[행정 판결문] 서울행정법원 2023구합70374 - 국민건강보험료부과처분취소

 

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서 울 행 정 법 원

제 5 부

판 결

사 건 2023구합70374 국민건강보험료부과처분취소

원 고 주식회사 A

피 고 국민건강보험공단

변 론 종 결 2024. 2. 22.

판 결 선 고 2024. 5. 2.

주 문

1. 피고가 원고에게 한 별지 목록 기재 각 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 소프트웨어 개발ㆍ자문ㆍ판매 및 수출입업 등을 영위하는 사업자로서, 벤

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처기업육성에 관한 특별조치법 제16조의3에 따라 임직원에게 주식매수선택권을 부여할

수 있는 벤처기업이다.

나. 원고는 정기주주총회결의를 통하여 임원 또는 종업원(이하 ‘임직원’이라 한다)들

에게 주식매수선택권을 부여하고 중소벤처기업부장관에게 그 내용을 신고하였다. 그리

고 위 임직원 중 14명은 2022. 5. 26. 위 주식매수선택권을 일부 행사하여 최소 2,400

만 원부터 최대 8,000만 원까지의 이익(이하 ‘주식매수선택권 행사이익’이라 한다)을 얻

었다. 그 구체적인 내역은 아래 [표] 기재와 같다.

[표 비실명화로 생략]

다. 피고는 위 임직원들의 주식매수선택권 행사이익을 모두 포함하여 직장가입자의

보수를 계산한 후, 그 납부의무자인 원고에게 2023년 4월분 내지 2024년 1월분 각 국

민건강보험료 및 장기요양보험료를 부과하였다.

라. 위 각 부과처분 중 별지 목록 기재 초과 부분은 위 주식매수선택권 행사이익 중

임직원별로 연간 5,000만 원 이내의 금액을 모두 보수에 포함하면서 보험료가 늘어나

게 된 부분이다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 관계 법령은 별지 기재와 같다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 당사자 주장의 요지

1) 원고

주식매수선택권 행사이익 중 연간 5,000만 원 이내의 금액은 소득세법상 비과세

근로소득으로서 보험료 산정의 기초가 되는 보수에서 제외되어야 한다. 이와 달리, 피

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고는 주식매수선택권 행사이익을 모두 포함하여 임직원의 보수 및 보험료를 계산하였으

므로, 이 사건 처분은 위법하다.

2) 피고

원고가 주장하는 금액은 조세특례제한법에 따라 소득세가 과세되지 아니하는 것

일뿐, 국민건강보험법 시행령 제33조에서 명시한 「소득세법」에 따른 비과세근로소득

은 아니다. 따라서 국민건강보험법령의 문언 그대로 주식매수선택권 행사이익은 그 전

부가 보험료 산정의 기초가 되는 보수에 포함되어야 한다.

나. 관계 규정의 내용

국민건강보험법 제69조 제4항 제1호는 직장가입자의 월별 보험료액은 일정한 방

식으로 산정한 보수월액에 보험료율을 곱하여 얻은 금액, 즉 보수월액보험료 등에 따

라 산정한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 제70조 제1항, 제3항은 위 보수월액은 직

장가입자가 지급받은 보수를 기준으로 하여 산정하며, 위 보수는 근로자 등이 근로를

제공하고 사용자 등으로부터 지급받는 금품(실비변상적인 성격을 갖는 금품은 제외한

다)으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제33

조 제1항은 위 보수를 다음과 같은 정의하고 있다.

① 법 제70조 제3항 전단에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 근로의 대가로 받은 봉급,
급료, 보수, 세비(歲費), 임금, 상여, 수당, 그 밖에 이와 유사한 성질의 금품으로서 다
음 각 호의 것을 제외한 것을 말한다.

1. 퇴직금
2. 현상금, 번역료 및 원고료
3. 「소득세법」에 따른 비과세근로소득. 다만, 「소득세법」 제12조 제3호 차목ㆍ파목 및

거목에 따라 비과세되는 소득은 제외한다.

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한편, 조세특례제한법(2022. 12. 31. 법률 제19199호로 개정되기 전의 것, 이하 같

다) 제16조의2 제1항은 벤처기업의 임원 또는 종업원이 해당 벤처기업으로부터 2024.

12. 31. 이전에 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제16조의3에 따라 부여받은 주식매수

선택권 등을 행사함으로써 얻은 이익 중 연간 5,000만 원 이내의 금액에 대해서는 소

득세를 과세하지 아니한다고 규정하고 있다.

다. 판단

주식매수선택권 행사이익은 국민건강보험법 시행령 제33조 제1항에서 정한 근로의

대가로 받은 봉급, 급료, 상여, 수당 그 밖에 이와 유사한 성질의 금품, 즉 보수에 해당

한다. 소득세법 제20조 제1항, 제3항 및 그 시행령 제38조 제1항 제17호 또한 주식매

수선택권 행사이익을 과세대상 근로소득으로 열거하고 있다(소득세법 제20조 제1항,

제3항 및 그 시행령 제38조 제1항 제17호). 그러나 한편으로 조세특례제한법이 주식매

수선택권 행사이익 중 연간 5,000만 원 이내의 금액을 비과세 근로소득으로 규정하고

있음은 앞서 본 바와 같고, 소득세법 제14조 제3항 제1호는 소득세법 제12조(비과세소

득)뿐만 아니라 조세특례제한법에 따라 과세되지 아니하는 소득의 금액도 종합소득과세표

준을 계산할 때 합산하지 않도록 정하고 있다.

이러한 관계 규정의 내용 및 형식을 종합하면, 국민건강보험료 등 산정의 기초가

되는 보수에서 제외하여야 할 ‘소득세법에 따른 비과세 근로소득’에는 조세특례제한법

에 따른 비과세 근로소득도 포함된다고 봄이 타당하다. 조세특례제한법은 소득세 등

조세의 특례와 이의 제한에 관한 사항을 규정한 법률로서 소득세법의 특별법이라 볼

수 있고, 소득세법은 제14조 제3항 제1호에서 조세특례제한법에 따른 비과세 근로소득

의 금액을 소득세법의 비과세 소득금액으로 포섭하는 규정도 두고 있기 때문이다. 나

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아가 만일 피고 주장대로 국민건강보험법 시행령 제33조 제1항 제3호 본문이 소득세

법에 따른 비과세 근로소득에서 조세특례제한법상 비과세 근로소득을 배제할 의도였다

면, 일반적인 법령의 체계상 그 단서보다는 본문에서 우선하여 소득세법의 구체적인

비과세 근로소득 규정(예, 소득세법 제12조 제3호에 따른 비과세근로소득)을 명시하여

한정하였을 것이다.

결국, 이 사건 처분은 국민건강보험법령의 해석상 보수에서 제외되어야 할 주식매

수선택권 행사이익까지 포함하여 보험료를 산정한 위법이 있으므로 취소되어야 한다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

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별지

목 록

1. 피고가 2023. 4. 18. 원고에 대하여 한 53,682,740원의 국민건강보험료 부과처분 중

49,614,560원을 초과하는 부분 및 6,833,180원의 장기요양보험료 부과처분 중

6,334,014원을 초과하는 부분.

2. 피고가 2023. 5. 22. 원고에 대하여 한 57,937,240원의 국민건강보험료 부과처분 중

53,869,060원을 초과하는 부분 및 7,327,240원의 장기요양보험료 부과처분 중

6,828,074원을 초과하는 부분.

3. 피고가 2023. 6. 16. 원고에 대하여 한 47,807,500원의 국민건강보험료 부과처분 중

43,739,320원을 초과하는 부분 및 6,067,460원의 장기요양보험료 부과처분 중

5,568,294원을 초과하는 부분.

4. 피고가 2023. 7. 18. 원고에 대하여 한 51,988,760원의 국민건강보험료 부과 처분

중 47,920,580원을 초과하는 부분 및 6,597,920원의 장기요양보험료 부과처분 중

6,098,754원을 초과하는 부분.

5. 피고가 2023. 8. 22. 원고에 대하여 한 36,600,740원의 국민건강보험료 부과처분 중

32,532,560원을 초과하는 부분 및 4,635,560원의 장기요양보험료 부과처분 중

4,136,394원을 초과하는 부분.

6. 피고가 2023. 9. 20. 원고에 대하여 한 44,763,340원의 국민건강보험료 부과처분 중

40,695,160원을 초과하는 부분 및 5,680,500원의 장기요양보험료 부과처분 중

5,181,334원을 초과하는 부분.

7. 피고가 2023. 10. 17. 원고에 대하여 한 43,655,760원의 국민건강보험료 부과처분

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중 39,587,580원을 초과하는 부분 및 5,539,240원의 장기요양보험료 부과처분 중

5,040,074원을 초과하는 부분.

8. 피고가 2023. 11. 20. 원고에 대하여 한 44,627,040원의 국민건강보험료 부과처분

중 40,558,860원을 초과하는 부분 및 5,657,220원의 장기요양보험료 부과처분 중

5,158,054원을 초과하는 부분.

9. 피고가 2023. 12. 18. 원고에 대하여 한 42,816,580원의 국민건강보험료 부과처분

중 38,748,400원을 초과하는 부분 및 5,437,720원의 장기요양보험료 부과처분 중

4,938,554원을 초과하는 부분.

10. 피고가 2024. 1. 19. 원고에 대하여 한 38,365,620원의 국민건강보험료 부과처분

중 34,297,440원을 초과하는 부분 및 4,927,520원의 장기요양보험료 부과처분 중

4,428,354원을 초과하는 부분. 끝.

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관계 법령

■ 국민건강보험법
제69조(보험료)
① 공단은 건강보험사업에 드는 비용에 충당하기 위하여 제77조에 따른 보험료의 납부의무자

로부터 보험료를 징수한다.
④ 직장가입자의 월별 보험료액은 다음 각 호에 따라 산정한 금액으로 한다.
1. 보수월액보험료: 제70조에 따라 산정한 보수월액에 제73조제1항 또는 제2항에 따른 보험료

율을 곱하여 얻은 금액
2. 소득월액보험료: 제71조에 따라 산정한 소득월액에 제73조제1항 또는 제2항에 따른 보험료

율을 곱하여 얻은 금액
제70조(보수월액)
① 제69조제4항제1호에 따른 직장가입자의 보수월액은 직장가입자가 지급받는 보수를 기준으

로 하여 산정한다.
③ 제1항에 따른 보수는 근로자등이 근로를 제공하고 사용자ㆍ국가 또는 지방자치단체로부터

지급받는 금품(실비변상적인 성격을 갖는 금품은 제외한다)으로서 대통령령으로 정하는 것
을 말한다. 이 경우 보수 관련 자료가 없거나 불명확한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유
에 해당하면 보건복지부장관이 정하여 고시하는 금액을 보수로 본다.

④ 제1항에 따른 보수월액의 산정 및 보수가 지급되지 아니하는 사용자의 보수월액의 산정 등
에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

■ 국민건강보험법 시행령
제33조(보수에 포함되는 금품 등)
① 법 제70조제3항 전단에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 근로의 대가로 받은 봉급, 급료,

보수, 세비(歲費), 임금, 상여, 수당, 그 밖에 이와 유사한 성질의 금품으로서 다음 각 호의
것을 제외한 것을 말한다.

1. 퇴직금
2. 현상금, 번역료 및 원고료
3. 「소득세법」에 따른 비과세근로소득. 다만, 「소득세법」 제12조제3호차목ㆍ파목 및 거목에

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따라 비과세되는 소득은 제외한다.

■ 조세특례제한법(2022. 12. 31. 법률 제19199호로 개정되기 전의 것)
제16조의2(벤처기업 주식매수선택권 행사이익 비과세 특례)
① 벤처기업 또는 대통령령으로 정하는 바에 따라 벤처기업이 인수한 기업의 임원 또는 종업

원(이하 이 조 및 제16조의3에서 “벤처기업 임원 등”이라 한다)이 해당 벤처기업으로부터
2024년 12월 31일 이전에 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의3에 따라 부여받은
주식매수선택권 및 「상법」 제340조의2 또는 제542조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권
(코넥스상장기업으로부터 부여받은 경우로 한정한다)을 행사(벤처기업 임원 등으로서 부여
받은 주식매수선택권을 퇴직 후 행사하는 경우를 포함한다)함으로써 얻은 이익(주식매수선
택권 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액을 말하며, 주식에는 신주인수권을 포함한
다. 이하 이 조부터 제16조의4까지 “벤처기업 주식매수선택권 행사이익”이라 한다) 중 연간
5천만원 이내의 금액에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다.

■ 소득세법
제12조(비과세소득)
다음 각 호의 소득에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다.
3. 근로소득과 퇴직소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득
가. 대통령령으로 정하는 복무 중인 병(兵)이 받는 급여
차. 외국정부(외국의 지방자치단체와 연방국가인 외국의 지방정부를 포함한다. 이하 같다) 또

는 대통령령으로 정하는 국제기관에서 근무하는 사람으로서 대통령령으로 정하는 사람이
받는 급여. 다만, 그 외국정부가 그 나라에서 근무하는 우리나라 공무원의 급여에 대하여
소득세를 과세하지 아니하는 경우만 해당한다.

파. 작전임무를 수행하기 위하여 외국에 주둔 중인 군인ㆍ군무원이 받는 급여
거. 국외 또는 「남북교류협력에 관한 법률」에 따른 북한지역에서 근로를 제공하고 받는 대

통령령으로 정하는 급여
제14조(과세표준의 계산)
③ 다음 각 호에 따른 소득의 금액은 종합소득과세표준을 계산할 때 합산하지 아니한다.
1. 「조세특례제한법」 또는 이 법 제12조에 따라 과세되지 아니하는 소득

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제20조(근로소득)
① 근로소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
1. 근로를 제공함으로써 받는 봉급ㆍ급료ㆍ보수ㆍ세비ㆍ임금ㆍ상여ㆍ수당과 이와 유사한 성질

의 급여
2. 법인의 주주총회ㆍ사원총회 또는 이에 준하는 의결기관의 결의에 따라 상여로 받는 소득
③ 근로소득의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

■ 소득세법 시행령
제38조(근로소득의 범위)
① 법 제20조에 따른 근로소득에는 다음 각 호의 소득이 포함되는 것으로 한다.
17. 법인의 임원 또는 종업원이 해당 법인 또는 해당 법인과 「법인세법 시행령」 제2조제5항

에 따른 특수관계에 있는 법인(이하 이 호에서 “해당 법인등”이라 한다)으로부터 부여받은
주식매수선택권을 해당 법인등에서 근무하는 기간 중 행사함으로써 얻은 이익(주식매수선
택권 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액을 말하며, 주식에는 신주인수권을 포함
한다)