[행정 판결문] 서울행정법원 2022구단73331 - 양도소득세부과처분취소

 

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서 울 행 정 법 원

판 결

사 건 2022구단73331 양도소득세부과처분취소

원 고 A

피 고 서초세무서장

변 론 종 결 2024. 3. 20.

판 결 선 고 2024. 5. 8.

주 문

1. 피고가 2022. 3. 16. 원고에 대하여 한 2017년 귀속 양도소득세 523,698,890원(가산

세 174,329,700원 포함)의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문 제1항과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2005. 5. 16. 「도시 및 주거환경정비법」(이하 ‘도시정비법’이라고 한다)

에 따라 주택재건축 사업시행인가를 받은 재건축아파트(서울 K아파트 L호, 이하 ‘종전

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아파트’라고 한다)를 2009. 10. 6. 취득하였다. 위 재건축아파트의 주택재건축사업에 관

하여는 2010. 8. 24. 관리처분계획인가를 거쳐 2016. 8. 30. 사용승인이 이루어졌고, 원

고가 소유하던 종전아파트는 ‘서울 M아파트 N호’(이하 ‘신축아파트’라고 한다)로 전환

되었다. 원고는 2017. 12. 29. 신축아파트를 34억 원에 양도하고 1세대 1주택(고가주

택)으로서 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득세 1억 500만 원을 신고하였다.

원고
재건축대상

아파트
취득일

관리처분
계획인가일

신축아파트
준공인가일
(사용승인일)

양도일

A K아파트 L호 2009.10.6. 2010.8.24. M아파트 N호 2016.8.30. 2017.12.29.

나. 피고는, 원고가 종전아파트를 취득할 당시 이는 법적으로 ‘부동산’이 아니라 ‘조

합원입주권’에 해당하였음을 전제로 양도대상인 신축아파트 자체만 가지고 장기보유특

별공제의 적용 여부를 살펴야 한다고 보고, 원고가 신축아파트를 취득한 시기는 사용

승인일인 2016. 8. 30.인 반면 신축아파트의 양도시기는 2017. 12. 29.로서 장기보유특

별공제가 적용되기 위한 보유기간(3년)을 충족하지 못하였다는 이유로, 2022. 3. 16. 원

고에 대하여 장기보유특별공제를 완전히 배제한 가운데 2017년 귀속 양도소득세

523,698,890원(가산세 174,329,700원 포함)을 경정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 부과처

분’이라고 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1, 2호증의 각 기재

2. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

3. 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장 요지

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1) 원고

피고는 종전아파트가 조합원입주권으로 변환된 시점을 사업시행인가일인 2005.

5. 16.로 잡은 다음, 종전아파트의 취득 시점(2009. 10. 6.)이 위 날짜보다 나중인 이상,

원고가 종전아파트와 관련해서는 ‘부동산’ 자체가 아니라 ‘조합원입주권’을 원조합원으

로부터 승계취득하였을 따름이고, 이에 따라 원고가 신축아파트를 양도한 것과 관련하

여 장기보유특별공제가 적용되기 위한 보유기간(3년) 요건이 충족되었는지를 살핌에

있어서도 구 소득세법(2017. 12. 19. 법률 제15225호로 개정되어 2018. 1. 1. 시행되기

전의 것, 이하 ‘구 소득세법’이라고 한다) 제95조 제2항 중 두 번째 괄호 부분(조합원으

로부터 취득한 조합원입주권을 장기보유특별공제를 받을 수 있는 자산의 범위에서 제

외하고 있다)의 취지를 고려하여 종전아파트(그 법적 성격이 ‘부동산’이든, ‘조합원입주

권’이든)를 보유한 기간 일체가 통산ㆍ반영되어서는 아니 된다는 점을 장기보유특별공

제가 배제되어야 하는 근거로 제시하고 있다.

그러나 이러한 피고의 과세논리에 의하더라도 종전아파트가 조합원입주권으로

변환된 시기는 피고가 주장하는 바와 같이 사업시행인가일이 아니라 관리처분계획인가

일(2010. 8. 24.)이고, 이에 따라 원고가 종전아파트를 취득할 당시(2009. 10. 6.) 종전

아파트는 ‘조합원입주권’이 아니라 ‘부동산’ 자체에 해당한다고 보아야 한다. 뿐만 아니

라 신축아파트의 양도에 관하여는 원고가 종전아파트를 보유한 기간과 신축아파트를

보유한 기간 모두를 통산ㆍ반영한 가운데 1세대 1주택에 해당하는 자산의 장기보유특

별공제가 주어져야 한다. 이와 다른 전제에서 이루어진 피고의 이 사건 부과처분은 위

법하므로 취소되어야 한다.

2) 피고

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가) 주위적 주장 : 원고가 종전아파트를 취득한 시점(2009. 10. 6.)이 사업시행인

가일(2005. 5. 16.)보다 시간적으로 나중인 이상, 원고는 대법원 2007. 6. 15. 선고

2005두5369 판결에서 제시된 법리에 따라 ‘부동산’이 아닌 ‘조합원입주권’을 당시 취득

한 것으로 보아야 한다. 이렇게 볼 경우, 원고는 종전아파트를 취득하였을 당시 원조합

원으로부터 조합원입주권을 승계취득한 지위에 불과하므로, 구 소득세법 제95조 제2항

중 두 번째 괄호 부분의 취지에 따라(즉, 만일 원고가 ‘조합원입주권’으로서의 종전아파

트를 양도하였다면 위 괄호 부분에 걸려서 장기보유특별공제를 적용받지 못하였을 것

이라는 점과 균형을 맞추어야 할 것이므로) 신축아파트가 양도된 본건의 경우에도 원

고가 종전아파트를 보유한 기간(2016. 8. 30. 전까지의)은 장기보유특별공제가 적용되

기 위한 보유기간에 일체 산입되어서는 아니 된다. 그렇다면, 원고에 대해서는 사용승

인일(2016. 8. 30.)부터 신축아파트를 양도한 시점(2017. 12. 29.)까지의 기간만 고려될

수 있을 뿐인데, 위 기간은 장기보유특별공제가 적용되기 위한 3년에 미달하여 원고는

장기보유특별공제를 일체 받을 수 없다 할 것이므로, 같은 이유로 이루어진 이 사건

부과처분은 적법하다.

나) 예비적 주장 : 가사 원고 주장과 같이 종전아파트가 조합원입주권으로 전환

되는 시점을 관리처분계획인가일로 보더라도, 원고가 구하는 바 그대로의 장기보유특

별공제는 주어지지 않는다고 보아야 한다. 원고가 취득한 종전아파트의 소유권은 조합

원입주권으로 바뀌었다가 신축아파트의 소유권으로 다시 변경되는 일련의 과정을 거쳤

는바, 이 가운데 적어도 원고가 조합원입주권을 보유한 기간(관리처분계획인가일인

2010. 8. 24.부터 신축아파트의 사용승인일인 2016. 8. 30.까지)은 장기보유특별공제가

적용되기 위한 보유기간에 통산되지 않는다고 보아야 하기 때문이다.

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나. 판단

1) 원고가 종전아파트를 취득할 당시 종전아파트의 법적 성격이 ‘부동산’과 ‘조합원

입주권’ 중 어느 것에 속하였는지(피고의 주위적 주장 관련)

도시정비법에 따른 재건축사업의 경우 조합원입주권 취득시기는 도시정비법에

따라 정해진다고 할 것인바, 2002. 12. 30. 법률 제6852호로 제정되어 2003. 7. 1.부터

시행된 도시정비법에 의하면, 사업시행인가 이외에도 관리처분계획인가까지 받아야 비

로소 ‘입주자로 선정된 지위’ 즉 조합원입주권을 취득하게 된다고 보아야 한다[이 사건

양도 당시 적용된 구 소득세법 제89조 제1항 제4호 역시 조합원입주권의 취득시기가

관리처분계획의 인가일임을 전제로 삼고 있다. 반면 피고가 예비적 주장과 관련하여

언급하는 구 소득세법 시행령(2003. 6. 30. 대통령령 제18044호로 개정되기 전의 것)

제155조 제16항과 개정 전/후 시행령 제155조 제16항 및 부칙<대통령령 제18044호,

2003. 6. 30.> 제1조, 부칙<대통령령 제18850호, 2005. 5. 31.> 제4항은, 조합원입주권

자체를 양도하였을 경우에나 한정적으로 적용되는 규정으로서, 도시정비법에 따른 재

건축사업으로 신축된 주택을 양도한 경우에 대해서까지 기존주택이 조합원입주권으로

전환되는 시기를 관리처분계획의 인가가 이루어진 날과는 다르게 별도로 정한 규정이

라고 볼 수 없다].

따라서 이 사건의 경우, 원고는 도시정비법에 따라 종전아파트가 조합원입주권

으로 전환되는 기준일에 해당하는 관리처분계획인가일(2010. 8. 24.) 이전에 이미 종전

아파트를 취득한 이상, ‘부동산’으로서의 종전아파트를 취득하였다고 보아야 한다. 피고

가 주장하는 대법원 2005두5369 판결은 도시정비법이 시행되기 전 구 주택건설촉진법

에 따른 재건축사업에 관한 것으로서, 당시는 관리처분계획에 관한 규율이 없어 관리

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처분계획을 거칠지 여부가 재건축조합의 자율에 맡겨졌고(따라서 관리처분계획의 인가

역시 필수적으로 요구되는 것이 아니었다), 도시정비법상 관리처분계획에 포함되는 사

항들의 상당부분이 사업계획승인 대상에 포함되는 등의 차이가 있으므로, 도시정비법

에 기초한 재건축사업이 문제되는 본건과는 사안을 달리한다고 보아야 한다. 오히려

구 주택건설촉진법상의 사업계획승인은 재건축조합이 추진하는 주택건설사업에 관한

일체의 사업내용(가령 조합원의 확정, 주택이나 복리시설의 규모ㆍ배치와 배분기준, 잉

여건물의 처분방법 등)을 최종적으로 확정하고 승인하는 처분으로서, 사업계획승인이

있어야 비로소 구건물의 철거와 신건물의 착공 등 재건축사업에 착수할 수 있었던 점,

사업계획승인 이후에는 재건축대상인 주택이나 그 대지에 설정된 등기는 새로이 건설

되는 주택이나 대지에 설정된 것으로 보게 될 뿐만 아니라 조합원의 교체나 신규가입

을 할 수 없고 종전의 토지 등을 사용하거나 수익할 수 없었던 점 등에 비추어 보면,

대법원 2005두5369 판결 사안에서의 구 주택건설촉진법상의 사업계획승인은 도시정비

법에 따른 재건축사업에 있어서의 관리처분계획의 인가와 유사하다고 볼 수 있다.

그러므로 원고가 ‘조합원입주권’으로서의 종전아파트를 취득하였고 이에 따라 종

전아파트의 취득 당시 원조합원으로부터 조합원입주권을 승계취득한 것으로 보아, 구

소득세법 제95조 제2항의 두 번째 괄호 부분에 기대어 일체의 장기보유특별공제가 배

제되어야 한다는 취지의 피고 과세논리는 그 자체로 타당하다고 볼 수 없고, 이에 기

초한 이 사건 부과처분은 위법을 면할 수 없다고 할 것이다.

2) 신축아파트의 양도와 관련하여, 조합원입주권의 보유기간이 장기보유특별공제

가 적용되기 위한 보유기간에 통산되는지 여부(피고의 예비적 주장 관련)

가) 구 소득세법 제94조 제1항 제1호는 과세대상인 양도소득의 하나로서 ‘토지

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또는 건물의 양도로 발생하는 소득’을 규정하고, 제95조 제2항은 양도소득에서 차감할

장기보유특별공제액을 규정하면서 그 본문에서 ‘소득세법 제94조 제1항 제1호에 따른

자산으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 표 1(보유기간

에 따라 100분의 10부터 100분의 30까지)에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산

한 금액’을, 그 단서에서 ‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에

는 그 자산의 양도차익에 표 2(보유기간에 따라 100분의 24부터 100분의 80까지)에 규

정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액’을 각각 들고 있으며, 제95조 제4항 본

문은 “제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한

다.”라고 규정하고 있다.

그리고 구 소득세법 시행령(2017. 12. 29. 대통령령 제28511호로 개정되어

2018. 1. 1. 시행되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법 시행령’이라고 한다) 제159조의3는

“법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 ‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택’이란 1세

대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조ㆍ제155조의

2ㆍ제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을

말한다.”라고 규정하고, 구 소득세법 시행령 제154조 제8항 제1호는 “1세대 1주택의

거주기간 또는 보유기간을 계산함에 있어서 거주하거나 보유하는 중에 노후 등으로 멸

실되어 재건축한 주택의 경우 그 멸실된 주택과 재건축한 주택에 대한 거주기간 및 보

유기간을 통산한다.“라고 규정하고 있다.

위 규정들의 내용과 1세대 1주택에 대하여 별도로 더 높은 비율의 장기보유특

별공제율을 정한 취지 등에 비추어 보면, 장기보유특별공제를 적용하기 위한 보유기간

은 구 소득세법 제94조 제1항 제1호에 규정된 자산을 계속하여 보유한 기간만을 통산

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하여야 하고 그것이 멸실되었다가 신축되거나 다른 공제율을 적용하여야 하는 자산으

로 변동된 경우에는 그 보유기간을 통산할 수 없음이 원칙이라고 할 것이나, 다만 재

건축ㆍ재개발 조합원이 기존주택과 토지를 제공하고 취득한 조합원입주권에 기하여 새

로운 주택을 취득한 경우에는 구 소득세법 시행령 제159조의3에 의한 1세대 1주택에

해당하면 기존주택과 조합원입주권 등의 보유기간까지 통산하여 구 소득세법 제95조

제2항의 표 2에 규정된 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다(대법원 2014. 9. 4. 선

고 2012두28025 판결 참조).

나) 앞서 본 바와 같이 원고는 2009. 10. 6. 종전아파트의 소유권을 취득한 후

2010. 8. 24. 관리처분계획 인가가 이루어졌고, 그 후 신축아파트의 소유권을 취득하였

으며, 2017. 12. 19. 1세대 1주택 요건을 일응 충족한 고가주택인 신축아파트를 타에

양도하였는바, 이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면 신축아파트는 1세

대 1주택으로서 원고가 종전아파트를 보유한 기간(종전아파트가 ’부동산‘과 ’조합원입주

권‘의 성격 중 어느 것을 지니는지에 상관없이)과 신축아파트를 보유한 기간 모두를 통

산ㆍ반영한 가운데(다만, 구 소득세법 시행령 제166조 제5항에 따라 청산금납부분 양

도차익과 기존건물분 양도차익으로 구분지어 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의

보유기간이 각기 산정되어야 할 것이다) 구 소득세법 제95조 제2항의 표 2에 규정된 1

세대 1주택의 장기보유특별공제율을 적용하여 2007년 귀속 양도소득세를 산출하였어

야 한다.

이 점에 있어서도 신축아파트에 관하여 1세대 1주택의 장기보유특별공제를 완

전히 배제한 가운데 이루어진 이 사건 부과처분은 위법하다고 할 것이므로, 취소되어

야 한다.

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다) 한편, 피고는 구 소득세법 시행령(2003. 6. 30. 대통령령 제18044호로 개정

되기 전의 것) 제155조 제16항과 개정 전/후 시행령 제155조 제16항 및 부칙<대통령령

제18044호, 2003. 6. 30.> 제1조, 부칙<대통령령 제18850호, 2005. 5. 31.> 제4항을 근

거로 제시하면서 원고가 조합원입주권을 보유한 기간은 1세대 1주택 보유기간으로 인

정되어서는 아니 된다는 등의 주장도 개진하고 있으나(피고의 2023. 7. 17.자 준비서면

3면 이하 참조), 위 규정들은 조합원입주권 자체가 양도될 경우에나 적용 가능한 규정

으로서, 본건과 같이 원고가 부동산인 신축아파트 자체를 양도한 사안에 관하여는 위

규정들이 적용된다고 보거나 이를 참조로 삼을 수 없다. 나아가 피고의 이 부분 주장

은 앞서 본 대법원 2012두28025 판결의 법리에도 정면으로 반할 뿐 아니라, 본건과 같

이 조합원이 주택재건축사업으로 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도한 사안에 있

어서 1세대 1주택 특례 및 장기보유특별공제의 적용 여부를 애당초 조합원입주권 자체

를 양도하였다고 가정할 경우에 1세대 1주택 특례가 적용될 수 있었는지 여부와 결부

시킬 만한 아무런 법적 근거도 존재하지 아니함을 밝힌다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이

판결한다.

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(별지)

관계법령

■ 구 소득세법(2017. 12. 19. 법률 제15225호로 개정되어 2018. 1. 1. 시행되기 전의 것)

제89조(비과세 양도소득)

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세

하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는

고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으

로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한

다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등

으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

4. 제2항에 따른 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[「도시 및 주거환경정비법」 제48조에

따른 관리처분계획의 인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거

일) 현재 제3호가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의

요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해

당 조합원입주권의 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우에는 양도소득세를

과세한다.

가. 양도일 현재 다른 주택을 보유하지 아니할 것

나. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우로서 해당 1주택을 취득한 날부

터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도할 것(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서

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대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)

제94조(양도소득의 범위)

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(지적공부)에 등록하

여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포

함한다)의 양도로 발생하는 소득

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득

가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취

득할 수 있는 권리를 포함한다)

제95조(양도소득금액)

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97

조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공

제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른

미등기양도자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에

따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양

도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제48조에 따른 관

리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보

유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택

(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2

에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

(다음 페이지를 위한 여백)

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③ 제89조제1항제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를

포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대

통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. (단서 생

략)

⑤ 양도소득금액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제100조(양도차익의 산정)

① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조제3항에 따른 가액 및 제114조제7

항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한

다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조제7항에 따른 가액 및 제114조제7항에

따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액

등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른

다.

■ 구 소득세법 시행령(2017. 12. 29. 대통령령 제28511호로 개정되어 2018. 1. 1. 시행되기

- 13 -

전의 것)

제154조(1세대1주택의 범위)

① 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내

에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는

거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 제2항에 따른 조정지역에 있는 주택

의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에

는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. (단서 및 각 호 생

략)

⑤ 제1항의 규정에 의한 보유기간의 계산은 법 제95조제4항의 규정에 의하고, 동항의 규정에

의한 거주기간은 주민등록표상의 전입일자부터 전출일까지의 기간에 의한다.

⑧ 제1항에 따른 거주기간 또는 보유기간을 계산함에 있어서 다음 각 호의 기간을 통산한다.

1. 거주하거나 보유하는 중에 소실ㆍ도괴ㆍ노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택인

경우에는 그 멸실된 주택과 재건축한 주택에 대한 거주기간 및 보유기간

제156조(고가주택의 범위)

① 법 제89조제1항제3호 각 목 외의 부분에서 "가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는

고가주택"이란 주택 및 이에 딸린 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액{1주택 및 이

에 딸린 토지의 일부를 양도하거나 일부가 타인 소유인 경우에는 실지거래가액 합계액에

양도하는 부분(타인 소유부분을 포함한다)의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나

누어 계산한 금액을 말한다}이 9억원을 초과하는 것을 말한다.

제159조의3(장기보유특별공제)

법 제95조제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도

일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2 및

그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다.

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제160조(고가주택에 대한 양도차익등의 계산)

① 법 제95조제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음

각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. (후문 생략)

1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익

 

2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액

 

제166조(양도차익의 산정 등)

② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하

는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에

따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음

각 호의 산식에 따라 계산한다.

1. 청산금을 납부한 경우

 

⑤ 법 제95조에 따른 양도소득금액을 계산하기 위하여 제1항 및 제2항제1호에 따른 양도차익에

서 법 제95조제2항에 따른 장기보유특별공제액을 공제하는 경우 그 보유기간은 다음 각 호에

따른다.

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2. 제2항제1호에 따른 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간

가. 청산금납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 관리처분계

획인가일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

나. 기존건물분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과

그 부수토지의 취득일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

■ 구 소득세법 시행령(2003. 6. 30. 대통령령 제18044호로 개정되기 전의 것)

제155조 (1세대1주택의 특례)

⑯ 도시재개발법에 의한 재개발조합 또는 주택건설촉진법에 의한 재건축조합의 조합원(도시재

개발법 제34조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택건설촉진법 제33조의 규정

에 의한 사업계획의 승인일, 그 전에 기존주택이 철거되는 경우에는 기존주택의 철거일 현

재 제154조제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한한다)이 당해 조합을 통

하여 취득한 입주자로 선정된 지위(이에 부수되는 토지를 포함한다)를 양도하는 경우 양도

일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 법 제94조제1항제2호 가목의 규정에 불구하고 이를

제154조제1항의 규정에 의한 1세대1주택으로 본다.

■ 구 소득세법 시행령(2003. 6. 30. 대통령령 제18044호로 개정되어 2005. 5. 31. 대통령령

제18850호로 개정되기 전의 것)

제155조 (1세대1주택의 특례)

⑯ 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비

사업조합의 조합원(주택재개발사업의 경우 동법 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인

가일, 주택재건축사업의 경우 동법 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일이나 그 전에 기

존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일 현재 제154조제1항의 규정에 해당하는 기존

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주택을 소유하는 자에 한한다)이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(이에 부

수되는 토지를 포함한다)를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 법 제

94조제1항제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조제1항의 규정에 의한 1세대1주택으

로 본다.

■ 구 소득세법 시행령(2005. 5. 31. 대통령령 제18850호로 개정된 것)

제155조 (1세대1주택의 특례)

⑯ 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비

사업조합의 조합원(동법 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 그 전에 기존

주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일 현재 제154조제1항의 규정에 해당하는 기존주

택을 소유하는 자에 한한다)이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(이에 부수

되는 토지를 포함한다)를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 법 제94

조제1항제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조제1항의 규정에 의한 1세대1주택으로

본다.

부 칙 <대통령령 제18044호, 2003. 6. 30.>

제1조 (시행일)

이 영은 2003년 7월 1일부터 시행한다.

부 칙 <대통령령 제18850호, 2005. 5. 31.>

①(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.

②(일반적 적용례) 이 영은 이 영 시행후 양도하는 분부터 적용한다.

④(주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대1주택 특례적용 및 양도차익의 산정에 관한 경과조

치) 이 영 시행전에 「도시 및 주거환경정비법」에 의하여 사업시행인가를 받은 주택재건축사

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업의 조합원에 대한 1세대1주택 특례적용 및 양도차익의 산정에 관하여는 제155조 및 제166

조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다. 끝.