[행정 판결문] 서울행정법원 2022구합88262 - 법인세경정청구거분처분 취소

 

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서 울 행 정 법 원

제 6 부

판 결

사 건 2022구합88262 법인세경정청구거부처분 취소

원 고 A

피 고 삼성세무서장

변 론 종 결 2024. 5. 31.

판 결 선 고 2024. 7. 5.

주 문

1. 이 사건 소 중 원고의 2019, 2020 사업연도 귀속 각 법인세 경정청구에 대한 거부

처분의 취소를 구하는 부분을 각하한다.

2. 원고의 나머지 청구를 모두 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 원고에 대하여 2021. 5. 31. 한 2015 사업연도 귀속 법인세 경정청구 거부처분

및 2021. 11. 17. 한 2016 내지 2020 사업연도 귀속 법인세 경정청구 거부처분을 모두

취소한다.

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이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2015 사업연도부터 2020 사업연도까지 하남시 위례지구 등에서 오피스

텔 및 공동주택 신축사업을 시행하면서 건축설계 및 인테리어 설계디자인을 위하여 B

외 17개 업체(이하 ‘쟁점 업체들’이라고 한다)에게 아래 <표>과 같이 설계용역비 합계

12,648,820,000원을 지급하였다.

나. 원고는 쟁점 업체들에게 지급한 설계용역비가 조세특례제한법에서 세액공제 대

상으로 정한 연구개발비에 해당한다는 이유로 피고에게 아래 <표>과 같이, 2021. 4. 1.

2015 사업연도에 관하여 법인세 환급을 구하는 경정청구를 하고, 2021. 9. 17. 2016

내지 2018 사업연도에 관하여 법인세 환급을, 2019, 2020 사업연도에 관하여 법인세

이월공제 세액의 증액을 각 구하는 경정청구를 하였다.

사업연도 경정청구일 설계용역비 총액
경정청구 세액

당기 세액공제 이월공제 세액 증액
2015 2021. 4. 1. 2,990,700,000 74,019,610 -
2016

2021. 9. 17.

4,063,670,000 429,188,000 -
2017 2,785,010,000 222,800,000 -
2018 1,524,920,000 121,993,600 -
2019 897,300,000 - 71,784,000
2020 387,220,000 - 30,977,600

합계 12,648,820,000 950,762,810

다. 피고는 2021. 5. 31. 원고의 2021. 4. 1.자 경정청구를, 2021. 11. 17. 원고의

2021. 9. 17.자 경정청구를 각 거부하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4호증, 을 제1호증(가지번호 있는 것은 각 가지

번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

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별지 기재와 같다.

3. 본안 전 항변에 관한 판단 : 2019, 2020 사업연도 법인세 경정청구에 대한 거부처

분 취소 부분에 관하여

가. 구 국세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제

45조의2 제1항은 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자가 최초신고 및 수정신고

한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 구하기 위해서는 ‘① 과세표준신고서에

기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

이거나, ② 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 따라 신고하여야

할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때’에 해당하여야 한다고 규정하고 있다.

나. 원고의 2021. 9. 17.자 경정청구 중 2019, 2020 사업연도 각 법인세 이월공제액

의 증액을 구하는 부분은 법인세 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이나 결손

금액 또는 환급세액의 경정을 구하는 것에 해당하지 않으므로, 이 부분 경정청구에 구

국세기본법 제45조의2 제1항 각 호에서 정한 경정청구 사유가 있다고 보기 어렵다.

나아가 국세기본법 또는 개별 세법에 경정청구권을 인정하는 명문의 규정이 없는 이

상 조리에 의한 경정청구권을 인정할 수는 없고(대법원 2010. 2. 25. 선고 2007두18284

판결 등 참조), 원고가 2021 사업연도 이후의 법인세에 관한 경정청구 등을 통하여 이

월공제액을 적용한 법인세의 감액 등을 주장할 수도 있는 이상, 세법에 근거하지 아니

한 이월공제액에 대한 경정청구권을 추가로 인정하여야 할 필요성도 인정하기 어렵다.

다. 그렇다면 원고의 이 부분 경정청구를 피고가 받아들이지 않았다 하더라도 이를

항고소송의 대상이 되는 거부처분이라고 볼 수는 없으므로, 이 사건 소 중 2019, 2020

사업연도 각 법인세 (이월공제액 증액) 경정청구에 대한 거부처분의 취소를 구하는 부

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분은 부적법하다. 이를 지적하는 피고의 본안 전 항변은 이유 있다.

4. 본안에 관한 판단 : 2015 내지 2018 사업연도 법인세 경정청구에 대한 거부처분(이

하 ‘이 사건 거부처분‘이라고 한다) 취소 부분에 관하여

가. 원고의 주장 요지

구 조세특례제한법(2019. 12. 31. 법률 제16835호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구

조특법’이라고 한다) 제10조 제1항은 법인세액 공제 대상인 연구․인력개발비의 범위

를 대통령령에 위임하고 있고, 구 조세특례제한법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제

29527호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법 시행령’이라고 한다) 제8조 제1항 [별표

6]은 연구․인력개발비 세액공제를 적용받는 비용 중 하나로 ‘고유디자인의 개발을 위

한 비용’을 명시하고 있다. 이 때 ‘고유디자인’의 개념은 위 규정의 입법 취지 등에 따

라 폭넓게 해석되어야 하고, 원고가 건축설계 및 인테리어 설계디자인을 위해 쟁점 업

체들에게 지출한 설계용역비는 위 규정에서 정한 세액공제 대상인 ‘고유디자인의 개발

을 위한 비용’에 해당한다.

또한 [별표 6]의 ‘고유디자인의 개발을 위한 비용’ 부분은 2020. 2. 11. 구 조특법

시행령이 개정되면서 ‘산업디자인진흥법 제4조 제2항 각 호에 해당하는 기관에게 연구

개발용역을 위탁함에 따른 비용’으로 명확화·구체화되었는데, 위 개정의 취지에 비추어

볼 때 개정 시행령의 시행 전에도 산업디자인진흥법 제4조 제2항 각 호에 해당하는 기

관인 산업디자인 전문회사 또는 그에 준하는 회사에 연구개발을 위탁하면서 지출한 설

계용역비는 그것이 고유디자인의 개발을 위한 비용인지 여부와 관계없이 세액공제 대

상에 해당한다고 보아야 한다.

나. 관련 법리

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1) 구 조특법 제9조 제1항은 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연

도까지 연구개발 및 인력개발(이하 “연구ㆍ인력개발”이라 한다)에 필요한 비용에 충당

하기 위하여 연구ㆍ인력개발준비금을 적립한 경우에는 일정한 금액의 범위에서 해당

과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입하도록 규정하고 있다. 같

은 조 제2항은 ‘손금에 산입한 연구․인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산

입한다’고 규정하면서, 제1호에서 익금 산입금액의 산출근거가 되는 “연구ㆍ인력개발

비”를 ‘연구ㆍ인력개발에 필요한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용’이라고 규정하고

있고, 같은 조 제5항은 ‘제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기

위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 그

구체적인 범위는 대통령령으로 정한다’라고 규정하고 있다.

그 위임에 따른 구 조특법 시행령 제8조 제1항은 ‘연구․인력개발에 필요한 비

용 중 대통령령으로 정하는 비용이란 구 조특법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력

개발을 위한 비용으로서 [별표 6]을 말한다’라고 규정하고 있고, [별표 6]의 제1호 (사)

목에서 연구․인력개발비 세액공제를 적용받는 비용 중 하나로 ‘고유디자인의 개발을

위한 비용’을 들고 있으며, 구 조특법 제10조 제1항은 ‘내국인이 각 과세연도에 연구․

인력개발비가 있는 경우 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세 또

는 법인세에서 공제한다’고 규정하면서, 각 호에서 세액공제액의 계산방법에 대하여 규

정하고 있다.

2) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하

고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없

이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데

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명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도

부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조). 한편 과세처분 취소소

송에서 비과세요건이나 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있

다(대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결 참조).

다. 이 사건 거부처분의 위법 여부에 관한 판단

앞서 든 증거들 및 갑 제8호증의 영상에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 아

래와 같은 사정을 종합하면, 원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 2015 내지 2018 사

업연도에 지출한 설계용역비가 구 조특법 제10조 제1항에서 정한 요건을 충족하여 세

액공제 대상이 되는 연구개발비에 해당한다는 점을 인정하기에 부족하고, 달리 이를

인정할 만한 증거가 없다. 원고의 주장은 이유 없다.

1) 원고가 지출한 설계용역비는 원고의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생

한 비용으로서 법인세법상 손금에 해당하므로, 원고는 일단 위 설계용역비를 손금에

산입하여 세액감소 효과를 누릴 수 있다. 그런데 세액공제란 그러한 통상의 손금 산입

에서 더 나아가 해당 비용 중 일정 비율을 세액에서 직접 공제하여 주는 것으로서, 어

떠한 영업활동에 대하여 세액공제라는 적극적인 조세감면 혜택을 부여할지 여부는 정

책적․합목적적으로 결정되어야 할 문제이다. 구 조특법 제10조 제1항이 연구․인력개

발비에 대한 세액공제를 인정하는 취지는, 연구개발의 속성상 그 비용이 기업의 수익

발생과 곧바로 이어지지 않는 경우가 많고, 적지 않은 시행착오나 실패의 위험이 따른

다는 측면에서, 연구개발에 투자하는 기업이 감내해야 하는 비효율 내지 위험에 대하

여 세액 감면이라는 안전장치 내지 보상책을 마련함으로써 연구개발에 대한 기업의 투

자를 독려하고 국민경제의 건전한 발전에 이바지하기 위한 것이다(대법원 2014. 3. 13.

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선고 2013두22147 판결 참조).

구 조특법 제9조 제2항 제1호는 연구․인력개발에 필요한 비용 중 대통령령으

로 정하는 비용을 연구․인력개발비로 인정한다고 규정하고 같은 조 제5항은 ‘연구개

발’이란 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동’을 의미한다고 규정하고 있으며,

그 위임에 따라 제정된 구 조특법 시행령 제8조 제1항 역시 세액공제를 적용받는 연

구․인력개발비가 구 조특법 제9조 제5항에 따른 연구개발비여야 함을 명시하고 있다.

따라서 원고가 지출한 설계용역비가 세액공제 대상인 연구개발비에 해당하기 위해서는

’과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동‘을 위한 비용에 해당한다는 요건 역시

충족하여야 한다.

2) 공동주택 등의 건축물은 건축 관계 법령에 따라 건축조건이 이미 결정되어 있

는 부분이 많고 각 세대전용면적은 법령상 인정되는 세제상 혜택이나 그 당시 유행하는

선호 평형이 있어 건축이 가능한 각 세대별 전용면적의 선택에서는 제약이 따를 수밖에

없다. 그 결과 설계에 있어서 서로 유사점이 많고 일부 차이가 있다 하더라도 이미 존

재하는 설계방식을 다소 변형한 것이거나 사업 대상지의 위치, 입지조건, 관련 도시계획

현황, 관련 계획 및 법규에 따른 제한 등 제반 사정에 부합하는 범위 내에서 사업성 등

을 도모하기 위한 상업적․기능적 변형에 불과한 경우에는 건축회사가 지출한 설계용역

비를 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 것이라고 볼 수 없다. 만일 이와 달리 본

다면, 공동주택 등의 경우 사업대상지의 위치, 입지조건 등에 따라 그 설계도면에 차이

가 있을 수밖에 없으므로, 설계용역에 지출된 비용이 대부분 세액공제 대상에 해당하게

되는 결과가 되는바, 이는 연구․인력개발비 세액공제 규정의 취지와 부합하지 않는다.

3) 원고와 쟁점 업체들 사이에 체결된 설계계약서에는 용역의 범위가 건축물의

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건축을 위한 설계도를 작성하는 업무와 대관청 인허가 업무, 설계관리 및 보고업무, 현

장지원업무 등으로 기재되어 있고(제3조), 용역비는 대부분 건축연면적에 계약단가를

적용하되 다만 해당 사업에 따라 추가 업무비용(예 : 친환경용역 및 지질조사업무, 법

규개정 및 경관계획, 소방성능위주설계, 지질조사업무에 따른 추가 업무비용)을 더하여

산정하는 경우도 있으며(제5조), 쟁점 업체들의 책임과 비용으로 해결하여야 하는 설계

도서의 기술상 또는 제반법규의 하자로 인하여 발생하는 문제만을 ’설계하자‘라고 기재

하고 있고(제8조), 위 계약과 관련한 설계도서의 소유권은 원고에게, 저작권은 쟁점 업

체들에게 귀속되며, 원고와 쟁점 업체들은 상호 협의 없이 설계도서를 다른 곳에 제공

또는 사용하거나 건축을 할 수 없다(제18조)고 되어 있다. 이러한 설계계약은 건축법

및 관련 법령에서 정하는 기준에 따라 설계도면을 작성․제공할 것을 내용으로 하는

것으로 통상적인 설계용역 계약과 크게 다르지 않고, 특화디자인 개발비용을 별도로

산정하거나 이와 관련한 부분을 설계하자 등으로 파악하고 있지도 않으며 쟁점 업체들

의 동의 없이 완성된 설계도서의 디자인을 사용할 수 없다는 점에서 이를 건축디자인

의 개발 자체를 위탁하거나 이를 목적으로 하는 내용의 계약으로 보기는 어렵다.

4) 설계계약서에 첨부된 설계용역지침서 중 ’3. 용역범위‘에 ’29) 특화 디자인을 위

한 지원 업무‘가 포함되어 있고, 해당 업무에 ’상품의 품질을 상승시키고 원가 절감 효

과를 높이기 위해 특화디자인은 고려하여 설계를 진행해야 한다‘라는 내용이 기재되어

있는 사실은 인정된다. 그러나 위 업무는 일반적으로 설계용역계약 내용인 설계도 작성,

지질조사, 주요자재 사용계획 및 검토 등 수많은 업무 중 극히 일부에 불과하고, 특화부

위의 세부항목들도 ’옹벽 디자인‘, 아파트 외관 디자인’, ’주차장 램프 지붕‘, ’분수대‘ 등

주택 신축사업에 통상적으로 포함되는 구조물들을 열거하고 있을 뿐이다. 쟁점 업체들

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이 설계계약에 따라 완성한 결과물을 살펴보아도 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위

한 고유디자인의 개발이라고 볼 만한 설계상의 차이가 있다고 보이지 않는다.

5) 조세특례제한법상 연구․인력개발비 세액공제 제도는 기업의 연구개발전담부

서에서 소요되는 일정 범위의 인건비 등이 있는 경우에는 기업의 기술인력개발을 장려

하려는 목적에서 일정 범위의 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하

도록 하는데 취지가 있으므로, 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응

하는 비용만을 세액공제 대상으로 삼아야 한다(대법원 2014. 3. 13. 선고 2013두22147

판결 참조). 그런데 원고와 쟁점 업체들이 작성한 설계계약서상 용역업무에는 건축디자

인과 관계없는 내용이 상당 부분 포함되어 있어, 원고가 지출한 설계용역비 전부가 실

질적으로 의미 있는 과학적․기술적 진전을 이루기 위한 활동과 직접 대응된다고 보기

어렵고, 달리 해당 비용을 가려낼 만한 방법도 없다(원고는 쟁점 업체들의 설계용역 업

무 중 현상설계부터 계획설계까지 단계가 특화디자인이 중점적으로 드러나는 업무이

고, 현상설계와 계획설계가 전체 설계 과정의 60~70%를 구성하며, 대금지급 또한 이러

한 비중을 반영하여 전체 설계용역비 중 약 60~70%가 ‘승인완료’, ‘인허가완료’ 등을

기한으로 하는 계획설계 단계까지 지급되도록 약정한바, 최소한 계획설계까지는 특화

디자인만을 위한 업무 단계이므로 여기에 최종 단계 후 지급하는 설계용역비 잔금까지

포함하여 전체 설계용역비 중 약 66%~77% 상당이 특화디자인만을 위한 비용에 해당

한다고 주장하나, 이는 원고의 자의적인 주장과 계산에 불과하여 받아들일 수 없다).

6) 2020. 2. 11. 구 조특법 시행령이 개정되면서 ‘산업디자인진흥법 제4조 제2항

각 호에 해당하는 기관에게 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용’이 세액공제 대상 중

하나로 규정되었으나, 그러한 사정만으로 개정 전 구 조특법 시행령이 적용되는 경우

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에도 산업디자인진흥법 제4조 제2항 각 호에 해당하는 기관 또는 그에 준하는 회사에

게 지급한설계용역비가 당연히 세액공제 대상에 해당한다고 볼 수도 없다. 그러한 해

석은 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것이다.

5. 결론

그렇다면 이 사건 소 중 원고의 2019, 2020 사업연도 귀속 각 법인세 경정청구에 대

한 거부처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하여 이를 각하하고, 원고의 나머지 청구

는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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별지

관계 법령

▣ 구 조세특례제한법(2019. 12. 31. 법률 제16835호로 개정되기 전의 것)
제9조(연구ㆍ인력개발준비금의 손금산입)
① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 “연구

ㆍ인력개발”이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구ㆍ인력개발준비금을 적립한
경우에는 해당 과세연도의 수입금액(「법인세법」 제43조의 기업회계기준에 따라 계산한 매
출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해
당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.

② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구ㆍ인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.
1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도

가 끝나는 날까지 연구ㆍ인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발
하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정
하는 비용(이하 “연구ㆍ인력개발비”라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이
되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로
나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스
및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는
임원 또는 사용인을 교육ㆍ훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정
한다.

제10조(연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제)
① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금

액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한
다. 이 경우 제1호는 2018년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적
용한다.

(각 호 생략)

▣ 구 조세특례제한법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29527호로 개정되기 전의 것)

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제8조(연구 및 인력개발준비금의 범위 등)
① 법 제9조제2항제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조제5항에 따른 연구개발

및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비
용은 제외한다.

1. 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액
2. 국가, 지방자치단체, 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 및 「지방공기업법」에

따른 지방공기업으로부터 연구개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비
로 지출하는 금액

▣ 산업디자인진흥법
제4조(연구 및 진흥사업의 실시 등)
① 산업통상자원부장관은 산업디자인진흥종합계획을 효율적으로 실시하기 위하여 산업디자인

에 관한 연구 및 진흥사업을 할 수 있다.
② 다음 각 호의 기관 등은 대통령령으로 정하는 바에 따라 제1항에 따른 연구 및 진흥사업에

참여할 수 있다.
1. 제9조에 따른 산업디자인전문회사

▣ 구 국세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것)
제45조의2(경정 등의 청구)
① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는

최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지
난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증
가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는

[별표 6]
연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제8조제1항 관련)

구 분 비용
1. 연구개발 사. 고유디자인의 개발을 위한 비용

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그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할
수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에
는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과
세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는
경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고
하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때. 끝.