[행정 판결문] 서울행정법원 2025구합53359 - 부가가치세경정거부처분취소

 

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서 울 행 정 법 원
제 4 부
판 결
사 건 2025구합53359 부가가치세경정거부처분취소
원 고 A
피 고 강서세무서장
변 론 종 결 2026. 2. 27.
판 결 선 고 2026. 4. 3.
주 문
1. 원고의 청구를 모두 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
청 구 취 지
피고가 2023. 10. 4. 원고에 대하여 한 2018년 제1기 부가가치세 4,631,955,890원, 
2018년 제2기 부가가치세 4,684,358,810원에 대한 경정청구 거부처분을 각 취소한다.
이 유
1. 처분의 경위
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가. 원고는 가전, 정보기기제품의 소매 및 도매 등을 목적으로 설립된 회사로, 계열
회사인 B 주식회사(이하 ‘주식회사’ 명칭은 모두 생략한다)가 생산하는 각종 가전제품
을 판매하는 사업을 영위하고 있는데, B는 2015. 9. 1. C, D와 업무제휴 협약을 맺었
고, 그 주요내용은 아래 표 기재와 같다.
업무제휴 협약서
B(갑)와 C(을), D(병)는 다음과 같이 업무제휴 협약을 체결한다.
제2조(용어의 정의)
1. ‘E’이란 갑의 제품을 판매하는 전문점 및 원고 매장의 판매사원에 의해 소개, 판매 권유
되는 을의 상조서비스 상품을 말한다.
2. ‘F’란 고객이 제품 또는 서비스를 구매하면서 그 구매금액의 전부 또는 일부에 대해 할
부서비스를 이용하여 정해진 상환기간 동안 그 이용금액과 이자를 균등하게 분할하여 
신용카드 대금 결제일에 카드 이용실적에 따라 적립되는 포인트(부족분은 현금)로 상환
해 나가는 프로세스를 말한다.
제3조(업무제휴)
가. 갑의 이행사항은 다음과 같다.
1. 갑은 본 업무제휴에 의한 할인 혜택과 거래조건을 전문점 및 원고 매장의 판매사원이 
제품 구매 고객에게 정확히 안내하도록 지원한다. 이를 위해 갑과 을은 부속합의서를 체
결하여 구체적인 업무내용을 특정할 수 있다.
나. 을의 이행사항은 다음과 같다.
1. 을은 고객과 상조서비스 계약 및 F 포인트 구매계약을 체결하고 상조서비스 계약에 따
른 의전과 서비스를 제공하여야 하며, 고객이 F 포인트 구매를 통해 병의 포인트를 적립
하도록 하여야 한다.
3. 을은 갑을 통해 인입되어 ‘E’에 가입한 고객에게 상조부금 및 F 포인트 구매대금을 1회
부터 36회차 납입 시까지 갑과 병이 제휴하여 발급된 신용카드로 결제하도록 하여야 한
다.
다. 병의 이행사항은 다음과 같다.
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나. B와 C, D는 2017. 5. 12. 추가 합의서를 작성하여 위 업무제휴 협약을 일부 수
정하였는데(이하 수정된 부분을 포함하여 ‘이 사건 협약’이라 한다), 그중 이 사건과 관
련한 부분은 아래 표 기재와 같다.
1. 병은 고객에게 병의 콜센터를 통해 갑과 제휴된 신용카드를 발급하고, 가전제품 구매 대
금 중 **만 원(36개월 상환, 이자 *.*%)을 ‘F’로 약정한 후 제나항 제3호에 따라 ‘E’ 가
입 고객이 결제한 경우 ‘F’상환 포인트를 [표1]과 같이 해당 고객에게 월 1회 적립하고 
해당 적립비용은 을에게 지급할 가맹점대금에서 공제한다.
[표1] 회차별 포인트 적립표
제6조(협약 해지 시 업무제휴의 효력)
갑과 을, 병은 본 협약이 해지 또는 종료된 경우에도 ‘E’ 기가입 고객에 대한 할인 혜택이 
정상적으로 적용될 수 있도록 해야 하며, 그 범위 내에서 본 협약은 여전히 유효한 것으로 
본다.
1회차 ~ 4회차 **,*** 포인트
5회차 ~ 36회차 **,*** 포인트
추가 합의서
제2조(내용)
가. 갑과 을, 병은 업무제휴의 활성화를 위해 2017년 5월 12일부터 아래 [표1]과 같이 상조
상품을 추가하여 상조 가입 정책을 변경하며, 갑과 을, 병의 합의로 2016년 8월 1일부
터 기적용한 상조 가입 정책 및 고객 혜택 제공 프로세스 변경 내용은 [표2]와 같다.
[표1] 2017. 5. 12. 변경사항
구분 2017. 5. 12. 이전 2017. 5. 12. 이후
상조가입 1인 2구좌 1인 1구좌
상조상품 E ***(Ⅱ)
E ***(Ⅱ)
E ***
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[표2] 2016. 8. 1. 변경사항
다. 을은 갑을 통해 인입되어 ‘E’에 가입한 고객에게 상조부금 및 포인트 구매대금을 1회차
부터 36회 납입 시까지 갑과 병이 제휴하여 병이 발행한 개인 신용카드로 결제하도록 
하여야 하며, 이를 통해 이 사건 포인트를 위 [표1]과 같이 적립하도록 하여야 한다.
라. 병은 고객이 갑의 매장에서 **만 원 또는 ***만 원(2016. 8. 1.부터 2017. 5. 11.까지
는 ***만 원도 포함) 36개월 할부로 결제하고 본조 제다항에 따라 ‘E’에 가입 후 해당 
프로세스
할부
(**만 원/140 만 원, 36개월 
상환, 1회차 ~ 3회차 유이자)
할부
(**만 원/120만 원, 36개월 
상환, 1회차~3회차 유이자)
포인트명
E 포인트(이하 ‘이 사건 
포인트’라 한다)
(좌동)
회차별 포인트 적립
1회차~3회차: **,***p
4회차~36회차: **,***p
·E ***9(Ⅱ)
- 1회차~3회차: **,***p
- 4회차~36회차: **,***p
·E ***
- 1회차~3회차: **,***p
- 4회차~36회차: **,***p
구분 2016. 8. 1. 이전 2016. 8. 1. 이후
상조가입 1인 1구좌 1인 2구좌
상조상품 E *** E ***(Ⅱ)
프로세스
F(**만 원, 36개월 상환, 이자 
년 *.*%)
할부
(**만 원/***만 원, 36개월 
상환, 1회차~3회차 유이자)
포인트명 F 상환 포인트 이 사건 포인트
회차별 포인트 적립
1회차~4회차: **,***p
5회차~36회차: **,***p
1회차~3회차: **,***p
4회차~36회차:**,***p
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다. 따라서 원고로부터 B의 가전제품을 구입하면서 이 사건 협약에 따른 E(이하 ‘이 
사건 상조서비스’라 한다)에 가입하는 고객들(이하 ‘고객들’이라고만 한다)은 가전제품 
구매계약, 이 사건 상조서비스 가입계약 및 이 사건 포인트 할부매매계약을 체결하게 
된다. 고객들은 원고에게 가전제품 금액을, C에게 상조 월 납입금과 결합/구매 납입금
을 각 납부하여야 하는데, 그중 결합/구매 납입금은 이 사건 포인트 할부매매계약을 통
해 구입한 이 사건 포인트로 납부되고, 그와 동일한 금액(이하 ‘이 사건 지원금’이라 한
다)이 다시 고객들의 D 결제계좌로 환급된다.
라. 원고는 고객들에게 B의 가전제품을 판매하면서 이 사건 지원금과 관계없이 가전
제품의 공급가액 전체를 부가가치세 과세표준으로 하여 2018년 제1기 및 제2기 부가
가치세를 신고·납부하였다.
마. 원고는 2023. 7. 24. 이 사건 지원금이 구 부가가치세법(2018. 12. 31. 법률 제
16101호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조 제5항 제1호에서 규정하고 있는 에누
리액에 해당하므로 과세표준에서 공제되어야 한다는 이유로 아래와 같이 부가가치세 
경정청구를 하였다1). 그러나 피고는 2023. 10. 4. 이 사건 지원금이 에누리액에 해당하
지 않는다는 이유로 위 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
1) 한편 원고는 위 경정청구 시 이 사건 지원금 외에도 별도의 캐시백 금액 상당이 에누리액에 해당하여 과세표준에서 공제해야 
한다고 주장하였는데, 피고는 원고의 캐시백 금액에 관한 위 주장만 받아들여 2023. 10. 4. 위 부분에 관한 경정청구를 인용
하고 이에 따른 부가가치세 환급결정을 하였다.
상조부금 및 포인트 구매 대금을 갑과 병이 제휴하여 병이 발행한 개인 신용카드로 결
제한 경우 위 [표1]과 같이 해당 고객에게 이 사건 포인트를 적립하고, 해당 적립 비용
은 을에게 지급할 가맹점대금에서 공제한다.
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바. 원고는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2024. 
12. 12. 이를 기각하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증, 을 제1호증의 각 기재 및 변론 전체의 
취지
2. 원고 주장의 요지
고객들은 원고로부터 B의 가전제품을 구매하면서 실질적으로 이 사건 지원금 상당
이 가전제품에서 할인되는 것으로 인식하였으므로 원고와 고객들 사이에는 고객들이 
원고에게 납부하여야 하는 가전제품 구매대금에 관하여 이 사건 지원금 상당액의 할인 
혜택을 받기로 약정한 것으로 보아야 한다. 또한 에누리는 그 발생시기가 재화나 용역
의 공급시기 전으로 한정되지 않고, 제3자가 그 할인액을 전액 부담하더라도 관계없으
며, 거래에 관한 여러 개의 계약관계가 존재할 경우 이러한 계약관계가 유기적으로 연
동되어있는지 여부를 기준으로 에누리 해당 여부를 판단하여야 하고, 이 사건 지원금
을 에누리액으로 보지 않을 경우 초과과세가 발생하여 최종소비 과세원칙에 위반된다. 
따라서 이 사건 지원금은 에누리액에 해당하므로 부가가치세 과세표준에서 공제되어야 
한다.
3. 관계 법령
별지 기재와 같다.
4. 이 사건 처분의 적법 여부
귀속 공급가액 부가가치세
2018년 1기 46,319,587,865원 4,631,955,890원
2018년 2기 46,843,614,049원 4,684,358,810원
합계 93,163,201,914원 9,316,314,700원
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가. 관련 법리
구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것) 제13조는 제
1항 본문 제1호에서 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준에 관하여 
‘금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가’라고 규정하고, 제2항 제1호에서 부가가치세의 과
세표준에 포함하지 아니하는 금액으로 ‘에누리액’을 드는 한편, 제3항에서는 장려금과 
이와 유사한 금액 등을 부가가치세의 과세표준에서 공제하지 아니하도록 규정하고 있
다. 구 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 전부 개정되기 전의 
것) 제52조 제2항은 “법 제13조 제2항 제1호에 규정하는 에누리액은 재화 또는 용역의 
공급에 있어서 그 품질·수량 및 인도·공급대가의 결제 기타 공급조건에 따라 그 재화 
또는 용역의 공급 당시의 통상의 공급가액에서 일정액을 직접 공제하는 금액으로 한
다.”라고 규정하고 있다.
위 각 규정의 내용과 입법 취지 및 부가가치세는 재화 또는 용역의 공급이라는 거래 
그 자체를 과세대상으로 하여 개별 공급거래를 단위로 거래징수되는 점 등을 종합하여 
보면, 어떠한 금액이 부가가치세의 과세표준에 포함되지 않는 에누리액에 해당하기 위
해서는 사업자가 공급한 재화 또는 용역의 공급가액에서 직접 공제된 금액이어야 한
다. 사업자가 거래상대방에게 일정한 이익을 제공하는 등으로 해당 재화 또는 용역의 
공급가액이 그 상당액만큼 감액되었을 때와 동일한 경제적 효과가 발생하더라도, 그 
이익이 별개의 재화 또는 용역의 공급거래에 대하여 제공되는 등의 이유로 해당 재화 
또는 용역의 공급가액에서 그 상당액이 직접 공제되었다고 평가할 수 없다면, 이를 해
당 재화 또는 용역의 공급가액에 대한 에누리액에 해당한다고 볼 수 없다(대법원 
2022. 8. 31. 선고 2017두53170 판결 등 참조).
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나. 구체적 판단
위 법리를 기초로 하여 이 사건에 관하여 보건대, 이 사건 지원금은 원고가 고객들
에게 가전제품을 공급함에 있어서 일정한 조건에 따라 공급가액에서 직접 공제되는 금
액으로 볼 수 없으므로 구 부가가치세법에서 정한 에누리액에 해당한다고 할 수 없다. 
따라서 이 사건 지원금을 부가가치세 과세표준에서 공제하지 않는 것이 타당하므로 이 
사건 처분에 원고가 주장하는 바와 같은 위법이 있다고 할 수 없다. 
1) 고객들이 원고로부터 가전제품을 구매하는 거래와 C에서 제공하는 이 사건 상조
서비스에 가입하는 거래는 그 계약의 주체와 대상 등이 엄연히 구분되는 별개의 거래
이다. 즉 고객들이 원고로부터 가전제품을 구매하면서 C가 제공하는 이 사건 상조서비
스에 가입하고, 동시에 C로부터 이 사건 포인트 할부매매계약까지 체결하는데 이와 같
은 각 계약이 같은 날, 같은 장소에서 이뤄진다 하더라도 이는 별개이다.
2) 원고는 2025. 4. 23. 자 준비서면에서 고객들이 이 사건 지원금 상당액을 돌려받
는 방식과 관련하여 아래와 같은 사례를 제시하였고 이를 이 사건 협약의 내용에 따라 
도식화하면 아래 표 기재와 같은데, 위와 같은 방식에 따른 거래 명목 및 순서 등을 종
합하여 보면, 이 사건 지원금은 원고가 고객들에게 가전제품의 공급가액을 감액해준 것
보다는 오히려 C가 고객들에게 이 사건 상조서비스와 관련하여 결합/구매납입금 상당액
을 감액해준 것에 가깝다. 더구나 고객이 이 사건 지원금을 돌려받는 대신 D는 이 사건 
협약에 따라 C에게 지급할 가맹점대금에서 이 사건 지원금 상당액을 공제하므로 결국 
이 사전 지원금의 종국적인 부담은 C에게 귀속된다.
(E을 선택한 고객의 실제 캐시백 사례 그림 생략)
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3) 원고의 주장과 같이 원고가 고객들로부터 가전제품 구매대금을 모두 지급받은 
후, 그중 일정액을 반환해주는 방법에 의해서도 에누리액이 발생할 수 있고, 할인액의 
종국적인 부담이 제3자에게 귀속되었다고 하더라도 할인액의 성격이 달라진다고 볼 수 
없는 것은 사실이다. 그러나 앞서 본 법리에 의하면, 어떠한 금액이 부가가치세의 과세
표준에 포함되지 않는 에누리액에 해당하기 위해서는 사업자가 공급한 재화 또는 용역
의 공급가액에서 직접 공제된 금액이어야 한다. 즉, 최종소비자의 입장에서 당해 재화 
또는 용역의 공급과 관련한 전체적인 거래과정에서 결과적으로 일정 금액의 경제적 이
익이 발생하였다고 해서 그 금액이 모두 에누리액이 되는 것은 아니고, 당해 재화 또
는 용역의 공급 그 자체와 직접적으로 연계된 경제적 이익만이 에누리액에 해당될 수 
있는 것이다. 그런데 이 사건과 같이 가전제품의 대금 자체를 감액하는 것이 아닌 이 
사건 상조서비스 가입 및 이 사건 포인트 할부매매계약에 따라 납입금 중 일부 금액을 
환급받는 것까지 가전제품 공급가액에서 ‘직접’ 공제하는 에누리액으로 볼 수는 없다.
4) 고객들로서는 이 사건 지원금 상당의 금액을 환급받더라도 가전제품 구매대금은 
할부기간인 48개월에 걸쳐 모두 지불하여야만 한다. 또한 이 사건 지원금의 범위가 가
전제품의 종류나 수량 등 공급조건에 따라 달라지는 것으로 보이지 않고, 오히려 고객
2) 가전제품 가격에서 위 일부 금액을 제외한 나머지 금액은 이 사건 지원금과 별도로 고객들이 현금, 신용카드 등으로 결제하
게 되므로 이 부분은 이 사건 지원금의 에누리액 해당 여부를 판단하는 것과 무관하다.
고객들은 원고와의 가전제
품 구매과정에서 일부 금액
(100만 원)을 할부로 결제
하고2), 이는 48개월간 가
전제품 구매대금 명목으로 
고객들의 계좌에서 인출됨
→
이 사건 상조서비스 가입계약 
및 이 사건 포인트 할부매매
계약에 따른 ‘상조 월 납입금
(39,067원)’과 ‘결합/구매 납
입금(20,833원)’이 일괄하여 
고객들의 계좌에서 인출됨
→
앞선 단계에서 고객들의 
계좌에서 일괄하여 인출
된 납입금 중 ‘결합/구
매 납입금’ 상당액
(20,833원)이 고객들의 
계좌로 환급됨
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이 가입한 이 사건 상조서비스의 종류나 구좌 수를 기준으로 정해지며, 고객들이 최종
적으로 환급받는 금액은 가전제품구매계약서에 기재된 할인금액이 아닌 이 사건 상조
서비스에 따른 결합/구매납입금 상당액과 정확히 일치한다3).
5) 이 사건 지원금은 기본적으로 원고가 가전제품 가격 자체를 직접 인하하지 않은 
채 오히려 C가 상조서비스 신규 가입의 장벽을 낮춤으로서 가입자 수를 늘리기 위한 
목적으로 설계된 것으로 보이고, 그러한 지급 목적을 보면 오히려 C의 판매장려금과 
유사하다고 볼 수 있다. 이처럼 원고는 가전제품 자체를 직접 할인하는 간명한 방법 
대신에 고객들이 이 사건 상조서비스 가입과 동시에 구매한 이 사건 포인트 상당액을 
돌려받게 하는 방법을 선택하였다. 이러한 방식은 가전제품의 할부대금에서 일정액이 
즉시 할인되는 것과 분명히 구별되며 고객에게도 경제적 의미가 동일하다고 볼 수 없
다. 따라서 가전제품 거래 당사자인 원고와 고객들 사이에 이 사건 지원금 상당을 가
전제품 공급가액에서 감액하여 결제하기로 하는 내용의 약정이 존재하였다고 단정할 
수 없다. 
6) 부가가치세는 부가가치 창출을 위한 ‘재화 또는 용역의 공급’이라는 거래 그 자
체를 과세대상으로 하는 소비세로서 개별 거래를 단위로 하여 거래징수되므로 원고가 
공급하는 가전제품 공급거래와 C가 공급하는 상조서비스 공급거래를 별개로 판단함이 
타당하다. 따라서 앞서 본 바와 같이 가전제품 공급거래에 있어서 최종소비자인 고객
들은 이 사건 지원금이 ‘직접 공제’되었다고 볼 수 없는 가전제품 금액 전체에 대하여 
부가가치세를 부담하였으므로 이는 최종소비 과세원칙에 반하지 않는다.
7) 전단계세액공제방식을 채택하고 있는 우리나라 부가가치세법은 그 자체로 사업
3) 앞서 원고의 준비서면에서 제시된 사례를 보면, 고객들이 돌려받는 금액은 가전제품 일부 가격의 할부금액인 20,800원이 아
니라 갑 제7호증에 기재된 결합/구매납입금 상당액인 20,833원이고, 그 합계를 보더라도 가전제품 일부 가격의 할부원금(100
만 원)이 아니라, 결합/구매납입금 총액(1,051,000원)과 일치한다.
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자가 납부하는 부가가치세 합계가 최종소비자가 부담하는 부가가치세를 초과할 수 없
도록 설계되어 있다. 따라서 이 사건에서 이 사건 지원금 상당액을 최종적으로 부담한 
C에 대한 관계에서 이 사건 상조서비스 제공에 관한 부가가치세액이 정해지고 그에 
따라 최종소비자에게 전가되는 부가가치세액이 정해지는 방식으로 준수되며, 이를 이 
사건 지원금에 대하여 원고의 가전제품 거래에 대한 에누리액으로 봄으로써 달성하여
야 하는 것은 아니다. 
5. 결론
원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
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[별지]
관계 법령
■ 구 부가가치세법(2018. 12. 31. 법률 제16101호로 개정되기 전의 것)
제29조(과세표준)
① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 
공급가액을 합한 금액으로 한다.
③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이
든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가
가치세는 포함하지 아니한다. 
1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가. 다만, 그 대가를 외국통화나 그 밖의 외국환으로 받은 경우에
는 대통령령으로 정한 바에 따라 환산한 가액
2. 금전 외의 대가를 받는 경우: 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가
3. 폐업하는 경우: 폐업 시 남아 있는 재화의 시가
4. 제10조제1항ㆍ제2항ㆍ제4항ㆍ제5항 및 제12조제1항에 따라 재화 또는 용역을 공급한 것으로 보는 
경우: 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가
5. 제10조제3항에 따라 재화를 공급하는 것으로 보는 경우: 해당 재화의 취득가액 등을 기준으로 대통
령령으로 정하는 가액
6. 외상거래, 할부거래, 대통령령으로 정하는 마일리지 등으로 대금의 전부 또는 일부를 결제하는 거래 
등 그 밖의 방법으로 재화 또는 용역을 공급하는 경우: 공급 형태 등을 고려하여 대통령령으로 정하
는 가액
⑤ 다음 각 호의 금액은 공급가액에 포함하지 아니한다.
1. 재화나 용역을 공급할 때 그 품질이나 수량, 인도조건 또는 공급대가의 결제방법이나 그 밖의 공급
조건에 따라 통상의 대가에서 일정액을 직접 깎아 주는 금액
⑥ 사업자가 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 지급하는 장려금이나 이와 유사한 금액 및 제45조제1
항에 따른 대손금액(대손금액)은 과세표준에서 공제하지 아니한다.
끝.