[행정 판결문] 서울행정법원 2023구단73116 - 양도소득세등부과처분취소

 

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서 울 행 정 법 원

판 결

사 건 2023구단73116 양도소득세등부과처분취소

원 고 A

피 고 강남세무서장

변 론 종 결 2024. 7. 17.

판 결 선 고 2024. 8. 28.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2022. 8. 1. 원고에 대하여 한 2019년 귀속 양도소득세 301,413,060원(가산세

포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2002. 10. 10. 서울 강남구 S아파트 T호(이하 ‘이 사건 아파트’라 한다)를

취득하였다가, 2019. 9. 2. 28억 원에 양도(이하 ‘이 사건 양도’라 한다)하였다.

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나. 원고는 2019. 11. 26. 이 사건 아파트가 1세대 1주택에 해당한다며 그 취득일부

터 양도일까지 발생한 양도차익 전체에 대하여 장기보유특별공제를 적용하여 2019년

귀속 양도소득세 84,065,743원을 신고․납부하였다.

다. 한편 서울특별시 강남구청장은 2015. 11.경 이 사건 아파트가 속한 ‘S아파트 주

택재건축정비사업’(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)에 대하여 사업시행인가를 하였고,

2017. 11. 13. 이 사건 사업에 대한 관리처분계획을 인가(이하 ‘이 사건 관리처분계획

인가’라 한다)하였다.

라. 피고는 이 사건 아파트의 취득일부터 이 사건 관리처분계획 인가일까지의 양도

차익만 장기보유특별공제 대상이라고 보아 2022. 8. 1. 원고에게 2019년 귀속 양도소

득세 301,413,060원(가산세 포함)을 경정ㆍ고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3, 4, 5, 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

이 사건 사업에 대하여 도시 및 주거환경정비법(이하 ‘도시정비법’이라 한다) 제74

조에 따른 관리처분계획 인가가 이루어졌다고 하더라도, 이 사건 관리처분계획 인가에

중대한 하자가 존재하였고, 원고가 이 사건 관리처분계획 인가 이후 이 사건 양도일까

지 이 사건 아파트에서 계속 거주하였으므로, 이 사건 양도 당시 이 사건 아파트는 ‘주

택’이라고 보아야 한다. 그럼에도 이 사건 양도가 ‘주택’의 양도가 아닌 ‘조합원입주권’

의 양도라고 보고, 이 사건 관리처분계획 인가일까지의 양도차익만 장기보유특별공제

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대상이라는 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 판단

1) 이 사건 아파트가 ‘조합원입주권’이 아닌 ‘주택’에 해당하는지

가) ‘조합원입주권’이란 도시정비법 제74조에 따른 관리처분계획의 인가로 인하

여 취득한 입주자로 선정된 지위를 뜻하는데[구 소득세법(2019. 12. 31. 법률 제16834

호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제2항], 조합원입주권, 즉 재건축조합의 조

합원이 당해 조합에 기존의 주택이나 대지를 제공하고 그 사업계획에 따라 취득하게

되는 새로 건설되는 주택 및 부대ㆍ복리시설을 분양받을 권리(입주자로 선정된 지위)

는 장차 그 분양받을 주택 등에 대한 소유권을 취득할 때까지는 구 소득세법 제94조

제1항 제2호 가목 소정의 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리’에 해당한다(대법원 2007. 6.

15. 선고 2005두5369 판결 참조).

나) 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 이 사건 사업에 대하여 2017.

11. 13. 이 사건 관리처분계획 인가가 이루어진 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건

아파트는 같은 날 이 사건 관리처분계획 인가에 따라 ‘조합원입주권’에 해당하게 되었다

고 봄이 타당하다.

다) 원고는 이 사건 사업 완료 후 분양받을 호수가 구체적으로 특정되고 추가 부

담금 내지 환급금이 확정된 분양계약이 체결되거나 입주자의 퇴거와 건축물의 철거가

이루어져야 비로소 이 사건 아파트가 ‘주택’이 아니라 ‘조합원입주권’에 해당하게 된다는

취지로 주장하나, 원고의 위 주장은 위 구 소득세법 제89조 제2항의 문언에 명백히 반

하는 것으로서 받아들일 수 없다.

원고는 이 사건 관리처분계획 인가에 중대한 하자가 존재하였으므로 이 사건 관

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리처분계획 인가의 효력이 없다는 취지로도 주장하나, 이 사건 관리처분계획 인가에 하

자가 있어 그 효력이 없다고 인정할 별다른 증거가 없으므로, 원고의 위 주장도 받아들

이지 않는다.

2) 원고가 이 사건 관리처분계획 인가 이후 이 사건 아파트에서 계속 거주하였으므

로 이 사건 양도를 ‘주택’의 양도로 보아 장기보유 특별공제액을 계산해야 하는지

가) 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 과세요건이거나 비과세요건 또는

조세감면요건을 막론하고 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유

없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다. 특히 감면요건 규정 가운

데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원

칙에도 부합한다(대법원 2011. 12. 13. 선고 2011두20116 판결 참조).

나) 구 소득세법 제95조 제1항은 양도소득금액은 양도가액에서 필요경비를 공제

하고 그 금액(양도차익)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다고 정하면서,

제2항에서 장기보유 특별공제액에 대하여 규정하였다. 구 소득세법 제95조 제2항은 본

문에서 ‘제1항에서 장기보유 특별공제액이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조

제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서

보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권

(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을

양도하는 경우에는 도시정비법 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모

주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의

양도차익으로 한정한다)(이하 이 괄호 부분을 ’이 사건 괄호 규정‘이라 한다)에 다음 표

1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다’고 규정하고, 단서에서

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‘다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산

의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계

산한 금액을 말한다’고 규정하고 있다.

또한 장기보유특별공제는 물가상승에 따른 명목소득의 상승도 포함되어 있는 양

도소득에 대하여 물가상승분을 공제하여 주기 위하여 마련된 제도라는 점에 비추어 볼

때 입법자는 이 사건 괄호 규정의 신설 당시 조합원입주권에 대하여는 양도차익 중 재

건축에 따른 개발이익을 장기보유특별공제 대상에서 제외하기 위하여 그 적용대상이

되는 양도차익의 범위를 관리처분계획 인가 전으로 한정한 것으로 보이고, 이는 1세대

1주택의 비과세 특례가 적용되는 조합원입주권이라고 하여 달리 볼 수 없다.

이러한 관련 규정의 문언 및 체계, 취지를 종합하여 보면, 구 소득세법 제89조

제1항 제4호에 따라 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하고 1세대 1주택의 요건

을 충족하는 조합원입주권의 경우, 구 소득세법 제95조 제2항 단서의 장기보유특별공제

의 대상은 이 사건 괄호 규정에 따라 조합원입주권의 양도차익 중 ‘관리처분계획 인가

전 토지분 또는 건물분의 양도차익’으로 한정되는 것이지, 장기보유특별공제의 대상이

‘1세대 1주택이 아닌 경우’와 달리 조합원입주권의 전체 양도차익으로까지 확대되는 것

은 아니라고 봄이 타당하다(대법원 2017. 10. 26. 선고 2017두52504 판결 참조).

다) 따라서 원고가 이 사건 관리처분계획 인가 이후에도 이 사건 아파트에서 계

속 거주하였다는 등 원고가 드는 사정만으로 위 구 소득세법의 문언에 반하여 이 사건

양도를 ’조합원입주권‘의 양도가 아닌 ’주택‘의 양도로 보아 장기보유 특별공제액을 계

산할 수는 없다.

3) 신의성실의 원칙 위배 여부

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원고는 이 사건 아파트에 대하여 2019년까지 ’주택분‘ 재산세 및 종합부동산세

가 고지되었으므로 피고가 이 사건 양도를 ’조합원입주권‘의 양도로 본 것은 신의성실

의 원칙에 위배된다고도 주장한다.

일반적으로 조세법률관계에 있어서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙

이 적용되기 위한 요건으로는 첫째 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인

견해 표명을 하여야 하고, 둘째 과세관청의 견해 표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여

납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 납세자가 그 견해 표명을 신뢰하고 이에 따

라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째 과세관청이 위 견해 표명에 반하는 처분을 함

으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는데(대법원 2006. 5. 26. 선고

2003다18401 판결 등 참조), 이 사건 아파트에 대하여 2019년까지 ’주택분‘ 재산세 및

종합부동산세가 고지되었다고 하더라도 이를 두고 피고가 원고에게 이 사건 양도에 대

한 양도소득세에 관하여 신뢰의 대상이 될 만한 공적인 견해 표명을 표명하였다고 보

기 어렵고, 달리 피고가 원고에게 이 사건 양도에 대한 양도소득세에 관하여 신뢰의

대상이 될 만한 공적인 견해 표명을 한 바 없으므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 위

주장은 이유 없다.

4) 소결론

따라서 이 사건 아파트의 취득일부터 이 사건 관리처분계획 인가일까지의 양도

차익만 장기보유특별공제 대상으로 본 이 사건 처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선

원고의 주장은 이유 없다.

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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별지

관계 법령

■ 구 소득세법(2019. 12. 31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것)
제89조(비과세 양도소득)
① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세

하지 아니한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는

고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으
로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한
다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택
4. 제2항에 따른 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른

관리처분계획의 인가일 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업
시행계획인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호
가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여
양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의
가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.

가. 양도일 현재 다른 주택을 보유하지 아니할 것
나. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우로서 해당 1주택을 취득한 날

부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도할 것(3년 이내에 양도하지 못하는 경우
로서 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)

② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 「도시 및 주거환경정비법」
제74조에 따른 관리처분계획의 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조
에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[같은 법에 따른 재건축
사업 또는 재개발사업, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모재건축사
업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포
함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 “조합원입주권”이라 한다]를 보유

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하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니
한다. 다만, 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 「빈집 및 소규
모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모재건축사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택
을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지
아니하다.

제94조(양도소득의 범위)
① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여

야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함
한다)의 양도로 발생하는 소득

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득
가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를

취득할 수 있는 권리를 포함한다)
제95조(양도소득금액)
① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97

조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제
액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에
따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3
년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터
취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는
「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정
비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으
로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다
만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우
에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을
말한다.

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③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지
를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고
대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. (단서 생략)
제100조(양도차익의 산정)

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① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7
항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한
다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항
에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가
액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에
따른다.

④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

■ 구 소득세법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32420호로 개정되기 전의 것)
제166조(양도차익의 산정 등)
① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 재개발사업, 재건축사업 또는 소

규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지
를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를
양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.

1. 청산금을 납부한 경우

2. 청산금을 지급받은 경우 다음 각 목의 금액을 합한 가액
가. [양도가액-(기존건물과 그 부수토지의 평가액-지급받은 청산금)-법 제97조 제1항 제2

호 및 제3호에 따른 필요경비]
나. [(기존건물과 그 부수토지의 평가액-기존 건물과 그 부수토지의 취득가액-법 제97조

제1항 제2호 및 제3호 또는 제163조 제6항에 따른 필요경비)]×[(기존건물과 그 부수
토지의 평가액-지급받은 청산금)÷기존건물과 그 부수토지의 평가액]

⑤ 법 제95조에 따른 양도소득금액을 계산하기 위하여 제1항 및 제2항 제1호에 따른 양도차익
에서 법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액을 공제하는 경우 그 보유기간은 다음 각
호에 따른다.

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1. 제1항 제1호의 관리처분계획 등 인가전 양도차익 및 제1항 제2호 나목에서 장기보유특
별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분
계획등 인가일까지의 기간

끝.