[행정 판결문] 서울행정법원 2023구합56392 - 재산세등부과처분취소

 

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서 울 행 정 법 원

제 6 부

판 결

사 건 2023구합56392 재산세등부과처분취소

원 고 A

피 고 서울특별시 서초구청장

변 론 종 결 2024. 6. 14.

판 결 선 고 2024. 7. 12.

주 문

1. 피고가 2021. 9. 10. 원고에 대하여 한 재산세 1,402,754,130원, 재산세 도시지역분

918,280,980원, 지방교육세 280,550,820원의 부과처분 중 재산세 183,048,314원, 재산

세 도시지역분 64,486,910원, 지방교육세 36,609,663원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

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1. 처분의 경위

가. 원고는 2021년도 재산세 과세기준일인 2021. 6. 1. 서울 F, G, H, I, J, K, L, M,

N 토지(이하 ‘이 사건 각 토지’라 한다)와 그 지상의 7개 건축물(건축 중이던 건축물

포함, 이하 ‘이 사건 각 건물’이라 한다)을 소유하였다.

나. 원고는 2021. 6. 1. 이 사건 각 건물을 학교(B) 또는 의과대학 부속병원(B C병원)

으로 사용하거나 임대하였고, 이 사건 각 건물의 전용면적 중 33.62%, 59.87%, 6.51%

가 각 학교, 의과대학 부속병원, 임대 등 수익사업에 사용되었다(이하 ‘이 사건 전용면

적 비율’이라 한다).

다. 피고는 이 사건 각 토지 전체가 이 사건 전용면적 비율대로 학교, 의과대학 부속

병원, 기타 수익사업에 사용되는 것으로 보고,1) 그중 학교로 사용되는 부분에 관하여는

구 지방세특례제한법(2021. 12. 28. 법률 제18656호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제

41조 제2항 본문(이하 ‘이 사건 면제조항’이라 한다)에 따라 재산세를 면제하여, 2021.

9. 10. 원고에 대하여 이 사건 각 토지 및 서울 O 토지에 대한 2021년도 재산세

1,402,754,130원, 도시지역분 918,280,980원, 지방교육세 280,550,820원을 부과하였다(그

중 서울 O 토지에 대한 부분은 재산세 183,048,314원, 재산세 도시지역분 64,486,910원,

지방교육세 36,609,663원이므로, 이 사건 각 토지에 대한 부분으로 위 금액을 초과하는

부분만을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4호증, 을 제1, 2호증의 각 기재(가지번호 있는

것은 각 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 처분의 위법 여부

1) 구 지방세특례제한법 제41조 제7항은 의과대학의 부속병원이 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대하여도 재산세를 감경하는
규정을 두고 있고, 이에 피고는 이 사건 각 토지를 위와 같이 학교, 병원, 기타 수익사업에 사용되는 부분으로 구분하였으나,
2021년에는 일몰기한 도과로 그 감경이 배제되었다.

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가. 원고의 주장 요지

1) 이 사건 각 토지는 기본적으로 B P교정 교지(校地)이고, 의과대학 부속병원이 그

지상에 위치하더라도 이는 의과대학 교육에 핵심적인 역할을 한다는 점에서 그 부속병

원이 사용하는 토지 역시 ‘학교가 해당 사업에 직접 사용하는 부동산’으로 보아야 하므

로, 이 사건 각 토지 전체가 재산세 면제대상이다.

2) 구 지방세특례제한법 제41조 제2항은 그 본문에서 이 사건 면제조항을 두어 ‘학

교등이 해당 사업에 직접 사용하는 부동산’에 대해서는 재산세를 면제하면서, 그 단서

에서 ‘수익사업에 사용하는 경우 등’에 대하여 재산세 면제를 배제하고 있다(이하 ‘이

사건 단서조항’이라 한다). 그런데 이 사건 면제조항이 부동산에 ‘건축물의 부속토지를

포함한다’고 명시한 것과 달리 이 사건 단서조항에는 그러한 내용이 없으므로, 설령 이

사건 각 토지 지상 건축물 일부가 이 사건 단서조항의 재산세 면제 배제 요건에 해당

하더라도 이 사건 각 토지는 전체가 이 사건 면제조항에 따른 재산세 면제대상이다.

3) 이 사건 각 토지 전체가 재산세 면제대상이 아니더라도, 피고로서는 수익사업 등

에 사용되는 부분을 특정하여 그 부분만을 재산세 면제대상에서 제외하여야 하고, 적

어도 학교에 직접 사용하는 면적을 특정하여 면제대상으로 분류한 후 나머지 부분의

면적만을 안분하여 과세면적을 특정하여야 한다. 그럼에도 만연히 이 사건 각 건물에

대한 이 사건 전용면적 비율만으로 이 사건 각 토지에 대한 과세면적을 특정한 이 사

건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

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1) 이 사건 각 토지 전체가 ‘학교등이 해당 사업에 직접 사용하는 부동산’에 해당한

다는 주장에 관하여

이 사건 면제조항은 학교등이 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산

에 대하여는 재산세를 면제하도록 규정하고, 이 사건 단서조항은 ‘수익사업에 사용하는

경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적

에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 않는다’고 규정

한다. 여기에서 학교가 부동산을 해당 사업, 즉 교육사업에 직접 사용한다는 것은 현실

적으로 학교의 교육사업 자체에 사용하는 것을 뜻하고, 이는 해당 학교의 사업목적과

부동산의 취득목적을 고려하여 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한

다(대법원 2015. 5. 14. 선고 2014두45680 판결 등 참조).

위와 같은 규정 및 법리에다가 앞서 채택한 증거들에 따라 알 수 있는 다음과 같

은 사정들, 즉 학교가 부동산을 교육사업에 직접 사용하는지는 실제의 사용관계를 기

준으로 판단하여야 하는 것으로 이 사건 각 토지가 학교의 교육용 기본재산으로 등록

되어 있다거나 학교의 교지라는 등의 사정만으로 재산세 면제대상이 될 수는 없는 점,

이 사건 각 토지 지상에는 의과대학 건물인 P회관뿐만 아니라 병원, 장례식장, Q산업

연구원 등 여러 개의 이 사건 각 건물이 있고 각 건물도 여러 용도로 사용되기도 하는

바(예를 들어 의과대학 건물 내에도 제3자에게 임대하여 수익사업에 사용되는 부분이

있다), 이 사건 각 토지 전체를 교육사업 자체에 사용한다고 보기 어려운 점, 원고는

의과대학 부속병원 사용 토지 역시 교육사업에 직접 사용되는 것으로 보아야 한다는

취지로 주장하나, 병원은 수익사업인 의료업을 영위하는 것이므로 병원 내에서 의과대

학 실습교육이 일부 이루어진다는 사정만으로 이를 교육사업 자체에 사용하는 것이라

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고 보기 어려운 점(설령 그와 같이 보더라도 이는 수익사업에 사용하는 것으로서 이

사건 단서조항에 따라 재산세 과세대상이 된다), 원칙적으로 감면요건에 대한 증명책임

을 부담하는 납세의무자가 해당 토지가 교육사업에 직접 사용한다는 점을 입증하여야

하는데 원고가 제출한 증거만으로는 이 사건 각 토지 전체가 실제의 사용관계를 기준

으로 교육사업에 직접 사용되고 있다고 보기 어렵고 달리 이를 인정할 증거가 없는 점

등에 비추어 보면, 이 사건 각 토지 전체를 ‘학교가 해당 사업에 직접 사용하는 부동

산’이라고 보기는 어렵다.

따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

2) 건축물의 부속토지에 이 사건 단서조항이 적용되지 않는다는 등의 주장에 관하여

이 사건 면제조항은 ‘학교 등이 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재

산세를 … 면제한다’고 규정하면서 그 부동산에 ‘대통령령으로 정하는 건축물의 부속토

지를 포함한다’고 명시하고 있고, 그 위임에 따른 지방세특례제한법 시행령 제18조 제2

항은 ‘대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지’를 ‘해당 사업에 직접 사용할 건축물을

건축 중인 경우와 건축허가 후 행정기관의 건축규제조치로 건축에 착공하지 못한 경우

의 건축 예정 건축물의 부속토지’로 정하고 있다. 이 사건 면제조항이 ‘대통령령으로

정하는 건축물의 부속토지’를 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 포함하는 이유는,

그와 같은 내용 없이 해당 사업에 직접 사용하는 부동산이라고 볼 수 없는 건축 중인

건축물의 부속토지(대법원 2009. 3. 12. 선고 2006두11781 판결 등 참조)를 재산세의

면제대상에 포함하기 위한 것으로서 이는 이 사건 면제조항의 ‘부동산’에 건축물의 부

속토지가 포함됨을 전제로 한다.

그러므로 이 사건 단서조항이 수익사업 등에 사용하는 재산을 재산세 면제대상에

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서 제외하면서, ‘재산’에 ‘건축물의 부속토지를 포함한다’는 내용을 명시하고 있지 않다

는 것을 근거로 ‘재산’에 건축물의 부속토지가 포함되지 않는다고 보기 어렵다. 오히려

① 재산세 과세대상인 재산에는 건축물뿐만 아니라 토지가 포함되는 점(지방세법 제

105조), ② 건축물의 부속토지는 건축물의 효용과 편익을 위해 사용되는 토지로서 건

축물과 같은 용도로 사용되는 것으로 볼 수 있는 점, ③ 이 사건 단서조항 중 ‘해당 재

산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산’에 관하여 재산

세를 면제하지 않는다는 부분은 확인적 규정(대법원 2018. 8. 30. 선고 2018두42153

판결 참조)에 불과하여 이 사건 면제조항과 마찬가지로 그 재산에 건축물의 부속토지

가 포함되는 것으로 볼 수 있는데, 수익사업이나 유료로 사용되는 ‘재산’의 의미도 동

일하게 해석할 필요가 있는 점 등에 비추어 보면 이 사건 단서조항의 ‘재산’에는 ‘건축

물의 부속토지’가 포함된다고 봄이 타당하다.

따라서 이와 다른 전제에 있는 원고의 위 주장은 이유 없다.

3) 재산세 면제대상 산정 등에 잘못이 있다는 등의 주장에 관하여

가) 원고는 이 사건 각 토지는 교지여서 이 사건 면제조항에 따른 재산세 면제대상이

고, 이 사건 단서조항 적용에 관한 입증책임은 피고에게 있으므로 피고가 수익사업 등에

사용되는 부분을 구체적으로 특정하여 그 부분만을 재산세 면제대상에서 제외하여야 함

에도 이 사건 전용면적 비율만으로 과세면적을 특정한 잘못이 있다는 취지로 주장한다.

이 사건 단서조항은 조세감면에 관한 특별규정인 이 사건 면제조항의 예외를 인

정하는 것이므로, 원고가 먼저 이 사건 면제조항 적용에 관한 입증책임을 다한 경우에

이 사건 단서조항 적용에 관한 입증책임이 문제될 뿐이다. 그런데 앞서 본 바와 같이

이 사건 각 토지 전체가 교육사업에 직접 사용되는 부동산이라고 볼 만한 사정을 확인

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하기 어렵다. 나아가 ① 이 사건 각 토지 지상에는 학교, 의과대학 부속병원, 임대 등

여러 용도로 사용되는 이 사건 각 건물이 존재하고 있는 점, ② 건축물의 부속토지는

건축물의 효용과 편익을 위해 사용되는 토지로서 건축물과 같은 용도로 사용되는 것으

로 볼 수 있는 점, ③ 이 사건 각 토지 중 이 사건 각 건물이 소재한 부분은 이 사건

각 건물의 효용과 편익을 위해 사용되는 토지로 보이고, 달리 이 사건 각 건물의 사용

현황과 무관하게 독자적으로 교육사업에 직접 사용된다고 볼 만한 사정이 없는 점, ④

이 사건 각 토지 중 나머지 부분은 주차장, 체육시설, 도로, 녹지 부분 등으로 그 용도

나 현황 등에 비추어 볼 때 이는 학교, 병원, 상업시설 등 이 사건 각 건물을 이용하는

사람들이 함께 사용하고 있다고 볼 수 있는 점 등을 종합하여 보면, 피고가 이 사건

각 토지를 이 사건 각 건물과 같이 학교, 의과대학 부속병원, 임대 등의 용도로 함께

사용되고 있다고 판단하여 재산세 산정을 한 것 자체에 위법이 있다고 보기는 어렵다.

나) 다만 이와 같은 경우에 일반적으로 건축물 중 교육사업 용도로만 사용되는 건

축물의 바닥면적은 그 전부가, 교육사업 용도와 수익사업 등 용도로 함께 사용되고 있

는 건축물의 바닥면적은 그 건축물 연면적 중 교육사업 용도로 사용되는 면적의 안분

비율에 의한 부분이 교육사업에 사용되는 것으로 봄이 타당하다. 다음으로 건축물 바

닥면적을 제외한 부속토지의 경우에는 특정 건축물의 전용성 여부를 따져, 특정 건축

물에 전용되는 부분은 위와 같은 방법으로 교육사업에 사용되는 면적 부분을 산정하

고, 특정 건축물에 전용되지 아니하는 부분은 토지상의 전체 건축물 연면적 중 교육사

업 용도로 사용되는 면적의 안분비율에 의하여 산정함이 타당하다(대법원 2007. 10.

25. 선고 2006두736 판결 등 참조).

이에 따라 보건대, 이 사건 각 토지 중 특정 건물의 바닥면적을 제외한 나머지

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부분은 특정한 건물에 전적으로 부속되거나 전용된다고 볼 만한 자료가 없고 오히려

앞서 본 바와 같이 학교, 의과대학 부속병원, 임대 등의 용도로 함께 사용되고 있다고

봄이 타당하므로, 피고가 위 나머지 부분에 대하여 이 사건 각 건물 전체의 전용면적

중 교육사업(학교) 용도로 사용되는 면적의 안분비율, 즉 이 사건 전용면적 비율2)에 따

라 재산세 면제대상을 특정하여 과세면적을 산정한 것에 위법이 있다고 보기는 어렵

다. 그러나 이 사건 각 토지 중 특정 건물의 바닥면적 부분은 그 건물만을 위하여 사

용되는 것이 분명하므로, 이 사건 각 건물 전체에 관한 이 사건 전용면적 비율에 의해

그 바닥면적 중 교육사업에 직접 사용되는 부분을 특정할 것이 아니라, 해당 건물에서

교육사업에 직접 사용되는 면적 비율에 의하여 그 바닥면적 중 교육사업에 직접 사용

되는 면적을 특정하는 것이 타당하다. 그런데 이와 달리 피고는 이 사건 각 건물의 바

닥면적 부분에까지 이 사건 전용면적 비율을 적용하여 그 바닥면적 중 교육사업에 직

접 사용되는 부분을 특정하였으므로 이 사건 처분은 이 점에서 위법하다.

그리고 이 사건에서 제출된 자료와 증거만으로는 이 사건 각 건물의 바닥면적 등

을 확인할 수 없어 정당세액을 산출할 수 없으므로, 이 사건 처분 전부를 취소할 수밖

에 없다.

3. 결론

따라서 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

2) 피고는, 이 사건 각 건물 중 하나의 건물(C병원 본관)에 이 사건 각 건물 전부를 위해 사용되는 공용면적 대부분이 존재하는
점 등을 고려하여 ‘연면적’이 아닌 ‘전용면적’을 기준으로 이 사건 각 토지 중 교육사업에 사용되는 면적을 특정하였는바, 이
러한 피고의 산정방법은 합리적인 것으로 보이고, 원고도 연면적 대신 전용면적을 기준으로 한 것의 위법을 주장하고 있지는
않으므로 연면적이 아닌 이 사건 전용면적 비율에 따라 이 사건 각 토지 중 바닥면적 부분을 제외한 부분의 과세면적을 특
정한 것에 위법이 있다고 보이지는 않는다.

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별지

관계 법령

■ 구 지방세특례제한법(2021. 12. 28. 법률 제18656호로 개정되기 전의 것)

제2조(정의)

① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. "수익사업"이란 「법인세법」 제4조제3항에 따른 수익사업을 말한다.

8. "직접 사용"이란 부동산·차량·건설기계·선박·항공기 등의 소유자가 해당 부동산·차량·건설

기계·선박·항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.

제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제)

① 「초·중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교, 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의

외국교육기관 설립·운영에 관한 특별법」 또는 「기업도시개발 특별법」에 따른 외국교육

기관을 경영하는 자(이하 이 조에서 "학교등"이라 한다)가 해당 사업에 직접 사용하기 위하

여 취득하는 부동산(대통령령으로 정하는 기숙사는 제외한다)에 대해서는 취득세를 2021년

12월 31일까지 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에

대해서는 면제된 취득세를 추징한다. (각 호 생략)

② 학교등이 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물

의 부속토지를 포함한다)에 대해서는 재산세(「지방세법」 제112조에 따른 부과액을 포함

한다) 및 「지방세법」 제146조제3항에 따른 지역자원시설세를 각각 2021년 12월 31일까

지 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그

재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대

해서는 면제하지 아니한다.

⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에도 불구하고 「고등교육법」 제4조에 따라 설립된 의과대학

(한의과대학, 치과대학 및 수의과대학을 포함한다)의 부속병원이 의료업에 직접 사용하기

위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는

부동산에 대해서는 재산세를 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 각각 경감한다.

1. 2020년 12월 31일까지는 취득세의 100분의 50을, 재산세(「지방세법」 제112조에 따른 부

과액을 포함한다)의 100분의 50을 각각 경감한다.

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2. (생략)

■ 지방세특례제한법 시행령

제18조(학교등 면제대상 사업의 범위 등)

② 법 제41조제2항 본문에서 “대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지”란 해당 사업에 직접

사용할 건축물을 건축 중인 경우와 건축허가 후 행정기관의 건축규제조치로 건축에 착공하

지 못한 경우의 건축 예정 건축물의 부속토지를 말한다.

■ 지방세법 제105조

제105조(과세대상)

재산세는 토지, 건축물, 주택, 항공기 및 선박(이하 이 장에서 “재산”이라 한다)을 과세대상으

로 한다.

■ 법인세법

제4조(과세소득의 범위)

③ 제1항제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는

수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는

한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

■ 구 법인세법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32418호로 개정되기 전의 것)

제3조(수익사업의 범위)

① 법 제4조제3항제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하

는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다.

1. 축산업(축산관련서비스업을 포함한다)·조경관리 및 유지 서비스업 외의 농업

2. 연구개발업(계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업을 제외한다)

2의2. 비영리내국법인이 외국에서 영위하는 선급검사용역에 대하여 당해 외국이 법인세를 부

과하지 아니하는 경우로서 당해 외국에 본점 또는 주사무소가 있는 비영리외국법인(국내에

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사업의 실질적 관리장소가 소재하지 아니하는 경우에 한한다)이 국내에서 영위하는 선급검

사용역

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 교육시설에서 해당 법률에 따른 교육과정에 따라 제공

하는 교육서비스업 (각 목 생략)

4. 보건업 및 사회복지 서비스업 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사회복지시설에서 제

공하는 사회복지사업 (각 목 생략)

5. 연금 및 공제업 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업 (각 목 생략)

6. 사회보장보험업중 「국민건강보험법」에 의한 의료보험사업과 「산업재해보상보험법」에

의한 산업재해보상보험사업

7. 주무관청에 등록된 종교단체(그 소속단체를 포함한다)가 공급하는 용역중 「부가가치세

법」 제26조제1항제18호에 따라 부가가치세가 면제되는 용역을 공급하는 사업

8. 금융 및 보험 관련서비스업중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업 (각 목 생략)

9. 「대한적십자사 조직법」에 의한 대한적십자사가 행하는 혈액사업

10. 「한국주택금융공사법」에 따른 주택담보노후연금보증계정을 통하여 주택담보노후연금보

증제도를 운영하는 사업(보증사업과 주택담보노후연금을 지급하는 사업에 한한다)

11. 「국민기초생활 보장법」 제2조에 따른 수급권자·차상위계층 등 기획재정부령으로 정하는

자에게 창업비 등의 용도로 대출하는 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 요건을 갖춘 사업

12. 비영리법인(사립학교의 신축·증축, 시설확충, 그 밖에 교육환경 개선을 목적으로 설립된

법인에 한한다)이 외국인학교의 운영자에게 학교시설을 제공하는 사업

13. 「국민체육진흥법」 제33조에 따른 대한체육회에 가맹한 경기단체 및 「태권도 진흥 및

태권도공원조성에 관한 법률」에 따른 국기원의 승단·승급·승품 심사사업

14. 「수도권매립지관리공사의 설립 및 운영 등에 관한 법률」에 따른 수도권매립지관리공사

가 행하는 폐기물처리와 관련한 사업

15. 「한국장학재단 설립 등에 관한 법률」에 따른 한국장학재단이 같은 법 제24조의2에 따

른 학자금대출계정을 통하여 운영하는 학자금 대출사업

16. 제1호, 제2호, 제2호의2, 제3호부터 제15호까지의 규정과 비슷한 사업으로서 기획재정부

령으로 정하는 사업. 끝.