[행정 판결문] 서울행정법원 2024구합65904 - 양도소득세부과처분취소

 

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서 울 행 정 법 원
제 4 부
판 결
사 건 2024구합65904 양도소득세부과처분취소
원 고 A
피 고 중부세무서장
변 론 종 결 2025. 3. 28.
판 결 선 고 2025. 4. 18.
주 문
1. 원고의 청구를 기각한다. 
2. 소송비용은 원고가 부담한다. 
청 구 취 지
피고가 2023. 3. 10. 원고에 대하여 한 2021년 귀속 양도소득세 668,878,060원에 대한 
경정 거부처분을 취소한다. 
이 유
1. 처분의 경위 
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가. 원고는 아래 표 기재와 같이 ‘양도토지’란 기재 토지를 양도하고, 1거주자의 지위
에서 ‘신고·납부세액’란 기재 양도소득세를 신고·납부하였다. 
나. 원고는 2022. 9. 27. 피고에게 원고를 법인으로 보는 단체로 승인하여 줄 것을 
신청하였고, 피고는 2022. 10. 6. 이를 승인하였다(이하 ‘이 사건 승인’이라 한다). 원고
는 2023. 1. 12. 피고에게 이 사건 제1, 2, 3 토지에 관한 양도소득을 법인으로 보는 
단체의 최초 사업연도 손익에 산입하여 이미 납부한 양도소득세 합계 4,330,858,498원
의 환급을 구하는 경정청구를 하였다. 
다. 피고는 2023. 3. 10. 이 사건 제2, 3 토지에 관한 원고의 경정청구는 인용하고, 
이 사건 제1 토지에 관한 양도소득은 이를 최초 사업연도에 귀속시킬 경우 최초 사업
연도의 기간이 1년을 초과한다는 이유로 이에 관한 경정청구는 거부하였다(이하 위 거
부처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다). 
【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1, 5호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 
2. 관련 법령
별지 기재와 같다. 
3. 이 사건 처분의 위법 여부 
가. 원고의 주장 요지 
양도일자 양도토지 신고일자 신고·납부세액(원)
2021. 12. 1. 파주시 S 산 T
(이하 ‘이 사건 제1 토지’라 한다) 2022. 8. 29. 666,878,067
2022. 4. 6. 파주시 S 산 U
(이하 ‘이 사건 제2 토지’라 한다) 2022. 6. 30. 1,195,737,548
2022. 9. 7. 파주시 S 산 V
(이하 ‘이 사건 제3 토지’라 한다) 2022. 11. 29. 2,466,242,833
합계 4,330,858,498
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원고는 2012. 3. 9. 피고로부터 ‘수익사업을 하지 않는 비영리법인 및 국가기관 등’
이라는 내용이 기재된 고유번호증(갑 제3호증, 이하 ‘이 사건 고유번호증’이라 한다)을 
발급받았고, 이에 원고는 자신을 ‘법인으로 보는 단체’로 인식하고 있었다. 이 사건 고
유번호증에 위와 같은 기재가 없었다면 원고는 피고에 ‘법인으로 보는 단체’로 승인하
여 줄 것을 미리 신청하였을 것인데, 위와 같은 기재로 인해 원고는 그 기회를 박탈당
하였다. 또한 원고의 실체는 창립총회 결의일인 1992. 6. 8.부터 이 사건 승인일인 
2022. 10. 6.까지 변경된 사실이 없다. 위와 같은 사정을 종합해 보면, 이 사건 처분은 
신의성실의 원칙, 실질과세의 원칙, 신뢰보호의 원칙 등에 반하여 위법하다. 
나. 원고를 법인으로 보는 단체로 볼 수 있는 시점 
1) 관련 규정 및 법리
국세기본법 제13조는 ‘법인 아닌 사단ㆍ재단, 그 밖의 단체’를 ‘법인 아닌 단체’
라고 하면서, 그러한 단체 중 ‘법인으로 보는 단체’에 관하여 규정하고 있다. 국세기본
법 제13조 제1항은 ‘법인 아닌 단체’ 중 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 
법령에 따라 주무관청에 등록한 사단ㆍ재단 등은 법인으로 본다고 규정하고 있고, 같
은 법 제13조 제2항은 제1항에 따라 법인으로 보는 단체 이외의 ‘법인 아닌 단체’ 중 
자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리하는 등 일정 요건을 갖추
고 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 단체도 법인으로 본다고 규정하고 있다. 
위와 같은 국세기본법 규정은 조세법의 특성상 과세되는 조세의 종류 및 과세대상
을 특정하기 위하여 법인격 없는 사단ㆍ재단, 기타 단체 중 일정한 요건을 갖춘 단체
에 대하여만 세법의 적용에 있어 법인으로 본다는 것으로서, 조세법의 특성 및 법적 
안정성에 기초한 규정이다(대법원 2002. 2. 8. 선고 2000두1652 판결 등 참조).
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2) 판단
가) 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 보면, 원고는 2022. 9. 27. 
피고에 법인으로 보는 단체의 승인신청서를 제출하였고, 2022. 10. 6. 피고로부터 이에 
대한 승인을 받은 사실이 인정된다. 따라서 원고는 2022. 10. 6. 이전에는 세법상 법인
으로 보는 단체에 해당한다고 볼 수 없다. 
나) 이에 대하여 원고는, 피고가 원고를 위와 같이 취급하는 것은 신의성실의 원
칙, 실질과세의 원칙, 신뢰보호의 원칙 등에 반하여 위법하다고 주장하나, 앞서 든 증
거들과 갑 제4호증, 을 제2호증의 1, 2의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 더하여 인정
할 수 있는 다음과 같은 사실 또는 사정을 종합하여 보면, 원고의 위 주장은 받아들일 
수 없다. 
(1) 피고를 비롯한 세무관서는 고유번호증을 발급함에 있어 소득세법을 적용
받는 개인과 법인세법을 적용받는 법인을 구별하여, 10자리의 고유번호(***-**-*****) 
중 가운데 두 자리에 법인의 경우에는 ‘82’를, 개인의 경우에는 ‘80’을 부여해왔다. 그
런데 원고가 2012. 3. 9.경부터 2022. 4. 18.경까지 피고로부터 발급받은 고유번호증에
는 고유번호 가운데 두 자리가 모두 ‘80’으로 기재되어 있다.
(2) 피고가 2012. 3. 9. 및 2014. 3. 24. 원고에게 발급한 고유번호증에 ‘수익사
업을 하지 않는 비영리법인 및 국가기관 등’이라는 내용이 기재되어 있기는 하다. 그러
나 원고가 피고에게 위와 같은 고유번호증을 발급받기 위한 신청서를 제출할 당시 ‘법
인으로 보는 단체’로 인정받을 의사가 있었다고 볼 만한 객관적인 자료가 없다. 위 고
유번호증에도 고유번호 가운데 두 자리가 ‘80’으로 기재되어 있는 이상, 원고가 주장하
는 고유번호증의 기재 내용만으로는 피고가 원고에게 ‘법인으로 보는 단체’라고 승인하
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는 공적인 견해를 밝혔다고 볼 수도 없다. 나아가 원고는 2017. 8. 2. 및 2022. 4. 18.
에는 ‘수익사업을 하지 않는 비영리법인 및 국가기관 등’이라는 기재가 없는 고유번호
증을 발급받기도 하였다. 
(3) 국세기본법 제13조 제1항은 ‘법인 아닌 단체’ 중 일정한 단체는 별도의 신
청 및 승인 절차 없이 당연히 법인으로 본다고 규정하면서 같은 법 제13조 제2항은 
‘법인 아닌 단체’ 중 일정 요건을 갖추고 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 단체를 
법인으로 본다고 규정하고 있다. 이에 비추어 보면, 국세기본법 제13조 제2항이 규정
하는 일정 요건을 갖추었더라도 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받지 않은 이상, 
원고의 실체가 변함없는지에 관계없이 법인으로 볼 수 없다고 보는 것이 법문언상 분
명하다. 또한 원고가 이 사건 승인 이전에 법인 아닌 단체에 관한 승인을 받은 바 없
는 이상, 이 사건 고유번호증의 기재 내용에 관한 원고의 주장과 같은 신뢰가 합리적
이라거나 정당한 것이라고 볼 수 없다. 
다. 이 사건 제1토지에 관한 양도소득을 최초 사업연도에 귀속시킬 수 있는지
1) 관련 규정
법인세법 제6조 제1항은 ‘사업연도는 법령 또는 법인의 정관 등에서 정하는 1회
계기간으로 하되, 그 기간은 1년을 초과하지 못한다’고 규정하고 있고, 같은 법 제6조 
제5항은 사업연도를 정하여 신고하지 않은 경우에는 매년 1. 1.부터 12. 31.까지를 사
업연도로 한다고 규정하고 있다. 
법인세법 제6조 제6항은 최초 사업연도의 개시일 등에 관하여 필요한 사항은 대
통령령으로 정한다고 규정하고 있고, 법인세법 시행령 제4조 제1항 제1호 라목은 ’국세
기본법 제13조 제2항의 규정에 의하여 납세지 관할 세무서장의 승인을 얻은 단체의 경
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우에는 그 승인일을 최초 사업연도 개시일’로 규정하고 있다. 또한 법인세법 시행령 제
4조 제2항은 ‘제1항의 규정을 적용함에 있어서 최초 사업연도의 개시일 전에 생긴 손
익을 사실상 그 법인에 귀속시킨 것이 있는 경우 조세포탈의 우려가 없을 때에는 최초 
사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하는 범위 내에서 이를 최초 사업연도의 손익
에 산입할 수 있다’고 규정하면서, ‘이 경우 최초 사업연도의 개시일은 당해 법인에 귀
속시킨 손익이 최초로 발생한 날로 한다’고 규정하고 있다.
2) 판단
앞서 본 바와 같이 원고는 2022. 10. 6. 국세기본법 제13조 제2항이 규정하는 
‘법인으로 보는 단체’로 승인을 받았고, 갑 제2호증의 기재에 의하면, 원고의 정관 제
16조는 회계연도를 매년 12월 말까지로 정하고 있다. 
그러므로 원고의 최초 사업연도 개시일은 법인세법 시행령 제4조 제1항 제1호 
라목에 따라 원고가 이 사건 승인을 받은 2022. 10. 6.이고, 최초 사업연도 종료일은 
원고의 정관에 따라 2022. 12. 31.이다. 원고는 2021. 12. 1. 이 사건 제1 토지를 양도
하였으므로 그로 인한 손익은 최초 사업연도 개시일(2022. 10. 6.) 전에 생긴 손익이고, 
이를 최초 사업연도 손익에 산입하려면 법인세법 시행령 제4조 제2항에 따라 최초 사
업연도 기간이 1년을 초과하여서는 안 된다. 
그런데 이 사건 제1 토지를 양도한 2021. 12. 1.부터 최초 사업연도 종료일인 2022. 
12. 31.까지는 1년을 초과하게 되므로, 결국 원고는 이 사건 제1 토지의 양도로 인한 
손익을 최초 사업연도 손익에 산입할 수 없다.
4. 결론
그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
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별지
관련 법령
■ 국세기본법 
제13조(법인으로 보는 단체 등)
① 법인(「법인세법」 제2조제1호에 따른 내국법인 및 같은 조 제3호에 따른 외국법인을 말한다. 
이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다) 중 다음 각 호
의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보
아 이 법과 세법을 적용한다.
1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 
그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것
2. 공익을 목적으로 출연(출연)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것
② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호
의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 
것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계
속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.
1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 
있을 것
2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것
3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것
■ 법인세법
제2조(정의)
이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
2. "비영리내국법인"이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.
다. 「국세기본법」 제13조제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)
제6조(사업연도)
① 사업연도는 법령이나 법인의 정관 등에서 정하는 1회계기간으로 한다. 다만, 그 기간은 1년
을 초과하지 못한다.
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⑤ 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 신고를 하여야 할 법인이 그 신고를 하지 아니하는 경
우에는 매년 1월 1일부터 12월 31일까지를 그 법인의 사업연도로 한다.
⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 법인의 최초 사업연도의 개시일 등에 관하여 필
요한 사항은 대통령령으로 정한다.
■ 법인세법 시행령
제4조(사업연도의 개시일)
① 법인의 최초사업연도의 개시일은 다음 각 호의 날로 한다.
1. 내국법인의 경우에는 설립등기일. 다만, 법 제2조제2호다목에 따른 법인으로 보는 단체(이하 
"법인으로 보는 단체"라 한다)의 경우에는 다음 각 목의 날로 한다.
라. 「국세기본법」 제13조제2항의 규정에 의하여 납세지 관할세무서장의 승인을 얻은 단체의 
경우에는 그 승인일
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 최초사업연도의 개시일전에 생긴 손익을 사실상 그 법인
에 귀속시킨 것이 있는 경우 조세포탈의 우려가 없을 때에는 최초사업연도의 기간이 1년을 
초과하지 아니하는 범위내에서 이를 당해 법인의 최초사업연도의 손익에 산입할 수 있다. 
이 경우 최초사업연도의 개시일은 당해 법인에 귀속시킨 손익이 최초로 발생한 날로 한다.

■ 소득세법
제2조(납세의무)
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 개인은 이 법에 따라 각자의 소득에 대한 소득세를 납
부할 의무를 진다.
1. 거주자
2. 비거주자로서 국내원천소득이 있는 개인
③ 「국세기본법」 제13조제1항에 따른 법인 아닌 단체 중 같은 조 제4항에 따른 법인으로 보
는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다) 외의 법인 아닌 단체는 국내에 주사무소 또는 
사업의 실질적 관리장소를 둔 경우에는 1거주자로, 그 밖의 경우에는 1비거주자로 보아 이 
법을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 소득구분에 따라 해당 
단체의 각 구성원별로 이 법 또는 「법인세법」에 따라 소득에 대한 소득세 또는 법인세[해당 
구성원이 「법인세법」에 따른 법인(법인으로 보는 단체를 포함한다)인 경우로 한정한다. 이하 
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이 조에서 같다]를 납부할 의무를 진다. 
1. 구성원 간 이익의 분배비율이 정하여져 있고 해당 구성원별로 이익의 분배비율이 확인되는 
경우
2. 구성원 간 이익의 분배비율이 정하여져 있지 아니하나 사실상 구성원별로 이익이 분배되는 
것으로 확인되는 경우