[행정 판결문] 서울행정법원 2023구합58732 - 종합소득세부과처분 등 취소

 

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서 울 행 정 법 원
제 4 부
판 결
사 건 2023구합58732 종합소득세부과처분 등 취소
원 고 A
피 고 서초세무서장
변 론 종 결 2025. 7. 25.
판 결 선 고 2025. 9. 12.
주 문
1. 이 사건 소 중 피고가 2016. 9. 13. 원고를 B의 제2차 납세의무자로 지정하여 한 
2007년 귀속 종합소득세 4,447,265,600원의 부과처분 중 3,980,457,570원을 초과하
는 부분, 2008년 귀속 종합소득세 1,680,410,690원의 부과처분 중 1,410,017,878원
을 초과하는 부분, 2009년 귀속 종합소득세 557,138,830원의 부과처분의 각 무효확
인 또는 취소를 구하는 부분을 모두 각하한다. 
2. 피고가 2025. 1. 13. 원고를 B의 제2차 납세의무자로 지정하여 한 2006년 귀속 종
합소득세 4,774,140,380원의 부과처분 중 3,479,790,120원을 초과하는 부분은 무효
임을 확인한다. 
3. 원고의 나머지 청구를 모두 기각한다. 
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4. 소송비용 중 9/10는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 
청 구 취 지
주위적으로, 피고가 원고를 B의 제2차 납세의무자로 지정하여 한 별지1 목록 제1항 기
재 각 부과처분은 무효임을 확인한다. 제1 예비적으로, 위 별지1 목록 제1항 기재 각 
부과처분을 취소한다. 제2 예비적으로, 피고가 원고를 B의 제2차 납세의무자로 지정하
여 한 별지1 목록 제2항 기재 각 부과처분은 무효임을 확인한다. 제3 예비적으로, 위 
별지1 목록 제2항 기재 각 부과처분을 취소한다.1)
이 유
1. 처분의 경위 
가. 원고는 중화인민공화국 홍콩특별행정구(이하 ‘홍콩’이라 한다)의 법령에 따라 홍
콩에 설립된 외국법인이고, 바하마에 설립된 C가 원고의 지분 100%를 가지고 있는 주
주로 되어 있다. 
나. 반포세무서장은 2011. 4. 13. B에게 2006년 종합소득세 96,140,853,270원(가산세 
포함), 2007년 종합소득세 113,280,649,100원(가산세 포함), 2008년 종합소득세 
47,212,799,740원(가산세 포함), 2009년 종합소득세 17,735,850,430원(가산세 포함), 
2010년 종합소득세 3,030,107,530원(가산세 포함)을 각 부과·고지하였다. 
1) 본래 청구의 예비적 병합은 논리적으로 양립할 수 없는 수 개의 청구에 관하여 주위적 청구의 인용을 해제조건으로 예비적 
청구에 대하여 심판을 구하는 형태의 병합을 의미하는 것인바, 원고의 별지1 목록 제1항 기재 각 부과처분에 대한 청구와 별
지1 목록 제2항 기재 각 부과처분에 대한 청구는 엄밀한 의미의 주위적·예비적 병합 관계라 할 수는 없다. 다만, 논리적으로 
양립할 수 있는 수 개의 청구라 하더라도 당사자가 심판의 순위를 붙여 청구를 한다는 취지에서 예비적 청구를 할 수 있으므
로(대법원 2007. 6. 29. 선고 2005다48888 판결 등 참조), 청구취지를 그대로 주위적, 예비적으로 구분하여 기재하고, 원고가 
정한 순서에 따라 주위적, 제1, 2, 3 예비적 청구를 모두 판단한다.
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다. 피고는 2012. 11. 19. B에 대한 종전 부과처분 중 각 종합소득세 가산세 부과처
분을 취소하고, 2006년 종합소득세 가산세 36,858,782,220원, 2007년 종합소득세 가산
세 47,106,512,010원, 2008년 종합소득세 가산세 17,799,317,980원, 2009년 종합소득세 
가산세 5,901,349,300원을 재부과·고지하였다.
라. B는 위 종합소득세 등 과세처분에 대하여 서울행정법원 2012구합****호로 그 취
소를 구하는 소송을 제기하였다(위 소송은 서울행정법원 2013. 8. 14. 선고 2012구합
**** 판결, 서울고등법원 2015. 1. 9. 선고 2013누**** 판결, 대법원 2016. 2. 18. 선고 
2015두**** 판결, 서울고등법원 2017. 2. 7. 선고 2016누**** 판결, 대법원 2021. 2. 
25. 선고 2017두**** 판결, 서울고등법원 2022. 6. 21. 선고 2021누**** 판결, 대법원 
2024. 7. 11. 선고 2022두**** 판결로 종결되었다). 
마. 피고는 B의 재산으로는 위 체납 국세를 징수하기에 부족하자 B가 원고의 지분 
100%를 가진 실질적 주주임을 전제로 구 국세기본법(2016. 12. 20. 법률 제14382호로 
개정되기 전의 것) 제40조에 따라 2016. 9. 13. 별지1 목록 제2항 기재와 같이 B의 체
납세액에 관하여 원고를 제2차 납세의무자로 지정하여 과세처분을 하였다(이하 ‘이 사
건 제1 부과처분’이라 한다). 
바. 피고는 이 사건 소송 계속 중인 2025. 1. 13. 원고에게 B의 종합소득세 등 부과
처분 취소소송의 결과(대법원 2024. 7. 11. 선고 2022두**** 판결)에 따라 제2차 납세
의무자에 대한 지정금액을 별지1 목록 제1항 기재와 같이 변경한다는 내용의 통지를 
하였다(이하 ’이 사건 제2 부과처분‘이라 한다). 
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 8호증, 을 제1, 3, 4, 9호증(각 가지번호 
포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지 
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2. 관련 법령
별지2 기재와 같다. 
3. 이 사건 제2 부과처분의 위법 여부 
가. 당사자들 주장의 요지 
1) 피고 
이 사건 제2 부과처분은 부과제척기간을 도과한 후 이루어졌고, 납부고지서에만 
피고의 날인이 있을 뿐 제2차 납세의무자 지정통지서에는 피고의 날인이 없어 모두 무
효이므로, 이 사건 제1 부과처분이 여전히 유효한 과세처분에 해당한다. 
2) 원고 
이 사건 제2 부과처분 중 이 사건 제1 부과처분에서 정한 과세금액을 일부 감액
한 2007, 2008년도 귀속 종합소득세 부분 및 직권 취소한 2009년도 귀속 종합소득세 
부분은 유효하고, 이 사건 제1 부과처분에서 정한 과세금액을 증액한 2006년도 귀속 
종합소득세 부분은 제척기간 도과 이후에 이루어진 것으로 그 증액부분만이 무효로 되
며 제척기간 도과 전에 있었던 당초 처분이 여전히 유효하다. 
나. 판단 
1) 과세제척기간이 만료되면 과세권자로서는 새로운 결정이나 증액경정결정은 물
론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없음이 원칙이라고 할 것이나, 납세자가 항
고소송 등 불복절차를 통하여 당초의 과세처분을 다투고 있는 경우에 과세관청이 납세
자의 불복내용의 전부 또는 일부를 받아들여 당초의 과세처분을 감액경정하거나 취소
하는 것은 그 불복절차의 계속중 언제든지 가능하다고 보아야 하며, 과세제척기간이 
만료되었다는 이유 때문에 그러한 처분이 불가능하거나 위법하다고 해석할 것은 아니
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다(대법원 2002. 9. 24. 선고 2000두6657 판결 등 참조). 
2) 피고는 이 사건 소송 계속 중 ’B의 종합소득세 등 부과처분 취소소송의 결과(대
법원 2024. 7. 11. 선고 2022두**** 판결)에 따라 제2차 납세의무자에 대한 지정금액
을 변경한다‘는 내용의 이 사건 제2 부과처분을 하였는바, 이 사건 제2 부과처분 중 이 
사건 제1 부과처분에서 정한 과세금액을 일부 감액한 2007, 2008년도 귀속 종합소득세 
부분 및 직권 취소한 2009년도 귀속 종합소득세 부분은 유효하나, 이 사건 제1 부과처
분에서 정한 과세금액을 증액한 2006년도 귀속 종합소득세 부분은 부과 제척기간 5년
을 도과한 이후에 이루어져 그 증액부분만이 무효로 되고 제척기간 도과 전에 있었던 
이 사건 제1 부과처분이 여전히 유효하다(한편, 피고는 이 사건 제2 부과처분이 2009
년도 귀속 종합소득세 부분을 직권 취소하지 않았다는 취지로 주장한다. 그러나 이 사
건 제2 부과처분의 통지서에 따르면 제2차 납세의무의 한도금액인 10,164,605,837원의 
범위 내에서 이 사건 제1 부과처분은 2006년도 내지 2009년도 귀속 종합소득세 합계 
10,164,605,820원을, 이 사건 제2 부과처분은 2006년도 내지 2008년도 귀속 종합소득
세 합계 10,164,605,828원을 각 부과한 내역이 명시적으로 기재되어 있는바, 그 변동 
내역과 총액에 비추어 볼 때 2009년 귀속 종합소득세 부분은 직권 취소되었다고 봄이 
타당하므로, 피고의 위 주장은 이유 없다). 
3) 이에 대하여 피고는 이 사건 제2 부과처분의 제2차 납세의무자 지정통지서에 
피고의 날인이 없고, 납부고지서에만 피고의 날인이 있어 이 사건 제2 부과처분이 무
효라는 취지로 주장한다. 그러나 문서의 작성방식과 취지에 의하여 공무원이 직무상 
작성한 것으로 인정된 때에는 위 문서는 진정한 공문서로 추정되고(행정소송법 제8조 
제2항, 민사소송법 제356조 제1항), 반드시 작성명의인인 공무원의 직인까지 있어야 하
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는 것은 아니다. 국세징수법 제7조는 세무서장이 납세자의 체납액을 제2차 납세의무자
로부터 징수하는 경우 징수하려는 체납액의 과세기간, 세목, 세액, 산출 근거, 납부하여
야 할 기한, 납부장소, 제2차 납세의무자등으로부터 징수할 금액, 그 산출 근거, 그 밖
에 필요한 사항을 적은 납부고지서를 제2차 납세의무자등에게 발급하여야 한다고 정하
고 있고, 이 사건 제2 부과처분 당시 원고에게 발급된 제2차 납세의무자 지정통지서 
및 납부고지서에는 위와 같은 내용이 기재되어 있는 점, 이 사건 제2 부과처분의 제2
차 납세의무자 지정통지서는 이 사건 제1 부과처분의 제2차 납세의무자 지정통지서와 
그 서식에 있어서 차이가 없는 점, 이 사건 제2 부과처분의 납부고지서에는 피고의 날
인이 있는 점 등을 종합하여 보면, 단지 위 지정통지서에 피고의 날인이 누락되었다는 
이유만으로 이 사건 제2 부과처분이 위법하여 무효라고 보기는 어렵다. 따라서 피고의 
이 부분 주장은 이유 없다. 
4) 따라서 주위적 청구 중 2006년 귀속 종합소득세의 부과처분 중 3,479,790,520
원을 초과하는 부분의 무효 확인 청구는 이유 있고, 제2, 3 예비적 청구 중 이 사건 제
2 부과처분에 의하여 감액되거나 취소된 2007년 귀속 종합소득세의 부과처분 중 
3,980,457,570원을 초과하는 부분 및 2008년 귀속 종합소득세의 부과처분 중 
1,410,017,878원을 초과하는 부분, 2009년 귀속 종합소득세 부과처분의 각 취소 또는 
무효확인을 구하는 청구 부분은 이미 소멸하고 없는 부분에 대한 것으로 그 소의 이익
이 없어 부적법하다. 이에 따라 원고에 대하여 남아 있는 처분은 이 사건 제1 부과처
분 중 2006년 귀속 종합소득세 3,479,790,120원의 부과처분, 이 사건 제1 부과처분 중 
이 사건 제2 부과처분으로 감액되고 남은 2007년 귀속 종합소득세 3,980,457,570원의 
부과처분 및 2008년 귀속 종합소득세 1,410,017,878원의 부과처분이다(이하 위 각 부
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과처분을 통틀어 ’이 사건 처분‘이라 한다). 
4. 이 사건 처분의 위법 여부 
가. 이 사건 제1 부과처분이 부과제척기간을 도과하여 위법하다는 주장에 관한 판단
1) 원고 주장의 요지 
이 사건 제1 부과처분은 제2차 납세의무가 성립한 날, 즉 주된 납세의무자인 B
에 대한 종합소득세 부과처분의 납부기한이 경과한 날인 2011. 5. 1.로부터 5년이 지난 
이후에 이루어진 것으로, 부과제척기간을 도과하였다. 
2) 구체적 판단 
가) 일반적으로 국세를 부과할 수 있는 날이라고 함은 당해 국세의 과세표준과 
세액에 대한 신고기한이 규정되어 있는 경우를 제외하고는 원칙적으로 그 납세의무의 
성립시기라고 할 것이므로(대법원 1999. 4. 9. 선고 98두11250 판결 등 참조), 제2차 
납세의무에 대해서도 주된 납세의무와는 별도로 그 부과의 제척기간이 진행한다고 할 
것이고, 그 부과제척기간은 특별한 사정이 없는 한 이를 부과할 수 있는 날인 제2차 
납세의무가 성립한 날로부터 5년간으로 봄이 상당하다(대법원 2008. 10. 23. 선고 
2006두11750 판결 등 참조). 그리고 제2차 납세의무가 성립하기 위하여는 주된 납세의
무자의 체납 등 그 요건에 해당되는 사실이 발생하여야 하므로 그 성립시기는 적어도 
‘주된 납세의무의 납부기한이 경과한 이후’이다(대법원 2005. 4. 15. 선고 2003두13083 
판결 등 참조). 따라서 제2차 납세의무에 대하여는 적어도 ‘주된 납세의무의 납부기한
이 경과한 다음날’로부터 5년간의 제척기간이 적용된다.
나) 이 사건 제1 부과처분은 주된 납세의무자인 B가 과점주주로 있는 원고에게 
제2차 납세의무를 부과하는 부과처분으로서의 성격을 지니고 있다. B에 대한 2011. 4. 
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13. 당초 종합소득세(가산세 포함) 부과처분은 그 납부기한이 2011. 4. 30.이었지만, 앞
서 본 바와 같이 피고가 2012. 11. 19. 당초 부과처분 중 종합소득세 가산세 부과처분
을 직권으로 취소하였고, 이미 소멸된 당초 부과처분은 이 사건 제2차 납세의무 성립
의 전제가 되는 주된 납세의무의 부과처분이라고 할 수 없다. B에 대한 2012. 11. 19.
자 새로운 부과처분의 납부기한은 2013. 4. 4.이고, 위 새로운 부과처분이 이 사건 제2
차 납세의무 성립의 전제가 되는 주된 납세의무의 부과처분이므로, 피고가 2016. 9. 
13. 원고에 대하여 한 이 사건 제1 부과처분은 주된 납세의무의 납부기한이 경과한 다
음날인 2013. 4. 5.부터 5년 내에 이루어진 부과처분으로서 적법하고, 이에 반하는 원
고의 주장은 이유 없다.
나. 주된 납세의무자인 B에 대한 종합소득세 부과처분이 위법하다는 주장에 관한 판
단 
1) 원고 주장의 요지 
이 사건 처분은 B에 대한 종합소득세 부과처분이 적법함을 전제로 하는데, ① B
에 대한 종합소득세 과세처분은 국세기본법 제81조의15 제1항에 따른 과세예고통지 
절차를 거치지 않음으로써 과세전적부심사를 청구할 절차적 권리를 침해한 중대한 하
자가 있어 무효이고, ② B에 대한 종합소득세 부과처분 중 C와 D 및 각 개별 단선회
사에 대하여는 위 회사들이 모두 국내에 실질적 관리장소를 둔 내국법인에 해당하여 
각 법인의 사업소득에 대하여 법인세를 부과하여야 할 것인데, 위 회사들이 특정외국
법인에 해당한다고 보아 구 국제조세조정에 관한 법률(2010. 1. 1. 법률 제9914호로 개
정되기 전의 것, 이하 ‘국제조세조정법’이라고 한다) 제17조 제1항에 의하여 B에게 종
합소득세를 부과하여 위법하며, ③ C와 D에 대한 배당가능 유보소득 산정 시 개별 단
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선회사들의 개별재무제표를 통해 명확한 배당소득 금액을 산정하지 못하였다는 점에서
도 위법하므로, 이 사건 처분 역시 위법하다. 
2) B에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 않아 위법하다는 주장에 관한 판단 
구 국세기본법(2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국
세기본법’이라 한다) 제81조의15 제1항 제1호에 의하면 세무조사결과에 대한 서면통지
를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 과세전적부심사를 청구할 수 있다. 그
러나 같은 조 제2항 제2호는 조세범처벌법 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우를 
제1항이 적용되지 않는 예외사유의 하나로 정하고 있고, 서울지방국세청장은 2011. 3. 
30. B를 대검찰청에 조세범처벌법 제3조 제1항 등 위반으로 고발하였으므로, B에게는 
과세전적부심사에 관한 규정이 적용되지 않는다. 따라서 피고가 과세처분에 앞서 B에
게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 않은 것을 과세처분의 절차적 위법사유로 볼 수 
없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 
3) C, D 및 각 단선회사가 특정외국법인에 해당한다고 보아 B에게 배당간주 소득
에 대한 종합소득세를 부과한 것이 위법하다는 주장에 관한 판단
가) 국제조세조정법은 제17조 제1항에서 “법인의 실제발생소득의 전부 또는 상
당부분에 대하여 조세를 부과하지 아니하거나 그 법인의 부담세액이 당해 실제발생소
득의 100분의 15 이하인 국가 또는 지역(이하 ‘조세피난처’라고 한다)에 본점 또는 주
사무소를 둔 외국법인에 대하여 내국인이 출자한 경우에는 그 외국법인 중 내국인과 
특수관계가 있는 법인(이하 ‘특정외국법인’이라고 한다)의 각 사업연도말 현재 배당 가
능한 유보소득 중 내국인에게 귀속될 금액은 내국인이 배당받은 것으로 본다.”고 규정
하면서도, 제18조 제1항에서 “특정외국법인이 조세피난처에 사업을 위하여 필요한 사
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무소․점포․공장 등의 고정된 시설을 가지고 있고, 그 시설을 통하여 사업을 실질적
으로 영위하고 있는 경우에는 제17조를 적용하지 아니한다.”고 규정하고 있다.
나) 위에서 본 사실과 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 보면, B가 F를 비롯한 
국내 법인들과 원고, 조세피난처인 케이만군도에 설립된 C, D 등의 외국법인들로 구성
된 G그룹을 실질적으로 운영해 온 사람인 점, G그룹은 선박을 소유하기 위하여 편의
치적국인 라이베리아, 케이만군도 등에 설립한 속칭 ‘페이퍼 컴퍼니’인 SPC(특수목적법
인, 그 중 선박 1척의 소유 목적으로 설립된 특수목적법인은 이하 ‘단선회사’라 한다)
들과 이들을 총괄 관리하기 위하여 각 단선회사들의 지분을 보유하면서 소속 선박들의 
용․대선 사업을 통해 용대선료를 주된 수입으로 하는 SPC들인 C(탱커선박 이외의 선
박을 소유하는 단선회사들의 지분을 보유) 및 D(탱커선박을 소유한 단선회사들의 지분
을 보유) 등으로 구성된 사실, 원고, H 등은 C 및 D로부터 선박관리업무를 위탁받아 
선박을 관리하고 용․대선하는 업무를 담당하는 사실이 각 인정된다. 
다) 위 인정사실에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 각 단선회사가 소
유한 선박은 항행을 전제로 하므로 고정된 시설이 아닌 점, C 및 D는 단선회사의 지주
회사로서 페이퍼컴퍼니일 뿐 거주지국에 사업을 수행할 고정된 시설이 없는 점, C 및 
D는 실질적으로 사업을 수행하지 않고, I에게 선주사업을 포괄적으로 위탁한 점 등을 
종합하여 보면, C와 D 및 각 단선회사가 고정된 시설을 통하여 선주사업을 실질적으로 
영위하고 있다고 보기 어려운바, C, D 및 각 단선회사는 국제조세조정법에서 정한 특
정외국법인 배당간주 과세의 적용 제외 대상이 아니라고 봄이 타당하다. 따라서 이와 
전제를 달리한 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 
4) 특정외국법인의 배당가능 유보소득 산정방식에 잘못이 있다는 주장에 관한 판단 
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가) B가 종합소득세 등 과세처분의 취소를 구하는 소송에서, 대법원은 2016. 2. 
18. 국내 거주자인 B가 직접적으로 주식을 보유한 C와 D는 물론 이들을 통하여 간접
적으로 주식을 보유한 단선회사들의 실제발생소득이 각각 1억 원을 초과하는 외국법인
에 해당하는지 여부를 확인하고, 나아가 지주회사인 C와 D의 배당가능 유보소득은 각 
개별 재무제표 중 처분전이익잉여금으로부터 최소금액 등을 각 공제하고, 단선회사들
의 배당가능 유보소득은 각 단선회사의 개별 재무제표상의 처분전이익잉여금으로부터 
최소금액 등을 각 공제하여 산정하는 방법으로 특정외국법인에 관한 B의 배당소득으
로 간주할 금액을 계산한 다음, 처분의 위법 여부를 판단하였어야 한다는 이유로 원심
판결을 파기하였다(대법원 2015두****). 피고와 반포세무서장은 환송 후 항소심에서 
위 환송판결의 취지에 따라 각 단선회사가 특정외국법인에 해당하는 경우에는 지주회
사인 C와 D의 연결재무제표(이하 ‘이 사건 연결재무제표’라 한다)의 당기순이익에서 단
선회사들의 숫자만큼 최소금액 1억 원을 공제하여 과세표준을 산출하는 것으로 예비적 
처분사유를 추가하면서 B에 대한 종합소득세 등 부과처분은 위 과세표준에 의한 세액
의 범위 내에서 적법하다고 주장하였고, 항소심 법원은 피고와 반포세무서장의 위와 
같은 세액의 산정방식에 의한 결과는 정당한 세액의 범위 내에 있다고 판단하였으며
(서울고등법원 2016누****), 위 항소심에 대한 재상고심에서도 원심의 위 판단이 정당
하다고 판단하였다(대법원 2017두****). 
나) 위에서 본 사실과 증거, 변론 전체의 취지를 종합하여 보면, 관련 확정판결
에서 판단한 바와 같이 이 사건 연결재무제표는 특정외국법인에 해당하는 각 단선회사
들의 개별재무제표를 합산한 재무제표에 해당하고 단선회사들의 처분전이익잉여금의 
합계액은 이 사건 연결재무제표상 당기순이익과 같다고 볼 수 있으며, 위 금액에서 각 
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사업연도별 단선회사의 개수만큼 최소금액 1억 원을 공제하여 계산한 방식은 정당한 
세액의 범위 내에 있으므로, 위와 같은 방식으로 배당간주 유보소득을 산정한 B에 대
한 과세처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다. 
다. 원고가 법인의 제2차 납세의무 요건을 충족하지 못하였다는 주장에 관한 판단 
1) 원고 주장의 요지 
B는 원고 주식을 소유하고 있지 않으므로, B가 원고의 과점주주임을 전제로 제2
차 납세의무가 있다고 본 이 사건 처분은 위법하다. 설령 B가 원고의 주주라고 하더라
도, 구 국세기본법 제40조 제1항은 ‘법률 또는 그 법인의 정관에 의하여 출자자의 소유
주식 또는 출자지분의 양도가 제한된 경우’(제2호)에 법인의 제2차 납세의무를 인정하
고 있는데, 원고 주식은 위 ‘양도가 제한된 경우’에 해당하지 않으므로, 원고에게는 제2
차 납세의무가 성립하지 않는다.
2) B가 원고의 과점주주에 해당하지 않는다는 주장에 관한 판단 
가) 위에서 본 사실과 증거, 을 제2호증의 기재에 의하여 인정되는 다음과 같은 
사정들, 즉 원고는 선주회사가 아니므로 선박보유에 따른 위험분산과는 무관함에도 조
세피난처 소재 법인을 통한 다단계 출자 및 명의신탁의 방법으로 B에게 종속되어 있
는 점, 기획관리팀이 2005. 11.경 작성한 ‘I 주주변경에 대한 품의서’에는 ‘I에 존재하는 
과세위험이 B 및 C로 확대되는 것을 방지하기 위해 I의 주주를 B에서 신설 SPC로 변
환하고자 한다‘는 내용이 기재되어 있고, 위 품의서에 B의 결재서명이 되어 있는 점, J
가 2006. 10.경 K에게 보낸 이메일에 “[회장님 지시사항] C → 명의신탁할 것”이라고 
기재되어 있는 점 등에 비추어 볼 때, 원고는 사실상 B의 자금으로 설립되었고, 원고
의 100% 주주인 C는 인적․물적 설비 없이 원고 주식만을 보유하고 있으며, B가 C의 
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주식 100%를 바하마 법인 L에 명의신탁하여 소유하고 있을 뿐만 아니라, B가 원고를 
실질적으로 운영하고 있는 사실이 인정된다. 
나) 이러한 여러 사정들을 종합하여 실질과세원칙에 비추어 보면, B가 원고 주
식 100%를 소유한 주주라고 봄이 타당하고, 이와 같은 다단계 출자구조 및 명의신탁
이 선박업계의 국제적 관행이라 하더라도 달리 보기 어렵다. 따라서 B는 원고의 과점
주주에 해당한다고 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
3) 원고 주식이 정관상 양도가 제한되어 있지 않다는 주장에 관한 판단 
가) 구 국세기본법 제50조 제1항 제2호(이하 ’이 사건 조항‘이라 한다)에서 법인
의 제2차 납세의무 성립요건 중 하나로 정한 ‘법인의 정관에 의하여 출자자의 주식 등
의 양도가 제한된 경우’에 해당하는지 여부는, 구 국세기본법에서 ‘주식 등 양도의 제
한’에 관하여 특별히 정하고 있지 않은 이상, 정관의 해석 및 효력 문제로서 해당 정관 
규정의 내용과 객관적 의미를 합리적으로 해석하고, 민법․상법 그 밖의 실체법에 따
라 그 법적 효력 등을 결정하여 판단하여야 한다. 이때 출자자의 주식 등이 외국법인
이 발행한 것으로서 그 양도 제한에 관한 외국법인의 정관 규정의 해석 및 효력이 문
제되는 등 외국적 요소가 있는 법률관계에 해당하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 
구 국제사법(2016. 1. 19. 법률 제13759호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)의 규정에 
따라 정하여지는 준거법을 1차적인 기준으로 하여야 한다.
구 국제사법 제16조 본문은 “법인 또는 단체는 그 설립의 준거법에 의한다.”라
고 하여 법인의 준거법은 원칙적으로 설립 준거법을 기준으로 정하고 있다. 이 조항이 
적용되는 사항을 제한하는 규정은 없는데, 그 적용 범위는 법인의 설립과 소멸, 조직과 
내부관계, 기관과 구성원의 권리와 의무, 행위능력 등 법인에 관한 문제 전반을 포함한
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다(대법원 2018. 8. 1. 선고 2017다246739 판결 등 참조). 따라서 ‘법인의 정관에 의하
여 주식 등의 양도가 제한된 경우’에 해당하는지와 같은 정관의 해석 및 효력 문제에 
관하여도 특별한 사정이 없는 한 해당 법인의 설립 준거법에 따라야 한다. 한편 외국
적 요소가 있는 법률관계에 관하여 적용될 외국 법규의 내용을 확정하고 그 의미를 해
석하는 경우에는 그 외국법이 그 본국에서 현실로 해석․적용되고 있는 의미․내용대
로 해석․적용하는 것이 원칙이며, 소송 과정에서 그 외국의 판례나 해석기준에 관한 
자료가 제출되지 아니하여 그 내용의 확인이 불가능한 경우에만 일반적인 법해석 기준
에 따라 법의 의미․내용을 확정할 수 있다(대법원 2016. 5. 12. 선고 2015다49811 판
결 등 참조).
나) 위에서 본 사실과 증거, 을 제6 내지 8, 10호증의 각 기재에 변론 전체의 취
지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 위 법리에 비추어 보면, 원고 주식은 
‘정관에 의하여 양도가 제한된 경우’로서 이 사건 조항의 요건을 충족한다고 봄이 타당
하다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다. 
(1) 원고는 홍콩에서 설립된 외국법인이고, B가 소유한 원고 주식도 원고의 
본점 소재지인 홍콩에 있는 재산에 해당하는 등 원고의 주식양도 제한에 관한 외국법
인의 정관 규정의 해석 및 효력 문제는 외국적 요소가 있는 법률관계에 해당한다. 따
라서 원고 정관의 해석 및 효력 문제는 특별한 사정이 없는 한 구 국제사법 제16조 본
문에 따라 원고의 설립 준거법인 홍콩법에 의하여 확정하여야 한다.
(2) 홍콩회사조례(Companies Ordinance) 제11조는 비공개회사(Private 
Company)에 대하여 “정관으로 사원의 주식 양도권을 제한하고, 사원 수는 50인으로 
한정하며, 주식 또는 채무증서의 청약 공모는 금지한다”는 등의 요건을 갖춘 회사를 
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말한다고 정의하여 ‘정관상 주식양도 제한’을 비공개회사의 요건으로 명시하고 있고, 
제134조 제2항은 “회사 구성원의 지분이나 기타 이익은 회사 정관에 따라 양도될 수 
있다”고 규정하여 정관상 주식양도 제한의 방식을 특별히 제한하고 있지 않다.
(3) 원고의 정관 제3조는 ‘원고는 비공개회사이며 이에 따라 다음 각호의 규정
이 적용된다’며 ‘(a) 회사의 어떠한 주식이나 사채에 대한 청약 공모는 금지된다’, ‘(b) 
회사 사원의 수는 50인으로 한정된다’, ‘(c) 회사의 주식을 양도할 권리는 이 정관에서 
정한 방식으로 제한된다’고 규정하고, 제12조에서는 ‘누구도 등록부에 그의 이름이 등
록되기 전에는 주주가 될 수 없다’고 규정하면서 제39조에서 ‘이사회는 언제든지 절대
적인 재량으로 어떠한 이유도 설명하지 않고 주식 양도의 등록을 거부할 수 있고, 이
는 완전 납입된 주식인지 여부와 상관없다. 만약 이사회가 주식 양도를 거절하는 경우, 
주식의 양도가 회사에 접수된 날로부터 2개월 이내에 양도인 및 양수인에게 양도거부 
통지서를 발송해야 한다’고 규정하여 앞서 본 홍콩회사조례의 비공개회사 요건에 부합
하는 내용으로 ‘정관상 주식양도 제한’을 명시하고 있다.
(4) 특히 원고의 정관 제39조에 규정된 “이사들이 주식양도의 등록을 거부할 수 
있다”는 내용은 홍콩기업등록국(Companies Registry)에서 제정한 비공개 유한회사(Private 
Company Limited by Shares)의 표준정관에 따른 통상적인 주식양도 제한방식에 해당한다.
(5) 이와 같이 원고의 정관에서는 이사들에게 실체적․절차적 사유에 기하여 주
식양도의 등록을 거부할 수 있는 권한을 폭넓게 부여하고 있는데, 이는 홍콩회사조례
상 적법․유효한 방식으로서 비공개회사의 정관상 주식양도 제한방식으로 홍콩에서 통
용되고 있는 것으로 보인다.
라. 피고가 산정한 제2차 납세의무의 한도금액이 잘못되었다는 주장에 관한 판단 
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1) 원고 주장의 요지 
구 국세기본법 제40조 제2항은 법인의 제2차 납세의무에 관하여 ‘그 법인의 자
산총액에서 부채총액을 뺀 가액을 그 법인의 발행주식 총액 또는 출자총액으로 나눈 
가액에 그 출자자의 소유주식 금액 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다’
고 정하고 있다. 그런데 피고는 원고의 전체 재무제표가 아닌 원고 한국 영업소에 한
정된 표준대차대조표를 기준으로 한 순자산가액을 제2차 납세의무의 한도액으로 정하
였는바, 이 사건 제2차 납세의무 지정금액이 B가 보유한 지분의 순자산가치의 범위 내
라고 볼 수 없어 이 사건 처분은 위법하다. 
2) 구체적 판단 
가) 위에서 본 사실과 증거, 을 제5호증의 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 
보면, 주된 납세의무자 B에 대한 종합소득세 부과처분의 납부기한은 2013. 4. 4.이고, 
원고의 한국 영업소가 위 납부기한일 직전인 2013. 3. 31. 종료하는 사업연도의 법인세 
신고시 제출한 대차대조표상 자산 총액은 11,140,417,422원이고, 부채 총액은 
975,811,585원으로 순자산가액은 10,164,605,837원인 사실이 인정된다. 이에 피고는 
2023. 3. 31. 기준 한국 영업소의 순자산가액인 10,164,605,837원을 한도로 이 사건 처
분을 하였다. 
나) 이에 대하여 원고는 원고의 2013년도 감사보고서를 근거로 2013. 3. 31. 기
준 원고의 순자산금액이 15,563,769HKD로, 이를 2013. 3. 31.자 기준환율에 따라 한화
로 환산하면 약 2,228,420,445원(=15,563,769HSD ×143.18원/HSD)에 불과하다는 취지
로 주장한다. 그러나 갑 제6호증의 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음
과 같은 사정들, 즉 위 감사보고서를 작성한 회계법인은 감사보고서에 대하여 ‘한정의
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견’을 제시하며 그 주된 이유로 ‘대한민국 지점의 운영성과, 재무상태, 현금흐름 정보를 
제공받지 못하였다’는 점을 들고 있는 점, 원고는 위 감사보고서상 재무제표에 한국 영
업소에 대한 지원금을 ‘관계회사 미수금’ 계정으로 처리하였으므로 한국 영업소의 재무
상황이 위 재무제표에 반영되었다는 취지로 주장하나, 감사보고서의 기재만으로는 ‘관
계회사 미수금’의 구체적인 내역이 무엇인지 알기 어려워 원고의 위 주장을 받아들이
기 어려운 점 등에 비추어 볼 때, 원고 주장과 같이 2013년도 감사보고서에 따른 순자
산금액이 원고 법인 전체의 순자산금액이라고 볼 수 없다. 오히려 2013년도 감사보고
서에 따르면 한국 영업소의 순자산가액을 제외한 국외 순자산가액이 약 2,228,420,445
원인바, 이를 한국 영업소의 순자산가액에 더하여 산정한 원고의 전체 순자산가액인 
12,393,026,282원(= 2,228,420,445원 + 10,164,605,837원)은 피고가 산정한 제2차 납세
의무의 한도금액을 초과한다. 
다) 따라서 피고가 한국영업소의 2013. 3. 31.자 대차대조표를 통해 제2차 납세
의 한도금액을 산정하고, 그 범위 내에서 이 사건 처분을 한 것이 위법하다고 볼 수 
없다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다. 
5. 결론 
그렇다면, 이 사건 소 중 피고가 2016. 9. 13. 원고를 B의 제2차 납세의무자로 지정
하여 한 2007년 귀속 종합소득세 4,447,265,600원의 부과처분 중 3,980,457,570원을 초
과하는 부분, 2008년 귀속 종합소득세 1,680,410,690원의 부과처분 중 1,410,017,878원
을 초과하는 부분, 2009년 귀속 종합소득세 557,138,830원의 부과처분의 각 무효확인 
또는 취소를 구하는 부분은 부적법하여 모두 각하하고, 피고가 2025. 1. 13. 원고를 B
의 제2차 납세의무자로 지정하여 한 2006년 귀속 종합소득세 4,774,140,380원의 부과
- 18 -
처분 중 3,479,790,120원을 초과하는 부분에 대하여 무효확인을 구하는 원고의 청구는 
이유 있으므로 이를 인용하며, 나머지 청구는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여 
주문과 같이 판결한다. 
- 19 -
별지1
- 20 -
별지2
관련 법령
■ 구 국세기본법(2016. 12. 20. 법률 제14382호로 개정되기 전의 것) 
제40조(법인의 제2차 납세의무)
① 국세(둘 이상의 국세의 경우에는 납부기한이 뒤에 오는 국세)의 납부기간 만료일 현재 법인
의 무한책임사원 또는 과점주주(이하 "출자자"라 한다)의 재산(그 법인의 발행주식 또는 출
자지분은 제외한다)으로 그 출자자가 납부할 국세ㆍ가산금과 체납처분비에 충당하여도 부족
한 경우에는 그 법인은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 그 부족한 금액에 대
하여 제2차 납세의무를 진다. 
1. 정부가 출자자의 소유주식 또는 출자지분을 재공매(재공매)하거나 수의계약으로 매각하려 
하여도 매수희망자가 없는 경우
2. 법률 또는 그 법인의 정관에 의하여 출자자의 소유주식 또는 출자지분의 양도가 제한된 경
우(「국세징수법」 제61조제4항에 따라 공매할 수 없는 경우는 제외한다)
② 제1항에 따른 법인의 제2차 납세의무는 그 법인의 자산총액에서 부채총액을 뺀 가액을 그 
법인의 발행주식 총액 또는 출자총액으로 나눈 가액에 그 출자자의 소유주식 금액 또는 출
자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.
(끝)