 여부 
1) 건축허가권자는 건축허가신청이 건축법 등 관계 법규에서 정하는 어떠한 제한
에 배치되지 않는 이상 당연히 같은 법조에서 정하는 건축허가를 하여야 하고, 중대한 
공익상의 필요가 없는데도 관계 법령에서 정하는 제한사유 이외의 사유를 들어 요건을 
갖춘 자에 대한 허가를 거부할 수는 없으며(대법원 2006. 11. 9. 선고 2006두1227 판
결 참조), 인근 주민들의 반대 그 자체가 건축허가 여부를 판단함에 있어서 적법한 기
준이 될 수 없다고 할 것이다(대법원 2001. 5. 8. 선고 2001두1482 판결 참조). 또한 
건축허가 신청권자에게 민원을 해결할 것을 요구하는 것은 통상 혐오시설로 여겨지는 
건축물에 대하여 인근 주민들의 설치 반대가 예상되는 경우 건축허가 신청권자가 적극
행시에도 마을과 지속적인 협의를 거쳐 피해발생을 최소화 할 계획임
- 2023. 2. 14. 마을총회 참석하여 본 사업 설명
- 2023. 11. 24. 관내 식당에서 L 전 노인회장 및 회원과 대화의 시간을 
갖고 본 사업에 대하여 설명
- 2023. 11. 29. L 이장님과도 대화의 시간을 갖고 마을과의 상생방안에 
대하여 논의를 가졌으며, 본 사업으로 인한 영향이 없도록 설명
- 그 외에도 사업에 대한 설명을 지속적으로 하고 있으며, 본 사업이 공사 
및 운영시에도 지속적으로 만남의 장을 갖고 주변지역 피해 발생시 적
극적으로 대처하기로 함.
○ 현재 운영 중인 돈사에 대하여 24시간 안개분무실시 및 악취자동측정
기를 설치하여 악취저감을 이행하고 있으며, 현대화 사업을 추진하고 있
음. 이에 따라 본 사업지역 돈사 설치시에도 기존의 저감방안 뿐만 아니라 
추가적인 저감방안을 강구하였으며, 악취로 인한 영향을 최소화하여 사업
지역 주변에 피해가 최소화 되도록 계획을 수립하여 사업을 이행할 것임.
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적으로 나서서 사전에 사업내용을 충분히 설명하고 그들의 합리적인 요구사항을 받아
들여 주민들을 설득시켜야 하고 주민들의 반발을 해소하기 위한 최선의 노력을 하여야 
한다는 의무를 부과하는 것일 뿐, 주민들의 비합리적인 요구사항까지 모두 수용하여 
반드시 동의를 얻어야만 한다는 의미는 아니다. 
따라서 주민들의 민원을 해결하지 못하였다는 사유는, 그 자체로는 건축관계 법
규가 예정한 제한사유라 할 수 없고, 다만, 주민들의 민원사항이 관계 법령의 규제 내
용이나 중대한 공익상의 필요와 직접적으로 연관되는 때에는 민원사항의 불해결은 곧
바로 법령위배 또는 공익상의 이익 침해로 직결되어 이를 원인으로 허가신청 등을 거
부할 수 있을 뿐이고, 또한 위와 같이 법령 또는 공익사항에 해당하는 민원이더라도 
허가신청인이 해결해야 할 민원은 그 대상이나 범위, 내용 등이 구체적으로 특정되고 
근거가 명확해야 하며, 또한 정당한 것이어야 하므로, 허가관청이 위와 같은 요건을 갖
추지 못한 민원을 해결하지 못하고 있다는 사정을 들어 허가신청인의 신청을 불허하는 
것은 어디까지나 위법하다고 보아야 한다.
2) 이 사건에 관하여 살피건대, 앞서 인정한 사실, 앞서 든 증거, 갑 제14 내지 17
호증의 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정․판단되는 다음과 같은 근거를 종합하
면 이 사건 처분사유는 적법하다고 보기 어려우므로 이 사건 시설의 건축을 불허할 근
거가 될 수 없다. 따라서 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다. 
① 환경영향평가 반영결과서의 내용을 살펴보면, 원고는 인근 주민들의 악취로 
인한 어려움 호소를 주된 민원사항으로 파악하였고, 이 사건 시설에서 발생하는 가축
의 분뇨 및 악취 등 환경오염요인을 최대한 억제하기 위하여 이 사건 시설을 밀폐형으
로 설치하고, 안개분무 시설과 실시간으로 악취를 측정할 수 있는 악취자동측정기를 
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설치하였다. 또한 이 사건 시설 설치를 반대하는 민원의 상당수를 차지하는 ’H‘ 취락지
구 방향으로 6m의 펜스를 설치하고 방향성 수종을 식재하기로 하였을 뿐만 아니라, 이 
사건 시설의 돼지 사육두수를 7,500마리로 제한하는 등 민원의 내용을 수렴하고 대책
을 마련하기 위한 조치를 취하기 위하여 나름의 노력하였고, 원고의 위와 같은 노력이 
불성실하다거나 협의내용을 반영하지 못하였다고 평가할 정도로 미흡하다고 볼 수 없
다. 
② 피고로서는 이 사건 시설과 같이 필수적으로 가축의 분뇨 등이 배출되어 악
취 등을 수반하는 시설물에 대하여 악취로 인한 민원의 우려가 있다고 하여 곧바로 건
축허가를 불허할 것은 아니고, 이 사건 시설 설치로 인하여 축사의 환경개선이 이루어
질 수 있는지 여부 및 앞서 본 원고의 소규모 환경영향평가 협의내용 반영 사항 등 원
고가 마련한 악취 저감 및 민원 해소를 위하여 마련한 방안의 실효성을 검토하였어야 
한다. 그런데 이 사건에서 원고의 조치 등이 실효성이 없음을 인정할 만한 자료는 나
타나 있지 않고, 피고가 그 실효성 여부나 인근 주민들의 반대사유가 정당한 것인지 
여부, 주민 반대의견의 해소방안이 존재하는지 여부에 대하여 실질적이고 진지한 검토
를 했음을 인정할 만한 자료가 없는바, 원고가 소규모 환경영향평가 협의내용을 사업
계획에 성실히 반영하지 않았다고 판단한 근거를 찾기 어렵다.
③ 소규모 환경영향평가 협의내용의 취지에 따르더라도 이 사건 시설로 주변의 
거주 주민을 파악하고, 이 사건 시설에 관한 민원의 내용을 살펴 개선 결과를 주민에
게 공지하도록 함으로써 원고가 이 사건 시설을 설치함에 있어 인근 주민들의 의견을 
수렴하고 나아가 피해저감 대책 마련을 위하여 노력하는 방안을 강구할 것을 요구하고 
있을 뿐, 민원을 이유로 이 사건 시설 건축을 불허할 것을 요구하고 있지 않다. 
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④ 원고는 L 마을회 이장 등 주민들이 참석한 자리에서 인근 주민의 민원을 최
소화할 수 있는 방안 등을 포함한 이 사건 시설의 건축계획, 운영계획 등 사업 전반에 
관한 설명을 하였고, C 사무실에 민원 접수 및 처리상담 창구를 마련하는 등 이 사건 
시설 설치에 반대하는 주민들을 설득하고 의견을 청취하기 위한 노력을 하였다고 판단
된다. 
⑤ 이 사건 시설의 설치로 인해 발생하는 악취 등이 규제기준을 충족하지 못한
다거나, 규제기준을 초과하는 악취로 인하여 인근 주민들에게 수인하기 어려울 정도의 
손해를 발생시킨다고 볼 자료도 없다. 
⑥ 피고는 이 사건 시설에서 수인한도를 초과하는 악취 등의 환경오염 문제가 
발생할 경우 관계규정에 따라 개선명령, 조업정지명령, 폐쇄명령 등의 필요한 조치를 
취하여 이를 해결할 수 있고, 허가 단계에서 추가적인 저감계획을 마련하도록 하는 내
용의 조건이나 부담을 부가할 수도 있을 것인데, 악취로 인한 민원 제기와 같은 가능
성만으로 이 사건 시설의 건축 자체를 금지하는 것은 부당할 뿐만 아니라, 축사에 대
한 막연한 우려 내지 가능성, 부정적인 정서만으로 건축허가신청을 제한할 수 있는 공
익상의 필요가 있다고 볼 수도 없다. 
다. 소결
이 사건 처분은 그 처분사유가 인정되지 않는 것으로서 위법하므로 취소되어야 한
다(원고의 위 주장을 받아들이는 이상 재량권 일탈․남용 주장에 대하여는 나아가 판
단하지 않는다).
4. 결론
원고의 청구는 이유 있으므로 인용한다. 
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재판장 판사 홍순욱
판사 류지원
판사 이승현