[행정 판결문] 서울행정법원 2022구단71335 - 취득세등경정거부처분취소

 

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서 울 행 정 법 원

판 결

사 건 2022구단71335 취득세등경정거부처분취소

원 고 A

피 고 서울특별시 강남구청장

변 론 종 결 2024. 7. 12.

판 결 선 고 2024. 10. 25.

주 문

1. 피고가 2021. 1. 12. 원고에게 한 464,288,080원의 취득세 등 경정거부처분을 취소

한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고의 재건축사업 경위

1) 원고는 서울 강남구 S 63,956.9㎡, 같은 동 T 336.9㎡ 합계 64,293.8㎡의 토지에

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서 주택재건축정비사업(이하 ‘이 사건 재건축사업’이라 한다)을 추진하였고, 201*. *.

**. 서울특별시 고시 제201*-***호로 B단지 주택재건축 정비계획수립·정비구역지정 및

지형도면 고시가 있었으며, 소형(임대)주택은 88세대, 공원 및 도로로 기부채납할 토지

의 면적은 6,964㎡로 지정‧고시되었다.

2) 원고는 2014. 5. 21. 피고로부터 소형(임대)주택은 85세대로 변경되고, 기부채납

할 도로 및 공원(문화공원)의 토지면적은 당초 지형도면 고시된 것과 동일한 내용으로

사업시행인가를 받았다.

3) 원고는 이 사건 재건축사업에 대하여 201*. *. **. 피고로부터 관리처분계획인가

를 받았고, 2016. *. **. 착공하여 2019. *. **. 준공인가를 받았다.

나. 원고의 상가 및 아파트 취득과 취득세 등 납부

1) 원고는 이 사건 재건축사업을 추진하면서 서울 강남구 S 지상의 상가 36개(이하

통칭하여 ‘이 사건 상가’라 한다)를 2016. 5.부터 2017. 8.까지 순차적으로 취득하였고,

서울 강남구 S U아파트 V호(이하 ‘이 사건 아파트’라 한다)를 2016. 6. 8. 임의경매에 의

하여 낙찰받아 취득하였다.

2) 원고는 이 사건 상가에 대하여 2016. 5. 17.부터 순차적으로 취득세 과세표준액

총액 68,771,003,794원, 취득세 2,750,839,970원, 지방교육세 275,083,830원, 농어촌특별

세 137,541,830원 등 합계 3,163,465,630원을 피고에게 신고‧납부하였다

3) 원고는 이 사건 아파트에 대하여 2016. 6. 8. 취득세 과세표준액 1,151,336,200원,

취득세 46,053,440원, 지방교육세 4,605,340원, 농어촌특별세 2,302,670원 등 합계

52,961,450원을 피고에게 신고‧납부하였다.

다. 원고의 경정청구 및 심판청구

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1) 원고는 2020. 11. 12. 이 사건 상가 및 이 사건 아파트 부속토지 중 소형임대주

택·도로·공원으로 기부채납된 비율 14.36%에 해당하는 토지의 가액에 대하여 비과세하

며, 이 사건 아파트의 취득세 세율을 1,000분의 30으로 적용하고 농어촌특별세를 비과

세하여 다시 산출한 취득세 등의 정당세액은 2,752,139,000원임에도 불구하고 원고가

3,216,427,080원을 납부했으므로 과다납부된 취득세 등 464,288,080원의 환급을 구하는

경정청구를 피고에게 하였다.

2) 원고의 경정청구에 대하여 피고는 지방세기본법 제50조 제3항에 따라 경정청구를

받는 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 경정하거나 경정하여야 할 이유가 없다

는 것을 통지하여야 하나, 2개월이 경과되는 2021. 1. 12.까지 경정청구에 대한 결과를

통지하지 아니하였고(이하 피고의 결과 미통지에 따른 경정거부처분을 ‘이 사건 처분’이

라 한다), 원고는 이에 불복하여 2021. 3. 22. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2022.

10. 14. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7, 9 내지 14호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 재건축사업 시행인가 시 소형임대주택·도로·공원으로 기부채납해야 하는

것으로 인가고시된 후에 원고가 현금청산 대상자들로부터 집합건물인 이 사건 아파트

및 이 사건 상가를 취득하여 조합원 소유토지와 합하여 재건축사업을 수행하였는바,

원고가 취득한 이 사건 상가 부속토지 및 대지권이 설정된 이 사건 아파트 부속토지

중에서 기부채납비율만큼 구 지방세법(2017. 12. 30. 법률 제15335호로 개정되기 전의

것, 이하 ‘구 지방세법’이라 한다) 제9조 제2항에 따라 국가, 지방자치단체 또는 지방자

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치단체조합(이하 ‘국가 등’이라 한다)에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동

산에 해당하므로 취득세가 비과세되어야 한다.

2) 원고가 이 사건 재건축사업 지역 내의 이 사건 아파트를 구 도시 및 주거환경정

비법(2015. 6. 22. 법률 제13378호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 도시정비법’이라 한

다) 제47조에 따라 등기부상 주택으로 등재되어 있고, 철거·멸실되기 전에 법원의 임의

경매에서 취득하였는바, 이를 유상취득으로 취득한 ‘주택’의 취득세 세율이 적용되어야

하고, 국민주택규모 이하이므로 농어촌특별세는 비과세되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 구 지방세법 제9조 제2항의 적용 여부

1) 구 지방세법 제9조 제2항 본문의 입법 취지는, 국가 등에 귀속 또는 기부채납을

조건으로 부동산을 취득하는 것은 그 부동산을 국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적이고

일시적인 조치에 불과하므로, 국가 등이 직접 부동산을 취득하는 경우와 동일하게 평

가할 수 있다고 보아 그 경우 취득세 등을 비과세하겠다는 데에 있다(대법원 2011. 7.

28. 선고 2010두6977 판결 참조).

위 규정에서 비과세 요건으로 규정한 ‘기부채납을 조건으로 취득하는 부동산’의 의

미에 관하여, 사업자가 주택건설사업계획승인을 받기 이전이라도 이미 기부채납의 대

상이 되는 토지의 위치나 면적이 구체적으로 특정된 상태에서 행정관청과 사이에 기부

채납에 대한 협의가 진행 중인 것으로 볼 수 있는 객관적인 사정이 있는 경우에는, 그

이후에 취득하여 국가 등에 기부채납한 토지도 ‘기부채납을 조건으로 취득한 토지’로서

비과세 대상에 해당한다(대법원 2006. 1. 26. 선고 2005두14998 판결, 대법원 2011.

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11. 1. 선고 2011두17363 판결 등 참조).

2) 인정사실

앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

가) 이 사건 재건축사업에 관한 201*. *. **. 주택재건축 정비계획수립·정비구역

지정 및 지형도면 지정‧고시 및 201*. *. **. 사업시행인가에 따른 지형도면은 아래와

같다.

나) 이 사건 재건축사업 시행인가 시 기부채납 토지의 현황은 아래 표와

같다.

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(단위 ; ㎡)

사업면적
분양주택 및
상가 부속토지

기부채납 대상 토지

소계 임대주택 공원 도로

64,293.8 55,060.9 9,232.9 2,268.9 4,471.9 2,492.1

100% 85.64% 14.36% 3.53% 6.95% 3.88%

3) 판단

위 인정사실, 앞서 든 증거, 갑 제22호증의 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인

정되는 아래와 같은 사정을 종합해 보면, 원고가 취득한 이 사건 상가 및 이 사건 아

파트의 대지권이 설정된 부속토지 중에서 기부채납비율에 해당하는 토지는 구 지방세

법 제9조 제2항에 따라 국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에

해당한다고 봄이 타당하다.

가) 이 사건 재건축사업의 주택재건축정비구역 지정 및 지형도면 고시, 주택재건

축정비사업 시행인가, 관리처분계획인가 단계에서 이미 원고가 향후 소형임대주택·도

로·공원으로 기부채납할 구체적인 위치와 면적 등이 특정되어 있었고, 원고는 현금청산

대상자 등으로부터 이 사건 상가 및 이 사건 아파트를 취득한 후 건축물은 철거하였으

며, 그 부속토지 중 앞의 표와 같이 14.36%에 해당하는 면적은 임대주택, 도로, 공원으

로 기부채납하고 나머지는 공동주택 및 상가 부속토지로 편입하여 사업시행인가의 조

건을 이행하였다.

나) 원고는 이 사건 재건축사업의 관리처분계획 인가 이후에 이 사건 상가 및 이

사건 아파트를 취득하였는데, 위 부동산의 취득은 이 사건 재건축사업의 수행의 일환

이기도 하였으나 원고는 구 도시정비법 제47조, 제48조에 의하여 현금청산 대상자들의

토지를 강제적으로 취득하여 이 중 정비기반시설 등이 설치되어 기부채납되는 토지는

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구 도시정비법에 따라 다시 국가 등에 강제적으로 귀속되므로 원고와 국가 등 사이의

정비기반시설 등에 대한 기부채납을 위한 협약 등을 진행할 필요가 없다.

다) 이 사건 재개발사업의 대상 토지는 서울 강남구 S 63,956.9㎡, 같은 동 T

336.9㎡의 2필지 뿐이어서 재개발사업으로 기부채납할 토지의 위치와 면적이 원고의

이 사건 상가 및 이 사건 아파트 취득 이전에 특정되었고, 그 가격도 전유부분과 일체

화된 대지사용권 형태로 차이가 있다고 볼 수 없다(피고가 원용하는 대법원 2021. 2.

4. 선고 2020두50904 판결은 사업 대상 토지는 150필지를 초과하고, 용도 폐지되는 정

비기반시설이 15개, 신설되는 정비기반시설이 도로 6개, 공원 3개, 녹지 1개, 광장 1개

인 도시환경정비사업으로서 이 사건과 사실관계를 달리하여 이 사건에 그대로 적용할

수 없다).

라) 원고가 취득한 이 사건 상가 및 이 사건 아파트는 집합건물로서 그 대지사용

권은 전유부분과 분리하여 처분할 수 없어 이 사건 상가 및 이 사건 아파트를 취득하

면 당연히 지분 비율에 해당하는 대지사용권도 취득하고, 그 대지사용권은 그 성격상

위치와 면적이 특정될 수 없으나, 전체 대지의 소유권을 지분만큼 가지는 관념적인 권

리라는 특성이 공유와 유사하므로 대지사용권이 설정된 토지 중 일부가 기부채납할 토

지로 특정되었다면 그 대지사용권 중 기부채납비율만큼은 기부채납을 조건으로 취득하

는 부동산에 해당하는 것으로 봄이 합리적이다(구 지방세법 제9조 제2항에서 귀속 또

는 기부채납을 조건으로 하는 ‘부동산’이라고만 규정하고 있어 지분 형태의 대지사용권

으로 원고에게 취득되어 대지상의 건물을 철거한 후 사업부지 토지상의 기부채납비율

의 형식으로 귀속되는 경우도 당연히 포함된다).

라. 이 사건 아파트의 주택 여부

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1) 구 지방세법 제11조 제1항 제8호는 주택 유상거래에 대해 적용되는 취득세율을

그 취득가액이 6억원 이하인 경우 1천분의 10, 6억원 초과 9억원 이하인 경우 1천분의

20, 9억원 초과의 경우 1천분의 30의 세율을 적용하도록 규정하고 있고, 주택법 제2조

제1호는 ‘주택’이란 ‘세대(세대)의 구성원이 장기간 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조

로 된 건축물의 전부 또는 일부 및 그 부속토지를 말하며, 단독주택과 공동주택으로

구분한다’고 규정하고 있다.

2) 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 2016. 6. 8. 유상 승계취

득한 이 사건 아파트는 세대의 구성원이 장기간 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로

된 건축물에 해당하고, 건축물대장 및 등기부등본에 주택으로 등재되어 있으며, 주택으

로서의 외형과 잠재적 기능이 보존된 상태로 취득하였으므로 구 지방세법 제11조 제1

항 제8호의 취득세율이 적용되는 주택에 해당하고, 구 농어촌특별세법(2018. 12. 31.

법률 제16100호로 개정되기 전의 것) 제4조 제9호에 따라 이 사건 아파트의 전용면적

이 50.39㎡이므로 농어촌특별세는 비과세되어야 한다(이에 대하여 피고는 2018. 1. 1.

이전에 취득이 이루어진 경우 행정안전부의 종전 유권해석과 같이 보아야 한다고 주장

하고 있으나, 피고가 들고 있는 행정안전부의 유권해석이 그 변경 전후를 불문하고 사

법부를 기속하는 효력을 자체적으로 가질 수 없을 뿐만 아니라 이를 기반으로 한 피고

주장은 구 지방세법 제11조 제1항 제8호의 적용 범위를 아무런 법적 근거 없이 임의

로 축소하는 것으로서 받아들일 수 없다).

3. 결 론

원고의 청구는 이유 있어 인용한다.

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별지

관계 법령
■ 구 지방세법(2017. 12. 30. 법률 제15335호로 개정되기 전의 것)

제9조(비과세)

② 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서 "국가등"이라 한다)에 귀속 또

는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우

를 포함한다. 이하 이 항에서 "귀속등"이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및 「사회기반

시설에 대한 민간투자법」 제2조제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를

부과하지 아니한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는

취득세를 부과한다.

1. 국가등에 귀속등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각ㆍ증여하거나 귀속등을 이행

하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우

2. 국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상

으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우

제11조(부동산 취득의 세율)

① 부동산에 대한 취득세는 제10조의 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여

계산한 금액을 그 세액으로 한다.

8. 제7호나목에도 불구하고 유상거래를 원인으로 제10조에 따른 취득 당시의 가액이 6억원

이하인 주택[「주택법」 제2조제1호에 따른 주택으로서 「건축법」에 따른 건축물대장ㆍ

사용승인서ㆍ임시사용승인서 또는 「부동산등기법」에 따른 등기부에 주택으로 기재

{「건축법」(법률 제7696호로 개정되기 전의 것을 말한다)에 따라 건축허가 또는 건축신

고 없이 건축이 가능하였던 주택(법률 제7696호 건축법 일부개정법률 부칙 제3조에 따라

건축허가를 받거나 건축신고가 있는 것으로 보는 경우를 포함한다)으로서 건축물대장에

기재되어 있지 아니한 주택의 경우에도 건축물대장에 주택으로 기재된 것으로 본다}되고,

건축물의 용도가 주거용{「영유아보육법」 제10조제5호에 따른 가정어린이집, 「아동복

지법」 제52조제1항제4호 및 제8호에 따른 공동생활가정ㆍ지역아동센터(같은 조 제2항에

따라 통합하여 설치한 경우를 포함한다) 및 「노인복지법」 제31조에 따른 노인복지시설

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로서 주거용으로 사용되는 시설은 제외하되, 「노인복지법」(법률 제13102호로 개정되기

전의 것을 말한다)에 따른 분양형 노인복지주택은 포함한다}으로 사용하는 건축물과 그

부속토지를 말한다. 이하 이 조에서 같다]을 취득하는 경우에는 1천분의 10의 세율을, 6

억원 초과 9억원 이하의 주택을 취득하는 경우에는 1천분의 20의 세율을, 9억원 초과 주

택을 취득하는 경우에는 1천분의 30의 세율을 각각 적용한다. 이 경우 지분으로 취득한

주택의 취득 당시의 가액은 다음의 계산식에 따라 산출한 전체 주택의 취득 당시의 가액

으로 한다.

■ 구 농어촌특별세법(2018. 12. 31. 법률 제16100호로 개정되기 전의 것)

제4조(비과세)

다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.

9. 대통령령으로 정하는 서민주택에 대한 취득세 또는 등록에 대한 등록면허세의 감면

■ 구 농어촌특별세법 시행령(2017. 7. 26. 대통령령 제28211호로 개정되기 전의 것)

제4조(비과세)

④ 법 제4조제9호 및 제11호에서 "대통령령으로 정하는 서민주택"이란 「주택법」 제2조제6호

에 따른 국민주택 규모(「건축법 시행령」 별표 1 제1호다목에 따른 다가구주택의 경우에는

가구당 전용면적을 기준으로 한다) 이하의 주거용 건물과 이에 부수되는 토지(국가, 지방자치

단체 또는 「한국토지주택공사법」에 따라 설립된 한국토지주택공사가 해당 주택을 건설하기

위하여 취득하거나 개발ㆍ공급하는 토지를 포함한다)로서 주택바닥면적(아파트ㆍ연립주택 등

공동주택의 경우에는 1세대가 독립하여 구분ㆍ사용할 수 있도록 구획된 부분의 바닥면적을 말

한다)에 다음 표의 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지를 말한다.

■ 구 주택법(2017. 12. 26. 법률 제15309호로 개정되기 전의 것)

제2조(정의)

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "주택"이란 세대(세대)의 구성원이 장기간 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 건축

물의 전부 또는 일부 및 그 부속토지를 말하며, 단독주택과 공동주택으로 구분한다.

6. "국민주택규모"란 주거의 용도로만 쓰이는 면적(이하 "주거전용면적"이라 한다)이 1호(호)

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또는 1세대당 85제곱미터 이하인 주택(「수도권정비계획법」 제2조제1호에 따른 수도권

을 제외한 도시지역이 아닌 읍 또는 면 지역은 1호 또는 1세대당 주거전용면적이 100제

곱미터 이하인 주택을 말한다)을 말한다. 이 경우 주거전용면적의 산정방법은 국토교통부

령으로 정한다. 끝.