[행정 판결문] 서울행정법원 2023구합66344 - 법인세등부과처분취소

 

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서 울 행 정 법 원

제 4 부

판 결

사 건 2023구합66344 법인세등부과처분취소

원 고 A

피 고 1. 마포세무서장

2. 서울지방국세청장

변 론 종 결 2024. 3. 8.

판 결 선 고 2024. 4. 19.

주 문

1. 피고 마포세무서장이 2018. 12. 11. 원고에게 한 2014 사업연도 법인세 경정처분(가

산세 포함) 4,193,785,770원 중 3,758,510,171원을 초과하는 부분과 2015 사업연도

법인세 경정처분(가산세 포함) 4,233,099,620원 중 4,103,270,551원을 초과하는 부분

이 모두 무효임을 확인한다.

2. 피고 서울지방국세청장이 2018. 12. 11. 원고에게 한 별지 제2항 기재 소득금액변동

통지가 모두 무효임을 확인한다.

3. 원고의 피고 마포세무서장에 대한 나머지 청구를 모두 기각한다.

4. 소송비용 중 원고와 피고 마포세무서장 사이에 생긴 부분의 9/10는 원고가, 나머지

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는 피고 마포세무서장이, 원고와 피고 서울지방국세청장 사이에 생긴 부분은 피고

서울지방국세청장이 각각 부담한다.

청 구 취 지

(주위적으로) 피고 마포세무서장이 2018. 12. 11. 원고에게 한 별지 제1항 기재 각 법

인세 부과처분(가산세 포함)1) 및 피고 서울지방국세청장이 2018. 12. 11. 원고에게 한

별지 제2항 기재 소득금액변동통지가 모두 무효임을 확인한다. (예비적으로) 위 각 법

인세 부과처분(가산세 포함) 및 소득금액변동통지를 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 19**. *. **. 설립되어 의약품 제조 및 매매업 등을 영위하는 회사로,

2014 내지 2017 사업연도에 합계 150,802,967,000원의 영업비를 판매비․관리비로 손

금에 산입하여 해당 사업연도의 법인세를 신고하였다.

나. 피고 서울지방국세청장은 2018. 7. 24.부터 2018. 11. 30.까지 원고에 대한 법인

세 통합조사를 실시한 결과, 원고가 2014 내지 2017 사업연도에 복리후생비, 회의비,

홍보비, 판매활동비, 수출시장개척비, 학술비 등으로 계상한 금액 중 52,192,733,807원

이 타인 명의 신용카드 매출전표를 증빙으로 한 가공경비에 해당한다고 보아 손금불산

1) 청구취지 변경신청서에는 원고가 무효 확인 또는 취소를 구하는 2015 사업연도 법인세 경정처분(가산세 포함)의
세액이 4,233,099,630원으로, 2017 사업연도 법인세 경정처분(가산세 포함)의 세액이 3,942,511,710원으로 각각
기재되어 있으나, 피고의 2024. 4. 2.자 참고자료 제출서에 첨부된 2015, 2017 사업연도 법인세 과세표준 및 세
액 경정 결의서에는 2015 사업연도 법인세를 4,233,099,622원으로, 2017 사업연도 법인세를 3,942,511,704원으
로 경정한다고 기재되어 있으므로, 원고가 위 각 세액에서 10원 미만을 버린 4,233,099,620원, 3,942,511,700원
의 무효 확인 또는 취소를 구하는 것으로 이해하여 판단한다.

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입하고 원고의 당시 대표이사 B에 대한 상여로 소득처분하는 내용의 과세자료를 피고

마포세무서장에게 통보하고, 위 52,192,733,807원에 관하여 원고와 B를 ｢조세범 처벌

법｣ 제3조 제1항 위반 혐의로 검찰에 고발하는 한편, 2018. 12. 10. 원고에게 세무조사

결과를 통지하였다(이하 ‘이 사건 세무조사결과통지’라 한다).

다. 피고 마포세무서장은 원고가 이 사건 세무조사결과통지를 받은 날부터 30일이

지나기 전인 2018. 12. 11. 원고에게 다음 표 기재와 같이 2014 내지 2017 사업연도의

법인세(가산세 포함)를 경정․고지하였고[원고가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 법인세

를 과소신고하였다고 보아 부정과소신고가산세율(40%)을 적용하여 산출한 가산세를 포

함하여 부과하였다. 이하 ‘당초 법인세 경정처분’이라 한다], 피고 서울지방국세청장은

2018. 12. 11. 원고에게 별지 제2항 기재와 같이 소득금액변동통지를 하였다(이하 ‘이

사건 소득금액변동통지’라 한다).

사업연도 고지세액(원)
2014 4,905,035,110
2015 5,067,938,350
2016 4,922,221,890
2017 4,833,674,460

라. 원고는 당초 법인세 경정처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 2019. 9. 10. 조세심

판원장에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2023. 3. 6. ‘원고가 52,192,733,807원을 손

금에 산입한 것이 사기나 그 밖의 부정한 행위에 해당한다고 보기 어렵다’는 이유로

52,192,733,807원의 익금 산입과 관련된 과소신고 금액에 대하여 일반과소신고가산세

율(10%)을 적용하여 세액을 경정하도록 하고 나머지 심판청구는 기각하는 결정을 하였다.

마. 이에 따라 피고 마포세무서장은 당초 고지세액에서 부정과소신고가산세와 일반

과소신고가산세의 차액에 해당하는 부분을 제외하는 방법으로 다음 표 기재와 같이 당

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초 법인세 경정처분을 감액경정하였다(이하 당초 법인세 경정처분 중 감액경정되고 남

은 부분을 ‘이 사건 법인세 경정처분’이라 하고, 이 사건 소득금액변동통지와 통틀어

‘이 사건 각 처분’이라 한다).

사업연도 세액(원)
2014 4,193,785,770
2015 4,233,099,620
2016 4,055,819,200
2017 3,942,511,700

【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

피고들은 이 사건 각 처분에 앞서 원고에게 과세전적부심사청구의 기회를 부여하지

않았으므로, 이 사건 법인세 경정처분 중 피고 서울지방국세청장이 ｢조세범 처벌법｣
위반 혐의로 고발하지 않은 항목(손해배상채권, 홍보비, 대손금, 수선비 등)에 관한 부

분(본세 및 가산세) 및 이 사건 소득금액변동통지에는 중대하고 명백한 절차상 하자가

있다. 따라서 주위적으로 이 사건 각 처분의 무효 확인을, 예비적으로 이 사건 각 처분

의 취소를 구한다.

3. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 이 사건 법인세 경정처분의 적법 여부

1) 관계 규정 및 관련 법리

가) 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구

국세기본법’이라 한다) 제81조의15는 세무조사 결과에 대한 서면통지 또는 과세예고

통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세

청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사(과세전적부심사)를 청구할 수 있고(제1항),

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｢조세범 처벌법｣ 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우에는 과세전적부심사를 청구할

수 없다(제2항 제2호, 이하 ‘이 사건 예외조항’이라 한다)고 규정하고 있다.

나) 사전구제절차로서 과세전적부심사 제도가 가지는 기능과 이를 통해 권리구

제가 가능한 범위, 이러한 제도가 도입된 경위와 취지, 납세자의 절차적 권리 침해를

효율적으로 방지하기 위한 통제 방법과 더불어, 헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는

적법절차의 원칙은 형사소송절차에 국한되지 아니하고 세무공무원이 과세권을 행사하

는 경우에도 마찬가지로 준수하여야 하는 점 등을 고려하여 보면, 구 국세기본법 등이

과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있거나 과세전적부심사에 대

한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있다는 등의 특별

한 사정이 없는 한, 세무조사결과통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있

기도 전에 과세처분을 하는 것은 원칙적으로 과세전적부심사 이후에 이루어져야 하는

과세처분을 그보다 앞서 함으로써 과세전적부심사 제도 자체를 형해화시킬 뿐만 아니

라 과세전적부심사 결정과 과세처분 사이의 관계 및 그 불복절차를 불분명하게 할 우

려가 있으므로, 그와 같은 과세처분은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 그

절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효이다.

그리고 과세전적부심사 제도 관련 규정의 문언과 체계, 이 사건 예외조항의

문언과 취지, 고발 또는 통고처분의 대상 및 효력에 관한 법리 등에 비추어 보면, 세무

조사결과통지의 내용 중 고발 또는 통고처분의 대상이 된 조세범칙행위와 동일성이 인

정되지 않는 부분에 대해서는 이 사건 예외조항에 따른 과세전적부심사의 예외사유가

존재하지 않는다고 봄이 타당하다(대법원 2023. 12. 7. 선고 2022두45968 판결 등 참

조).

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2) 판단

앞서 본 처분의 경위에 따르면, 피고 서울지방국세청장은 원고가 2014 내지

2017 사업연도에 복리후생비 등으로 계상한 금액 중 52,192,733,807원에 관하여 원고

와 B를 ｢조세범 처벌법｣ 제3조 제1항 위반 혐의로 검찰에 고발하였고, 피고 마포세무

서장은 원고가 이 사건 세무조사결과통지를 받은 날부터 30일이 지나기 전인 2018.

12. 11. 원고에게 법인세 경정처분을 하였으므로, 이 사건 법인세 경정처분 중 피고 서

울지방국세청장이 고발한 조세범칙행위와 동일성이 인정되는 부분은 이 사건 예외조항

에 규정된 예외사유가 존재하는 반면, 위 조세범칙행위와 동일성이 인정되지 않는 부

분은 이 사건 예외조항에 규정된 예외사유가 존재하지 않는다고 보아야 한다.2)

그런데 이 사건 법인세 경정처분 중 피고 서울지방국세청장이 고발한 조세범칙

행위와 동일성이 인정되는 부분의 세액(본세 및 가산세)이 다음 표 ‘정당세액’란 기재

와 같은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 2014, 2015 사업연도 법인세 경정처

분 중 정당세액을 초과하는 부분의 경우 이 사건 예외조항에 규정된 예외사유가 존재

하지 않아 납세자의 절차적 권리를 침해한 중대하고 명백한 하자가 있다고 봄이 타당

하다.

사업연도 이 사건 법인세 경정처분(원) 정당세액(원)
2014 4,193,785,770 3,758,510,171
2015 4,233,099,620 4,103,270,551
2016 4,055,819,200 4,086,640,362
2017 3,942,511,700 3,943,274,116

3) 소결

2) 이에 대하여 피고들은 이 사건 예외조항에 규정된 예외사유가 있는지 여부를 과세단위별로 또는 납세의무자별로
판단하여야 한다고 주장하나, 이는 예외사유가 있는지 여부를 고발 대상 조세범칙행위와의 동일성 인정 여부에
따라 판단하여야 한다는 위 대법원 판결의 내용에 반하므로, 피고들의 주장을 받아들이지 않는다.

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피고 마포세무서장이 2018. 12. 11. 원고에게 한 2014 사업연도 법인세 경정처

분(가산세 포함) 4,193,785,770원 중 3,758,510,171원을 초과하는 부분과 2015 사업연

도 법인세 경정처분(가산세 포함) 4,233,099,620원 중 4,103,270,551원을 초과하는 부분

은 무효이다(위 각 초과 부분에 해당하는 주위적 청구를 인용하는 이상 해당 부분에

관한 예비적 청구에 대하여는 판단하지 않는다).

그리고 이 사건 법인세 경정처분 중 무효인 부분을 제외한 나머지 부분은 모두

피고 서울지방국세청장이 고발한 조세범칙행위와 동일성이 인정되어 이 사건 예외조항

에 규정된 예외사유가 존재하므로, 피고 마포세무서장이 원고가 이 사건 세무조사결과

통지를 받은 날부터 30일 이내에 법인세 경정처분을 하였다고 하여 어떠한 절차적 하

자가 있다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 피고 마포세무서장에 대한 주위적 청구와 예

비적 청구 중 위 나머지 부분에 해당하는 부분은 모두 이유 없다.

나. 이 사건 소득금액변동통지의 적법 여부

1) 관련 법리

과세관청의 익금산입 등에 따른 법인세 부과처분과 그 익금 등의 소득처분에 따

른 소득금액변동통지는 각각 별개의 처분이므로, 과세관청이 법인에 대하여 세무조사

결과통지를 하면서 익금누락 등으로 인한 법인세 포탈에 관하여 ｢조세범 처벌법｣ 위반

으로 고발 또는 통고처분을 하였더라도 이는 포탈한 법인세에 대하여 이 사건 예외조

항의 ‘｢조세범 처벌법｣ 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우’에 해당할 뿐이지, 소득

처분에 따른 소득금액변동통지와 관련된 조세포탈에 대해서까지 과세전적부심사의 예

외사유인 ‘고발 또는 통고처분’을 한 것으로 볼 수는 없다.

따라서 이러한 경우 과세전적부심사를 거치기 전이라도 소득금액변동통지를 할

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수 있는 다른 예외사유가 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 과세관청은 소득금액변

동통지를 하기 전에 납세자인 해당 법인에게 과세전적부심사의 기회를 부여하여야 한

다. 이와 같은 특별한 사정이 없음에도 세무조사결과통지가 있은 후 과세전적부심사

청구 또는 그에 대한 결정이 있기 전에 이루어진 소득금액변동통지는 납세자의 절차적

권리를 침해하는 것으로서 그 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효이다. 비록 구

소득세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31442호로 개정되기 전의 것) 제192조 제1항

에서 세무서장 또는 지방국세청장이 법인소득금액을 결정 또는 경정할 때 그 결정일

또는 경정일부터 15일 내에 배당ㆍ상여 및 기타소득으로 처분된 소득금액을 소득금액

변동통지서에 의하여 해당 법인에게 통지하도록 정하였더라도 이와 달리 볼 것이 아니

다(대법원 2020. 10. 29. 선고 2017두51174 판결 등 참조).

2) 판단

앞서 본 대로 피고 서울지방국세청장은 원고가 이 사건 세무조사결과통지를 받

은 날부터 30일이 지나기 전에 이 사건 소득금액변동통지를 하였고, 과세전적부심사를

거치기 전이라도 소득금액변동통지를 할 수 있는 다른 예외사유가 있다는 등의 특별한

사정도 없으므로, 이 사건 소득금액변동통지에는 납세자의 절차적 권리를 침해한 중대

하고 명백한 하자가 있다.3) 따라서 이 사건 소득금액변동통지는 무효이다(원고의 피고

서울지방국세청장에 대한 주위적 청구를 인용하는 이상 예비적 청구에 대하여는 판단

하지 않는다).

3) 이에 대하여 피고들은 ① 법인세 경정처분에 이 사건 예외조항에 규정된 예외사유가 있음에도 그 조세포탈행위
를 원인으로 하여 이루어지는 소득금액변동통지만을 따로 떼어 내어 그에 대한 과세전적부심사청구를 인정할
필요성이 없는 점, ② 납세의무자가 세무조사결과통지를 받은 날부터 30일 후에 소득금액변동통지를 할 경우 법
인소득금액 경정일부터 15일 이내에 소득금액변동통지를 하도록 한 구 소득세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령
제31442호로 개정되기 전의 것) 제192조 제1항에 반하게 되는 점 등을 근거로 이 사건 소득금액변동통지에 이
사건 예외조항에 규정된 예외사유가 있다고 주장하나, 이는 앞서 본 대법원 판결에 반하므로 피고들의 주장을
받아들이지 않는다.

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4. 결론

원고의 피고 서울지방국세청장에 대한 주위적 청구는 이유 있으므로 인용하고, 피고

마포세무서장에 대한 주위적 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있으므로 인용하고 나

머지 청구는 이유 없으므로 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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별지

처분의 표시

1. 법인세 경정처분(가산세 포함)

사업연도 세액(원)
2014 4,193,785,770
2015 4,233,099,620
2016 4,055,819,200
2017 3,942,511,700

2. 소득금액변동통지

귀속연도 소득종류 귀속자 소득금액(원)
2014

상여 B

12,110,601,224
2015 12,660,674,654
2016 14,351,089,456
2017 14,000,360,473

(끝)