[행정 판결문] 서울행정법원 2020구단55520 - 양도소득세경정거부처분취소

 

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서 울 행 정 법 원

판 결

사 건 2020구단55520 양도소득세경정거부처분취소

원 고 1. A

2. B

3. C

4. D

5. E

6. F

7. G

8. H

피 고 1. 관악세무서장

2. 동작세무서장

3. 서대문세무서장

4. 송파세무서장

5. 역삼세무서장

6. 은평세무서장

7. 춘천세무서장

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변 론 종 결 2024. 3. 20.

판 결 선 고 2024. 5. 22.

주 문

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

청 구 취 지

피고들이 원고들에 대하여 한 별지 1 ‘원고 및 경정청구 거부처분 내역’과 같은 양도소

득세 경정청구거부처분을 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고들은 각기 건물(이하 ‘이 사건 각 건물’이라고 한다)을 신축한 후 취득일로부

터 5년 이내에 건물을 양도하면서, 구 소득세법(2020. 8. 18. 법률 제17477호로 개정되

어 2021. 1. 1. 시행되기 전의 것, 이하 같다) 제97조 제1항 제1호 나목 및 구 소득세

법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30395호로 개정되기 전의 것) 제163조 제12항에

따라 양도가액에 대하여 취득 당시와 양도 당시의 기준시가를 적용하여 환산취득가액

을 산정하고, 여기에 구 소득세법 제114조의2(이하 ‘이 사건 법률조항’이라고 한다)에

따라 환산취득가액의 5%를 가산세로 결정세액에 더하여 관할 세무서장인 피고들에게

양도소득세 신고 및 납부를 하였다. 원고별 내역은 다음 표 기재와 같다.

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(단위 : 원)

나. 이후 원고들은 이 사건 각 건물을 신축할 당시에는 환산취득가액 적용에 따른

가산세 등과 같은 제재규정이 마련되어 있지 않아 세금계산서 수취 및 임금대장을 따

로 작성하지 않았는데, 그 후 2017. 12. 19. 법률 제15225호로 신설된 이 사건 법률조

항에 기하여 가산세를 부담시키는 것은 소급과세 금지에 위배된다는 취지로 경정청구

를 하였다.

다. 그러나 피고들은 이 사건 각 건물의 취득가액이 환산취득가액으로 산정된 이상

이 사건 법률조항에 따라 가산세를 부담하여야 한다는 이유로 원고들의 각 경정청구를

거부하였다(이하 ‘이 사건 각 거부처분’이라고 한다). 원고별로 거부처분이 이루어진 날

짜는 별지 1의 해당란 기재와 같다.

1) 이 사건 양도물건 중 다툼의 대상이 되는 건물 부분만을 표기한다.

원고 취득일자 양도일자
환산취득가액

(건물)
이 사건
법률조항

가산세(5%)
양도 물건

(이 사건 각 건물1))

A 2017.1.18. 2019.2.18. 795,691,914 39,784,590
경북 안동 S
건물 479.82㎡

B 2015.9.25. 2019.2.12. 351,979,598 17,598,970
경기 이천 T
건물 426.2㎡

C 2017.8.2. 2018.3.15. 392,227,975 19,611,398
서울 동작 U
건물 293.6㎡

D 2017.10.20. 2018.1.2. 743,537,299 37,176,860
경북 경주 V
건물 659.04㎡

E 2014.6.18. 2018.2.13. 484,862,908 24,243,140
서울 강남 W
건물 238.86㎡

F 2015.3.25. 2018.9.17. 497,372,902 24,868,645
경기 성남 수정 X
건물 437.41㎡

G 2016.7.14. 2018.7.26. 426,517,043 21,325,851
대구 달성 Y
건물 181.13㎡

H 2016.12.20. 2018.6.30. 90,935,248 4,546,762
강원 화천 Z
건물 563.3㎡

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[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전

체의 취지

2. 관계법령

별지 2 관계법령 기제와 같다.

3. 처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장

가산세는 세법에서 규정하는 의무위반에 대하여 부과할 수 있으므로 세법상 의무

위반이 인정되지 않는다면 행정상의 제재로 가산세를 규정할 수 없다. 그런데 이 사건

법률조항은 어떠한 의무위반이 없음에도 가산세를 부과하도록 한 입법상 문제점이 있

을 뿐 아니라, 원고들은 환산취득가액으로 신고하는 것이 법적으로 금지되지 않아 취

득가액 증빙서류를 비치ㆍ보관하지 않았던 것인데, 아무런 경과규정 없이 이 사건 법

률조항의 신설ㆍ시행으로 말미암아 취득가액 증빙서류를 비치ㆍ보관하지 아니한 것에

대해 가산세를 부담하기에 이르렀다. 이러한 사정들을 고려하면, 원고들에 대하여는 가

산세 감면의 정당한 사유가 있다고 보아야 하고, 이와 다른 전제의 이 사건 각 거부처

분은 위법하므로 취소되어야 한다.

다. 판단

앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종

합하면, 이 사건 각 거부처분은 위법하다고 볼 수 없다. 원고들 주장을 받아들이지 않

는다.

1) 2006. 1. 1.부터 시행된 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정된 것)

제96조 제1항에 의하여, 종전까지 양도가액을 양도 당시의 기준시가에 의하여 산정하

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던 것이, 실지거래가액에 의하는 것을 원칙으로 하되 실지거래가액을 알 수 없는 경우

에만 환산가액 등 대통령령이 정하는 보충적 가액을 적용하도록 바뀐 이후로, 이러한

기본틀이 현재까지 이어지고 있는바, 원고들이 이 사건 각 건물을 취득할 당시에도 실

지거래가액을 확인하여 양도차익을 산정하는 것이 원칙이었다. 나아가 소득세법이 적

정한 과세를 위해 환산가액 등 보충적 가액을 예비하였다는 것이 납세의무자가 양도소

득세 산정에 있어 취득가액으로 적용할 가액을 임의로 선택할 수 있다거나 해당 실지

거래가액을 확인하여 신고할 필요가 없음을 의미한다고 볼 수 없다. 또한, 원고들이 환

산취득가액을 선택하더라도 특별한 불이익이 따르지 않을 것이라거나 당시 법령이 바

뀌지 않을 것이라고 기대하여 실질거래가액에 따라 신고할 준비를 하지 않았다 하더라

도 이를 보호가치 있는 신뢰로 보기 어렵다. 건물 신축 당시 관련 자료를 구비하지 못

한 납세의무자라 하더라도 정상적인 계약관계 등을 통하여 건물을 시공하였다면 사후

적으로 세금계산서나 이체내역 등 신빙성 있는 관련 자료를 제출하여 소요된 금액을

증빙할 여지가 남아 있다는 점 역시 고려되어야 한다.

2) 양도소득세는 양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세대상으로 하므로

양도자산이 과세요건 및 감면요건에 해당하는지 여부는 양도시기를 기준으로 판단하여

야 한다(대법원 2008. 6 . 12. 선고 2007두15124 판결 등 참조). 원고들은 이 사건 법

률조항이 신설ㆍ시행된 이후에 이 사건 각 건물을 양도한 것이므로, 그 양도에 이 사

건 법률조항을 적용하더라도 소급적으로 불이익을 주는 것이라 볼 수 없다.

3) 앞서 본 바와 같이 원고들이 이 사건 각 건물을 취득할 당시 시행되던 소득세

법에 따르더라도 실지거래가액을 확인하여 양도가액을 산정하는 것이 원칙이었던 점,

원고들이 취득 시점에는 취득가액 증빙서류를 구비하지 못하였더라도 사후적으로라도

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세금계산서 등 신빙성 있는 관련 자료를 제출할 여지가 있었을 것으로 보이는 점, 만

일 원고들이 이 사건 각 건물의 취득일로부터 5년이 경과한 뒤에 이 사건 각 건물을

양도하였다면 이 사건 법률조항의 적용에서 벗어날 수 있었을 것인데, 원고들이 스스

로 5년 내의 양도를 선택하였고, 이러한 양도 시점을 기준으로 이 사건 법률조항이 적

용된다는 점을 원고들이 이미 알았거나 충분히 알 수 있었을 것인 점 등에 비추어 보

면, 이 사건 법률조항이 신설되면서 경과규정 등이 따로 마련되지 않았다 하더라도 이

를 위헌이라고 볼 수는 없다(그리고 이 사건 법률조항을 근거로 피고들이 이 사건 각

거부처분을 한 것이 위법하다고 볼 수 없다). 헌법재판소도 같은 취지로 이 사건 조항

이 과잉금지원칙에 위반하여 재산권을 침해하지 않고 평등원칙에도 위반되지 않는다고

보아 이 사건 법률조항에 대하여 합헌결정을 하였다(헌법재판소 2024. 2. 28. 선고

2020헌가15 결정 참조).

4) 원고들이 주장하는 바대로, 이 사건 법률조항은 양도소득세의 납세의무자에 대

한 가산세 부과를 규정하면서도 세법상 의무위반이라고 보기 어려운 환산가액 적용을

과세대상으로 정하고 있어 국세기본법의 규정들과 가산세의 법적 성격에 부합하지 않

는 측면이 있기는 하다. 그러나 이 사건 법률조항은 건물을 신축한 뒤 5년 내 양도하

는 경우 해당 건물을 건축·취득하기 위해 실제 지출한 비용을 확인할 수 있음에도 불

구하고 환산취득가액을 사용하여 양도소득세의 부담을 회피하는 사례가 다수 발생하

자, 건물의 취득가액을 실지거래가액으로 신고한 사례와 환산취득가액으로 신고한 사

례의 평균적 세액 차이가 환산취득가액의 5% 수준이라는 객관적 근거를 토대로 환산

취득가액으로 신고하는 경우 환산취득가액의 5%를 추가로 납부하도록 하여 실지거래

가액으로 신고한 경우와의 차액만큼을 추가로 징수하여 신고방법에 따른 납부세액의

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편차를 줄이기 위해 신설된 것이라는 점이 고려되어야 한다. 이와 같은 입법취지와 함

께 앞서 본 헌법재판소 결정이 취한 결론과 동일하게 이 사건 법률조항에는 위헌적인

요소가 없다고 보이는 점(참고로 위 헌법재판소 결정의 보충의견은 이 사건 법률조항

이 가산세의 개념 및 조세법의 체계에 다소 부합하지 않아 체계정당성 등에 관한 ‘불

필요한’ 논란이 반복될 우려가 있으므로 세법상 가산세 개념에 부합할 수 있도록 이

사건 법률조항을 개정하는 등 관련 규정들을 합리적, 체계적으로 정비하기 위한 입법

개선의 필요가 있다는 것을 지적하면서도, 다수의견과 마찬가지로 이 사건 법률조항

자체는 합헌이라는 입장을 취하였다), 궁극적으로 이 사건 법률조항은 가산세라는 형식

을 빌려 건물의 취득가액 신고방법에 따른 납부세액의 편차를 조정하고자 하는 것일

뿐 환산취득가액 적용이 어떠한 의무를 위반한 것이라고 보아 이를 제재하고자 하는

것이 아닌 점 등을 종합하면, 원고들에 대하여 국세기본법 제48조 제1항 제2호를 근거

로 이 사건 법률조항에 따른 가산세를 감면하는 것은 타당하다고 볼 수 없다.

4. 결론

그렇다면, 원고들의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이

판결한다.

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(별지 1)

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(별지 2)

관계법령

■ 구 소득세법(2020. 8. 18. 법률 제17477호로 개정되어 2021. 1. 1. 시행되기 전의 것)

제92조(양도소득과세표준의 계산)

② 양도소득과세표준은 제94조부터 제99조까지, 제99조의2, 제100조부터 제102조까지 및 제

118조에 따라 계산한 양도소득금액에서 제103조에 따른 양도소득 기본공제를 한 금액으로

한다.

제96조(양도가액)

① 제94조제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간

에 실지거래가액에 따른다.

제97조(양도소득의 필요경비 계산)

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는

것으로 한다.

1. 취득가액(「지적재조사에 관한 특별법」 제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의

면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지

거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.

가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항제2호

및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

가. 제1항제1호가목에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액

나. 제1항제1호나목 및 제114조제7항에 따라 환산가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가

액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 소득세법개정법률 부칙 제8조에 따라 취득한

것으로 보는 날(이하 이 목에서 "의제취득일"이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는

증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득

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일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액

을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액

⑤ 취득에 든 실지거래가액의 범위 등 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한

다.

제114조의2(환산가액 적용에 따른 가산세)

① 거주자가 건물을 신축하고 그 신축한 건물의 취득일부터 5년 이내에 해당 건물을 양도하는

경우로서 제97조제1항제1호나목에 따른 환산가액을 그 취득가액으로 하는 경우에는 해당

건물 환산가액의 100분의 5에 해당하는 금액을 제93조제2호에 따른 양도소득 결정세액에

더한다.

② 제1항은 제93조제1호에 따른 양도소득 산출세액이 없는 경우에도 적용한다.

부칙 <제15225호, 2017.12.19>

제1조(시행일) 이 법은 2018년 1월 1일부터 시행한다. (단서 및 각 호 생략)

제2조(일반적 적용례)

① 이 법은 이 법 시행 이후 발생하는 소득분부터 적용한다.

② 이 법 중 양도소득에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 양도하는 자산으로부터 발생하는

소득분부터 적용한다.

■ 구 소득세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30395호로 개정되기 전의 것)

제163조(양도자산의 필요경비)

⑫ 법 제97조제1항제1호나목에서 "대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취

득가액"이란 제176조의2제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다.

제176조의2(추계결정 및 경정)

② 법 제114조제7항에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 가액"이란 다음 각 호의

방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다.

2. 법 제96조제1항에 따른 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음

계산식에 따른 금액. 이 경우 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별주택가격 및

공동주택가격(이들에 부수되는 토지의 가격을 포함한다)이 최초로 공시되기 이전에 취득

한 주택과 부수토지를 함께 양도하는 경우에는 다음 계산식 중 취득당시의 기준시가를

제164조제7항에 따라 계산한 가액으로 한다.

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■ 국세기본법

제48조(가산세 감면 등)

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다

음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우. 끝.

양도당시의 실지거래가액, 제3항 제1호의
매매사례가액 또는 동항 제2호의 감정가액 ✕

취득당시의 기준시가
양도 당시의 기준시가(제164조 제8항의 규정에 해당하는

경우에는 동항의 규정에 의한 양도당시의 기준시가