[행정 판결문] 서울행정법원 2023구단61540 - 지방세 경정청구 거부처분 취소의 소

 

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서 울 행 정 법 원

판 결

사 건 2023구단61540 지방세 경정청구 거부처분 취소의 소

원 고 A

피 고 강동구청장

변 론 종 결 2024. 3. 22.

판 결 선 고 2024. 6. 14.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2020. 12. 28. 원고에게 한 취득세, 지방교육세, 농어촌특별세 경정청구 거부처

분 중 취득세 22,361,453원, 지방교육세 1,916,689원, 농어촌특별세 1,277,793원에 대한

부분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 도시개발법 제11조에 따른 B지구 도시개발사업(이하 ‘이 사건 사업’이라

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한다)의 시행자이고, 서울특별시장은 2004. **. **. 이 사건 사업에 대하여 개발계획변

경 및 실시계획을 인가하여 고시하였다.

나. 서울특별시장은 2020. 4. 23. 원고가 시행한 이 사건 사업 부분 준공(3차)에 대한

준공검사를 승인하여 고시하였고, 원고는 같은 날 서울특별시로부터 서울 C 도로 136

㎡ 외 3필지 토지 577㎡(이하 통칭하여 ‘이 사건 토지’라 한다)를 무상으로 취득하였다.

다. 원고는 2020. 6. 2. 이 사건 토지의 과세표준을 1,714,626,000원으로 하고, 지방

세법 제11조 제1항 제2호에 따라 무상취득의 경우 취득세 세율(3.5%) 및 지방공사의

목적사업을 위한 취득세 감면규정인 구 지방세특례제한법(2021. 12. 28. 법률 제18656

호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제85조의2 제1항의 감면(50% 감면)을 적용하여 취

득세 등 합계 34,292,500원(지방교육세, 농어촌특별세 포함)을 신고·납부하였다.

라. 원고는 2020. 10. 30. 이 사건 토지는 구 지방세특례제한법 제73조의2 제1항에

따라 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 ‘국가등’이라 한다)에 귀속·기부

채납하는 부동산의 반대급부로서 국가등이 소유하고 있는 부동산을 양여받은 것으로

취득세가 면제되어야 한다고 주장하며 경정청구를 하였으나, 피고는 2020. 12. 28. 경

정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 원처분’이라 한다).

마. 원고는 이에 불복하여 2021. 3. 15. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원

은 2023. 2. 16. 이 사건 토지 중 이 사건 사업으로 공원이나 도로로서 관리청인 지방

자치단체에 귀속된 147㎡에 대한 취득세 등은 지방세법 제9조의 제2항에 따라 비과세

하는 것으로 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각하는 결정을 하였다.

바. 피고는 2023. 2. 22. 조세심판원의 재조사결정에 따라 이 사건 원처분 중 일부를

취소·경정하였다(이하 이 사건 원처분 중 취소되고 남은 부분을 이하 ‘이 사건 처분’이

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라 한다).

사. 원고의 당초 취득세 등 신고·납부액, 조세심판원의 재조사결정에 따라 일부 취소

된 금액, 그와 같이 취소되고 남은 잔여금액은 아래 표와 같다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의

취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

이 사건 토지 중 관리청인 지방자치단체에 귀속된 147㎡를 제외한 나머지 430㎡

(이하 ‘쟁점 토지’라 한다)는 원고가 국가등에 새로 설치한 공공시설을 귀속시키는 것

에 대한 반대급부로 국가등으로부터 취득한 부동산이므로, 구 지방세특례제한법 제73

조의2 제1항 제1호에 따라 2020. 12. 31.까지 취득세 등이 면제되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 관련 규정 및 법리

가) 지방세법 제9조 제2항은 국가등에 귀속 또는 기부채납(이하 ’귀속등‘이라 한

(단위: 원)

구분 당초 신고·납부세액
재조사결정에 따라

취소된 금액
잔여금액

취득세 30,005,950 7,644,490 22,361,460
농어촌특별세 1,714,620 436,820 1,277,800
지방교육세 2,571,930 655,240 1,916,690

합계 34,292,500 8,736,550 25,555,950

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다)을 조건으로 취득하는 부동산 및 사회기반시설에 대하여는 취득세를 부과하지 아니

한다고 규정하고 있고, 같은 법 제9조 제2항 단서 제2호는 ’국가등에 귀속등의 반대급

부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채

납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우‘ 그 해당 부분(이는 아래에서 보듯이 ’국가등

에 귀속등을 조건으로 취득하는 부동산 및 사회기반시설을 의미한다)에 대해서는 취득

세를 부과한다고 규정하고 있다.

다만, 구 지방세특례제한법 제73조의2 제1항은 구 지방세법 제9조 제2항에 따른

부동산 및 사회기반시설 중에서 ’국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있

는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을

제공받는 조건’으로 취득하는 부동산 또는 사회기반시설에 대해서는 2020. 12. 31.까지

취득세를 면제한다고 규정하고 있다.

나) 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것) 제106조

제2항1), 제126조 제2항2)에 의하면 국가등에 귀속을 조건으로 취득하는 부동산 및 부

동산의 등기에 대하여는 취득세 및 등록세를 과세하지 아니한다. 위 규정의 입법 취지

는, 국가등에 귀속을 조건으로 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 하는 것은 부동산

을 국가등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치에 불과하므로 국가등이 직접

1) 제106조 (국가등에 대한 비과세)
②국가ㆍ지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조

제3호의 규정에 의한 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다)을 조건으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 부
과하지 아니한다.

2) 제126조 (국가등에 대한 비과세)
②국가ㆍ지방자치단체 및 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조

제3호의 규정에 의한 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다)을 조건으로 취득하는 부동산의 등기에 대하여는 등록
세를 부과하지 아니한다.

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부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 하는 경우와 동일하게 평가할 수 있다고 보아 그

경우 취득세 및 등록세를 비과세하는 구 지방세법 제106조 제1항, 제126조 제1항과 같

은 취지에서 취득세 및 등록세를 비과세하겠다는 데에 있다(대법원 2011. 7. 28. 선고

2010두6977 판결 등 참조).3)

다) 조세법률주의의 원칙상 조세에 관한 법률규정은 과세요건이거나 비과세요건

또는 조세감면요건을 막론하고 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하며, 합

리적 이유 없이 확장 또는 유추하여 해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2002. 7.

26. 선고 2000두4378 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

가) 앞에서 인정한 사실과 채택한 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는

아래와 같은 사정을 앞서 본 관계 법령 및 법리에 비추어 살펴보면, 구 지방세특례제

한법 제73조의2 제1항은 ‘국가등에 귀속등을 조건으로 취득하는 부동산’에 대한 면세

를 규정한 것이므로, ‘국가등에 귀속등을 조건으로 취득한 부동산’이 아니라 해당 부동

산에 대한 반대급부로 취득한 것에 불과한 쟁점 토지에는 적용되지 않는다고 봄이 타

당하다. 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들이기 어렵다.

(1) 앞서 본 법리와 같이 지방세법 제9조 제2항은, 국가등에 귀속등을 조건으로

부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 하는 것은 그 부동산을 국가등에 귀속시키기 위

한 잠정적이고 일시적인 조치에 불과하므로 국가등이 직접 부동산을 취득하고 그에 관

한 등기를 하는 경우와 동일하게 평가할 수 있다고 보아 그 경우 취득세 등을 과세하

지 않겠다는 취지로 보아야 하고, 결국 이는 ‘국가등에 귀속등을 조건으로 취득하는 부

3) 해당 대법원 법리는 구 지방세법 제9조 제2항의 해석에도 그대로 원용할 수 있다.

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동산’의 비과세에 대하여 규정한 것일 뿐이므로, 사업시행자가 그 반대급부로서 취득하

는 용도폐지되는 기존 공공시설에 관한 취득세 등을 과세하지 않겠다는 의미로 해석될

수는 없다.

(2) ‘국가등에 귀속등을 조건으로 취득하는 부동산’의 경우 지방세법 제9조 제2

항 단서에 따라 조건이 이행되지 아니하고 타인에게 매각되거나 국가등에 귀속등의 반

대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받는 경우,

다시 ‘국가등에 귀속등을 조건으로 취득하는 부동산’에 대하여 취득세를 부과할 수 있

다. 위와 같이 지방세법 제9조 제2항 단서가 적용되어 ‘국가등에 귀속등을 조건으로 취

득하는 부동산’에 대하여 취득세가 부과되는 경우, 구 지방세특례제한법 제73조의2 제

1항은 해당 부동산에 대한 취득세를 일정 시한까지 감면하는 규정이다. 즉, 위 구 지방

세특례제한법 조항은 지방세법 제9조 제2항의 특례조항으로 ‘국가등에 귀속등을 조건

으로 취득한 부동산’의 경우 국가등으로부터 그 반대급부를 받는다고 하더라도 취득세

를 감면해주는 규정이라고 할 것이다.

(3) 따라서 지방세법 제9조 제2항 및 구 지방세특례제한법 제73조의2 제1항의

문언으로 볼 때, ‘국가등에 귀속등을 조건으로 취득한 부동산’이 아닌 쟁점 토지에 대

하여는 처음부터 위와 같은 구 지방세특례제한법 제73조의2 제1항의 면제규정이 적용

될 여지가 없다고 봄이 타당하다(원고는 이 사건 사업에 대한 실시계획 승인 고시가

2018. 12. 24. 개정된 지방세특례제한법의 시행일인 2019. 1. 1. 이전이어서, 지방세특

례제한법 부칙(법률 제16041호, 2018. 12. 24.) 제11조에 따라 종전의 이 사건 토지에

대한 취득세가 면제되어야 한다고 주장하나, 위와 같이 개정되기 전의 지방세특례제한

법은 구 지방세특례제한법의 규정과 면제 시기 또는 범위의 차이가 있을 뿐 그 이외의

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감면요건은 동일한데, 위에서 보는 바와 같이 구 지방세특례제한법 제73조의2 제1항에

따른 감면은 ‘국가등에 귀속등을 조건으로 취득하는 당해 부동산’에 한하여 적용되는

이상, 구 지방세특례제한법 제73조의2 제1항이 적용됨을 전제로 하는 원고의 위 주장

에 대하여는 더 나아가 살펴보지 않는다).

나) 원고는 구 지방세특례제한법 제177조의2 제1항에 따라 같은 법에 따른 취득

세 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율이 적용되어야 한다고 하더

라도, 제177조의2 제3항은 위 1항의 적용 여부와 적용 시기는 해당 지방자치단체의 감

면조례로 정할 수 있다고 규정되어 있고, 서울특별시 시세 감면 조례 제23조에 의하면,

제177조의2 제3항에 따라 취득세가 면제되는 경우 제177조의2 제1항 단서 외의 부분

본문을 적용하지 않도록 규정하고 있는바, 이 사건의 경우 구 지방세특례제한법 제177

조의2 제1항은 적용되지 않아, 결국 원고는 무상으로 귀속받은 쟁점 토지에 대하여 취

득세가 면제된다고도 주장하나, 앞서 본 바와 같이 쟁점 토지에 관하여는 구 지방세특

례제한법 제73조의2에 따라 취득세가 면제되지 않으므로 원고의 위 주장도 이유 없다.

다) 원고는 쟁점 토지에 관한 지방교육세 및 농어촌특별세의 면제도 주장하나, 앞

서 본 바와 같이 구 지방세특례제한법 제73조의2 제1항이 적용되지 않으므로 위 부분

주장도 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한

다.

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별지

관 계 법 령

■ 지방세법
제9조(비과세)
② 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서 “국가등”이라 한다)에 귀속 또

는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조제3호에 따른 방식으로 귀속되는
경우를 포함한다. 이하 이 항에서 “귀속등”이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및 「사
회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는
취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분
에 대해서는 취득세를 부과한다.

1. 국가등에 귀속등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각ㆍ증여하거나 귀속등을 이행하
지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우

2. 국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으
로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우

■ 구 지방세특례제한법(2021. 12. 28. 법률 제18656호로 개정되기 전의 것)
제73조의2(기부채납용 부동산 등에 대한 감면)
① 「지방세법」 제9조제2항에 따른 부동산 및 사회기반시설 중에서 국가, 지방자치단체 또는

지방자치단체조합(이하 이 조에서 "국가등"이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(이하 이 조에
서 "귀속등"이라 한다)의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 또는 사회기반시설을
무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 조건으로 취득하는 부동산
또는 사회기반시설에 대해서는 다음 각 호의 구분에 따라 감면한다.

1. 2020년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.
2. 2021년 1월 1일부터 2021년 12월 31일까지는 취득세의 100분의 50을 경감한다.
제85조의2(지방공기업 등에 대한 감면)
① 「지방공기업법」 제49조에 따라 설립된 지방공사(이하 이 조에서 "지방공사"라 한다)에 대

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해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2022년 12월 31일까지 지방세를 감면한다.
1. 지방공사가 그 설립 목적과 직접 관계되는 사업(그 사업에 필수적으로 부대되는 사업을 포

함한다. 이하 이 조에서 "목적사업"이라 한다)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에
대해서는 취득세의 100분의 50(100분의 50의 범위에서 조례로 따로 정하는 경우에는 그
율)에 대통령령으로 정하는 지방자치단체 투자비율(이하 이 조에서 "지방자치단체 투자비율
"이라 한다)을 곱한 금액을 경감한다.

제177조의2(지방세 감면 특례의 제한)
① 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100

인 경우와 세율경감률이 「지방세법」에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는
것을 말한다. 이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제
규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(「지방세법」 제13조제1항부터 제4항까
지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나
에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 「지방세법」에 따라 산출한 취득세 및 재산세의 세액이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하
는 경우

가. 취득세: 200만원 이하
나. 재산세: 50만원 이하(「지방세법」 제122조에 따른 세 부담의 상한을 적용하기 이전의 산

출액을 말한다)
2. 제7조부터 제9조까지, 제11조제1항, 제13조제3항, 제16조, 제17조, 제17조의2, 제20조제1

호, 제29조, 제30조제3항, 제33조제2항, 제35조의2, 제36조, 제41조제1항부터 제6항까지,
제50조, 제55조, 제57조의2제2항(2020년 12월 31일까지로 한정한다), 제57조의3제1항,
제62조, 제63조제2항ㆍ제4항, 제66조, 제73조, 제76조제2항, 제77조제2항, 제82조, 제84
조제1항, 제85조의2제1항제4호 및 제92조에 따른 감면

② 제4조에 따라 지방자치단체 감면조례로 취득세 또는 재산세를 면제하는 경우에도 제1항을
따른다. 다만, 「조세특례제한법」의 위임에 따른 감면은 그러하지 아니하다.

③ 제2항에도 불구하고 제1항의 적용 여부와 그 적용 시기는 해당 지방자치단체의 감면조례로
정할 수 있다.

■ 서울특별시 시세 감면 조례

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제23조(지방세 감면 특례의 제한)
법 제177조의2 제3항에 따라 이 조례에서 취득세가 면제(법에서 정한 감면율이 이 조례에서
추가로 감면율을 정하여 취득세가 면제되는 경우를 포함한다)되는 경우 법 제177조의 제2 제1
항 단서 외의 부분 본문을 적용하지 아니한다. 끝.