[행정 판결문] 서울행정법원 2023구합75621 - 법인세경정거부처분취소

 

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서 울 행 정 법 원
제 6 부
판 결
사 건 2023구합75621 법인세경정거부처분취소
원 고 A
피 고 용산세무서장
변 론 종 결 2025. 7. 11.
판 결 선 고 2025. 9. 19.
주 문
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
청 구 취 지
피고가 2021. 8. 20. 원고에게 한 2017 사업연도 귀속 법인세 9,399,126,017원의 경정
청구 거부처분을 취소한다.
이 유
1. 처분의 경위
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가. 원고는 2006. 12. 28. B구역 도시환경정비사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 위
해 도시 및 주거환경정비법에 따라 설립된 법인으로 이 사건 사업에 관해 2017. 5. 31.
경 준공인가를 받고, 2018. 7. 13. 아래와 같은 내용의 이전고시를 하였다.
나. 원고는 구 조세특례제한법(2017. 2. 8. 법률 제14567호로 개정되기 전의 것) 제
104조의7 제2항, 제5항, 구 조세특례제한법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29527호로 
개정되기 전의 것) 제104조의4 등에 따라 비영리내국법인으로 간주되어 이 사건 사업 
중 조합원분양 부분을 비수익사업으로, 일반분양 부분을 수익사업으로 영위하였다.
다. 원고는 2018. 3. 31. 2017 사업연도분 법인세 9,399,126,017원(중간예납세액 등 포
함)을 신고납부하면서, 조합원분양분 수입을 3,211억 원, 일반분양분 수입을 7,369억 원
(미분양분 업무시설 내지 판매시설 18개호에 관한 것 제외)으로 보고 원고 분류에 따른 
공통손금(이하 ‘이 사건 공통손금’이라 한다)을 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 본문 제
2호에 따라 위와 같은 분양수입 비율(이하 그 안분방식을 ‘분양가액비율 방식’이라 하고, 
위 각 수입 값에 따른 구체적 분양가액비율을 ‘이 사건 분양가액비율’이라 한다)로 비수
익사업(조합원분양)에 관한 것과 수익사업(일반분양)에 관한 것으로 안분계산하였다.
라. 원고는 2021. 3. 29.경 대법원 2008두17479 판결 등을 근거로 ‘조합원분양분 분양
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면적과 일반분양분 분양면적(미분양분 분양면적 포함)의 비율에 의하여 이 사건 공통
손금이 안분계산되어야 한다’며, 조합원분양분 분양면적을 53,936㎡, 일반분양분 분양
면적을 151,940㎡(이하 그 안분방식을 ‘분양면적비율 방식’이라 하고, 위 각 면적 값에 
따른 구체적 분양면적비율을 ‘이 사건 분양면적비율’이라 한다)로 주장하면서 2017 사
업연도분 법인세 9,399,126,017원 전액의 환급을 구하는 취지의 경정청구를 하였다.
마. 피고는 2021. 8. 20. 위와 같은 경정을 거부(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 8 내지 13호증, 을 제2, 8호증의 각 기재(가지
번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지
2. 관계 법령
별지 기재와 같다.
3. 이 사건 처분의 위법 여부
가. 원고의 주장 요지
2017 사업연도말 미분양된 업무시설 등이 있었던 점, 미분양 해소를 위해 판매촉진
비 등이 지출되기도 한 점, 대법원 2008두17479 판결 등이 공통손금을 일률적으로 재
건축아파트의 분양가액에 비례하여 안분계산하는 것은 합리적이지 않다고 하면서 분양
면적을 기준으로 정비사업에서 발생하는 공통손금을 안분계산한 것이 위법하지 않다고 
판단한 점 등에 비추어 보면 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 단서에 따라 이 사건 분
양가액비율이 아닌 이 사건 분양면적비율로 이 사건 공통손금을 안분계산하여야 한다.
나. 판단
1) 법인세법 제113조 제1항은 ‘비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산·부채 및 
손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 
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다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다’고 규정하고 있다. 법인세법 시행규칙 제76조 
제6항은 본문 제2호에서 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 업종이 동
일한 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통손금은 수익사업과 기
타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산하도록 규정하면서, 다만 그 
단서에서 개별손금이 없는 경우나 기타의 사유로 위와 같은 계산방법을 적용할 수 없
거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하
는 작업시간·사용시간·사용면적 등의 기준에 의하여 안분계산하도록 규정하고 있다.
한편 구 국세기본법(2022. 12. 31. 법률 제19189호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 
제6항의 위임에 따른 국세기본법 시행령 제25조의3 제1항은 ‘경정의 청구를 하려는 자
는 경정의 청구를 하는 이유, 그 밖에 필요한 사항 등을 적은 경정 청구서를 제출해야 
한다’고 규정하고, 국세기본법 시행규칙 제12조의2는 시행령 제25조의3에 따른 경정 
청구서에는 ‘최초의 과세표준 및 세액신고서 사본과 경정청구 사유를 객관적으로 증명
할 수 있는 서류를 첨부하여 하여야 한다’고 규정하고 있다. 여기에 법인세법 시행규칙 
제76조 제6항 단서가 본문에 대한 예외규정에 해당하는 점 등까지 고려하여 보면, 원
고가 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 본문 제2호를 적용하여 법인세를 신고납부하였
다가, 단서의 적용을 주장하며 경정을 구하는 이 사건에서 본문 제2호를 적용하는 것
이 불합리하다는 점 등에 대한 증명의 필요는 원고에게 돌아간다고 보아야 한다.
2) 앞서 든 증거들, 갑 제24호증, 을 제5, 6호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 따
라 인정할 수 있는 다음의 각 사정을 위와 같은 법리에 비추어 보면, 이 사건 분양가액
비율이 아닌 이 사건 분양면적비율로 이 사건 공통손금을 수익사업(일반분양)과 비수
익사업(조합원분양)에 관한 것으로 안분하여야 함을 전제로 2017 사업연도분 법인세의 
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경정을 구하는 원고의 경정청구를 거부한 피고의 처분을 위법하다고 보기 어렵다.
가) 원고는 2017 사업연도말 일반분양분 중 미분양분 업무시설 내지 판매시설이 있
었고, 그 미분양분 분양가액이 이 사건 분양가액비율에 반영되지 않았으므로 이를 기
준으로 공통손금을 안분하는 것은 불합리하다고 주장한다. 그런데 원고가 2017 사업연
도에 익금과 손금으로 반영한 수익과 손비의 내용 등을 구체적으로 밝히고 있지 않은 
이상, 그러한 사정만으로 이 사건 분양가액비율을 기준으로 이 사건 공통손금을 일반
분양과 조합원분양에 관한 것으로 안분한 것이 불합리하다고 단정할 수 없다.
예컨대 ① 원고가 분양완료된 일반분양분에 관한 수익을 익금으로 인식하고, 이
에 대응하여 분양완료분에 관한 손비에서 공통손금에 해당하는 부분만을 안분대상으로 
삼았다면, 미분양분 분양가액을 분양가액비율에 반영하지 않은 것에 달리 잘못이 있다
고 보이지 않고, 오히려 이를 반영하게 되면 안분대상인 공통손금에는 미분양분에 관
한 손비가 포함되어 있지 않음에도 안분할 때에는 미분양분 분양가액을 고려하는 문제
가 발생한다. ② 위와 같이 익금을 인식하면서 전체 손비(미분양분에 관한 것 포함)에
서 공통손금에 해당하는 부분을 안분대상으로 삼았다면, 수익에 대응하지 않는 손비까
지 안분대상으로 삼게 되어 미분양분 분양가액을 분양가액비율에 반영하지 않았더라도 
위 ①의 경우보다 오히려 납세자에게 유리하므로 납세자인 원고 입장에서 이를 불합리
한 것이라고 보기 어렵다. 더욱이 원고는 미분양분 분양가액을 분양가액비율에 반영하
지 못한 것이 불합리하다고 하면서도 미분양분 분양가액을 분양가액비율에 반영하여 
분양가액비율 방식을 적용할 것을 주장하고 있는 것이 아니라, 분양면적비율 방식에 
의해 이 사건 공통손금을 안분하여야 한다고 주장하고 있을 뿐이다.
나) 원고는 미분양 해소를 위해 지출한 판매촉진비 등을 일반분양분 분양가액에 반
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영하지도 못하였으므로 분양가액비율 방식으로 이 사건 공통손금을 안분하는 것이 불
합리하다고도 주장한다. 그런데 판매촉진비 등 비용이 공통손금이 아닌 일반분양에 관
한 손비이고 손금의 요건을 갖춘 것이라면 그 비용은 일반분양에 관한 손금으로 산입
할 수 있는 것인 점, 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 제2호는 업종이 동일한 경우 비
용 발생 구조가 유사할 가능성이 크다는 점을 고려하여 ‘수입금액 또는 매출액에의 기
여도’를 고려하여 공통손금을 수입금액 또는 매출액을 기준으로 안분하도록 한 규정이
고 개별 비용이 수입금액 또는 매출액에 그대로 반영될 것을 전제로 하지 않는 점 등
에 비추어 보면, 원고가 이 사건 분양가액비율 산정의 기초가 된 분양가액에 판매촉진
비 등의 비용이 반영되어 있지 않았다고 하더라도 이를 불합리하다고 보기는 어렵다.
다) 원고는 대법원 2008두17479 판결을 들어 이 사건 분양가액비율의 적용이 불합
리하다고도 주장한다. 대법원 2008두17479 판결은 아파트 재건축 사업에서 법인세법 
시행규칙 제76조 제6항 제2호의 적용이 문제된 사안에서, ‘재건축아파트의 분양가액은 
통상적으로 일반분양분의 경우에는 사전에 감독관청의 승인을 얻어 적정하게 산정되는 
반면, 조합원분양분의 경우에는 조합원들의 의결을 거쳐 비교적 낮게 산정되는 사정이 
있어 그 공통손금을 일률적으로 재건축아파트의 분양가액에 비례하여 안분계산하는 것
은 합리적 계산방법이라 할 수 없으므로, 피고가 일반분양분 아파트와 조합원분양분 
아파트의 공통손금을 그 분양가액이 아닌 분양면적에 비례하여 안분계산하였다고 하여 
이를 위법하다고 할 수는 없다’고 본 원심의 판단을 수긍하였다. 위 판결은 1개동 78세
대의 아파트 재건축이 문제된 사안에 관한 것으로서 ‘수입금액 또는 매출액에의 기여
도’ 측면에서 조합원분양분의 분양가액과 일반분양분의 분양가액이 달리 산정될 이유
가 크지 않은데 조합원분양분의 분양가액이 일반분양분의 분양가액보다 낮게 산정되어 
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공통손금이 수익사업(일반분양)에 과다하게 분배되는 것이 불합리하다는 것이 전제되
어 있는 것인 점, 원고는 2013. 10. 21. 조합원분양가와 일반분양가를 원칙적으로 동일
하게 하는 것으로 이 사건 사업에 관한 관리처분계획의 내용을 변경한 점, 이 사건에
서 과세관청이 이 사건 분양가액비율에 의할 때 공통손금이 수익사업(일반분양)에 과
다하게 분배되는 것의 불합리성을 주장하고 있지도 않은 점 등에 비추어 보면, 이 사
건은 위 대법원 판결과는 그 사안이 달라 위 판결을 원용하기에 적절하지 않다.
라) 그 밖에 원고는 분양가액비율은 경제 상황에 따라 가변적이므로 분양가액비율 
방식으로 공통손금을 안분하는 것이 불합리하다거나, 공통손금을 구성하는 공사원가 
등은 조합원분양분과 일반분양분에 고르게 투입되고 동일 면적 세대라도 세대의 위치, 
방향 등에 따라 분양가액이 달라지므로 분양가액비율 방식으로 공통손금을 안분하는 
것이 불합리하다고도 주장한다. 그런데 앞서 본 바와 같이 조합원분양가와 일반분양가
가 원칙적으로 동일한 이 사건에서 원고가 주장하는 분양가액비율의 가변성은 공통손
금을 분양가액비율 방식으로 안분하는 것이 불합리하다고 볼 만한 사정에 해당한다고 
보기 어렵다. 나아가 동일 면적 세대라도 세대의 위치, 방향 등에 따라 분양가액이 달
라질 가능성이 있기는 하나, 개별 세대로의 비용분배가 문제되는 것이 아니라 다수 세
대로 구성되는 조합원분양분 주택 등과 일반분양분 주택 등으로의 비용분배가 문제되
는 이 사건에서 그러한 개별 세대의 특성으로 인한 문제는 어느 정도 희석될 수 있으
므로 그러한 세대의 위치, 방향 등으로 인한 분양가액의 변동 정도, 그 변동 정도가 이 
사건에서의 조합원분양가액과 일반분양가액에 영향을 끼친 정도 등에 대한 구체적 논
증 없이 그러한 추상적인 가능성만으로 분양가액비율 방식으로 공통손금을 안분하는 
것이 불합리하다고 볼 수 없다. 그러한 추상적인 가능성은 원고가 적용을 주장하는 분
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양면적비율 방식에도 존재하고 있다.
마) 한편 ① 피고는 원고의 경정청구를 받은 다음 보다 합리적인 공통손금의 안분
방식이 있는지 검토하기 위해 11차례에 걸쳐 보정을 명하였는데 원고는 피고가 제출을 
요청한 자료 대부분을 제출하지 않았던 점, ② 원고는 2017 사업연도 법인세 신고납부 
당시 조합원분양분 공사원가를 306,812,781,864원으로 신고하였는데, 이 사건 분양가액
비율에 따라 역산한 전체 공사원가가 약 1,010,924,706,360원[= 306,812,781,864원 ÷ 
조합원분양분 수입 3,211억 원 × (조합원분양분 수입 3,211억 원 + 일반분양분 수입 
7,369억 원)]으로 이는 원고에 대한 2017 사업연도 표준손익계산서상 매출원가 
1,000,654,328,345원을 초과하는 점, ③ 위와 같이 역산하여 산정한 전체 공사원가에 
이 사건 분양면적비율을 적용하여 산정한 조합원분양분 공사원가는 약 264,845,027,892
원[= 1,010,924,706,360원 × {53,936㎡ ÷ (53,936㎡ + 151,940㎡)}]으로 원고가 경정청
구 당시 조합원분양분 공사원가로 제시한 273,979,155,101원과 상당한 차이가 있는 점, 
④ 그 밖에 원고가 2017 사업연도 법인세 신고납부 당시 비수익사업에 분배되는 것으
로 신고한 보험료, 건설용지충당금, 기타공사충당금 등은 전체 보험금 등의 일부로서 
당초 이 사건 분양가액비율을 적용하여 산정하였던 것이 아니었던 것으로 보이는데 원
고는 그 산정 근거 등을 밝히지 못하고 원고는 세무대리인의 미회신을 이유로 경정청
구 시 비수익사업에 분배되는 것으로 분류한 보험료, 건설용지충당금, 기타공사충당금
의 산정 근거 등에 대해서도 전혀 설명하고 있지 못한 점, ⑤ 원고는 이 사건 소송 과
정에서 이 사건 사업에 관한 계정별원장 등을 제출하고 있는데 앞서 본 바와 같이 원
고 스스로도 위와 같은 자료를 근거로 공통손금이 얼마인지, 비수익사업과 수익사업에 
안분되는 금액이 각 얼마인지 등을 제대로 계산하고 있지 못하며 그 계정별원장 등만
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으로는 원고가 손익을 적법하게 인식한 것인지도 확인하기 어려운 점 등에 비추어 보
면, 설령 이 사건에서 분양가액비율 방식으로 공통손금을 안분하는 것이 불합리하다고 
하더라도 원고 측의 지배영역 내에 있는 사정으로 인하여 안분대상인 공통손금과 안분
방식, 그 안분을 위한 구체적 수치를 확정할 수 없다고 볼 것이므로 그로 인한 불이익
은 원고가 부담하여야 한다고 봄이 형평에 부합한다.
4. 결론
그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
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별지
관계 법령
■ 구 조세특례제한법(2017. 2. 8. 법률 제14567호로 개정되기 전의 것)
제104조의7(정비사업조합에 대한 과세특례) 
② 「도시 및 주거환경정비법」 제18조에 따라 설립된 조합(전환정비사업조합을 포함하며, 이
하 이 조에서 "정비사업조합"이라 한다)에 대해서는 「법인세법」 제1조에도 불구하고 비
영리내국법인으로 보아 「법인세법」(같은 법 제29조는 제외한다)을 적용한다. 이 경우 전
환정비사업조합은 제1항 단서에 따라 신고한 경우만 해당한다. 
⑤ 제2항을 적용할 때 정비사업조합에 대한 「법인세법」 제3조에 따른 과세소득의 범위에서 
제외되는 사업의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
■ 구 조세특례제한법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29527호로 개정되기 전의 것)
제104조의4(정비사업조합의 수익사업의 범위)
법 제104조의7제2항을 적용할 때 정비사업조합이 「도시 및 주거환경정비법」에 따라 해당 정
비사업에 관한 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공
급하는 사업은 「법인세법」 제3조제3항에 따른 수익사업이 아닌 것으로 본다. 
■ 법인세법
제113조(구분경리) 
① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 
수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.
■ 법인세법 시행규칙
제76조(비영리법인의 구분경리)
⑥ 비영리법인이 법 제113조제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경
리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다
만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을 말한
다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없
거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 
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따라 국세청장이 정하는 작업시간ㆍ사용시간ㆍ사용면적등의 기준에 의하여 안분계산한다.
1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 
비례하여 안분계산
2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수
입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산
3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 
손금액에 비례하여 안분계산
⑦ 제6항의 규정에 의한 공통되는 익금은 과세표준이 되는 것에 한하며, 공통되는 손금은 익금
에 대응하는 것에 한한다. 
■ 구 국세기본법(2022. 12. 31. 법률 제19189호로 개정되기 전의 것) 
제45조의2(경정 등의 청구)
⑥ 결정 또는 경정의 청구 및 통지 절차에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 
■ 국세기본법 시행령
제25조의3(경정 등의 청구) 
① 법 제45조의2제1항·제2항 및 제5항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 하려는 자는 다음 각 
호의 사항을 적은 결정 또는 경정 청구서를 제출해야 한다.
1. 청구인의 성명과 주소 또는 거소
2. 결정 또는 경정 전의 과세표준 및 세액
3. 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액
4. 결정 또는 경정의 청구를 하는 이유
5. 그 밖에 필요한 사항
■ 국세기본법 시행규칙
제12조의2(경정 등의 청구) 
영 제25조의3에 따른 결정 또는 경정의 청구는 별지 제16호의2서식의 과세표준 및 세액의 결
정(경정) 청구서에 최초의 과세표준 및 세액신고서 사본과 경정청구 사유를 객관적으로 증명할 
수 있는 서류를 첨부하여 하여야 한다. 끝.